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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-06-17 |
To be or not to be - Decoding the Trabecular Meshwork Cell Identity
2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.591346
PMID:38746421
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序对比原代人小梁网细胞培养物与组织,解码小梁网细胞身份 | 首次采用单细胞RNA测序方法比较原代hTM细胞培养物与组织中的细胞身份和可翻译性 | 未明确说明局限性 | 揭示原代hTM细胞培养物与组织之间的细胞身份差异及其可翻译性 | 原代人小梁网细胞培养物和小梁网组织 | 单细胞转录组学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14个原代hTM样本,包括4个来自青光眼患者的样本,传代1-4次 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 142 | 2026-06-17 |
Opto-combinatorial indexing enables high-content transcriptomics by linking cell images and transcriptomes
2024-04-16, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d3lc00866e
PMID:38506394
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研究论文 | 提出一种结合光学索引与单细胞转录组学的综合分析方法,通过细胞与水凝胶珠的光学索引组合实现细胞图像与转录组的链接 | 引入光学组合索引实现高通量成像与单细胞RNA测序的直接关联,无需复杂设备即可进行多路化学转录组学分析 | 未提及方法在异质性组织样本中的适用性或大规模验证的局限性 | 开发一种整合细胞图像与单细胞转录组数据的简单方法,用于揭示细胞表型与基因表达的关系 | 混合物种实验细胞、经电穿孔和脂质体转染标记的细胞、紫杉醇处理的HeLa细胞 | 计算机视觉 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 未明确说明样本数量,涉及混合物种实验和HeLa细胞多浓度处理 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 下一代测序平台用于DNA分子条形码测序 |
| 143 | 2026-06-17 |
Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma
2024-Mar-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3997426/v1
PMID:38496447
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组和功能实验,研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康与恶性黏膜上皮中的表达,揭示分化信号通过GRHL3诱导APOBEC3A表达及其在鳞状细胞癌中的突变机制 | 首次发现APOBEC3A主要在终末分化细胞中表达,需GRHL3调控;在鳞状细胞癌中,APOBEC3A表达扩展到DNA复制的细胞亚群,与APOBEC3B在增殖细胞中的表达共同驱动突变 | 未提供具体局限性信息 | 阐明APOBEC3A和APOBEC3B在正常组织和鳞状细胞癌中的表达模式及调控机制 | 健康与恶性黏膜上皮组织中的角质形成细胞及鳞状细胞癌细胞 | 数字病理学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 144 | 2026-06-17 |
Empagliflozin attenuates inflammation levels in autoimmune myocarditis through the STAT3 pathway and macrophage phenotype transformation
2024-03, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.02.006
PMID:38354482
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研究论文 | 探究恩格列净通过STAT3通路和巨噬细胞表型转化减轻自身免疫性心肌炎炎症水平的作用及机制 | 首次揭示SGLT-2抑制剂恩格列净通过STAT3通路调节巨噬细胞M2表型转化从而减轻自身免疫性心肌炎炎症 | NA | 研究SGLT-2抑制剂恩格列净对自身免疫性心肌炎的抗炎作用及其分子机制 | 实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型及巨噬细胞 | 机器学习和数字病理学 | 自身免疫性心肌炎 | 单细胞测序、Western blot、ELISA、免疫荧光染色、逆转录聚合酶链反应 | NA | 基因表达数据、图像数据 | EAM小鼠模型(具体数量未提及)及单细胞测序数据(第0天和第21天) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | Genomic Spatial Event 142564数据集 |
| 145 | 2026-06-17 |
The activator protein-1 complex governs a vascular degenerative transcriptional programme in smooth muscle cells to trigger aortic dissection and rupture
2024-01-27, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehad534
PMID:37992083
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了激活蛋白-1复合物在平滑肌细胞中调控血管退行性转录程序,从而引发主动脉夹层和破裂的机制 | 首次在单细胞水平系统描绘主动脉夹层进展中平滑肌细胞表型转化的时间动态特征,并鉴定了肿瘤坏死因子-氧化磷酸化-AP-1轴作为潜在治疗靶点 | 基于横截面数据而非纵向追踪,且样本量有限,动物模型结果向临床转化仍需验证 | 阐明主动脉夹层发病过程中平滑肌细胞表型转化的分子机制及潜在干预策略 | Stanford A型主动脉夹层患者升主动脉组织及β-氨基丙腈单富马酸盐诱导的主动脉夹层动物模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9例主动脉夹层患者和5例心脏移植对照者的升主动脉组织样本,共93,397个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 146 | 2026-06-17 |
Research progress in isolation and identification of rumen probiotics
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1411482
PMID:38836057
|
综述 | 综述了瘤胃益生菌分离与鉴定的研究进展 | 介绍了基于液滴的高通量细胞培养和单细胞测序技术以及培养组学技术在瘤胃益生菌开发中的潜力 | 未详细讨论各技术的具体实验操作步骤和实际应用中的挑战 | 为瘤胃微生物学研究提供技术参考以推动该领域发展 | 瘤胃益生菌 | 数字病理学 | NA | 培养组学,单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 147 | 2026-06-17 |
Ribogenesis boosts controlled by HEATR1-MYC interplay promote transition into brain tumour growth
2024-01, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-023-00017-1
PMID:38225354
|
研究论文 | 揭示脑肿瘤起始细胞在肿瘤生长过渡期由HEATR1-MYC相互作用驱动的核糖体生成增强机制 | 首次发现HEATR1在肿瘤启动前促进核糖体生成,并通过与MYC结合调控其核仁定位,为脑肿瘤早期发生提供新机制 | 基于果蝇模型,人类肿瘤样本验证有限,且未深入探讨HEATR1-MYC互作在肿瘤微环境中的具体调控细节 | 阐明脑肿瘤起始细胞在肿瘤发生早期的分子事件及核糖体生成调控机制 | 果蝇脑肿瘤起始细胞、胶质瘤患者样本、患者来源的胶质母细胞瘤干细胞 | 分子生物学 | 脑肿瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、果蝇模型数据 | 果蝇脑肿瘤模型及胶质瘤患者样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium 单细胞3'测序,Illumina NovaSeq 测序平台 |
| 148 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptional profiling reveals aberrant gene expression patterns and cell states in autoimmune diseases
2024-01, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2023.12.010
PMID:38159454
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病中异常的基因表达模式和细胞状态 | 首次在单细胞水平上比较三种自身免疫性疾病(MS、pSS、SLE)患者与健康对照的PBMC转录组,揭示共享的免疫细胞亚群变化和信号通路差异 | NA | 探索自身免疫性疾病在单细胞层面的细胞类型和状态,以理解发病机制和治疗靶点 | 17名初治患者(5名MS、5名pSS、7名SLE)和10名健康对照的外周血单核细胞(PBMC) | 转录组学 | 多发性硬化症、原发性干燥综合征、系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 153550个细胞,来自17名患者和10名健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2026-06-17 |
CD168+ macrophages promote hepatocellular carcinoma tumor stemness and progression through TOP2A/β-catenin/YAP1 axis
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106862
PMID:37275516
|
研究论文 | 通过单细胞RNA-seq分析,发现CD168+巨噬细胞通过TOP2A/β-catenin/YAP1轴促进肝癌干细胞特性与肿瘤进展 | 首次揭示CD168+巨噬细胞通过TOP2A竞争性结合β-catenin,解除其与YAP1的结合,从而促进肝癌干细胞特性与空间异质性 | NA | 探索肝癌干细胞样细胞的起源及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肿瘤干细胞特性和进展中作用 | 肝细胞癌中的癌症干细胞样细胞和M2样巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞测序平台,10x Visium空间转录组学平台 |
| 150 | 2026-06-17 |
Combined protein and transcript single-cell RNA sequencing in human peripheral blood mononuclear cells
2022-09-01, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-022-01382-4
PMID:36045343
|
研究论文 | 开发了结合蛋白质(40种抗体)和转录本的单细胞RNA测序方法,应用于人外周血单核细胞 | 首次在PBMC中结合蛋白质和转录本进行单细胞RNA测序,提高了细胞亚群的分辨率,优于传统流式细胞术、质谱流式或仅转录本测序 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量较小(31名参与者)或技术复杂性 | 开发结合蛋白质和转录本的单细胞RNA测序方法,用于临床研究中外周血单核细胞的疾病相关变化评估 | 人外周血单核细胞(PBMCs),来自31名参与女性跨机构HIV研究(WIHS)的样本 | 自然语言处理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,蛋白质检测 | NA | 单细胞转录组和蛋白质数据 | 31名参与者,41,611个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3',结合40种抗体 |
| 151 | 2026-06-16 |
Ligand-based directed differentiation to produce granulosa-like cells expressing steroidogenic enzyme genes
2026-Aug, Stem cell research
IF:0.8Q4
DOI:10.1016/j.scr.2026.103978
PMID:41966789
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研究论文 | 报道一种基于配体的快速分化方案,将人类诱导多能干细胞分化为表达类固醇生成酶基因的颗粒样细胞 | 提出5天快速分化方案,通过配体诱导实现hiPSC向颗粒样细胞分化,并利用单细胞RNA测序鉴定细胞标志物和新基因 | HSD17B1表达水平低,表明产生的是未成熟颗粒细胞表型 | 生成颗粒样细胞以模拟人类性腺发育和测试药物对卵巢的影响 | 人类诱导多能干细胞(hiPSCs) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2026-06-16 |
Single-cell transcriptomic analysis unveils dysregulated macrophage-podocyte crosstalk in membranous nephropathy
2026 Aug-Sep, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2026.106958
PMID:42025748
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示膜性肾病中巨噬细胞-足细胞相互作用的失调 | 整合小鼠膜性肾病模型与单细胞RNA测序,首次详细描绘肾细胞图谱并发现致病性巨噬细胞-足细胞轴的双重失衡(Spp1-整合素信号增益与胶原IV稳态信号丧失) | 基于小鼠模型,结果可能需要人体样本验证;单细胞测序样本量有限可能影响细胞类型比例的全面性 | 阐明膜性肾病的细胞驱动机制,特别是巨噬细胞与足细胞的相互作用 | 阳离子化牛血清白蛋白诱导的膜性肾病小鼠模型中的肾细胞 | 机器学习 | 膜性肾病 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析、差异表达分析、通路富集分析、细胞通信推断 | 单细胞转录组数据 | cBSA诱导的MN小鼠模型(具体样本数未指明) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2026-06-16 |
Targeting keratin 6 A overcomes gemcitabine resistance by restoring equilibrative nucleoside transporter 1 and TAM-mediated metabolic compensation in pancreatic cancer
2026-Jul, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2026.101404
PMID:42013581
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研究论文 | 本研究发现角蛋白6A通过抑制ENT1介导的药物摄取和促进MIF-CD74/CD44轴驱动的TAM-M2极化及胞苷富集微环境,驱动胰腺癌吉西他滨耐药,并开发了靶向递送siKRT6A的脂质纳米载体以恢复化疗敏感性 | 首次揭示KRT6A通过调控ENT1和TAM介导的代谢补偿双重机制驱动吉西他滨耐药,并开发了cRGD修饰的脂质纳米载体实现肿瘤靶向siRNA递送 | TAM-M2或胞苷的拯救实验仅部分逆转抗肿瘤效果,提示可能存在其他耐药机制;临床样本量较小(n=90) | 鉴定胰腺癌吉西他滨耐药的关键驱动因子并开发靶向增敏策略 | 吉西他滨耐药胰腺癌细胞、胰腺癌患者组织样本(含90例吉西他滨治疗队列)、异种移植模型小鼠 | 机器学习 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞转录组学,RT-qPCR,组织芯片分析,多组学分析 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,单细胞转录组数据 | 90例吉西他滨治疗患者组织样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2026-06-16 |
Identification of PSMA4 as a Therapeutic Target for Atherosclerosis: A Comprehensive Multiomics Mendelian Randomization Analysis
2026-Jul, Annals of human genetics
IF:1.0Q4
DOI:10.1111/ahg.70039
PMID:42032825
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研究论文 | 通过综合多组学孟德尔随机化分析,发现PSMA4作为动脉粥样硬化的潜在治疗靶点 | 首次利用整合多组学孟德尔随机化框架鉴定PSMA4为动脉粥样硬化的因果治疗靶点,并验证其遗传因果关系和药物重定位潜力 | 未提及具体局限性 | 鉴定新型、基因支持的动脉粥样硬化治疗靶点,促进有效药物开发 | 动脉粥样硬化患者样本及三个独立队列的血液顺式表达定量性状位点数据 | 机器学习和生物信息学 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化、全基因组关联研究、顺式表达定量性状位点分析、共定位分析、连锁不平衡分数回归、顺式甲基化定量性状位点、顺式剪接定量性状位点、全表型组关联研究、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、甲基化数据、剪接数据、单细胞RNA测序数据 | 多个独立队列样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2026-06-16 |
Sonodynamic Therapy Attenuates TLR4/NF-κB Signaling in Epicardial Adipose Tissue of Atrial Fibrillation: Insights From Animal Models, scRNA-seq, and Mendelian Randomization
2026-Jun-01, Journal of cardiovascular pharmacology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/FJC.0000000000001825
PMID:41955609
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研究论文 | 本研究通过动物模型、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,探讨了声动力疗法通过调节TLR4/NF-κB信号通路减轻心房颤动患者心外膜脂肪组织炎症的机制 | 首次将声动力疗法用于靶向心外膜脂肪组织炎症以治疗心房颤动,并结合单细胞测序和孟德尔随机化验证关键靶基因CXCL8与AF风险的因果关系 | NA | 探究声动力疗法通过减少巨噬细胞介导的心外膜脂肪组织炎症来缓解心房颤动的效果及临床转化潜力 | 兔心房颤动模型的心外膜脂肪组织以及人类心外膜脂肪和右心耳组织 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 兔模型(伪手术组、起搏组和声动力治疗组)及人类心外膜脂肪组织和右心耳样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 156 | 2026-06-16 |
Integrating Radiomics and Computational Pathology to Predict Early Recurrence of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Uncover Its Biological Basis in Tumor Microenvironment
2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202523985
PMID:41969272
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研究论文 | 结合影像组学与计算病理学预测胰腺导管腺癌早期复发并揭示其肿瘤微环境中的生物学基础 | 首次整合术前CT影像组学特征与全切片图像计算病理学特征,结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,构建用于预测胰腺导管腺癌术后早期复发的高性能模型,并阐明细胞外基质重塑作为关键生物学机制 | 回顾性研究设计可能存在选择偏倚,且样本量有限(共225例),外部验证的种族多样性不足 | 开发并验证整合影像-病理模型用于预测胰腺导管腺癌术后早期复发,并揭示其潜在的生物学机制 | 225例行R0切除术的胰腺导管腺癌患者的术前CT图像和全切片图像 | 计算机视觉、计算病理学、机器学习 | 胰腺癌 | 影像组学、计算病理学、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学 | 11种不同的机器学习模型(具体名称未详述) | 图像(CT图像和全切片图像)、转录组数据(单细胞RNA测序和空间转录组学数据) | 225例胰腺导管腺癌患者(回顾性队列) | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 157 | 2026-06-16 |
Single-cell transcriptomics and machine learning identify RNF144B and C5AR1 as immune-related molecular signatures and therapeutic targets in myocardial infarction
2026-Jun, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-026-01753-z
PMID:41984330
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research paper | 结合单细胞转录组学与机器学习,鉴定了心肌梗死中RNF144B和C5AR1作为免疫相关分子标志物及治疗靶点 | 通过整合多个转录组数据集与机器学习方法,识别出13个关键基因特征,并利用单细胞数据揭示髓系细胞在心肌梗死发病中的突出作用,以及分子对接预测CCX168为潜在靶向药物 | 转录组数据整合可能受批次效应影响,且动物模型验证结果向临床转化仍需更多验证 | 识别心肌梗死的关键调控基因,阐明其作用机制,并促进诊断和治疗应用 | 心肌梗死患者及小鼠模型的转录组数据和单细胞数据 | machine learning | cardiovascular disease | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 多个转录组数据集及11种心脏细胞类型,小鼠模型 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2026-06-16 |
DGAE: Dynamic Graph Convolutional Network for Multi-Slice Spatial Transcriptomics Alignment and Enhancement
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3682296
PMID:41950130
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研究论文 | 提出基于动态图卷积网络的多切片空间转录组学对齐与增强框架DGAE | 首次将动态图卷积神经网络用于多切片空间转录组学数据对齐和增强,通过K近邻和r半径构建混合图实现跨切片信息融合 | 未明确说明,但动态图结构可能增加计算复杂度和对超参数的敏感性 | 开发一种多切片空间转录组学数据对齐与增强的统一框架 | 多切片空间转录组学数据及其空间分布模式 | 机器学 | NA | 空间转录组学 | 动态图卷积神经网络 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 159 | 2026-06-16 |
The crosstalk between epigenetics and metabolism in the malignant cell
2026-Apr-27, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05082-1
PMID:42043678
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2026-06-16 |
Single-cell profiling reveals distinct populations of tumor-associated macrophages and metastatic tumor cells in breast cancer brain metastasis
2026-Apr-25, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08807-w
PMID:42034645
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析乳腺癌脑转移的肿瘤免疫微环境,鉴定与脑转移进展相关的候选调节因子 | 首次在单细胞分辨率下全面解析乳腺癌脑转移中肿瘤相关巨噬细胞和转移性肿瘤细胞的异质性,并发现GABRB3和NRXN1基因突变与患者生存率降低相关 | 样本量较小(7例患者用于单细胞测序,47例用于批量DNA测序),且功能实验仅基于异种移植模型 | 阐明乳腺癌脑转移的分子机制,识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌脑转移患者、异种移植小鼠模型 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、批量DNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 7例患者的脑转移组织、邻近肿瘤组织、脑脊液和循环肿瘤细胞;47例患者的原发乳腺肿瘤、外周血和脑转移组织;共131,880个单细胞 | Illumina | 单细胞RNA测序、批量DNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |