单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-20	IGFBP7: A novel biomarker involved in a positive feedback loop with TGF-β1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111867 PMID:40381971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现IGFBP7作为特发性肺纤维化(IPF)的新型生物标志物，并与TGF-β1形成正反馈循环	首次发现IGFBP7作为IPF的新型生物标志物，并揭示其与TGF-β1的正反馈循环机制	研究主要基于公共数据集和体外模型，需要进一步临床验证	寻找IPF诊断和治疗的新型生物标志物	特发性肺纤维化(IPF)患者样本和体外模型	生物医学研究	特发性肺纤维化	scRNA-seq, 批量RNA测序, 双免疫荧光染色	NA	RNA测序数据	公共数据集和体外模型(具体数量未提及)
142	2025-05-20	PerturbSeq.db: An integrated repository for comprehensive analysis of single-cell perturbation data 2025-May-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169209 PMID:40381983	research paper	介绍了一个名为PerturbSeq.db的综合数据库，用于整合和分析单细胞扰动数据	提供了一个统一处理和整合多样单细胞扰动数据的平台，解决了数据可访问性和整合性的挑战	未提及具体的局限性	解决单细胞扰动研究中的数据可访问性和整合性问题	单细胞扰动数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	189个数据集来自77项研究，包括165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集，覆盖约50种不同的细胞系或组织
143	2025-05-20	T cell-mediated SIV dissemination into the CNS: a single-cell transcriptomic analysis 2025-May-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6537361/v1 PMID:40386405	研究论文	通过单细胞转录组分析研究T细胞介导的SIV进入中枢神经系统的机制	发现了大脑中共同表达髓系和淋巴系基因的独特细胞簇，并确认了CD4+细胞毒性样T细胞在SIV进入大脑中的关键作用	研究样本量较小（仅3只恒河猴），且为急性感染模型，可能无法完全反映慢性感染情况	阐明急性感染期间脑淋巴细胞的作用及CD4+ T细胞表型在SIV进入中枢神经系统中的功能	急性SIV感染的恒河猴的脑和血细胞	生物信息学	HIV感染	scRNA-seq	NA	转录组数据	3只急性SIV感染的恒河猴
144	2025-05-20	Abundance of a metabolically active subpopulation in dedifferentiated adipocytes inversely correlates with body mass index 2025-May-08, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102161 PMID:40348015	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了人类脂肪细胞中一个具有高代谢活性的亚群，并发现其丰度与体重指数呈负相关	首次在人类去分化脂肪细胞中发现具有肌肉细胞基因特征的高代谢活性亚群(C7)，并揭示其与肥胖的负相关性	样本量相对有限(11名供体)，且机制研究有待深入	探究脂肪组织细胞组成与代谢疾病的关系	人类去分化脂肪细胞(DFAT)	代谢组学	肥胖症	单细胞RNA测序(10x Genomics)、FACS分选、批量RNA测序	NA	基因表达数据	11名人类供体的脂肪细胞样本+1759名供体的皮下脂肪组织基因表达数据
145	2025-05-20	Spatially Resolved Panoramic in vivo CRISPR Screen via Perturb-DBiT 2025-May-08, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6481967/v1 PMID:40386382	research paper	介绍了一种名为Perturb-DBiT的新方法，该方法结合了空间转录组学和CRISPR筛选，用于研究基因扰动如何影响组织环境中的基因表达	Perturb-DBiT方法能够同时在同一组织切片上进行空间总RNA全转录组和单导RNA（sgRNA）的共测序，从而无偏地发现基因扰动如何影响RNA调控、细胞动力学和组织结构	当前方法仅限于小扰动面板和检测一小部分蛋白质编码RNA	研究基因扰动如何影响复杂组织中的分子和细胞反应，包括RNA调控、肿瘤增殖、迁移、转移和免疫相互作用	人类癌症转移定植模型和免疫能力强的同源小鼠模型	基因编辑与空间转录组学	癌症	CRISPR筛选、空间转录组学、Perturb-DBiT	NA	RNA转录组数据、sgRNA数据	NA
146	2025-05-20	m2ST: dual multi-scale graph clustering for spatially resolved transcriptomics 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf221 PMID:40272889	research paper	提出了一种名为m2ST的双重多尺度图聚类方法，用于空间转录组数据的分析	引入了多尺度掩码图自编码器和随机掩码机制，以及动态调整不同尺度重要性的香农熵方法	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据聚类和注释的准确性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学技术	图神经网络（GNN），掩码图自编码器	空间转录组数据	多个空间转录组数据集（未明确数量）
147	2025-05-20	Constructing a cross-tissue human knee single-cell atlas identified osteoarthritis reduces regenerative tissue stem cells while increasing inflammatory pain macrophages 2025-May-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6247502/v1 PMID:40386432	research paper	该研究构建了首个跨组织的人类膝关节单细胞图谱，揭示了骨关节炎（OA）如何减少再生组织干细胞并增加炎症性疼痛巨噬细胞	首次构建了跨组织的膝关节OA单细胞RNA测序图谱，揭示了OA状态下再生干细胞与成骨干细胞的平衡变化及炎症性疼痛巨噬细胞的增加	研究仅关注了膝关节的特定组织（如软骨、半月板、滑膜和软骨下骨），未涉及其他可能受OA影响的关节或组织	探究骨关节炎（OA）在膝关节中的跨组织分子机制，为OA的治疗提供新的潜在靶点	人类膝关节组织（包括关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨）	digital pathology	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
