单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-30	Interplay between Matrix Viscoelasticity and Integrin Engagement Modulates Cancer-Associated Fibroblast States 2025-Jul-29, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202500389 PMID:40726283	研究论文	本研究探讨了基质粘弹性和整合素结合如何调节癌症相关成纤维细胞（CAFs）的状态，首次在体外模型中展示了这种调控机制	首次展示了基质粘弹性和整合素结合如何共同调节CAFs的状态，并开发了可用于研究CAF功能和靶向治疗的新模型	研究仅在体外模型中进行，尚未在体内验证	理解CAFs亚群的功能并开发治疗策略	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	细胞生物学	癌症	单细胞转录组学，藻酸盐水凝胶培养	体外CAF模型	转录组数据，形态学数据	患者来源的CAFs
142	2025-07-30	Ligilactobacillus Murinus and Lactobacillus Johnsonii Suppress Macrophage Pyroptosis in Atherosclerosis through Butyrate-GPR109A-GSDMD Axis 2025-Jul-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501707 PMID:40726432	研究论文	研究发现两种肠道益生菌Ligilactobacillus murinus和Lactobacillus johnsonii通过丁酸盐-GPR109A-GSDMD轴抑制动脉粥样硬化中的巨噬细胞焦亡	首次揭示了阿司匹林通过调节肠道菌群及其代谢产物丁酸盐来抑制动脉粥样硬化的机制	研究主要基于小鼠模型和人类队列，需要进一步验证在更广泛人群中的适用性	探索药物-微生物群-代谢物相互作用在动脉粥样硬化中的作用	Ligilactobacillus murinus和Lactobacillus johnsonii两种肠道益生菌	微生物组学	心血管疾病	宏基因组学和代谢组学分析，单细胞测序	NA	微生物组数据，代谢组数据，单细胞测序数据	小鼠模型和人类队列
143	2025-07-30	NFATC3 enhances osteosarcoma progression by increasing PD-L1 and CXCL2 levels 2025-Jul-29, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02850-x PMID:40728758	研究论文	本研究探讨了NFATC3基因在骨肉瘤(OS)中的表达及其功能，揭示了NFATC3通过促进肿瘤细胞增殖和重塑免疫微环境来驱动OS的发展	首次发现NFATC3通过增加PD-L1和CXCL2的表达促进骨肉瘤进展，并揭示了其在肿瘤微环境中的作用机制	研究主要基于细胞系和体外实验，缺乏体内动物模型的验证	探究NFATC3在骨肉瘤进展中的作用及其分子机制	骨肉瘤细胞系(143B、SJSA、HOS、MG63、MNNG)和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	骨肉瘤	qRT-PCR、单细胞测序分析、肿瘤细胞与巨噬细胞共培养系统	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个骨肉瘤细胞系和测序数据集
144	2025-07-30	Refining the resolution of the yeast genotype-phenotype map using single-cell RNA-sequencing 2025-Jul-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.93906 PMID:40720279	研究论文	利用单细胞RNA测序技术提高酵母基因型-表型图谱的分辨率	通过大规模单细胞RNA测序数据整合到基因型-表型图谱中，揭示了表型变异与转录组变异之间的新关联	研究仅针对酵母细胞，可能不适用于其他生物系统	提高基因型-表型图谱的分辨率，理解转录组调控在性状变异中的作用	4489个F2分离株的18,233个酵母细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 表达数量性状位点(eQTL)定位	NA	RNA测序数据	18,233个酵母细胞来自4,489个F2分离株
145	2025-07-30	Enhanced Media Optimize Bovine Myogenesis in 2D and 3D Models for Cultivated Meat Applications 2025-Jul-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413998 PMID:40720723	研究论文	本研究通过多组学方法表征了牛肌肉祖细胞（MPCs）体外分化的分子景观，并探索了小分子对其的增强作用，从而在2D和3D培养模型中鉴定出优于传统方法的增强培养基	利用多组学技术和小分子调控，开发出能增强牛肌肉祖细胞分化的新型培养基，并在2D和3D培养模型中验证其效果	研究仅针对牛肌肉祖细胞，未涉及其他物种或细胞类型	开发可持续的体外肉类生产技术	牛肌肉祖细胞（MPCs）	细胞培养与组织工程	NA	多组学分析（转录组学和蛋白质组学），单细胞转录组学	2D培养和3D骨骼肌构建体	分子数据（转录组和蛋白质组数据）	未明确说明具体样本数量
