单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 16041 - 16060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16041 | 2024-08-07 |
Molecular characteristics of circulating B cells and kidney cells at the single-cell level in special types of primary membranous nephropathy
2023-Dec, Clinical kidney journal
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/ckj/sfad215
PMID:38046035
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和单细胞B细胞受体测序，分析了特定类型原发性膜性肾病（pMN）患者循环B细胞和肾细胞的分子特征 | 发现了NEG患者中CD38+幼稚B细胞的扩增及其激活功能特征，以及免疫球蛋白M/D与IgG1之间的转换增加 | 研究仅基于一名NEG pMN患儿的样本，可能存在样本量不足的问题 | 揭示特定类型原发性膜性肾病患者循环B细胞和肾细胞的细胞类型特异性分子特征 | 特定类型原发性膜性肾病患者的循环B细胞和肾细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞转录组测序，单细胞B细胞受体测序 | NA | 单细胞数据 | 一名NEG pMN患儿及POS患者和健康对照个体的单细胞数据 |
| 16042 | 2024-08-07 |
Range of chromatin accessibility configurations are permissive of GABAergic fate acquisition in developing mouse brain
2023-Nov-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09836-x
PMID:38036964
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术研究了发育中的小鼠大脑中GABA能神经元的染色质可及性和mRNA表达，以理解不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性 | 本文首次定义了开放染色质区域的参考集，并整合了scATAC-seq和scRNA-seq数据，形成了一个统一的转录组和染色质可及性图谱资源 | NA | 研究不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性 | 发育中的小鼠大脑中的GABA能神经元 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | E14.5小鼠胚胎的端脑、中脑和前后脑的细胞类型 |
| 16043 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了Lrg1在脑缺血-再灌注损伤中的作用及其对多种细胞类型的调节机制 | 首次揭示了Lrg1通过调节多种细胞类型在脑缺血-再灌注损伤中的病理过程 | NA | 探索Lrg1在脑缺血-再灌注损伤中的作用及其机制，以寻找新的预防和治疗策略 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 野生型和Lrg1敲除小鼠 |
| 16044 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis unveils activation of mast cells in colorectal cancer microenvironment
2023-Nov-29, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01144-x
PMID:38031173
|
研究论文 | 本研究揭示了结肠直肠癌微环境中肥大细胞的激活情况 | 首次进行了对结肠直肠癌中肥大细胞的综合单细胞研究，发现肥大细胞表型的转变及其在肿瘤微环境中的作用 | 尚未明确肥大细胞在结肠直肠癌中的具体作用机制 | 探讨肥大细胞在结肠直肠癌中的异质性和影响 | 结肠直肠癌中的肥大细胞及其特征 | 数字病理学 | 结肠直肠癌 | 单细胞测序，空间转录组学，整体组织测序 | NA | NA | CRC和正常组织样本的比较，但具体样本数量未提及 |
| 16045 | 2024-08-07 |
FastCAR: fast correction for ambient RNA to facilitate differential gene expression analysis in single-cell RNA-sequencing datasets
2023-Nov-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09822-3
PMID:38030970
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FastCAR的计算方法，用于校正单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染，以促进细胞类型特异性差异基因表达分析 | FastCAR是专门为单细胞差异基因表达分析设计的，能够更有效地校正环境RNA带来的信号，减少假阳性结果 | NA | 开发和验证一种新的方法来校正单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 16046 | 2024-08-05 |
Comprehensive Transcriptomic Investigation of Rett Syndrome Reveals Increasing Complexity Trends from Induced Pluripotent Stem Cells to Neurons with Implications for Enriched Pathways
2023-Nov-21, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.3c06448
PMID:38027357
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研究论文 | 本研究对Rett综合症进行了全面的转录组调查，揭示了从诱导多能干细胞到神经元的复杂性趋势及其与富集通路的影响 | 该文章创新性地使用不同样本类型的转录组数据，揭示了基因表达的特定趋势和相关基因的差异表达 | 本研究的限制在于获取足够的患者数据的挑战 | 研究Rett综合症患者样本中基因表达的变化及其潜在的治疗策略 | 研究对象包括Rett综合症患者的四种不同样本类型，如诱导多能干细胞、分化神经祖细胞、分化神经元和死后脑组织 | 数字病理学 | Rett综合症 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 四种不同样本类型 |
| 16047 | 2024-08-07 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data to establish necroptosis-related lncRNA risk model and analyze the immune microenvironment in hepatocellular carcinoma
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22083
PMID:38034714
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研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，建立了与坏死性凋亡相关的长非编码RNA（lncRNA）风险模型，并分析了肝细胞癌中的免疫微环境 | 构建了一个基于8个坏死性凋亡相关lncRNA的预后标志物，该模型显示出良好的预测准确性 | NA | 探讨坏死性凋亡相关lncRNA作为肝细胞癌预后生物标志物的潜力 | 肝细胞癌中的坏死性凋亡相关lncRNA及免疫微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | LASSO算法和多元Cox回归分析 | RNA测序数据 | 使用了TCGA数据库中的肝细胞癌lncRNA表达谱数据及单细胞RNA测序数据 |
| 16048 | 2024-08-07 |
Single-cell and bulk RNA-sequencing analysis to predict the role and clinical value of CD36 in lung squamous cell carcinoma
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22201
PMID:38034730
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，探讨CD36在肺鳞状细胞癌中的作用及其临床价值 | 首次验证CD36在肺鳞状细胞癌检测中的作用，并发现其在癌症检测中具有高特异性和敏感性 | NA | 揭示CD36在肺鳞状细胞癌中的作用及其作为早期诊断标志物的潜力 | CD36在肺鳞状细胞癌中的表达及其与肿瘤预后、免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）、基因表达综合图谱（GEO）、人类蛋白质图谱（HPA）等资源的数据 |
| 16049 | 2024-08-07 |
Genome resequencing reveals the evolutionary history of garlic reproduction traits
2023-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhad208
PMID:38046855
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研究论文 | 本研究通过基因组重测序分析了134个具有广泛多样性的大蒜样本，探讨了大蒜两个主要与繁殖相关的性状——抽薹和花分化——的进化历史 | 研究发现了2.728亿个基因组变异，其中1.98亿个是新变异，并识别出与繁殖转变和花发育相关的多个候选基因，这些基因显示出明显的选择特征 | NA | 旨在深入了解通过无性繁殖的大蒜中繁殖性状的进化变化 | 大蒜的抽薹和花分化两个繁殖相关性状 | NA | NA | 基因组重测序 | NA | 基因组数据 | 134个大蒜样本 |
| 16050 | 2024-08-05 |
Core binding factor subunit β plays diverse and essential roles in the male germline
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1284184
PMID:38020932
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研究论文 | 这篇文章报告了核心结合因子亚单位β（CBFβ）在男性生殖系中的关键角色 | 揭示了CBFβ在未分化精原细胞中的多种功能，包括增殖、存活和生殖系维护 | 研究主要限于小鼠模型，尚不清楚其在人类中的具体作用 | 探讨CBFβ在青少年时期生殖系发育及精子生成过程中的作用 | 研究对象为小鼠模型中的男性生殖细胞 | 数字病理学 | 不育 | 条件性基因敲除（cKO） | NA | 空间转录组学 | 小鼠 |
| 16051 | 2024-08-05 |
Erratum: Atlas of human dental pulp cells at multiple spatial and temporal levels based on single-cell sequencing analysis
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1331650
PMID:38028768
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更正 | 本文是对先前文章的更正。 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16052 | 2024-08-05 |
Enhanced annotation of CD45RA to distinguish T cell subsets in single-cell RNA-seq via machine learning
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad159
PMID:38023329
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研究论文 | 本研究通过机器学习增强了CD45RA的注释，以区分单细胞RNA-seq中的T细胞亚群 | 采用机器学习训练CD45RA+/-分类器，首次实现了对T细胞scRNA-seq分析中的细胞类型注释 | 由于短读段映射到基因的困难，CD45RA的特征化仍存在一定的局限性 | 提高对T细胞亚群的准确识别与理解 | CD45RA阳性和阴性T细胞亚群的单细胞RNA表达数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 支持向量机 | mRNA计数数据 | NA |
| 16053 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis reveals specific neuronal transition during mouse corticogenesis
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1209320
PMID:38020907
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠皮层发生过程中的特定神经元转变 | 发现一个特定的细胞群体D-T-U，显示出在小鼠皮层发育过程中直接的深层与上层神经元转变 | 研究主要集中在小鼠和人类胚胎皮层，未能涵盖其他物种或发育阶段 | 探索小鼠皮层发育中的神经元转变机制 | 小鼠和人类胚胎皮层的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及小鼠和人类胚胎皮层的多个单细胞样本 |
| 16054 | 2024-08-05 |
Integrative analysis reveals a four-gene signature for predicting survival and immunotherapy response in colon cancer patients using bulk and single-cell RNA-seq data
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1277084
PMID:38023180
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研究论文 | 本研究开发了一个新的四基因预后模型，以预测结肠癌患者的生存率和免疫治疗反应 | 提出了一个基于四个独立预后基因的风险模型，并通过多种数据验证其临床意义 | 尽管模型经过训练和验证，但对不同癌症类型的普适性仍需进一步研究 | 利用单细胞RNA测序和批量转录组测序数据开发结肠癌的预后模型 | 结肠癌样本中的细胞类型及其基因表达特征 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA-seq | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 33,213个细胞 |
| 16055 | 2024-08-05 |
Multi-omics analysis reveals CLIC1 as a therapeutic vulnerability of gliomas
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1279370
PMID:38027011
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了氯离子通道1 (CLIC1) 在胶质瘤中的重要性和作为治疗靶点的潜力 | 通过多组学数据分析和实验验证，首次系统阐明了CLIC1在胶质瘤中的作用及其与治疗响应的关联 | 虽然揭示了CLIC1的治疗潜力，但受限于对肿瘤微环境和免疫反应的复杂性分析不足 | 研究CLIC1在胶质瘤中的功能及其作为潜在治疗靶点的可能性 | 主要研究对象为胶质瘤细胞系U251和U373 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 多组学分析，包括转录组学和单细胞转录组学 | NA | NA | 来自多个公共队列的胶质瘤多组学数据 |
| 16056 | 2024-08-05 |
A Macrophage-Related Gene Signature for Identifying COPD Based on Bioinformatics and ex vivo Experiments
2023, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S438308
PMID:38050560
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研究论文 | 本研究旨在探讨免疫细胞与COPD发展的关联，并根据免疫微环境的变化提供COPD的诊断新方法 | 构建了一个新的基于M0巨噬细胞相关基因的COPD诊断模型，具有良好的预测价值 | 样本量的多样性和外部验证集的性能差异可能限制模型的广泛应用 | 研究COPD的免疫微环境变化以及其对COPD诊断的影响 | 主要研究巨噬细胞及其相关基因在COPD患者中的作用 | 数字病理学 | COPD | 生物信息学, 单细胞测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 多个数据集，包含GSE20257和GSE10006等 |
| 16057 | 2024-08-05 |
Cellular crosstalk of macrophages and therapeutic implications in non-small cell lung cancer revealed by integrative inference of single-cell transcriptomics
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1295442
PMID:38044943
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研究论文 | 本研究描绘了非小细胞肺癌中巨噬细胞的细胞间相互作用及其治疗意义 | 首次生成了398170个细胞的单细胞图谱，揭示了巨噬细胞在肿瘤微环境中的适应能力及其肿瘤相关巨噬细胞亚型 | 研究主要集中于特定的肿瘤细胞和巨噬细胞，可能未能涵盖所有可能的相互作用 | 探讨非小细胞肺癌中巨噬细胞的角色以及其对免疫治疗的影响 | 52名非小细胞肺癌患者的单细胞及巨噬细胞特征 | 数字病理 | 非小细胞肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞 | 52名非小细胞肺癌患者，398170个细胞 |
| 16058 | 2024-08-07 |
Development of a diagnostic and risk prediction model for Alzheimer's disease through integration of single-cell and bulk transcriptomic analysis of glutamine metabolism
2023, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2023.1275793
PMID:38020758
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组分析谷氨酰胺代谢，开发了一种用于阿尔茨海默病诊断和风险预测的模型 | 本研究首次通过单细胞RNA测序和批量转录组分析，结合机器学习算法，识别了与谷氨酰胺代谢相关的特征基因，并构建了风险模型 | NA | 提高阿尔茨海默病的诊断和风险预测效果 | 阿尔茨海默病患者 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习算法（Boruta, LASSO, SVM-RFE） | 转录组数据 | NA |
| 16059 | 2024-08-07 |
Analysis of Nucleoporin 107 Overexpression and Its Association with Prognosis and Immune Infiltration in Lung Adenocarcinoma by Bioinformatics Methods
2023, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S441185
PMID:38021066
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法分析了核孔蛋白107（NUP107）在肺腺癌（LUAD）中的过表达及其与预后和免疫浸润的关系 | 首次阐明了NUP107在肺腺癌中的作用及其与细胞周期调控和免疫浸润的关联 | NA | 探讨NUP107在肺腺癌中的表达及其对预后和免疫浸润的影响 | 肺腺癌中的NUP107表达及其与预后和免疫浸润的关系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 实时定量聚合酶链反应（RT-qPCR），免疫组化（IHC） | NA | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 使用TCGA和多个GEO数据集进行分析 |
| 16060 | 2024-08-07 |
SCALA: A complete solution for multimodal analysis of single-cell Next Generation Sequencing data
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.10.032
PMID:38022693
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研究论文 | 本文介绍了SCALA，一个用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据分析和可视化的生物信息学工具 | SCALA支持单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据的独立或整合分析，并提供多种分析模块，如功能富集、细胞轨迹推断、配体-受体分析和调控网络重建 | SCALA主要以独立版本提供，在线服务的功能有限 | 开发一个全面的解决方案，用于单细胞下一代测序数据的多模态分析 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 数据表，可视化图表 | 与TNF驱动的关节炎小鼠相关的两个用例 |