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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-11-16 |
Spatial transcriptomics and proteomics of mycosis fungoides biopsies from skin of color patients reveal biomarkers and potential treatment targets
2025-Nov-12, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.608
PMID:41237899
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 142 | 2025-11-16 |
SIRT1 inhibits ferroptosis of granulosa cells in polycystic ovarian syndrome
2025-Nov-12, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148931
PMID:41237881
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证发现SIRT1通过Nrf2去乙酰化抑制多囊卵巢综合征中颗粒细胞的铁死亡 | 首次揭示SIRT1通过Nrf2去乙酰化途径抑制颗粒细胞铁死亡的新机制 | NA | 探究铁死亡相关基因在多囊卵巢综合征中的作用机制 | 多囊卵巢综合征患者的颗粒细胞 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序,分子对接,免疫共沉淀 | 机器学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 143 | 2025-11-16 |
SpatialFusion: A unified model for integrating spatial transcriptomics to unveil cell-type distribution, interaction, and functional heterogeneity in tissue microenvironments
2025-Nov-12, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169535
PMID:41237948
|
研究论文 | 提出了一种名为SpatialFusion的深度学习模型,通过整合基因表达和空间坐标来改进空间域识别和细胞类型反卷积 | 使用图神经网络和注意力机制通过空间数据的多维嵌入捕获复杂空间关系,采用双编码策略(空间图和特征图协同学习)和自监督对比学习 | NA | 提高空间转录组学中空间域识别和细胞类型反卷积的准确性、鲁棒性和计算效率 | 人类DLPFC数据集和乳腺癌肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图神经网络(GNN), 注意力机制, 深度学习 | 基因表达数据, 空间坐标数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 144 | 2025-11-16 |
SPINK1-Driven cellular heterogeneity and interaction Networks in intrahepatic cholangiocarcinoma revealed by integrated multi-omics analysis
2025-Nov-12, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.011
PMID:41238039
|
研究论文 | 通过整合多组学分析揭示SPINK1驱动的肝内胆管癌细胞异质性和相互作用网络 | 发现SPINK1-CCL20-LAMs轴通过调节免疫细胞招募和代谢重编程促进肿瘤生长的新机制 | 研究样本量有限,需要进一步验证SPINK1作为治疗靶点的临床可行性 | 解析肝内胆管癌的细胞异质性和细胞间相互作用,重点关注SPINK1过表达上皮亚群的作用 | 人类肝内胆管癌肿瘤组织和癌旁正常组织 | 单细胞组学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学分析,Transwell实验,共培养系统,功能扰动实验 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据 | 人类ICC肿瘤和癌旁组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2025-11-16 |
Clinical and translational study of ivosidenib plus nivolumab in advanced solid tumors harboring IDH1 mutations
2025-Nov-11, The oncologist
DOI:10.1093/oncolo/oyaf362
PMID:41138165
|
研究论文 | 本研究评估了ivosidenib联合nivolumab在携带IDH1突变的晚期实体瘤患者中的初步疗效和安全性 | 首次在临床试验中评估IDH1抑制剂与抗PD1抗体联合治疗在IDH1突变实体瘤中的应用,并采用空间转录组学等先进技术进行转化研究 | 样本量较小(仅15例患者),临床获益有限 | 评估ivosidenib联合nivolumab在IDH1突变晚期实体瘤中的疗效和安全性 | 携带IDH1突变的晚期或难治性实体瘤患者 | 临床肿瘤学 | 实体瘤 | 药效学、蛋白质组学、空间转录组学 | NA | 临床数据、蛋白质组数据、转录组数据 | 15例患者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 146 | 2025-11-16 |
ELLA: modeling subcellular spatial variation of gene expression within cells in high-resolution spatial transcriptomics
2025-Nov-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64867-0
PMID:41219206
|
研究论文 | 提出一种名为ELLA的统计框架,用于建模亚细胞mRNA定位并检测细胞内空间变异基因 | 使用过度分散的非均匀泊松过程建模空间计数数据,并采用统一细胞坐标系适应不同细胞形态 | NA | 开发用于高分辨率空间转录组学的亚细胞空间表达分析工具 | 亚细胞水平基因表达空间变异 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 过度分散非均匀泊松过程 | 空间计数数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 147 | 2025-11-16 |
Characterizing stroke-related cellular changes in the surviving neurons of mouse ischemic stroke
2025-Nov-11, Neurochemistry international
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.neuint.2025.106086
PMID:41223896
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研究论文 | 本研究通过单核和单细胞RNA测序技术,表征了小鼠缺血性中风后存活神经元的细胞和分子变化 | 首次结合snRNA-seq和scRNA-seq技术系统分析缺血性中风急性和亚急性期的细胞状态变化,揭示了SynGAP1-PSD-95解离在缺血损伤中的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,样本量相对有限,未在人类样本中验证 | 阐明缺血性中风后神经元存活和死亡的分子机制 | C57BL/6小鼠的脑组织细胞 | 单细胞基因组学 | 缺血性中风 | 单核RNA测序(snRNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学 | NA | RNA测序数据, 图像数据 | C57BL/6小鼠分组:对照组、假手术组、dMCAO 3天组、dMCAO 14天组 | NA | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-11-16 |
Unraveling the therapeutic potential of triptolide in glioma: Orchestrating apoptosis and immune landscape remodeling
2025-Nov-07, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2025.150039
PMID:41205732
|
研究论文 | 本研究探讨雷公藤甲素通过调控凋亡相关基因和重塑免疫微环境发挥抗胶质瘤作用的机制 | 首次整合转录组学、免疫浸润分析和单细胞RNA测序系统揭示雷公藤甲素在胶质瘤中的双重作用机制 | 研究机制尚未完全阐明,需要更多体内实验验证 | 探索雷公藤甲素在胶质瘤治疗中的潜在作用机制 | 胶质瘤细胞和肿瘤免疫微环境 | 生物医学研究 | 胶质瘤 | 转录组分析,单细胞RNA测序,免疫组化,qPCR | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据,蛋白质表达数据 | GSE147352数据集和实验验证样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 149 | 2025-11-16 |
Unveiling tissue heterogeneity through genomic interaction-encoded image representation of RNA-sequencing data
2025-Nov-06, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.08.021
PMID:40967222
|
研究论文 | 提出一种基于基因组交互编码图像表示的RNA测序数据分析框架,用于改进组织异质性分析 | 利用基因组交互编码的图像表示方法,结合样本特异性基因表达变异性,通过卷积变分自编码器和高斯混合模型推导特征模式 | 未明确说明方法在特定组织类型或疾病中的适用性限制 | 开发改进的细胞组分分析方法,用于组织异质性研究和下游生物医学应用 | RNA测序数据,特别是批量RNA测序样本 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序,单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 卷积变分自编码器,高斯混合模型 | 基因表达数据,图像表示 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA sequencing revealed the role of the Th17 pathway in the development of anti- human leukocyte antigen antibodies in a highly sensitized mouse model
2025-Nov, Kidney research and clinical practice
IF:2.9Q1
DOI:10.23876/j.krcp.23.317
PMID:38934039
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了Th17通路在高度致敏小鼠模型中抗人类白细胞抗原抗体发展中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序技术和HLA转基因小鼠模型,系统揭示了Th17细胞及其细胞因子IL-17在HLA致敏过程中的关键作用 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 探究人类白细胞抗原致敏过程中的特异性信号通路 | HLA.A2转基因小鼠和野生型C57BL/6小鼠的脾细胞 | 单细胞组学 | 免疫排斥反应 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | ALLO组9,190个细胞,SYN组8,890个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-11-16 |
Single-cell transcriptomic atlas of human retina from Chinese donors reveals population-specific cellular diversity
2025-Nov, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110623
PMID:40914339
|
研究论文 | 构建了首个来自中国供体的人类视网膜单细胞转录组图谱,揭示了种群特异性细胞多样性 | 首次针对中国人群构建全面的人类视网膜单细胞转录组图谱,填补了亚洲人群视网膜转录组数据的空白 | 样本量相对有限(18个视网膜标本),仅代表中国人群特征 | 揭示中国人群视网膜细胞多样性及种群特异性生物学特征 | 人类视网膜组织 | 单细胞转录组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约290,000个活细胞,来自18个新鲜视网膜标本(包括活体供体和死后标本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高通量单细胞RNA测序 |
| 152 | 2025-11-16 |
Brain tumors induce widespread disruption of calvarial bone and alteration of skull marrow immune landscape
2025-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02064-4
PMID:41044343
|
研究论文 | 本研究揭示了胶质母细胞瘤如何导致颅骨骨异常并改变颅骨骨髓免疫景观 | 首次发现脑肿瘤会诱导颅骨骨异常并改变颅骨骨髓免疫环境,揭示了骨吸收抑制对肿瘤进展和免疫治疗效果的复杂影响 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;骨吸收抑制治疗在不同肿瘤亚型中效果存在差异 | 探究脑肿瘤对颅骨骨结构和骨髓免疫环境的影响机制 | 胶质母细胞瘤小鼠模型和胶质母细胞瘤患者 | 癌症生物学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 153 | 2025-11-16 |
Integrating multi-modal omics to identify therapeutic atherosclerosis pathways for coronary heart disease
2025-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105966
PMID:41101252
|
研究论文 | 通过整合尿液代谢产物、血浆蛋白、动脉粥样斑块组织和单细胞表达数据,识别冠状动脉心脏病的可靶向代谢通路 | 首次将多组学数据(尿液代谢产物、血浆蛋白、斑块组织、单细胞表达)整合用于识别冠状动脉心脏病的治疗靶点 | 研究主要基于欧洲人群数据,可能限制结果的普适性 | 识别冠状动脉心脏病的可靶向代谢通路和潜在治疗靶点 | 冠状动脉心脏病患者及相关生物样本 | 生物信息学 | 冠状动脉心脏病 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | 基因组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 单细胞表达数据 | 181,522例冠状动脉心脏病病例,954种尿液代谢产物,1,562种独特蛋白质 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2025-11-16 |
Effect of the mitophagy inducer urolithin A on age-related immune decline: a randomized, placebo-controlled trial
