单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-04-27	H. Pylori-Facilitated TERT/Wnt/β-Catenin Triggers Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia and Oxyntic Atrophy 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401227 PMID:39587848	research paper	该研究揭示了幽门螺杆菌通过激活TERT/Wnt/β-Catenin通路促进胃黏膜中主细胞去分化和SPEM发生的机制	首次发现CagA通过破坏TERT与其E3连接酶SYVN1的相互作用来增加TERT蛋白表达，进而激活Wnt/β-Catenin通路	研究主要关注cagA阳性幽门螺杆菌，未涉及其他菌株的影响	阐明幽门螺杆菌诱导胃黏膜SPEM发生的分子机制	幽门螺杆菌感染的胃黏膜主细胞	分子病理学	胃癌前病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
142	2025-04-27	Spatiotemporal Cellular Dynamics of Germinal Center Reaction in Coronavirus Disease 2019 Lung-Draining Lymph Node Based on Imaging-Based Spatial Transcriptomics 2025-Jan, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102180 PMID:39522760	research paper	本研究利用基于成像的空间转录组学技术，探讨了SARS-CoV-2感染非人灵长类动物后肺引流淋巴结中免疫细胞组成和组织结构形成的动态变化	首次使用成像空间转录组学技术揭示了COVID-19恢复期和再感染过程中生发中心形成与免疫细胞动态变化的空间特征	研究仅针对非人灵长类动物模型，结果向人类转化的适用性有待验证	阐明SARS-CoV-2感染后淋巴结构恢复的细节及其对免疫记忆的影响	SARS-CoV-2感染的非人灵长类动物的肺引流淋巴结	digital pathology	COVID-19	imaging-based spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomic data	非人灵长类动物模型（具体数量未说明）
143	2025-04-27	PKMζ, a Brain-specific PKCζ Isoform, is Required for Glycolysis and Myofibroblastic Activation of Hepatic Stellate Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101429 PMID:39542399	研究论文	本研究探讨了PKMζ在肝星状细胞（HSCs）糖酵解和肌纤维母细胞活化中的作用及其机制	首次揭示PKMζ通过磷酸化VASP促进Glut1在HSCs质膜上的锚定/停靠，从而调控糖酵解和HSC活化	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明Glut1在HSCs质膜上锚定/停靠的分子机制	肝星状细胞（HSCs）	细胞生物学	肝纤维化	RT-PCR, Western blotting, 免疫荧光, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	原代人和小鼠HSCs, 结直肠肝转移患者的CAFs
144	2025-04-27	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Unraveled Spatial Evolution of Papillary Thyroid Cancer 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404491 PMID:39540244	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间分辨转录组学，研究甲状腺乳头状癌的空间异质性、恶性和转移机制	结合scRNA-seq和SRT技术，揭示了PTC细胞的多途径进化机制，并鉴定了两个恶性和转移的标志性特征	未提及样本量大小，可能影响结果的普适性	探究甲状腺乳头状癌的空间异质性、恶性和转移的分子机制	甲状腺乳头状癌（PTC）细胞	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq, SRT	NA	转录组数据	NA
145	2025-04-27	A comprehensive human embryo reference tool using single-cell RNA-sequencing data 2025-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02493-2 PMID:39543283	研究论文	开发了一个基于单细胞RNA测序数据的全面人类胚胎参考工具，用于评估人类胚胎模型的准确性	整合了六个已发表的人类数据集，构建了一个从受精卵到原肠胚发育阶段的通用参考工具，并开发了早期胚胎发生预测工具	参考工具的准确性依赖于现有数据集的质量和覆盖范围，可能存在未覆盖的发育阶段或细胞类型	为人类胚胎模型的分子、细胞和结构保真度评估提供参考工具	人类胚胎发育过程中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP)	单细胞RNA测序数据	整合了六个已发表的人类数据集
146	2025-04-27	Identification of novel metabolism-related biomarkers of Kawasaki disease by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1541939 PMID:40276515	研究论文	通过整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法，识别川崎病的新型代谢相关生物标志物	首次在单细胞水平上揭示了川崎病中胆汁酸代谢和脂肪酸代谢的细胞异质性，并利用机器学习算法鉴定了与这两种代谢相关的特征基因	研究主要基于公共数据集，需要进一步实验验证这些基因在川崎病发病机制中的具体作用	探索川崎病中胆汁酸代谢和脂肪酸代谢的分子机制，并寻找潜在的诊断生物标志物	川崎病患者的免疫细胞（单核细胞和自然杀伤细胞）	生物信息学	川崎病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量实时PCR（qRT-PCR）、高维加权相关网络分析（hdWGCNA）	机器学习算法	基因表达数据	公共数据集GSE1687323、GSE68004和GSE73461，以及自主生成的scRNA-seq数据
147	2025-04-27	Pan-cancer analysis identified CD248 as a potential target for multiple tumor types 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1554632 PMID:40276611	研究论文	本研究通过泛癌分析确定CD248作为多种肿瘤类型的潜在治疗靶点	首次在泛癌范围内分析CD248的作用，并发现其与肿瘤进展、免疫细胞浸润及患者预后的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CD248在泛癌中的潜在作用及其作为治疗靶点的可能性	多种肿瘤类型及头颈部鳞状细胞癌细胞系	肿瘤学	泛癌	qRT-PCR、Western blot、transwell实验、划痕愈合实验、EdU实验	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	多种肿瘤数据库数据及HNSC细胞系
148	2025-04-27	Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.628020 PMID:39763850	research paper	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了心律失常性心肌病（ACM）中炎症-纤维化微环境的作用，并探索了靶向IL-1β的治疗潜力	首次在ACM中鉴定出炎症-纤维化空间微环境，并证明抗IL-1β治疗可改善疾病表型	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限	探索ACM疾病进展机制并评估潜在治疗靶点	ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	单核RNA测序（snRNAseq）、空间转录组学	Desmoglein-2突变小鼠模型	RNA测序数据、空间转录组数据	未明确说明人类样本数量，使用转基因小鼠模型
149	2025-04-27	Interleukin-1β modulates lymphoid differentiation of Flt3-positive multipotent progenitors after transplantation 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114890 PMID:39425929	research paper	研究揭示了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能及其对多能祖细胞（MPPs）命运动态的潜在调控作用	发现了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能，并揭示了其对MPPs细胞命运动态的调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类模型中验证	探究移植后多能祖细胞（MPPs）分化的调控机制	表达Flt3基因的小鼠多能祖细胞（MPPs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）、谱系追踪、克隆分析	NA	RNA-seq数据	小鼠多能祖细胞（MPPs）
150	2025-04-27	Spatial, transcriptomic, and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114876 PMID:39453813	研究论文	该研究通过多物种方法探讨慢性疼痛遗传变异对背角神经元调控基因组学的影响	整合猕猴、人类和小鼠的单核RNA测序数据，构建跨物种保守的神经元亚型图谱，并利用空间转录组学确定神经元亚型的精确层位	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有相关神经元亚型	解析慢性疼痛遗传易感性背后的背角神经元调控机制	背角神经元	基因组学	慢性疼痛	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学、开放染色质分析	NA	转录组数据、表观基因组数据	猕猴、人类和小鼠的神经元样本（具体数量未明确说明）
151	2025-04-27	IL-2-inducible T cell kinase deficiency sustains chimeric antigen receptor T cell therapy against tumor cells 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178558 PMID:39589809	研究论文	本文探讨了IL-2诱导性T细胞激酶（ITK）缺陷对CAR-T细胞疗法抗肿瘤效果的增强作用	首次揭示了ITK在CAR信号传导中的作用，并通过CRISPR-Cas9技术成功构建ITK缺陷的CD19-CAR-T细胞，显著改善了CAR-T细胞的持久性和抗肿瘤效果	研究仅针对CD19-CAR-T细胞，未验证在其他CAR-T细胞中的普适性	提高CAR-T细胞疗法的治疗效果，解决CAR-T细胞衰竭和持久性不足的问题	CD19-CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	CRISPR-Cas9基因编辑、RNA测序（bulk和单细胞）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
152	2025-04-27	Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174647 PMID:39589811	research paper	该研究通过RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了自身免疫性关节炎模型中内源性抗原如何影响转录组和TCR库	揭示了Zap70信号通路缺陷如何导致自身反应性CD4+ T细胞的激活和持续存在，并发现内源性逆转录病毒通过破坏外周耐受促进自身免疫性关节炎的发展	研究仅限于SKG小鼠模型，结果是否适用于人类自身免疫性疾病尚需验证	探究自身免疫性关节炎中致病性自身反应性CD4+ T细胞的发育机制	BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠的初始CD4+ T细胞	免疫学	自身免疫性关节炎	bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, scTCR-Seq	NA	RNA测序数据, T细胞受体序列数据	SKG小鼠和野生型小鼠的CD4+ T细胞
153	2025-04-27	The peripheral Atf3 + neuronal population is responsible for nerve regeneration at the early stage of nerve injury revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-13, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024169 PMID:39539109	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期神经损伤阶段外周Atf3+神经元群体在神经再生中的作用	发现了一种新的CCI诱导的神经元群体(CIP)，该群体高表达再生相关基因，并与卫星胶质细胞(SGCs)有密切的细胞间通讯	研究仅关注了早期神经损伤阶段(损伤后3天)的转录组变化，未涵盖整个再生过程	探究体感神经元在神经再生过程中的转录组变化及其分子机制	小鼠背根神经节(DRG)细胞	神经科学	神经损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据	慢性压迫性损伤(CCI)后3天的小鼠DRG细胞
154	2025-04-27	Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling 2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405806121 PMID:39453742	研究论文	本文研究了拟南芥中花器官脱落的分子机制，揭示了HAESA和HAESA LIKE-2受体样蛋白激酶在调控脱落过程中的核心作用	利用单细胞RNA测序技术鉴定了脱落核心基因表达程序，发现MKP1作为该通路的负调控因子，并揭示了IDA肽家族基因在脱落区细胞中的表达模式形成生物物理断路器机制	研究仅针对拟南芥花器官脱落机制，可能不适用于其他植物或器官脱落过程	探究植物器官脱落的分子调控机制	拟南芥花器官(萼片、花瓣和雄蕊)的脱落过程	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
155	2025-04-27	Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.575008 PMID:38260361	research paper	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了骨肉瘤细胞如何通过激活肺微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并测试了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的效果	首次揭示了骨肉瘤肺转移过程中肿瘤细胞诱导肺组织纤维化的分子机制，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，临床转化效果需要进一步验证	阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，寻找转移特异性治疗靶点	骨肉瘤细胞和肺转移微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, 多参数免疫荧光	免疫健全小鼠转移模型和免疫缺陷人源异种移植模型	转录组数据, 蛋白质表达数据, 空间分布数据	小鼠模型和有限的患者样本（具体数量未明确说明）
156	2025-04-27	Exploring the causal role of immune cells in cerebral aneurysm through single-cell transcriptomics and Mendelian randomization analysis 2024-Jul-12, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxae042 PMID:38661482	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析探讨了免疫细胞在脑动脉瘤中的因果作用	整合单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了免疫细胞与脑动脉瘤之间的复杂双向相互作用	研究仅基于GSE193533数据集的未破裂脑动脉瘤样本，可能无法完全代表所有脑动脉瘤情况	探索免疫细胞与脑动脉瘤形成之间的复杂相互作用	未破裂脑动脉瘤及其对照样本	生物信息学	脑动脉瘤	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析	NA	单细胞转录组数据	GSE193533数据集中的未破裂脑动脉瘤及对照样本
157	2025-04-27	Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics 2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13030188 PMID:38535532	review	本文综述了非洲锥虫病宿主-寄生虫相互作用的免疫学进展，包括单细胞转录组学的应用	介绍了利用单细胞和空间测序技术研究寄生虫生命周期阶段及宿主细胞的最新进展	NA	深入了解寄生虫生物学和宿主免疫，以开发新的疫苗接种和治疗策略	锥虫及其与哺乳动物宿主的相互作用	免疫学	非洲锥虫病	单细胞转录组学、空间测序	NA	转录组数据	NA
158	2025-04-27	DeMixSC: a deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark dataset for improved analysis of cell-type ratios in complex tissue samples 2023-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561733 PMID:37873318	研究论文	介绍了一个名为DeMixSC的去卷积框架，该框架利用单细胞测序数据和一个小型基准数据集来提高复杂组织样本中细胞类型比例的分析准确性	提出了一个新颖的加权非负最小二乘框架，能够识别和调整具有高技术差异的基因，并将基准数据与大量患者队列对齐，用于大规模去卷积	NA	解决跨测序平台的技术差异对去卷积准确性的限制	复杂生物样本中的细胞类型比例	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	加权非负最小二乘框架	RNA测序数据	453名患者
159	2025-04-27	Comprehensive single cell aging atlas of mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer 2023-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.20.563147 PMID:37961129	研究论文	该研究通过单细胞分辨率分析了小鼠乳腺组织的转录组和表观基因组变化，揭示了衰老与癌症之间的潜在机制联系	首次在单细胞水平上构建了乳腺组织衰老的综合图谱，并发现了衰老与癌症共享的表观基因组和转录组特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探索衰老如何通过细胞和分子事件影响癌症发生	小鼠乳腺组织中的上皮细胞、间质细胞和免疫细胞	生物医学	乳腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量）
160	2025-04-27	Epigenetics of Early Cardiometabolic Disease: Mechanisms and Precision Medicine 2023-06-09, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322135 PMID:37289899	综述	本文全面概述了表观遗传学在心血管和代谢疾病中的作用及其在精准医学中的潜力	探讨了DNA甲基化作为精准医学生物标志物的潜力，以及社会健康决定因素、肠道细菌表观基因组学、非编码RNA和表观转录组学对疾病发展的影响	讨论了推动心脏代谢表观遗传学研究的挑战和障碍，包括技术、伦理和资源获取问题	探索表观遗传学在心血管和代谢疾病中的作用，以推动精准医学和个性化医疗	心血管和代谢疾病	表观遗传学	心血管疾病	单细胞测序、表观遗传编辑	NA	NA	NA