单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-29	Astrocytes in Fear Memory Processing: Molecular Mechanisms Across the Amygdala-Hippocampus-Prefrontal Cortex Network 2025-Sep-16, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14181444 PMID:41002409	综述	本文综述了星形胶质细胞在杏仁核-海马-前额叶皮层网络中调控恐惧记忆处理的分子机制	挑战了传统以神经元为中心的记忆处理观点，揭示了星形胶质细胞在恐惧记忆不同阶段的关键作用及其区域特异性功能	NA	探讨星形胶质细胞在恐惧记忆处理中的分子机制及其对恐惧相关疾病的治疗意义	星形胶质细胞在杏仁核-海马-前额叶皮层网络中的功能	神经科学	创伤后应激障碍(PTSD)和焦虑症	空间转录组学、光遗传学、化学遗传学	NA	NA	NA
142	2025-09-29	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Cell Heterogeneity and Altered Signaling Pathways in Jellyfish Sting Patients 2025-Sep-15, Marine drugs IF:4.9Q1 DOI:10.3390/md23090358 PMID:41003327	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示水母蜇伤患者的免疫细胞异质性和信号通路改变	首次在单细胞分辨率下描绘水母蜇伤后的免疫失调图谱，识别出MMP9+单核细胞和S100A12+中性粒细胞的关键炎症作用	仅分析一名严重患者的样本，样本量有限	探究水母蜇伤后的免疫机制和潜在治疗靶点	水母蜇伤患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	中毒性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	一名严重水母蜇伤患者和健康对照者
143	2025-09-29	Morphological and Transcriptomic Analyses of the Adrenal Gland in Acomys cahirinus: A Novel Model for Murine Adrenal Physiology 2025-Sep-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14181431 PMID:41002397	研究论文	本研究通过形态学和转录组学分析比较Acomys cahirinus与小鼠的肾上腺结构与基因表达，评估其作为人类肾上腺疾病模型的潜力	首次在Acomys cahirinus中发现类似人类肾上腺皮质的网状带结构，并通过GTEx比较证实其基因表达谱更接近人类肾上腺而非小鼠	需要进一步开展单细胞转录组学和功能实验验证其转化潜力	评估Acomys cahirinus作为人类肾上腺疾病研究模型的适用性	Acomys cahirinus和小鼠的肾上腺组织	生物医学研究	肾上腺疾病	转录组分析、qRT-PCR、CAGE-seq、通路分析	动物模型	基因表达数据、形态学数据	NA
144	2025-09-29	Comprehensive Characterization of Long Non-Coding RNAs in Porcine Tissues: Expression Patterns and Functional Insights During Oocyte Development 2025-Sep-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14181409 PMID:41002376	研究论文	本研究通过分析猪多种组织及卵母细胞发育阶段的RNA-seq数据，系统性表征了长链非编码RNA的表达模式和功能	首次系统性地表征了猪多个组织中lncRNA的表达谱，并揭示了卵母细胞发育过程中差异表达lncRNAs的功能	NA	阐明猪长链非编码RNA在组织特异性表达和卵母细胞发育中的功能作用	猪的14种组织和卵母细胞发育五个阶段的单细胞	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	607个组织RNA-seq数据集（14种组织），63个单细胞RNA-seq数据集（卵母细胞五个发育阶段），以及37个人类和鼠类卵母细胞RNA-seq数据集
145	2025-09-29	Piezo1 promotes M1 macrophage polarization and impairs osteogenic differentiation in bone infection 2025-Sep-07, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.168042 PMID:40925468	研究论文	本研究探讨Piezo1在骨感染中促进巨噬细胞M1极化并损害成骨分化的机制	首次揭示Piezo1通过介导巨噬细胞与骨髓间充质干细胞的相互作用影响骨感染中的骨再生过程	研究主要基于动物模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步研究	探究Piezo1在骨感染过程中对巨噬细胞极化和成骨分化的调控作用	大鼠感染性骨缺损模型、人类感染骨组织、小鼠单核巨噬细胞和骨髓间充质干细胞	骨生物学	骨感染	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、间接共培养实验	动物模型、细胞共培养模型	基因表达数据、细胞功能数据	大鼠模型、人类骨组织样本、小鼠细胞系
146	2025-09-29	Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp6252 PMID:40906858	综述	本文综述了单细胞转录组分析技术在微生物群落研究中的应用进展与挑战	将单细胞基因表达分析技术从人类生物学领域扩展到微生物群落研究，揭示微生物亚群间的功能异质性	技术应用仍面临挑战，未明确说明具体技术限制	解析微生物群落功能及其在人类健康与疾病中的作用	微生物群落，特别是肠道微生物群落	微生物组学	肠道相关疾病	单细胞转录组分析，单细胞基因表达分析	NA	基因表达数据	NA
147	2025-09-29	Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells 2025-Sep-04, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018 PMID:40848713	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类纤维性发育不良骨组织，揭示纤维化转录组特征及GNAS变异在多种细胞类型中的分布	首次在骨骼基质谱系外的内皮细胞和周细胞中发现GNAS c.602G>A和c.601C>T变异，并鉴定出跨FD细胞谱系的共同纤维化转录组特征	样本来源仅限于人类骨组织，未涉及其他组织或动物模型验证	探究体细胞嵌合对纤维性发育不良疾病机制的细胞和分子影响	人类纤维性发育不良和非FD骨组织中的非造血细胞	单细胞基因组学	纤维性发育不良	单细胞RNA测序、GNAS基因分型、BaseScope检测	NA	单细胞转录组数据	FD和非FD人类骨组织样本（具体数量未明确说明）
148	2025-09-29	Tenascin-C Expression in Relation to Tumor-Stroma Interaction in Ameloblastoma 2025-Sep-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104237 PMID:40912374	研究论文	本研究探讨了细胞外基质糖蛋白Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的作用及其与肿瘤-基质相互关系的关联	首次发现成釉细胞瘤细胞分泌TN-C至基质中，并通过肿瘤-基质相互作用增强TN-C表达，促进肿瘤细胞迁移	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，需要更大规模的临床验证	阐明TN-C在成釉细胞瘤进展中的分子机制及其临床意义	成釉细胞瘤组织标本和AM-1细胞系	病理学	成釉细胞瘤	免疫组织化学、RNA原位杂交、共培养实验、空间转录组学	细胞共培养模型	组织图像、基因表达数据	成釉细胞瘤组织标本和细胞系
149	2025-09-29	GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs 2025-Sep-03, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678 PMID:40912654	研究论文	开发了专门用于单细胞水平植物lncRNA研究的综合数据库GreenCells	首个专门针对植物lncRNA的单细胞数据库，填补了现有数据库主要关注蛋白质编码基因的空白	NA	研究植物长链非编码RNA在单细胞水平的表达和功能	8种植物物种的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	整合8种植物物种的scRNA-seq数据，识别2177个lncRNA标记基因和68,869个蛋白质编码标记基因
150	2025-09-29	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	本研究通过免疫活性小鼠模型揭示了胶质母细胞瘤从团块生长向浸润生长转变的机制，发现小胶质细胞通过plexin-B2介导的排列引导肿瘤细胞集体迁移	首次发现小胶质细胞在肿瘤浸润前沿形成'oncostreams'结构引导集体迁移，并鉴定plexin-B2在解决细胞碰撞和细胞外基质重构中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究胶质母细胞瘤浸润生长的细胞机制和微环境调控	胶质母细胞瘤细胞、肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞(TAMs)	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫组织化学、基因敲除	免疫活性小鼠模型	基因表达数据、组织图像数据	小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本
151	2025-09-29	A Human Immuno-Lung Organoid Model to Study Macrophage-Mediated Lung Cell Senescence Upon SARS-CoV-2 Infection 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503932 PMID:40712141	研究论文	本研究开发了人源免疫-肺类器官模型，用于研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺细胞衰老机制	建立了包含hPSC来源肺泡和气道类器官与巨噬细胞共培养的免疫-肺类器官模型，首次发现THBS1-(ITGA3+ITGB1)信号轴在驱动肺细胞衰老中的作用	NA	研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺损伤机制	非COVID和COVID-19肺组织样本、人源免疫-肺类器官模型	数字病理	COVID-19	空间转录组分析(NanoString CosMx)、类器官培养	免疫-肺类器官模型	空间转录组数据、组织样本	非COVID和COVID-19肺组织外植体和尸检样本
152	2025-09-29	Single-cell transcriptional analysis of murine mesenteric lymph nodes following oral lyso-phosphatidylserine nanoparticle administration reveals cellular heterogeneity in tolerance features 2025-Sep, Journal of pharmaceutical sciences IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.xphs.2025.103919 PMID:40712826	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析口服含溶血磷脂酰丝氨酸纳米颗粒后小鼠肠系膜淋巴结的免疫细胞反应，揭示其诱导免疫耐受的细胞异质性特征	首次利用单细胞转录组技术系统解析LysoPS纳米颗粒口服后肠系膜淋巴结中各免疫细胞的耐受特征及细胞间通讯机制	研究仅限于小鼠模型，人体内的耐受机制尚未明确	阐明LysoPS纳米颗粒通过口服途径诱导免疫耐受的细胞分子机制	小鼠肠系膜淋巴结中的B细胞、T细胞和NK细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠模型样本
153	2025-09-29	SmartImpute is a targeted imputation framework for single-cell transcriptome data 2025-Aug-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101122 PMID:40763742	研究论文	提出一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute	采用改进的生成对抗插补网络(GAIN)与多任务判别器，专注于预定义标记基因，在填补缺失值的同时保留真实生物零值	NA	提高单细胞RNA测序数据的生物学相关性和计算效率	头颈鳞状细胞癌、人类骨髓和肺癌的单细胞RNA测序数据	生物信息学	头颈癌、肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	改进的生成对抗插补网络(GAIN)	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过一百万细胞的数据集
154	2025-09-29	Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation: A Single-Cell Study in Humans 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.30.667742 PMID:40766582	研究论文	通过单细胞研究探讨大麻二酚在人体中的抗炎作用及对T效应记忆细胞分化的影响	首次在人体中通过单细胞测序技术系统评估大麻二酚对免疫细胞的调节作用	样本量较小（23名参与者），缺乏长期随访数据	评估大麻二酚对免疫系统的调节作用及其临床安全性	接受口服大麻二酚治疗的23名人类参与者	免疫学	肾脏疾病	scRNA-seq, 流式细胞术, 细胞因子检测, 串联质谱	NA	单细胞测序数据, 流式细胞数据, 蛋白质检测数据	23名人类参与者
155	2025-09-29	From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.020 PMID:40567162	研究论文	本研究系统描述了斑马鱼视神经横断后视觉通路自发再生的时空动态过程	首次通过多技术整合系统揭示了斑马鱼视觉系统从损伤到功能恢复的完整再生过程，并识别了关键细胞群体	研究仅观察了5周内的再生过程，长期再生效果和分子机制仍需进一步探索	阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空协调机制	成年斑马鱼的视网膜、视神经和大脑视觉通路	神经再生研究	视神经损伤	苏木精-伊红染色、免疫组织化学、透射电子显微镜、单细胞RNA测序、视动反应行为评估	斑马鱼视神经损伤模型	组织学图像、转录组数据、行为数据	未明确具体样本数量，研究持续观察5周再生过程
156	2025-09-29	Single-cell RNA-seq provides insight into the underdeveloped immune system of germ-free mice 2025-Jul-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.467 PMID:40640979	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示无菌小鼠免疫系统发育不全的分子机制	首次应用液滴单细胞RNA测序系统比较无菌小鼠与特定病原体小鼠的免疫细胞差异，发现烟酰胺脱氢酶缺失等新型调控通路	研究主要聚焦骨髓和外周血细胞，未全面评估其他免疫器官；机制验证仍需进一步实验支持	探究微生物群缺失导致免疫缺陷的具体分子机制	无菌小鼠和特定病原体小鼠的骨髓与外周血免疫细胞	免疫学	免疫缺陷疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	无菌小鼠和特定病原体小鼠的骨髓与外周血样本（具体数量未明确说明）
157	2025-09-29	Phenotypic, transcriptomic, and genomic analyses reveal the spatiotemporal patterns and associated genes of coarse hair density in goats 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.034 PMID:40640980	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了大足黑山羊粗毛密度的时空变化模式及其相关基因	首次应用高分辨率微型相机成像技术分析山羊皮肤图像，结合多组学数据系统解析粗毛密度的遗传调控机制	研究主要聚焦于单一山羊品种，结果在其他品种中的普适性需要进一步验证	探究山羊粗毛密度的遗传调控机制和时空变化规律	大足黑山羊	基因组学	NA	高分辨率微型相机成像、转录组测序、全基因组测序、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫组织化学染色	NA	图像、转录组数据、基因组数据	905张皮肤图像、33个皮肤转录组、272个全基因组序列、182个下载转录组数据
158	2025-09-29	CXCL12 Drives Reversible Fibroimmune Remodeling in Androgenetic Alopecia Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146568 PMID:40724819	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示CXCL12在雄激素性脱发中驱动可逆性纤维免疫重塑的作用机制	首次发现CXCL12通过自分泌和旁分泌信号通路协调调控真皮成纤维细胞和毛乳头细胞的纤维化过程，并证明CXCL12阻断可逆转脱发病理过程	研究基于睾酮诱导的小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明CXCL12在介导雄激素性脱发中基质-免疫相互作用的病理机制	睾酮诱导的雄激素性脱发小鼠模型	单细胞转录组学	雄激素性脱发	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量
159	2025-09-29	Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	本研究通过整合代谢组学和空间转录组学分析胰腺囊性癌前病变，发现多胺代谢紊乱可作为肿瘤恶性进展的生物标志物	首次将囊液代谢组学与空间细胞转录组学相结合，系统揭示了多胺代谢通路在胰腺癌前病变恶性进展中的关键作用	样本量相对有限（125例患者），需要更大规模研究验证多胺生物标志物的临床效用	识别胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）恶性风险相关的代谢标志物	125例低级别或高级别异型增生IPMN患者（部分伴发胰腺导管腺癌）的囊液和组织样本	数字病理	胰腺癌	非靶向代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例患者囊液样本，包含IPMN组织和鼠源Kras;Gnas IPMN细胞系
160	2025-09-29	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	研究论文	通过单细胞空间多组学技术揭示癌症相关成纤维细胞在多种癌症类型中保守的空间亚型和细胞邻域结构	首次在10种癌症类型中鉴定出四种保守的空间CAF亚型，这些亚型具有跨癌症类型和空间组学平台的稳定性	研究涉及多种癌症类型和平台，但未明确说明样本来源的具体临床特征和样本收集的时间跨度	探索癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的空间组织和相互作用	癌症相关成纤维细胞(CAFs)及其在肿瘤微环境中的空间分布	空间转录组学	癌症	单细胞空间多组学、空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	单细胞空间多组学数据	超过1400万个细胞，涵盖10种癌症类型，使用7种空间转录组学和蛋白质组学平台