单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-03	Macrophage Infiltration and ITGB2 Expression in ESCC: A Novel Correlation 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70604 PMID:39825491	研究论文	本研究探讨了食管鳞状细胞癌（ESCC）中巨噬细胞浸润与ITGB2表达之间的相关性及其在免疫治疗中的潜在应用	首次发现ITGB2在浸润巨噬细胞中的表达随着巨噬细胞向促肿瘤表型极化而增加，并提出了通过敲除ITGB2的M1巨噬细胞进行免疫治疗的新策略	研究结果需要进一步的体内实验验证，且临床应用的可行性和安全性尚未评估	探索ESCC中与肿瘤免疫相关的潜在分子和治疗策略	食管鳞状细胞癌（ESCC）	肿瘤免疫学	食管癌	高通量测序、基因芯片、单细胞测序、生物信息学分析	NA	测序数据、基因芯片数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量
142	2025-05-03	Comprehensive Analysis of m6A-Related Programmed Cell Death Genes Unveils a Novel Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70255 PMID:39828988	研究论文	本研究通过整合bulk RNA和单细胞测序数据，识别了43个具有预后价值的m6A相关程序性细胞死亡基因，并基于这些基因开发了一个13基因风险模型（mPCDS），用于肺腺癌的风险分层和个性化治疗策略	首次整合bulk RNA和单细胞测序数据，开发了一个新的m6A相关程序性细胞死亡基因风险模型（mPCDS），并验证了RCN1作为肺腺癌进展的潜在致癌基因和治疗靶点	研究依赖于公共数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	开发一个基于m6A相关程序性细胞死亡基因的预后模型，用于肺腺癌的风险分层和个性化治疗	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	bulk RNA测序, 单细胞测序	CoxBoost, SuperPC	RNA测序数据	多个验证数据集（具体样本量未明确说明）
143	2025-05-03	Berberine Inhibited SASP-Related Inflammation through RXRα/PPARγ/NEDD4 Pathway in Atherosclerosis 2025, The American journal of Chinese medicine DOI:10.1142/S0192415X25500107 PMID:39829230	研究论文	该研究探讨了小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的机制	首次揭示小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的具体分子机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	探究小檗碱治疗动脉粥样硬化的分子机制	ApoE敲除小鼠、RAW264.7细胞和腹膜巨噬细胞来源的泡沫细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞测序、Smart-seq分析、慢病毒介导的基因敲除	动物模型（ApoE敲除小鼠）和细胞模型（RAW264.7细胞）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠模型和两种细胞系
144	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular Origin and Evolution of Small-Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025-Jan, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70183 PMID:39831355	研究论文	通过单细胞RNA测序和全外显子测序，研究宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞起源和进化	首次在单细胞分辨率下提供了宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞组成、HPV感染相关特征和基因表达谱的全面见解	样本量较小，仅包括两名患者的数据	探索宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞异质性、起源和肿瘤发生轨迹	宫颈小细胞神经内分泌癌患者肿瘤组织和邻近正常宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序, 全外显子测序, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	两名患者的肿瘤组织和邻近正常组织
145	2025-05-03	Single-cell landscape of the intrahepatic ecosystem in alcohol-related liver disease 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70198 PMID:39834100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了酒精相关肝病（ALD）患者肝组织中的细胞生态系统变化	发现了ALBKRT7上皮细胞群，该细胞群具有干细胞特性和恶性转化潜能，并通过Wnt/β-catenin信号通路促进肿瘤生长	研究未涉及ALBKRT7上皮细胞群在ALD不同阶段的详细分子机制	探究酒精相关肝病的分子机制及恶性转化过程	酒精相关肝病患者和健康肝捐赠者的肝组织	单细胞测序	酒精相关肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	酒精相关肝病患者和健康肝捐赠者的肝组织样本
146	2025-05-03	Unveiling the mechanism of micro-and-nano plastic phytotoxicity on terrestrial plants: A comprehensive review of omics approaches 2025-Jan, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109257 PMID:39818003	综述	本文综述了微纳米塑料（MNPs）对陆地植物的毒性机制，重点介绍了组学技术在此领域的应用	整合了多种组学技术（如蛋白质组学、代谢组学、转录组学和微生物组学）以及新兴技术（如4D组学、表型组学、空间转录组学和单细胞组学）来揭示MNPs对植物的生理、分子和细胞响应	MNPs对植物的毒性机制仍不完全清楚，且其影响受多种因素（如大小、形状、功能基团和浓度）的复杂调控	阐明MNPs对陆地植物的毒性机制，并探讨减轻MNPs对植物健康影响的策略	陆地植物	环境科学	NA	蛋白质组学、代谢组学、转录组学、微生物组学、4D组学、表型组学、空间转录组学、单细胞组学	NA	组学数据	NA
147	2025-05-03	JARID1D-dependent androgen receptor and JunD signaling activation of osteoclast differentiation inhibits prostate cancer bone metastasis through demethylating H3K4 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104135 PMID:39816691	research paper	该研究揭示了JARID1D通过去甲基化H3K4调控雄激素受体和JunD信号通路，抑制前列腺癌骨转移的机制	首次发现JARID1D通过H3K4me3去甲基化活性动态调控AR表达，并揭示JARID1D激动剂JIB-04可阻断骨转移分子通路	研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	探究表观遗传调控在前列腺癌骨转移中的作用机制	前列腺癌细胞和骨转移过程	肿瘤生物学	前列腺癌	ChIP, 免疫荧光, western blotting, 单细胞测序	小鼠模型	分子生物学数据	NA
148	2025-05-03	scRNA-Seq-Based Transcriptome Profiling and Relevant Bioinformatics Approaches to Uncover Novel Insights in Studying Human Spermatogenesis 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-82990-1_9 PMID:40301258	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探究人类精子发生过程中的转录组变化及其在病理条件下的表现	揭示了支持细胞在精子发生中的关键作用，并识别了病理条件下支持细胞功能的显著破坏	未提及样本量大小，可能限制结果的普遍性	探究人类精子发生的细胞和分子机制，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	人类精子发生过程中的细胞，特别是支持细胞和间质细胞	生物信息学	男性不育症	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
149	2025-05-03	SAE1 May Play a Pro-Carcinogenic Role in Pancreatic Adenocarcinoma: A Comprehensive Study Integrating Multiple Pieces of Evidence 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70017 PMID:40302186	研究论文	该研究通过整合多种证据全面探讨了SAE1在胰腺腺癌(PAAD)中的促癌作用	首次在PAAD中全面评估SAE1的作用，整合了mRNA数据、免疫组化、CRISPR修饰细胞系分析、单细胞RNA测序等多种技术手段	未明确说明样本量大小，机制研究仍需进一步验证	探究SAE1在胰腺腺癌发生发展中的作用机制	胰腺腺癌(PAAD)	肿瘤生物学	胰腺癌	mRNA分析、免疫组化、CRISPR、单细胞RNA测序、ChIP-Seq、分子对接	分子生物学实验模型	mRNA数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据、临床数据	NA
150	2025-05-03	Single Cell Transcriptomics Genomics Based on Machine Learning Algorithm: Constructing and Validating Neutrophil Extracellular Trap Gene Model in COPD 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S516139 PMID:40308227	研究论文	本研究基于单细胞转录组学和机器学习算法，构建并验证了COPD患者中中性粒细胞胞外诱捕网（NET）特征基因模型	首次针对吸烟与非吸烟COPD患者分别构建了NET特征基因模型（模型A和模型B），并验证了其诊断效能	样本量未明确说明，外部验证的广泛性可能不足	识别不同COPD患者的NET特征基因，为个性化治疗提供基础	COPD患者与非COPD个体的中性粒细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	单细胞RNA测序	机器学习算法（具体类型未说明）	RNA测序数据	未明确说明（包含COPD与非COPD个体）
151	2025-05-03	The suppressive role of GLS in radiosensitivity and irradiation-induced immune response in LUAD: integrating bioinformatics and experimental insights 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582587 PMID:40308578	研究论文	本研究通过整合生物信息学和实验方法，探讨了GLS在肺腺癌放射敏感性和放射诱导免疫反应中的抑制作用	揭示了GLS通过调节铁死亡和重塑免疫景观（特别是增强CD8+ T细胞毒性）在放射治疗中的双重调控作用，并开发了具有预测价值的GLS-DSBr模型	研究主要聚焦于肺腺癌，其他癌症类型的适用性需要进一步验证	阐明GLS在肺腺癌放射敏感性和放射诱导免疫反应中的调控机制及其临床价值	肺腺癌细胞和肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	RNA-seq、单细胞转录组学、流式细胞术	机器学习模型	转录组数据	2,066例LUAD患者数据
152	2025-05-03	Harnessing single-cell and multi-omics insights: STING pathway-based predictive signature for immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575084 PMID:40308576	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，开发了一个基于STING通路的预测标志物（STINGsig），用于预测肺腺癌免疫治疗的响应	利用单细胞和多组学数据，首次开发了STING通路相关的预测标志物，并通过小鼠模型验证了关键基因ERRFI1在增强抗肿瘤免疫和α-PD1治疗中的协同作用	研究主要依赖公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型，尚未在临床样本中广泛验证	探究STING通路与肺腺癌免疫治疗响应的关系，并开发预测标志物	肺腺癌患者的单细胞和批量转录组数据，以及小鼠模型	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic profiling, multicolor flow cytometry	machine learning frameworks (101种)	RNA-seq数据	公共数据库（GEO, TCGA）中的样本，具体数量未明确说明
153	2025-05-03	The single-cell atlas of short-chain fatty acid receptors in human and mice hearts 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1538384 PMID:40308581	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据揭示了人类和小鼠心脏中短链脂肪酸受体FFAR2/3的分布图谱	首次在单细胞分辨率下绘制了人类和小鼠心脏中FFAR2/3的完整分布图谱，包括正常和梗死心脏	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	阐明短链脂肪酸受体FFAR2/3在心脏细胞中的分布及其潜在机制	人类和小鼠心脏细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA测序数据	18个公共单细胞RNA测序数据集(人类和小鼠心脏)
154	2025-05-03	Multi-omics landscape of alternative splicing in diffuse midline glioma reveals immune- and neural-driven subtypes with implications for spliceosome-targeted therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587009 PMID:40308585	research paper	该研究通过多组学分析揭示了H3K27改变的弥漫性中线胶质瘤（DMG）中的选择性剪接景观，并识别了与免疫和神经相关的亚型	首次全面分析了DMG中的选择性剪接变化，并提出了基于RNA结合蛋白的DMG分类方法，同时鉴定出RALYL作为潜在的关键调控因子	研究主要基于细胞系和已发表数据集，缺乏直接的患者样本验证	探索H3K27改变的DMG中选择性剪接的作用及其对治疗策略的潜在影响	H3WT和H3K27改变的DMG细胞系	digital pathology	glioma	RNA-seq, scRNA-seq	NA	transcriptomic data	患者来源的细胞系和已发表的RNA-seq及scRNA-seq数据集
155	2025-05-03	Artificial intelligence-assisted RNA-binding protein signature for prognostic stratification and therapeutic guidance in breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583103 PMID:40308601	研究论文	本研究开发了一种基于人工智能的RNA结合蛋白特征模型（AIRS），用于乳腺癌的预后分层和治疗指导	首次利用人工智能技术结合RNA结合蛋白基因（PGK1、MPHOSPH10、MAP2K6）构建预后模型，并整合基因组、转录组和单细胞数据进行分析	需要在更多样化的人群中进行验证，并扩展功能分析	提高乳腺癌预后准确性并指导个性化治疗	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	机器学习、单细胞转录组分析	AIRS模型（基于108种机器学习模型组合）	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	14个乳腺癌队列（超过9000名患者）
156	2025-05-03	SUMOylation substrate encoding genes as prognostic biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma with functional assessment of SAF-B2 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1532658 PMID:40308776	研究论文	本研究探讨了SUMOylation在胰腺导管腺癌(PDAC)中的预后意义，并开发了一个基于SUMOylation底物编码基因的预后模型Sscore	首次构建了基于SUMOylation底物编码基因的PDAC预后模型Sscore，并鉴定出SAFB2作为潜在肿瘤抑制因子	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究SUMOylation在PDAC中的预后价值并开发新的预后工具	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和细胞系	肿瘤学	胰腺癌	Western blot、单细胞RNA测序、LASSO和Cox回归分析	Sscore预后模型	基因表达数据、蛋白质数据	TCGA和GTEx数据库中的PDAC样本及体外培养的PDAC细胞系
157	2025-05-03	Unveiling the Immune Landscape of Delirium through Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning: Towards Precision Diagnosis and Therapy 2025-Jan, Psychogeriatrics : the official journal of the Japanese Psychogeriatric Society IF:1.7Q3 DOI:10.1111/psyg.13233 PMID:39814058	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习揭示了术后谵妄的免疫景观，探索了PI3K-Akt信号通路下游基因作为潜在生物标志物的可能性	首次结合单细胞RNA测序和机器学习方法，系统分析了术后谵妄患者外周血中PI3K-Akt信号通路相关基因的表达特征	样本量相对较小(30例患者和30例对照)，需要在更大规模队列中验证结果	寻找术后谵妄的预测和诊断生物标志物，并探索潜在治疗策略	术后谵妄患者的外周血样本和特定免疫细胞亚群	数字病理学	老年疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 实时定量PCR(RT-qPCR)	六种机器学习模型(未具体说明)	RNA测序数据	60人(30例术后谵妄患者和30例健康对照)
158	2025-05-03	Comprehensive transcriptomic analysis integrating bulk and single-cell RNA-seq with machine learning to identify and validate mitochondrial unfolded protein response biomarkers in patients with ischemic stroke 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1582252 PMID:40313716	研究论文	通过整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，结合机器学习方法，识别并验证了缺血性卒中患者中线粒体未折叠蛋白反应的生物标志物	首次整合批量与单细胞RNA-seq数据，结合机器学习识别UPRmt相关生物标志物，并通过实验验证CLEC4D作为最敏感标志物	研究样本量有限，且仅基于公开数据集和部分实验验证，需要更大规模临床样本进一步验证	探索线粒体未折叠蛋白反应在缺血性卒中中的机制并识别相关生物标志物	缺血性卒中患者及其中线粒体未折叠蛋白反应相关基因	生物信息学	缺血性卒中	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	GSE58294数据集及人类外周血样本（数量未明确）
159	2025-05-03	CITED2 Binding to EP300 Regulates Human Spermatogonial Stem Cell Proliferation and Survival Through HSPA6 2025, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/sci/2362489 PMID:40313859	research paper	本研究探讨了CITED2通过结合EP300调控人类精原干细胞增殖和存活的机制	揭示了CITED2在人类精原干细胞中的主导表达及其通过HSPA6调节增殖和凋亡的新机制	研究主要基于体外细胞系实验，未涉及体内模型验证	阐明人类精原干细胞自我更新和分化的调控机制	人类精原干细胞	分子生物学	NA	单细胞测序、RNA测序、免疫共沉淀	NA	基因表达数据	人类睾丸GEO数据集中的单细胞测序数据
160	2025-05-03	The malignant signature gene of cancer-associated fibroblasts serves as a potential prognostic biomarker for colon adenocarcinoma patients 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1589678 PMID:40313961	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别并验证了与癌症相关成纤维细胞恶性相关的基因标记，并发现FNDC5作为结肠腺癌的潜在治疗靶点	首次利用单细胞RNA测序技术结合CNV推断和伪时间轨迹分析，识别了CAFs恶性相关基因，并验证了FNDC5在结肠癌中的生物学功能	研究样本量相对较小（8,911个细胞），且主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限	探索癌症相关成纤维细胞在结肠腺癌中的特异性作用并寻找潜在预后生物标志物	结肠腺癌患者的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, CNV分析, 伪时间轨迹分析	Cox回归模型, LASSO回归	单细胞RNA测序数据	8,911个细胞（来自正常和肿瘤样本）