单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-06-20	Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD 2025-Jun-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09083-y PMID:40533550	研究论文	该研究通过单细胞转录组和染色质动态分析，揭示了创伤后应激障碍（PTSD）在人脑中的细胞特异性分子调控机制	首次在超过两百万个细胞核中，以细胞类型特异性方式绘制了PTSD的表观基因组调控网络，并验证了关键基因如SST和FKBP5的异常	研究样本均来自死后捐赠者，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	揭示PTSD在人脑前额叶皮层中的细胞特异性分子机制	111例人脑样本（含PTSD和抑郁症患者及对照）的背外侧前额叶皮层	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞转录组测序、空间转录组、表观基因组分析	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	111例人脑样本（含PTSD和抑郁症患者及对照）的超过两百万个细胞核
142	2025-06-20	Morphodynamics of human early brain organoid development 2025-Jun-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09151-3 PMID:40533563	research paper	该研究通过长期活体光片显微镜技术，追踪了人类早期脑类器官发育过程中的组织形态、细胞行为和亚细胞特征	提出了一种新颖的双通道、多马赛克和多蛋白标记策略，结合计算去复用方法，实现了类器官发育过程中不同亚细胞特征的同时量化	研究主要基于体外培养的脑类器官模型，可能无法完全模拟体内大脑发育的复杂性	研究人类大脑形态动力学，探索基质相关机械感应动力学在大脑区域化中的核心作用	人类诱导多能干细胞生成的未引导脑类器官	发育生物学	NA	光片显微镜、单细胞转录组分析	NA	图像、转录组数据	未具体说明数量的脑类器官样本
143	2025-06-20	Rescue of naïve porcine circovirus type 3 and its pathogenesis in CD pigs 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00341-25 PMID:40353661	研究论文	本研究成功拯救了原始猪圆环病毒3型（PCV3）并研究了其在剖腹产猪（CD猪）中的致病机制	首次通过TEM观察PCV3病毒颗粒，并阐明了其在CD猪中的免疫抑制机制	由于病毒分离失败，PCV3在猪中的致病机制尚未准确阐明	研究PCV3病毒的致病机制及其对猪免疫系统的影响	原始猪圆环病毒3型（PCV3）和剖腹产猪（CD猪）	病毒学	猪圆环病毒感染	免疫荧光检测（IFA）、Western blotting、透射电子显微镜（TEM）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	分子生物学数据、细胞学数据、组织病理学数据	剖腹产猪（CD猪）和PK-15细胞
144	2025-06-20	Dissection of the global responses of mandarin fish pyloric cecum to an acute ranavirus (MRV) infection reveals the formation of serositis and then ascites 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.02308-24 PMID:40366173	research paper	研究揭示了急性MRV感染如何通过靶向鳜鱼幽门盲囊的浆膜层，导致纤维性浆膜炎和腹水的形成	首次在单细胞水平上解析了鳜鱼幽门盲囊对急性MRV感染的全局响应，明确了病毒驱动的浆膜炎是严重腹水的根本原因	研究主要关注急性感染阶段，对慢性感染或长期影响未做探讨	阐明MRV感染导致鳜鱼出现严重腹水的病理机制	鳜鱼幽门盲囊组织	兽医学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为鳜鱼个体
145	2025-06-20	Unraveling the cross-talk between a highly virulent PEDV strain and the host via single-cell transcriptomic analysis 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00555-25 PMID:40396761	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示高毒力PEDV毒株与宿主之间的互作机制	首次利用单细胞测序技术系统解析PEDV感染后的宿主细胞组成、基因表达和细胞间通讯变化，发现病毒可在B/T淋巴细胞内启动复制并诱导T细胞凋亡	未阐明病毒在免疫细胞内复制受阻的具体分子机制	探究高毒力PEDV毒株与宿主的互作关系及致病机制	猪流行性腹泻病毒(PEDV)及其感染的仔猪空肠细胞	病毒学	猪流行性腹泻	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	19,612个空肠细胞（来自PEDV感染和对照仔猪）
146	2025-06-20	Spatial and genomic profiling of residual breast cancer after neoadjuvant chemotherapy unveil divergent fates for each breast cancer subtype 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102164 PMID:40482645	研究论文	本研究利用单细胞空间转录组学和基因组分析，探讨了乳腺癌新辅助化疗后残留癌症负担（RCB）高但预后不同的机制	揭示了不同乳腺癌亚型在化疗后残留癌症中的基因组和微环境特征如何影响预后，特别是发现了TNBC和非TNBC中不同的免疫细胞相互作用和肿瘤内在特征	研究可能受限于样本量或特定亚型的代表性不足	探索乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的预后差异机制	乳腺癌患者，特别是TNBC和非TNBC亚型	数字病理学	乳腺癌	单细胞空间转录组学，基因组分析	NA	基因组数据，转录组数据	未明确提及具体样本数量
147	2025-06-20	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188 PMID:40499545	研究论文	通过多组学分析探索食管腺癌（EAC）的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，并预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用	研究依赖于外部单细胞RNA测序和批量RNA测序研究的验证，可能存在样本异质性	理解食管腺癌的异质性、疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性EAC肿瘤样本，并在三个外部单细胞RNA测序研究和三个批量RNA测序研究中验证
148	2025-06-20	ECT2+ cell group acts as cancer stem cell in malignant pleomorphic adenoma 2025-Jun-17, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00974-x PMID:40523903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了唾液腺多形性腺瘤癌(CXPA)的综合图谱，并鉴定出ECT2+细胞群作为CXPA中的癌症干细胞	首次在CXPA中鉴定出ECT2+细胞群作为癌症干细胞，并证实其与肿瘤侵袭性和预后的关联	CXPA中癌症干细胞的研究仍处于初步阶段，需要进一步验证	探索CXPA的肿瘤异质性和癌症干细胞特征	唾液腺多形性腺瘤癌(CXPA)患者肿瘤组织和细胞系	肿瘤生物学	唾液腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	CXPA患者肿瘤组织样本和细胞系
149	2025-06-20	Single-cell transcriptomics analysis of the healing process of ligament rupture 2025-Jun-17, Bone & joint research IF:4.7Q1 DOI:10.1302/2046-3758.146.BJR-2024-0307.R3 PMID:40525225	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究韧带断裂修复过程中的细胞和遗传学特征	首次在韧带组织中明确识别出肌腱细胞和成纤维细胞，并发现人类前交叉韧带组织中的十种细胞群	样本量较小（仅6例），且仅针对前交叉韧带进行研究	探究韧带断裂修复和愈合过程中的细胞与遗传学机制	健康个体和韧带断裂患者的ACL组织	单细胞转录组学	韧带损伤	scRNA-seq, 免疫组化	NA	单细胞基因表达数据	6例（3例健康个体+3例患者）共83,195个细胞
150	2025-06-20	Single-cell dissection of prognostic architecture and immunotherap response in Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer 2025-Jun-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.99337 PMID:40525824	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示幽门螺杆菌感染相关胃癌的分子异质性及免疫治疗反应的关键细胞和分子通路	揭示了幽门螺杆菌感染相关胃癌中恶性上皮细胞、血管生成相关肿瘤相关巨噬细胞和炎症性癌症相关成纤维细胞的分子特征及其相互作用	样本量较小（仅24例），且未涉及其他类型胃癌的对比	解析幽门螺杆菌感染相关胃癌的分子特征及免疫治疗反应机制	幽门螺杆菌感染相关胃癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	24例（9例当前感染患者，3例既往感染患者，6例未感染患者，6例健康对照）
151	2025-06-20	Id2 levels determine the development of effector vs. exhausted tissue-resident memory CD8+ T cells during CNS chronic infection 2025-Jun-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115861 PMID:40531616	research paper	本研究探讨了转录调节因子Id2在慢性中枢神经系统感染期间对CD8+组织驻留记忆T细胞（Trms）效应与耗竭表型的影响	揭示了Id2水平在决定CD8+ Trms功能状态中的关键作用，并展示了Id2过表达如何抑制T细胞耗竭	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究慢性中枢神经系统感染期间CD8+ Trms异质性的分子机制	小鼠脑部CD8 T细胞	免疫学	慢性感染	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
152	2025-06-20	Multi-omics reveals the polyethylene terephthalate carcinogenicity: Cancer progression and immune microenvironment 2025-Jun-17, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118522 PMID:40532600	研究论文	该研究通过多组学方法揭示了聚乙烯对苯二甲酸酯（PET）的致癌机制及其对癌症进展和免疫微环境的影响	整合网络毒理学、机器学习、分子对接模拟、单细胞RNA测序和空间转录组学等多种技术，首次系统性地研究了PET的致癌机制	研究主要基于计算模拟和体外实验，缺乏体内实验验证	探究PET的致癌机制及其在肿瘤发生发展中的作用	聚乙烯对苯二甲酸酯（PET）及其与癌症相关的分子靶点	分子毒理学与癌症生物学	癌症	网络毒理学、机器学习、分子对接模拟、单细胞RNA测序、空间转录组学	机器学习算法	多组学数据	涉及22个核心基因的泛癌表达谱分析
153	2025-06-20	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Jun-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	研究论文	介绍了一种名为STAMP的新型单细胞转录组分析和多模态成像分析方法	STAMP方法通过结合转录组学和蛋白质组学成像平台，消除了测序成本，支持多模态（RNA、蛋白质和H&E）分析，同时保留细胞结构和形态	NA	克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	单细胞组学	NA	转录组学和蛋白质组学成像	NA	RNA、蛋白质和H&E图像数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
154	2025-06-20	CRISPR for Cystic Fibrosis: advances and insights from a systematic review 2025-Jun-17, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021 PMID:40534129	systematic review	本文系统回顾了基于CRISPR的基因编辑技术在囊性纤维化(CF)治疗中的应用和进展	通过跨研究比较分析了27篇研究文章，总结了针对CF致病变异的策略设计、靶细胞选择、编辑效率等技术细节，并强调了标准化报告编辑效率和功能恢复的重要性	需要进一步的单细胞RNA测序和体内研究以获得临床相关结论，某些CFTR基因区域的编辑仍存在技术困难	评估CRISPR基因编辑技术在囊性纤维化治疗中的应用效果和前景	囊性纤维化(CF)及其致病基因CFTR的突变	基因编辑	囊性纤维化	CRISPR, 同源定向修复(HDR), 碱基编辑, 引物编辑	NA	研究文献数据	27篇研究文章
