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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-05-31 |
Mesenchymal stem cell alleviate concanavalin A-induced hepatitis via immune reprogramming and complement regulation
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1809194
PMID:42212165
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析间充质干细胞在伴刀豆球蛋白A诱导的肝炎中通过免疫重编程和补体调节发挥缓解作用 | 本研究首次利用单细胞RNA测序技术全面解析间充质干细胞在急性肝损伤中对肝脏免疫微环境的选择性重塑作用,特别是发现单核细胞来源巨噬细胞状态的变化及补体相关信号通路在免疫调节中的关键角色 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类 | 阐明间充质干细胞在急性免疫介导肝损伤中重塑肝脏免疫微环境的细胞和分子机制 | 伴刀豆球蛋白A诱导急性肝炎小鼠的肝脏组织细胞 | 机器学习和数字病理学 | 急性肝炎 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据,免疫组化图像 | 伴刀豆球蛋白A诱导急性肝炎小鼠,经或未经间充质干细胞治疗 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics平台用于单细胞文库构建 |
| 142 | 2026-05-31 |
B3GNT6-Linked Multimodal Signatures Integrate Tissue Morphology and PTM-Related Transcriptomics to Stratify Tumor
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.134004
PMID:42212317
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research paper | 开发了一种基于翻译后修饰(PTM)的多模态框架,整合组织形态学和转录组学数据,用于结肠腺癌的预后分层和机制分析 | 首次将PTM相关转录组学与组织病理学图像特征融合,通过自编码器潜在空间构建多模态风险评分PTMLS,并发现B3GNT6作为关键因子与组织病理特征关联 | 未明确说明局限性 | 建立PTM相关的多模态预后模型,并探索其在结肠腺癌中的临床相关性和机制 | 结肠腺癌患者(TCGA-COAD)、单细胞RNA-seq(GSE132465)和空间转录组(GSE225857)数据 | machine learning, digital pathology | colon adenocarcinoma | RNA-seq, H&E染色成像 | autoencoder | 基因表达数据、病理图像 | 训练和验证队列(具体数量未在摘要中给出) | Illumina | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | Illumina NovaSeq | NA |
| 143 | 2026-05-31 |
Endothelial Klf9 fine-tunes Akt signaling to act as a transcriptional brake restraining retinal angiogenesis
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.133293
PMID:42212336
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研究论文 | 发现内皮细胞Klf9通过调控Akt信号通路作为转录刹车抑制视网膜血管生成 | 首次揭示Klf9作为视网膜血管稳态的关键转录调控因子,通过染色质介导的PI3K-Akt通路抑制发挥抗血管生成作用 | NA | 研究Klf9在视网膜血管发育和病理性新生血管形成中的作用机制 | 视网膜内皮细胞 | 自然语言处理 | 眼部新生血管疾病 | 时空转录组学、单细胞RNA测序、RNA-seq、ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及人视网膜微血管内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、批量ATAC测序 | NA | NA |
| 144 | 2026-05-31 |
Fractional Order Total Variation Low-Rank Representation on Single-Cell RNA Sequencing Clustering
2026 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70070
PMID:42213461
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研究论文 | 提出一种自适应分数阶全变分低秩表示模型,用于单细胞RNA测序聚类分析 | 将自适应分数阶全变分正则化融入低秩表示框架,通过分数阶梯度学习保留细粒度细胞特征,并采用交替方向乘子法高效求解优化问题 | 未明确提及局限性 | 提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和可靠性 | 11个公开单细胞RNA测序数据集,包括小鼠胚胎数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 低秩表示模型 | 基因表达数据 | 11个公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2026-05-31 |
Deep Transfer Learning Links Benign Glands to Prostate Cancer Progression via Transcriptomics
2025-Dec-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf119
PMID:41317378
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研究论文 | 利用DEGAS深度学习框架分析前列腺癌空间转录组,发现形态良性腺体与癌症进展相关 | 首次将深度迁移学习应用于高分辨率空间转录组学,揭示形态良性腺体的分子改变与前列腺癌进展的关联 | 未明确提及潜在局限性,如样本量或验证范围 | 探究良性腺体在转录水平上与前列腺癌进展的联系,验证“场效应”假说 | 前列腺癌空间转录组数据、单细胞转录组数据及组织样本 | 计算机视觉, 机器学习 | 前列腺癌 | 空间转录组学, 单细胞转录组学, 免疫组化 | 深度迁移学习(DEGAS框架) | 转录组数据, 图像 | 包含有无5年远处转移患者的前列腺组织样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 146 | 2026-05-31 |