146	2025-07-30	N-Oxide-Driven Heme-Activatable Biomolecule Labeling for Visualization of Labile Heme in Living Cells and Mouse Brain 2025-Jul-28, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c04990 PMID:40720736	research paper	开发新型化学探针，用于活细胞、固定样本和体内模型中不稳定血红素的检测	提出了一种基于N-氧化物驱动的不稳定血红素可激活生物分子标记策略，首次实现了在活细胞和活体小鼠大脑中对不稳定血红素的荧光成像和3D组织可视化	未明确说明探针在复杂生物环境中的长期稳定性和潜在毒性	研究不稳定血红素在生理和病理过程中的作用	不稳定血红素（原卟啉IX与铁离子形成的复合物）	化学生物学	NA	荧光成像、3D组织可视化、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	图像、组学数据	活细胞和活体小鼠大脑
147	2025-07-30	Impact of ATP Synthase Subunit β on TLR Signaling Pathway in Promoting Airway Remodeling and Heterogeneity of Small Airway Epithelial Cells in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jul-28, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000547329 PMID:40720940	研究论文	本研究探讨了ATP合成酶亚基β（ATP5B）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的作用，重点关注上皮细胞异质性和气道重塑	首次发现ATP5B通过激活TLR信号通路促进COPD气道重塑，并揭示其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	阐明COPD中气道重塑和上皮细胞功能障碍的调控机制	小气道上皮细胞和BEAS-2B细胞系	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CS/LPS诱导的COPD小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用BEAS-2B细胞系和小鼠模型
148	2025-07-30	Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression， COMT ， COMT 2025-Jul-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10624-8 PMID:40721434	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及COMT在癌症进展中的预后关联	首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三种具有独特基因表达谱的成纤维细胞亚群，并发现COMT作为肿瘤微环境的关键调节因子和预后标志物	需要进一步研究验证这些发现并探索COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用	探索前列腺癌中成纤维细胞的分子特征及COMT表达的预后意义	前列腺癌样本中的成纤维细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光检测	Cox回归风险评分模型	RNA测序数据, 临床数据	来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本
149	2025-07-30	Integrated in vivo combinatorial functional genomics and spatial transcriptomics of tumours to decode genotype-to-phenotype relationships 2025-Jul-28, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-025-01437-1 PMID:40721510	研究论文	开发了一种名为PERTURB-CAST的方法，用于在组织层面识别扰动，并结合空间转录组学技术研究肿瘤的基因型与表型关系	提出了PERTURB-CAST方法和CHOCOLAT-G2P框架，整合了空间转录组学和功能基因组学，用于研究肿瘤异质性	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	解码肿瘤的基因型与表型关系	肿瘤组织	功能基因组学	肝癌	空间转录组学（10X Visium）	NA	转录组数据	NA
150	2025-07-30	Leveraging single-cell spatial transcriptomics and connectomics to resolve brain circuit function in psychiatry 2025-Jul-28, Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology IF:6.6Q1 DOI:10.1038/s41386-025-02178-0 PMID:40721521	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
151	2025-07-30	Deciphering state-dependent immune features from multi-layer omics data at single-cell resolution 2025-Jul-28, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02266-3 PMID:40721531	研究论文	通过单细胞转录组学、宿主遗传学、血浆蛋白质组学和肠道宏基因组学等多层组学数据，构建了一个免疫细胞图谱，揭示了免疫细胞状态依赖的动态调控特征	首次在单细胞分辨率下构建了包含日本人群的多层组学免疫细胞图谱，并揭示了细胞状态依赖的免疫特征	研究主要基于日本人群，可能不适用于其他种族群体	解析免疫细胞状态依赖的特征及其与遗传变异的关系	235名日本人的外周血单个核细胞，包括COVID-19患者和健康个体	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组学、血浆蛋白质组学、肠道宏基因组学	NA	单细胞转录组数据、遗传数据、蛋白质组数据、宏基因组数据	235名日本人（包括COVID-19患者和健康个体）的超过150万个外周血单个核细胞
