单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-10	Isotope-encoded spatial biology identifies plaque-age-dependent maturation and synaptic loss in an Alzheimer's disease mouse model 2025-Sep-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63328-y PMID:40890115	研究论文	本研究结合同位素标记和空间生物学技术，探究阿尔茨海默病小鼠模型中Aβ斑块年龄依赖性成熟与突触丧失的关系	首次将稳定同位素标记与质谱成像结合用于斑块时间标记，实现空间维度上追踪斑块老化过程	研究基于小鼠模型，结果向人类转化需谨慎；技术整合复杂度可能限制广泛应用	揭示Aβ斑块随时间演变对周围组织的病理影响机制	App knock-in Aβ小鼠模型中的淀粉样蛋白斑块及周围神经组织	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学	NA	质谱成像数据、空间基因表达数据、结构染色数据	转基因阿尔茨海默病小鼠模型样本
142	2025-09-10	Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type-specific responses in primary human pancreatic islets 2025-Sep-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116211 PMID:40892543	研究论文	通过单细胞RNA测序研究柯萨奇病毒B3感染对人类胰岛细胞类型的特异性影响	发现病毒对不同细胞类型的感染率相当，而非先前认为的β细胞偏好性；首次揭示MIR7-3HG长链非编码RNA在调控病毒感染中的作用	研究使用人类尸体胰岛样本，可能无法完全反映活体生理状态	探究柯萨奇病毒B感染对人类胰岛不同细胞类型的特异性影响	人类尸体胰岛细胞（包括β细胞、α细胞、导管细胞等）和干细胞来源的胰岛	病毒学与细胞生物学	1型糖尿病	单细胞RNA测序，功能研究	NA	RNA测序数据，功能实验数据	人类尸体胰岛样本和干细胞来源的胰岛样本（具体数量未明确说明）
143	2025-09-10	Patterns of Mitochondrial ATP Predict Tissue Folding 2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.31.673364 PMID:40909554	研究论文	本研究揭示线粒体ATP的空间模式预测组织折叠过程	发现线粒体在上皮细胞顶端的局部富集及其在组织折叠前的ATP增加模式，并证明该亚细胞模式可计算预测组织折叠	NA	探究胚胎发育中化学能量空间模式与组织形态发生的关系	果蝇、小鸡和小鼠的上皮组织	发育生物学	NA	时间推移成像、空间转录组学、耗氧率测量	NA	图像、基因表达数据、生理测量数据	多物种（果蝇、小鸡、小鼠）上皮组织样本
144	2025-09-10	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Aug-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116184 PMID:40886314	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别了结核病中CD8+ T细胞的效应谱系，并发现CD226作为关键分子参与识别结核分枝杆菌感染的巨噬细胞	首次发现CD226是区分功能性和耗竭性CD8+ T细胞谱系的最显著差异表达基因，并证实其共刺激作用对识别感染巨噬细胞至关重要	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究慢性感染如何影响肺实质CD8+ T细胞的多样性及其识别机制	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+ T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, 流式细胞术, 细胞纯化	NA	单细胞转录组数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠肺细胞
145	2025-09-10	Response to anti-angiogenic therapy is associated with AIMP protein family expression in glioblastoma and lower-grade gliomas 2025-Aug-28, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0170 PMID:40874786	研究论文	本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤中的表达及其与抗血管生成治疗反应的关联	首次揭示AIMP1/2/3表达与胶质瘤血管生成的相关性，并发现AIMP2高表达亚组对抗血管生成治疗反应更佳	回顾性研究设计，需前瞻性临床试验验证	探索AIMP蛋白作为抗血管生成治疗反应的预测生物标志物	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	转录组学、表观遗传学、蛋白质组学、单细胞转录组分析	Cox比例风险模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据	来自TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的多队列胶质瘤样本，以及四个单细胞转录组数据集
146	2025-09-10	A simple liquid 3D cell culture paradigm models oxidative mitochondrial metabolism of epithelial breast cancer cells with relevance for lung metastases 2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.24.671623 PMID:40909564	研究论文	比较两种3D细胞培养模型（乳腺球培养和栓子培养）在模拟乳腺癌细胞氧化代谢和肺转移潜力方面的差异	首次通过栓子培养模型揭示乳腺癌细胞获得类似肿瘤组织的线粒体氧化代谢特征，并与肺转移能力关联	仅使用三种乳腺癌细胞系，模型适用范围需进一步验证	开发适合研究转移性乳腺癌细胞信号通路和药物敏感性的体外模型	乳腺癌细胞系（SUM149, IBC-3, MDA-MB-468）	癌症生物学	乳腺癌	蛋白质组学、单细胞转录组学、代谢流分析、电子显微镜	3D细胞培养模型	分子生物学数据、显微图像	三种乳腺癌细胞系在两种培养模型中的比较
147	2025-09-10	Rethinking large-scale phylogenomics with EukPhylo v.1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Aug-27, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01770-25 PMID:40862604	研究论文	介绍EukPhylo v.1.0工具包，用于真核生物谱系发育基因组学数据管理和分析	提供模块化、用户友好的流程，通过系统发育信息指导的污染去除和同源基因家族估计，提升真核生物系统树重建的准确性和可重复性	未明确说明工具在处理特定复杂微生物群落数据时的局限性或计算资源需求	解决微生物真核生物（特别是不可培养谱系）在 phylogenomic 分析中的数据污染和可重复性挑战	真核生物、细菌和古菌的多样化谱系，包括1000个物种	生物信息学	NA	单细胞测序、同源基因家族分析、系统发育树构建	NA	基因组序列数据、基因家族数据	1000个物种（包括真核生物、细菌和古菌），基于约15,000个古老基因家族
148	2025-09-10	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-cell/nuclei RNA Sequencing Data 2025-Aug-26, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf077 PMID:40857558	研究论文	本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确性，并提出了优化研究设计的实用指南	首次基于大规模数据（23个数据集，3,682,576个细胞）系统评估sc/snRNA-seq的定量性能，开发了VICE工具来评估数据质量和估计差异表达真阳性率	研究主要基于技术重复和样本匹配数据评估，可能无法完全反映真实生物样本的复杂性	提高单细胞RNA测序数据的可靠性和可重复性	单细胞和单核RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, RNA-seq	NA	基因表达数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
149	2025-09-10	Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression 2025-Aug-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147 PMID:40902592	研究论文	提出一种名为QRscore的非参数统计框架，用于检测基因表达中的分布偏移，包括均值偏移和方差偏移	扩展Mann-Whitney检验，通过负二项和零膨胀负二项分布推导模型信息权重，能同时检测均值和方差变化	NA	开发更强大的差异表达分析方法，检测基因表达中的各种分布变化	基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-seq，单细胞RNA-seq	非参数统计框架	基因表达数据	GTEx项目的大量RNA-seq数据和AIDA项目的单细胞RNA-seq数据
150	2025-09-10	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Aug-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116159 PMID:40864551	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人脑细胞与狂犬病病毒的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群	发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病病毒转录，并首次识别出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型	研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内大脑环境的复杂性	探究病毒-宿主细胞互作及先天免疫抑制如何影响不同脑细胞类型的转录调控	人脑细胞共培养体系及狂犬病病毒（RABV）及其突变体	单细胞转录组学	病毒感染	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	人脑细胞共培养体系（未明确具体样本数量）
151	2025-09-10	Large-scale single-cell profiling of stem cells identifies redundant regulators of shoot development and yield trait variation 2025-Aug-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.024 PMID:40865519	研究论文	通过大规模单细胞分析鉴定植物茎尖干细胞调控因子及其与产量性状的关联	首次在玉米和拟南芥中高效捕获CLAVATA3和WUSCHEL表达干细胞，并进行跨物种保守性分析和等位变异关联研究	NA	鉴定植物茎尖干细胞调控因子并解析其与产量性状的遗传关联	玉米和拟南芥的茎尖干细胞	单细胞生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个CLAVATA3和WUSCHEL表达细胞（包含突变体和多种玉米种质）
152	2025-09-10	An engineered glioblastoma model yields macrophage-secreted drivers of invasion 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181903 PMID:40857405	研究论文	通过工程化胶质母细胞瘤模型揭示巨噬细胞分泌的侵袭驱动因子	结合工程化3D水凝胶肿瘤微环境模型与多组学分析，首次鉴定出TGFBI作为巨噬细胞分泌的可靶向促癌因子	模型系统虽能模拟肿瘤微环境，但仍可能与体内真实情况存在差异	探究肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在胶质母细胞瘤侵袭中的作用机制	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和M2极化巨噬细胞	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学、蛋白质组学、3D水凝胶工程模型	工程化3D肿瘤微环境模型	转录组数据、蛋白质组数据	胶质母细胞瘤患者单细胞数据（具体数量未明确说明）
153	2025-09-10	Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis 2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.05.25332835 PMID:40894156	研究论文	通过亚细胞分辨率空间转录组学分析幼年特发性关节炎患者滑膜组织，揭示免疫与基质细胞的空间互作机制	开发新型空间共定位分析流程，首次在JIA滑膜中发现NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作、CXCL9-CXCR3信号轴及三级淋巴结构	研究聚焦活动期患者样本，未涵盖疾病不同阶段或治疗后的动态变化	解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子架构与细胞互作网络	活动期幼年特发性关节炎患者的滑膜组织样本	空间转录组学	幼年特发性关节炎	空间转录组学分析	空间共定位分析流程（新开发的计算方法）	空间转录组数据	活动期JIA患者滑膜组织（具体样本量未明确说明）
154	2025-09-10	Loeys-Dietz syndrome subtypes exhibit distinct clinical behavior and aortic cellular transcriptomic profiles 2025-Aug, JTCVS open DOI:10.1016/j.xjon.2025.06.013 PMID:40923070	研究论文	本研究整合Loeys-Dietz综合征患者主动脉根部置换术后的纵向临床结果与主动脉平滑肌细胞转录组分析，探讨不同亚型特异性主动脉脆弱性的机制	首次通过单细胞RNA测序比较TGFBR1/2和SMAD3变异患者的平滑肌细胞表型，揭示亚型特异的基因调控模式	样本量有限（单中心62例患者，测序仅8例），随访时间中位数为6.16年	探究Loeys-Dietz综合征不同亚型的临床行为差异及其分子机制	Loeys-Dietz综合征患者（62例，含TGFBR1/2和SMAD3遗传亚型）及主动脉瘤组织样本	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床数据、RNA测序数据	62例患者（36例TGFBR1/2、16例SMAD3、7例TGFB2/TGFB3），其中8例进行单细胞测序（3例TGFBR1/2、5例SMAD3）
155	2025-09-10	Obesity hinders the efficacy of adipose-derived stem cells for knee osteoarthritis by reducing the proportion of DPP4+ stem cells 2025-Jul-24, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf004 PMID:40913785	研究论文	本研究探讨肥胖如何通过减少DPP4+干细胞比例削弱脂肪源性干细胞对膝骨关节炎的治疗效果	首次揭示肥胖通过特异性减少DPP4+干细胞亚群而影响干细胞疗效的机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究肥胖对脂肪源性干细胞治疗骨关节炎疗效的影响机制	野生型和ob/ob肥胖小鼠的脂肪源性干细胞	再生医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选(FACS)	NA	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	野生型和ob/ob小鼠的脂肪源性干细胞样本
156	2025-09-10	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	通过单细胞RNA测序等技术构建幼年特发性关节炎滑膜组织图谱，揭示与疾病严重程度相关的致病微环境	首次结合单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学分析初治JIA患儿滑膜组织，识别出与关节炎严重程度相关的空间组织微环境和特定细胞群体	研究样本限于疾病早期未接受治疗的患儿，可能无法代表所有JIA亚型或疾病阶段	解析幼年特发性关节炎滑膜组织的细胞组成和空间结构，指导精准靶向治疗	初治幼年特发性关节炎患儿的滑膜组织活检样本、滑液及外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	未明确样本数量的初治JIA患儿滑膜组织活检
157	2025-09-10	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序鉴定老年小鼠白色脂肪组织中具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累	首次比较生理性衰老与高脂饮食诱导的肥胖，发现衰老特异性积累Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其表达颗粒酶M的炎症诱导功能	研究局限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证；功能机制需进一步深入探索	比较衰老与肥胖状态下脂肪组织炎症机制的差异，识别特异性调控靶点	年轻正常饮食小鼠、年轻高脂饮食小鼠及老年正常饮食小鼠的性腺白色脂肪组织基质血管组分	单细胞组学	老年性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	三组小鼠（年轻正常饮食、年轻高脂饮食、老年正常饮食）的脂肪组织样本
158	2025-09-10	Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，发现基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中持续存在并促进慢性疾病	首次证实关节相关巨噬细胞中存有复制性病毒RNA，并揭示CD4 T细胞在慢性关节炎症中的潜在作用	研究基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究甲病毒引起慢性关节疾病的机制	甲病毒感染小鼠的关节相关组织	病毒学与免疫学	病毒性关节炎	scRNA-seq, spatial transcriptomics, flow cytometry	NA	基因表达数据、细胞表型数据	甲病毒感染小鼠的关节组织样本
159	2025-09-10	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.629263 PMID:40661514	研究论文	通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞类型的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群	发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病毒转录，并鉴定出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型	研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	揭示病毒-宿主细胞互作和先天免疫拮抗如何影响神经嗜性病毒感染动力学	人类脑细胞共培养体系中的不同细胞类型	单细胞基因组学	病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	人类脑细胞共培养样本
160	2025-09-10	Pan-cancer landscape of basement membrane: multi-omics research and single-cell sequencing validation 2025 May-Jun, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2025.2539645 PMID:40799172	研究论文	通过多组学分析和单细胞测序验证，研究基底膜在泛癌中的调控基因表达、免疫检查点关联及免疫耐药机制	首次整合33种癌症的多组学数据与单细胞测序验证，揭示基底膜调控基因与免疫检查点表达的癌症特异性关联	依赖TCGA数据库的回顾性数据，需进一步实验验证功能机制	探究基底膜调控基因在癌症进展和免疫微环境中的作用	33种癌症类型的肿瘤组织及免疫微环境	癌症基因组学	泛癌（多种癌症类型）	多组学分析、单细胞转录组测序、免疫组化、ssGSEA	NA	基因表达数据、拷贝数变异数据、单细胞转录组数据	TCGA数据库中33种癌症的泛癌数据集（未提供具体样本数）