单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16001	2024-08-07	Cortical overgrowth in a preclinical forebrain organoid model of CNTNAP2-associated autism spectrum disorder 2021-09-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24358-4 PMID:34471112	研究论文	本研究利用从患有综合征型自闭症谱系障碍（ASD）的患者诱导多能干细胞生成的前脑类器官，研究了CNTNAP2基因突变对胚胎期皮层发育的影响	首次使用前脑类器官模型研究CNTNAP2突变对ASD的影响，并成功利用CRISPR-Cas9技术纠正突变以恢复类器官的生长表型	NA	研究CNTNAP2基因突变对自闭症谱系障碍患者胚胎期皮层发育的影响	前脑类器官及单细胞RNA测序数据	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	细胞	从患有CNTNAP2基因突变的ASD患者中获取的诱导多能干细胞生成的前脑类器官
16002	2024-08-07	Extrathymic Aire-expressing cells support maternal-fetal tolerance 2021-07-16, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abf1968 PMID:34272228	研究论文	研究探讨了AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用，发现母体中AIRE表达细胞的缺失会导致小鼠早期妊娠中的宫内生长受限	报道了一种维持母体-胎儿免疫稳态的新机制，并证明外胸腺AIRE表达细胞（eTACs）保护胚胎免受免疫介导的宫内生长受限	NA	研究AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用	AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠妊娠模型
16003	2024-08-07	Smek1 deficiency exacerbates experimental autoimmune encephalomyelitis by activating proinflammatory microglia and suppressing the IDO1-AhR pathway 2021-Jun-28, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-021-02193-0 PMID:34183017	研究论文	研究探讨了抑制MEK1的调节亚基SMEK1的部分功能丧失如何促进多发性硬化症（MS）和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发病机制	首次揭示了Smek1在维持免疫抑制功能中的作用，并通过调节吲哚胺2,3-双加氧酶（IDO1）-芳香烃受体（AhR）途径来保护自身免疫性脱髓鞘病理过程	NA	探究SMEK1基因缺陷如何影响MS和EAE的发病	C57BL/6小鼠	NA	多发性硬化症	免疫组织化学染色、定量聚合酶链反应（qPCR）、蛋白质印迹分析、酶联免疫吸附试验（ELISA）、流式细胞术、单细胞测序	NA	组织样本	C57BL/6小鼠接种髓鞘少突胶质细胞糖蛋白35-55（MOG35-55）后的EAE模型
16004	2024-08-07	Differential RA responsiveness among subsets of mouse late progenitor spermatogonia 2021-05-05, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-21-0031 PMID:33835049	研究论文	本文研究了小鼠晚期生殖干细胞在不同子集对视黄酸（RA）的反应差异	首次功能性地测试了表达视黄酸受体γ（RARG）的生殖干细胞对RA的反应，并发现RARG单独不足以在小鼠睾丸中启动生殖干细胞对RA的反应	NA	探究小鼠晚期生殖干细胞在不同子集对视黄酸的反应差异	小鼠晚期生殖干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个小鼠睾丸样本
16005	2024-08-07	Single-Cell Sequencing of Brain Cell Transcriptomes and Epigenomes 2021-01-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2020.12.010 PMID:33412093	research paper	本文讨论了单细胞转录组和表观基因组测序的基本原理、数据的整合计算分析以及在神经科学中的关键应用	单细胞测序技术通过直接测量数千到数百万个单个细胞中的多种分子特征，全面表征了脑细胞类型的多样性，揭示了塑造细胞身份的基因调控机制	NA	深入理解神经回路的细胞构成，揭示脑细胞群体之间的发育和进化关系	脑细胞的转录组和表观基因组	digital pathology	NA	单细胞测序	NA	转录组和表观基因组数据	数千到数百万个单个细胞
16006	2024-08-07	Genomic Profiling of Virulence in the Soybean Cyst Nematode Using Single-Nematode Sequencing 2021-Jan, Phytopathology IF:2.6Q2 DOI:10.1094/PHYTO-08-20-0348-FI PMID:33100145	研究论文	本研究使用单个线虫的单细胞RNA测序方法，分析了豆杆囊线虫（SCN）的基因组特征，以识别可能参与抗性基因突破的SCN基因	首次建立了单个SCN个体的完整转录组，并识别出一系列针对主要SCN抗性源的假定毒力基因	NA	旨在揭示豆杆囊线虫克服抗性基因的机制	豆杆囊线虫（SCN）及其在抗性大豆品种上的毒力基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个SCN个体
16007	2024-08-07	Pattern Recognition Receptors (PRRs) in Macrophages Possess Prognosis and Immunotherapy Potential for Melanoma 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.765615 PMID:34858419	研究论文	本研究分析了20种典型的模式识别受体（PRRs）在9502名患者33种肿瘤样本中的表达，并构建了基于PRRs表达的皮肤黑色素瘤（SKCM）预后模型，探讨了PRRs在黑色素瘤中的预后潜力和免疫治疗价值。	首次全面评估了PRRs家族在不同癌症临床预后中的意义，并发现PRRs在黑色素瘤中的表达与预后呈显著正相关，且PRR-based Cox模型比单一PRR具有更好的预后潜力。	研究主要集中在皮肤黑色素瘤，对其他肿瘤类型的PRRs预后潜力分析较少。	探讨PRRs在黑色素瘤中的预后潜力和免疫治疗价值。	分析PRRs在不同肿瘤中的表达及其对预后和免疫治疗的影响。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序	Cox预后模型	基因表达数据	9502名患者的肿瘤样本
16008	2024-08-07	Single cell characterization of B-lymphoid differentiation and leukemic cell states during chemotherapy in ETV6-RUNX1-positive pediatric leukemia identifies drug-targetable transcription factor activities 2020-11-20, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-020-00799-2 PMID:33218352	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定了可作为药物靶点的转录因子活性。	本文首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ETV6-RUNX1阳性白血病中B淋巴细胞分化路径上的转录因子活性，并发现了与化疗耐药性相关的细胞周期状态和分化相关调控网络的变化。	NA	研究ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定可作为药物靶点的转录因子活性。	ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中的B淋巴细胞分化和白血病细胞状态。	数字病理学	儿童白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
16009	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma 2020-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18916-5 PMID:33033240	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱尿路上皮癌样本，揭示了肿瘤微环境中细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示膀胱尿路上皮癌中炎症相关成纤维细胞（iCAFs）在肿瘤进展中的作用及其与不良预后的关联	NA	探究膀胱尿路上皮癌中肿瘤微环境的作用及其对临床预后的影响	膀胱尿路上皮癌的肿瘤微环境及其中不同细胞类型的功能	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8个肿瘤样本和3个肿瘤旁样本
16010	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of tumor and stromal compartments of pancreatic ductal adenocarcinoma primary tumors and metastatic lesions 2020-09-29, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-020-00776-9 PMID:32988401	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤和基质成分的转录组	首次对PDAC原发肿瘤和转移病灶的单细胞转录组进行了全面分析，并使用了一种新的监督分类算法SuperCT来识别不同的细胞类型	研究主要集中在原发肿瘤和转移病灶的组织样本上，未涉及其他类型的样本	深入了解胰腺导管腺癌的细胞组成及其与疾病进展和患者预后的关系	胰腺导管腺癌的原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤细胞和基质细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	SuperCT	转录组	来自PDAC患者的原发肿瘤和转移活检样本中的单个细胞
16011	2024-08-07	Frataxin gene editing rescues Friedreich's ataxia pathology in dorsal root ganglia organoid-derived sensory neurons 2020-08-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17954-3 PMID:32826895	研究论文	本文通过体外分化人诱导多能干细胞（iPSCs）生成背根神经节类器官（DRG organoids），并研究了弗里德赖希共济失调（FRDA）病理学中Frataxin基因编辑的修复作用。	首次展示了通过去除FXN基因第一内含子中的抑制染色质，可以恢复FXN总表达并完全逆转FRDA背根神经节神经元的病理特征。	NA	研究Frataxin基因编辑在修复弗里德赖希共济失调病理学中的作用。	背根神经节类器官（DRG organoids）及其衍生的感觉神经元。	数字病理学	弗里德赖希共济失调	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA	人诱导多能干细胞（iPSCs）
16012	2024-08-07	CD200 promotes immunosuppression in the pancreatic tumor microenvironment 2020-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2019-000189 PMID:32581043	研究论文	本文研究了CD200在胰腺肿瘤微环境中促进免疫抑制的作用	首次揭示了CD200在胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中通过促进髓源抑制细胞（MDSC）的扩增和活性来限制免疫治疗反应	NA	探讨CD200在胰腺导管腺癌微环境中的免疫抑制作用及其对免疫治疗反应的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者及小鼠模型	数字病理学	胰腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	包括人类胰腺癌细胞系、患者血液样本、小鼠肿瘤模型及健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMC）
16013	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis of Mouse Liver Cell-Specific Tropism and Transcriptional Dysregulation Following Intravenous Administration of AAVrh.10 Vectors 2020-05, Human gene therapy IF:3.9Q2 DOI:10.1089/hum.2019.366 PMID:32143547	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了静脉注射AAVrh.10载体后小鼠肝脏细胞特异性趋向性和转录失调	首次详细描述了AAVrh.10载体在小鼠肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调情况	仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	评估AAVrh.10载体在肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调	小鼠肝脏细胞	基因工程	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共46,500个肝脏细胞
