单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-06	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-09-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探索二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中中的作用机制及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡（disulfidptosis）机制与缺血性脑卒中研究结合，并利用多算法机器学习模型和单细胞通讯网络分析揭示基因与免疫微环境的相互作用	研究主要基于公共数据库和体外模型，缺乏大规模临床样本验证	探究二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中发病机制中的作用及免疫关联	缺血性脑卒中患者外周血样本、体外氧糖剥夺（OGD）模型小胶质细胞	生物信息学与计算生物学	缺血性脑卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO/随机森林/SVM-RFE）、氧糖剥夺模型	LASSO, Random Forest, SVM-RFE, 诺莫图预测模型	基因表达数据、单细胞测序数据	GEO数据库中缺血性脑卒中患者外周血样本（未明确数量）及体外细胞模型
142	2025-09-06	Osr1-mediated mesothelial transition of liver mesenchymal cells exacerbates fibrotic liver damage 2024-Sep-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.02.024 PMID:38414241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪揭示肝星状细胞在损伤后向间皮细胞样状态逆转的过程，并发现靶向Osr1可减轻肝纤维化	首次发现肝星状细胞在损伤后发生间质-间皮转化（MMT），并鉴定出关键转录因子Osr1调控这一过程	研究主要基于小鼠NASH模型，人类临床相关性需进一步验证	探究慢性肝病中肝纤维化的形成机制并寻找治疗靶点	肝星状细胞（HSCs）及其转化产生的损伤相关中间细胞（DIHMs）	数字病理学	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体内谱系追踪，双重组酶系统	NA	基因表达数据	NASH模型小鼠（具体数量未在摘要中说明）
143	2025-09-06	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024, BMC methods DOI:10.1186/s44330-024-00015-2 PMID:40893796	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因	提出模块化决策树步骤和On-Target Fraction指标，显著提升紧密相关细胞类型的标记基因选择性能	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型身份的最大分类精度	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据集（人脑、肾脏和肺）
144	2025-09-06	A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers 2023-12, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12942 PMID:37812061	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA测序技术鉴定人脑周细胞的特异性标志物	首次使用EasySci单细胞转录组测序方法发现SLC6A12和SLC19A1作为人脑周细胞的新标志物，并验证其抗体在FFPE组织中的适用性	在其他人体器官（肾、肺、肝、肌肉）的探索性样本中免疫组化未显示相同的周细胞样染色模式	鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物	人和小鼠脑部不同区域的单细胞RNA表达谱及FFPE人脑组织	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（EasySci）、免疫印迹、免疫组化	NA	单细胞转录组数据、蛋白质数据、图像数据	人和小鼠多个脑区域样本及多器官（脑、肾、肺、肝、肌肉）FFPE组织样本
145	2025-09-06	Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens 2022-12, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-022-00951-w PMID:36357512	研究论文	利用图神经网络分析组织样本中的空间蛋白质谱以表征肿瘤微环境	提出基于局部子图的图神经网络方法，捕捉与临床结果相关的独特细胞相互作用，相比基于细胞类型局部组成的深度学习方法显著提升预测准确性	NA	识别与癌症复发和患者生存相关的空间模式	人类头颈癌和结直肠癌组织样本	数字病理	癌症	40-plex免疫荧光成像	图神经网络（GNN）	空间蛋白质谱图像数据	NA
146	2025-09-06	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	本研究揭示了JAG1-NOTCH4机械感应通路通过调节内皮细胞异质性促进动脉粥样硬化的机制	首次发现JAG1-NOTCH4信号通路在感知紊乱血流中的作用，并证明其通过调控内皮细胞亚群促进动脉粥样硬化	NA	探究紊乱血流通过JAG1-NOTCH4信号通路促进动脉粥样硬化的分子机制	猪和小鼠动脉、培养的人冠状动脉内皮细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、光片成像	NA	基因表达数据、成像数据	多种动物模型和细胞培养样本
147	2025-09-06	MAST: a flexible statistical framework for assessing transcriptional changes and characterizing heterogeneity in single-cell RNA sequencing data 2015-Dec-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0844-5 PMID:26653891	研究论文	提出一种针对单细胞RNA测序数据的灵活统计框架MAST，用于评估转录变化和表征异质性	采用两部分广义线性模型处理双峰表达数据，并引入细胞检测率作为混杂变异调整因子	NA	解决单细胞转录组数据中的随机丢失和双峰分布问题，提供更准确的差异表达分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	广义线性模型(GLM)	基因表达数据	NA
148	2025-09-05	TCGAimmunosurv: An R package to identify genes associated with patient survival and immune cell state transitions using TCGA and single-cell RNA-seq data 2025-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108568 PMID:40623343	研究论文	开发了一个名为TCGAimmunosurv的R包，用于整合TCGA大块RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，识别与患者生存和免疫细胞状态转换相关的基因	开发了首个整合大块和单细胞RNA-seq数据的系统计算框架，实现突变特异性免疫动态分析	NA	识别与癌症进展相关的驱动基因，并研究突变特异性免疫动态	癌症患者基因组数据和免疫系统响应	生物信息学	癌症	RNA-seq，单细胞RNA-seq	NA	基因组测序数据	基于TCGA数据库的泛癌种样本
149	2025-09-05	Emerging molecular targets in deep vein thrombosis: from inflammation to coagulation 2025-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1080/16078454.2025.2548735 PMID:40898418	综述	本文综述了深静脉血栓形成中连接炎症与凝血途径的新兴分子靶点	聚焦于免疫血栓形成机制，系统整合了NETs、PAD4、P-selectin等新型分子靶点及其交叉调控网络	临床转化面临物种差异、脱靶效应及免疫防御平衡等挑战	探索深静脉血栓的新型治疗靶点以开发出血风险更低的疗法	中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）、PAD4、P-选择素等分子靶点	分子病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	NA	文献数据	NA
150	2025-09-05	A human-mouse atlas of intrarenal myeloid cells identifies conserved disease-associated macrophages in lupus nephritis 2025-Nov-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241873 PMID:40900124	研究论文	通过跨物种单细胞分析比较人类和小鼠狼疮性肾炎中的肾内髓系细胞，鉴定保守的疾病相关巨噬细胞	首次建立人类与小鼠肾内髓系细胞图谱，发现跨物种保守的疾病相关单核/巨噬细胞亚群及其基因表达特征	研究基于155例患者和四种小鼠模型，样本量和模型多样性可能存在限制	探索狼疮性肾炎中髓系细胞的病理机制及小鼠模型对人类疾病的转化价值	人类狼疮性肾炎患者和小鼠模型的肾内髓系细胞	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞测序、空间转录组学、功能研究	NA	单细胞数据、空间转录数据	155例狼疮性肾炎患者和四种小鼠模型
151	2025-09-05	Alternative splicing as a novel pathogenic mechanism in chronic kidney disease 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111972 PMID:40614890	综述	本文探讨选择性剪接作为慢性肾病新型致病机制的调控作用及治疗潜力	首次系统阐述选择性剪接在慢性肾病中的致病机制，并提出靶向剪接的治疗新策略	需进一步研究剪接动态变化及其调控因子在疾病中的具体功能贡献	阐明选择性剪接与慢性肾病之间的功能联系	肾小管上皮细胞及剪接异构体	病理机制研究	慢性肾病	单细胞测序	NA	基因组数据	全球超过10%人口（流行病学数据）
152	2025-09-05	N-glycosylation stabilized TNFAIP6 promotes ovarian cancer metastasis by activating the PI3K-AKT signaling pathway 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112013 PMID:40701312	研究论文	本研究揭示N-糖基化稳定的TNFAIP6通过激活PI3K-AKT信号通路促进卵巢癌转移	首次发现N-糖基化通过抑制泛素化降解稳定TNFAIP6蛋白，并阐明其通过PI3K/AKT通路调控EMT和免疫抑制微环境的新机制	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化价值需进一步验证	阐明卵巢癌转移的分子机制并寻找治疗靶点	卵巢癌细胞系、动物模型及临床样本数据	癌症生物学	卵巢癌	RNA-seq, scRNA-seq, Western blot, 免疫荧光, 慢病毒敲低/过表达, Co-IP, 计算反卷积算法	NA	基因组数据、蛋白质数据、临床预后数据	TCGA和GEO数据库的多组学数据，具体样本量未明确说明
153	2025-09-05	A STAT1-GBP3-STING positive feedback loop governs inflammation, oxidative stress, and DNA damage to trigger acute aortic dissection 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112015 PMID:40714274	研究论文	本研究揭示了STAT1-GBP3-STING正反馈环路在急性主动脉夹层中调控炎症、氧化应激和DNA损伤的分子机制	首次发现STAT1-GBP3-STING正反馈环路是连接炎症、氧化应激和DNA损伤的核心机制，并验证STAT1抑制剂Fludarabine的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明急性主动脉夹层的分子发病机制并探索潜在治疗靶点	小鼠主动脉夹层模型、IFN-γ刺激的血管平滑肌细胞和人升主动脉组织	分子病理学	心血管疾病	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序, ROS染色, ChIP-PCR, CoIP分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质互作数据	小鼠主动脉夹层模型和人类主动脉组织（具体数量未明确说明）
154	2025-09-05	G protein-coupled estrogen receptor promotes human extravillous trophoblast invasion via YAP-Snail-mediated CYR61 expression 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112033 PMID:40744331	研究论文	本研究揭示了G蛋白偶联雌激素受体通过YAP-Snail信号轴调控CYR61表达促进滋养细胞侵袭的分子机制	首次发现GPER-YAP-Snail-CYR61信号轴在滋养细胞侵袭中的调控作用，并证实该通路在子痫前期患者中异常	机制研究主要基于细胞模型，需进一步体内实验验证	探究GPER调控CYR61表达的分子机制及其在滋养细胞侵袭中的作用	人绒毛外滋养细胞（HTR-8/SVneo细胞系和原代细胞）	分子生物学	子痫前期	scRNA-seq, 功能缺失实验	NA	基因表达数据	细胞系实验及公共scRNA-seq数据库分析
155	2025-09-05	The Landscape of SPP1 + Macrophages Across Tissues and Diseases: A Comprehensive Review 2025-Oct, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13952 PMID:40395129	综述	本文全面综述了SPP1+巨噬细胞在不同组织和疾病中的分布、功能异质性及其在肿瘤和非癌性疾病中的作用	系统整合单细胞RNA测序技术的最新发现，首次全面比较SPP1+巨噬细胞在不同病理环境中的保守特性和组织特异性差异	NA	探讨SPP1+巨噬细胞在疾病微环境中的适应性及其对疾病进展的影响，为治疗靶点开发提供新视角	SPP1+巨噬细胞及其在肿瘤和非癌性疾病（如纤维化）中的功能表现	免疫学	多疾病范畴（包含癌症及非癌性疾病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA（基于多项研究的综合回顾）
156	2025-09-05	From tissue architecture to clinical insights: Spatial transcriptomics in solid tumor studies 2025-Oct, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152389 PMID:40664120	综述	本文深入探讨空间转录组学技术在实体肿瘤研究中的进展与应用	整合空间转录组学与单细胞多组学及先进计算算法，揭示肿瘤微环境三维分子景观	存在技术分辨率、数据处理、样本制备和临床标准化方面的挑战	推动空间转录组学作为精准肿瘤学关键工具的发展	实体肿瘤及其微环境	数字病理	实体肿瘤	空间转录组学（成像与测序平台）	深度学习	空间基因表达数据	NA
157	2025-09-05	Microarray and Single-Cell RNA Sequencing Reveals G-Protein Gene Expression Signatures of Spermatogonia Stem Cell 2025-Oct, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10942-4 PMID:40694278	研究论文	通过微阵列和单细胞RNA测序揭示精原干细胞中G蛋白基因的表达特征	首次在人类睾丸单细胞水平系统分析G蛋白基因在精原干细胞发育中的表达谱，并鉴定出多个上调和下调的关键基因	样本量较小（仅6个人类睾丸），且主要依赖转录组数据，缺乏功能验证实验	探究人类精原干细胞发育的分子机制，特别是G蛋白相关基因的表达调控	人类睾丸组织中的精原干细胞	单细胞组学	男性不育	微阵列分析，单细胞RNA测序，生物信息学分析，免疫荧光标记	NA	单细胞转录组数据	6个人类睾丸样本
158	2025-09-05	Deciphering the prognostic value and immunotherapeutic strategy of aggrephagy in melanoma: Integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Oct, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152371 PMID:40695191	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探究了聚集性自噬（aggrephagy）在皮肤黑色素瘤中的预后价值及免疫治疗策略	首次构建了聚集性自噬相关特征（ARS），并在多个独立数据集中验证其预后预测能力，同时通过体内实验验证关键癌基因TPX2的功能	研究主要基于回顾性数据分析，需要更多前瞻性研究验证临床适用性	探究聚集性自噬在皮肤黑色素瘤中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	皮肤黑色素瘤患者转录组数据和小鼠模型	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序、机器学习算法、shRNA敲低、流式细胞术	预后预测模型	转录组测序数据	TCGA数据库黑色素瘤数据+GEO数据库中3个独立数据集+小鼠体内实验
159	2025-09-05	Predictive model for proliferative diabetic retinopathy using single-cell transcriptomics 2025-Oct, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110536 PMID:40701535	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据构建了预测增殖性糖尿病视网膜病变的机器学习模型	首次整合PDR患者纤维血管膜和健康供体视网膜的单细胞测序数据，并开发了基于机器学习的预测工具	样本量相对有限（9个FVMs样本），需要更大规模验证	探索增殖性糖尿病视网膜病变的分子机制并开发预测模型	糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜组织和健康供体的视网膜组织	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq, 基因表达差异分析, GO和KEGG富集分析	机器学习模型	单细胞转录组数据	9例PDR患者的FVMs样本和健康供体视网膜样本
160	2025-09-05	CXCR4+ monocytes promote neovascularization in wet age-related macular degeneration 2025-Oct, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110550 PMID:40713972	研究论文	本研究通过整合多组学技术揭示了CXCR4+单核细胞在湿性年龄相关性黄斑变性中促进病理性血管生成的关键作用及RUNX3的调控机制	首次鉴定MMP2+内皮细胞具有双重血管生成和干细胞特性，发现CXCR4+单核细胞通过CXCL12-CXCR4轴介导血管生成，并确立RUNX3作为主导调控因子	NA	阐明湿性AMD中血管生成与炎症交互作用的细胞介质和分子机制	湿性年龄相关性黄斑变性（wAMD）相关的血管生成过程和单核细胞亚群	病理机制研究	年龄相关性黄斑变性	bulk RNA测序、单细胞转录组学、多重免疫组化（mIHC）、体内模型	NA	转录组数据、组织切片图像、实验模型数据	NA