单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16021	2024-08-07	Spatially Resolved Transcriptomics Enables Dissection of Genetic Heterogeneity in Stage III Cutaneous Malignant Melanoma 2018-10-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-0747 PMID:30154148	研究论文	本文采用空间转录组学技术（ST）对皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检样本进行转录组测序，成功测序了超过2,200个组织域的转录组，并通过去卷积和传统降维方法揭示了肿瘤内部的复杂转录景观。	本文首次将空间转录组学技术应用于皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检，揭示了肿瘤内部的复杂空间转录组构成，这一发现对于理解肿瘤进展和治疗反应具有重要意义。	NA	旨在通过空间转录组学技术揭示皮肤恶性黑色素瘤的遗传异质性和肿瘤微环境交互作用，以深入理解肿瘤进展和治疗反应。	皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检样本	数字病理学	皮肤恶性黑色素瘤	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	超过2,200个组织域
16022	2024-08-07	Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Reveals Molecular Signatures of Heterogeneous Populations of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Endothelial Cells 2018-08-03, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.312913 PMID:29986945	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序揭示了人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的分子特征和异质性	首次使用大规模单细胞RNA测序技术详细分析了人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的转录异质性，并识别了四个主要亚群	目前的人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞分化协议效率低下，且存在异质性问题	通过单细胞RNA测序技术分析人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的转录异质性，以改进分化技术	人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞及其分化过程中的非内皮细胞类型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞
16023	2024-08-07	Discovery of biclonal origin and a novel oncogene SLC12A5 in colon cancer by single-cell sequencing 2014-Jun, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/cr.2014.43 PMID:24699064	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了一例结肠癌样本，揭示了肿瘤细胞群体中的两个独立克隆，并发现了一个新的致癌基因SLC12A5。	首次在单细胞层面提供了全外显子水平的证据，支持结肠癌可能具有双克隆起源，并表明在群体中低频突变在个体层面也可能发挥重要的促癌作用。	NA	通过单细胞测序技术揭示结肠癌的克隆关系并识别关键驱动基因。	结肠癌样本及其细胞群体。	数字病理学	结肠癌	单细胞测序	NA	基因组数据	22例（1例单细胞测序，21例全组织外显子测序）
16024	2024-08-05	Identification of cytokine-induced cell communications by pan-cancer meta-analysis 2023, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.16221 PMID:38054018	研究论文	本研究提供了一个关于不同癌症中细胞因子介导的细胞通讯的综合分析	开发了一种单细胞方法，揭示了84种细胞因子和受体的稳定细胞通讯	在不同癌症中细胞因子介导的细胞通讯的知识仍然有限	研究细胞因子与受体的相互作用及其在癌症中的作用	涉及41,900个细胞和32种TCGA癌症类型的样本	数字病理学	肿瘤	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	包括32种TCGA癌症类型的10,967个样本
16025	2024-08-05	Integration of Single-Cell Transcriptomics Data Reveal Differences in Cell Composition and Communication in Acne 2023, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S436776 PMID:38053721	研究论文	这篇文章探讨了痤疮患者与健康皮肤之间细胞组成和沟通模式的差异	揭示了痤疮患者中不同细胞群体的特征变化以及性别之间的细胞沟通差异	研究未涉及其他影响痤疮患者细胞特征和沟通的潜在因素	旨在为痤疮患者提供精确治疗的细胞比较数据	分析痤疮患者与健康皮肤中的细胞	数字病理学	痤疮	单细胞转录组测序	NA	细胞数据	分析了70,189个细胞
16026	2024-08-07	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data reveals epithelial-mesenchymal transition molecular subtype and signature to predict prognosis, immunotherapy efficacy, and drug candidates in low-grade gliomas 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1276466 PMID:38053842	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了低级别胶质瘤中上皮-间质转化（EMT）分子亚型及其特征，用于预测预后、免疫治疗效果和药物候选	本研究首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了低级别胶质瘤中EMT相关的分子亚型和预后特征，为个性化治疗和预后判断提供了新方法	本研究主要基于TCGA-LGG数据集，未来需要更多独立数据集的验证	探索低级别胶质瘤中基于EMT相关基因的分子亚型、免疫景观和预后特征，以促进治疗决策和药物发现	低级别胶质瘤（LGG）中的上皮-间质转化（EMT）相关基因及其在分子亚型、免疫景观和预后中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	共识聚类算法	基因表达数据	TCGA-LGG数据集
