单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-17	Immune Response following FLASH and Conventional Radiation in Diffuse Midline Glioma 2024-Jul-15, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.01.219 PMID:38364947	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，比较了FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤免疫微环境的影响	首次以单细胞分辨率绘制了常规和FLASH放射治疗对DMG免疫微环境的改变，揭示了免疫反应的时间依赖性差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤肿瘤免疫微环境的影响差异	脑干弥漫性中线胶质瘤的免疫细胞	肿瘤免疫学	弥漫性中线胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	使用原位同基因小鼠脑干DMG模型
142	2025-07-17	Single-cell transcriptomic analysis reveals the landscape of epithelial-mesenchymal transition molecular heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2024-04-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216723 PMID:38342234	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了食管鳞状细胞癌中上皮-间质转化分子异质性的全景	首次在单细胞水平上描绘了ESCC中EMT的分子异质性，并鉴定了87个EMT相关分子及潜在标志物SERPINH1	样本量相对有限（44名患者），且未涵盖所有ESCC亚型	阐明食管鳞癌EMT分子异质性及其在肿瘤进展中的作用	39个肿瘤样本和16个癌旁样本中的209,231个ESCC细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq, TCGA数据分析	NA	单细胞转录组数据	44名患者的55个样本（39肿瘤+16癌旁）
143	2025-07-17	Up-regulation of RAN by MYBL2 maintains osteosarcoma cancer stem-like cells population during heterogeneous tumor generation 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216708 PMID:38336287	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了骨肉瘤癌症干细胞样细胞（CSCs）在异质性肿瘤生成中的分子特征，并发现MYBL2-RAN通路在维持CSCs自我更新中的关键作用	首次揭示了MYBL2-RAN通路在骨肉瘤CSCs自我更新中的调控机制，并证明阻断该通路可增强CSCs对顺铂治疗的敏感性	研究主要基于体外实验和临床组织分析，缺乏体内动物模型的验证	探索骨肉瘤异质性肿瘤生成过程中癌症干细胞样细胞的调控机制	骨肉瘤癌症干细胞样细胞及其衍生的异质性肿瘤细胞	癌症生物学	骨肉瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床骨肉瘤组织样本（数量未明确说明）
144	2025-07-17	Inhibition of ATM promotes PD-L1 expression by activating JNK/c-Jun/TNF-α signaling axis in triple-negative breast cancer 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216642 PMID:38278470	研究论文	本研究揭示了ATM通过下调JNK/c-Jun/TNF-α信号轴在三阴性乳腺癌中负调控PD-L1表达的新机制	发现ATM通过抑制JNK/c-Jun/TNF-α信号轴负调控PD-L1表达的新机制，为免疫检查点阻断疗法在多线耐药TNBC中的广泛应用提供了新思路	样本量相对有限（86例TNBC临床标本），且机制研究主要在细胞和动物模型中进行	探究ATM在TNBC中调控PD-L1表达的分子机制	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系、动物模型和临床标本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、细胞因子阵列分析、Western blot、荧光素酶报告基因检测	ATM敲低TNBC稳定细胞系	RNA测序数据、蛋白质表达数据、临床标本数据	86例TNBC临床标本和4例TNBC临床标本的scRNA-seq数据
145	2025-07-17	Single-cell characterization of infiltrating T cells identifies novel targets for gallbladder cancer immunotherapy 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216675 PMID:38280478	研究论文	通过单细胞RNA测序构建T细胞图谱，识别胆囊癌免疫治疗的新靶点	首次基于T细胞异质性建立胆囊癌分子分型标准，并提出个性化免疫治疗策略	未提及样本量是否足够大以覆盖所有T细胞亚型	探索胆囊癌中T细胞的异质性及其在免疫治疗中的应用	胆囊癌患者的T细胞	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
146	2025-07-17	Neoadjuvant chemotherapy-induced remodeling of human hormonal receptor-positive breast cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-03-31, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216656 PMID:38266804	研究论文	通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色分析，揭示了激素受体阳性乳腺癌在化疗诱导下的免疫微环境重塑机制	发现了化疗后未被识别的免疫细胞亚群增加，以及CD8 T细胞免疫检查点表达的不一致性变化，并鉴定了化疗耐药癌细胞的基因组和转录组新模式	样本量有限，且仅针对激素受体阳性乳腺癌	探索激素受体阳性乳腺癌对化疗不敏感的机制及化疗如何重塑免疫微环境	激素受体阳性乳腺癌患者的配对化疗前后样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据，图像数据	配对化疗前后的HR BC样本
147	2025-07-17	scRNA-seq of colorectal cancer shows regional immune atlas with the function of CD20+ B cells 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216664 PMID:38253219	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析结直肠癌不同区域的免疫图谱，特别关注CD20+ B细胞的功能	揭示了结直肠癌不同区域免疫细胞浸润的差异，特别是B细胞在左右侧结直肠癌中的不同发育轨迹及其与髓系细胞和T细胞的相互作用	样本量较小（19个样本），可能影响结果的普遍性	表征结直肠癌不同区域的免疫景观并寻找潜在的治疗靶点	结直肠癌和配对正常组织的单细胞转录数据	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录数据	19个样本（39,484个单细胞）
148	2025-07-17	Updates in Skin Cancer in Transplant Recipients and Immunosuppressed Patients: Review of the 2022-2023 Scientific Symposium of the International Immunosuppression and Transplant Skin Cancer Collaborative 2024, Transplant international : official journal of the European Society for Organ Transplantation IF:2.7Q2 DOI:10.3389/ti.2024.12387 PMID:38562207	综述	本文总结了2022-2023年国际免疫抑制与移植皮肤癌协作组(ITSCC)科学研讨会中关于移植受者和免疫抑制患者皮肤癌的最新研究进展	整合了多学科专家对皮肤恶性肿瘤的最新研究成果，包括共识标准制定、罕见肿瘤多机构注册库建立以及KERACON临床试验设计	内容主要基于会议报告，缺乏原始研究数据和详细方法学描述	总结免疫抑制人群皮肤癌研究领域的最新进展	实体器官移植受者(SOTR)和其他长期免疫抑制患者的皮肤恶性肿瘤	皮肤肿瘤学	皮肤癌	空间转录组学	NA	临床数据	多机构合作数据(未明确具体数量)
149	2025-07-17	Idiopathic subglottic stenosis arises at the epithelial interface of host and pathogen 2023-May-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2945067/v1 PMID:37292825	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制，发现上皮细胞的变化导致微生物组移位、免疫激活失调和局部纤维化	首次利用单细胞RNA测序技术全面分析了iSGS患者的近端气道瘢痕中的细胞亚群及其分子表型，揭示了上皮细胞功能障碍与微生物组移位的关系	疾病罕见且患者地理分布广泛，可能限制了样本的多样性和数量	探究特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制	国际iSGS患者队列的致病性黏膜组织	digital pathology	respiratory disease	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	国际iSGS患者队列的致病性黏膜组织
150	2025-07-16	Unique Cell Type-Specific Signaling Patterns Define Cholesteatoma 2025-Aug-01, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004455 PMID:40062383	研究论文	通过单细胞RNA测序技术鉴定胆脂瘤中的细胞类型和信号通路	首次利用单细胞RNA测序技术揭示胆脂瘤与正常鼓膜在细胞组成和信号通路上的差异	研究基于体外样本，未进行体内功能验证	鉴定驱动胆脂瘤发展的细胞类型和信号通路	人类胆脂瘤样本和正常鼓膜组织	单细胞组学	胆脂瘤	scRNA-seq, 免疫组化	CellChat算法	RNA测序数据	未明确说明样本数量（人类胆脂瘤标本）
151	2025-07-16	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	研究BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	首次证实BMP-eBM能够支持功能性造血干细胞和CAR细胞，并可作为独立的造血器官进行移植	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探究BMP-2诱导的异位骨髓是否具有功能性骨髓微环境	小鼠模型中的异位骨髓	生物医学	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序和移植模型	NA	RNA测序数据和移植实验结果	小鼠模型中的异位骨髓样本
152	2025-07-16	Genomic and Single-Cell Analyses Characterize Patient-Derived Tumor Organoids to Enable Personalized Therapy for Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2850 PMID:40261963	研究论文	本研究利用患者来源的肿瘤类器官(PDO)模型，结合基因组和单细胞分析，为头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的个性化治疗提供新见解	首次在HNSCC PDO模型中证实了混合上皮-间质转化样ITH程序与顺铂耐药性的关联，并发现amphiregulin作为潜在调控因子	样本量相对较小(31例患者)，需要更大规模验证	开发个性化治疗方案并理解HNSCC治疗耐药机制	头颈部鳞状细胞癌患者来源的肿瘤类器官	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，bulk RNA测序	患者来源肿瘤类器官(PDO)模型	基因组数据，单细胞转录组数据	31例HNSCC患者
153	2025-07-16	A Machine Learning-Based Strategy Predicts Selective and Synergistic Drug Combinations for Relapsed Acute Myeloid Leukemia 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3840 PMID:40354625	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的策略，用于预测复发/难治性急性髓系白血病（AML）的选择性和协同药物组合	利用单细胞转录组学和单药反应谱，结合机器学习，为每位患者个性化预测靶向组合药物，以针对治疗耐药的白血病细胞	初步实验仅在临床试验样本中进行，需要进一步验证	改善复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者的治疗效果	复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者	机器学习	急性髓系白血病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床试验样本（具体数量未提及）
154	2025-07-16	Spatial Transcriptomics Advances the Use of Canine Patients in Cancer Research: Analysis of Osteosarcoma-Bearing Pet Dogs Enrolled in a Clinical Trial 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0687 PMID:40392977	研究论文	本研究首次应用GeoMx犬类癌症图谱对参与骨肉瘤临床试验的犬类患者样本进行空间转录组学分析	首次将GeoMx犬类癌症图谱应用于犬类骨肉瘤研究，揭示了与疾病无进展间隔相关的基因和通路	样本量较小（高DFI组和低DFI组各8例）	探索犬类骨肉瘤模型在人类癌症研究中的应用价值	参与骨肉瘤临床试验的犬类患者	数字病理学	骨肉瘤	GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	空间转录组数据	16例犬类骨肉瘤样本（高DFI组8例，低DFI组8例）
155	2025-07-16	Mechanism of Initial Favorable Response to Decitabine in TP53-Mutated MDS/AML and Potential Mechanisms of Subsequent Relapse 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3192 PMID:40397797	研究论文	本研究探讨了TP53突变骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病对地西他滨初始反应及随后复发的机制	通过整合靶向骨髓组测序、纳米孔DNA甲基化测序和单细胞转录组学，揭示了白血病和免疫细胞群体之间的动态变化	样本量有限且仅针对TP53突变患者，结果可能不适用于其他类型白血病	阐明TP53突变患者对地西他滨治疗反应及复发的分子机制	骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者	肿瘤学	白血病	靶向骨髓组测序、纳米孔DNA甲基化测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	II期临床试验中接受地西他滨治疗的患者系列样本
156	2025-07-16	Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181 PMID:40440095	研究论文	该研究通过泛癌空间分析揭示了癌症相关成纤维细胞(CAF)的保守亚型和微环境	首次利用空间多组学数据定义了四种基于空间组织和细胞邻域的CAF亚型，建立了空间环境与CAF身份之间的联系	NA	系统理解肿瘤微环境中恶性、基质和免疫状态对治疗反应的影响	多种癌症类型的肿瘤微环境	数字病理学	癌症	单细胞空间多组学分析	NA	空间多组学数据	多种癌症类型的广泛数据集
157	2025-07-16	Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models 2025-Jul-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08385-1 PMID:40659881	研究论文	本研究通过小鼠模型探讨CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用	首次揭示了CAPZA2基因在神经发育障碍中的具体作用机制，包括对突触结构和功能的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用	CAPZA2基因杂合敲除小鼠和杂合点突变小鼠	神经科学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据、行为数据	CAPZA2基因编辑小鼠
158	2025-07-16	Blocking calcium-MYC regulatory axis inhibits early dedifferentiation of chondrocytes and contributes to cartilage regeneration 2025-Jul-15, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04483-3 PMID:40660304	研究论文	本研究通过单细胞测序和转座酶可及染色质测序技术，揭示了软骨细胞体外扩增过程中的去分化现象及其机制，并提出通过抑制钙-MYC调控轴来促进软骨再生的新策略	首次发现钙内流增加与软骨细胞早期去分化密切相关，并证实抑制钙信号可逆转细胞表型促进软骨再生	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证	阐明软骨细胞去分化机制并优化软骨再生系统	耳廓软骨细胞	组织工程	软骨缺损	单细胞测序, 转座酶可及染色质测序	NA	基因组数据, 表观遗传数据	不同传代次数的软骨细胞(P3和P6)
159	2025-07-16	Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function 2025-Jul-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236 PMID:40662221	research paper	本研究探讨了经皮迷走神经刺激（tVNS）通过改变心脏驻留巨噬细胞功能来改善保留射血分数心力衰竭（HFpEF）的机制	揭示了tVNS通过调节CCR2+心脏驻留巨噬细胞的Spp1表达和TLF+/MHC2+巨噬细胞的Igf1表达来改善HFpEF的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究tVNS改善HFpEF的巨噬细胞介导机制	HFpEF小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、超声心动图	小鼠HFpEF模型	基因表达数据、心脏功能数据	对照组、HFpEF+假刺激组和HFpEF+tVNS组小鼠
160	2025-07-16	Network-Guided Sparse Subspace Clustering on Single-Cell Data 2025-Jul-15, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1177/15578666251359688 PMID:40662619	研究论文	本文提出了一种名为NetworkSSC的网络引导稀疏子空间聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	NetworkSSC方法在传统稀疏子空间聚类的基础上，整合了基因网络拉普拉斯矩阵的正则化项，以捕捉基因间的功能关联	方法在部分单细胞RNA测序数据集上的表现可能仍有提升空间	解决单细胞RNA测序数据高维性导致的传统聚类方法效果不佳的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	稀疏子空间聚类(SSC)	基因表达数据	九个scRNA-seq数据集