单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-17	Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02155-9 PMID:40200121	研究论文	本研究通过整合大量RNA测序数据和全基因组序列，构建了鸡28种组织的调控变异图谱	首次系统地描述了鸡基因组上的功能变异，揭示了调控变异的分子机制及其在复杂性状解释中的应用	研究仅基于鸡的基因组数据，未涉及其他非哺乳动物羊膜动物的比较	理解鸡基因组的基因调控机制及其在复杂性状中的作用	鸡的28种组织	基因组学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	7,015个RNA-seq样本, 127,598个单细胞, 2,869个全基因组序列
142	2025-05-17	Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08852-z PMID:40205047	研究论文	本研究探讨了免疫检查点分子TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	揭示了TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态的新机制，并提出了靶向小胶质细胞TIM-3治疗阿尔茨海默病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探究TIM-3在小胶质细胞中的功能及其与阿尔茨海默病的关系	小胶质细胞和阿尔茨海默病小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序、单细胞RNA测序	5×FAD转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，使用5×FAD小鼠模型
143	2025-05-17	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02163-9 PMID:40240879	research paper	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，特别是在皮肤黑色素瘤中，桥粒基因突变率超过70%，这些突变通过影响肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖	首次揭示了桥粒基因突变在皮肤黑色素瘤中的高频率及其通过微环境调控促进肿瘤增殖的新机制	研究主要关注原发性黑色素瘤，未在转移性黑色素瘤中观察到类似现象，且具体信号通路机制尚未完全阐明	探究桥粒基因突变对肿瘤微环境的影响及其在黑色素瘤发生发展中的作用	人类皮肤黑色素瘤组织样本及角质形成细胞	肿瘤生物学	皮肤黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲除	角质形成细胞与黑色素瘤细胞共培养模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（人类黑色素瘤活检组织）
144	2025-05-17	Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02157-7 PMID:40247051	review	本文综述了环状RNA（circRNA）的发现、表征和功能分析算法的最新突破，并探讨了整合大规模circRNA测序数据的挑战及人工智能驱动算法的未来发展潜力	结合长读长和单细胞RNA测序技术与深度学习算法，以前所未有的分辨率和规模研究circRNA	circRNA的低表达水平和高序列相似性给检测和表征带来挑战	探索circRNA在基因调控和疾病发病机制中的作用	环状RNA（circRNA）	生物信息学	NA	长读长测序、单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	NA
145	2025-05-17	Decoupled GNNs based on multi-view contrastive learning for scRNA-seq data clustering 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf198 PMID:40366859	research paper	提出了一种基于多视角对比学习的解耦图神经网络（scDeGNN）方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类	通过构建两个邻接矩阵生成不同视角，使用解耦图神经网络训练，结合多层感知机和对比学习层优化特征表示，显著提高了聚类性能	未明确提及计算资源消耗或模型在大规模数据集上的可扩展性限制	解决单细胞RNA测序数据聚类中的高维度和复杂性挑战	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GNN, MLP	基因表达数据	九个来自不同生物体和组织的真实scRNA-seq数据集
146	2025-05-17	Supplementation of Forskolin and Linoleic Acid During IVC Improved the Developmental and Vitrification Efficiency of Bovine Embryos 2025-Apr-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094151 PMID:40362390	研究论文	本研究评估了在体外培养（IVC）中添加福斯高林和亚油酸（FL）对牛胚胎冷冻存活、脂质含量和玻璃化过程中生存能力的影响	首次使用脂质代谢组学和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术揭示了FL通过调节脂质代谢降低胚胎脂滴含量，从而提高冷冻存活率的机制	研究仅针对牛胚胎，结果可能不适用于其他物种	提高体外培养牛胚胎的发育能力和玻璃化效率	牛胚胎	生殖生物学	NA	脂质代谢组学, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	脂质组学数据, 基因表达数据	726种已鉴定脂质（26种差异表达），1079个差异表达基因（DEGs）
147	2025-05-17	Deciphering Anticancer Mechanisms of Calycosin in Lung Adenocarcinoma Through Multi-Omics: Targeting SMAD3-Mediated NOTCH Signaling in the Tumor Microenvironment 2025-Apr-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17091455 PMID:40361382	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制，特别是通过靶向SMAD3介导的NOTCH信号通路在肿瘤微环境中的作用	首次揭示了毛蕊花素通过靶向SMAD3调控NOTCH信号通路在单核细胞/巨噬细胞中的作用，从而抑制肿瘤生长、侵袭和免疫逃逸	研究主要基于体外和计算分析，缺乏体内实验验证	探究毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制	肺腺癌（LUAD）及其肿瘤微环境	肿瘤学	肺癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
148	2025-05-17	Identification and Exploration of Pyroptosis-Related Genes in Macrophage Cells Reveal Necrotizing Enterocolitis Heterogeneity Through Single-Cell and Bulk-Sequencing 2025-Apr-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094036 PMID:40362275	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序技术，识别和探索了巨噬细胞中与细胞焦亡相关的基因，揭示了坏死性小肠结肠炎（NEC）的异质性	发现了一个新的巨噬细胞亚群，并阐明了TREM1在NEC进展中促进细胞焦亡的生物学功能和分子机制	研究中提到的五个潜在诊断标记基因未在摘要中具体列出，可能影响结果的验证和应用	识别与NEC和细胞焦亡相关的细胞群和基因，探索潜在的治疗靶点	坏死性小肠结肠炎（NEC）患者和THP-1细胞	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、免疫荧光染色、PCR、Western blot	NA	RNA测序数据、图像数据	未明确说明具体样本数量，涉及NEC患者肠道组织和THP-1细胞
149	2025-05-17	New Insights and Implications of Cell-Cell Interactions in Developmental Biology 2025-Apr-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093997 PMID:40362237	综述	本文综述了2008年至2023年间与发育生物学相关的细胞间相互作用(CCIs)研究，系统收集和分类了93种分析工具和39个数据库，并通过案例研究展示了其实际应用	利用高通量技术如单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)系统解析细胞间调控网络，并构建了全面的数据库和分析框架	当前分析框架在空间定位和单细胞分辨率下跨膜状态验证方面存在解释性限制	推动发育生物学中细胞间相互作用(CCIs)研究的应用和临床转化	细胞间相互作用(CCIs)及其在胚胎发育中的调控网络	发育生物学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
150	2025-05-17	Exploring the Role of Circadian Rhythm-Related Genes in the Identification of Sepsis Subtypes and the Construction of Diagnostic Models Based on RNA-seq and scRNA-seq 2025-Apr-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093993 PMID:40362233	研究论文	探讨昼夜节律相关基因在脓毒症亚型识别及基于RNA-seq和scRNA-seq的诊断模型构建中的作用	首次基于昼夜节律相关基因识别脓毒症亚型，并利用多种机器学习算法构建诊断模型	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	识别脓毒症亚型并构建诊断模型	脓毒症患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR	随机森林, 支持向量机, 广义线性模型, xgboost	基因表达数据	来自GEO数据库的脓毒症和对照组RNA-seq数据集
151	2025-05-17	Dual Disruption of EGFR/PI3K Signaling: IGF2BP2 Targeting Reverses Anti-EGFR Resistance in CAFs-Infiltrated Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093941 PMID:40362183	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白IGF2BP2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的致癌作用及其作为治疗靶点的潜力	首次发现IGF2BP2通过m6A依赖机制稳定EGFR和PIK3R1 mRNA，同时靶向EGFR/PI3K信号通路克服抗EGFR耐药性	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床验证	探索OSCC中RNA结合蛋白的调控机制并开发新的治疗策略	口腔鳞状细胞癌细胞和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA-seq、RIP-seq、RIP/MeRIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测	小鼠异种移植模型和基因敲除小鼠模型	RNA测序数据和蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量，涉及组织微阵列、体外细胞实验和小鼠模型
152	2025-05-17	Spatial Omics in Clinical Research: A Comprehensive Review of Technologies and Guidelines for Applications 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093949 PMID:40362187	review	本文全面综述了空间组学技术在临床研究中的应用及其相关指南	整合分子分析与空间组织背景，提供高分辨率的基因表达、蛋白质相互作用和表观遗传修饰分析	数据复杂性和整合方面存在挑战	探讨空间组学技术在疾病机制和治疗反应中的应用	癌症、神经学和免疫学领域	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, proteomics, epigenomics	NA	molecular data, spatial data	NA
153	2025-05-17	Paeonol Relieves Chronic Neuropathic Pain by Reducing Communication Between Schwann Cells and Macrophages in the Dorsal Root Ganglia After Injury 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093964 PMID:40362205	研究论文	本研究探讨了芍药醇通过减少损伤后背根神经节中雪旺细胞与巨噬细胞之间的通讯来缓解慢性神经性疼痛的机制	揭示了芍药醇通过抑制IL-34-CSF1R相互作用来减轻神经性疼痛的新机制	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探究芍药醇治疗神经性疼痛的机制	雪旺细胞、巨噬细胞和SD大鼠	神经科学	神经性疼痛	scRNA-seq、ELISA、PCR、western blot、免疫组织化学、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、行为数据	32只SD大鼠
154	2025-05-17	CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis 2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402024RRR PMID:40172996	research paper	该研究揭示了乳腺癌相关成纤维细胞（CAFs）通过外泌体传递长链非编码RNA LINC01711，通过miR-4510/NELFE轴激活TXN，从而增强乳腺癌细胞的糖酵解作用	发现了CAF来源的外泌体中LINC01711通过miR-4510/NELFE轴调控TXN的新机制，并阐明了其对乳腺癌细胞糖酵解和恶性行为的促进作用	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据分析，缺乏体内实验验证	探索CAF来源外泌体在乳腺癌进展中的分子机制	乳腺癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞测序、维度降低、聚类分析、细胞注释	NA	单细胞测序数据	NA
155	2025-05-17	Single cell-resolved cellular, transcriptional, and epigenetic changes in mouse T cell populations linked to age-associated immune decline 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2425992122 PMID:40163732	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、ATAC测序和TCR测序，全面分析了小鼠脾脏T细胞在不同年龄阶段的细胞、转录和表观遗传变化	首次在多时间点对小鼠脾脏T细胞进行了全面的单细胞多组学分析，揭示了年龄相关的T细胞功能衰退的分子机制	研究仅针对小鼠模型，人类T细胞衰老可能存在差异	阐明衰老过程中T细胞生物学特性的变化及其分子机制	小鼠脾脏T细胞	免疫学	老年性疾病	单细胞RNA测序、ATAC测序、TCR测序	NA	单细胞多组学数据	10个不同年龄组的小鼠脾脏T细胞
156	2025-05-17	Dual genetic tracing demonstrates the heterogeneous differentiation and function of neuromesodermal progenitors in vivo 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402305122 PMID:40178900	research paper	该研究开发了一种双重组酶介导的遗传系统，用于追踪和消融BrachyurySox2神经中胚层祖细胞（NMPs），并揭示了NMPs在胚胎发育中的异质性和功能	开发了双重组酶介导的遗传系统，首次在体内追踪和功能评估NMPs，揭示了NMPs由三种不同的单能和双能祖细胞群组成	目前缺乏有效的遗传工具用于NMPs的谱系追踪和功能评估	研究神经中胚层祖细胞（NMPs）在胚胎发育中的异质性分化及其功能	神经中胚层祖细胞（NMPs）	发育生物学	NA	双重组酶介导的遗传系统、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、RNA测序数据	NA
157	2025-05-17	Single-cell transcriptome integrated with genome-wide association study reveals heterogeneity of carotid and femoral plaques and its association with plaque stability 2025-Apr-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96434-4 PMID:40189611	研究论文	通过单细胞转录组与全基因组关联研究整合，揭示了颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关联	首次结合单细胞转录组和全基因组关联研究分析颈动脉和股动脉斑块的异质性，并识别与斑块栓塞相关的关键基因和细胞类型	研究样本量未明确说明，且仅关注了颈动脉和股动脉斑块，未涵盖其他血管部位的斑块	探究颈动脉和股动脉斑块的基因/细胞表达差异及其与斑块栓塞的关系	颈动脉和股动脉斑块	数字病理学	心血管疾病	sc-RNA-seq, bulk RNA-seq	7种机器学习模型（未具体说明）	单细胞转录组数据、批量RNA数据	NA
158	2025-05-17	A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate 2025-Apr-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102819 PMID:40192104	research paper	该研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠胚胎颅神经板闭合过程中基因表达的时空图谱	首次系统分析了颅神经管闭合过程中空间调控的细胞命运和行为的转录变化，揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同调控程序	研究仅聚焦于小鼠模型，人类或其他哺乳动物的相关机制可能有所不同	探究哺乳动物大脑形成过程中颅神经板区域化和形态发生的分子机制	小鼠胚胎颅神经板	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本
159	2025-05-17	Single-cell transcriptomics reveals liver developmental trajectory during lineage reprogramming of human induced hepatocyte-like cells 2025-Apr-06, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05677-x PMID:40188417	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术探索了人类诱导肝细胞样细胞在谱系重编程过程中的肝发育轨迹	发现重编程后期阶段模拟了肝脏自然发育轨迹，鉴定了CD24和DLK1作为两种不同肝祖细胞群的表面标志物，并揭示了HNF4A和HHEX转录因子在肝细胞与肠细胞命运决定中的关键作用	NA	研究肝细胞特异性基因调控网络在诱导肝细胞生成过程中的建立机制	人类诱导肝细胞(hiHeps)	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	NA
160	2025-05-17	Single-cell transcriptional responses of T cells during microsporidia infection 2025-Apr-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07990-4 PMID:40185986	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠脾脏T细胞在小孢子虫感染期间的转录反应	首次全面分析了小孢子虫感染期间T细胞亚群的激活和扩增情况，并识别了特定基因表达模式	仅在小鼠模型中进行研究，未涉及人类或其他动物模型	探究小孢子虫感染期间T细胞的反应机制	小鼠脾脏T细胞	免疫学	小孢子虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠脾脏T细胞