单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-10-01	Integrated multi omics and machine learning reveal mitochondrial immunometabolic networks in sepsis associated encephalopathy 2025-Sep-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18650-2 PMID:41023055	研究论文	通过整合多组学数据和机器学习方法，揭示线粒体免疫代谢网络在脓毒症相关脑病中的作用机制	首次整合多转录组和单细胞测序数据集，结合机器学习识别SAE核心生物标志物，并建立线粒体功能相关的临床亚型分类	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探讨线粒体免疫代谢网络在脓毒症相关脑病发病机制中的作用	脓毒症相关脑病患者脑组织	生物信息学	脓毒症相关脑病	转录组测序、单细胞测序、机器学习	机器学习算法	基因表达数据、单细胞数据	多个转录组和单细胞测序数据集
142	2025-10-01	Identification of biomarkers and mechanisms associated with palmitoylation in acute kidney injury using transcriptome and single cell data 2025-Sep-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-19191-4 PMID:41023305	研究论文	通过转录组和单细胞数据分析鉴定与急性肾损伤中棕榈酰化相关的生物标志物及其作用机制	首次将棕榈酰化相关基因与急性肾损伤联系，通过多组学整合分析鉴定LIMD1和MBD2作为新型生物标志物，并利用单细胞测序明确肾小管细胞在AKI发病中的关键作用	研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证其临床适用性	识别与棕榈酰化相关的急性肾损伤生物标志物并探索其生物学机制	急性肾损伤患者样本数据	生物信息学	急性肾损伤	转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR、Western blotting、机器学习	机器学习、PPI分析、WGCNA、ROC分析	基因表达数据、单细胞数据	三个数据集(GSE139061、GSE30718、GSE174220)的样本
143	2025-10-01	Interpretable Multi-task Analysis of Single-Cell RNA-seq Data Through Topological Structure Preservation and Data Denoising 2025-Sep-29, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00765-9 PMID:41023370	研究论文	提出一种用于单细胞RNA-seq数据多任务分析的可解释框架scIMTA	实现稀疏高噪声基因表达数据的协作多任务分析，通过生物基础增强可解释性，在保持数据完整性的同时稳健处理丢失事件	NA	解决单细胞转录组测序数据中的拓扑结构保持和丢失事件处理问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq	多任务分析框架	基因表达数据	乳腺癌scRNA-seq数据集
144	2025-10-01	αCGRP deficiency aggravates pulmonary fibrosis by promoting senescence in alveolar type 2 cells 2025-Sep-29, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00361-3 PMID:41023452	研究论文	本研究探讨αCGRP缺乏通过促进肺泡Ⅱ型细胞衰老加重肺纤维化的机制	首次揭示αCGRP缺乏通过扰乱AT2细胞脂质代谢和加速炎症衰老促进肺纤维化的新机制	样本量较小(n=15)，且为回顾性分析	研究αCGRP缺乏是否通过促进AT2细胞衰老加剧肺纤维化	肺纤维化患者、Calca基因敲除大鼠、D-半乳糖诱导的衰老模型	病理机制研究	肺纤维化	免疫组化、单细胞RNA测序、无标记蛋白质组学	基因敲除动物模型	临床数据、组织样本、测序数据	15例肺纤维化患者样本及基因敲除大鼠模型
145	2025-10-01	Benchmarking multi-slice integration and downstream applications in spatial transcriptomics data analysis 2025-Sep-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03796-z PMID:41024097	研究论文	本研究提出了一个全面的基准测试框架，系统评估了12种空间转录组学多切片整合方法在四个关键任务上的性能	首次构建了覆盖上游到下游流程的完整基准测试框架，系统评估了多切片整合方法在不同数据集和技术平台上的表现	方法性能高度依赖于应用背景、数据集大小和技术平台，存在数据依赖性差异	评估空间转录组学中多切片整合方法的可靠性和性能表现	12种多切片整合方法和19个多样化数据集	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	基因表达数据和空间位置数据	19个多样化数据集