16014	2024-08-07	Tissue substructure-specific deposition of the β3-containing laminin-332 in the biliary epithelium of human and mouse livers 2020-04-02, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.01.104 PMID:32008745	研究论文	本文通过分析公开的单细胞RNA测序数据库，揭示了人肝细胞中层粘连蛋白基因的表达情况，特别是层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的共表达情况，并探讨了其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。	首次揭示了层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的异质性表达，并证实了其在小鼠肝脏中的异质性表达与胆道上皮细胞的形态学亚结构有关。	研究主要基于公共数据库的分析，缺乏直接的实验验证，且仅探讨了生理条件下的功能，未涉及病理条件下的作用。	探讨层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的表达及其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。	人肝细胞和胆道上皮细胞中的层粘连蛋白-332亚基表达情况。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
16015	2024-08-07	Single-cell analysis of transcriptome and DNA methylome in human oocyte maturation 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0241698 PMID:33152014	研究论文	本文通过单细胞转录组和DNA甲基组数据分析，研究了人类卵母细胞成熟过程中基因调控的机制	首次探讨了非CpG甲基化在卵母细胞成熟中的潜在调控作用，并发现DNMT3B基因在成熟卵母细胞中的上调可能与非CpG甲基化增加有关	NA	深入理解人类卵母细胞成熟过程中的基因调控机制，并促进体外成熟技术的发展	人类卵母细胞在不同成熟阶段的单细胞转录组和甲基组数据	NA	NA	单细胞转录组分析，单细胞甲基组分析	NA	转录组数据，甲基组数据	1,077个基因在成熟卵母细胞中上调
16016	2024-08-07	Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma 2019-Oct-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.003 PMID:31675496	研究论文	本研究结合两种单细胞RNA测序技术，分析了肝细胞癌患者五个免疫相关部位的CD45免疫细胞转录组	首次揭示了LAMP3树突状细胞在肿瘤与淋巴结间的迁移潜力及其对多种淋巴细胞亚型的调控作用	NA	深入了解肝细胞癌的免疫微环境	肝细胞癌患者的免疫细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自五个不同部位的肝细胞癌患者样本
16017	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals novel gene expression signatures of trastuzumab treatment in HER2+ breast cancer: A pilot study 2019-Jun, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000015872 PMID:31261495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的基因表达谱变化	首次在单细胞水平上研究了曲妥珠单抗治疗患者的转录组特征，揭示了新的基因表达特征及其在乳腺癌和心脏毒性中的作用	作为一项试点研究，样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探索曲妥珠单抗治疗HER2阳性乳腺癌的分子机制及其引起的心脏毒性	HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的单细胞转录组	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	461个差异表达基因
16018	2024-08-07	Evaluation of Weng et al.: Leveraging Cell Type Correlations and Single-Cell Bioinformatics to Identify Progenitor Diversity and Lineage 2019-05-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.04.011 PMID:31051125	评论	本文是对Weng等人2019年发表的关于单细胞转录组学研究中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素的同行评审过程的展示	NA	NA	展示对Weng等人研究的同行评审过程	单细胞转录组学研究的中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素	单细胞生物信息学	胶质瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
16019	2024-08-07	Single-Cell Analysis Reveals Heterogeneity of High Endothelial Venules and Different Regulation of Genes Controlling Lymphocyte Entry to Lymph Nodes 2019-03-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.042 PMID:30865898	研究论文	本文通过全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术和免疫组织荧光技术，揭示了成年小鼠外周淋巴结中高内皮微静脉（HEVs）在稳态、抗原刺激和淋巴毒素-β受体（LTβR）信号抑制条件下的异质性	本文首次揭示了HEV内皮细胞在稳态下的激活状态，并识别了区分化HEV表型的特征基因，同时发现LTβR信号调节许多HEV基因和途径，以及免疫刺激诱导HEVs的全球性和暂时性炎症表型	NA	研究HEVs在不同条件下的异质性和基因调控	高内皮微静脉（HEVs）及其在淋巴结中的功能	数字病理学	NA	全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术、免疫组织荧光	NA	RNA	成年小鼠外周淋巴结样本
16020	2024-08-07	IL22 Inhibits Epithelial Stem Cell Expansion in an Ileal Organoid Model 2019, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2018.06.008 PMID:30364840	研究论文	本文研究了白细胞介素22（IL22）在回肠类器官模型中对上皮干细胞扩张的影响。	首次探讨了IL22对肠道干细胞（ISCs）及其介导的组织修复的影响。	研究主要基于小鼠回肠类器官模型，可能与人类疾病存在差异。	探讨IL22在克罗恩病中对肠道干细胞的影响及其机制。	回肠类器官、肠道干细胞（ISCs）和过渡放大（TA）前体细胞。	数字病理学	炎症性肠病	定量逆转录聚合酶链反应、免疫染色、单细胞RNA测序	NA	类器官、单细胞	使用小鼠回肠类器官和IL22转基因小鼠进行实验。