2025-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00996-x
PMID:41174221
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研究论文 | 一项随机双盲安慰剂对照试验,研究线粒体自噬诱导剂尿石素A对中年健康成年人免疫系统的影响 | 首次在人体临床试验中证明尿石素A能够通过调节线粒体功能和代谢重塑改善年龄相关的免疫衰退 | 样本量较小(50人),干预时间较短(4周),研究对象仅限于健康中年人群 | 评估尿石素A对年龄相关免疫衰退的改善作用 | 50名健康中年成年人 | 免疫学 | 老年性疾病 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,代谢分析 | 随机对照试验 | 临床数据,分子数据,细胞表型数据 | 50名健康中年成年人 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | NA |
| 155 | 2025-11-16 |
Pancreatic hypersecretion of amyloid-forming human amylin dysregulates the neuro-immune axis and B cell development in a model of type-2 diabetes
2025-Nov, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107153
PMID:41135632
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研究论文 | 本研究探讨2型糖尿病中胰腺人胰淀素过度分泌如何通过CXCL12/CXCR4信号轴导致外周和神经免疫失调及B细胞发育缺陷 | 首次揭示胰腺人胰淀素沉积通过调控CXCL12/CXCR4信号轴导致B细胞发育缺陷和神经免疫失调的新机制 | 动物模型与人类疾病存在差异,慢性暴露效应的具体机制仍需进一步验证 | 阐明2型糖尿病中胰腺人胰淀素过度分泌对免疫系统和神经系统的影响机制 | 转基因大鼠和小鼠模型、野生型大鼠、2型糖尿病患者单细胞测序数据 | 免疫学 | 2型糖尿病 | 单细胞测序 | 转基因动物模型 | 基因表达数据、免疫细胞计数数据 | 转基因大鼠和小鼠、野生型大鼠、2型糖尿病患者单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 156 | 2025-11-16 |
Spatiotemporal dynamics of the cardioimmune niche during lesion repair
2025-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00739-6
PMID:41184578
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和高分辨率空间转录组学,重建小鼠心脏损伤后纤维化微环境的时空动态 | 首次揭示Trem2巨噬细胞通过沉默成纤维细胞增殖来防止过度纤维化的复杂多细胞网络,并发现损伤后罕见的祖细胞样心肌细胞群 | 研究仅限于小鼠模型,人类心脏组织的验证仍需进一步研究 | 理解心脏伤口愈合过程中的细胞和分子过程,以改善心肌组织损伤后的心脏功能 | 成年小鼠心脏组织、人类心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 157 | 2025-11-16 |
Decoding heart failure subtypes with neural networks via differential explanation analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf581
PMID:41222558
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研究论文 | 提出一种基于神经网络和可解释AI的新方法,用于识别心力衰竭亚型特异性基因 | 开发了基于重要性评分的差异解释基因(DXGs)识别方法,能更有效识别心力衰竭亚型特异性通路 | 未提及具体样本量和数据来源限制 | 解码心力衰竭亚型并识别差异调控基因 | 心力衰竭患者的单细胞转录组数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | 深度神经网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2025-11-16 |
SpaMWGDA: Identifying spatial domains of spatial transcriptomes using multi-view weighted fusion graph convolutional network and data augmentation
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013667
PMID:41223185
|
研究论文 | 提出一种基于多视图加权融合图卷积网络和数据增强的空间转录组空间域识别方法 | 使用多视图加权融合图卷积网络自适应整合空间信息和基因特征,结合数据增强和对比学习提取关键基因表达 | NA | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和效率 | 空间转录组数据中的细胞空间域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络(GCN), 多视图学习, 对比学习 | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 159 | 2025-11-16 |
Determining a Stability Prognostic Panel for 636 Patients With Melanoma Using a Machine Learning Computational Framework
2025-Nov, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70174
PMID:41229385
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研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的14基因预后特征模型,用于黑色素瘤患者的精准预后评估 | 首次系统整合101种机器学习算法开发共识预后特征,并在多个独立队列中验证其优于现有19种预后模型 | 研究样本量相对有限,且主要基于公共数据库数据 | 建立黑色素瘤精准预后评估框架并识别关键生物标志物 | 636例黑色素瘤患者的基因表达数据 | 机器学习 | 黑色素瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | LASSO, RSF | 基因表达数据 | 636例黑色素瘤患者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-11-16 |
Three-dimensional cell spheroid technology: Recent advances and emerging strategies in cartilage regeneration
2025-Nov, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2025.10.001
PMID:41046113
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综述 | 本文综述了三维细胞球体技术在软骨再生领域的最新进展、工程策略及临床应用 | 整合智能生物材料和机器学习技术推动个性化与标准化的3D细胞球体生物制造 | 细胞球体长期稳定性有限、大规模生产困难以及体内植入后的免疫排斥问题 | 探讨3D细胞球体技术在软骨再生医学中的转化潜力 | 软骨损伤修复、骨关节炎模型构建和软骨疾病治疗筛选平台 | 组织工程与再生医学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习(ML) | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |