单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-29	Integrative multi-omics analysis reveals the interaction mechanisms between gut microbiota metabolites and ferroptosis in rheumatoid arthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608262 PMID:40703513	研究论文	本研究采用多组学整合分析方法，结合机器学习算法和单细胞转录组数据，揭示了类风湿性关节炎(RA)中铁死亡关键基因与肠道代谢物的调控关系	首次系统研究了RA中铁死亡基因与肠道代谢物的相互作用机制，并发现GPX3和MYC作为关键调控因子	研究结果需要进一步的体内外实验验证	探索RA中铁死亡与肠道菌群代谢物的调控机制	类风湿性关节炎患者	生物信息学	类风湿性关节炎	多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	LASSO、SVM、RFE-RF	转录组数据、单细胞数据	NA
142	2025-07-29	A novel mast cell marker gene-related prognostic signature to predict prognosis and reveal the immune landscape in head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1538641 PMID:40703522	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于14个肥大细胞标记基因的预后模型，用于预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示其免疫景观	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建预后模型，首次系统评估肥大细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源仅限于公开数据库	预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示其免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，批量RNA测序	Cox回归，LASSO回归	RNA测序数据	来自GSE103322和TCGA数据库的头颈部鳞状细胞癌样本
143	2025-07-29	Identification of lactylation-associated immune and metabolic regulators in bladder cancer via integrated bulk and single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1604758 PMID:40703521	研究论文	本研究通过整合批量转录组和单细胞转录组数据，鉴定了膀胱癌中与乳酸化相关的免疫和代谢调控因子	发现了FASN和RUNX2作为乳酸化相关枢纽基因在膀胱癌中的关键作用，并揭示了非组蛋白乳酸化的潜在功能	研究主要基于转录组数据，需要更多实验验证乳酸化修饰的具体分子机制	探索乳酸代谢重编程和组蛋白乳酸化在膀胱癌进展中的作用机制	膀胱癌细胞系和肿瘤组织	肿瘤代谢	膀胱癌	转录组测序、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	转录组数据	TCGA数据库中的膀胱癌样本及体外培养的膀胱癌细胞系
144	2025-07-29	Multi-Target Synergy Against Acute Lung Injury: Systems Pharmacology Decoding Dahuang-Huangqin Herb Pair's Therapeutic Mechanism 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527378 PMID:40703642	研究论文	本研究通过整合网络药理学和多组学方法，探讨了大黄-黄芩药对治疗急性肺损伤(ALI)的治疗机制	首次结合生物活性化合物筛选、转录组学、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接和体内ALI模型，系统解析了大黄-黄芩药对的多靶点协同作用机制	临床应用需要进一步的药效学优化	揭示大黄-黄芩药对治疗急性肺损伤的多靶点协同作用机制	大黄-黄芩药对的活性成分及其与ALI相关靶点的相互作用	系统药理学	急性肺损伤	网络药理学、多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据、分子对接数据、体内实验数据	207种活性成分和93个治疗靶点
145	2025-07-29	A comprehensive characterization of metabolic signatures-hypoxia, glycolysis, and lactylation-in non-healing diabetic foot ulcers 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1593390 PMID:40703704	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，全面分析了糖尿病足溃疡（DFUs）中的代谢特征，包括缺氧、糖酵解和乳酰化，并鉴定了潜在的诊断和治疗生物标志物	首次在DFUs中系统研究了缺氧、糖酵解和乳酰化的代谢特征，并利用单细胞RNA测序和机器学习方法鉴定了新的生物标志物	研究样本量可能有限，且外部数据集的验证仍需进一步扩大	探究糖尿病足溃疡（DFUs）中代谢失调的机制，并寻找潜在的诊断和治疗靶点	糖尿病足溃疡（DFUs）患者样本	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO、支持向量机（SVM）、随机森林（Random Forest）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
146	2025-07-29	Multi-omics and AI-driven advances in miRNA-mediated hair follicle regulation in cashmere goats 2025, Frontiers in veterinary science IF:2.6Q1 DOI:10.3389/fvets.2025.1635202 PMID:40703926	综述	本文综述了miRNA在调控绒山羊毛囊发育和循环中的作用，以及多组学和AI技术在此领域的应用	整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和多组学方法，结合AI分析，揭示了miRNA在毛囊生物学中的新机制和应用潜力	未提及具体实验样本量或研究的地理局限性	探讨miRNA在绒山羊毛囊发育和纤维性状调控中的作用及其在医学和农业中的应用	绒山羊的毛囊发育和纤维性状	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学整合分析、AI分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据、表观基因组数据	NA
