单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-08-10	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究机械张力如何通过细胞培养基质硬度影响人类原发性肺成纤维细胞的衰老标志物和分泌表型	揭示了机械力如何塑造细胞衰老及其分泌表型，特别是在肺纤维化等年龄相关疾病中	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的机械环境	探讨物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质组数据	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)在不同硬度基质上培养
142	2025-08-10	Lost in space: what single-cell RNA sequencing cannot tell you 2024-09, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.03.010 PMID:38570278	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在植物科学研究中的应用及其局限性，特别是空间信息的丢失问题	强调了现有单细胞分析流程无法完全恢复空间信息的问题，并讨论了利用空间信息指导单细胞分析的可能性	单细胞RNA测序技术本身导致的空间信息丢失限制了其在复杂生物系统表征中的应用	探讨如何最大化单细胞RNA测序技术的潜力，特别是在保留和利用空间信息方面	植物细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、RNA原位杂交	NA	RNA测序数据	NA
143	2025-08-10	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的发展	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现其通过调节OCT4和KLF4活性影响细胞命运，为冠状动脉疾病治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，人类数据验证相对有限	探究Epsins蛋白在平滑肌细胞重编程中的作用及其与冠状动脉疾病的关系	平滑肌细胞	分子生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	NA	基因表达数据	小鼠动脉粥样硬化斑块样本和人类冠状动脉疾病相关数据
144	2025-08-10	Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.005 PMID:38925112	研究论文	介绍了一种名为CPA-Perturb-seq的多重扰动筛选数据集，用于研究42个CPA调节因子对多聚腺苷酸化位点选择的影响	开发了CPA-Perturb-seq数据集和APARENT-Perturb深度神经网络，用于预测和解析多聚腺苷酸化位点的调控机制	未提及具体样本量或实验验证的局限性	理解多聚腺苷酸化调节蛋白如何控制多聚腺苷酸化位点的选择	42个CPA调节因子及其对多聚腺苷酸化位点选择的影响	生物信息学	NA	3' scRNA-seq	深度神经网络（APARENT-Perturb）	单细胞RNA测序数据	NA
145	2025-08-10	Harnessing spatial transcriptomics for advancing plant regeneration research 2024-07, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.02.004 PMID:38418271	研究论文	利用空间转录组学研究番茄愈伤组织中芽原基和绿色细胞等多种细胞在芽再生过程中的分子特征	展示了空间转录组学在植物生物学研究中的潜力	NA	增进对芽再生过程的理解	番茄愈伤组织中的芽原基和绿色细胞	植物生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
146	2025-08-10	Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582629 PMID:38464041	研究论文	本研究揭示了胰岛素信号通过调节R2反转录转座子表达来控制跨代rDNA拷贝数维持的机制	首次发现胰岛素受体(InR)是R2表达的主要抑制因子，并揭示了饮食调控通过胰岛素通路影响rDNA拷贝数扩增的跨代表观遗传机制	研究主要基于果蝇模型，在高等生物中的普适性有待验证	探究生殖细胞中rDNA拷贝数维持的调控机制	雄性生殖干细胞(GSCs)和rDNA重复序列	分子遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
147	2025-08-10	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2024-Jan-20, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.01.18.24301478 PMID:38410450	研究论文	该研究通过整合全基因组关联研究和单细胞转录组学数据，揭示了精神疾病与人类大脑细胞类型及区域的关联	利用成人脑综合图谱，首次将精神疾病的SNP遗传力富集分析从单个细胞类型扩展到脑区，并揭示了精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症的特定神经元簇富集	研究依赖于人类脑图谱数据，可能受限于样本量和脑区覆盖范围	解码精神疾病的遗传基础与脑细胞类型及区域的关联	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症等精神疾病及智力、教育程度、神经质等性状	基因组学与神经科学	精神疾病	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞转录组学、功能磁共振成像(fMRI)	NA	基因组数据、转录组数据、脑成像数据	NA
148	2025-08-10	Identifying immune signatures of sepsis to increase diagnostic accuracy in very preterm babies 2024-01-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44387-5 PMID:38195661	research paper	该研究通过多参数流式细胞术、单细胞RNA测序和血浆分析，识别了极早产儿败血症的动态血液免疫特征	发现了败血症期间白细胞群体中amphiregulin的上调，并验证了其作为血浆分析物与疾病临床体征的相关性	研究样本仅限于极早产儿(<32周妊娠)，结果可能不适用于其他年龄段	提高极早产儿败血症的诊断准确性	极早产儿(<32周妊娠)的血液样本	免疫学	败血症	多参数流式细胞术, 单细胞RNA测序, 血浆分析	NA	血液样本数据	极早产儿(<32周妊娠)的纵向血液样本
149	2025-08-10	Neural stem cells persist to generate new neurons in the hippocampus of adult and aged human brain - Fiction or accurate? 2023-12, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2023.102133 PMID:38000512	综述	本文回顾了过去四十年关于成年神经发生的研究，探讨了其在脑可塑性、认知功能和神经系统疾病中的作用	总结了成年神经发生研究的关键里程碑、方法学进展和争议，并提出了未来研究方向	成年人类海马体中神经发生的存在尚未完全确认，需要更多大规模研究验证	探讨成年神经发生的现象及其在神经系统功能和疾病中的作用	成年和老年人类海马体中的神经发生	神经科学	神经系统疾病（如癫痫和阿尔茨海默病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	分子生物学数据	大量研究（具体数量未提及）
150	2025-08-10	Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma 2023-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2344-5 PMID:37610681	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别并验证了原发性开角型青光眼(POAG)的关键生物标志物和潜在治疗靶点	首次通过整合mRNA微阵列数据、单细胞RNA测序数据和多种生物信息学分析方法，确定了FN1、GPX3和VAV3作为POAG的关键核心基因	需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制	寻找POAG的新型生物标志物和潜在治疗靶点	原发性开角型青光眼(POAG)	生物信息学	青光眼	mRNA微阵列、scRNA-seq、PPI分析、WGCNA、qPCR	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE27276、GSE138125、GSE148371)
151	2025-08-09	Tumor-infiltrating B cells produce tumor-specific antibodies and may contribute to suppressing tumor in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2543019 PMID:40778950	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤浸润B细胞的作用及其产生的肿瘤特异性抗体在抗肿瘤免疫中的潜在贡献	首次证明扩增的肿瘤浸润B细胞能产生抗体，并通过激活肿瘤免疫参与头颈部鳞状细胞癌组织的肿瘤清除	研究主要基于68例样本，样本量相对有限，且机制研究仍需进一步验证	阐明肿瘤浸润B细胞在头颈部鳞状细胞癌中的免疫作用	头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织和肿瘤浸润B细胞	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、B细胞受体库分析、多重免疫荧光染色、空间转录组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像、蛋白质微阵列数据	68例头颈部鳞状细胞癌切除标本
152	2025-08-09	S100A8/A9 Promotes Fibrosis in Iatrogenic Laryngotracheal Stenosis 2025-Aug-08, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.70008 PMID:40776636	research paper	该研究探讨了S100A8/A9在医源性喉气管狭窄(iLTS)发病机制中的作用	首次通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术揭示了S100A8/A9在iLTS中的表达增加及其促纤维化作用	研究仅在小鼠模型中进行验证，尚未在人体临床试验中证实	阐明S100A8/A9在iLTS发病机制中的作用	医源性喉气管狭窄(iLTS)患者和小鼠模型	病理学	喉气管狭窄	单细胞RNA测序, 免疫荧光	小鼠模型	基因表达数据, 组织切片图像	人类iLTS标本和小鼠模型
153	2025-08-09	Spatial transcriptomics exploration of the primary neuroblastoma microenvironment in archived FFPE samples unveils novel paracrine interactions 2025-Aug-08, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6457 PMID:40778592	研究论文	利用空间转录组学探索存档FFPE样本中原发性神经母细胞瘤微环境，揭示了新的旁分泌相互作用	首次在存档的FFPE样本中应用空间转录组学技术，识别了神经母细胞瘤微环境中的新空间信号轴	研究仅基于两名患者的样本，样本量较小	探索高风险神经母细胞瘤微环境的空间异质性和局部信号动态	高风险神经母细胞瘤患者的存档FFPE组织样本	数字病理学	神经母细胞瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	两名患者的FFPE组织样本
154	2025-08-09	Inflammatory, transcriptomic, and cell fate responses underlying the mammalian transmission of avian influenza viruses 2025-Aug-08, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00647-25 PMID:40778772	研究论文	该研究通过分析雪貂鼻上皮对H1N1禽流感病毒的反应，揭示了与病毒空气传播表型相关的宿主反应	首次识别出与禽流感病毒空气传播相关的宿主反应特征，包括干扰素反应、细胞命运通路等	研究仅在雪貂模型中进行，尚未在人类中验证	探究禽流感病毒在哺乳动物中传播的宿主决定因素	H1N1禽流感病毒和雪貂鼻上皮组织	病毒学	禽流感	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用一组H1N1禽流感病毒感染的雪貂鼻上皮样本
155	2025-08-09	Targeting SPATS2 in lung adenocarcinoma: implications for prognosis and immune-based therapy 2025-Aug-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03179-7 PMID:40779087	研究论文	本研究探讨了SPATS2在肺腺癌中的表达模式及其与临床特征、预后的关联，并评估了其在肿瘤微环境中的作用	首次系统评估SPATS2在肺腺癌中的表达及其与免疫浸润和线粒体功能的关系，提出其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	探究SPATS2在肺腺癌中的功能角色及其临床意义	肺腺癌组织和细胞系	肿瘤生物学	肺腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、siRNA敲除实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、体外实验数据	来自TCGA、GTEx和GEO数据库的转录组数据，TISCH数据库的单细胞RNA测序数据(GSE131907)，以及A549细胞系
156	2025-08-09	Emodin Alleviates Sepsis-Induced Multiorgan Damage by Inhibiting NETosis through Targeting Neutrophils BCL-10 2025-Aug-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417129 PMID:40779122	研究论文	本研究探讨了大黄素通过靶向中性粒细胞BCL-10抑制NETosis，从而减轻脓毒症引起的多器官损伤	发现大黄素通过靶向BCL-10抑制NETosis，调节BCL-10/MALT1复合物功能，进而抑制NF-κB信号通路激活	研究未涉及大黄素在其他疾病模型中的应用效果	探索大黄素在脓毒症治疗中的作用机制	脓毒症模型中的中性粒细胞及其NETs形成	医学研究	脓毒症	蛋白质微阵列、表面等离子共振(SPR)、pull-down实验、分子对接分析、单细胞测序	NA	实验数据	NA
157	2025-08-09	Integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveals the therapeutic effect of nitazoxanide in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Aug-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03372-8 PMID:40779144	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了硝唑尼特在头颈鳞状细胞癌中的治疗作用	首次探索硝唑尼特通过调节自噬在头颈鳞状细胞癌中的作用，并利用多种生物信息学方法验证其机制	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索硝唑尼特在头颈鳞状细胞癌治疗中的潜力及其作用机制	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、差异表达分析、功能富集分析、风险预后模型、L1000FWD分析	风险预后模型、nomogram模型	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
158	2025-08-09	CREBBP Mutation as a Culprit for Negative SSTR2 PET in Neuroendocrine Tumors 2025-Aug-08, Molecular imaging and biology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s11307-025-02040-1 PMID:40779286	研究论文	本研究旨在探讨导致神经内分泌肿瘤（NETs）中68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子和遗传因素	通过整合全外显子测序（WES）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），揭示了68Ga-DOTATATE PET阴性结果与NETs中基因突变之间的关联，特别是CREBBP突变的作用	样本量较小（18例患者），且为回顾性研究	阐明NETs中68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子机制	18例肺部、回肠或胰腺NETs患者	肿瘤学	神经内分泌肿瘤	全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞体细胞变异分析	NA	基因测序数据、PET/CT影像数据	18例患者
159	2025-08-09	Endothelial-like cancer-associated fibroblasts facilitate pancreatic cancer metastasis via vasculogenic mimicry and paracrine signalling 2025-Aug-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333638 PMID:40122596	research paper	该研究识别了一种新型的前肿瘤性癌症相关成纤维细胞亚型，通过血管生成拟态和旁分泌信号促进胰腺癌转移	发现了FAPα+CD144+内皮样CAFs（endoCAFs）亚型，揭示了其通过CD144-β-catenin-STAT3信号轴的双重作用机制，并开发了靶向siRNA递送纳米系统	研究主要基于PDAC模型，对其他癌症类型的适用性尚不明确	识别并研究一种新型的前肿瘤性CAF亚型在胰腺癌转移中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、mIHC、细胞因子阵列分析、RNA测序、IP质谱、ChIP和荧光素酶分析	KPC小鼠模型（LSL-KrasG12D/+, LSL-Trp53R172H/+和Pdx1-Cre）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但涉及细胞系、类器官、原位肿瘤模型和KPC小鼠模型
160	2025-08-09	Longitudinal single-cell analysis of glucagon-like peptide-2 treatment in the patients with short bowel syndrome 2025-Aug-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.194497 PMID:40773292	研究论文	本研究通过纵向单细胞RNA测序分析，探讨了GLP-2类似物治疗短肠综合征患者时肠道上皮细胞和免疫细胞的动态变化	首次使用纵向单细胞RNA测序技术结合微生物组分析，揭示了GLP-2类似物如何重塑肠道免疫和微生物环境	样本量较小（仅5名男性患者），且缺乏对照组	阐明GLP-2类似物治疗短肠综合征的分子机制	短肠综合征患者	单细胞组学	短肠综合征	scRNA-seq, 微生物组分析	NA	单细胞RNA测序数据, 微生物组数据	5名男性短肠综合征患者