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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-04-18 |
Whole-organism spatial transcriptomics at single-cell resolution in C. elegans
2026-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.09.717568
PMID:41993495
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研究论文 | 本文开发了一种适用于秀丽隐杆线虫全生物体的单细胞分辨率空间转录组学方法,通过单分子荧光原位杂交技术实现多基因表达的空间分析 | 提出了一种单分子荧光原位杂交工作流程,能够在整个线虫中实现单细胞分辨率的多重成像,最多可分析40个基因并保留空间背景 | 该方法在每轮杂交中仅使用两个荧光通道,可能限制了更高通量的基因分析能力 | 开发一种适用于全生物体的空间转录组学方法,以在单细胞分辨率下分析基因表达和细胞身份 | 秀丽隐杆线虫(C. elegans) | 空间转录组学 | NA | 单分子荧光原位杂交(smFISH) | NA | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 142 | 2026-04-18 |
Single-cell analysis of the human immune system reveals sex-specific dynamics of immunosenescence
2026-Apr-10, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-026-01099-x
PMID:41963713
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析,揭示了人类免疫系统衰老过程中性别特异性的动态变化 | 首次在单细胞水平上系统比较了成年男性和女性免疫衰老的差异,发现了性别特异性的免疫细胞组成和转录变化 | 研究仅基于外周血单核细胞,未涉及其他组织或器官的免疫细胞;样本主要来自成年人,缺乏儿童和青少年数据 | 探究生物性别如何影响免疫衰老的细胞水平变化 | 982名成年男性和女性的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 免疫衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 982名捐赠者(包括男性和女性) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2026-04-18 |
Transcriptional and spatial profiling of fibroblasts from human lungs highlights CTHRC1+ cells as fibrogenic signaling hubs in fibrosis
2026-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.08.717092
PMID:41993306
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了人肺成纤维细胞的转录异质性,并识别出CTHRC1+细胞作为肺纤维化中的关键促纤维化信号枢纽 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学,系统描绘了肺成纤维细胞在特发性肺纤维化中的异质性,并发现CTHRC1+亚型是促纤维化的核心细胞群,且在体外培养中会丢失 | 体外培养条件可能导致成纤维细胞失去其天然功能特征,限制了疾病研究的准确性 | 研究肺成纤维细胞在特发性肺纤维化中的转录异质性和空间分布,以揭示其致病机制 | 人肺组织样本,包括特发性肺纤维化患者和年龄匹配的健康供体,以及体外培养的成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 特发性肺纤维化患者和健康供体的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 144 | 2026-04-18 |
Dysregulation of Hippo Signaling Pathway as a Convergent Mechanism Underlying Choroid Plexus Defects in Bipolar Disorder
2026-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.10.717745
PMID:41993308
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研究论文 | 本研究通过类器官模型和影像学分析,揭示了双相情感障碍中脉络丛异常扩张及其与Hippo信号通路失调的关联 | 首次结合人类皮层类器官、脉络丛类器官和结构MRI数据,识别出双相情感障碍中脉络丛的异常扩张,并发现Hippo信号通路早期过度激活是驱动这一过程的收敛机制 | 研究主要基于类器官模型和影像学数据,体内功能验证和临床转化应用仍需进一步探索 | 探究双相情感障碍中脉络丛缺陷的分子机制和发育起源 | 双相情感障碍患者的类器官模型、结构MRI扫描数据以及健康对照个体 | 数字病理学 | 双相情感障碍 | 单细胞转录组学、全基因组分析、全基因组关联研究、结构磁共振成像 | 类器官模型 | 转录组数据、影像数据、遗传数据 | 涉及双相情感障碍个体和健康对照个体的类器官及sMRI扫描样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 145 | 2026-04-18 |
KRAS inhibition is an effective therapy for appendiceal adenocarcinoma
2026-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.717107
PMID:41993359
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研究论文 | 本研究评估了KRAS抑制剂在阑尾腺癌(AA)中的疗效,通过体外类器官和体内PDX模型以及临床患者数据,证实了KRAS抑制能有效抑制肿瘤生长并重塑肿瘤微环境 | 首次在阑尾腺癌中系统评估KRAS G12D特异性抑制剂(MRTX1133)和泛KRAS抑制剂(RMC-6236)的疗效,并揭示了EMT和TGF-β通路可能介导耐药性,同时发现KRAS抑制能激活先天免疫反应 | 研究样本量较小(仅6例临床患者),且主要基于临床前模型,需要更大规模的临床试验验证 | 评估KRAS抑制剂作为阑尾腺癌治疗靶点的有效性和机制 | 阑尾腺癌(AA)的KRAS突变类器官、PDX模型以及临床患者 | 肿瘤学 | 阑尾腺癌 | 多组学分析、scRNA-seq、GSEA | 类器官模型、PDX模型 | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | 6例临床患者,多个PDX和类器官模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2026-04-18 |
