单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-10	Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07466-1 PMID:38811723	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）整个生命周期的基因表达程序，并确定了雄性命运的最早决定因素Myb-M转录因子	使用单细胞RNA测序技术揭示了隐孢子虫生命周期的基因表达程序，并首次确定了雄性命运的决定因素Myb-M转录因子	研究主要基于体外培养和感染动物模型，可能无法完全反映人体内的实际情况	研究隐孢子虫生命周期及其分子机制，为疫苗和治疗方法的开发提供基础	隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）	分子生物学	腹泻病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	体外培养和感染动物的隐孢子虫样本
142	2025-05-10	Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis 2024-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01666-3 PMID:38589485	研究论文	本研究利用单核和空间RNA测序技术，探索了截形苜蓿和Rhizophagus irregularis在AM共生中的转录组，揭示了共生过程中的细胞和空间动态	结合单细胞和空间转录组学技术，首次在细胞和空间分辨率上解析了AM共生的动态过程	研究仅针对截形苜蓿和Rhizophagus irregularis，结果可能不适用于其他植物-真菌共生系统	解析植物与AM真菌共生的分子机制，为作物改良提供理论基础	截形苜蓿和Rhizophagus irregularis	植物分子生物学	NA	单核RNA测序, 空间RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及截形苜蓿和Rhizophagus irregularis的多个细胞类型
143	2025-05-10	The cancer-associated fibroblasts interact with malignant T cells in mycosis fungoides and promote the disease progression 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474564 PMID:39963655	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了蕈样肉芽肿（MF）中恶性T细胞与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用及其在疾病进展中的作用	揭示了恶性T细胞从TRM主导表型向TCM主导表型的转变过程，以及CAFs通过IL-6/JAK2/STAT3/SOX4或IL-6/HIF-1α/SOX4通路促进恶性T细胞侵袭和转移的机制	研究样本来自晚期MF患者，可能无法完全代表早期MF的特征	探究蕈样肉芽肿的发病机制及肿瘤微环境在其中的作用	晚期蕈样肉芽肿患者及健康对照的肿瘤组织、邻近正常组织和外周血单个核细胞	肿瘤微环境研究	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	晚期MF患者和健康对照的肿瘤组织、邻近正常组织和PBMC样本
144	2025-05-10	SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures 2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43220-3 PMID:37990022	研究论文	介绍了一种基于深度学习的空间转录组架构表征工具SPACEL，用于分析空间转录组数据	SPACEL结合了多层感知机、图卷积网络和对抗学习算法，能够对多个ST切片进行联合分析并构建组织的3D架构	未提及具体的技术限制或应用范围限制	解决空间转录组数据中多个切片的联合分析和3D堆叠构建的挑战	空间转录组(ST)数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	多层感知机(MLP)、图卷积网络(GCN)、对抗学习算法	空间转录组数据	模拟和真实ST数据集，来自多种组织和ST技术
145	2025-05-10	Brain-to-gut trafficking of alpha-synuclein by CD11c+ cells in a mouse model of Parkinson's disease 2023-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43224-z PMID:37981650	研究论文	该研究通过小鼠模型揭示了帕金森病中α-突触核蛋白从大脑到肠道的运输机制	首次证明了CD11c+细胞在α-突触核蛋白从大脑到肠道运输中的作用，并发现肠道CD11c+细胞具有类似小胶质细胞的特性	研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性个体	探索帕金森病中α-突触核蛋白聚集体的传播机制	帕金森病小鼠模型中的α-突触核蛋白和CD11c+细胞	神经科学	帕金森病	免疫组织化学、单细胞RNA测序、光转换蛋白标记	PD小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量
146	2025-05-10	Simultaneous selection of nanobodies for accessible epitopes on immune cells in the tumor microenvironment 2023-11-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43038-z PMID:37978291	research paper	介绍了一种名为INSPIRE-seq的新方法，用于在复杂环境中筛选纳米抗体	提出INSPIRE-seq技术，能够并行富集穿透肿瘤微环境的免疫细胞结合纳米抗体	未明确提及具体样本量或实验规模的限制	开发用于发现治疗性生物制剂靶向分子的技术	肿瘤微环境中的免疫细胞	synthetic biology	肿瘤	next-generation sequencing, single-cell RNA sequencing, immunofluorescence, structural modeling and docking	NA	sequencing data, imaging data	NA
147	2025-05-09	The pancreatic tumor microenvironment of treatment-naïve patients causes a functional shift in γδ T cells, impairing their anti-tumoral defense 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2466301 PMID:39945298	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）微环境如何通过阻断细胞毒性功能阻碍γδ T细胞的抗肿瘤能力	揭示了PDAC微环境对γδ T细胞功能的抑制作用，并利用患者来源的类器官条件培养基验证了这一现象	研究仅针对未接受治疗的PDAC患者，可能无法反映治疗后的微环境变化	探索PDAC微环境对γδ T细胞抗肿瘤功能的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和健康个体的γδ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、scRNA-seq分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	未接受治疗的PDAC患者和健康个体的γδ T细胞
148	2025-05-09	Key RNA-binding proteins in renal fibrosis: a comprehensive bioinformatics and machine learning framework for diagnostic and therapeutic insights 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2463560 PMID:39957043	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法识别并验证了与肾纤维化相关的关键RNA结合蛋白，为诊断和治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点	首次整合生物信息学和机器学习方法识别肾纤维化中的关键RNA结合蛋白，并通过单细胞RNA测序和动物模型验证其功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探索肾纤维化的诊断和治疗新靶点	肾纤维化患者和小鼠模型	生物信息学	慢性肾病	RNA测序、单细胞RNA测序	lasso回归、logistic回归	基因表达数据	175例肾纤维化样本和99例正常肾脏样本
149	2025-05-09	Identification of KANK1 as a tumor suppressor gene in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jun-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151885 PMID:40288262	研究论文	通过整合mRNA-蛋白质丰度相关性分析，识别KANK1作为胰腺导管腺癌（PDAC）中的新型肿瘤抑制基因	首次将KANK1鉴定为PDAC中的肿瘤抑制基因，并揭示了其通过拷贝数缺失和肿瘤缺氧下调的机制	未涉及KANK1在PDAC中的具体作用机制及其作为治疗靶点的临床前研究	识别胰腺导管腺癌中的关键肿瘤抑制基因，为开发有效治疗策略提供依据	胰腺导管腺癌（PDAC）	肿瘤学	胰腺癌	mRNA-蛋白质丰度相关性分析、单细胞RNA测序、免疫印迹分析	NA	mRNA和蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据	多个数据集（包括TCGA和CCLE数据库）中的胰腺肿瘤和正常组织样本
150	2025-05-09	The integration of scRNA-seq with microarray and in-vivo experiments facilitates a comprehensive elucidation of the molecular mechanisms underlying endothelial cell involvement in myocardial infarction 2025-Jun-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151820 PMID:40288264	研究论文	该研究通过整合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，揭示了内皮细胞在心肌梗死中的分子机制	首次结合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，鉴定出内皮细胞中与心肌梗死进展相关的关键基因DBP、NR1D1和TEF	研究结果主要基于生物信息学分析，体内实验验证的样本量可能有限	阐明内皮细胞在心肌梗死进展中的分子机制	内皮细胞及其与成纤维细胞的相互作用	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 微阵列, WB, qPCR, 免疫荧光	hdWGCNA, scCODE, FindMarkers, PPI分析	基因表达数据	16个不同的细胞簇（包含7种独特细胞类型），内皮细胞分为8个亚群
151	2025-05-09	A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia 2025-Jun, European journal of haematology IF:2.3Q2 DOI:10.1111/ejh.14397 PMID:39988467	研究论文	通过多组学方法评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼治疗的纵向反应	利用单细胞转录组学等多组学方法，首次建立了评估伊布替尼治疗反应的全面框架	研究样本量较小，仅包含两名患者	探索慢性淋巴细胞白血病患者在伊布替尼治疗期间的分子和临床动态变化	两名接受伊布替尼单药治疗的慢性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学	NA	DNA和RNA数据	两名患者的血液样本
152	2025-05-09	USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization 2025-Jun, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981 PMID:39946796	研究论文	研究USP7及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	首次揭示USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的调控作用，并发现其抑制剂P5091可能有助于预防牙周炎	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究USP7在牙周炎中调控巨噬细胞极化的机制及其治疗潜力	牙周炎组织、RAW264.7细胞和小鼠模型	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	小鼠实验性牙周炎模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
153	2025-05-09	Knockdown TNF family prognosis index crucial gene PDE4B promoted PANoptosis of ovarian carcinoma cell:Based in vitro and in vivo experiments 2025-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102333 PMID:40245751	研究论文	通过体外和体内实验，研究PDE4B基因在卵巢癌细胞PANoptosis中的作用及其预后意义	首次构建了一个包含14个基因的预后模型，并验证了其在卵巢癌诊断和预后中的有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	阐明卵巢癌的发病机制并开发新的预后和治疗策略	卵巢癌组织和正常卵巢组织	生物信息学	卵巢癌	转录组数据分析、单细胞测序、GSVA、WGCNA、GO富集分析、多变量Cox回归、LASSO分析	预后模型	转录组数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了公开数据库中的大量数据
154	2025-05-09	PINK1 link mitochondria-ER contacts controls deposition of intramuscular fat in pigs 2025-05-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151672 PMID:40138759	研究论文	本研究探讨了PINK1如何通过调节线粒体-内质网相互作用来调控猪肌肉内脂肪（IMF）沉积	首次揭示了PINK1通过调控线粒体-内质网接触点来控制猪肌肉内脂肪沉积的分子机制	研究主要基于猪模型，结果在人类或其他物种中的适用性尚需验证	探究PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的作用机制	猪的肌肉内脂肪沉积过程	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个猪品种的肌肉组织样本
155	2025-05-09	Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502256122 PMID:40333757	research paper	该研究探讨了组蛋白去乙酰化酶1（Hdac1）在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因素的作用	揭示了Hdac1在抗原特异性T-int细胞形成中的特异性需求，以及其在调节T-int特征基因和防止过度激活耗竭程序中的双重功能	研究仅关注了Hdac1在慢性病毒感染中的作用，未涉及其他可能的疾病模型或条件	理解慢性病毒感染中CD8+ T细胞耗竭的分子机制	CD8+ T细胞在慢性病毒感染中的不同亚群	免疫学	慢性病毒感染	单细胞转录组学、染色质可及性分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据	NA
156	2025-05-09	Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2422236122 PMID:40333758	研究论文	研究黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的干扰素诱导激活与早期抗体反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的激活状态及其与早期抗体反应的关联	研究仅关注了疫苗接种后的早期免疫反应，未涉及长期免疫保护机制	阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与快速产生保护性免疫的关系	人类血液中的树突状细胞和单核细胞亚群	免疫学	黄热病	转录组分析、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	大量疫苗接种者的血液样本
157	2025-05-09	IFN-γ and donor leukocyte infusions for relapsed myeloblastic malignancies after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190655 PMID:40131369	research paper	该研究探讨了IFN-γ联合供体白细胞输注(DLI)在异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤中的安全性和初步疗效	首次在临床试验中评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤，并采用单细胞RNA测序技术分析IFN-γ对恶性髓系细胞的体内作用	样本量较小(n=7)，需要更大规模的研究来验证疗效	评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤的安全性和初步疗效	异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病或骨髓增生异常综合征患者	血液肿瘤学	急性髓系白血病, 骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	临床数据, 单细胞转录组数据	7名患者
158	2025-05-09	Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187072 PMID:40198141	研究论文	该研究揭示了Klf9通过调节巨噬细胞的招募和极化，促进心肌梗死后修复的机制	首次发现Klf9通过调控IFN-γ/STAT1信号通路影响巨噬细胞表型和功能，从而影响心肌梗死后修复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能调控中的作用	心肌梗死小鼠模型中的巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序、流式细胞术	Klf9基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	野生型和Klf9敲除小鼠的心肌组织样本
159	2025-05-09	The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189362 PMID:40100274	research paper	该研究揭示了急性应激通过脑-体回路抑制ILC2细胞激活，从而在细菌性膀胱炎中产生抗炎反射的机制	首次发现急性应激通过PVN脑区神经元激活抑制ILC2细胞的促炎因子表达，阐明了脑-体回路在UTI治疗中的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证	探索心理应激与膀胱感染免疫调节的神经机制	小鼠UTI模型中的PVN脑区神经元和ILC2免疫细胞	神经免疫学	尿路感染	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
160	2025-05-09	Cerulenin Partially Corrects the Disrupted Developmental Transcriptomic Signature in Huntington's Disease Striatal Medium Spiny Neurons 2025-May-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf029 PMID:40336225	研究论文	本研究探讨了亨廷顿病(HD)中突变HTT蛋白对纹状体中型多棘神经元(MSNs)发育的影响，并发现Cerulenin部分恢复了HD MSNs的DARPP-32水平和电活动	首次使用HD诱导多能干细胞(iPSC)模型模拟人类胎儿纹状体神经元发育轨迹，并发现Cerulenin对HD MSNs的潜在治疗作用	研究仅使用体外细胞模型，未进行动物或临床试验验证	探究突变HTT蛋白对MSN发育的影响并寻找潜在治疗分子	亨廷顿病(HD)患者的诱导多能干细胞(iPSC)分化的MSNs	神经退行性疾病研究	亨廷顿病	单细胞RNA测序	iPSC分化模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用HD iPSC和同基因对照