16027	2024-08-05	TTC22 as a potential prognostic marker and therapeutic target in pancreatic cancer: Insights into immune infiltration and epithelial‑mesenchymal transition 2024-Jan, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2023.14143 PMID:38034483	研究论文	本文探讨了TTC22在胰腺癌中的潜在预后标志物和治疗靶点的作用	首次揭示了TTC22在胰腺癌中的表达与临床参数及免疫浸润的负相关性	尚需进一步研究以明确TTC22在胰腺癌中的确切作用	研究TTC22在胰腺癌中的作用及其作为预后标志物的潜力	主要研究胰腺癌及其相关细胞系中的TTC22表达	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	临床数据和细胞系数据	NA
16028	2024-08-07	Molecular subtyping and characterization of clear cell renal cell carcinoma by tumor differentiation trajectories 2023-Dec-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108370 PMID:38034348	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，对透明细胞肾细胞癌进行分子亚型分类和特征分析	利用单细胞RNA测序技术，将透明细胞肾细胞癌细胞分为三个具有不同分子特征的亚群，并探讨了它们与治疗反应的关系	NA	深入理解透明细胞肾细胞癌的发病机制，并为基于分子亚型分析的优化治疗方案提供线索	透明细胞肾细胞癌的分子亚型及其特征	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	11个原发性透明细胞肾细胞癌样本
16029	2024-08-07	Development of a prognostic model to predict BLCA based on anoikis-related gene signature: preliminary findings 2023-Dec-04, BMC urology IF:1.7Q3 DOI:10.1186/s12894-023-01382-8 PMID:38049825	研究论文	本研究开发了一种基于anoikis相关基因签名的预测膀胱尿路上皮癌（BLCA）的预后模型	利用单细胞RNA测序技术，通过多变量Cox回归分析和风险评分模型，量化评估基因签名的预测能力	NA	提高膀胱尿路上皮癌患者的生存率	膀胱尿路上皮癌及其anoikis相关基因	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	基因表达数据	数据来自TCGA和GEO数据库，具体样本数量未在摘要中明确
16030	2024-08-05	Discovery of a novel lipid metabolism-related gene signature to predict outcomes and the tumor immune microenvironment in gastric cancer by integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2023-Dec-02, Lipids in health and disease IF:3.9Q2 DOI:10.1186/s12944-023-01977-y PMID:38042786	研究论文	本研究通过整合单细胞和大规模RNA测序，发现了一种新的脂质代谢相关基因特征以预测胃癌的结果和肿瘤免疫微环境	本文创新性地识别了258个与生存相关的差异表达脂质代谢相关基因，并开发了基于GPX3和NNMT的预测风险评分	研究可能受到样本大小和选择偏差的限制	本研究旨在发现胃癌的预测标志并研究其与肿瘤免疫微环境的相关性	研究对象为胃癌患者的转录组数据及临床信息	数字病理学	胃癌	RNA-seq	LASSO回归	基因组数据	来源于TCGA和GSE84437数据集的GC样本
16031	2024-08-07	Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations 2023-Dec-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43758-2 PMID:38042900	研究论文	研究分析了2个月大婴儿在接种疫苗前、接种后一周和一个月的免疫反应，发现婴儿对疫苗的抗体反应具有异质性，且全血转录组分析显示接种后7天干扰素刺激基因和炎症基因表达增加，一个月后恢复正常。	首次通过全血转录组分析和单细胞RNA测序揭示了婴儿接种疫苗后的免疫反应动态变化。	研究仅限于2个月大的婴儿，且样本量较小，可能影响结果的普遍性。	探究婴儿在接种常规疫苗后的免疫反应及其转录组变化。	2个月大的婴儿及其接种疫苗后的免疫反应。	免疫学	NA	全血转录组分析，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，单细胞RNA数据	两个队列的2个月大婴儿
16032	2024-08-05	Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve 2023-Dec-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43600-9 PMID:38040768	研究论文	提出了一种算法Redeconve，用于以单细胞分辨率解卷积空间转录组数据	Redeconve能够在细胞状态层面识别大量精细的细胞状态，这在现有方法中尚属首次	当前方法依赖于细胞类型分辨率，难以处理复杂细胞状态	旨在提高空间转录组数据的解卷积精度和分辨率	主要研究人类胰腺癌数据集和淋巴结样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据	包含不同空间转录组平台和数据集的多样化样本
16033	2024-08-05	MLKL deficiency alleviates neuroinflammation and motor deficits in the α-synuclein transgenic mouse model of Parkinson's disease 2023-Dec-01, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-023-00686-5 PMID:38041169	研究论文	本研究探讨了MLKL缺失对帕金森病小鼠模型中的神经炎症和运动缺陷的影响	揭示了MLKL在帕金森病中的神经保护作用，并指出其作为潜在治疗靶点的重要性	未具体阐明MLKL在PD其他机制中的作用	研究MLKL缺失对帕金森病模型小鼠的影响	使用MLKL缺失的小鼠模型（Tg-Mlkl）进行研究	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	转基因小鼠模型	基因表达数据	包括多个Tg-Mlkl小鼠及经典A53T转基因小鼠的样本
16034	2024-08-05	SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors 2023-Dec-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43498-3 PMID:38040699	研究论文	这篇文章研究了SMARCB1缺失如何在恶性横纹肌肉瘤中激活患者特异性远端致癌增强子。	该研究揭示了SMARCB1缺失导致的调控景观重新塑造以及MYC致癌基因的患者特异性增强子利用。	目前尚不清楚这些发现如何影响治疗策略的应用。	研究SMARCB1缺失对恶性横纹肌肉瘤的遗传调控机制的影响。	研究对象为患者衍生的恶性横纹肌肉瘤（MRT）类器官。	数字病理学	恶性横纹肌肉瘤	多组学分析	NA	组织样本	患者衍生的MRT类器官和患者MRT组织
16035	2024-08-05	Glucose transporter 3 (GLUT3) promotes lactylation modifications by regulating lactate dehydrogenase A (LDHA) in gastric cancer 2023-Dec-01, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-023-03162-8 PMID:38041125	研究论文	这项研究探讨了GLUT3在胃癌中通过调节LDHA促进乳酸化修饰的作用	研究首次揭示了GLUT3和组蛋白乳酸化之间的关系，提出GLUT3作为胃癌的新诊断标志物和治疗靶点	研究主要依赖于细胞系和动物模型，临床验证不足	调查GLUT3与胃癌发生发展中组蛋白乳酸化的关系	主要肿瘤、肿瘤旁正常组织及转移肿瘤组织中的GLUT3和LDHA表达	数字病理学	胃癌	单细胞测序、免疫组化、转筛和划痕实验、西方印迹	NA	细胞和组织样本	包括初级肿瘤、肿瘤旁正常组织和转移肿瘤组织的样本
16036	2024-08-05	Predictive and prognostic biomarkers of bone metastasis in breast cancer: current status and future directions 2023-Dec-01, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-023-01171-8 PMID:38041134	综述	本文回顾了乳腺癌骨转移的流行病学、诊断工具和治疗方法，并讨论了几个具有预测和预后价值的生物标志物	提出了一些新生物标志物，特别适合与液体活检结合，具有临床应用潜力	没有明确提到具体的实验数据和样本分析	探讨乳腺癌骨转移的生物标志物及其临床应用前景	以乳腺癌骨转移的生物标志物为研究对象	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序，类器官模型	动物模型	NA	NA
16037	2024-08-05	Transformation of non-neuritic into neuritic plaques during AD progression drives cortical spread of tau pathology via regenerative failure 2023-12-01, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-023-01688-6 PMID:38037144	研究论文	该文章探讨了非神经性淀粉样斑块在阿尔茨海默病进展中的转变如何通过再生失败驱动tau病理的皮层传播	文章提出非神经性斑块向神经性斑块的转变是阿尔茨海默病进展中的关键事件，并暗示再生失败可能是这一过程的驱动因素	研究主要基于尸检样本，可能存在样本偏倚以及区域特异性的差异	旨在揭示阿尔茨海默病中淀粉样蛋白和tau蛋白的相互作用机制	研究对象为阿尔茨海默病患者的尸检脑标本	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	脑标本	来自阿尔茨海默病患者的尸检脑样本，具体数量不详
16038	2024-08-05	Urinary single-cell sequence analysis of the urinary macrophage in different outcomes of membranous nephropathy 2023-Dec, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfad132 PMID:38046013	研究论文	本研究分析了不同结果的膜性肾病患者尿液中的单细胞序列。	首次描绘了健康个体与膜性肾病患者在尿液细胞图谱上的差异。	样本量较小，仅限于12名健康对照和15名膜性肾病患者。	研究膜性肾病不同结果的机制。	分析了12名健康对照和15名膜性肾病患者的尿液细胞。	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	27个样本（12名健康对照和15名膜性肾病患者）
16039	2024-08-05	scPipe: an extended preprocessing pipeline for comprehensive single-cell ATAC-Seq data integration in R/Bioconductor 2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad105 PMID:38046273	研究论文	scPipe是一个灵活的R/Bioconductor软件包，用于分析单细胞ATAC-Seq数据。	扩展了scPipe的预处理能力，以处理新的单细胞技术，包括单细胞ATAC-Seq和多模态数据。	NA	旨在提供一个全面的单细胞ATAC-Seq数据预处理流程。	单细胞ATAC-Seq数据。	数字病理学	NA	ATAC-Seq	NA	计数矩阵	NA
16040	2024-08-07	Unraveling FOXO3a and USP18 Functions in Idiopathic Pulmonary Fibrosis through Single-Cell RNA Sequencing of Mouse and Human Lungs 2023-Dec, Global medical genetics IF:1.2Q4 DOI:10.1055/s-0043-1776697 PMID:38025194	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了FOXO3a和USP18在特发性肺纤维化中的作用及其对成纤维细胞功能的影响	揭示了FOXO3a和USP18在成纤维细胞中的协同失调对特发性肺纤维化的病理改变的重要贡献，为该疾病的治疗提供了新的潜在途径	NA	阐明FOXO3a和USP18在特发性肺纤维化中的作用，探索其对成纤维细胞功能的调控机制	FOXO3a和USP18在特发性肺纤维化中的作用及其对成纤维细胞功能的影响	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠和人类的肺部样本