148	2025-05-20	Transcriptomic and proteomic characterization of cell and protein biomarkers of checkpoint inhibitor-induced liver injury 2025-May-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04033-z PMID:40317333	研究论文	本研究通过多组学方法分析了免疫检查点抑制剂引起的肝损伤（ChILI）患者的血液样本，揭示了T细胞克隆性、基因表达和蛋白质的变化	首次通过转录组学和蛋白质组学方法全面分析了ChILI患者的血液样本，发现了与ChILI发病相关的T细胞克隆性增加、PD-L1表达变化等新机制	样本量可能有限，且未明确说明具体样本数量，研究结果需要在更大规模的队列中验证	研究免疫检查点抑制剂引起的肝损伤的免疫和分子机制，并寻找潜在的生物标志物	接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者，特别是发生ChILI的患者	生物医学	肝损伤	转录组测序、单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学、T细胞受体库分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞数据	未明确说明具体样本数量，但包括ChILI患者组和对照组
149	2025-05-20	Single-cell RNA sequencing reveals altered placental microenvironment due to maternal high-fat diet 2025-May-02, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.04.011 PMID:40381453	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究母体高脂饮食对胎盘微环境的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示母体高脂饮食导致的胎盘微环境变化及其与子代代谢疾病的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究母体高脂饮食对胎盘微环境的影响及其与子代代谢疾病的机制	C57BL/6J小鼠的胎盘组织	单细胞组学	代谢疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	高脂饮食组和对照组小鼠的胎盘组织
150	2025-05-20	Air pollutants and lung regeneration: impact on the fate of lung stem cells 2025-May, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109525 PMID:40354720	review	本文综述了空气污染物对肺干细胞命运的影响及其在肺疾病中的作用	从组织再生的角度探讨吸入污染物与肺干细胞的相互作用，并讨论了类器官和单细胞测序技术的贡献	NA	研究空气污染物如何影响肺干细胞的再生能力及其与肺疾病的关联	肺干细胞和空气污染物	毒理学	肺疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
151	2025-05-20	Blockade of TIGAR prevents CD8+ T cell dysfunction and elicits anti-AML immunity 2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04042-y PMID:40285889	研究论文	本研究探讨了通过阻断TIGAR来预防CD8+ T细胞功能障碍并激发抗急性髓性白血病（AML）免疫力的机制	首次揭示了TIGAR沉默如何增强T细胞功能并改善AML预后，以及TIGAR抑制与2-DG联合使用的治疗效果	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究TIGAR沉默是否能消除AML细胞并恢复功能失调的T细胞	AML小鼠模型和TIGAR基因敲除小鼠	免疫学	急性髓性白血病（AML）	单细胞RNA测序分析	TIGAR基因敲除小鼠模型	基因表达数据和细胞功能数据	未明确提及具体样本数量，但使用了C57BL/6J背景的小鼠和C1498细胞
152	2025-05-20	Dynamics of tertiary lymphoid structures and immune cross talk in early versus advanced colorectal cancer: potential implications for immunotherapy 2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04027-x PMID:40287532	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和大块RNA转录数据分析，探讨了早期和晚期结直肠癌中三级淋巴结构（TLS）和肿瘤微环境（TME）的动态变化及其对免疫治疗的潜在影响	揭示了CD8+ Tex细胞上的CXCL13表达以及CD4+ Tfh和BGC细胞之间的CD40-CD40L相互作用可能是TLS功能的关键调节因子，进而影响免疫治疗的反应	研究基于三个内部队列，可能需要更大样本量验证	探讨早期和晚期结直肠癌中TLS和TME的差异及其对免疫治疗的影响	早期和晚期结直肠癌患者	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序，大块RNA转录数据分析	NA	RNA测序数据，病理组织数据	三个内部队列
153	2025-05-20	Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial 2025-Apr-26, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024 PMID:40294751	研究论文	本研究通过单细胞转录组学比较了母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异	首次使用单细胞RNA测序技术揭示母乳喂养对新生儿免疫细胞白细胞介素信号通路的调控作用	样本量较小（HMF组6例，FF组3例），且为非随机临床试验	探究母乳喂养对新生儿免疫系统发育的影响机制	3-3.5月龄健康婴儿的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	scGEAToolbox	基因表达数据	母乳喂养组6例，配方奶喂养组3例
154	2025-05-20	Histone HIST1 genes and tumor-infiltrating lymphocytes in a child with γδ T cell acute lymphoblastic leukemia by single-cell sequencing 2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf022 PMID:39973604	research paper	本文通过单细胞测序技术研究了一名γδ T细胞急性淋巴细胞白血病患儿的HIST1组蛋白基因与肿瘤浸润淋巴细胞之间的关系	首次揭示了HIST1组蛋白基因与γδ T-ALL之间的关联，并识别了γδ T细胞在对抗这种白血病中的潜在效应功能	仅基于单个病例的研究，样本量有限，结果需要更大规模的研究验证	探索γδ T-ALL的生物学机制，为分类和治疗策略提供依据	一名γδ T细胞急性淋巴细胞白血病患儿	digital pathology	acute lymphoblastic leukemia	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	1例患儿
155	2025-05-20	Prognostic nutrition index reveals LAG3 in cytotoxic CD8+ T cells and MHC class II in gastric cancer cells 2025-Apr-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04037-9 PMID:40252096	研究论文	探讨预后营养指数（PNI）与胃癌细胞中LAG3和MHC class II表达的关系	首次揭示了PNI与LAG3在细胞毒性CD8阳性T细胞中的表达以及MHC class II在胃癌细胞中的表达之间的关联	研究为回顾性分析，样本量有限（单细胞RNA测序仅38例，多重免疫荧光染色59例）	评估营养指数对胃癌患者预后的影响及其与免疫检查点分子表达的关联	796例接受根治性胃切除术的胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色	NA	临床数据、RNA测序数据、免疫荧光图像	796例胃癌患者（临床数据），38例胃癌组织（单细胞RNA测序），59例胃癌组织（多重免疫荧光染色）
156	2025-05-20	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	本文介绍了一种名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学图像与转录组学数据	开发了OmiCLIP模型，首次实现了组织病理学图像与转录组学数据的整合，并构建了Loki平台提供多种功能	未提及具体局限性	整合组织病理学图像与转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 文本	220万对组织图像和转录组学数据，涉及32个器官
157	2025-05-20	Exploring the comorbidity mechanisms between atherosclerosis and hashimoto's thyroiditis based on microarray and single-cell sequencing analysis 2025-01-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85112-0 PMID:39805933	研究论文	通过微阵列和单细胞测序分析探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	首次通过整合微阵列和单细胞测序数据，识别了PTPRC和TYROBP作为动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎共病的关键潜在生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开数据集，缺乏实验验证，且样本量有限	探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎患者基因表达数据	生物信息学	动脉粥样硬化, 桥本甲状腺炎	微阵列, 单细胞测序, WGCNA, CIBERSORT	Limma, cytoHubba	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
158	2025-05-20	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	该研究通过CRISPR筛选和单细胞转录组学，揭示了MED12在调控T细胞静息和激活状态动态基因回路中的核心作用	首次在多种原代人类CD4 T细胞环境中进行CRISPR筛选，发现MED12作为动态调控枢纽控制不同T细胞状态的特异性调控网络	研究主要聚焦于IL-2Rα调控网络，可能未完全涵盖T细胞状态转换的所有调控机制	揭示T细胞在不同状态下动态基因调控回路的分子机制	原代人类CD4 T细胞	免疫学	免疫相关疾病	CRISPR筛选、单细胞转录组学、免疫沉淀-质谱分析	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	多种原代人类CD4 T细胞环境
159	2025-05-20	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，可扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算高效的降维方法，以处理高分辨率空间转录组数据	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	随机两阶段主成分分析（PCA）框架	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（人类和小鼠组织）
160	2025-05-20	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微型机器人，用于增强间充质基质细胞的保留和存活率	创新的磁性软微型机器人设计，包含超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，具有清除活性氧的功能	NA	提高间充质基质细胞在勃起功能障碍治疗中的保留和存活率	间充质基质细胞（MSCs）和勃起功能障碍（ED）动物模型	生物医学工程	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	大鼠和比格犬ED模型