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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-05-02 |
Targeting Liver Epsins Ameliorates Dyslipidemia in Atherosclerosis through Inhibition of Proprotein Convertase Subtilisin/Kexin Type 9-Mediated Low-density Lipoprotein Receptor Degradation
2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609742
PMID:39253478
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研究论文 | 通过抑制PCSK9介导的低密度脂蛋白受体降解,靶向肝脏Epsins可改善动脉粥样硬化中的血脂异常 | 首次揭示肝脏Epsins通过其泛素相互作用基序(UIM)与LDLR结合,促进PCSK9介导的LDLR降解,从而加剧动脉粥样硬化,并提出了靶向Epsins的纳米颗粒siRNA疗法 | 主要基于小鼠模型,未在人体中验证疗效;长期安全性和副作用需进一步研究 | 探究肝脏Epsins是否及如何通过调节PCSK9介导的LDLR内吞和降解,影响LDL-C清除和动脉粥样硬化进程 | 肝脏特异性Epsin敲除的动脉粥样硬化小鼠模型(ApoE-/-和PCSK9-AAV8诱导) | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型:ApoE-/-和PCSK9-AAV8诱导的肝脏特异性Epsin敲除小鼠,西方饮食喂养 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 142 | 2026-05-02 |
Simulating paired and longitudinal single-cell RNA sequencing data with rescueSim
2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf442
PMID:40811017
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研究论文 | 介绍一种模拟配对和纵向单细胞RNA测序数据的新方法rescueSim | 首次在gamma-Poisson框架中引入样本间和受试者间变异性,实现对配对/纵向scRNA-seq数据的模拟 | 未提及具体局限性 | 开发一种能够模拟配对/纵向scRNA-seq数据的方法,支持研究规划和功效分析 | 单细胞RNA测序数据中的时间依赖性转录组变化 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq模拟 | gamma-Poisson框架 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 143 | 2026-05-02 |
Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs
2025-07-15, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205
PMID:40209410
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序探索孕期氟氯氰菊酯暴露对子代神经发育毒性的影响,揭示神经干细胞命运决定的关键作用 | 首次构建了孕期氟氯氰菊酯暴露后子代大脑海马区的单细胞图谱,并通过体内外实验验证了神经干细胞分化方向、增殖和凋亡水平改变是毒性主因 | NA | 阐明孕期氟氯氰菊酯暴露导致子代神经发育毒性的机制 | 不同年龄段的子代大鼠(新生儿、幼年等)及其海马组织 | 机器学习 | 神经发育毒性 | 单细胞RNA测序、差异表达分析、细胞间通讯分析、拟时序分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 新生儿大鼠海马组织样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2026-05-02 |
Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid
2025-Jun-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf600
PMID:40598893
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研究论文 | 本研究开发了一种脂质-siRNA偶联物(L2-siRNA),注入脑脊液后可有效运输至大脑,实现区域性和细胞类型依赖的基因沉默 | 首次详细阐述了脂质-siRNA偶联物在脑脊液到大脑转运中的特性,展示了单次注射后长达5个月的持续基因沉默效果,并通过单细胞RNA测序构建了细胞类型特异性敲除图谱 | 未提供 | 阐明脂质-siRNA偶联物通过脑脊液给药后的大脑运输途径和细胞类型依赖性基因沉默机制 | 小鼠和大鼠的大脑组织及细胞 | 机器学习 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序 | 未提供 | 测序数据 | 小鼠和大鼠样本 | 未提供 | 单细胞RNA测序 | 未提供 | 未提供 |
| 145 | 2026-05-02 |
Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary
2025-Jun, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003193
PMID:40554460
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学,构建小鼠卵巢排卵过程中的时空图谱,揭示卵巢细胞类型的时间依赖性转录状态和空间分布 | 首次在单细胞分辨率下详细描述排卵的精确时间窗口,并结合空间转录组学提供细胞类型的空间定位信息,同时发现新的配体-受体互作对 | 该研究仅基于小鼠模型,人类排卵机制可能存在差异,且细胞互作分析需进一步验证 | 揭示小鼠卵巢排卵过程中细胞类型的时空动态变化及其调控机制 | 小鼠卵巢细胞(包括卵母细胞、颗粒细胞、基质细胞等) | 数字病理学 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 多个时间点的小鼠卵巢配对样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 146 | 2026-05-02 |
scRNA-seq and scATAC-seq reveal that Sertoli cell mediates spermatogenesis disorders through stage-specific communications in non-obstructive azoospermia
