单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-18	Decoding functional and developmental trajectories of tissue-resident uterine dendritic cells through integrative omics 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113351 PMID:40949104	研究论文	通过整合多组学方法解析子宫组织驻留树突状细胞的功能与发育轨迹	首次利用单细胞RNA测序和CITE-seq技术揭示人类子宫内膜中uDC亚型的发育路径及功能特异性	研究主要基于特定月经周期和早孕期的样本，未涵盖全部生理状态	探究子宫树突状细胞的起源、分化及其在胚胎植入前后的功能作用	人类子宫内膜组织样本	生物信息学	生殖系统疾病	scRNA-seq, CITE-seq	NA	单细胞转录组数据、表面蛋白表达数据	不同月经周期阶段和早孕期采集的子宫组织样本
142	2025-09-18	Differentially expressed fusogens specify myocyte states to drive myogenesis 2025-Sep-17, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204771 PMID:40959964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠原代肌生成过程中两种不同的肌细胞群体及其调控机制	发现了表达不同fusogen（Mymk和Mymx）的两种意外肌细胞群体，挑战了脊椎肌肉前体细胞同质性的传统观点	研究局限于小鼠胚胎E9.5-11.5阶段的体节，未涉及更广泛发育时期或其他物种	探究肌细胞融合启动机制及肌生成过程中的细胞状态分化	小鼠胚胎体节中的肌细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，荧光原位杂交，谱系追踪，荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据，图像数据	E9.5-11.5小鼠胚胎体节
143	2025-09-18	A novel mouse model for LAMA2-related muscular dystrophy with analysis of molecular pathogenesis and clinical phenotype 2025-Sep-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94288 PMID:40960171	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术构建了一种新型LAMA2相关肌营养不良症小鼠模型，并分析了其分子发病机制和临床表型	基于人类LAMA2-MD突变热点区域创建了新型dy/dy基因敲除小鼠模型，并首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq技术进行转录组学分析	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	深入理解LAMA2相关肌营养不良症的分子发病机制	LAMA2基因敲除小鼠(dy/dy)模型	分子病理学	肌营养不良症	CRISPR-Cas9, scRNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫荧光	基因敲除小鼠模型	转录组数据, 表型数据, 神经病理学数据	新型dy/dy小鼠模型及相关野生型对照
144	2025-09-18	Spatial transcriptomic analysis reveals lack of response to PD-1 blockade in recurrent glioblastoma 2025-Sep-17, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02937-9 PMID:40960500	研究论文	本研究利用空间转录组学分析复发性胶质母细胞瘤对PD-1阻断疗法的无响应机制	首次在匹配的原发和复发胶质母细胞瘤样本中应用空间转录组技术（Digital Spatial Profiling）分析肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞对PD-1阻断的分子响应	样本量较小（26例患者），仅基于转录组层面分析而未整合蛋白组或功能验证数据	探究PD-1阻断疗法在复发性胶质母细胞瘤中无效的分子机制	IDH野生型胶质母细胞瘤患者（26例）的肿瘤组织样本，重点分析SOX2⁺肿瘤细胞和IBA1⁺肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	Digital Spatial Profiling (GeoMx, NanoString)，空间转录组学	NA	空间转录组数据，FFPE组织切片	26例匹配的原发与复发胶质母细胞瘤患者（其中16例接受纳武利尤单抗新辅助治疗）
145	2025-09-18	Effects of Oligolysine-Polyethylene Glycol Coating on the Biodistribution of Wireframe DNA Origami Nanosheets in Zebrafish Embryos 2025-Sep-16, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c05801 PMID:40900000	研究论文	本研究通过斑马鱼胚胎模型探究寡聚赖氨酸-聚乙二醇涂层对线框DNA折纸纳米片生物分布的影响	首次结合活体高分辨率成像与单细胞RNA测序，在斑马鱼模型中实现单细胞分辨率的DNA折纸纳米结构生物分布分析	研究局限于斑马鱼胚胎模型，结果向高等生物的转化需进一步验证	阐明K-PEG涂层对DNA折纸纳米结构在生物体内分布和清除机制的影响	斑马鱼胚胎及其中注射的荧光标记线框DNA折纸纳米片	纳米生物技术	NA	活体高分辨率成像、单细胞RNA测序、转基因斑马鱼系	NA	图像数据、基因表达数据	转基因斑马鱼胚胎（具体数量未明确说明）
146	2025-09-18	Limited nasal interferon production contributes to delayed respiratory virus clearance and suboptimal vaccine responses 2025-Sep-16, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182836 PMID:40956633	研究论文	本研究揭示了鼻部干扰素产生受限导致呼吸道病毒清除延迟和疫苗反应欠佳的机制	首次通过单细胞RNA测序发现鼻部干扰素刺激基因表达低下及干扰素负调控基因富集，并证实干扰素局部给药可增强免疫应答	主要基于小鼠模型，人类数据仅来自COVID-19患者的验证性分析	探究上呼吸道病毒清除延迟的免疫机制并开发干预策略	小鼠模型和COVID-19患者样本	免疫学	呼吸道病毒感染	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	小鼠模型和COVID-19患者样本（具体数量未明确说明）
147	2025-09-18	AutoGRN: An Automated Graph Neural Network Framework for Gene Regulatory Network Inference 2025-Sep-16, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3609408 PMID:40956752	研究论文	提出一个自动化图神经网络框架AutoGRN，用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络	采用遗传搜索算法和信息熵约束，自动优化GNN架构以适应不同数据集特性	未明确说明框架计算复杂度或可扩展性限制	提高基因调控网络推断的准确性和泛化能力	基因表达数据（特别是scRNA-seq数据）	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	多个公共数据集（具体数量未说明）
148	2025-09-18	Pharmacovigilance-Based Identification and Mechanistic Exploration of Periodontitis-Related Drugs 2025-Sep-16, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.70040 PMID:40957584	研究论文	本研究利用药物警戒数据和分子生物学方法探索与牙周炎相关的药物及其潜在机制	首次整合FAERS药物警戒数据、孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术系统研究药物与牙周炎的关联及分子机制	需要进一步研究确认因果关系，现有结果主要基于观察性数据和遗传学证据	识别与牙周炎相关的药物并探索其分子机制	药物不良反应报告数据、蛋白质靶点、基因表达数据	药物警戒与生物信息学	牙周炎	FAERS数据挖掘、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、通路富集分析	逻辑回归、信号检测算法、蛋白质相互作用网络分析	药物不良反应报告、基因组数据、单细胞转录组数据	基于FAERS数据库的大规模真实世界数据，以及UKB-PPP和deCODE队列的遗传数据
149	2025-09-18	Author Correction: Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain 2025-Sep-16, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-02077-z PMID:40958041	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
150	2025-09-18	Smooth muscle expression of RNA editing enzyme ADAR1 controls activation of the RNA sensor MDA5 in atherosclerosis 2025-Sep-16, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00710-5 PMID:40958051	研究论文	本研究揭示了RNA编辑酶ADAR1通过调控MDA5激活在动脉粥样硬化中的关键作用	首次发现平滑肌细胞特异性依赖RNA编辑，并证明ADAR1通过抑制MDA5激活维持血管完整性和限制动脉粥样硬化	NA	探究RNA编辑在冠状动脉疾病中的作用机制	人斑块样本、人冠状动脉平滑肌细胞、条件性基因敲除小鼠模型	心血管疾病研究	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序、基因编辑	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	Athero-Express颈动脉内膜切除队列样本