146	2025-10-01	Microglia networks within the tapestry of alzheimer's disease through spatial transcriptomics 2025-Sep-29, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00897-y PMID:41024223	综述	通过空间转录组学技术探讨阿尔茨海默病中小胶质细胞网络的作用机制	整合成像和测序两种空间转录组学方法，揭示小胶质细胞在淀粉样斑块微环境中的区域异质性和功能多样性	NA	阐明阿尔茨海默病发病机制中的细胞间相互作用	小胶质细胞、星形胶质细胞、神经元、少突胶质细胞	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	基因表达数据	AD小鼠模型和生理特征明确的人类脑组织
147	2025-10-01	FGL1-mediated lymph node metastasis in stage T1 non-small cell lung cancer: therapeutic targeting 2025-Sep-29, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00709-5 PMID:41024301	研究论文	本研究揭示了FGL1在T1期非小细胞肺癌纵隔淋巴结转移中的关键作用机制	首次发现表达FGL1的CCNE1(+)细胞亚群介导T1 NSCLC淋巴结转移，并验证了shFGL1_AAV9/AAV6新型靶向治疗策略	NA	探究T1期非小细胞肺癌纵隔淋巴结转移的分子机制并开发靶向治疗策略	T1期非小细胞肺癌患者样本及细胞模型	肿瘤分子生物学	肺癌	单细胞测序、转录组测序、代谢组测序、质谱分析、体外体内实验	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	NA
148	2025-10-01	NOTCH gene pattern predicts prognosis, immune infiltration, and drug response in Head and Neck squamous cell carcinoma 2025-Sep-27, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery DOI:10.1016/j.jormas.2025.102582 PMID:41022354	研究论文	本研究基于NOTCH相关基因构建了头颈鳞状细胞癌的预后风险模型，并评估其与免疫浸润和药物反应的关系	首次构建基于NOTCH相关基因的预后风险评分模型，系统分析其与肿瘤微环境免疫状态和治疗反应的相关性	研究为回顾性分析，需要前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性	开发头颈鳞状细胞癌的预后预测模型并探索其临床应用价值	头颈鳞状细胞癌患者	生物信息学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组化、LASSO回归、ROC分析	预后风险模型（NOTCH评分）	基因表达数据、临床数据	头颈鳞状细胞癌患者队列（训练集和验证集）
149	2025-10-01	Distinct cell state ecosystems for nodular lymphocyte-predominant Hodgkin lymphoma 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63339-9 PMID:41006203	研究论文	本研究开发了NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型，识别出34种不同细胞状态并建立临床相关生物学分类	首次建立NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型，识别出3种不同的免疫微环境生态型及其临床预后意义	NLPHL为罕见癌症，样本量相对有限（总171例）	深入研究结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤的免疫微环境和罕见淋巴细胞优势细胞	171例NLPHL患者样本中的淋巴细胞优势细胞和免疫微环境细胞	数字病理学	霍奇金淋巴瘤	空间转录组学	LPE生态型模型	转录组数据、蛋白质表达数据	训练队列109例（65% LPE1/2），验证队列62例（61% LPE1/2），总计171例NLPHL样本
150	2025-10-01	Spatially-restricted inflammation-induced senescent-like glia in multiple sclerosis and patient-derived organoids 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63371-9 PMID:41006208	研究论文	本研究探讨多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关系，发现病变区域存在衰老样胶质细胞积累	首次通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示MS病变中衰老样胶质细胞的空间分布特征，并利用患者来源的类器官模型验证小胶质细胞对炎症诱导衰老的特殊敏感性	样本数量有限，类器官模型可能无法完全模拟体内复杂环境	探究多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关联及其对疾病进展的影响	多发性硬化症患者脑组织样本和hiPSC来源的神经类器官	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组分析、空间转录组学、hiPSC衍生神经类器官、3T MRI	NA	转录组数据、影像数据	466名患者脑组织样本及hiPSC衍生神经类器官
151	2025-10-01	Comparison of imaging based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63414-1 PMID:41006245	研究论文	使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本比较三种成像空间转录组学平台的性能	首次系统评估商业空间转录组学平台在肿瘤样本中的表现，并揭示探针设计等参数对数据质量的重要性	研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本，样本类型相对有限	评估不同空间转录组学平台在肿瘤生物学研究中的性能差异	肺腺癌和胸膜间皮瘤的福尔马林固定石蜡包埋手术切除样本	空间转录组学	肺癌	空间转录组学（CosMx、MERFISH、Xenium）、批量RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx、HE染色	NA	空间转录组数据、图像数据	使用组织微阵列中的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本
152	2025-10-01	Aging in mice alters regionally enriched striatal astrocytes 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63429-8 PMID:41006292	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠纹状体中星形胶质细胞随年龄增长的分子变化和区域异质性	首次在单细胞分辨率下识别了纹状体中分子特征不同的星形胶质细胞亚型，并发现背侧纹状体星形胶质细胞表现出更大的年龄相关分子变化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本；样本数量未明确说明	探究衰老对纹状体星形胶质细胞分子特征和区域分布的影响	年轻和老年小鼠的纹状体星形胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠（具体数量未说明）
153	2025-10-01	Intramuscular enteric glia persist in Hirschsprung disease and undergo neurogenesis in response to GDNF-NCAM1 signaling 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17734-3 PMID:41006492	研究论文	本研究探讨了先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特征、起源及神经生成潜力	发现先天性巨结肠症病变区域存在CAMK2b+肠外神经胶质细胞，并揭示GDNF通过非经典NCAM1依赖通路促进神经生成	研究主要基于Ednrb基因敲除小鼠模型和人类组织样本，样本量有限	探究先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特性和神经生成能力	Ednrb-null小鼠和人类先天性巨结肠症组织的肠胶质细胞	分子生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序、免疫组织化学、体外细胞培养	NA	基因表达数据、图像数据	Ednrb-null小鼠模型和人类先天性巨结肠症组织样本
154	2025-10-01	Single-cell RNA-sequencing of BCG naïve and recurrent non-muscle invasive bladder cancer reveals a CD6/ALCAM-mediated immune-suppressive pathway 2025-Sep-26, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01093-3 PMID:41006678	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示CD6/ALCAM信号通路在BCG治疗后复发的非肌层浸润性膀胱癌中的免疫抑制作用	首次发现CD6/ALCAM介导的T细胞与尿路上皮细胞相互作用在BCG耐药中的关键作用	样本量有限，需要在更大队列中验证	探索BCG治疗耐药的非肌层浸润性膀胱癌的免疫机制	非肌层浸润性膀胱癌患者	单细胞测序分析	膀胱癌	单细胞RNA测序、全外显子测序	NA	基因表达数据、临床数据	两个独立的BCG治疗NMIBC队列
155	2025-10-01	Mechanism of sepsis regulation by ELANE via macrophage polarization 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18848-4 PMID:41006720	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证揭示了ELANE基因通过促进巨噬细胞M1极化加剧脓毒症的机制	首次系统性地将ELANE鉴定为脓毒症核心免疫调控基因，并通过单细胞测序和体外实验证实其在巨噬细胞极化中的关键作用	样本量较小（20例患者），且主要基于体外实验，需要更大规模的临床验证	鉴定脓毒症核心免疫调控基因ELANE并探索其通过巨噬细胞极化调控脓毒症的机制	脓毒症患者和健康对照者的外周血样本，以及LPS刺激的巨噬细胞	免疫学	脓毒症	RNA测序、生物信息学分析、单细胞测序、流式细胞术、ELISA	NA	RNA测序数据、单细胞测序数据、蛋白质相互作用数据	20例脓毒症患者和10例健康对照
156	2025-10-01	BiAEImpute: a robust bidirectional autoencoder framework for High-fidelity dropout imputation in single-cell transcriptomics 2025-Sep-26, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11988-x PMID:41013245	研究论文	提出一种基于双向自编码器的单细胞转录组数据缺失值插补方法BiAEImpute	采用行向和列向自编码器协同学习细胞和基因特征，增强插补过程的鲁棒性和准确性	NA	开发有效的单细胞RNA测序数据缺失值插补方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	双向自编码器(Bidirectional Autoencoder)	基因表达数据	四个真实scRNA-seq数据集
157	2025-10-01	Single-cell RNA sequencing of endometrium uncovers dynamic characteristics and dysregulation of perivascular CD9+SUSD2+ cells in thin endometrium 2025-Sep-26, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04658-y PMID:41013639	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示薄型子宫内膜中血管周围CD9+SUSD2+细胞的动态特征和功能失调	首次在单细胞水平鉴定薄型子宫内膜中血管周围CD9+SUSD2+细胞作为祖干细胞，并揭示其功能异常机制	样本量较小（正常组n=3，薄型子宫内膜组n=3）	探究薄型子宫内膜中CD9+SUSD2+细胞的分子特征和功能机制	人类子宫内膜组织，特别是血管周围CD9+SUSD2+细胞	单细胞生物学	薄型子宫内膜	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术，Western blotting，多重免疫荧光分析	NA	单细胞转录组数据，蛋白质表达数据，组织学图像	6例子宫内膜样本（3例正常，3例薄型子宫内膜），共59,770个细胞
158	2025-10-01	Adenine base editing rescues disrupted BCKDH function and reduces BCAAs toxic accumulation in maple syrup urine disease patient iPSC-hepatic organoids 2025-Sep-26, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04630-w PMID:41013826	研究论文	本研究利用腺嘌呤碱基编辑器ABE8e成功修复MSUD患者iPSC来源肝类器官中的BCKDHB基因突变，恢复BCKDH酶功能并降低支链氨基酸毒性积累	首次在MSUD患者特异性iPSC肝类器官中应用ABE8e碱基编辑技术精准纠正致病突变，并系统评估其功能恢复效果和安全性	研究仅限于体外类器官模型，尚未进行体内动物实验验证	开发基于碱基编辑技术的MSUD基因治疗方法	MSUD患者诱导多能干细胞来源的肝类器官	基因编辑与干细胞研究	枫糖尿症(MSUD)	腺嘌呤碱基编辑(ABE8e)、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、全基因组测序(WGS)、qRT-PCR、Western blot	iPSC-derived hepatic organoids	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	MSUD患者iPSC来源肝类器官及对照样本
159	2025-10-01	Metabolic heterogeneity and survival outcomes in papillary renal cell carcinoma: insights from multi-datasets and machine learning analyses 2025-Sep-26, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00571-9 PMID:41013841	研究论文	本研究通过多数据集和机器学习分析揭示了乳头状肾细胞癌的代谢异质性并建立了预后预测模型	整合90种机器学习算法构建代谢相关特征，并在单细胞水平验证关键基因	研究基于回顾性数据集，需要进一步前瞻性验证	研究肾乳头状细胞癌中代谢相关分子的特征并识别潜在预后生物标志物	肾乳头状细胞癌(KIRP)患者	机器学习	肾癌	加权基因共表达网络分析、差异表达分析、单细胞RNA测序、定量PCR、免疫组化染色	随机生存森林(RSF)、Cox回归	基因表达数据	TCGA-KIRP和GSE2748队列数据集
160	2025-10-01	Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness 2025-Sep-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adl1988 PMID:40997217	研究论文	本研究通过表观基因组分析鉴定出响应机械微环境的基因组增强子——机械增强子，并证明其编辑可调控细胞对基质硬度的响应	首次系统识别出能响应细胞外基质硬度的机械增强子，并证明通过表观遗传编辑可重编程细胞对机械微环境的响应	机械增强子调控转录的具体分子机制尚未完全阐明	探索机械微环境如何通过表观遗传机制调控基因表达和细胞功能	肺成纤维细胞（来自健康供体和纤维化患者）	表观遗传学	肺纤维化	全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选	NA	基因组表观遗传数据、单细胞转录组数据	健康供体和纤维化患者的肺成纤维细胞样本