RAB25 modulates pit cell commitment by coordinating transforming growth factor-alpha secretion from gastric epithelial cells
2025-Dec-09, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08316-2
PMID:41365858
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析发现Rab25在胃上皮细胞中调控转化生长因子-α分泌,从而调节胃小凹细胞定向分化的机制 | 首次揭示Rab25通过调控TGFA分泌协调EGFR信号通路,影响胃体部小凹细胞定向分化的分子机制,并发现其在人Ménétrier病中表达降低 | 主要基于小鼠模型和体外细胞培养实验,人类样本数据有限,具体机制研究尚需进一步验证 | 探究胃上皮细胞中Rab25对转化生长因子-α分泌及小凹细胞定向分化的调控机制 | 胃体部小凹细胞和胃上皮细胞 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠原代细胞培养样本及RAB25敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2026-05-31 |
Age- and Sex- Driven Transcriptional and Metabolic Diversity in Myeloid-Derived Suppressor Cells After Mouse Sepsis
2025-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680736
PMID:41278644
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠脓毒症后年龄和性别对骨髓源性抑制细胞转录和代谢多样性的影响 | 首次系统性地描述了年龄和性别对脓毒症后MDSC的扩增、转录组、通路激活、RNA速度、线粒体代谢及细胞间通讯的差异影响 | 未在人类样本中进行验证,且仅使用小鼠模型,可能无法完全反映人类脓毒症的复杂性 | 探究年龄和性别对脓毒症后骨髓源性抑制细胞(MDSC)转录和代谢状态的影响 | 年轻(3-4个月)和老年(18-24个月)成年雄性和雌性小鼠的脾脏白细胞 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠脾脏白细胞样本,包括年轻和老年雄性和雌性小鼠各若干只 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 148 | 2026-05-31 |
Single-cell RNA sequencing: enhancing the predictive accuracy of tumor immunotherapy efficacy
2025-09-08, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20253017
PMID:40857744
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在提高肿瘤免疫治疗效果预测准确性方面的应用 | 全面探讨scRNA-seq在免疫治疗疗效预测和生物标志物发现中的潜力,并提出生物材料整合带来的新研究方向 | 未明确指出具体研究限制,但暗示现有研究存在挑战需进一步探索 | 回顾scRNA-seq在免疫治疗中的现状,识别挑战并提出未来方向 | 肿瘤微环境中的免疫细胞异质性及生物材料整合 | 机器学习 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 149 | 2026-05-31 |
Insight into pericytes in glioblastoma angiogenesis: In vivo tracking by two-photon microscopy and proteomic profiling
2025-09, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.70073
PMID:40772404
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研究论文 | 通过双光子显微镜和蛋白质组学分析,揭示周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的时空动态和分子重编程 | 首次结合双光子活体成像和蛋白质组学分析,动态追踪周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的空间重排和分子变化,并发现周细胞在肿瘤早期和晚期具有阶段依赖性作用,为抗血管治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类样本中进行实时成像验证;蛋白质组学数据来自FACS分选细胞,可能遗漏低丰度或细胞间异质性变化 | 阐明周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的时空动态、分子重编程及其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠胶质母细胞瘤模型中的Pdgfrb+周细胞、肿瘤细胞和肿瘤血管 | 数字病理学, 计算机视觉 | 胶质母细胞瘤 | 双光子显微镜, 蛋白质组学, RNA-seq, 流式细胞术 | NA | 图像, 蛋白质组数据, 转录组数据 | 小鼠模型(GL261-Luc和GL261-CFP细胞)及转基因小鼠(PT小鼠和DTA小鼠);人类胶质母细胞瘤单细胞RNA-seq数据用于验证 | Illumina, NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | Illumina NovaSeq, NA | 用于单细胞RNA-seq的人类胶质母细胞瘤样本测序;蛋白质组学使用LC-MS/MS |
| 150 | 2026-05-31 |
Single-cell atlas of human liver and blood immune cells across fatty liver disease stages reveals distinct signatures linked to liver dysfunction and fibrogenesis
2025-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02255-y
PMID:40883571
|
研究论文 | 通过对人类肝脏和血液免疫细胞在脂肪肝疾病各阶段的单细胞图谱分析,揭示了与肝功能障碍和纤维化相关的独特免疫特征 | 首次提供了涵盖MASLD/MASH全谱系人类队列的外周血和肝脏细针穿刺样本的单细胞RNA测序图谱,识别了MASH进展中增强的免疫调节程序及其与肝功能障碍和纤维化的关联 | 未明确提及,但可能包括样本量有限及对免疫机制的进一步验证需求 | 阐明免疫细胞在代谢功能障碍相关脂肪性肝病及其肝炎(MASLD/MASH)不同阶段中的角色,识别阶段特异性免疫靶点 | 人类外周血和肝脏细针穿刺样本中的免疫细胞 | 机器学习和数字病理学相关(基于单细胞转录组分析) | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病/脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 涵盖MASLD/MASH全谱系的人类队列(具体数量未提及) | 10x Genomics(推测,基于单细胞RNA-seq技术) | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 151 | 2026-05-31 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
|
综述 | 本文综述了基于图像的表型分析的计算进展,包括深度学习、单细胞分析和批次效应校正等方法,并讨论了当前挑战和未来发展方向 | 系统总结了深度学习在图像表型分析中的重塑作用,以及从单细胞转录组学中汲取的方法创新,如单细胞分析和批次效应校正 | 未提及具体的数据集或基准测试,可能缺乏对不同方法的定量比较,且挑战部分未给出详细解决方案 | 为研究人员提供图像表型分析领域进展和新挑战的路线图 | 基于图像的表型分析方法及其计算工具 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 152 | 2026-05-31 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 利用单细胞转录组学技术研究化学品暴露后HepaRG细胞的应激反应状态 | 首次应用单细胞转录组学解析多种化学物质诱导的细胞应激反应异质性,并通过广义Jaccard度量聚类揭示五种细胞状态表型组 | 仅使用HepaRG细胞系,未涉及原代细胞或体内模型;暴露时间固定为24小时,缺乏时间动态分析 | 通过单细胞转录组学解码化学品诱导的细胞应激反应状态,揭示适应性反应与终末结局之间的转化机制 | 暴露于七种化学物质(依托泊苷、布雷菲德菌素A、放线菌酮、鱼藤酮、tBHQ、曲格列酮、衣霉素)的HepaRG细胞 | 毒理学 | NA | TempO-LINC平台、单细胞转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据 | 约40,000个HepaRG细胞,每种化学物质三种浓度处理24小时 | BioSpyder | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC | TempO-LINC单细胞转录组分析平台 |
| 153 | 2026-05-31 |
Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types
2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.07.03.25330832
PMID:40630576
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研究论文 | 整合慢性疼痛GWAS数据与脑和背根神经节单细胞数据,揭示疼痛相关遗传变异的细胞类型特异性 | 首次将慢性疼痛遗传变异与人类脑和背根神经节单细胞RNA测序及染色质可及性数据相结合,精确定位细胞类型特异性富集模式 | 样本量有限(患者n=12),且仅限于宫颈背根神经节;小鼠数据可能不完全适用于人类 | 阐明慢性疼痛遗传变异的细胞类型基础,连接中枢和外周神经系统 | 人类脑和背根神经节细胞类型 | 机器学习 | 慢性疼痛 | 单细胞RNA测序,单细胞染色质可及性分析 | NA | 基因数据 | 慢性疼痛GWAS样本量1,235,695;急性或慢性疼痛患者宫颈背根神经节样本量12 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞染色质可及性测序 | NA | NA |
| 154 | 2026-05-31 |
A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657841
PMID:40502063
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研究论文 | 开发了一种多步免疫健全的遗传小鼠模型,揭示了葡萄膜黑色素瘤的表型可塑性 | 首次利用内源位点条件性表达突变GNAQ并结合BAP1缺失和MYC激活,构建出具有转移潜力的完全外显免疫健全小鼠模型,并通过单细胞RNA测序揭示恶性细胞的转录异质性和分化可塑性 | 模型仅模拟了部分人类疾病关键遗传事件,且8号染色体额外驱动因子的协同作用机制尚待明确 | 构建生理相关且免疫健全的葡萄膜黑色素瘤小鼠模型,用于研究肿瘤生物学、特征化候选驱动基因及开发免疫治疗策略 | 葡萄膜黑色素瘤小鼠模型及人类葡萄膜黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 基因工程小鼠模型、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型(具体数量未在摘要中说明)及人类葡萄膜黑色素瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium平台进行单细胞RNA测序 |
| 155 | 2026-05-31 |
Neuroprotectin D1 and GPR37 protect against chemotherapy-induced peripheral neuropathy and the transition from acute to chronic pain
2025-06, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107746
PMID:40287118
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研究论文 | 研究揭示神经保护素D1及其受体GPR37在化疗诱导的周围神经病变和急性疼痛向慢性疼痛转化中的保护作用 | 首次发现GPR37在化疗诱导的周围神经病变中调控急性疼痛向慢性疼痛转化,并阐明NPD1通过GPR37保护感觉神经元和缓解神经病理性疼痛的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类DRG的空间转录组学分析仅为初步结果,GPR37在人类中的具体机制仍需进一步验证 | 探讨GPR37在化疗诱导的周围神经病变中的作用及NPD1通过GPR37的镇痛和神经保护机制 | 小鼠背根神经节神经元和巨噬细胞、人类DRG组织样本 | 机器学习 | 周围神经病变 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组学数据 | 小鼠(野生型和Gpr37敲除型)及人类DRG组织 | NA | 空间转录组学 | NA | 人类DRG的空间转录组学分析 |
| 156 | 2026-05-31 |
Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma
2025-May-29, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024781
PMID:39912779
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research paper | 利用单细胞转录组学发现CLPP是高风险多发性骨髓瘤病理生物学的新贡献者,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 首次确定酪蛋白水解线粒体基质肽酶(CLPP)在多发性骨髓瘤高危行为中的关键作用及其作为治疗靶点的可行性 | 对CLPP在骨髓瘤进展中的详细分子机制阐述可能不够深入,且临床前研究结果尚需临床验证 | 探究高风险多发性骨髓瘤的病理生物学机制及潜在治疗靶点 | 多发性骨髓瘤患者CD138+肿瘤浆细胞及正常浆细胞 | machine learning | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及新诊断和复发/难治性多发性骨髓瘤患者样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 157 | 2026-05-31 |
Exploring the co-morbid relationship between Alzheimer's disease and lung cancer in the 5xFAD transgenic mouse model
2025-05, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12527
PMID:39930922
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研究论文 | 本研究利用5xFAD转基因小鼠模型探讨阿尔茨海默病与肺癌之间的共病关系,并揭示AD抑制肺癌发展的潜在机制 | 首次通过共病小鼠模型结合单细胞测序技术,揭示阿尔茨海默病通过铁稳态失衡、氧化应激增强及免疫细胞浸润(CD8+ T细胞和自然杀伤细胞)抑制肺癌发展的机制 | 未提及具体局限性,但可能涉及模型转化到临床的适用性及样本量问题 | 探究阿尔茨海默病与肺癌之间拮抗关系的分子机制 | 5xFAD转基因小鼠模型中的阿尔茨海默病与肺癌共病现象 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病、肺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | 未明确样本数量,涉及5xFAD转基因小鼠和野生型小鼠 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 158 | 2026-05-31 |
Atlas of Metastatic Gastric Cancer Links Ferroptosis to Disease Progression and Immunotherapy Response
2024-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.038
PMID:39097198
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研究论文 | 对转移性胃癌进行单细胞转录组和免疫图谱分析,揭示铁死亡在疾病进展和免疫治疗反应中的作用 | 首次构建大规模转移性胃癌的单细胞图谱,揭示铁死亡逃逸机制及其与免疫治疗联合的潜在治疗策略 | 主要基于治疗初治患者,可能无法完全反映治疗后的动态变化 | 通过单细胞和免疫图谱揭示转移性胃癌的肿瘤和免疫生物学特征,探索铁死亡在疾病进展中的作用及联合治疗策略 | 68对配对的治疗初治原发性转移性胃癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序, 免疫分析 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫数据 | 68对配对的治疗初治原发性转移性胃癌肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2026-05-31 |
Mucosal Single-Cell Profiling of Crohn's-Like Disease of the Pouch Reveals Unique Pathogenesis and Therapeutic Targets
2024-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.025
PMID:39084267
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示贮袋克罗恩样病的独特发病机制和治疗靶点 | 首次利用单细胞RNA测序和质谱流式技术对贮袋克罗恩样病患者黏膜细胞进行全面分析,发现其内质网应激升高可能是新型诊断标志物和治疗靶点 | 研究样本量有限(50例),且主要基于横断面分析,缺乏纵向动态观察 | 探究溃疡性结肠炎患者术后贮袋克罗恩样病的病理生理机制 | 贮袋克罗恩样病患者、正常贮袋患者、贮袋炎患者及家族性腺瘤性息肉病患者的黏膜细胞 | 单细胞分析 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、质谱流式技术、免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据、质谱流式数据 | 50例患者(包括正常和CDP组):其中部分样本进行单细胞RNA测序,部分进行质谱流式分析 | 10x Genomics, Fluidigm | 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | 10x Chromium, CyTOF | 10x Chromium Single Cell 3'试剂盒用于单细胞RNA测序;质谱流式技术使用CyTOF平台 |
| 160 | 2026-05-31 |
Identification of Key Genes in Fetal Gut Development at Single-Cell Level by Exploiting Machine Learning Techniques
2024-12, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400104
PMID:39324223
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研究论文 | 利用机器学习技术对单细胞测序数据进行分析,识别胎儿肠道发育过程中的关键基因 | 采用了增量特征选择方法结合四种特征排序算法,从大规模单细胞数据中提取关键基因和分类规则,构建高效分类器 | 未提及明确的局限性 | 通过机器学习技术增强对胎儿肠道发育的理解 | 胎儿肠道发育过程中的细胞,包括结肠、十二指肠和回肠的上皮、免疫、间充质和血管细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 62,849个样本,每个样本有33,694个基因特征 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |