单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16081	2024-08-07	Frataxin gene editing rescues Friedreich's ataxia pathology in dorsal root ganglia organoid-derived sensory neurons 2020-08-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17954-3 PMID:32826895	研究论文	本文通过体外分化人诱导多能干细胞（iPSCs）生成背根神经节类器官（DRG organoids），并研究了弗里德赖希共济失调（FRDA）病理学中Frataxin基因编辑的修复作用。	首次展示了通过去除FXN基因第一内含子中的抑制染色质，可以恢复FXN总表达并完全逆转FRDA背根神经节神经元的病理特征。	NA	研究Frataxin基因编辑在修复弗里德赖希共济失调病理学中的作用。	背根神经节类器官（DRG organoids）及其衍生的感觉神经元。	数字病理学	弗里德赖希共济失调	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA	人诱导多能干细胞（iPSCs）
16082	2024-08-07	CD200 promotes immunosuppression in the pancreatic tumor microenvironment 2020-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2019-000189 PMID:32581043	研究论文	本文研究了CD200在胰腺肿瘤微环境中促进免疫抑制的作用	首次揭示了CD200在胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中通过促进髓源抑制细胞（MDSC）的扩增和活性来限制免疫治疗反应	NA	探讨CD200在胰腺导管腺癌微环境中的免疫抑制作用及其对免疫治疗反应的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者及小鼠模型	数字病理学	胰腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	包括人类胰腺癌细胞系、患者血液样本、小鼠肿瘤模型及健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMC）
16083	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis of Mouse Liver Cell-Specific Tropism and Transcriptional Dysregulation Following Intravenous Administration of AAVrh.10 Vectors 2020-05, Human gene therapy IF:3.9Q2 DOI:10.1089/hum.2019.366 PMID:32143547	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了静脉注射AAVrh.10载体后小鼠肝脏细胞特异性趋向性和转录失调	首次详细描述了AAVrh.10载体在小鼠肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调情况	仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	评估AAVrh.10载体在肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调	小鼠肝脏细胞	基因工程	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共46,500个肝脏细胞
16084	2024-08-07	Tissue substructure-specific deposition of the β3-containing laminin-332 in the biliary epithelium of human and mouse livers 2020-04-02, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.01.104 PMID:32008745	研究论文	本文通过分析公开的单细胞RNA测序数据库，揭示了人肝细胞中层粘连蛋白基因的表达情况，特别是层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的共表达情况，并探讨了其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。	首次揭示了层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的异质性表达，并证实了其在小鼠肝脏中的异质性表达与胆道上皮细胞的形态学亚结构有关。	研究主要基于公共数据库的分析，缺乏直接的实验验证，且仅探讨了生理条件下的功能，未涉及病理条件下的作用。	探讨层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的表达及其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。	人肝细胞和胆道上皮细胞中的层粘连蛋白-332亚基表达情况。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
16085	2024-08-07	Single-cell analysis of transcriptome and DNA methylome in human oocyte maturation 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0241698 PMID:33152014	研究论文	本文通过单细胞转录组和DNA甲基组数据分析，研究了人类卵母细胞成熟过程中基因调控的机制	首次探讨了非CpG甲基化在卵母细胞成熟中的潜在调控作用，并发现DNMT3B基因在成熟卵母细胞中的上调可能与非CpG甲基化增加有关	NA	深入理解人类卵母细胞成熟过程中的基因调控机制，并促进体外成熟技术的发展	人类卵母细胞在不同成熟阶段的单细胞转录组和甲基组数据	NA	NA	单细胞转录组分析，单细胞甲基组分析	NA	转录组数据，甲基组数据	1,077个基因在成熟卵母细胞中上调
16086	2024-08-07	Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma 2019-Oct-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.003 PMID:31675496	研究论文	本研究结合两种单细胞RNA测序技术，分析了肝细胞癌患者五个免疫相关部位的CD45免疫细胞转录组	首次揭示了LAMP3树突状细胞在肿瘤与淋巴结间的迁移潜力及其对多种淋巴细胞亚型的调控作用	NA	深入了解肝细胞癌的免疫微环境	肝细胞癌患者的免疫细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自五个不同部位的肝细胞癌患者样本
16087	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals novel gene expression signatures of trastuzumab treatment in HER2+ breast cancer: A pilot study 2019-Jun, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000015872 PMID:31261495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的基因表达谱变化	首次在单细胞水平上研究了曲妥珠单抗治疗患者的转录组特征，揭示了新的基因表达特征及其在乳腺癌和心脏毒性中的作用	作为一项试点研究，样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探索曲妥珠单抗治疗HER2阳性乳腺癌的分子机制及其引起的心脏毒性	HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的单细胞转录组	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	461个差异表达基因
16088	2024-08-07	Evaluation of Weng et al.: Leveraging Cell Type Correlations and Single-Cell Bioinformatics to Identify Progenitor Diversity and Lineage 2019-05-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.04.011 PMID:31051125	评论	本文是对Weng等人2019年发表的关于单细胞转录组学研究中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素的同行评审过程的展示	NA	NA	展示对Weng等人研究的同行评审过程	单细胞转录组学研究的中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素	单细胞生物信息学	胶质瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
16089	2024-08-07	Single-Cell Analysis Reveals Heterogeneity of High Endothelial Venules and Different Regulation of Genes Controlling Lymphocyte Entry to Lymph Nodes 2019-03-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.042 PMID:30865898	研究论文	本文通过全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术和免疫组织荧光技术，揭示了成年小鼠外周淋巴结中高内皮微静脉（HEVs）在稳态、抗原刺激和淋巴毒素-β受体（LTβR）信号抑制条件下的异质性	本文首次揭示了HEV内皮细胞在稳态下的激活状态，并识别了区分化HEV表型的特征基因，同时发现LTβR信号调节许多HEV基因和途径，以及免疫刺激诱导HEVs的全球性和暂时性炎症表型	NA	研究HEVs在不同条件下的异质性和基因调控	高内皮微静脉（HEVs）及其在淋巴结中的功能	数字病理学	NA	全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术、免疫组织荧光	NA	RNA	成年小鼠外周淋巴结样本
16090	2024-08-07	IL22 Inhibits Epithelial Stem Cell Expansion in an Ileal Organoid Model 2019, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2018.06.008 PMID:30364840	研究论文	本文研究了白细胞介素22（IL22）在回肠类器官模型中对上皮干细胞扩张的影响。	首次探讨了IL22对肠道干细胞（ISCs）及其介导的组织修复的影响。	研究主要基于小鼠回肠类器官模型，可能与人类疾病存在差异。	探讨IL22在克罗恩病中对肠道干细胞的影响及其机制。	回肠类器官、肠道干细胞（ISCs）和过渡放大（TA）前体细胞。	数字病理学	炎症性肠病	定量逆转录聚合酶链反应、免疫染色、单细胞RNA测序	NA	类器官、单细胞	使用小鼠回肠类器官和IL22转基因小鼠进行实验。
16091	2024-08-07	Spatially Resolved Transcriptomics Enables Dissection of Genetic Heterogeneity in Stage III Cutaneous Malignant Melanoma 2018-10-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-0747 PMID:30154148	研究论文	本文采用空间转录组学技术（ST）对皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检样本进行转录组测序，成功测序了超过2,200个组织域的转录组，并通过去卷积和传统降维方法揭示了肿瘤内部的复杂转录景观。	本文首次将空间转录组学技术应用于皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检，揭示了肿瘤内部的复杂空间转录组构成，这一发现对于理解肿瘤进展和治疗反应具有重要意义。	NA	旨在通过空间转录组学技术揭示皮肤恶性黑色素瘤的遗传异质性和肿瘤微环境交互作用，以深入理解肿瘤进展和治疗反应。	皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检样本	数字病理学	皮肤恶性黑色素瘤	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	超过2,200个组织域
16092	2024-08-07	Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Reveals Molecular Signatures of Heterogeneous Populations of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Endothelial Cells 2018-08-03, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.312913 PMID:29986945	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序揭示了人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的分子特征和异质性	首次使用大规模单细胞RNA测序技术详细分析了人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的转录异质性，并识别了四个主要亚群	目前的人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞分化协议效率低下，且存在异质性问题	通过单细胞RNA测序技术分析人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的转录异质性，以改进分化技术	人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞及其分化过程中的非内皮细胞类型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞
16093	2024-08-07	Discovery of biclonal origin and a novel oncogene SLC12A5 in colon cancer by single-cell sequencing 2014-Jun, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/cr.2014.43 PMID:24699064	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了一例结肠癌样本，揭示了肿瘤细胞群体中的两个独立克隆，并发现了一个新的致癌基因SLC12A5。	首次在单细胞层面提供了全外显子水平的证据，支持结肠癌可能具有双克隆起源，并表明在群体中低频突变在个体层面也可能发挥重要的促癌作用。	NA	通过单细胞测序技术揭示结肠癌的克隆关系并识别关键驱动基因。	结肠癌样本及其细胞群体。	数字病理学	结肠癌	单细胞测序	NA	基因组数据	22例（1例单细胞测序，21例全组织外显子测序）