2025-05-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97958
PMID:40371706
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示支持细胞通过阶段特异性通讯介导非阻塞性无精子症的生殖障碍 | 首次在非阻塞性无精子症中鉴定出三种新型支持细胞亚型表型(SC4/未成熟、SC7/成熟、SC8/进一步成熟),并发现生殖细胞亚型与支持细胞亚型之间的阶段特异性匹配交互模式,由Notch1/2/3信号通路调控 | NA | 探究非阻塞性无精子症中生殖障碍的细胞类型特异性异常机制 | 阻塞性无精子症和非阻塞性无精子症患者的睾丸组织 | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 147 | 2026-05-02 |
Murine Aortic Valve Cell Heterogeneity at Birth
2025-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322280
PMID:40079140
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析出生后第1天小鼠主动脉瓣的细胞异质性 | 发现了出生后第1天特有的新型瓣膜内皮细胞亚群和三种此前未被认识的瓣膜间质细胞亚群(原始型、重塑型和生物活性型),并通过谱系追踪揭示了原始瓣膜间质细胞亚群在出生后成熟过程中的时空轨迹 | 未明确说明研究局限性 | 探索出生后成熟过程中瓣膜结构-功能关系建立机制 | 出生后第1天小鼠主动脉瓣结构 | 单细胞组学 | 心脏病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠主动脉瓣结构样本,具体数量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2026-05-02 |
Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury
2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202401475R
PMID:40270323
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研究论文 | 本研究探讨了脂氧素A4/FPR2信号通过NRF2依赖通路减轻肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用 | 首次揭示脂氧素A4通过FPR2/NRF2通路特异性抑制肺泡上皮细胞铁死亡,从而保护肺移植后缺血再灌注损伤的分子机制 | 主要基于小鼠模型和体外细胞实验,临床验证尚有限;未深入探讨FPR2下游其他潜在信号通路 | 阐明脂氧素A4在肺缺血再灌注损伤中通过NRF2依赖途径抑制铁死亡的保护机制 | 肺移植患者术后肺组织、C57BL/6小鼠(野生型、Fpr2敲除、Nrf2敲除)、肺泡II型上皮细胞(ATII) | 分子生物学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、脂质组学数据 | 肺移植患者样本(具体数量未说明)、小鼠(野生型、Fpr2敲除、Nrf2敲除)、体外ATII细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2026-05-02 |
Impdh1 was identified as a key protein promotes diabetic vasculopathy by intervention of vascular endothelial cell pyroptosis
2025-03-13, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-025-04604-z
PMID:40082765
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研究论文 | 通过scRNA-seq和bulk RNA-seq分析,鉴定Impdh1为关键蛋白,通过干预血管内皮细胞焦亡促进糖尿病血管病变 | 首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序联合分析,鉴定Impdh1为与糖尿病血管病变相关的焦亡关键分子,并验证其在血管内皮细胞焦亡中的保护作用 | 未明确提及临床验证,且样本来源于小鼠模型和公共数据集,可能不完全代表人体病理过程 | 探索糖尿病血管病变中血管内皮细胞焦亡的分子机制及关键蛋白Impdh1的作用 | 糖尿病小鼠模型及GSE169332数据集中的血管内皮细胞 | 数字病理学 | 糖尿病血管病变 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 实时定量逆转录PCR, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | GSE169332数据集(scRNA-seq数据)及糖尿病小鼠主动脉组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2026-05-02 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
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研究论文 | scBSP是一个快速准确的开源工具,用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征 | 利用稀疏矩阵运算显著提升计算效率和内存使用,能在桌面电脑上10秒内处理超过18万个点的高清空间转录组数据,是当前处理此类数据最快的工具 | 未在文中明确说明局限性 | 开发一种高效计算工具,用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变生物学特征 | 空间组学数据中的空间可变基因和空间可变峰 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 空间转录组学,10x Xenium | NA | 空间组学数据(二维和三维) | 高分辨率空间转录组数据包含19950个基因和181367个点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间原位分析平台 |
| 151 | 2026-05-02 |
Sleeve gastrectomy reveals the plasticity of the human gastric epithelium
2025-Jan-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56135-y
PMID:39833151
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研究论文 | 通过组织学和单细胞RNA测序,发现袖状胃切除术导致人类胃上皮细胞重塑,包括产酸壁细胞和肠嗜铬样细胞亚群的变化 | 首次在单细胞水平揭示袖状胃切除术后人类胃上皮的重塑机制,并建立胃泌素调控胃酸稳态的数学模型 | 本文未明确提及局限性 | 探究袖状胃切除术后胃上皮细胞的适应性重塑机制 | 12名接受袖状胃切除术的女性患者的胃上皮细胞 | 数字病理学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序 | 非线性比例积分控制模型 | 转录组数据 | 12名女性患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2026-05-02 |
Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans
2025-01-08, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae167
PMID:39693264
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综述 | 介绍秀丽隐杆线虫中检测基因表达的多种方法,包括原位检测、批量RNA测序、单细胞RNA测序和高通量蛋白质组学 | 系统总结了近年来线虫基因表达检测技术的新进展,并提供了选择方法和公开资源的实用指导 | 未深入比较各技术的具体性能指标或局限性,可能缺乏对最新前沿技术(如空间转录组学)的覆盖 | 为线虫基因表达检测方法提供综述和选择指南 | 秀丽隐杆线虫 | 自然语言处理 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 原位杂交 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 153 | 2026-05-02 |
Epigenetic control of antigen presentation failure in osteosarcoma: from single-cell chromatin maps to therapeutic strategies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1728091
PMID:41383594
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迷你综述 | 本文综述了骨肉瘤中抗原呈递失败的表观遗传调控机制,并阐述了单细胞染色质图谱如何指导恢复肿瘤抗原可见性的治疗策略 | 通过整合单细胞ATAC-seq与单细胞和空间转录组学,解析了HLA、NLRC5及抗原加工基因的启动子-增强子可及性,区分可逆性抑制与固定病变,并将微环境应激与干扰素能力联系起来 | 尽管有令人鼓舞的临床前证据,但疗效将取决于克隆选择、保持干扰素信号传导的治疗安排以及与先天激动剂和免疫检查点阻断剂的合理组合 | 阐明骨肉瘤中抗原呈递失败的表观遗传机制,并概述单细胞染色质分析如何指导恢复肿瘤抗原可见性的策略 | 骨肉瘤肿瘤免疫生态系统中的恶性克隆、分化状态、髓系细胞和T细胞微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 染色质可及性数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 154 | 2026-05-02 |
Development of a Multilayered Prognostic Model for Wilms' Tumor Based on Characteristic Lymphocyte Genes
2025, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/genr/1964582
PMID:41438620
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研究论文 | 基于特征淋巴细胞基因构建Wilms肿瘤多层预后模型 | 首次整合淋巴细胞基因表达与临床因素建立Wilms肿瘤预后列线图,利用单细胞RNA测序数据识别关键基因 | 未提及 | 开发整合遗传和临床因素的Wilms肿瘤预后列线图,提高评估准确性和临床效用 | Wilms肿瘤患者 | 机器学习 | 肾母细胞瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | Cox回归模型,列线图 | 基因表达数据 | 125名患者(RNA-seq),2437个样本(scRNA-seq) | 未提及 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 未提及 | 未提及 |
| 155 | 2026-05-02 |
Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model
2024-08-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae091
PMID:38809088
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研究论文 | 提出了一个基于细胞谱系的模型,模拟侧枝形成过程中体细胞表观遗传漂变对分生组织表观遗传多样性的影响 | 首次将体细胞表观遗传漂变与侧枝形成的脱离子叶模型结合,预测了茎尖分生组织DNA甲基化异质性在发育过程中收敛于非零状态 | 模型假设自由细胞独立性最大化,可能简化了不同物种或环境条件下的实际分支过程复杂性 | 探索侧枝形成过程中体细胞表观遗传漂变的动态及其对分生组织表观遗传变异的影响 | 植物茎尖分生组织和腋芽前体细胞 | 机器学习 | NA | NA | 细胞谱系模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 156 | 2026-05-02 |
scRNA-seq reveals that origin recognition complex subunit 6 regulates mouse spermatogonial cell proliferation and apoptosis via activation of Wnt/β-catenin signaling
2024-01-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202330
PMID:37788012
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现ORC6通过激活Wnt/β-catenin信号调控小鼠精原细胞增殖与凋亡 | 首次揭示ORC6在精原细胞中上调并通过Wnt/β-catenin信号通路调控精原细胞增殖与凋亡 | 研究仅限于小鼠C18-4细胞系,需在体内实验进一步验证 | 探究ORC6基因在精原细胞增殖和凋亡中的作用机制 | 小鼠睾丸精原细胞及C18-4细胞系 | 单细胞转录组学 | 生殖相关疾病 | scRNA-seq, 西方印迹, 免疫荧光, EdU, TUNEL, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 细胞系实验数据 | 小鼠睾丸组织样本及C18-4细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 157 | 2026-05-02 |
Identification and Validation of Cytotoxicity-Related Features to Predict Prognostic and Immunotherapy Response in Patients with Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2024, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/2024/3468209
PMID:39247556
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研究论文 | 基于细胞毒性相关特征构建并验证透明细胞肾细胞癌患者预后及免疫治疗反应预测模型 | 首次利用单细胞RNA测序数据鉴定细胞毒性相关T细胞簇,并基于此构建预后风险模型,结合免疫浸润分析评估免疫治疗反应 | 仅依赖公共数据集GSE224630,缺乏独立外部验证队列;模型临床转化需进一步前瞻性研究验证 | 开发基于细胞毒性相关特征的预后模型,指导ccRCC患者免疫治疗决策 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者 | 机器学习和数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因共表达网络分析(WGCNA)、免疫浸润分析(CIBERSORT、MCP-counter、TIMER) | Cox比例风险模型、列线图 | 单细胞转录组数据和批量转录组数据 | GSE224630数据集中的ccRCC样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2026-05-02 |
Vimentin promotes glioma progression and maintains glioma cell resistance to oxidative phosphorylation inhibition
2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00844-3
PMID:37646965
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研究论文 | 本研究揭示了波形蛋白在胶质瘤进展中的作用及其维持肿瘤细胞对氧化磷酸化抑制耐药性的机制 | 首次系统阐明VIM在胶质瘤中通过调节氧化磷酸化抑制敏感性影响肿瘤进展和免疫浸润,并提出联合靶向VIM的免疫治疗新策略 | 未提及临床样本验证及具体分子机制的深入探讨 | 探究VIM在胶质瘤进展及氧化磷酸化抑制敏感性中的作用,为胶质瘤治疗提供潜在靶点 | 胶质瘤细胞及公共数据库中的胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA测序, 单细胞测序 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 甲基化数据 | 基于TCGA、HPA、CGGA等多个公共数据库的胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2026-05-02 |
TGF-β-p-STAT1-LAIR2 axis has a "self-rescue" role for exhausted CD8+ T cells in hepatocellular carcinoma
2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00830-9
PMID:37223874
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研究论文 | 本研究揭示了TGF-β在肝细胞癌中通过TGF-β-p-STAT1-LAIR2轴对耗竭CD8+ T细胞产生“自我救援”作用 | 首次发现TGF-β在诱导CD8+ T细胞耗竭的同时,通过TGF-β-p-STAT1-LAIR2轴启动细胞内在的抗耗竭机制,即“自我救援” | “自我救援”行为对TGF-β刺激具有时间和剂量限制,易被更强的抑制信号掩盖 | 研究TGF-β对肝细胞癌浸润CD8+ T细胞功能的调控效应及分子机制 | 肝细胞癌中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 流式细胞术, 质谱流式细胞术, 免疫组织化学, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因实验 | NA | 图像, 文本, 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2026-05-02 |
MTHFD2 ablation in T cells protects against heart transplant rejection by perturbing IRF4/PD-1 pathway through the metabolic-epigenetic nexus
2023-11, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2023.07.009
PMID:37495036
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研究论文 | 揭示MTHFD2在T细胞中通过代谢-表观遗传学影响IRF4/PD-1通路从而保护心脏移植免受排斥的机制 | 首次发现一碳代谢酶MTHFD2作为同种反应T细胞的代谢检查点,通过H3K4me3介导的代谢-表观遗传学机制影响IRF4/PD-1通路,并提出其作为心脏移植排斥治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型,且未深入探讨MTHFD2在其他免疫细胞中的作用或其长期治疗效果 | 研究一碳代谢酶MTHFD2在心脏移植排斥中的作用及其机制,评估其作为治疗靶点的可能性 | 人类和鼠类心脏移植受体的心脏组织、T细胞特异性Mthfd2基因敲除小鼠、人源化皮肤移植模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、酶联免疫斑点法、切割靶点与标记法 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、单细胞转录组数据 | 人类和鼠类心脏移植受体心脏组织,小鼠T细胞特异性Mthfd2基因敲除模型,人源化皮肤移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |