单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-20	CD8 + T cells mediate vaccination-induced lymphatic containment of latent Mycobacterium tuberculosis infection following immunosuppression, while B cells are dispensable 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634479 PMID:39896630	研究论文	本研究探讨了CD8 + T细胞在疫苗接种诱导的潜伏结核分枝杆菌感染淋巴管控制中的作用，而B细胞则非必需	揭示了CD8 + T细胞在预防潜伏结核感染再激活中的关键作用，并发现B细胞在此过程中非必需	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	解析潜伏结核感染控制与再激活的免疫学机制	潜伏感染结核分枝杆菌的小鼠模型	免疫学	结核病	空间转录组学、多参数成像、网络分析、生物信息学整合	小鼠模型	组织病理学图像	多种免疫细胞缺陷小鼠品系
142	2025-07-20	Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632900 PMID:39868295	research paper	该研究探讨了造血衰老的三个表型特征及其与NFkappaB活性的关系	提出了一个实验模型（IkappaBminus）来解析NFkappaB在造血衰老表型中的作用，并发现不同的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	解析造血衰老表型的分子机制	造血干细胞（HSC）和骨髓微环境	生物医学	造血系统疾病	scRNA-seq	IkappaBminus模型	转录组数据	小鼠和人类HSC数据集
143	2025-07-20	Aberrant Activation of Wound-Healing Programs within the Metastatic Niche Facilitates Lung Colonization by Osteosarcoma Cells 2025-Jan-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0049 PMID:39540841	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了骨肉瘤细胞如何通过诱导肺微环境中的异常伤口愈合程序促进肺转移，并评估了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的作用	首次揭示了骨肉瘤肺转移中肿瘤细胞与肺微环境的相互作用机制，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和人类异种移植模型，临床转化效果仍需进一步验证	阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	骨肉瘤细胞及其诱导的肺转移微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、多参数免疫荧光	小鼠转移模型和人类异种移植模型	转录组数据、蛋白质表达数据、空间分布数据	免疫活性小鼠模型、免疫缺陷人类异种移植模型及患者样本
144	2025-07-20	Single-cell analysis reveals Mycobacterium tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of permissive macrophages in infected mouse lungs 2025-Jan-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8158 PMID:39813329	研究论文	通过单细胞分析揭示了结核分枝杆菌ESX-1在感染小鼠肺部促进易感巨噬细胞积累的作用	首次使用多种单细胞RNA测序技术研究了ESX-1在MNP异质性和反应中的作用，并发现ESX-1依赖的免疫逃逸转录特征	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究结核分枝杆菌ESX-1对肺单核吞噬细胞(MNPs)招募和分化的影响	小鼠和鼠骨髓源性巨噬细胞(BMDM)	单细胞分析	结核病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠和鼠骨髓源性巨噬细胞样本
145	2025-07-20	Exploring the utility of snRNA-seq in profiling human bladder tissue: A comprehensive comparison with scRNA-seq 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111628 PMID:39850354	研究论文	本文探讨了snRNA-seq在人类膀胱组织分析中的应用，并与scRNA-seq进行了全面比较	首次在人类膀胱组织中比较了snRNA-seq和scRNA-seq的优缺点，发现scRNA-seq提供更具区分性的基因集，而snRNA-seq有助于捕获先前代表性不足的细胞类型	研究仅针对人类膀胱组织，结果可能不适用于其他组织类型	确定snRNA-seq和scRNA-seq在表征下尿路细胞类型方面的优势和局限性	人类膀胱组织	基因组学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
146	2025-07-20	Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer 2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00485-8 PMID:39794360	研究论文	本文提出了一种基于Transformer的动态深度学习方法TraCSED，用于模拟乳腺癌中的克隆选择和表达动态，以揭示耐药机制	开发了TraCSED方法，能够识别与克隆选择相关的可解释基因程序及其时间点，揭示了传统差异分析方法未能发现的耐药机制	研究中仍有一个克隆在联合治疗中出现，表明方法可能无法完全捕捉所有耐药机制	研究乳腺癌细胞的转录异质性及其对治疗反应的影响，以识别耐药机制	乳腺癌细胞	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	NA
147	2025-07-20	Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk8623 PMID:39772774	研究论文	研究探讨了低氧诱导因子2（HIF2）在重复损伤后肺泡再生中的调控作用及其作为特发性肺纤维化（IPF）治疗靶点的潜力	首次发现HIF2在异常上皮细胞中的持续激活是IPF发病的关键机制，并验证了HIF2抑制剂PT-2385在促进肺泡修复中的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和类器官实验，尚未进行人体临床试验	探究IPF中异常上皮细胞持续存在的分子机制并开发靶向治疗策略	特发性肺纤维化患者样本、小鼠肺损伤模型、小鼠和人源肺泡类器官	呼吸系统疾病研究	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、类器官培养	小鼠肺损伤模型、肺泡类器官模型	基因表达数据、组织学数据	IPF患者样本、实验小鼠群体、人类和小鼠类器官
148	2025-07-20	Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832 PMID:39772771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能分析，揭示了RUNX1家族性血小板障碍(FPD)中CD74信号轴的异常激活及其在炎症和造血缺陷中的作用，并提出了针对CD74及其下游靶点的治疗策略	首次发现CD74信号轴在FPD中的关键作用，并验证了JAK1/2抑制剂和mTOR抑制剂作为早期干预策略的潜力	样本量相对有限(单细胞RNA测序n=10，患者样本n>75)，需要更大规模研究验证	探索FPD发展为白血病的机制并寻找干预策略	RUNX1家族性血小板障碍患者的造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	血液病学	白血病前状态/血小板障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据/蛋白质表达数据	单细胞RNA测序10例，患者样本75例以上
149	2025-07-20	Single Cell Transcriptomic Profiling of MYBPC3-Associated Hypertrophic Cardiomyopathy Across Species Reveals Conservation of Biological Process But Not Gene Expression 2025-Jan-07, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.035780 PMID:39719426	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究MYBPC3相关肥厚型心肌病在不同物种间的生物学过程保守性及基因表达差异	首次跨物种（猫、人类和小鼠）比较MYBPC3相关肥厚型心肌病的单细胞转录组差异，揭示生物学过程保守但驱动基因存在物种特异性	小鼠模型未能完全复现人类HCM的所有特征，跨物种比较的样本量有限	阐明MYBPC3相关肥厚型心肌病的跨物种病理通路异同，评估小鼠模型的临床相关性	携带MYBPC3变异的猫、人类和小鼠心脏组织	单细胞转录组学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	MAST（单细胞转录组模型分析算法）	单细胞转录组数据	猫、人类和小鼠的MYBPC3变异阳性/阴性心脏组织样本（具体数量未明确说明）
150	2025-07-20	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi数据库2025年更新，扩展了支持新技术和物种的资源	新增了单细胞转录组学数据挖掘和分析的资源，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于传染病媒介节肢动物	NA	支持功能基因组学研究，促进生物和生物医学理解	果蝇和其他节肢动物	生物信息学	NA	CRISPR, 单细胞转录组学	NA	组学数据	NA
151	2025-07-20	scProAtlas: an atlas of multiplexed single-cell spatial proteomics imaging in human tissues 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae990 PMID:39526396	research paper	该研究构建了一个名为scProAtlas的空间蛋白质组学功能注释知识库，旨在帮助用户全面理解不同组织类型在单细胞分辨率和多尺度下的空间背景	构建了一个全面的空间蛋白质组学功能注释知识库scProAtlas，整合了多种分析模块和多模态数据，提供了详细的空间功能注释	空间蛋白质组学检测的蛋白质数量有限，相比空间转录组学有一定局限性	研究组织在单细胞分辨率和多尺度下的空间背景	人类组织的单细胞空间蛋白质组学成像数据	digital pathology	NA	空间蛋白质组学成像技术	NA	图像	17,468,394个细胞，来自945个感兴趣区域，涵盖15种组织的8种空间蛋白质成像技术数据
152	2025-07-20	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	通过多组学图谱辅助发现转录因子，用于选择性T细胞状态编程	构建了九种CD8 T细胞分化状态的转录和表观遗传图谱，用于预测转录因子活性，并发现了新的TEX特异性转录因子如ZSCAN20、JDP2和ZFP324	研究主要关注CD8 T细胞，可能不适用于其他类型的免疫细胞	精确编程T细胞状态以改善病毒感染和癌症中的免疫反应	CD8 T细胞的分化状态，特别是终末耗竭T细胞（TEX）和组织驻留记忆T细胞（T）	免疫学	癌症	CRISPR筛选结合单细胞RNA测序（Perturb-seq）	NA	转录组和表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态
153	2025-07-20	CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics 2025-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01045-4 PMID:39289562	研究论文	本文介绍了CellChat v2，一个用于从单细胞转录组数据中推断和分析细胞间通讯网络的更新计算工具	CellChat v2增加了额外的比较功能，扩展了配体-受体对数据库，并提供了丰富的功能注释和交互式CellChat Explorer	需要基本的R语言和单细胞数据分析知识，但对专业生物信息学培训没有要求	系统分析细胞间通讯网络，识别不同生物条件下改变的细胞间通讯、信号和细胞群体	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	基于质量作用定律的简化模型	单细胞转录组数据	NA
154	2025-07-20	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	研究论文	本研究利用空间基因表达技术探索了早期阿尔茨海默病模型中背侧缝核（DRN）基因表达的空间差异	首次在阿尔茨海默病模型中揭示了DRN亚区对病理变化的差异性易感性，并发现长链非编码RNA Map2k3os可能参与tau蛋白磷酸化调控	空间转录组技术需要结合其他验证方法以克服其局限性	识别与5-HT神经元对AD病理易感性或抵抗性相关的潜在遗传因素	人类tau过表达小鼠（htau小鼠）的背侧缝核（DRN）	神经科学	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台、RNAscope、免疫组化评估	htau小鼠模型	空间转录组数据	NA
155	2025-07-20	CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids 2025-Jan, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03934-2 PMID:39585363	review	本文总结了基于CRISPR的功能基因组学筛选方法在人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用	结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序技术，揭示神经发育障碍的发病机制	当前方法仍面临一些挑战，如技术限制和样本复杂性	研究神经发育障碍的遗传机制并探索潜在治疗策略	人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官	功能基因组学	神经发育障碍（如小头畸形和自闭症谱系障碍）	CRISPR, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
156	2025-07-20	Hepatocellular carcinoma hosts cholinergic neural cells and tumoral hepatocytes harboring targetable muscarinic receptors 2025-Jan, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101245 PMID:39717507	研究论文	本研究揭示了肝细胞癌中存在胆碱能神经细胞和携带可靶向毒蕈碱受体的肿瘤肝细胞，并探索了胆碱能过程在肝癌发生中的作用	首次在人类肝细胞癌中发现密集的胆碱能神经细胞簇，并提出了神经元评分新概念，揭示了胆碱能极性重构与肝癌进展的关联	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要更多体内实验验证	探索肝细胞癌中神经支配的特征及其治疗潜力	人类肝细胞癌组织样本和大鼠模型	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、细胞生物学和药理学研究	NA	基因表达数据、临床数据	来自法国肝脏生物库的肿瘤样本、TCGA数据集、欧洲验证队列
157	2025-07-20	Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15 PMID:39745647	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪和转录组分析	开发了scGESTALTv2技术，将CRISPR-Cas9谱系追踪与单细胞RNA测序相结合，实现了大规模单细胞分辨率的谱系追踪	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中验证	开发新的细胞谱系追踪技术并研究脊椎动物大脑中的细胞类型和谱系关系	斑马鱼大脑发育过程中的细胞	单细胞组学	NA	CRISPR-Cas9编辑, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scGESTALTv2	单细胞转录组数据	数千个大脑细胞和数十种细胞类型
158	2025-07-20	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	研究论文	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，发现了一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中鉴定出具有特定炎症和迁移特性的亚群（Group 1 monocytes）	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证Group 1 monocytes的功能	探究CD14+CD16+单核细胞亚群在神经炎症疾病中的作用	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞分析	HIV相关神经认知障碍（HIV-NCI）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
159	2025-07-20	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本文通过优化空间生物学技术方法，包括开发多癌症组织微阵列和骨髓脱钙协议，以支持下游空间蛋白质组学和转录组学研究	开发了一种分子和蛋白质友好的脱钙协议，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学分析	缺乏系统的方法来确保组织质量、标记完整性和数据可重复性	优化空间生物学技术方法，解决各种组织和肿瘤类型的分析前挑战	多癌症组织微阵列和骨髓核心样本	空间生物学	多癌症类型	PhenoCycler高多重免疫组织化学（IHC）和Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	多癌症组织微阵列和骨髓核心样本
160	2025-07-20	Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771 PMID:40181989	研究论文	通过RNA测序技术研究哮喘诱导对肺神经免疫转录组的影响	首次全面测序哮喘诱导后肺神经免疫景观，揭示了神经节和肺组织中基因表达的空间分布变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组	小鼠的迷走神经节（结状/颈静脉神经节）和肺组织	转录组学	哮喘	标准RNA测序、单核RNA测序、空间RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用naïve小鼠和经Alternaria alternata诱导哮喘的小鼠