152	2025-07-30	Single-cell RNA sequencing reveals a B cell-related immunosuppressive landscape and a potential suppressor in hepatocellular carcinoma 2025-Jul-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06869-6 PMID:40721811	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示肝细胞癌中与B细胞相关的免疫抑制景观及潜在抑制因子	首次在单细胞水平上揭示了肝细胞癌中B细胞相关的免疫抑制景观，并发现血清淀粉样蛋白A2（SAA2）作为新的肿瘤抑制因子	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证B细胞和SAA2在肝细胞癌中的具体作用机制	探索肝细胞癌微环境中的免疫抑制机制并寻找新的治疗靶点	肝细胞癌组织和对应非癌组织中的B细胞和肝细胞	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 免疫组化, 蛋白质印迹分析	NA	单细胞转录组数据, 临床样本数据	肝细胞癌组织和对应非癌组织的单细胞转录组数据, TCGA和GTEx数据库数据集, 临床HCC样本
153	2025-07-30	Identification of CD4_Naive cells related gene FMO4 as a positive regulator of the poor prognosis of septic CRC patients 2025-Jul-28, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03917-5 PMID:40722152	研究论文	本研究通过单细胞测序数据分析，探讨了CD4_Naive细胞相关基因FMO4在结直肠癌（CRC）相关脓毒症预后中的作用	首次发现FMO4基因与CD4_Naive细胞浸润减少及CRC脓毒症患者不良预后相关，并揭示了其在异生物质分解代谢和牛磺酸代谢中的作用	样本量较小（仅32例血液样本），需要更大规模的研究验证	探究T细胞及相关基因在CRC相关脓毒症预后中的作用	CRC合并脓毒症患者	生物医学	结直肠癌, 脓毒症	单细胞测序, 孟德尔随机化(MR)分析, 功能富集分析	NA	单细胞测序数据, 临床样本数据	32例CRC合并脓毒症患者的血液样本
154	2025-07-30	A cycling, progenitor-like cell population at the base of atypical teratoid rhabdoid tumor subtype differentiation trajectories 2025-Jul-28, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf179 PMID:40726147	研究论文	本研究通过单核转录组图谱、单核ATAC-seq和空间转录组学数据，揭示了非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)的亚型特异性分化轨迹及其发育起源	发现了一个共享的循环中间前体细胞样细胞群，并证明了ATRT亚型特异性分化途径可以通过药物调控	研究主要基于体外肿瘤模型，临床转化效果尚需进一步验证	深入理解ATRT的细胞异质性和发育起源，为亚型特异性治疗策略提供理论基础	非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)样本和患者来源的ATRT肿瘤模型	数字病理学	儿科中枢神经系统肿瘤	单核转录组测序、单核ATAC-seq、空间转录组学	NA	转录组数据、表观遗传数据、空间表达数据	未明确说明具体样本数量，但包含多个ATRT样本和患者来源的肿瘤模型
155	2025-07-30	Multi-gene anoikis signature combined with tumor microenvironment stratifies prognosis in cutaneous melanoma with experimental validation of PTK6 2025-Jul-26, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149686 PMID:40721013	研究论文	本研究通过整合失巢凋亡特征和肿瘤微环境特征，开发了一个新的预后分类器，并在皮肤黑色素瘤中验证了PTK6的功能	首次整合失巢凋亡抵抗和免疫微环境特征构建预后分类器，并通过实验验证PTK6在皮肤黑色素瘤中的关键作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步前瞻性研究验证	开发皮肤黑色素瘤的新型预后预测模型并探索潜在治疗靶点	皮肤黑色素瘤患者样本和细胞/动物模型	数字病理学	皮肤黑色素瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、LASSO-Cox回归	RS-TME分类器	转录组数据	TCGA-CM队列471例患者，GSE65904队列214例患者
156	2025-07-30	Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis 2025-Jul-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041 PMID:40721022	研究论文	本研究揭示了负压伤口治疗（NPWT）通过GNAS/CREB1/HSP90轴促进伤口血管生成的生物力学机制	首次阐明了NPWT通过GNAS/CREB1/HSP90轴激活eNOS信号通路促进血管生成的分子机制	研究主要基于体外机械拉伸模型和大鼠背部伤口模型，尚未在人体中进行验证	探究负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制	HSP90相关调控网络和eNOS Ser1177磷酸化	生物力学	慢性伤口	单细胞测序、Ch-IP、Co-IP、分子对接	大鼠背部伤口模型	蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量
157	2025-07-30	Multimodal associations between brain morphology, immune-inflammatory markers, spatial transcriptomics, and behavioural symptoms in autism spectrum disorder 2025-Jul-26, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.07.021 PMID:40721173	研究论文	本研究探讨了自闭症谱系障碍（ASD）中攻击行为的神经生物学机制，结合了行为、神经内分泌、炎症标志物、脑结构差异和空间转录组学的多模态分析	首次结合神经内分泌、炎症标志物、脑结构差异和空间转录组学多模态分析，揭示了ASD攻击行为与神经炎症及脑结构变化的复杂关联	样本量较小（42名男性ASD患者），且缺乏纵向数据，未能全面考虑遗传和环境因素的影响	揭示ASD患者攻击行为的神经生物学机制，为开发针对性治疗策略提供依据	42名11-38岁男性ASD患者（21名有攻击行为，21名无攻击行为）	神经科学	自闭症谱系障碍	多重检测（炎症标志物）、MRI、变形形态测量学（DBM）、空间转录组学	NA	行为问卷数据、血浆生物标志物、MRI影像、基因表达数据	42名男性ASD患者（21名有攻击行为，21名无攻击行为），其中13名攻击性患者进行了MRI扫描
158	2025-07-30	Integration of Single-Cell Analysis and Bulk RNA Sequencing Data Using Multi-Level Attention Graph Neural Network for Precise Prognostic Stratification in Thyroid Cancer 2025-Jul-21, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142411 PMID:40723292	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用多级注意力图神经网络模型，提高了甲状腺癌预后分层的精确性	首次将单细胞RNA测序与批量RNA测序数据整合，并应用多级注意力图神经网络模型进行甲状腺癌预后预测	样本量相对较小，仅包含15个单细胞RNA测序样本和489个TCGA患者数据	提高甲状腺癌预后管理的精确性，并深入理解肿瘤微环境中T细胞的作用	甲状腺癌患者及其肿瘤微环境中的T细胞	数字病理学	甲状腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	MLA-GNN (多级注意力图神经网络)	RNA测序数据	15个scRNA-seq样本和489个TCGA患者数据
159	2025-07-30	Single-Cell Transcriptomic Changes in Patient-Derived Glioma and U87 Glioblastoma Cell Cultures Infected with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact 2025-Jul-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146983 PMID:40725231	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术比较了人类胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和永生化胶质母细胞瘤U87 MG细胞在感染溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact后的转录反应	首次在单细胞水平上揭示了VV-GMCSF-Lact感染后胶质瘤细胞的转录变化，并发现前神经胶质母细胞瘤细胞和小胶质细胞样细胞对该病毒最为敏感	研究仅针对特定类型的胶质瘤细胞系和患者来源的胶质瘤培养物，未涵盖所有胶质瘤亚型	探究溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact对不同类型脑细胞的转录影响	人类胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和永生化胶质母细胞瘤U87 MG细胞	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	患者来源的胶质瘤培养物和U87 MG细胞系
160	2025-07-30	Cancer-Associated Fibroblasts Establish Spatially Distinct Prognostic Niches in Subcutaneous Colorectal Cancer Mouse Model 2025-Jul-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142402 PMID:40723284	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，系统性地描述了皮下结直肠癌小鼠模型中肿瘤微环境的空间异质性	揭示了由癌症相关成纤维细胞(CAFs)划分的两个空间上不同的肿瘤区域，这些区域在细胞组成、致癌信号、免疫浸润和代谢状态上存在显著差异	研究仅限于小鼠皮下肿瘤模型，可能无法完全反映人类结直肠癌的复杂性	探索皮下结直肠癌模型中肿瘤微环境的空间组织和调控机制	MC38皮下肿瘤小鼠模型	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA