单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-30	Decoding Gujin Luyan Xuming decoction: How ancient wisdom meets modern science in promoting angiogenesis to ameliorate cerebral infarction 2025-Sep-26, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120652 PMID:41016542	研究论文	本研究解析古今录验续命汤通过RAB11A调控Wnt5a/β-catenin信号通路促进脑梗死后血管生成的分子机制	首次系统鉴定XMD的入血成分并揭示其通过RAB11A靶点调控Wnt5a/β-catenin通路促进血管生成的新机制	分子机制尚未完全阐明，需要进一步研究验证	阐明古今录验续命汤促进脑梗死后血管生成的分子机制	脑梗死模型动物和血管生成相关细胞	中医药研究	脑梗死	HPLC-MS/MS、RNA-seq、单细胞测序、网络药理学、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞图像数据	使用公共数据集GSE137482和GSE225948，具体动物和细胞样本数量未明确说明
142	2025-09-30	Single-cell mapping of TMZ-resistant glioma reveals CXCL2/3-CXCR2-associated neutrophil communication 2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152706 PMID:41016335	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了胶质母细胞瘤中与替莫唑胺耐药相关的肿瘤-中性粒细胞通讯机制	首次发现CXCL2/3-CXCR2趋化轴在胶质瘤耐药中的关键作用，并揭示了肿瘤细胞通过该信号通路与中性粒细胞建立特异性通讯	研究主要基于转录组数据分析，需要更多功能实验验证机制细节	探索胶质母细胞瘤中替莫唑胺耐药与肿瘤微环境的关联机制	胶质瘤细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞（特别是中性粒细胞）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、CellChat分析、功能验证实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	基于已发表的大规模单细胞RNA-seq数据集
143	2025-09-30	Integrated Multiomics Analysis Identifies CDO1 as a Novel Therapeutic Target for Osteoarthritis 2025-Sep-25, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303387442250918111006 PMID:41017094	研究论文	通过整合多组学分析鉴定CDO1作为骨关节炎的新型治疗靶点	首次通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和WGCNA分析鉴定CDO1为骨关节炎的因果风险基因，并通过体内实验验证其治疗潜力	研究主要基于大鼠模型，需要在人类样本中进行进一步验证	识别骨关节炎进展中的关键基因和潜在治疗靶点	骨关节炎患者样本和大鼠骨关节炎模型	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA、孟德尔随机化分析、siRNA敲低	大鼠骨关节炎模型	基因表达数据	7个公共OA数据集和大鼠体内验证模型
144	2025-09-30	Expression patterns of desmosome family members during tooth development and the role of Desmocollin-3 in cytodifferentiation of stratum intermedium 2025-Sep-24, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106404 PMID:41016088	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发现桥粒蛋白家族成员在牙齿发育中的表达模式，并揭示Desmocollin-3对中间层细胞分化和成釉细胞谱系定向的重要作用	首次通过单细胞RNA测序鉴定中间层细胞特异性标志物，并揭示Dsc3在维持中间层细胞完整性和支持成釉细胞分化中的新功能	研究主要使用细胞系模型，缺乏体内实验验证；样本数量有限，仅使用出生后12天磨牙	探究桥粒蛋白家族成员在牙齿发育过程中的表达模式及Dsc3在中间层细胞分化中的功能	小鼠磨牙牙齿发育过程中的中间层细胞和SF2牙上皮细胞系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因敲低	NA	基因表达数据，细胞形态数据	出生后12天小鼠磨牙，SF2牙上皮细胞系
145	2025-09-30	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction in the aging mammalian brain 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116165 PMID:40833855	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了热量限制对衰老小鼠大脑的细胞和分子影响	首次结合单细胞转录组学和空间转录组学，在时空维度上系统解析热量限制对衰老大脑的影响机制	研究仅针对小鼠模型，结果向人类转化的有效性需要进一步验证	探究热量限制在哺乳动物大脑衰老过程中的保护作用机制	36只对照和热量限制处理的小鼠大脑，涵盖三个年龄组	生物信息学	衰老相关疾病	EasySci单核转录组学、IRISeq空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	超过50万个细胞，36只小鼠大脑，12个脑切片
146	2025-09-30	gwSPADE: gene frequency-weighted reference-free deconvolution in spatial transcriptomics 2025-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf966 PMID:41002029	研究论文	提出一种名为gwSPADE的基因频率加权无参考空间转录组解卷积方法	无需依赖外部单细胞参考数据，通过主题模型中适当的加权方案准确恢复细胞类型转录谱及其空间比例	NA	开发无参考的空间转录组数据解卷积方法以解析细胞类型组成	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组技术	主题模型	基因计数矩阵	NA
147	2025-09-30	Dihydroartemisinin inhibits histone lactylation through YAP1 to act as a 'hot' switch for 'cold' tumor in hepatocellular carcinoma 2025-Sep-23, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157307 PMID:41016295	研究论文	本研究揭示双氢青蒿素通过抑制YAP1降低组蛋白乳酸化，将肝癌免疫冷肿瘤微环境转化为免疫热状态	首次发现双氢青蒿素通过YAP1-乳酸化正反馈环路调控肿瘤微环境免疫状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探索双氢青蒿素将肝癌免疫抑制微环境转化为免疫刺激状态的具体机制	肝细胞癌小鼠模型和肝癌细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、Western blot、免疫荧光、代谢流分析、共免疫沉淀、趋化因子芯片、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	多种免疫缺陷小鼠模型（NCG小鼠、BALB/c裸鼠、CD8+ T细胞清除小鼠）和肝特异性Yap1敲除小鼠
148	2025-09-30	Single-cell-scale spatial transcriptome of the developing and adult mouse ovary 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.16.676655 PMID:41000831	研究论文	本研究利用空间转录组技术构建了小鼠卵巢发育过程中的单细胞尺度空间基因表达图谱	首次在保持卵巢原生细胞结构的前提下，通过10X Genomics Visium HD空间转录组技术实现了卵巢发育过程中近单细胞分辨率的空间基因表达分析	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物卵巢	解析哺乳动物卵巢发育过程中的空间转录组特征及其调控机制	发育期和成年期小鼠卵巢组织	空间转录组学	生殖系统疾病	10X Genomics Visium HD空间转录组技术	NA	空间转录组数据	8个关键胎儿期和出生后时间点的卵巢样本
149	2025-09-30	Downregulation of heat shock protein 90 alpha family class A member 1 inhibits necroptosis in cardiac microvascular endothelial cells and alleviates sepsis-induced cardiomyopathy 2025-Sep-16, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114757 PMID:40967330	研究论文	本研究探讨HSP90AA1下调通过抑制心脏微血管内皮细胞坏死性凋亡并下调NF-κB信号通路缓解脓毒症诱导心肌病的作用机制	首次通过单细胞RNA测序发现Hsp90aa1+毛细血管内皮细胞在SIC中显著增加，并证实Hsp90aa1通过调控NF-κB信号通路影响心肌细胞坏死性凋亡	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究	探究Hsp90AA1对小鼠心脏微血管内皮细胞功能和坏死性凋亡的影响及其在脓毒症诱导心肌病病理过程中的作用机制	小鼠心脏微血管内皮细胞和脓毒症诱导心肌病小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、酶联免疫吸附测定、经胸超声心动图	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能实验数据	小鼠模型和体外细胞模型
150	2025-09-30	Single-Cell and Spatial Transcriptomics-Based Research Reveals Association Between M2a Macrophages and Tumor Spread through Air Spaces in Lung Adenocarcinoma 2025-Sep-12, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.07.017 PMID:40946801	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术探讨M2a巨噬细胞与肺腺癌气腔播散的关系	创新性地结合单细胞RNA测序与数字空间分析空间转录组学技术研究STAS的空间特征	NA	探索肿瘤相关巨噬细胞影响肺腺癌气腔播散发生发展的机制	肺腺癌患者组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、数字空间分析空间转录组学测序	NA	空间转录组数据、单细胞测序数据	NA
151	2025-09-30	Decoding the Tumor Microenvironment: Insights and New Targets from Single-Cell Sequencing and Spatial Transcriptomics 2025-Sep-09, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090730 PMID:41020852	综述	探讨单细胞测序和空间转录组学技术在解析肿瘤微环境中的应用与进展	整合单细胞测序与空间转录组学技术，以单细胞分辨率揭示肿瘤微环境的异质性和空间动态	NA	通过先进技术提升对肿瘤微环境中信号通路和细胞相互作用的理解	肿瘤微环境中的细胞组成、信号通路和空间结构	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间定位数据	NA
152	2025-09-30	Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626 PMID:40907663	研究论文	本研究利用三维肝脏切片模型探究IL-4通过细胞重编程促进肝脏再生的机制	首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养系统中证实IL-4的促再生作用，并揭示其调控髓系细胞和肝祖细胞的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探究IL-4在肝脏细胞重编程和再生过程中的作用机制	小鼠精密肝脏切片（PCLS）模型，包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏	细胞生物学	肝脏疾病	单核RNA测序、免疫组织化学染色、ATP检测	三维组织培养系统	转录组数据、蛋白质表达数据	8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片，培养时间长达5天
153	2025-09-30	Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 2025-Sep-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf205 PMID:40828965	研究论文	基于泛基因组图谱平台分析全球牛群中结构变异对种群结构和表型形成的影响	首次在牛群中系统评估结构变异的作用，发现约40.14%的结构变异未被邻近SNP标记，并鉴定出一个作为IGFBP7基因增强子的独特结构变异	研究样本仅包含2,409个个体，可能无法完全代表全球所有牛种群的遗传多样性	探究结构变异在牛群遗传多样性和表型形成中的关键作用	全球82个品种的2,409头牛	基因组学	NA	泛基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	2,409个个体，来自82个牛品种
154	2025-09-30	Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE) 2025-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475 PMID:40971965	研究论文	开发了一种名为MouSSE的新方法，用于在小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中估计细胞因子活性	提出了首个专门针对小鼠数据的单细胞水平细胞因子活性预测方法，采用支持正负基因权重的改进版VAM技术	NA	开发准确估计小鼠单细胞转录组数据中细胞因子活性的计算方法	小鼠单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	自身免疫疾病、癌症、感染反应	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集评分方法	改进的方差调整马氏距离技术	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
155	2025-09-30	Safety and Anti-Inflammatory Effects of Engineered Extracellular Vesicles (ILB-202) for NF-κB Inhibition: A Double-Blind, Randomized, Placebo-Controlled Phase 1 Trial 2025-Sep, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70141 PMID:41002119	研究论文	评估工程化细胞外囊泡ILB-202在健康志愿者中的安全性及抑制NF-κB的初步抗炎效果	首次使用工程化细胞外囊泡作为NF-κB抑制剂进行临床试验，避免了传统抑制剂导致的广泛免疫抑制	单中心研究，样本量较小，仅评估短期安全性	评估ILB-202在健康志愿者中的安全性、耐受性和初步药效学效应	18名健康志愿者	细胞治疗	炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	临床数据、实验室参数、单细胞RNA测序数据	18名健康志愿者
156	2025-09-30	Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication 2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.11.02.514917 PMID:40950142	研究论文	介绍Tensor-cell2cell v2计算工具，用于联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯动态变化	首次通过耦合张量分量分析同时分析蛋白质和代谢物介导的细胞通讯，保留各模态独立性和数据结构	NA	开发能解析多种配体类型协调动态的细胞通讯分析工具	脑类器官发育过程中的细胞间通讯	生物信息学	NA	单细胞转录组学，耦合张量分量分析	张量分解模型	单细胞转录组数据	NA
157	2025-09-30	TGF-β-Enriched Exosomes from Acute Myeloid Leukemia Activate Smad2/3-MMP2 and ERK1/2 Signaling to Promote Leukemic Cell Proliferation, Migration, and Immune Modulation 2025-Aug-27, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090690 PMID:41020812	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和外泌体转录组分析，揭示急性髓系白血病来源的TGF-β富集外泌体通过激活Smad2/3-MMP2和ERK1/2信号通路促进白血病进展	首次整合单细胞转录组与外泌体分析，发现AML外泌体通过TGF-β介导的信号通路同时增强白血病侵袭性和免疫微环境重塑的双重作用机制	AML外泌体的具体功能尚未完全明确，研究样本量有限	探究急性髓系白血病来源外泌体在疾病进展中的功能机制	急性髓系白血病患者骨髓样本和外泌体	肿瘤生物学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、功能实验	NA	转录组数据、功能实验数据	AML患者和健康供者的骨髓样本
158	2025-09-30	Sex-related variations in liver homeostasis and disease: From zonation dynamics to clinical implications 2025-Aug-20, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.007 PMID:40846185	综述	本文探讨肝脏在性别差异方面的表现，包括结构、代谢功能和疾病易感性的不同，以及分区异质性的影响	整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学等新技术，揭示与肝脏功能空间异质性一致的性别特异性基因和蛋白表达差异	NA	研究肝脏性别二态性的生物学基础及其对疾病易感性和进展的影响	人类肝脏组织及其分区（汇管区和中央静脉区）	数字病理	肝脏疾病	单细胞RNA测序、空间蛋白质组学、数字孪生模型	数字孪生模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	NA
159	2025-09-30	Single-cell transcriptomics identifies an increased Ly6G- neutrophil population and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs 2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638715 PMID:40027777	研究论文	通过单细胞转录组学分析电子烟暴露小鼠肺部的免疫细胞变化	首次在单细胞水平揭示烟草口味电子烟引起Ly6G-中性粒细胞群体增加和T细胞毒性增强的性别特异性免疫反应	样本量较小（每组每性别n=2），仅研究急性暴露效应	确定 flavored e-cig暴露后肺部的免疫景观变化	C57BL/6J小鼠肺部细胞	免疫学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 细胞计数数据, 细胞因子/趋化因子数据	71,725个细胞，来自对照组和处理组（每组每性别2只小鼠）
160	2025-09-30	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	提出DeepSAS框架，利用深度图表示学习从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性及其相关基因	开发了首个基于深度图表示学习的本征-hoc框架，能够从单细胞数据中识别稳健且具有生物学基础的衰老表型	NA	表征衰老细胞并识别相应的衰老相关基因，以增进对衰老和年龄相关疾病的理解	健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集中的衰老细胞	生物信息学	年龄相关疾病	单细胞RNA-seq，Xenium空间转录组学	深度图表示学习	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	健康眼细胞图谱和内部特发性肺纤维化数据集