单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27241 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-04-25 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 介绍了一种名为scooby的框架，用于在单细胞分辨率下从DNA序列建模多模态基因组图谱 | 首个在单细胞分辨率下建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入图谱的框架，利用预训练的多组学预测模型Borzoi作为基础模型，并配备了细胞特异性解码器 | 未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞多模态技术的复杂性和数据稀疏性 | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达，构建统一的基因调控模型 | 单细胞多模态基因组数据，包括scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 多模态基因组分析 | Borzoi, 细胞特异性解码器 | 基因组序列, 单细胞多模态数据 | 未明确提及具体样本数量，但应用于造血数据集 |
| 142 | 2025-04-25 |
A Latent Activated Olfactory Stem Cell State Revealed by Single-Cell Transcriptomic and Epigenomic Profiling
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564041
PMID:37961539
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析揭示了一种潜在的激活嗅觉干细胞状态 | 结合基因表达和可及染色质图谱，识别了激活干细胞在细胞命运指定阶段的转录异质性，并发现了一组在受伤前就准备好激活的静息细胞 | NA | 研究嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的分子机制 | 嗅觉上皮干细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | NA |
| 143 | 2025-04-25 |
Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer
2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.07.642107
PMID:40161587
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研究论文 | 本研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序分析了50个肿瘤生物样本中的200多万个细胞，开发了一种基于深度学习的策略来映射肿瘤细胞状态及其周围结构 | 提出了空间动态网络（SDN）概念，揭示了肿瘤细胞状态如何组织成独特的集群或'村庄'，并展示了这些村庄与患者预后的关联 | 研究样本量相对有限（50个肿瘤生物样本），且仅针对肝癌 | 理解肿瘤空间景观及其对肿瘤侵袭性的影响 | 肝癌肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间单细胞成像, 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 图像, RNA序列数据 | 50个肿瘤生物样本中的200多万个细胞 |
| 144 | 2025-04-25 |
CSsingle: A Unified Tool for Robust Decomposition of Bulk and Spatial Transcriptomic Data Across Diverse Single-Cell References
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.07.588458
PMID:38645128
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研究论文 | 介绍了一种名为CSsingle的新方法，用于增强对大量和空间转录组数据的分解，解决细胞异质性的关键挑战 | CSsingle通过应用细胞大小校正（使用ERCC spike-in对照）来考虑细胞类型间RNA含量的变化，从而实现准确的大量数据反卷积，并支持空间转录组数据的精细分析 | NA | 提高对复杂生物系统和疾病过程的理解，特别是在肿瘤上皮可塑性方面 | 大量和空间转录组数据，以及单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 食管腺癌（EAC）和Barrett食管 | ERCC spike-in对照，scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过700个正常和病变的胃食管组织样本 |
| 145 | 2025-04-25 |
In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.10.579748
PMID:38405728
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research paper | 研究探讨了特定气味如何选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 揭示了特定气味经验可以选择性‘放大’特定的嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能 | 研究仅在小鼠中进行，尚未在更广泛的哺乳动物中验证 | 探究嗅觉刺激如何影响嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率 | 小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs） | 神经科学 | NA | scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期标记 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 |
| 146 | 2025-04-25 |
Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology
2025-Mar-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4909620/v1
PMID:40162205
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research paper | 介绍了一个名为Thor的综合计算平台，用于空间转录组学和组织学图像的多模态分析 | Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效整合细胞形态与空间转录组学 | NA | 解决现有计算平台在基因组和图像分析无缝整合方面的不足 | 空间转录组学和组织学图像 | digital pathology | heart failure, breast cancer, bladder cancer | spatial transcriptomics, immunofluorescence staining, Visium HD | anti-shrinking Markov diffusion method | image, genomic data | in-house heart failure patient samples, mouse olfactory bulb, breast cancer samples, in-house bladder cancer sample |
| 147 | 2025-04-25 |
Activation of CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in animal models of alcoholic pancreatitis
2025-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574376
PMID:38903082
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研究论文 | 研究揭示了CREB和Kras*在酒精性慢性胰腺炎(ACP)背景下促进胰腺癌进展的分子机制 | 首次阐明了CREB与致癌Kras G12D/+在ACP背景下协同促进胰腺癌进展的分子机制，并证明靶向CREB可有效抑制肿瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究CREB和Kras*在酒精性慢性胰腺炎促进胰腺癌进展中的作用机制 | 胰腺腺泡细胞、胰腺导管病变、胰腺癌 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、Western blotting、磷酸激酶阵列、定量PCR | Ptf1a CreERTM/+;LSL-Kras G12D/+遗传小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织样本 | 多种遗传修饰小鼠模型及人类胰腺疾病(慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌)组织样本 |
| 148 | 2025-04-25 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.25.609458
PMID:39229123
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中基因表达的时空图谱 | 首次系统分析了颅神经板闭合过程中空间调控的细胞命运和行为的转录变化，揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序 | 研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究哺乳动物早期大脑发育过程中的基因表达调控机制 | 小鼠胚胎颅神经板 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 |
| 149 | 2024-10-04 |
Unravelling lipidomic disruptions across multiple tissues in Chd8-mutant ASD mice through integration of lipidomics and single-cell transcriptomics
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332972
PMID:39358004
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 150 | 2025-04-25 |
Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281
PMID:39486886
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research paper | 该研究通过基因组筛选揭示了干扰素-γ（IFNγ）通路在免疫检查点阻断（ICB）治疗无效的肿瘤中的缺陷，并开发了一种针对肝细胞癌（HCC）的可转化联合治疗方法 | 研究发现选择性HDAC抑制剂CXD101能够通过增强染色质可及性和H3K27超乙酰化，重新激活ICB治疗无效的HCC肿瘤对ICB的敏感性，揭示了STAT1-GSDME焦亡回路的自我强化机制 | 研究主要基于临床前模型，需要在临床试验中进一步验证 | 识别与ICB耐药相关的可药物化组蛋白去乙酰化酶（HDACs），并开发针对肝细胞癌（HCC）患者的可转化联合治疗方法 | 肝细胞癌（HCC）患者和ICB耐药的原位和自发模型 | 癌症免疫治疗 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、单细胞多组学、染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 来自pembrolizumab试验（NCT03419481）的HCC患者样本和4种ICB耐药模型 |
| 151 | 2025-04-25 |
Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535
PMID:39658263
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research paper | 该研究通过整合脂质组学与靶向、单细胞和空间转录组学，定义了结肠癌中未解决的促炎症状态 | 揭示了结肠癌中脂质失调与炎症无法消退的关联，提出了‘分辨率医学’这一新型治疗方法 | 样本量相对较小（40例非靶向分析和81例靶向分析），且仅针对结肠癌 | 探索结肠癌中脂质失调是否由炎症消退失败驱动 | 人类结肠癌和正常配对样本 | 脂质组学与转录组学 | 结肠癌 | LC-MS/MS、定量逆转录-PCR、大规模基因表达分析、空间转录组学、scRNASEQ | NA | 脂质组学数据、基因表达数据、空间转录组数据 | 40例非靶向分析样本和81例靶向分析样本 |
| 152 | 2025-04-25 |
Heterogeneity-Preserving Discriminative Feature Selection for Disease-Specific Subtype Discovery
2025-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.14.540686
PMID:38187596
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研究论文 | 提出了一种名为PHet的统计方法，用于在疾病特异性亚型发现中保留异质性的同时进行判别性特征选择 | 利用深度度量学习特征嵌入探索保留异质性关键特征的统计特性，开发了PHet方法，通过迭代子采样和IQR差异分析结合Fisher方法识别保留异质性并提升亚型聚类质量的特征集 | 未明确提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性 | 开发能够在保留样本异质性的同时有效区分疾病/细胞状态的特征选择方法，促进精准医疗发展 | 单细胞RNA-seq和微阵列数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | 深度度量学习 | 分子数据（单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 影像数据） | 公共单细胞RNA-seq和微阵列数据集（未明确数量） |
| 153 | 2025-04-25 |
Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588321
PMID:38645054
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研究论文 | 该研究探讨了中脑多巴胺神经元慢性过度激活如何导致帕金森病中多巴胺神经元的优先退化 | 开发了一种化学遗传学（DREADD）小鼠模型来慢性增加多巴胺神经元活性，并揭示了过度神经活动在帕金森病退化中的潜在作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限 | 研究帕金森病中多巴胺神经元退化的病理生理机制 | 中脑多巴胺神经元，特别是黑质致密部（SNc）的多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 化学遗传学（DREADD），电生理学，空间转录组学 | DREADD小鼠模型 | 电生理数据，行为数据，转录组数据 | DREADD小鼠模型和人类患者样本 |
| 154 | 2025-04-25 |
Single-cell RNA sequencing and cell-cell communication analysis reveal tumor microenvironment associated with chemotherapy responsiveness in ovarian cancer
2025-Mar, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-024-03655-6
PMID:39122983
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和细胞间通讯分析，研究卵巢癌肿瘤微环境对化疗反应性的影响 | 揭示了肿瘤微环境中不同组分（如SPP1+ TAMs、基质细胞和淋巴细胞）如何直接影响卵巢癌细胞的化疗反应性 | 研究基于已有的单细胞RNA-seq数据集，可能受限于样本量和数据质量 | 探究肿瘤微环境对卵巢癌化疗反应性的影响机制 | 卵巢癌肿瘤微环境中的非肿瘤细胞组分（如TAMs、基质细胞和淋巴细胞） | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 包含化疗反应信息的卵巢癌单细胞RNA-seq数据集 |
| 155 | 2025-04-25 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Intrahepatic Cholangiocarcinoma: Insights into Origins, Heterogeneity, Lymphangiogenesis, and Peritoneal Metastasis
2025-Mar, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.07.009
PMID:39117110
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review | 本文综述了肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的来源、异质性、淋巴管生成和腹膜转移的作用 | 通过细胞谱系追踪研究、单细胞RNA测序和生物标志物分析，揭示了CAFs的起源和生物学复杂性，并探讨了其在淋巴管生成和腹膜转移中的机制 | 未提及具体的研究样本量或实验设计的局限性 | 探讨肝内胆管癌中CAFs的起源、异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 肝内胆管癌（iCCA）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | digital pathology | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序、细胞谱系追踪 | NA | NA | NA |
| 156 | 2025-04-25 |
Characteristics of the Dynamic Evolutionary Pathway of ADSCs Induced Differentiation into Astrocytes Based on scRNA-Seq Analysis
2025-Mar, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-024-04414-y
PMID:39190264
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research paper | 利用单细胞转录组测序揭示脂肪来源基质细胞（ADSCs）向星形胶质细胞分化过程中的动态基因表达变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ADSCs向星形胶质细胞分化的两条不同途径（直接和间接途径），并鉴定了关键转录因子STAT1、MYEF2和SOX6的调控作用 | 研究仅基于体外实验，未涉及体内验证；样本量较小（5个样本） | 探究ADSCs向星形胶质细胞分化的动态分子机制 | 脂肪来源基质细胞（ADSCs）及其诱导分化的星形胶质细胞 | 单细胞组学 | NA | scRNA-Seq（10× Chromium平台） | Monocle2（细胞分化轨迹构建）, SCENIC（转录因子调控网络分析） | 单细胞转录组数据 | 5个样本（ADSCs组+4个诱导时间点组），共13个细胞亚群 |
| 157 | 2025-04-25 |
A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling
2025-Mar, Journal of histotechnology
IF:0.6Q4
DOI:10.1080/01478885.2024.2391683
PMID:39225147
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research paper | 本文提出了一个用于药物发现和开发中空间生物学研究的最佳实践框架，旨在通过数字空间分析（DSP）技术实现成功的队列研究 | 提出了一个基于数字空间分析（DSP）的最佳实践框架，克服了传统空间转录组学平台在通量和转录组覆盖上的限制 | DSP方法不提供单细胞分辨率，且在样本分析数量上仍存在限制 | 提升空间生物学工具在药物发现和开发中的应用，优化组织分析 | 固体组织样本中的生物标志物分析 | digital pathology | NA | Digital Spatial Profiling (DSP) | NA | spatial transcriptomics and protein data | NA |
| 158 | 2025-04-25 |
Helicobacter pylori induces GBA1 demethylation to inhibit ferroptosis in gastric cancer
2025-Mar, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-024-05105-x
PMID:39283563
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研究论文 | 本研究探讨了幽门螺杆菌通过诱导GBA1去甲基化抑制胃癌细胞铁死亡的机制 | 揭示了幽门螺杆菌感染通过调控GBA1基因的甲基化状态和表达水平来抑制胃癌细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于细胞模型和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证 | 探索胃癌治疗的新靶点，特别是与铁死亡相关的基因 | 胃癌细胞系和小鼠皮下移植瘤模型 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | NGS、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、EdU、FerrOrange、GSH、MDA、C11-BODIPY、质谱分析 | 细胞模型和小鼠模型 | 基因组数据、蛋白质数据、代谢数据 | 未明确说明具体样本数量，使用了TCGA-STAD数据库和单细胞数据集 |
| 159 | 2025-04-25 |
CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576317
PMID:38328105
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研究论文 | 介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于提高单细胞数据中细胞类型和状态检测的统计显著性 | CHOIR通过随机森林分类器和置换测试框架在层次聚类树上统计确定不同细胞群，解决了现有聚类工具缺乏统计推断测试的问题 | NA | 开发一种更有效的单细胞数据聚类方法，以准确识别生物学相关的细胞群 | 单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学分析 | 随机森林 | 单细胞数据 | 100个模拟数据集和4个真实数据集 |
| 160 | 2025-04-25 |
A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.636192
PMID:40027755
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research paper | 该研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个发育中抑制性神经元的转录组图谱，揭示了其多样化的扩展和收缩模式 | 开发了一个计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并构建了包含超过51,000个SST+神经元的Dev-SST-Atlas资源 | 稀有细胞类型在单细胞RNA测序数据集中代表性不足，可能限制了对它们发育轨迹的深入理解 | 研究大脑皮层中抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制 | 小鼠和人类胎儿的SST+抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 转录组数据 | 超过51,000个SST+神经元 |