单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-08-06	Nanoparticle-Delivered siRNA Targeting NSUN4 Relieves Systemic Lupus Erythematosus through Declining Mitophagy-Mediated CD8+T Cell Exhaustion 2025-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70311 PMID:40761479	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和m5C表观转录组测序，揭示了NSUN4在系统性红斑狼疮(SLE)发病机制中的关键作用，并提出靶向NSUN4的治疗策略	首次发现CD7CD74 CD8+T细胞亚群在SLE患者中的扩增及其与m5C修饰的关系，并验证了NSUN4通过调控线粒体自噬影响CD8+T细胞耗竭的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需要进一步验证	探究m5C修饰在系统性红斑狼疮发病机制中的作用并开发新的治疗靶点	系统性红斑狼疮患者和小鼠模型中的CD8+T细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, m5C-seq	siRNA纳米颗粒递送系统	转录组数据	未明确说明样本数量，涉及SLE患者和小鼠模型
142	2025-08-06	Effects of Cholesterol Metabolism on Corneal Endothelial Dysfunction in Patients With Type 1 Diabetes 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.9 PMID:40762538	研究论文	本研究探讨了胆固醇代谢对1型糖尿病患者角膜内皮功能障碍的影响	首次从胆固醇代谢角度揭示了糖尿病诱导角膜内皮功能障碍的机制，并提出了胆固醇补充的保护作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	揭示糖尿病如何通过胆固醇代谢途径诱导角膜内皮功能障碍	1型糖尿病小鼠模型和高糖培养的B4G12细胞	眼科疾病研究	糖尿病	scRNA-seq, RNA-seq, RT-qPCR, Western blotting, 免疫荧光染色	动物模型（小鼠）和细胞模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明样本数量，使用了小鼠模型和细胞系
143	2025-08-06	A lipid metabolism-related gene signature predicts prognosis after tamoxifen treatment in ER + breast cancer and reflects tumor microenvironment heterogeneity through single-cell analysis 2025-Jul-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02194-5 PMID:40745642	研究论文	本研究通过整合脂质代谢基因表达和机器学习数据，开发了一个基于基因表达的预后模型，用于预测ER阳性乳腺癌患者接受他莫昔芬治疗后的预后	利用脂质代谢相关基因特征预测ER阳性乳腺癌患者的预后，并通过单细胞分析揭示肿瘤微环境异质性	研究样本量有限，且仅针对ER阳性乳腺癌患者	开发一个预后模型，预测ER阳性乳腺癌患者接受他莫昔芬治疗后的生存结果	ER阳性乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序	机器学习模型	基因表达数据	TCGA-ER+BRCA数据集（N=183），GSE17705（N=298），GSE22219（N=134），GSE42568（N=70），GSE58644（N=147）
144	2025-08-06	Dual lineage origins contribute to neocortical astrocyte diversity 2025-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61829-4 PMID:40738880	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了小鼠大脑皮层中五种星形胶质细胞亚型的分子特征、空间分布和功能，并阐明了它们形成的调控机制	发现了两种不同的谱系来源（Emx1放射状胶质细胞和Olig2标记的谱系）共同贡献于大脑皮层星形胶质细胞的多样性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他高等哺乳动物中验证	探索大脑皮层星形胶质细胞多样性的发育起源机制	小鼠大脑皮层的星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、TrackerSeq谱系追踪	NA	基因表达数据、空间分布数据	NA（未明确说明样本数量）
145	2025-08-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2025-Jul-30, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-02022-0 PMID:40739059	研究论文	该研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，揭示了人类海马的分子景观	结合单核RNA测序和空间转录组学数据，利用非负矩阵分解和标签转移方法，首次在人类海马中定义了基因表达模式并推断其空间组织	研究仅基于10名成年神经典型捐赠者的数据，样本量相对较小	揭示人类海马细胞类型的分子特征及其空间组织	人类海马组织	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NA	转录组数据	10名成年神经典型捐赠者的海马组织
146	2025-08-06	SETDB1 ensures the continuity of embryonic to adult neural stem cells through metabolic alterations in the dentate gyrus 2025-Jul-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424315122 PMID:40699919	research paper	该研究揭示了SETDB1通过代谢改变在胚胎神经祖细胞向成人神经干细胞（aNSCs）转变过程中的关键作用	首次发现SETDB1通过调控代谢状态（特别是COX6B2和OXPHOS）影响aNSCs的生成，防止其向星形胶质细胞分化	研究主要集中在大脑海马齿状回区域，其他脑区的情况尚不明确	探索胚胎神经祖细胞如何转变为成人神经干细胞并维持其池的分子机制	胚胎神经祖细胞和成人神经干细胞（aNSCs）	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了单细胞RNA测序技术
147	2025-08-06	Time-coexpress: temporal trajectory modeling of dynamic gene co-expression patterns using single-cell transcriptomics data 2025-Jul-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06218-w PMID:40731381	研究论文	提出了一种基于copula的框架TIME-CoExpress，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性动态变化	采用数据驱动的平滑函数建模非线性基因共表达变化，并整合了scRNAseq数据的过离散和零膨胀特性	未明确说明计算复杂度或在大规模数据集上的适用性	开发更灵活准确的方法来分析单细胞转录组数据中的基因共表达动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	copula模型	基因表达数据	垂体胚胎发育过程中的scRNAseq数据集（包括突变型和野生型小鼠）
148	2025-08-06	The brainstem BBSome regulates glucose homeostasis and lean mass in a state-dependent manner 2025-Jul-29, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102222 PMID:40744313	research paper	该研究探讨了脑干纤毛和BBSome蛋白复合体在能量平衡和葡萄糖稳态中的作用	揭示了脑干纤毛和BBSome在代谢调节中的新机制，特别是在肥胖相关代谢功能障碍中的复杂作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	研究脑干纤毛和BBSome蛋白复合体对能量平衡和葡萄糖稳态的调控作用	小鼠模型，特别是Phox2b神经元	代谢研究	肥胖	免疫荧光、共聚焦成像、单细胞RNA测序、代谢测试、胰岛素信号检测、神经记录、病毒技术	Phox2bCre/Ift88 fl/fl和Phox2bCre/Bbs1fl/fl小鼠模型	基因表达数据、代谢数据、神经活动数据	未明确说明具体数量，但涉及多种基因修饰小鼠模型
149	2025-08-06	"Small extracellular vesicles: messengers at the service of breast cancer agenda in the primary and distant microenvironments" 2025-Jul-21, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03471-y PMID:40691627	综述	本文综述了小细胞外囊泡（small EVs）在乳腺癌原发和远处微环境中的作用及其在诊断和治疗中的潜在应用	强调小EVs在免疫调节、基质重塑和转移灶形成中的关键作用，并探讨其在液体活检和个性化治疗中的潜力	小EVs的异质性和追踪限制仍是主要挑战，临床转化仍需解决靶向效率、体内稳定性和免疫原性等问题	探讨小EVs在乳腺癌微环境中的功能及其在精准肿瘤学中的应用	乳腺癌及其微环境中的小细胞外囊泡	精准医学	乳腺癌	超速离心、免疫亲和、微流控系统、单细胞转录组学、多组学方法	NA	蛋白质、脂质、DNA、非编码RNA	NA
150	2025-08-06	Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9466 PMID:40680117	研究论文	开发了一种基于人工智能的模型，利用细胞形态学特征和组织学空间组织从H&E染色全切片图像中推断肿瘤细胞分化状态和动态轨迹	提出了一种成本效益高的方法，通过常规病理切片大规模分析肿瘤进展动态，克服了单细胞RNA测序的高成本和资源密集限制	方法依赖于H&E染色图像的质量和可用性，可能不适用于所有类型的肿瘤	开发一种成本效益高的方法来大规模分析肿瘤进展动态	肺腺癌患者的肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	AI模型	NA	图像	三个独立的肺腺癌队列
151	2025-08-06	Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf306 PMID:40748322	研究论文	本文介绍了一种名为BLADE的新方法，用于检测和去除空间转录组学数据中的三种常见伪影	开发了BLADE这一跨平台的自动化统计方法，能够检测并去除空间转录组学数据中的边界效应、组织边缘效应和位置批次故障	研究主要基于10x Visium和CosMx平台的数据，可能不适用于其他空间转录组学技术	提高空间转录组学数据的质量，减少伪影对研究结果的影响	人类和小鼠的肝脏及脂肪组织样本	空间转录组学	NA	空间转录组学技术（Visium和CosMx）	统计方法（BLADE）	空间转录组数据	37个10x Visium样本（来自人类和小鼠的肝脏和脂肪组织）
152	2025-08-06	miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08646-3 PMID:40593296	研究论文	本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSC）的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别出miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素	利用miRNA为中心的调控网络结合调节组数据，构建了预测性能优越的转移预测模型（AUC 0.805），并首次揭示miR-27b通过负调控FN1表达影响HPV阴性HNSC转移的分子机制	研究样本量虽然较大（333例），但仍需更多独立队列验证模型的普适性	阐明HPV阴性头颈部鳞癌转移的调控机制并开发预测模型	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者肿瘤样本	肿瘤基因组学	头颈部鳞癌	转录组测序、单细胞RNA-seq	miRNA调控网络模型	RNA-seq数据	333例HPV阴性HNSC肿瘤样本
153	2025-08-06	Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia 2025-Jul, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01489-y PMID:40610752	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示近视中视网膜神经节细胞的顺行性跨突触退化及突触重塑加剧的现象	首次发现近视可加剧视网膜神经节细胞凋亡，诱导顺行性跨突触退化并加重突触重塑	未涉及其他类型视网膜细胞或非视觉皮层区域的影响	探究近视发病机制中顺行性跨突触退化的作用	视网膜神经节细胞(RGCs)和视觉皮层	生物医学	近视	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
154	2025-08-06	PoweREST: Statistical power estimation for spatial transcriptomics experiments to detect differentially expressed genes between two conditions 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013293 PMID:40729405	研究论文	开发了一个名为PoweREST的统计功效估计工具，用于空间转录组学实验中检测两种条件下差异表达基因	首次提出了针对10X Genomics Visium数据的差异表达基因检测的统计功效估计工具，支持实验前和初步数据收集后的功效分析	仅适用于10X Genomics Visium数据，未涵盖其他空间转录组学技术	解决空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效计算问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
155	2025-08-06	CrebA regulation of secretory capacity: Genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659381 PMID:40667345	研究论文	本研究通过DNA结合实验、表达分析和结合位点突变揭示了果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌途径组分基因（SPCGs）来增强胚胎唾液腺的分泌能力	发现CrebA及其哺乳动物同源物Creb3L家族在增强分泌能力方面具有高度保守的功能，并通过单细胞RNA测序技术进一步探索了CrebA结合与基因调控的关系	尚不清楚是什么区分了功能性结合，以及CrebA是否是所有果蝇胚胎组织中驱动SPCG基因表达的主要因素，或者CrebA是否还调控其他组织特异性功能	探究CrebA转录因子在增强分泌能力中的作用及其调控机制	果蝇胚胎唾液腺及哺乳动物组织中的分泌途径组分基因（SPCGs）	分子生物学	NA	DNA结合实验、表达分析、结合位点突变、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型和CrebA缺失型果蝇胚胎
156	2025-08-06	Multiomics identifies tumor-intrinsic SREBP1 driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011537 PMID:40518290	研究论文	通过多组学分析鉴定出肝细胞癌中肿瘤内在的SREBP1驱动免疫排斥，并提出其作为克服免疫检查点抑制剂耐药的新治疗靶点	首次通过大规模多组学分析（包括RNA测序、蛋白质组学、单细胞RNA测序等）结合功能实验，发现SREBP1作为免疫排斥的中心调控因子，并通过促肿瘤巨噬细胞（M2样）重编程机制发挥作用	研究主要基于体外实验和有限的临床样本，需要进一步在更大规模的临床队列和体内模型中验证	探索肝细胞癌中免疫检查点抑制剂耐药的机制并寻找新的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者样本和体外培养的肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 成像质谱流式细胞术(IMC), MALDI空间脂质组学, 3D共培养模型	CRISPR基因敲除模型	多组学数据（转录组、蛋白质组、单细胞转录组、脂质组）	900+人类样本（包括31个肿瘤单细胞RNA-seq样本）
157	2025-08-06	Systematic characterization of the ovarian landscape across mouse menopause models 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.658920 PMID:40661543	research paper	该研究系统比较了三种小鼠更年期模型，揭示了卵泡丢失、内分泌紊乱和转录重塑的共同及模型特异性特征	首次系统比较了三种小鼠更年期模型，包括完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭和遗传模型，揭示了不同模型在激素和免疫改变方面的独特模式	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类更年期的复杂性	研究更年期的分子机制及其对全身健康的影响	三种小鼠更年期模型（完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭、遗传模型）	生物医学研究	更年期相关疾病	组织学、血清激素分析、单细胞转录组学、机器学习	机器学习	分子和表型数据	三种小鼠模型（具体数量未提及）
158	2025-08-06	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.656433 PMID:40502191	研究论文	通过空间转录组学技术分析17名不同发育和损伤阶段的婴儿肺部基因表达模式，构建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	利用成像空间转录组学技术，首次在人类婴儿肺部发育和损伤过程中揭示了转录变化的时空动态	样本量相对有限（17例），且仅关注急性新生儿肺损伤	揭示肺部器官发育过程中细胞转变的时序和调控机制	17名不同发育和损伤阶段的婴儿肺部组织	空间转录组学	新生儿肺损伤	成像空间转录组学	计算聚类方法	空间转录组数据	17例人类婴儿肺部样本（约120万个细胞）
159	2025-08-06	Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics 2025-Jun, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10889-6 PMID:40366552	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和批量蛋白质组学技术，鉴定了脂肪基质血管部分和干细胞/基质细胞中具有免疫调节潜能的亚群	整合单细胞RNA测序与批量蛋白质组学数据，首次识别出与细胞因子激活的培养ASC表型相似的SVF来源ASC亚群	研究主要基于体外实验数据，需要进一步体内验证	解析脂肪来源基质细胞的异质性免疫调节潜能	脂肪基质血管部分(SVF)和培养的脂肪来源干细胞/基质细胞(ASCs)	单细胞组学	NA	scRNA-seq, 批量蛋白质组学	Scissor算法	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	未培养(P0)和培养(P2)的ASC细胞样本
160	2025-08-06	Prg4+ fibro-adipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.654160 PMID:40462922	研究论文	本文通过建立小鼠报告模型，研究了肌肉细胞对骨折修复的贡献，揭示了Prg4标记的纤维脂肪祖细胞（FAP）亚群在骨折修复中的关键作用	发现了Prg4+ FAPs在骨折修复中的新机制，即这些细胞能够从肌肉迁移至骨折部位并分化为软骨细胞、成骨细胞和骨细胞	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证；在膜内骨损伤模型中，Prg4+ FAPs的贡献显著少于骨折模型	探究肌肉细胞在骨折修复中的具体作用机制	小鼠模型中的Prg4+纤维脂肪祖细胞（FAPs）	骨科学	骨折	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠报告模型	基因表达数据	小鼠模型