单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-28	Suppression of NOX2-Derived Reactive Oxygen Species (ROS) Reduces Epithelial-to-MesEnchymal Transition Through Blocking SiO2-Regulated JNK Activation 2025-Apr-30, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13050365 PMID:40423444	研究论文	本研究探讨了NOX2和JNK信号通路在二氧化硅诱导的肺纤维化中的作用及其相互调控机制	揭示了JNK和NOX2信号通路之间的正反馈循环机制，这一机制在二氧化硅诱导的上皮-间质转化(EMT)中起关键作用	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制，寻找潜在治疗靶点	人类上皮细胞和二氧化硅诱导的矽肺病小鼠模型	分子病理学	矽肺病	单细胞测序	NA	分子生物学数据	NA
142	2025-05-28	An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03238-1 PMID:40269868	研究论文	本研究通过整合多中心慢性阻塞性肺疾病(COPD)的转录组数据，利用机器学习方法识别了13个潜在致病基因，并验证了TIMP4在COPD发病机制中的关键作用	首次整合多中心COPD数据构建13基因模型，并发现TIMP4作为核心致病基因在纤毛细胞中的作用机制	研究样本来自两个中心，可能需要更大规模验证；体外功能验证仍需进一步深入	识别COPD发病机制中独立于患者变异性的核心基因集	COPD患者的肺组织样本	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	加权基因共表达网络分析(WGCNA)，单细胞测序，孟德尔随机化	机器学习模型	转录组数据	来自两个中心的COPD患者肺组织样本
143	2025-05-28	Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis 2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e27050453 PMID:40422408	review	该综述讨论了如何利用动态系统方法与时空分辨的单细胞RNA测序数据相结合，以建模和推断细胞动态	结合了时空分辨的单细胞RNA测序数据与动态系统建模方法，如马尔可夫链、随机微分方程和生成模型，以重建细胞动态轨迹和命运决定	NA	探讨如何利用计算框架和时空分辨的单细胞RNA测序数据来研究细胞动态行为	细胞动态行为、发育过程和疾病进展	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST), 时间序列空间转录组学(temporal-ST)	马尔可夫链, 随机微分方程(SDEs), 最优传输, 薛定谔桥	单细胞RNA测序数据, 时空数据	NA
144	2025-05-28	Piezo1-Mediated Calcium Flux Transfers Mechanosignal to Yes-Associated Protein to Stimulate Matrix Production in Keloid 2025-Apr-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.03.039 PMID:40254148	研究论文	该研究揭示了Piezo1介导的钙流通过Yes相关蛋白（YAP）刺激瘢痕疙瘩中基质产生的机制	首次发现Piezo1和YAP在瘢痕疙瘩成纤维细胞中的相关性，并证实它们作为促粘连信号环的上游信号	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索机械力诱导的促粘连信号通路在瘢痕疙瘩形成中的作用	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的瘢痕疙瘩异种移植模型	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞转录组分析、原子力显微镜、钙离子敏感荧光指示剂Fluo-3/AM、双标记免疫荧光染色	NA	转录组数据、显微镜图像数据	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的异种移植模型
145	2025-05-28	Multiparametric Profiling of Circulating Immune Cells Identifies an Expansion of CD25high Switched Memory B Cells in Osteoarthritis 2025-Apr-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43186 PMID:40229860	research paper	该研究通过单细胞分辨率的多参数分析，识别出骨关节炎患者循环免疫细胞中的CD25高表达转换记忆B细胞扩增	首次在骨关节炎患者中鉴定出CD25高表达转换记忆B细胞亚群作为潜在的细胞生物标志物	样本量较小（21名健康供体，17名OA患者，10名DMT患者），且仅分析了外周血单个核细胞	寻找骨关节炎的新型生物标志物	骨关节炎患者的循环免疫细胞	免疫学	骨关节炎	质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序	NA	单细胞蛋白质组数据，单细胞转录组数据	48人（21名健康供体，17名OA患者，10名DMT患者）
146	2025-05-28	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	research paper	该研究是一项I期临床试验，评估在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂与SD101原位疫苗联合使用的效果	首次在人体临床试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合使用的效果，探索从小鼠模型到人类研究的转化挑战	临床结果与临床前小鼠模型结果存在显著差异，治疗效果不如单独使用TLR9激动剂和低剂量放疗	评估OX40激动剂与SD101联合治疗低级别B细胞淋巴瘤的安全性和有效性	14名低级别B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	B细胞淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床数据、分子生物学数据	14名患者
147	2025-05-28	A single-cell RNA sequencing dataset of peripheral blood cells in long COVID patients on herbal therapy 2025-Jan-30, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04510-1 PMID:39885244	research paper	该研究提供了一个关于长期COVID患者在接受草药治疗后外周血细胞的单细胞RNA测序数据集	首次提供了针对长期COVID患者使用草药治疗后的单细胞RNA测序数据，为理解草药在长期COVID管理中的作用提供了新资源	对草药治疗长期COVID的有效性和安全性的理解仍然有限	研究草药治疗对长期COVID患者免疫细胞群的影响	长期COVID患者的外周血细胞	digital pathology	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	181,205个通过质量控制的外周血细胞
148	2025-05-28	A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing 2025-01-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84323-1 PMID:39870652	research paper	本文介绍了一种名为OmicSense的定量预测方法，利用全组学数据进行生物传感	OmicSense采用高斯混合模型作为概率分布，能够准确且稳健地预测生物标志物，避免过拟合，并在单细胞转录组、代谢组和微生物组数据中表现出高预测性能	未明确提及具体局限性	开发一种能够充分利用组学数据进行生物标志物预测的方法	组学数据（转录组、代谢组、微生物组）	生物信息学	NA	加权基因共表达网络分析	高斯混合模型	组学数据（转录组、代谢组、微生物组）	未明确提及具体样本数量
149	2025-05-28	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	research paper	该论文介绍了一种名为bacterial-MERFISH的新方法，用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析	结合1000倍体积扩展与MERFISH技术，解决了细菌信使RNA高密度带来的技术难题，实现了对单个细菌内数千个操纵子的空间解析	NA	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌（特别是肠道共生菌）	spatial transcriptomics	NA	multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization (MERFISH)	NA	spatial transcriptomic data	NA
150	2025-05-28	Regionalized cell and gene signatures govern esophageal epithelial homeostasis 2025-01-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.025 PMID:39426382	研究论文	本文通过区域解析的Smart-seq3单细胞测序技术，构建了成年小鼠食管的全面细胞图谱，揭示了食管上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞的非均匀分布及其区域化特征	首次使用区域解析的单细胞测序技术揭示食管细胞和基因特征的区域化差异，并验证了WNT、BMP、IGF和NRG信号通路在食管轴上的差异性参与	研究仅针对小鼠模型，人类食管可能存在差异	理解食管区域化的细胞和转录框架，为上皮疾病易感性提供功能基础	成年小鼠食管上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞	单细胞测序	食管疾病	Smart-seq3单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	成年小鼠食管组织
151	2025-05-28	Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86052-5 PMID:39814835	研究论文	本研究探讨了嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联	揭示了嘧啶代谢相关基因在前列腺癌P2亚组中的显著上调，以及其与免疫细胞调节和药物敏感性的潜在联系	研究主要基于转录组和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	阐明嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其治疗意义	前列腺癌样本	肿瘤代谢	前列腺癌	转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
152	2025-05-28	Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86170-0 PMID:39814871	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，确定了铜死亡相关枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物	首次揭示了铜死亡在脊髓损伤中的作用，并鉴定了Mpeg1作为关键基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探索铜死亡在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	脊髓损伤样本和铜死亡相关基因	生物信息学	脊髓损伤	RNA测序、ssGSEA、WGCNA、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	GEO数据库中的1、3、7天脊髓损伤样本
153	2025-05-28	Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85506-0 PMID:39814999	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索脂肪酸代谢在肝细胞癌（HCC）中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别出与HCC预后相关的脂质代谢基因，并发现PTGES3作为核心基因与免疫细胞浸润及不良预后相关	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探索脂质代谢在肝细胞癌进展中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 分子对接	NA	RNA测序数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的HCC患者转录组和临床数据集
154	2025-05-28	Multimodal screen identifies noise-regulatory proteins 2025-01-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.015 PMID:39406240	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学和调控因子富集分析，识别出32个潜在的噪声调控蛋白，并发现SON蛋白能在不改变平均表达水平的情况下调控转录噪声	首次发现一类能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质，特别是SON蛋白的噪声调控功能及其对细胞命运选择的影响	研究仅在小鼠胚胎干细胞中验证了SON蛋白的功能，尚未在其他细胞类型或生物体中广泛验证	探索是否存在能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质或通路	基因表达噪声调控蛋白，特别是SON蛋白	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、蛋白质组学、调控因子富集分析、长读长RNA测序、总RNA测序	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	NA
155	2025-05-28	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	research paper	通过多祖先精细定位分析192个风险区域，优化乳腺癌遗传风险和生物学理解	识别了332个独立的乳腺癌风险关联信号，包括131个先前未报告的信号，并将50个信号的潜在因果变异缩小到单个变异	虽然识别了大量关联信号和候选易感基因，但大多数因果变异和目标基因仍未知	优化乳腺癌遗传风险和生物学理解	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照的基因组关联研究数据	基因组学	乳腺癌	基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、体外实验	NA	基因组数据	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照
156	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2025, BMC methods DOI:10.1186/s44330-025-00029-4 PMID:40401145	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能够代表人类遗传多样性，通过推断数据捐赠者的祖先信息	单细胞基因组数据	基因组学	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	单细胞基因组数据	3201名来自26个种群群体的个体
157	2025-05-28	Bulk and single-cell RNA sequencing identify prognostic signatures related to FGFBP2+ NK cell in hepatocellular carcinoma 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19337 PMID:40416605	research paper	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌（HCC）预后标志物	首次利用单细胞RNA测序技术分析FGFBP2+ NK细胞在HCC中的异质性及其与预后的关系，并构建了RiskScore模型	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏独立队列验证	识别与FGFBP2+ NK细胞相关的HCC预后标志物，探索其作为潜在治疗靶点的可能性	肝细胞癌（HCC）组织和FGFBP2+ NK细胞	digital pathology	liver cancer	bulk RNA-seq, scRNA-seq	RiskScore model	RNA sequencing data	未明确说明样本数量，数据来源于公共数据库
158	2025-05-28	Single-cell and spatial transcriptomics reveal correlation between RNA methylation-related miRNA risk model and immune infiltration in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1553239 PMID:40416872	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了RNA甲基化相关miRNA风险模型与肝细胞癌免疫浸润之间的相关性	首次构建了基于RNA甲基化相关miRNAs（RMRMs）的风险评分模型，并发现其与HCC免疫微环境的相关性	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验	探索RNA甲基化相关miRNAs在肝细胞癌免疫微环境中的作用及其预后预测价值	肝细胞癌（HCC）患者样本和Huh-7细胞系	digital pathology	liver cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、miRNA测序	machine learning	RNA-seq数据、单细胞数据、空间转录组数据	未明确说明患者样本量（包含高风险和低风险组），体外实验使用Huh-7细胞系
159	2025-05-28	Uncovering key regulatory pathways and prognostic biomarkers in the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian cancer through single-cell RNA sequencing and experimental validation 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1591430 PMID:40416874	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的关键调控通路和预后生物标志物	发现了PTN信号通路作为潜在治疗靶点，并确定SDC4作为预后不良的生物标志物	需要进一步研究以全面阐明SDC4在卵巢癌进展中的功能作用	识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的新型调控靶点和信号通路	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、Western blotting	NA	RNA测序数据、临床数据	GSE146026数据集中的HGSOC样本、TCGA数据集、OVCAR3和SKOV3卵巢癌细胞系
160	2025-05-28	Acetylcholine from tuft cells promotes M2 macrophages polarization in Hirschsprung-associated enterocolitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559966 PMID:40416975	研究论文	本研究探讨了乙酰胆碱（ACH）在先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）中的抗炎机制及其来源	首次发现tuft细胞分泌的ACH通过促进M2巨噬细胞极化在HAEC中发挥抗炎作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索ACH在HAEC中的抗炎机制，为HAEC的防治提供新方向	先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）	医学研究	先天性巨结肠	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫荧光、Western blot、RT-qPCR、ELISA、类器官培养	Ednrb-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用Ednrb-/-小鼠和体外培养的类器官