155	2025-06-20	Single-Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma In Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2025-Jun-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3023 PMID:40101158	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）的基因表达，揭示了其与浸润性乳腺癌（IBC）之间的复杂基因型-表型关系	首次在单细胞水平上分析了DCIS的基因表达和克隆异质性，并揭示了基底膜完整性丧失在癌症浸润过程中的关键作用	研究样本量有限，且主要关注雌激素受体状态的影响	探究DCIS向IBC转变的分子机制	导管原位癌（DCIS）病变组织和匹配的正常乳腺组织	癌症基因组学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但包含DCIS病变和正常组织的临床标本
156	2025-06-20	A multi-type programmed cell death gene signature predicts survival and reveals therapeutic targets in osteosarcoma 2025-Jun-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02944-y PMID:40522389	research paper	该研究通过整合多种程序性细胞死亡相关基因，构建了一个预测骨肉瘤生存和治疗靶点的基因特征模型	首次整合18种程序性细胞死亡相关基因构建骨肉瘤预后模型，并揭示了关键基因和通路	研究基于回顾性数据，需要前瞻性研究验证模型的临床适用性	开发骨肉瘤预后预测模型并识别潜在治疗靶点	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	digital pathology	osteosarcoma	转录组数据分析，单细胞RNA-seq	LASSO回归模型	基因表达数据	来自GEO和TARGET数据库的骨肉瘤患者数据
157	2025-06-20	Whole genome sequencing and single-cell transcriptomics identify KMT2D inactivation as a potential new driver for pituitary tumors: a case report 2025-Jun-16, BJC reports DOI:10.1038/s44276-025-00155-0 PMID:40523964	研究论文	通过全基因组测序和单细胞转录组学技术，发现KMT2D失活可能是垂体肿瘤的新驱动因素	首次发现组蛋白甲基转移酶KMT2D可能是垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的新驱动基因，并揭示了该肿瘤与转移性癌症共享的驱动因素和表观遗传改变	仅基于一个病例报告，样本量较小，需要更大规模的研究验证	探索垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的新驱动基因和分子特征	一名50多岁的混合型生长激素-泌乳素细胞瘤患者	基因组学	垂体肿瘤	全基因组测序（WGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全基因组DNA甲基化分析	NA	基因组数据、转录组数据、甲基化数据	1例患者（混合型生长激素-泌乳素细胞瘤）
158	2025-06-20	Integrative analysis of bulk and single-cell gene expression profiles to identify bone marrow mesenchymal cell heterogeneity and prognostic significance in multiple myeloma 2025-Jun-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06637-6 PMID:40524208	研究论文	通过整合大量和单细胞基因表达谱，识别骨髓间充质细胞的异质性及其在多发性骨髓瘤中的预后意义	发现了一种独特的HMGhMSC亚克隆，并构建了基于该亚群的预后模型	NA	研究多发性骨髓瘤中骨髓间充质干细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	健康供体和多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（10X）、批量转录组数据分析、Seurat、SCENIC、CellChat、COX和LASSO回归	预后模型	基因表达数据	GSE4581和GSE136337数据集作为训练集和验证集
159	2025-06-20	Prognostic analysis of bladder cancer with neddylation-related genes 2025-Jun-16, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00463-y PMID:40524221	research paper	本研究探讨了neddylation修饰在膀胱癌（BLCA）进展中的作用及其预后意义	通过WGCNA、LASSO和Cox回归分析，识别出6个与neddylation相关的关键基因（CUL1、PUM2、UBE2D3、HIF3A、COPS2和DDB1），并构建了具有良好诊断效率的预后模型	研究依赖于TCGA数据库的数据，未进行大规模独立队列验证	探索neddylation在膀胱癌进展中的作用及其预后意义	膀胱癌（BLCA）患者	生物信息学	膀胱癌	WGCNA、LASSO回归、Cox回归分析、RT-qPCR、单细胞测序	预后模型	基因表达数据	TCGA数据库中的膀胱癌患者数据及临床样本
160	2025-06-20	Multi-omics analyses of the heterogenous immune microenvironment in triple-negative breast cancer implicate UQCRFS1 potentiates tumor progression 2025-Jun-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00672-1 PMID:40524231	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中异质性免疫微环境的作用，并发现UQCRFS1基因促进肿瘤进展	揭示了TNBC中免疫微环境的异质性，鉴定了IL32high Treg对肿瘤逃逸的关键作用，并开发了基于五个关键基因的恶性细胞指数（MCI）模型	样本量较小（仅9名TNBC初治患者），需要在更大规模的队列中进行验证	解析TNBC中肿瘤免疫微环境的异质性及其与肿瘤进展的关系	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、蛋白质组学、qRT-PCR、Western blotting	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	9名TNBC初治患者的单细胞RNA测序数据