16094	2024-08-05	Identification of cytokine-induced cell communications by pan-cancer meta-analysis 2023, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.16221 PMID:38054018	研究论文	本研究提供了一个关于不同癌症中细胞因子介导的细胞通讯的综合分析	开发了一种单细胞方法，揭示了84种细胞因子和受体的稳定细胞通讯	在不同癌症中细胞因子介导的细胞通讯的知识仍然有限	研究细胞因子与受体的相互作用及其在癌症中的作用	涉及41,900个细胞和32种TCGA癌症类型的样本	数字病理学	肿瘤	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	包括32种TCGA癌症类型的10,967个样本
16095	2024-08-05	Integration of Single-Cell Transcriptomics Data Reveal Differences in Cell Composition and Communication in Acne 2023, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S436776 PMID:38053721	研究论文	这篇文章探讨了痤疮患者与健康皮肤之间细胞组成和沟通模式的差异	揭示了痤疮患者中不同细胞群体的特征变化以及性别之间的细胞沟通差异	研究未涉及其他影响痤疮患者细胞特征和沟通的潜在因素	旨在为痤疮患者提供精确治疗的细胞比较数据	分析痤疮患者与健康皮肤中的细胞	数字病理学	痤疮	单细胞转录组测序	NA	细胞数据	分析了70,189个细胞
16096	2024-08-07	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data reveals epithelial-mesenchymal transition molecular subtype and signature to predict prognosis, immunotherapy efficacy, and drug candidates in low-grade gliomas 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1276466 PMID:38053842	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了低级别胶质瘤中上皮-间质转化（EMT）分子亚型及其特征，用于预测预后、免疫治疗效果和药物候选	本研究首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了低级别胶质瘤中EMT相关的分子亚型和预后特征，为个性化治疗和预后判断提供了新方法	本研究主要基于TCGA-LGG数据集，未来需要更多独立数据集的验证	探索低级别胶质瘤中基于EMT相关基因的分子亚型、免疫景观和预后特征，以促进治疗决策和药物发现	低级别胶质瘤（LGG）中的上皮-间质转化（EMT）相关基因及其在分子亚型、免疫景观和预后中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	共识聚类算法	基因表达数据	TCGA-LGG数据集
16097	2024-08-05	TTC22 as a potential prognostic marker and therapeutic target in pancreatic cancer: Insights into immune infiltration and epithelial‑mesenchymal transition 2024-Jan, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2023.14143 PMID:38034483	研究论文	本文探讨了TTC22在胰腺癌中的潜在预后标志物和治疗靶点的作用	首次揭示了TTC22在胰腺癌中的表达与临床参数及免疫浸润的负相关性	尚需进一步研究以明确TTC22在胰腺癌中的确切作用	研究TTC22在胰腺癌中的作用及其作为预后标志物的潜力	主要研究胰腺癌及其相关细胞系中的TTC22表达	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	临床数据和细胞系数据	NA
16098	2024-08-07	Molecular subtyping and characterization of clear cell renal cell carcinoma by tumor differentiation trajectories 2023-Dec-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108370 PMID:38034348	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，对透明细胞肾细胞癌进行分子亚型分类和特征分析	利用单细胞RNA测序技术，将透明细胞肾细胞癌细胞分为三个具有不同分子特征的亚群，并探讨了它们与治疗反应的关系	NA	深入理解透明细胞肾细胞癌的发病机制，并为基于分子亚型分析的优化治疗方案提供线索	透明细胞肾细胞癌的分子亚型及其特征	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	11个原发性透明细胞肾细胞癌样本
16099	2024-08-07	Development of a prognostic model to predict BLCA based on anoikis-related gene signature: preliminary findings 2023-Dec-04, BMC urology IF:1.7Q3 DOI:10.1186/s12894-023-01382-8 PMID:38049825	研究论文	本研究开发了一种基于anoikis相关基因签名的预测膀胱尿路上皮癌（BLCA）的预后模型	利用单细胞RNA测序技术，通过多变量Cox回归分析和风险评分模型，量化评估基因签名的预测能力	NA	提高膀胱尿路上皮癌患者的生存率	膀胱尿路上皮癌及其anoikis相关基因	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	基因表达数据	数据来自TCGA和GEO数据库，具体样本数量未在摘要中明确
16100	2024-08-05	Discovery of a novel lipid metabolism-related gene signature to predict outcomes and the tumor immune microenvironment in gastric cancer by integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2023-Dec-02, Lipids in health and disease IF:3.9Q2 DOI:10.1186/s12944-023-01977-y PMID:38042786	研究论文	本研究通过整合单细胞和大规模RNA测序，发现了一种新的脂质代谢相关基因特征以预测胃癌的结果和肿瘤免疫微环境	本文创新性地识别了258个与生存相关的差异表达脂质代谢相关基因，并开发了基于GPX3和NNMT的预测风险评分	研究可能受到样本大小和选择偏差的限制	本研究旨在发现胃癌的预测标志并研究其与肿瘤免疫微环境的相关性	研究对象为胃癌患者的转录组数据及临床信息	数字病理学	胃癌	RNA-seq	LASSO回归	基因组数据	来源于TCGA和GSE84437数据集的GC样本