147	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Interaction between CCL19+ Inflammatory Keratinocytes and CCR7+ Dendritic Cells and B Cells in Pemphigus 2024-Oct, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.03.016 PMID:38537931	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
148	2024-09-07	Bridging gaps: a neural network approach for cross-species scRNA-seq analysis in COVID-19 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105324 PMID:39236555	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
149	2025-07-29	Revealing the crucial roles of suppressive immune microenvironment in cardiac myxoma progression 2024-08-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01912-2 PMID:39090109	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了心脏粘液瘤的细胞组成，揭示了其免疫微环境的关键作用	首次定义了心脏粘液瘤细胞群，并发现其与免疫细胞的相互作用对栓塞发生有重要影响	样本量相对有限，且仅基于单中心数据	探究心脏粘液瘤的细胞组成及其与免疫微环境的相互作用	心脏粘液瘤组织和其中的细胞	单细胞组学	心脏粘液瘤	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	75,641个细胞
150	2025-07-29	A Cullin 5-based complex serves as an essential modulator of ORF9b stability in SARS-CoV-2 replication 2024-06-28, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01874-5 PMID:38937432	研究论文	本研究揭示了SARS-CoV-2中ORF9b蛋白通过CUL5-TOM70-HSP90α复合物调控其稳定性的机制，并探讨了HSP90抑制剂对病毒复制的抑制作用	首次发现ORF9b蛋白在K67位点发生泛素化并通过蛋白酶体途径降解，揭示了CUL5-TOM70-HSP90α复合物在调控ORF9b稳定性中的关键作用	研究主要关注ORF9b蛋白的调控机制，未全面探讨其他病毒蛋白的相互作用	阐明SARS-CoV-2中ORF9b蛋白的稳定性调控机制及其在病毒免疫逃逸中的作用	SARS-CoV-2病毒及其突变株（如Delta和Omicron）中的ORF9b蛋白	病毒学	COVID-19	泛素化分析、单细胞测序	NA	蛋白质相互作用数据、单细胞测序数据	COVID-19患者的肺上皮细胞单细胞测序数据
151	2025-07-29	Inhibition of the eukaryotic initiation factor-2α kinase PERK decreases risk of autoimmune diabetes in mice 2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176136 PMID:38889047	研究论文	该研究通过抑制PERK激酶活性，探索预防或延缓自身免疫性1型糖尿病（T1D）发作的策略	发现PERK抑制可逆转应激状态下人类胰岛的mRNA翻译阻滞，并延迟糖尿病发作，减少胰岛炎症，保护β细胞质量	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛体外实验，尚未进行人体临床试验	探索通过靶向PERK激酶预防或延缓1型糖尿病发作的可行性	易患T1D的小鼠模型、人类胰岛和EndoC-βH1人类β细胞	分子医学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、空间蛋白质组学	动物模型（小鼠）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型、人类胰岛和β细胞系
152	2025-07-29	Space-feature measures on meshes for mapping spatial transcriptomics 2024-Apr, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2023.103068 PMID:38176357	研究论文	本文提出了一种称为空间特征度量LDDMM的新算法，用于计算微分同胚空间中的测地线，以整合分子和细胞尺度的空间转录组数据	首次提出空间特征度量LDDMM算法，扩展了LDDMM算法家族，支持空间特征对标记粒子的作用，并推导出转录组数据与标准图谱的跨模态对齐算法	未提及具体样本量或实验验证的详细结果	开发算法以实现分子和细胞尺度空间转录组数据的整合与对齐	小鼠大脑中的空间转录组数据	计算解剖学	NA	MERFISH	LDDMM	空间转录组数据	NA
153	2025-07-29	Comparative single-cell RNA sequencing analysis of immune response to inactivated vaccine and natural SARS-CoV-2 infection 2024-04, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29577 PMID:38572977	研究论文	通过单细胞RNA测序比较分析灭活疫苗与自然SARS-CoV-2感染引起的免疫反应	首次对灭活疫苗和自然感染引起的免疫反应进行单细胞RNA测序比较分析，揭示了不同的免疫反应模式和细胞通讯机制	样本量较小（12名接种疫苗个体和COVID-19患者），仅分析了PBMC样本	比较灭活SARS-CoV-2疫苗和自然感染引起的免疫反应差异	12名接种灭活疫苗个体的PBMC样本与COVID-19患者的PBMC样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	12名接种疫苗个体和若干COVID-19患者的PBMC样本
154	2025-07-29	Immune features revealed by single-cell RNA and single-cell TCR/BCR sequencing in patients with rheumatoid arthritis receiving COVID-19 booster vaccination 2024-04, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29573 PMID:38566569	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞TCR/BCR测序揭示了类风湿关节炎患者在接受COVID-19加强疫苗接种后的免疫特征	首次在类风湿关节炎患者中使用单细胞RNA测序和单细胞TCR/BCR测序技术，全面分析了COVID-19加强疫苗接种后的外周免疫反应和TCR/BCR免疫库特征	样本量较小，仅包括稳定期的类风湿关节炎患者，且仅观察了疫苗接种前后两个时间点的变化	研究COVID-19加强疫苗接种对类风湿关节炎患者免疫细胞亚群及其反应的影响	类风湿关节炎患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞TCR/BCR测序(scTCR/BCR-seq)	NA	单细胞转录组数据, TCR/BCR序列数据	类风湿关节炎患者接种COVID-19加强疫苗前后的配对PBMCs样本
155	2025-07-29	vSPACE: Exploring Virtual Spatial Representation of Articular Chondrocytes at the Single-Cell Level 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.07.577817 PMID:38370845	研究论文	本文介绍了一种名为vSPACE的新方法，用于在2D空间中虚拟展示单细胞RNA测序数据，模拟空间转录组学技术	开发了vSPACE方法，首次在单细胞水平上虚拟展示人类关节软骨细胞的空间分布模式	仅针对健康捐赠者的关节软骨细胞进行研究，未涉及疾病状态或更大样本量	探索单细胞RNA测序数据的虚拟空间表示方法	人类关节软骨细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	6名健康捐赠者的关节软骨细胞
156	2025-07-29	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals endoplasmic reticulum stress-related CAF subpopulations associated with chordoma progression 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad173 PMID:37772937	研究论文	该研究通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了与脊索瘤进展相关的内质网应激相关CAF亚群	首次在脊索瘤中鉴定出表达低氧基因并富集内质网应激功能的CAF亚群，并揭示了其与肿瘤细胞的相互作用及临床意义	样本量相对有限（6个肿瘤样本和3个对照样本用于scRNA-seq），且需要进一步的功能实验验证	解析脊索瘤中CAF的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	脊索瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 多重定量免疫荧光（QIF）	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 免疫荧光图像	6个脊索瘤样本（3原发+3复发）和3个髓核对照样本用于scRNA-seq，126例患者用于bulk RNA-seq分析，105例患者用于QIF验证
157	2025-07-29	Tobacco smoke exposure recruits inflammatory airspace monocytes that establish permissive lung niches for Mycobacterium tuberculosis 2023-12-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg3451 PMID:38055798	research paper	该研究探讨了烟草烟雾如何通过招募炎症性空气单核细胞，为结核分枝杆菌建立有利的肺部微环境	研究发现吸烟者肺部富集未成熟的炎症性单核细胞，这些细胞表现出与慢性阻塞性肺疾病相似的状态，并确定了CD93作为这些单核细胞的标记物	研究主要基于吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞，可能无法完全反映所有吸烟者的肺部情况	揭示吸烟如何增加结核病易感性的机制	吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、功能实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据	当前吸烟者和从未吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞
158	2025-07-29	CGCom: a framework for inferring Cell-cell Communication based on Graph Neural Network 2023-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.10.566642 PMID:38014057	研究论文	介绍了一种基于图神经网络（GNN）的细胞间通讯推断框架CGCom，利用空间转录组学数据、配体-受体信息和下游分子调控信息来预测细胞间通讯	CGCom利用细胞邻近信息和特定细胞对之间的学习，减少假阳性，提高预测准确性	目前仅在鼠胚胎seqFISH数据集上进行了验证，尚未在其他数据集或生物系统中测试	开发一种高精度的细胞间通讯推断方法	鼠胚胎细胞	生物信息学	NA	空间转录组学	GNN	空间转录组数据	鼠胚胎seqFISH数据集
159	2025-07-29	Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus 2023-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2022-223227 PMID:36564153	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人膝关节软骨和半月板组织，发现了一个与骨关节炎相关的衰老细胞群，其主调控因子为ZEB1转录因子	首次在软骨和半月板组织中鉴定出一个共享的致病性衰老细胞群，并确定ZEB1和FAP为其主要调控因子，为骨关节炎治疗提供了新的靶点	样本量相对较小（健康组n=6-7，OA组n=6），且仅针对膝关节组织	探究骨关节炎发病机制并寻找潜在治疗靶点	人膝关节软骨和半月板组织	单细胞组学	骨关节炎	scRNA-seq, 免疫组化, 基因过表达和敲除	NA	单细胞转录组数据	软骨70,972个细胞，半月板78,017个细胞（来自6-7例健康样本和6例OA样本）
160	2025-07-29	Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses 2022-Dec-05, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-022-01064-3 PMID:36464714	research paper	比较半自动与手动封闭系统在人卵母细胞玻璃化冷冻中的效果，包括存活率和转录组分析	首次评估半自动玻璃化冷冻系统在人卵母细胞冷冻中的效率，并通过单细胞RNA-seq技术分析转录组后果	研究中仅发现5个差异表达基因，且未观察到紧密的转录组特征	评估半自动与手动卵母细胞玻璃化冷冻技术的效率及转录组影响	人卵母细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA