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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1581 | 2026-05-29 |
Single-cell profiling uncovers kaempferol-mediated immunoregulation in the protection against experimental autoimmune hepatitis
2026-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158240
PMID:42066574
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示山奈酚在实验性自身免疫性肝炎中的免疫调节保护机制 | 首次利用单细胞RNA测序和CyTOF技术,在单细胞水平全面揭示山奈酚通过调控M2巨噬细胞扩增、上调Acod1和清除致病性CD8+记忆T细胞亚群缓解自身免疫性肝炎的免疫调节机制 | 基于小鼠模型,其结果向人类的转化需进一步验证;且未对山奈酚的剂量-效应关系及长期安全性进行探讨 | 探究山奈酚缓解实验性自身免疫性肝炎的治疗效果和免疫调节机制 | ConA诱导的实验性自身免疫性肝炎小鼠模型及其肝脏免疫微环境中的免疫细胞 | 免疫学,单细胞组学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序,CyTOF,抗体微阵列,多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,免疫细胞蛋白标志物数据,细胞因子数据 | 涉及ConA诱导的小鼠模型,具体样本数量未在摘要中明确提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用单细胞RNA测序和CyTOF技术,但未提及具体平台产品型号 |
| 1582 | 2026-05-29 |
Spatially resolved multi-omics reveals that paeoniflorin ameliorates IgA nephropathy via Oat, Aco1 and Fh-mediated metabolic reprogramming and tubuloimmune crosstalk
2026-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158263
PMID:42096999
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研究论文 | 通过空间代谢组学和空间转录组学整合分析,揭示芍药苷通过Oat、Aco1和Fh介导的代谢重塑及肾小管-免疫交互改善IgA肾病的分子机制 | 首次采用空间多组学技术揭示芍药苷在IgA肾病中肾皮质区域特异的代谢重编程和转录调控机制,阐明了其通过干扰三羧酸循环及上调精氨酸和脯氨酸代谢发挥治疗作用 | 研究数据主要来源于大鼠模型,缺乏临床样本验证;空间多组学技术分辨率有限,可能遗漏部分细胞层面的异质性信息 | 阐明中药单体芍药苷治疗IgA肾病的空间分子机制 | IgA肾病大鼠模型及体外细胞实验 | 数字病理学 | IgA肾病 | 空间代谢组学、空间转录组学、多组学整合分析 | NA | 空间代谢数据、空间转录数据 | Wistar大鼠IgA肾病模型(具体数量未提及) | NA | 空间转录组学、空间代谢组学 | NA | NA |
| 1583 | 2026-05-29 |
Aqueous extract of Solanum nigrum L. restrains colorectal cancer progression by blocking cancer-associated fibroblast-induced STAT3-Annexin A2 signaling
2026-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158257
PMID:42097000
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现,龙葵水提物通过抑制STAT3-Annexin A2信号通路,阻断癌症相关成纤维细胞诱导的结直肠癌进展 | 首次整合单细胞RNA测序和TMT蛋白质组学,揭示龙葵活性成分(茄碱和茄边碱)通过直接靶向STAT3调控ANXA2转录,从而抑制结直肠癌转移的分子机制 | 未说明具体局限性 | 系统研究龙葵水提物的生物活性化学成分及其抗结直肠癌转移的分子机制 | 结直肠癌细胞及小鼠模型 | 机器学习 | 结直肠癌 | NGS, RNA-seq | NA | 图像, 文本 | 皮下异种移植瘤模型、APCMin/+小鼠、实验性转移模型等多种小鼠模型 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 散装RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | NA |
| 1584 | 2026-05-29 |
The Sig27 multigene stratifies breast cancer fatality risk via reflecting tumor-associated immune suppressive features
2026-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102820
PMID:42150332
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研究论文 | 本研究评估了源自前列腺癌的27基因面板Sig27在乳腺癌中的生物标志物潜力 | 首次证明Sig27多基因面板能够通过反映肿瘤相关免疫抑制特征来分层乳腺癌致死风险,并发现其预测价值在21种癌症类型中具有普适性 | 未提及具体局限性 | 评估Sig27基因面板在乳腺癌中的预后生物标志物潜力及其与免疫调控的关联 | 小鼠原位乳腺癌肿瘤、13,103例原发性乳腺癌、60例转移性乳腺癌、780例正常乳腺组织、肿瘤相关巨噬细胞、调节性T细胞和耗竭CD8⁺T细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 13,103例原发性乳腺癌、60例转移性乳腺癌、780例正常乳腺组织、6734例批量RNA-seq样本、2716例乳腺癌样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1585 | 2026-05-29 |
Epigenetic Information Loss and Chronosenescence in Liver Aging: From Molecular Mechanisms to Therapeutic Interventions
2026-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202504570RR
PMID:42205070
|
综述 | 本文综述了表观遗传信息丢失和生物钟衰退在肝脏老化中的分子机制及治疗干预策略 | 首次提出“染色质衰老”概念,将肝脏老化定义为调控信息和时序协调紊乱,并整合单细胞多组学、空间转录组学和CRISPR表观遗传编辑等前沿技术证据 | 人类直接因果证据有限,大部分抗衰老策略仍处于临床前或早期转化阶段 | 建立肝脏老化的统一框架,确定可干预的关键节点,为转化医学提供路线图 | 肝脏老化过程中的表观遗传变化、生物钟衰退、代谢功能障碍及其相互关系 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞多组学、空间转录组学、CRISPR表观遗传编辑 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞多组学、空间转录组学 | 10x Chromium | 单细胞多组学和空间转录组学技术平台 |
| 1586 | 2026-05-29 |
Machine learning identifies key cells and therapeutic targets during ferroptosis after spinal cord injury
2026-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00037
PMID:39104165
|
研究论文 | 利用机器学习识别脊髓损伤后铁死亡过程中的关键细胞及治疗靶点 | 首次通过机器学习算法(随机森林和LASSO)从转录组数据中筛选出Atf3和Piezo1作为脊髓损伤后铁死亡的关键基因,并结合单细胞RNA测序揭示其与巨噬细胞/小胶质细胞状态转变的密切关系,验证了低剂量环己酰亚胺的治疗效果 | 未提及明显局限性 | 探索脊髓损伤后铁死亡的细胞机制并寻找潜在治疗靶点 | 脊髓损伤后的巨噬细胞/小胶质细胞及其铁死亡相关基因表达 | 机器学习 | 脊髓损伤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接 | 随机森林, LASSO | 批量RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 | GSE47681、GSE5296批量RNA测序数据及GSE162610单细胞RNA测序数据;小鼠T8脊髓损伤模型 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1587 | 2026-05-29 |
RBAD: The first database dedicated alterations of blood RNA in individuals with Alzheimer's disease and their clinical relevance
2026-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01165
PMID:40145964
|
研究论文 | 开发了首个专注于阿尔茨海默病患者血液RNA变化的数据库RBAD,并分析了其临床相关性 | 首次构建了基于1468例血样、涵盖多种RNA测序数据的阿尔茨海默病血液RNA数据库,并整合了超过11百万次比较与关联分析 | 未在摘要中明确说明局限性 | 探究阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床意义 | 阿尔茨海默病患者及小鼠模型的血液样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, microRNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 1468例血液样本(来自人类和小鼠研究) | NA | bulk RNA-seq, microRNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1588 | 2026-05-29 |
Single-cell RNA sequencing of the post-spinal cord injury dorsal root ganglia in cynomolgus monkeys: Elucidation of the cellular immune microenvironment of the central nervous system
2026-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00974
PMID:40145972
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术对食蟹猴脊髓损伤后背根神经节的细胞免疫微环境进行全面分析 | 首次对食蟹猴脊髓损伤后背根神经节进行全面的转录组分析,涵盖几乎所有细胞类型,并揭示了巨噬细胞亚群在轴突再生中的调控作用 | 研究基于食蟹猴模型,可能不完全适用于人类;部分细胞亚群的功能仍需进一步实验验证 | 阐明脊髓损伤后背根神经节免疫细胞微环境的变化及其对轴突再生的影响机制 | 食蟹猴中胸段挫伤模型后的背根神经节和脊髓组织 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA-seq | 降维聚类分析、细胞轨迹分析、伪时间分析、配体-受体对分析 | 单细胞转录组数据 | 食蟹猴中胸段挫伤模型(具体样本数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1589 | 2026-05-29 |
Modulation of mitochondrial dysfunction: Mechanisms and strategies for the use of natural products to treat stroke
2026-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-25-00016
PMID:40618255
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综述 | 系统综述了天然产物通过调控线粒体功能障碍治疗脑卒中的机制与策略 | 首次系统总结了天然产物通过多靶点调控线粒体生物合成、动力学平衡、自噬、凋亡、氧化应激及细胞间线粒体转运等机制发挥神经保护作用的证据,并提出结合单细胞测序和类器官模型等新技术的研究方向 | 成分复杂性导致标准化困难、跨区域临床数据不足、缺乏长期安全性评估,临床转化面临挑战 | 阐明天然产物通过靶向线粒体功能障碍治疗脑卒中的分子机制,为开发新型抗卒中药提供理论支持 | 线粒体功能障碍的动态调控过程(包括线粒体生物合成、融合/分裂、线粒体自噬、凋亡、氧化应激及细胞间线粒体转运)及天然产物(如虫草、羟基红花黄色素A、人参皂苷Rb3、绞股蓝皂苷XVII、银杏内酯K、灯盏花素、大黄酚) | 自然语言处理 | 脑卒中 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1590 | 2026-05-29 |
scIMGCN: an Automatic Single-Cell Type Annotation Method Based on Interpretable Graph Convolutional Network
2026-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00738-y
PMID:40682757
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研究论文 | 提出一种基于可解释图卷积网络的单细胞类型自动注释方法scIMGCN | 通过网络增强技术提升图结构表示,使用改进的Transformer模块解决长程依赖问题,基于KAN的GCN变体增强特征表示和非线性,以及引入可解释性掩码机制提高模型透明度 | 未提供明显局限性说明 | 开发一种自动、高精度且可解释的单细胞类型注释方法 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图卷积网络、Transformer、KAN | 基因表达数据 | 十个真实数据集(未具体说明样本量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1591 | 2026-05-29 |
Clustering Single-Cell RNA-Seq Data with Low-Rank Matrix Factorization and Local Graph Regularization
2026-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00762-y
PMID:40897868
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研究论文 | 提出一种结合低秩矩阵分解与局部图正则化的单细胞RNA测序数据聚类算法 | 采用三分解策略得到对齐核心矩阵,并通过局部流形正则化项在低维空间中表征细胞间距离,使用Schatten p-范数替代核范数以增强对噪声和异常值的鲁棒性,最后应用角度对齐策略获得相似矩阵 | 未明确提及局限性 | 提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和鲁棒性,以准确识别细胞类型 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 低秩矩阵分解、局部图正则化 | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1592 | 2026-05-29 |
Interpretable Multi-task Analysis of Single-Cell RNA-seq Data Through Topological Structure Preservation and Data Denoising
2026-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00765-9
PMID:41023370
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研究论文 | 提出一个名为scIMTA的可解释多任务分析框架,用于单细胞RNA-seq数据的拓扑结构保持和数据降噪 | scIMTA实现了稀疏高噪声基因表达数据的协同多任务分析,通过生物学基础增强可解释性,并在保持数据完整性的同时稳健处理丢失事件 | 未提及具体局限 | 开发一个可解释的多任务分析框架,解决单细胞RNA-seq数据中的拓扑结构保持和丢失事件问题 | 乳腺癌单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1593 | 2026-05-29 |
scRNA-Seq reveals anti-lymphoma immune responses in mogamulizumab-associated skin eruptions
2026-Jun, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70154
PMID:41195968
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示mogamulizumab相关皮肤疹中的抗淋巴瘤免疫反应 | 首次对mogamulizumab相关皮疹进行全面的分子表征,发现残余恶性克隆呈现沉默免疫表型,并伴随潜在的抗肿瘤免疫反应 | 样本量较小(仅4例MAR患者),未明确说明机制验证实验 | 阐明mogamulizumab相关皮疹的分子特征及其与更好总生存期的关联机制 | mogamulizumab相关皮疹患者的皮肤活检组织 | 单细胞测序 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4例MAR患者,6例未治疗红皮病性CTCL患者,4例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1594 | 2026-05-29 |
Heterogeneity of the adult mammalian forebrain neurogenic ependyma: A comprehensive cellular map
2026-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00789
PMID:40819302
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序构建成年小鼠前脑室管膜表面的完整细胞图谱,揭示其细胞异质性 | 首次通过全组织单细胞RNA测序系统鉴定成年小鼠前脑室管膜表面的12种不同细胞亚型,并精细刻画了CD133+与CD133-细胞的分子特征分类 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;未探讨不同细胞亚型的功能差异及神经干细胞潜能的具体机制 | 阐明成年哺乳动物前脑室管膜细胞的组成异质性,为解决神经干细胞存在争议提供新视角 | 成年小鼠前脑侧脑室侧壁的室管膜表面细胞 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠的侧脑室侧壁整体组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1595 | 2026-05-29 |
Characterization of p16-positive stromal cells in age-related cardiac disorders
2026-Jun-01, Journal of biochemistry
IF:2.1Q4
DOI:10.1093/jb/mvag013
PMID:41705475
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析衰老心脏中p16阳性基质细胞的特征及其在心脏纤维化中的作用 | 首次利用p16-Tom小鼠模型在单细胞水平上表征p16阳性成纤维细胞在年龄相关心脏纤维化中的转录组特征,并证明选择性清除这些细胞可减轻纤维化 | 未提供 | 探究p16阳性基质细胞在年龄相关心脏疾病中的功能与机制 | 衰老p16-Tom小鼠和p16-Col1a2-LRTD小鼠的心脏成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 老年p16-Tom小鼠和p16-Col1a2-LRTD小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1596 | 2026-05-29 |
Enhanced endocrine-metabolic support and axonemal assembly in high-sperm-motility geese: insights from testicular cellular heterogeneity by scRNA-seq
2026-Jun, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2026.106840
PMID:41916058
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示高精子运动能力鹅的睾丸细胞异质性,发现内分泌-代谢支持及轴丝组装增强与精子运动能力相关 | 首次在鹅中利用单细胞转录组学解析精子运动能力差异的细胞基础,发现支持细胞和间质细胞的内分泌-代谢增强及圆形精子的轴丝组装程序上调 | 样本量较小(每组3只),且仅关注生理范围内的精子运动能力差异,未涉及极端低活力情况 | 探究鹅精子运动能力差异的睾丸细胞和分子基础 | 60只鹅中精子运动能力最高和最低的10%各6只,其中3只用于单细胞RNA测序 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 12只鹅用于表型比较,6只用于单细胞测序 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 1597 | 2026-05-29 |
stGNN: Spatially Informed Cell-Type Deconvolution Based on Deep Graph Learning and Statistical Modeling
2026-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00728-0
PMID:40571903
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研究论文 | 提出基于深度图学习和统计建模的stGNN方法,用于空间转录组数据的细胞类型反卷积 | 创新性地结合图卷积网络与自编码器的双编码模块,以及自适应注意力机制,从低阶到高阶捕捉多尺度空间结构;采用负对数似然损失函数对齐ST与scRNA-seq参考数据的分布 | 依赖性于高质量scRNA-seq参考数据;未明确讨论计算效率或大规模数据扩展性 | 开发利用空间信息的细胞类型反卷积方法,提升空间转录组数据中细胞类型组成预测准确性 | 10x Visium、Slide-seqV2、Visium HD等多个平台的六套空间转录组数据集,以及小鼠脑组织样本 | 机器学习 | NA | 空间转录组测序 | 图卷积网络、自编码器 | 空间转录组基因表达数据 | 六套来自多种平台的空间转录组数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seqV2, Visium HD | 10x Visium、Slide-seqV2、Visium HD等不同分辨率的空间转录组平台 |
| 1598 | 2026-05-29 |
A Novel Dual-Level Momentum Distillation Method with Extreme Thresholding for Imputing Single-Cell RNA Sequencing Data
2026-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00754-y
PMID:40841490
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研究论文 | 提出了一种名为MoDET的新方法,用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值,以提高数据质量和后续分析准确性 | 提出双重水平动量蒸馏与极端阈值机制相结合的方法,有效提升了细胞表征学习能力和对稀有细胞类型的识别精度 | 未提及跨平台或更大规模数据集验证,且对极端阈值机制的普适性未作深入讨论 | 解决单细胞RNA测序数据因缺失现象导致的稀疏性问题,提升下游聚类分析和稀有细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 双重水平动量蒸馏模型 | 基因表达矩阵 | 七个真实世界数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1599 | 2026-05-29 |
Joint Low Rank Representation with Symmetric Orthogonal Decomposition for Clustering of scRNA-seq Data
2026-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00767-7
PMID:41131369
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研究论文 | 提出一种结合低秩表示与对称正交分解的单细胞RNA测序数据聚类新方法LRRS | 引入新的正交对称分解策略,无需预设聚类数量,通过测量正交空间下的加权距离自适应表征局部特性 | 未在更大规模或更复杂的数据集上验证,且迭代优化方法可能增加计算复杂度 | 开发高效的单细胞RNA测序数据聚类方法以准确识别细胞类型,揭示复杂疾病分子机制 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型组成 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 低秩表示与对称正交分解模型 | 基因表达数据 | 11个基准数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1600 | 2026-05-29 |
Monocyte-derived IL-1β predicts and promotes HBsAg decline in chronic hepatitis B patients under nucleoside analogue therapy
2026-Jun-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000957
PMID:42190271
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示单核细胞来源的IL-1β在核苷类似物治疗的慢性乙型肝炎患者中预测和促进HBsAg下降 | 首次发现单核细胞来源的IL-1β与NA治疗中的HBsAg下降相关,并可作为功能性治愈的预测生物标志物和潜在治疗靶点 | NA | 探究NA治疗中HBsAg下降的免疫相关因素 | NA治疗的慢性乙型肝炎患者 | 机器学习 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序、转录组学、功能性检测 | NA | 单细胞转录组数据、血清IL-1β数据 | 多个队列,包括单细胞RNA测序队列、独立多中心验证队列和回顾性队列 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |