单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31365 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-09-24 |
Distinct Roles of IL-4, IL-13, and IL-22 in Human Skin Barrier Dysfunction and Atopic Dermatitis
2025-Sep-23, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70060
PMID:40985485
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多组学分析揭示了IL-4、IL-13和IL-22在特应性皮炎皮肤屏障功能障碍中的独特作用机制 | 首次在具有完整屏障和免疫细胞的生物稳定人皮肤模型中系统比较三种细胞因子的差异效应，并发现它们之间的免疫交叉调节现象 | 研究主要基于离体皮肤模型，可能与体内真实情况存在差异 | 阐明IL-4、IL-13和IL-22在特应性皮炎皮肤屏障功能障碍中的特异性作用 | 人皮肤组织样本（包括AD皮损和非皮损区域）及离体皮肤模型 | 皮肤免疫学 | 特应性皮炎 | 空间转录组学、RNA测序、非靶向蛋白质组学、电阻抗光谱法 | 离体人皮肤模型 | 转录组数据、蛋白质组数据、电生理数据 | 包含AD患者皮肤活检样本和离体皮肤模型样本 |
| 142 | 2025-09-24 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2025-Sep-23, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf936
PMID:40985765
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研究论文 | 提出SPACE框架，通过校正细胞类型混杂效应改进空间可变基因聚类，以提升空间域检测效果 | 无需预先指定基因簇数量、空间模式或细胞类型信息，通过调整共享细胞类型混杂效应实现SVG的自动聚类 | NA | 改进空间转录组数据分析中的空间域检测精度 | 空间可变基因(SVGs) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | SPACE框架 | 空间转录组数据 | NA |
| 143 | 2025-09-24 |
Th17 cells with regulatory phenotype are the main IL-17F and IL-26 producers in palmoplantar pustulosis
2025-Sep-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193038
PMID:40985896
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间分析揭示掌跖脓疱病中具有调节表型的Th17细胞是IL-17F和IL-26的主要生产者 | 首次在PPP中发现共表达调节性标记(FOXP3/CTLA4/TIGIT)和IL17F/IL26的杂交regTh17细胞群体，并揭示其与IL-36G+角质形成细胞的空间互作机制 | NA | 解析掌跖脓疱病的细胞和空间结构特征，深入理解IL-17通路在该疾病中的作用机制 | 掌跖脓疱病患者的皮损、非皮损和健康肢端皮肤组织 | 单细胞基因组学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 包含皮损、非皮损和健康皮肤样本的单细胞测序数据 |
| 144 | 2025-09-24 |
A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications
2025-Sep-22, JBRA assisted reproduction
DOI:10.5935/1518-0557.20250031
PMID:40674570
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研究论文 | 通过多组学分析探究循环蛋白与自然流产风险的因果关系及其潜在机制 | 首次整合孟德尔随机化、KEGG通路富集和单细胞转录组分析系统揭示自然流产的遗传风险因素 | 研究排除了性别差异表达蛋白，可能遗漏部分相关生物标志物 | 鉴定影响自然流产风险的遗传变异及其分子机制 | 循环蛋白及其相关遗传变异 | 生物信息学 | 自然流产 | 孟德尔随机化、pQTL分析、KEGG通路富集、单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | NA |
| 145 | 2025-09-24 |
Alleviated T cell exhaustion and SLC1A3-mediated stroma-remodelling dictate chemoimmunotherapy efficacy in oesophageal squamous cell carcinoma
2025-Sep-22, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335642
PMID:40983502
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组等技术揭示了化疗联合PD-1抑制剂治疗食管鳞癌的协同机制及耐药原因 | 发现化疗通过减轻TIGIT-NECTIN2等免疫检查点相互作用缓解T细胞耗竭，并首次鉴定SLC1A3高表达肿瘤细胞通过调控癌相关成纤维细胞导致细胞外基质富集微环境 | 样本量有限，耐药机制的临床转化价值需进一步验证 | 探究化疗增强免疫检查点抑制剂疗效的机制并解析耐药原因 | 食管鳞癌患者组织样本及小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 食管鳞癌 | 单细胞转录组测序、T细胞受体谱分析、多重免疫组化 | 小鼠模型 | 转录组数据、组织影像数据 | 接受联合治疗与单药治疗的食管鳞癌患者纵向组织样本 |
| 146 | 2025-09-24 |
Comparative single-cell and spatial profiling of anti-SSA-positive and anti-centromere-positive Sjögren's disease reveals common and distinct immune activation and fibroblast-mediated inflammation
2025-Sep-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63935-9
PMID:40983612
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研究论文 | 通过单细胞和空间技术比较抗SSA阳性和抗着丝粒阳性干燥综合征的免疫特征 | 首次结合单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序和空间转录组学揭示不同自身抗体亚型的分子特征 | NA | 阐明不同自身抗体谱相关的共同和独特细胞转录特征 | 干燥综合征患者的唾液腺病变组织 | 单细胞生物学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序、B细胞受体测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA |
| 147 | 2025-09-24 |
ENO1 promotes cancer metastasis via stimulating metabolism reprogramming in osteosarcoma
2025-Sep-22, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03182-3
PMID:40983627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示ENO1基因通过促进糖代谢重编程驱动骨肉瘤转移的新机制 | 首次在单细胞水平揭示ENO1通过调控糖代谢重编程（从氧化磷酸化转向糖酵解）促进骨肉瘤转移的机制 | 样本量较小（仅10例儿科骨肉瘤样本），需要更大规模临床验证 | 阐明骨肉瘤转移的潜在分子机制 | 儿科骨肉瘤患者组织样本（原发灶无转移、原发灶有转移、肺转移灶） | 癌症生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、生物信息学分析、体外功能实验、体内动物模型、批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、批量RNA测序数据 | 10例儿科骨肉瘤样本（分为三组：原发无转移组、原发有转移组、肺转移组） |
| 148 | 2025-09-24 |
Novel radiation-derived gene blueprint stratifying patients with breast cancer
2025-Sep-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03549-1
PMID:40983794
|
研究论文 | 本研究通过识别辐射相关基因构建风险模型，用于预测乳腺癌患者的预后、免疫特征和治疗反应 | 首次系统识别辐射相关基因并构建8基因特征风险模型，整合多组学分析和单细胞测序技术 | 模型验证主要基于TCGA和METABRIC数据集，需要更多独立队列验证临床适用性 | 开发可靠的预后生物标志物以改善乳腺癌的预测性、预防性和个性化治疗策略 | 乳腺癌患者基因表达数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA测序（bulk和single-cell）、多组学分析、LASSO Cox回归、随机森林 | 随机森林、LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | 基于TCGA-BRCA队列和METABRIC数据集（具体样本数未明确说明） |
| 149 | 2025-09-24 |
SIGEL: a context-aware genomic representation learning framework for spatial genomics analysis
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03748-7
PMID:40983914
|
研究论文 | 提出一种基于空间基因组上下文的环境感知基因表示学习框架SIGEL | 通过利用空间基因组上下文生成成本效益高的环境感知基因表示，解决了现有方法计算密集的局限性 | NA | 开发空间转录组学中具有空间信息的基因表示学习方法 | 空间转录组学数据中的基因表示 | 空间基因组学 | NA | 空间转录组学(ST) | 表示学习框架 | 空间基因组数据 | 多个不同的ST数据集 |
| 150 | 2025-09-24 |
KEGNI: knowledge graph enhanced framework for gene regulatory network inference
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03780-7
PMID:40983951
|
研究论文 | 提出一种基于知识图谱增强的基因调控网络推断框架KEGNI | 首次将知识图谱与图自编码器结合用于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断 | NA | 推断细胞类型特异性基因调控网络 | 基因调控网络和驱动基因 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 图自编码器 | 单细胞测序数据 | NA |
| 151 | 2025-09-24 |
Toxic Switch and Key Effectors of Cu in Zebrafish Gills: Coupling Single-Cell RNA Sequencing and Redox Imaging
2025-Sep-22, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.5c05966
PMID:40983989
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和氧化还原成像技术，系统揭示了斑马鱼鳃组织中铜毒性的关键调控机制 | 首次在鱼类鳃组织中应用单细胞RNA测序技术，并开发新型原位荧光探针实现Cu(I)/Cu(II)空间分布的同步可视化 | 研究仅针对斑马鱼模型，其他水生生物的适用性需进一步验证 | 解析低铜负荷下导致鱼类大量死亡的毒性开关机制 | 斑马鱼鳃组织细胞 | 环境毒理学 | 重金属中毒 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位荧光成像 | NA | 单细胞转录组数据、荧光成像数据 | 斑马鱼鳃组织细胞群体（鉴定出6个显著变化的细胞群体） |
| 152 | 2025-09-24 |
Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930
PMID:40616840
|
研究论文 | 本文提出了一种头颈癌类器官单细胞解离的实验方案 | 通过优化胰蛋白酶浓度（0.05%）和机械解离方法，在保证细胞活性的同时最大化单细胞产量 | 未涉及不同头颈癌亚型类器官的解离效果比较 | 建立适用于下游应用（如药物筛选和单细胞RNA测序）的头颈癌类器官单细胞悬液制备标准流程 | 头颈鳞状细胞癌患者来源类器官（PDOs） | 数字病理 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像 | NA | 生物样本数据 | NA |
| 153 | 2025-09-24 |
Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932
PMID:40650899
|
研究论文 | 提出使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的实验方案 | 开发了scVIDR模型，这是首个专门用于模拟单细胞剂量依赖性化学扰动基因表达的变分自编码器框架 | NA | 建立预测化学扰动下单细胞基因表达变化的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，Docker容器化技术 | 变分自编码器(VAE)，scVIDR模型 | 基因表达数据 | NA |
| 154 | 2025-09-24 |
Protocol for conducting a single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin analysis
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103960
PMID:40700014
|
方法论文 | 本文提供了一个使用公开数据集进行scATAC-seq分析的详细操作流程 | 为scATAC-seq分析新手提供标准化的分析流程指南，包含多组学整合计算方法 | 仅使用公开数据集进行演示，未涉及实验数据生成环节 | 降低scATAC-seq分析的技术门槛，建立标准化分析流程 | 染色质可及性分析 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq（单细胞转座酶可及染色质测序） | NA | 基因组测序数据 | 公开数据集（未指定具体样本数量） |
| 155 | 2025-09-24 |
Protocol for automated graph-based clustering of single-cell RNA-seq data with application in mouse intestinal stem cells
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104000
PMID:40748762
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研究论文 | 提出一种用于小鼠肠道隐窝上皮细胞单细胞RNA测序的自动化图聚类分析流程 | 开发了ACDC（自动化群体检测）Python包，实现大规模scRNA-seq数据的高效自动化图聚类 | NA | 建立单细胞RNA测序数据的自动化聚类分析流程 | 小鼠肠道隐窝上皮细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图聚类算法 | 基因表达数据 | NA |
| 156 | 2025-09-24 |
Protocol for single-cell spatial transcriptomic profiling of cultured cells and engineered tissues without embedding or sectioning
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104074
PMID:40938748
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研究论文 | 提出一种无需包埋或切片即可对培养细胞和工程组织进行单细胞空间转录组分析的操作方案 | 开发了与标准包埋切片不兼容的2D工程组织和细胞培养物的空间转录组分析新方法 | NA | 建立适用于特殊样本类型的空间转录组分析标准化流程 | 2D工程组织和细胞培养物 | 空间转录组学 | NA | Visium HD空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 157 | 2025-09-24 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Sep-19, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101230
PMID:40974890
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研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞分析构建小鼠前列腺在睾丸切除诱导雄激素剥夺后的细胞组成和基因表达时空图谱 | 首次发现并描述了一种新型睾丸切除诱导的成纤维细胞亚型（OIF），并整合空间转录组学揭示了前列腺各叶特异性时空动态变化 | 研究局限于小鼠模型，人类前列腺的响应机制可能存在差异 | 解析雄激素剥夺疗法下前列腺的细胞和转录组动态变化机制 | 小鼠前列腺组织（背叶、腹叶、侧叶和前叶） | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 睾丸切除后多时间点的小鼠前列腺样本 |
| 158 | 2025-09-24 |
Differentiation latency and dormancy signatures define fetal liver hematopoietic stem cells at single-cell resolution
2025-Sep-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116289
PMID:40971295
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研究论文 | 本研究通过构建模拟胎肝内皮微环境的培养平台，结合单细胞技术揭示了具有连续移植能力的胎肝造血干细胞的独特特征 | 首次在单细胞水平上鉴定出胎肝造血干细胞的分化延迟、细胞分裂对称性和生物合成休眠特征 | 研究主要依赖体外培养模型，需进一步验证在完整生物体内的适用性 | 解析胎肝造血干细胞自我更新的内在和外在调控机制 | 胎肝造血干细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞分选、活细胞成像、移植实验 | NA | 单细胞转录组数据、影像数据 | 未明确样本数量，但强调稀有细胞群体研究 |
| 159 | 2025-09-24 |
Predicting the structural impact of human alternative splicing
2025-Sep-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03744-x
PMID:40963109
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研究论文 | 利用AlphaFold2预测人类超过11,000种剪接异构体的三维结构，系统研究选择性剪接对蛋白质结构的影响 | 首次大规模应用AlphaFold2预测人类剪接异构体结构，并开发多维度指标系统评估剪接诱导的结构变化 | 仅基于计算预测未进行实验验证，结构预测精度可能受限于算法本身 | 探究选择性剪接对蛋白质三维结构及功能的影响机制 | 人类蛋白质剪接异构体 | 计算生物学 | NA | AlphaFold2结构预测、单细胞RNA-seq | AlphaFold2 | 蛋白质序列数据、单细胞转录组数据 | 超过11,000种人类剪接异构体 |
| 160 | 2025-09-24 |
LIGHT in combination with IL-13 or IL-17 drives inflammatory transcriptional signatures in human pulmonary fibroblasts relevant for human lung disease
2025-Sep-17, ImmunoHorizons
DOI:10.1093/immhor/vlaf042
PMID:40972652
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研究论文 | 本研究通过RNA测序技术揭示了LIGHT细胞因子与IL-13或IL-17协同调控人肺成纤维细胞炎症转录特征的作用机制 | 首次发现LIGHT与IL-13/IL-17的协同作用可诱导肺成纤维细胞产生独特的炎症转录特征，并通过单细胞RNA测序验证其在间质性肺病患者中的存在 | 研究主要基于体外细胞实验，需要进一步体内实验验证其病理生理意义 | 探究LIGHT细胞因子在肺成纤维细胞炎症反应中的调控作用及其与肺部疾病的相关性 | 人肺成纤维细胞及间质性肺病患者的单细胞RNA测序数据 | 分子生物学 | 肺部疾病（哮喘和间质性肺病） | 批量RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 体外培养的人肺成纤维细胞及来自间质性肺病患者的单细胞RNA测序数据集 |