151	2025-09-18	5-FU Resistance Facilitates Immune Evasion in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Through ADAM10-Mediated PD-L1 Shedding and Tumour Microenvironment Remodelling 2025-Sep-16, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.70038 PMID:40958168	研究论文	本研究揭示了5-FU耐药通过ADAM10介导的PD-L1脱落和肿瘤微环境重塑促进食管鳞状细胞癌的免疫逃逸	首次发现ADAM10上调和可溶性PD-L1释放是5-FU耐药导致免疫逃逸的新机制	NA	探究5-FU耐药如何通过ADAM10-PD-L1轴介导免疫逃逸	食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞系和小鼠异种移植模型	肿瘤免疫学	食管癌	第三代DNA测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	5-FU耐药AKR小鼠ESCC细胞系及其亲代细胞系
152	2025-09-18	Spatial Crosstalk Modeling of the Tumor Microenvironment Identifies CCR5-Mediated Glia-to-Glia Signaling as a Key Regulator of Brain Metastatic Progression 2025-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0237 PMID:40960488	研究论文	本研究通过空间转录组和细胞间互作分析，揭示了脑转移微环境中胶质细胞间信号传导的关键作用，并验证了靶向CCR5信号通路的治疗潜力	首次系统解析脑转移进程中胶质细胞间空间互作网络，发现CCL4-CCR5等新型配体-受体对的关键调控作用，并提出靶向胶质细胞信号而非肿瘤细胞的治疗新策略	NA	探究脑转移微环境中胶质细胞间信号传导机制及其对肿瘤进展的调控作用	星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞在脑转移不同阶段的转录组特征	肿瘤微环境研究	脑转移瘤	RNA测序、空间转录组学、细胞间互作分析	NA	转录组数据、空间表达数据	多种胶质细胞在脑转移不同阶段的样本
153	2025-09-18	Depleting IL1R2+ Tumor-Infiltrating Regulatory T Cells with an ADCC-Prone Nanobody Construct Boosts the Efficacy of Anti-PD1 Immunotherapy 2025-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3095 PMID:40960523	研究论文	本研究通过开发一种ADCC倾向的纳米抗体构建体，特异性清除肿瘤浸润性调节性T细胞（IL1R2+ tiTregs），从而增强抗PD1免疫疗法的效果	首次鉴定IL1R2作为高度活化和抑制性tiTregs的表面标志物，并设计ADCC优化的纳米抗体实现特异性清除，与抗PD-1疗法协同增效	研究主要基于小鼠模型和部分人类数据集，临床前转化仍需进一步验证；IL1R2在tiTregs中的功能非必需，但靶向清除策略的有效性需更多机制探索	开发针对肿瘤浸润性调节性T细胞的特异性清除策略，以提升免疫检查点阻断疗法的疗效	三阴性乳腺癌（TNBC）和结直肠癌（CRC）的小鼠模型及人类数据集中的肿瘤浸润性调节性T细胞	免疫肿瘤学	三阴性乳腺癌和结直肠癌	CITE-seq, 单细胞RNA-seq, 抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC）	NA	单细胞测序数据, 元分析数据	基于小鼠TNBC和CRC模型及人类TNBC和CRC数据集的综合分析
154	2025-09-18	Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression 2025-Sep-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147 PMID:40902592	研究论文	提出一种名为QRscore的非参数统计方法，用于检测基因表达中的分布偏移，包括均值和方差变化	扩展Mann-Whitney检验，通过负二项和零膨胀负二项分布推导模型权重，能同时检测均值和方差偏移	NA	开发一种强大的统计方法来检测基因表达中的一般分布变化	基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-seq，单细胞RNA-seq	非参数统计检验	基因表达数据	GTEx项目的大量RNA-seq数据和AIDA项目的单细胞RNA-seq数据
155	2025-09-18	Biomarker Analysis and Treatment Dynamics Following Preoperative Ipilimumab plus Nivolumab in Locally Advanced Urothelial Cancer from the Phase IB NABUCCO Study 2025-Sep-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0419 PMID:40489082	研究论文	本研究探索了局部晚期尿路上皮癌患者术前使用伊匹木单抗联合纳武利尤单抗治疗的生物标志物及肿瘤微环境动态变化	首次通过单细胞RNA测序揭示TCF7+CD8+ T细胞在伊匹木单抗高剂量组应答者肿瘤微环境中的积累及其免疫记忆相关基因表达特征	样本量有限（单细胞分析仅基于两名应答者），且为单臂研究缺乏对照组	探索伊匹木单抗联合纳武利尤单抗在局部晚期尿路上皮癌中的生物标志物和治疗机制	III期尿路上皮癌患者	肿瘤免疫学	尿路上皮癌	PD-L1 IHC, 全外显子组测序, 转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据, 转录组数据, 免疫组化数据	基线组织样本53例（测序）, 51例（PD-L1检测）, 42例术后组织（CD8+ T细胞分析）
156	2025-09-18	Spatial dissimilarity analysis in single-cell transcriptomics 2025-Sep-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101141 PMID:40840441	研究论文	开发空间差异分析方法以揭示单细胞和空间转录组数据中的复杂双变量关系	提出空间差异方法，显著提升检测神经元亚型和肿瘤体细胞变异的准确性与灵敏度	NA	解析单细胞转录组中的等位基因特异性表达和细胞异质性	神经元、肿瘤细胞、正常人细胞	生物信息学	肿瘤	单细胞转录组测序、空间转录组、全外显子测序	NA	基因表达数据	人类细胞图谱数据（未指定具体样本数）
157	2025-09-18	Cellular cholesterol metabolism rewiring through SREBP2-LXR-mTOR signaling convergence orchestrates T cell fate and keratinocyte apoptosis in oral lichen planus 2025-Sep-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115457 PMID:40957169	研究论文	本研究探讨口腔扁平苔藓中T细胞胆固醇代谢通过SREBP2-LXR-mTOR信号轴重编程调控T细胞命运和角质形成细胞凋亡的机制	首次揭示OLP中T细胞胆固醇代谢异常通过SREBP2-LXR轴失衡和mTOR-STING通路交叉对话驱动疾病进展	NA	阐明胆固醇代谢在口腔扁平苔藓T细胞免疫病理中的作用机制	口腔扁平苔藓患者T细胞、Jurkat T细胞系、角质形成细胞共培养体系	免疫代谢学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、PCR、免疫共沉淀	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据、细胞功能实验数据	NA
158	2025-09-18	Comparison of single-cell RNA-seq methods to enable transcriptome profiling of neutrophils in clinical samples 2025-Sep-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101173 PMID:40957400	研究论文	比较三种单细胞RNA测序方法在临床样本中性粒细胞转录组分析中的应用性能	首次系统评估10× Genomics、PARSE Biosciences和HIVE技术对临床来源中性粒细胞scRNA-seq的适用性，并建立标准化工作流程	仅评估三种商业平台，未涵盖所有可用scRNA-seq技术	开发适用于临床试验的中性粒细胞可靠转录组分析方法	人血液来源的中性粒细胞	单细胞测序技术	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确样本数量，但评估了三种技术平台
159	2025-09-18	Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs of type 1 diabetes progression 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ady0080 PMID:40929272	研究论文	通过单细胞多组学和空间转录组学揭示1型糖尿病进展中胰腺细胞类型特异的基因调控程序	首次结合单核多组学和空间转录组学技术，在人类胰腺样本中系统解析1型糖尿病进展过程中的细胞类型特异性表观遗传驱动因子和细胞间通讯变化	样本量相对有限（最多32名捐赠者），且主要基于观察性数据，因果关系需进一步验证	阐明1型糖尿病在胰腺中的细胞类型特异性调控机制	人类胰腺组织样本（来自非糖尿病患者、自身抗体阳性者和1型糖尿病患者）	生物医学信息学	1型糖尿病	单核多组学（snMultiome）、空间转录组学	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据	32名捐赠者（853,005个细胞）
160	2025-09-18	SPP1 exacerbates ischemic stroke by promoting ferroptosis induced brain injury 2025-Sep-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152627 PMID:40957318	研究论文	本研究揭示SPP1通过PI3K/AKT通路加剧脑缺血再灌注损伤中的铁死亡，提出其作为治疗靶点的潜力	首次发现SPP1通过调控PI3K/AKT信号通路促进缺血性脑卒中中的铁死亡，并验证其抑制剂Compound 11的治疗效果	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化潜力需进一步验证	探究SPP1在缺血性脑卒中中的作用机制及治疗靶点价值	HT22细胞系和小鼠MCAO/R模型	病理机制研究	缺血性脑卒中	Western blot, 免疫荧光, 蛋白质组学分析, 电子显微镜, ROS定量	NA	蛋白质表达数据, 显微镜图像, 生化指标	细胞模型和小鼠动物模型（具体数量未明确说明）