单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-13	Unraveling enhanced liver regeneration in ALPPS: Integrating multi-omics profiling and in vivo CRISPR in mouse models 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000630 PMID:40048448	research paper	该研究通过建立小鼠模型，结合多组学分析和CRISPR基因编辑技术，探讨了ALPPS手术在促进肝脏再生中的机制	首次整合RNA-seq、microRNA-seq和scRNA-seq分析，结合CRISPR-cas9基因编辑技术，揭示了ALPPS促进肝脏再生的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究ALPPS手术促进肝脏再生的分子机制	小鼠肝脏组织	分子生物学	肝脏疾病	RNA-seq, microRNA-seq, scRNA-seq, CRISPR-cas9	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
142	2025-05-13	Integrated Analysis to Reveal Heterogeneity of Tumor-Associated Neutrophils in Glioma 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70745 PMID:40052358	研究论文	本研究通过整合分析揭示了胶质瘤中肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的异质性，并开发了一个预后模型	首次系统性地研究了TANs在胶质瘤中的异质性及其作用，并构建了一个基于7个基因的风险评分模型	研究主要基于RNA-seq数据，缺乏蛋白质水平的验证，且体外实验仅验证了UGCG的功能	探究TANs在胶质瘤中的异质性及其作用，并开发预后模型	胶质瘤中的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, IHC, CCK8, EdU, Transwell, TUNEL	风险评分模型	RNA-seq数据	四个独立数据集中的胶质瘤样本
143	2025-05-13	Prognostic and Therapeutic Significance of Cancer-Associated Fibroblasts Genes in Osteosarcoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70424 PMID:40045162	research paper	该研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了癌症相关成纤维细胞基因在骨肉瘤中的预后和治疗意义	构建了一个基于11个CAF相关基因的风险特征模型，用于预测骨肉瘤患者的预后并指导治疗策略	研究样本量较小，仅包含6名骨肉瘤患者和46,544个细胞	发现新的风险模型以更准确地预测和改善骨肉瘤患者的预后	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的细胞	digital pathology	osteosarcoma	scRNA-seq, bulk RNA-seq, microarray	Lasso-Cox regression	RNA sequencing data	6名骨肉瘤患者和46,544个细胞
144	2025-05-13	Integrated Single-Cell Transcriptome and eQTL Analyses Reveal the Role of PZP in Aging and Chronic Kidney Disease 2025-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.70015 PMID:40058366	研究论文	该研究通过单细胞转录组和eQTL分析，探讨了PZP在衰老和慢性肾病中的作用	揭示了PZP作为衰老和慢性肾病进展的关键遗传因素，及其在代谢重编程和细胞间通讯中的作用	研究样本来源有限，仅包括年轻对照组、老年个体和慢性肾病患者	探索衰老与慢性肾病之间的遗传机制	CD8+中央记忆T细胞及其相关基因表达	基因组学	慢性肾病	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化分析	NA	RNA测序数据、基因组数据	来自UK Biobank和FinnGen等基因组队列的数据，具体样本数量未明确说明
145	2025-05-13	Cell type-dependent directional transcription at enhancers 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf007 PMID:40060372	研究论文	研究增强子在单个细胞类型中的单向转录特性及其对增强子检测的影响	发现增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录，而非传统的双向平衡表达	未探讨增强子单向转录偏好性在不同细胞类型间切换的具体分子机制	揭示增强子转录方向性与细胞类型的关系及其对增强子检测方法的影响	增强子及其转录特性	基因组学	NA	FANTOM5深度帽分析基因表达转录组测序、5'单细胞RNA测序、报告基因检测	NA	转录组数据	多个FANTOM5及其他深度转录组数据集
146	2025-05-13	HBx/DTL Positive Feedback Loop Promotes HBV-Related Hepatocellular Carcinoma Progression 2025-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70284 PMID:40062428	研究论文	本研究探讨了HBV相关肝细胞癌（HCC）中HBx/DTL正反馈环路的作用及其机制	揭示了DTL在HBV相关HCC中的过表达及其通过正反馈环路促进癌症进展的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	阐明HBV促进肝细胞癌发展的分子机制	HBV阳性肝细胞癌样本及裸鼠模型	癌症生物学	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot、染色质免疫沉淀-qPCR、Cut&Tag	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本数量，涉及HBV阳性HCC样本及裸鼠模型
147	2025-05-13	Analyze the Diversity and Function of Immune Cells in the Tumor Microenvironment From the Perspective of Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70622 PMID:40062730	综述	本文综述了单细胞RNA测序在肿瘤微环境中免疫细胞多样性和功能研究中的应用及其对个性化治疗的贡献	利用单细胞RNA测序技术揭示免疫细胞的功能异质性，为癌症免疫治疗和个性化治疗提供新途径	尽管前景广阔，但在将单细胞RNA测序完全整合到临床应用方面仍存在挑战	总结肿瘤微环境中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响，以及单细胞RNA测序在理解其功能异质性中的贡献	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
148	2025-05-13	A functional single-cell metabolic survey identifies Elovl1 as a target to enhance CD8+ T cell fitness in solid tumours 2025-Mar, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-025-01233-w PMID:40065102	研究论文	通过CRISPR/Cas9代谢调查和单细胞RNA测序，研究发现Elovl1是增强CD8+ T细胞在实体瘤中适应性的关键代谢靶点	首次通过功能单细胞代谢调查识别Elovl1作为增强CD8+ T细胞在实体瘤中适应性的靶点，并揭示其作用机制	研究主要集中于胰腺癌和黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚需验证	探索通过代谢重编程增强CD8+ T细胞在肿瘤微环境中的适应性和功能	CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌, 黑色素瘤	CRISPR/Cas9筛选, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
149	2025-05-13	Integrated Analysis of WES and scRNA-Seq Data Reveals the Genetic Basis of Immune Dysregulation in Unexplained Recurrent Pregnancy Loss 2025-Mar, Journal of clinical laboratory analysis IF:2.6Q2 DOI:10.1002/jcla.70011 PMID:40066928	研究论文	通过全外显子组测序和单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示不明原因复发性流产(uRPL)中免疫失调的遗传基础	首次整合WES和scRNA-Seq数据，识别与uRPL相关的基因变异及其功能后果，特别是MUC基因、脂质代谢基因和结构基因的变异	样本量较小(仅13名中国uRPL患者)，研究结果可能不具有广泛代表性	阐明不明原因复发性流产(uRPL)的分子机制	13名中国uRPL患者的绒毛膜绒毛样本和蜕膜免疫细胞	基因组学与转录组学	复发性流产	WES(全外显子组测序)和scRNA-Seq(单细胞RNA测序)	NA	基因组数据和转录组数据	13名中国uRPL患者
150	2025-05-13	Spatial and single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblasts dependent immune environment in colorectal cancer 2025 Mar-Apr, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.70012 PMID:40068177	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，分析了结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对免疫微环境的影响	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示成纤维细胞异质性，并鉴定出四个具有显著预后相关性的成纤维细胞相关基因(TRIP6、TIMP1、BGN和CERCAM)	研究主要基于计算分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证	解析结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对肿瘤免疫微环境和预后的影响	结直肠癌组织和相关成纤维细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、CCK8实验、划痕实验、Transwell实验	Seurat、DESeq2、CIBERSORT、xCell、TIDE平台	单细胞转录组数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及结直肠癌患者的单细胞和空间转录组数据
151	2025-05-13	Enhancing single-cell classification accuracy using image conversion and deep learning 2025-Mar, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-213 PMID:40068952	研究论文	本研究提出了一种创新的单细胞分类方法scIC，通过将scRNA-seq数据转换为图像形式并结合深度学习技术，显著提高了细胞分类的准确性	将scRNA-seq数据转换为图像形式，并结合CNN和ResNet等深度学习技术进行细胞分类，显著提高了分类准确率	未提及该方法在处理更大规模或更复杂数据集时的表现	提高单细胞转录组测序数据的分类准确性和可靠性	小鼠皮肤基底细胞、小鼠淋巴细胞、人类神经元细胞和小鼠脊髓细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	CNN, ResNet	图像	四种细胞类型的scRNA-seq数据
152	2025-05-13	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	本研究探讨了PD-L1琥珀酰化在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用	揭示了琥珀酰辅酶A与肿瘤免疫及抗PD-1疗法疗效之间的联系，并发现PD-L1在赖氨酸129位的琥珀酰化导致其降解	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型癌症的适用性尚不明确	探究线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用及其对抗PD-1疗法的影响	黑色素瘤患者及体外和体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学和蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
153	2025-05-13	Spatial transcriptomics in glomerular diseases 2025-Mar-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae556 PMID:40071426	综述	本文综述了空间转录组学技术在肾小球疾病研究中的应用及其潜力	探讨了空间转录组学在自身免疫和炎症性疾病中特定感兴趣区域的研究能力，以及在不同病变和疾病病因间差异表达基因的识别	方法的选择需基于对组织病理学变化的理解，且存在前分析变异和使用探针带来的伪影等限制	研究空间转录组学技术在疾病机制研究中的应用	肾小球疾病，特别是少免疫性局灶坏死性（和新月体性）肾小球肾炎（piFNGN）和巨细胞动脉炎（GCA）	数字病理学	肾小球疾病	空间转录组学，数字空间分析（Digital Spatial Profiling）	NA	RNA和/或蛋白质表达数据	NA
154	2025-05-13	[Efficacy and mechanism of Guizhi Tongluo Tablets in alleviating atherosclerosis by inhibiting CD72hi macrophages] 2025-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20241107.707 PMID:40350913	research paper	本研究探讨了桂枝通络片(GZTL)在小鼠模型中治疗动脉粥样硬化(AS)的效果及其潜在机制	首次揭示了GZTL通过抑制CD72hi巨噬细胞(CD72hi-Mφ)活性缓解AS的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究GZTL治疗AS的药效及分子机制	ApoE敲除小鼠和AS患者	药理学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、酶联免疫吸附试验(ELISA)、实时荧光定量PCR	小鼠AS模型	基因表达数据、血清生化指标、组织病理学图像	ApoE敲除小鼠分组实验(模型组、不同剂量GZTL组、阿托伐他汀组)及对照组C57BL/6J小鼠
155	2025-05-13	stAI: a deep learning-based model for missing gene imputation and cell-type annotation of spatial transcriptomics 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf158 PMID:40057378	research paper	介绍了一种基于深度学习的模型stAI，用于空间转录组学数据的缺失基因填补和细胞类型注释	stAI模型通过联合嵌入scST和参考scRNA-seq数据，利用两个独立的编码器-解码器模块，在潜在空间中以监督方式进行基因填补和细胞类型注释	未明确提及具体局限性	解决单细胞空间转录组学(scST)中全转录组水平表征和细胞类型全面注释的挑战	单细胞空间转录组学(scST)数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, scRNA-seq	deep learning-based model (encoder-decoder)	spatial transcriptomics data, scRNA-seq data	未明确提及具体样本数量
156	2025-05-13	Structure and Function Relationships of Mucociliary Clearance in Human and Rat Airways 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.572054 PMID:38187619	research paper	本研究探讨了人类和大鼠气道中黏液纤毛清除的结构与功能关系	揭示了人类和大鼠在纤毛细胞和分泌细胞分布及纤毛摆动上的物种特异性差异，并建立了评估人类气道功能的通用基准	研究主要依赖于动物模型和实验室培养的细胞，可能无法完全模拟人类气道的复杂性	研究气道结构如何影响黏液纤毛清除功能，以更好地理解相关呼吸系统疾病	人类和大鼠的气道组织	呼吸系统生理学	慢性阻塞性肺疾病(COPD)和哮喘	单细胞转录组学、物理建模	NA	生物组织样本	人类和大鼠的气道组织样本
157	2025-05-13	[Research progress on the mechanistic role and constituents of hepatic macrophages during the occurrence and development of hepatic fibrosis] 2025-Feb-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology DOI:10.3760/cma.j.cn501113-20240103-00006 PMID:40044435	review	本文综述了肝纤维化过程中巨噬细胞的机制作用和组成成分的研究进展	利用单细胞测序技术揭示了肝纤维化发生发展中的新亚型和作用模式	传统抗纤维化治疗的局限性	探讨肝纤维化中巨噬细胞的机制作用和治疗新方向	肝纤维化过程中的巨噬细胞	NA	肝纤维化	单细胞测序技术	NA	NA	NA
158	2025-05-13	[Characterization of protective effects of Jianpi Tongluo Formula on cartilage in knee osteoarthritis from a single cell-spatial heterogeneity perspective] 2025-Feb, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20240902.702 PMID:40350850	研究论文	本研究整合单细胞转录组学和空间转录组学数据挖掘技术，结合动物实验验证，系统表征健脾通络方对膝骨关节炎软骨的保护作用及其分子机制	首次从单细胞-空间异质性角度揭示膝骨关节炎炎症软骨组织的区域和细胞亚群异质性特征及动态变化，并发现NCOA4和HMGB1在调控软骨细胞自噬和炎症反应中的关键作用	研究仅基于大鼠模型和有限临床样本的转录组数据，尚未进行大规模临床验证	阐明健脾通络方对膝骨关节炎软骨保护作用的分子机制	膝骨关节炎患者的软骨组织和大鼠模型	数字病理	骨关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、实时定量PCR、Western blot、免疫组化染色	NA	转录组数据、图像数据	两个公共数据集(GSE254844和GSE255460)和建立的膝骨关节炎大鼠模型
159	2025-05-13	Single-cell RNA-Seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-Seq by genetic and contextual information 2025-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588144 PMID:38617220	research paper	该研究提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离血液污染细胞和不同遗传来源的细胞	开发了Originator这一新计算框架，能够基于遗传和上下文信息有效分离单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞和不同遗传来源的细胞	未提及该工具在超大规模数据集上的性能表现	解决单细胞RNA测序数据中普遍存在的血液污染问题，提高数据分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-Seq	Originator(新型计算框架)	单细胞RNA测序数据	多种人工混合数据集和真实数据集（具体数量未明确说明）
160	2025-05-13	Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf046 PMID:40057978	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术探究了非模式植物鞭毛虫Ochromonas triangulata的代谢异质性和相关微生物组	首次在没有参考基因组的情况下，使用Smart-seq2协议对非模式微真核生物进行单细胞转录组分析，揭示了与不同生长阶段相关的代谢状态和微生物群落	研究仅针对一种特定的非模式微真核生物，结果可能不具有普遍性	探究非模式微真核生物的代谢异质性和微生物组相互作用	Ochromonas triangulata（一种非模式植物鞭毛虫）及其相关细菌群落	单细胞转录组学	NA	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	NA