SCOPE: Localizing fate-decision states and their regulatory drivers in single-cell differentiation
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.717037
PMID:41993275
|
研究论文 | 本研究提出了一个名为SCOPE的半监督保形预测框架,用于从高维单细胞测序数据中精确定位细胞命运决定状态及其调控驱动因子 | 通过保形推理将高维单细胞测量转化为严格的、离散的未来命运预测集,首次提供了在生物学窗口内定位多能祖细胞命运决定的统计基础方法 | 未明确说明方法在非造血系统或更复杂发育系统中的普适性限制,以及计算资源需求 | 精确定位细胞分化过程中的命运决定状态(分支点)并识别其调控驱动因子,特别是表观遗传预兆现象 | 小鼠造血系统、人类造血数据集、人类视网膜发生过程中的单细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞多组学测序 | 半监督保形预测(SCOPE) | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 147 | 2026-04-18 |
Local IFNγ signaling contributes to the regenerative decline of aged alveolar progenitor cells
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.716929
PMID:41993319
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研究论文 | 本研究揭示了衰老肺脏中局部IFNγ信号通过抑制肺泡II型细胞的再生功能,导致肺脏修复能力下降的机制 | 首次发现衰老肺脏中三级淋巴结构内的IFNγ+ CD8+ T细胞通过局部IFNγ信号通路主动抑制肺泡祖细胞的再生能力 | 研究主要基于小鼠模型,人类衰老肺脏中该机制的直接证据尚需进一步验证 | 探究衰老肺脏再生功能下降的分子机制 | 衰老小鼠的肺泡II型细胞及肺脏微环境 | 单细胞生物学 | 老年性疾病 | 单细胞测序, 类器官培养 | 小鼠衰老模型 | 单细胞转录组数据, 类器官表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 148 | 2026-04-18 |
Locat: Joint enrichment and depletion testing identifies localized marker genes in single-cell transcriptomics
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.03.716370
PMID:41993378
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Locat的框架,用于在单细胞转录组数据中识别高度特异性的局部化标记基因,通过联合测试基因表达在细胞嵌入中的集中和耗竭 | Locat框架创新性地结合了基因表达在紧凑区域的集中性和外部区域的耗竭性测试,超越了传统方法仅关注富集性的局限 | NA | 开发一种方法以识别单细胞转录组数据中高度特异性的局部化标记基因 | 单细胞转录组数据中的标记基因 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq | 加权高斯混合模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2026-04-18 |
Nanoparticle-delivered resiquimod induces brain tumor regression in medulloblastoma and diffuse midline glioma models by interrupting paracrine growth support and activating myeloid immune signaling and phagocytosis
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.714454
PMID:41993485
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研究论文 | 本研究探讨了使用纳米颗粒递送TLR7/8激动剂瑞西莫德(ResiPOx)刺激髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤中肿瘤相关髓系细胞的先天免疫功能,从而诱导脑肿瘤消退 | 开发了新型聚噁唑啉纳米颗粒递送系统(ResiPOx),显著改善了瑞西莫德的血脑屏障穿透性和抗肿瘤疗效,并首次在非人灵长类模型中验证了其安全性和药效 | 研究主要基于小鼠模型和非人灵长类模型,尚未在患者中进行临床试验 | 开发针对髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤的新型免疫治疗策略 | 髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤的肿瘤相关髓系细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 髓母细胞瘤,弥漫性中线胶质瘤 | 流式细胞术,免疫组织化学,单细胞RNA测序,免疫印迹,质谱成像 | NA | RNA测序数据,质谱数据,流式细胞数据,免疫组化数据 | 免疫活性小鼠模型,恒河猴非人灵长类模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2026-04-18 |
Spatial Transcriptomics and Dual Dye Mapping Identify Wnt-Driven BBB Protection in Endothelial EphA4-Deficiency
2026-Apr-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9261231/v1
PMID:41994141
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研究论文 | 本研究开发了一种双染料标记系统,结合空间转录组学,揭示了创伤性脑损伤后血脑屏障破坏的时空动态及EphA4/Wnt信号通路的保护作用 | 开发了双染料标记系统评估血脑屏障通透性时空动态,并首次结合空间转录组学揭示EphA4缺失通过上调Wnt信号通路发挥血脑屏障保护作用的区域特异性转录变化 | 研究主要在小鼠模型中进行,需要进一步在人类样本或更复杂的动物模型中验证 | 探究创伤性脑损伤后血脑屏障破坏的分子机制及保护策略 | EphA4基因敲除小鼠和野生型小鼠的脑组织 | 空间转录组学 | 创伤性脑损伤 | 空间转录组学,双染料标记(伊文思蓝染料、荧光素钠),免疫组化 | 动物模型(小鼠) | 空间转录组数据,图像数据 | EphA4基因敲除和野生型小鼠脑组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 151 | 2026-04-18 |
A zero-inflated hierarchical generalized transformation model to address non-normality in spatially-informed cell-type deconvolution
2026-Apr-09, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujag055
PMID:41994891
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研究论文 | 本文开发了一种零膨胀分层广义变换模型(ZI-HGT),用于解决口腔鳞状细胞癌空间转录组数据中的高零膨胀问题,并应用于细胞类型反卷积 | 提出了一种新型的零膨胀分层广义变换模型(ZI-HGT),作为CARD的辅助贝叶斯技术,以处理空间转录组数据中的高零膨胀现象,从而提高了细胞类型反卷积的准确性 | NA | 改进空间转录组学中的细胞类型反卷积方法,以更好地理解口腔鳞状细胞癌的肿瘤微环境 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)的空间转录组数据 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 零膨胀分层广义变换模型(ZI-HGT),条件自回归反卷积(CARD) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 152 | 2026-04-18 |
Serial Thermal Ablation Induces Abscopal Antitumor Immunity and Reveals Targetable CSF1R-Dependent Resistance in Pancreatic Cancer
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.05.713683
PMID:41993287
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研究论文 | 本文研究了胰腺导管腺癌中连续射频消融诱导的远隔抗肿瘤免疫反应及其CSF1R依赖性耐药机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了连续射频消融在胰腺癌中诱导的CSF1依赖性髓系耐药程序,并证明联合免疫治疗可增强消融的全身疗效 | 研究基于双侧侧腹肿瘤模型,可能无法完全模拟人类胰腺癌的复杂微环境 | 探究热消融在胰腺导管腺癌中诱导全身抗肿瘤免疫的能力及其限制机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC) | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2026-04-18 |
Genetic interaction between Adgrg6 and Sox9 reveals a feedforward mechanism for postnatal spinal stability
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.06.716681
PMID:41993334
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学揭示了Adgrg6与Sox9之间的遗传互作,通过前馈调控机制维持椎间盘细胞外基质基因表达,从而解析青少年特发性脊柱侧凸(AIS)的遗传机制 | 首次通过空间转录组学在Adgrg6条件性敲除小鼠模型中揭示Sox9表达下调与细胞外基质组织紊乱的关联,并证实Adgrg6与Sox9之间存在自我强化的前馈调控回路 | 研究基于小鼠模型,其病理机制是否完全适用于人类AIS仍需进一步验证 | 解析青少年特发性脊柱侧凸(AIS)多基因遗传的分子机制 | Adgrg6条件性敲除小鼠模型(Adgrg6-cKO)及Sox9低效等位基因小鼠 | 空间转录组学 | 青少年特发性脊柱侧凸 | 空间转录组学,染色质开放性分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 空间基因表达数据,染色质互作数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 154 | 2026-04-18 |
Spatially Anchored Regulatory State Inference in Melanoma
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.05.716552
PMID:41993479
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研究论文 | 本文提出了一种整合空间转录组与单细胞多组学数据的框架,用于推断黑色素瘤组织中的空间锚定调控程序 | 通过结合Visium空间转录组和单细胞多组学数据,引入空间正则化的细胞到斑点映射方法,并将染色质可及性和转录因子基序活性传播到组织空间中 | 未明确提及样本量或具体技术限制,可能依赖于数据整合的准确性 | 开发一个用于空间锚定调控推断的框架,以揭示组织中的空间局部化调控程序 | 黑色素瘤组织切片 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学,单细胞多组学分析 | 基于GraphST的框架 | 基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞多组学 | Visium | Visium空间转录组技术 |
| 155 | 2026-04-18 |
Transcriptional profiling of extraocular motor neurons reveals sim1a as a candidate strabismus-related gene
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.717009
PMID:41993546
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了sim1a作为斜视相关候选基因,并利用斑马鱼模型验证了其在外眼运动神经元功能中的作用 | 首次结合bulk和单细胞测序技术,在斑马鱼模型中系统性地识别了外眼运动神经元亚群的转录组多样性,并发现sim1a基因突变可影响前庭-眼反射功能 | 研究基于斑马鱼模型,其发现需在哺乳动物系统中进一步验证;样本规模较小,可能限制基因发现的全面性 | 识别与斜视(特别是非共同性斜视)相关的遗传因素,并解析外眼运动神经元的分子特征 | 斑马鱼幼虫的外眼运动神经元(颅核nIII/nIV) | 神经科学 | 斜视 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 转录组数据 | 斑马鱼幼虫模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2026-04-18 |
A transcriptomic axis aligns with in vivo functional dynamics in hippocampal inhibitory circuits
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.716935
PMID:41993541
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞分辨率的两光子成像和空间转录组学技术,揭示了小鼠海马抑制性神经元中转录组轴与功能动态之间的直接联系 | 开发了一种端到端管道,将细胞分辨率的两光子成像与空间转录组学结合,首次在海马抑制性电路中建立了分子身份与功能之间的直接、可扩展框架 | 研究仅限于小鼠海马CA1区的抑制性神经元,可能无法推广到其他脑区或物种 | 在单细胞分辨率上链接分子身份与功能,以理解海马抑制性电路的动态 | 小鼠海马CA1区的抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 两光子成像,空间转录组学 | 分类器 | 图像,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 157 | 2026-04-18 |
Genetic interaction between Adgrg6 and Sox9 reveals a feedforward mechanism for postnatal spinal stability
2026-Apr-08, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9271349/v1
PMID:41994120
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了Adgrg6和Sox9在青少年特发性脊柱侧弯(AIS)中的遗传相互作用和反馈前调控机制 | 首次利用空间转录组学在Adgrg6条件性敲除小鼠模型中识别脊柱基因表达变化,并揭示了Adgrg6和Sox9之间的自我强化反馈前调控回路 | 研究主要基于小鼠模型,人类AIS的复杂多基因机制可能有所不同 | 探究AIS的遗传机制和功能基础 | Adgrg6条件性敲除小鼠模型和Sox9低效等位基因小鼠 | 空间转录组学 | 青少年特发性脊柱侧弯 | 空间转录组学,基因组关联研究(GWAS) | 条件性敲除小鼠模型 | 空间转录组数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 158 | 2026-04-18 |
Longitudinal Single-Cell RNA-seq Profiling of Lung Cell Phenotypes, Signaling, and Cross-talk During Fibrosis Resolution
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.06.716772
PMID:41993271
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研究论文 | 本研究通过纵向单细胞RNA测序分析了小鼠肺纤维化自发消退过程中的细胞表型、信号通路及细胞间通讯变化 | 首次在完整肺组织中纵向追踪纤维化消退期的单细胞动态,揭示了促纤维化巨噬细胞群的清除及抗纤维化通路(如cAMP、HGF/MET、TWEAK)的富集 | 研究基于小鼠模型,人类肺纤维化消退机制可能不同;单细胞测序技术本身存在技术噪音和批次效应 | 阐明肺纤维化自发消退过程中的细胞与分子机制,为治疗肺纤维化提供潜在靶点 | 小鼠全肺消化物中的免疫细胞、间充质细胞和上皮细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠全肺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 159 | 2026-04-18 |
MitoChontrol: Adaptive mitochondrial filtering for robust single-cell RNA sequencing quality control
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.04.716517
PMID:41993278
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为MitoChontrol的自适应线粒体过滤框架,用于单细胞RNA测序中的质量控制,通过建模线粒体转录本分数的混合高斯分布来识别并去除受损细胞 | 提出了一种细胞类型感知的概率框架,替代传统的固定百分比阈值,能更准确地处理不同细胞类型和组织中线粒体含量的显著变异 | 未明确提及具体的数据集规模限制或算法在极端情况下的性能 | 开发一种自适应方法,以改进单细胞RNA测序中的线粒体质量控制,避免因固定阈值导致的细胞保留或排除错误 | 单细胞RNA测序数据中的细胞,特别是胰腺导管腺癌数据集和受控扰动实验中的细胞 | 单细胞组学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2026-04-18 |
Aging restricts maturation of CXCL13 + T follicular helper cells in human immunity
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.03.715992
PMID:41993471
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研究论文 | 本研究利用人类扁桃体类器官、单细胞RNA测序和CRISPR扰动技术,揭示了衰老过程中CXCL13⁺ T滤泡辅助细胞成熟受限的机制 | 首次在人类免疫系统中发现衰老导致CXCL13⁺ GC-Tfh细胞选择性丧失,并鉴定出BACH2和SOX4作为年龄相关的转录调控因子 | 研究主要基于扁桃体类器官模型,可能无法完全反映体内所有免疫衰老情况 | 探究人类衰老过程中特异性抗体反应下降的细胞机制 | 人类扁桃体组织中的T滤泡辅助细胞和B细胞 | 免疫学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR扰动 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自老年和年轻捐赠者的扁桃体组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |