单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-02	The microenvironment cell index is a novel indicator for the prognosis and therapeutic regimen selection of cancers 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05950-w PMID:39806464	研究论文	研究基于微环境细胞（MCs）浸润构建预后预测模型，并探索三阴性乳腺癌（TNBC）的新治疗策略	提出微环境细胞指数（MCI）作为TNBC预后和治疗方案选择的新指标，并构建了MCI增强模型（MCI-e）以提高预测准确性	研究主要基于TNBC患者数据，可能不适用于其他癌症类型	建立基于MCs浸润的预后预测模型并探索TNBC的新治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和荷瘤小鼠	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, SRT, mIF	LASSO-Cox回归分析	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	TNBC患者和荷瘤小鼠
142	2025-05-02	Lipid nanoparticles deliver DNA-encoded biologics and induce potent protective immunity 2025-Jan-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02211-8 PMID:39806486	研究论文	本研究比较了不同脂质纳米颗粒（LNP）配方在递送DNA编码生物制剂方面的效果，评估了其表达效率和在不同模型中产生的保护性免疫	发现Moderna的Spikevax mRNA疫苗中使用的LNP配方（LNP-M）在递送DNA疫苗时表现出稳定的纳米颗粒结构、高表达效率和低毒性，并能诱导更强的抗原特异性抗体和T细胞免疫反应	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚待验证	探索LNP递送DNA编码生物制剂的效率和免疫效果	脂质纳米颗粒（LNP）、DNA编码的疫苗和抗体	生物医学工程	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠模型
143	2025-05-02	TRIAGE: an R package for regulatory gene analysis 2025-Jan-12, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf004 PMID:39800877	研究论文	介绍了一个名为TRIAGE的R包，用于分析批量及单细胞RNA-seq数据中的调控元件	利用H3K27me3数据富集细胞类型特异性调控区域，构建高效且适应性强的转录组数据分析流程	未提及具体的数据集规模或性能比较	解决标准RNA-seq分析工作流程在揭示细胞身份和功能的调控基础方面的局限性	调控基因及其在细胞反应中的作用	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	三个独立的转录组数据集
144	2025-05-02	inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1312 PMID:39797728	研究论文	介绍了一种开源的高通量单细胞RNA测序技术inDrops-2，用于分析新鲜和保存的临床样本	inDrops-2技术具有与最先进商业系统相匹配的灵敏度，但成本降低了6倍，适用于大规模研究	未明确提及具体限制，但可能需要进一步验证其在更多样本类型中的应用	开发一种灵活、多功能且成本效益高的高通量单细胞RNA测序技术	人类肺癌样本	单细胞测序	肺癌	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	多个人类肺癌样本
145	2025-05-02	Unraveling the potential mechanism and prognostic value of pentose phosphate pathway in hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis integrating bulk transcriptomics and single-cell sequencing data 2025-Jan-11, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01521-w PMID:39798003	研究论文	本研究通过整合大量转录组学和单细胞测序数据，探索了磷酸戊糖途径在肝细胞癌中的潜在机制和预后价值	构建了一个基于PPP相关基因的风险评估和预后预测模型，并验证了其在免疫微环境中的预测潜力	研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了体外功能验证，但缺乏体内实验验证	探索磷酸戊糖途径在肝细胞癌中的作用机制并开发预后预测模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO惩罚的Cox回归模型	转录组数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的肝细胞癌患者数据
146	2025-05-02	Deterministic patterns in single-cell transcriptomic data 2025-Jan-11, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00490-5 PMID:39799124	研究论文	本文报告了在单细胞转录组数据的统计图中存在确定性模式，并提出了解释这些模式的理论	揭示了单细胞转录组数据中确定性模式的存在，并证明这些模式既非测量过程引入的伪影，也非生物学机制所致，而是由有限样本量效应自然产生	未提及具体应用场景或实际生物学意义	探究单细胞转录组数据中统计模式的形成机制	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	多重误差稳健荧光原位杂交和五种单细胞测序平台	理论模型	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本量
147	2025-05-02	Integrated RNA sequencing analysis and machine learning identifies a metabolism-related prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jan-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85618-7 PMID:39799252	研究论文	通过整合RNA测序分析和机器学习，识别出与透明细胞肾细胞癌代谢相关的预后特征	利用单细胞RNA测序解卷积构建具有代谢差异的恶性细胞层次结构，并开发基于机器学习的代谢相关预后特征（MRPS）方法	需要进一步研究代谢重编程如何影响患者间的异质性和预后	探索代谢重编程对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者异质性和预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	NA
148	2025-05-02	The role of mitophagy-related genes in prognosis and immunotherapy of cutaneous melanoma: a comprehensive analysis based on single-cell RNA sequencing and machine learning 2025-Jan-11, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-025-09593-x PMID:39799269	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探讨了线粒体自噬相关基因在皮肤黑色素瘤预后和免疫治疗中的作用，并开发了一个预测模型	结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，开发了一个包含7个基因的预后模型，并揭示了不同风险患者的生物学特征和免疫治疗敏感性差异	研究依赖于公开数据库数据，需要进一步实验验证模型的临床适用性	阐明线粒体自噬相关基因在皮肤黑色素瘤中的作用并开发预后预测模型	皮肤黑色素瘤患者和细胞系	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR	机器学习(10种不同算法)	RNA测序数据, 临床数据	公开数据库中的皮肤黑色素瘤scRNA-seq数据、批量转录组数据和临床数据
149	2025-05-02	Comprehensive analysis pinpoints CCNA2 as a prognostic and immunological biomarker in non-small cell lung cancer 2025-Jan-11, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-025-03490-7 PMID:39799294	研究论文	通过综合分析确定CCNA2作为非小细胞肺癌的预后和免疫生物标志物	首次将CCNA2确定为非小细胞肺癌的预后和免疫生物标志物，并验证其与病理分期和淋巴结转移的相关性	研究基于三个微阵列数据集，样本量可能有限，且未涉及CCNA2的具体作用机制	探索CCNA2在非小细胞肺癌中的表达及其与预后和免疫细胞浸润的关系	非小细胞肺癌患者和肺癌细胞系	生物标志物研究	非小细胞肺癌	微阵列分析、qRT-PCR、免疫组化、单细胞测序	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	三个GEO数据集（GSE18842、GSE101929、GSE116959）和肺癌细胞系
150	2025-05-02	Ferroptosis-related genes participate in the microglia-induced neuroinflammation of spinal cord injury via NF-κB signaling: evidence from integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis 2025-Jan-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06095-0 PMID:39799354	研究论文	该研究通过整合单细胞和空间转录组分析，揭示了铁死亡相关基因通过NF-κB信号通路参与小胶质细胞诱导的脊髓损伤神经炎症	发现了一种新的M1极化小胶质细胞亚群，具有铁死亡表型，并揭示了其在脊髓损伤中的作用机制	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探究脊髓损伤中铁死亡和免疫反应的分子和细胞机制	脊髓损伤中的小胶质细胞和铁死亡相关基因	生物信息学	脊髓损伤	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组分析, ChIP-seq	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE45006, GSE69334, GSE151371, GSE214349, GSE184369, GSE162610, GSE226286）
151	2025-05-02	FAP-targeted radioligand therapy with 68Ga/177Lu-DOTA-2P(FAPI)2 enhance immunogenicity and synergize with PD-L1 inhibitors for improved antitumor efficacy 2025-Jan-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010212 PMID:39800373	研究论文	本研究探讨了FAP靶向放射性配体疗法与PD-L1抑制剂联合使用的抗肿瘤效果及其机制	首次报道了新型二聚体FAP靶向放射性药物68Ga/177Lu-DOTA-2P(FAPI)2与PD-L1免疫疗法联合使用的治疗效果和机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估FAP靶向放射性配体疗法与PD-L1免疫疗法联合使用的抗肿瘤效果及其作用机制	CT26-FAP肿瘤细胞和小鼠模型	肿瘤治疗	癌症	放射性配体疗法、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	实验数据、测序数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型进行研究
152	2025-05-02	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	研究论文	一项关于sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab治疗晚期透明细胞肾细胞癌的I期临床试验	首次评估sitravatinib与nivolumab和ipilimumab三联疗法在未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和有效性	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	NA	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	22例患者（其中12例进行了肿瘤活检的单细胞RNA测序）
153	2025-05-02	Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer 2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00485-8 PMID:39794360	研究论文	提出了一种基于Transformer的动态深度学习模型TraCSED，用于模拟乳腺癌中的克隆选择和表达动态，揭示耐药机制	开发了TraCSED模型，能够从单细胞基因表达数据中识别可解释的基因程序及其与克隆选择的时间关联	研究仅针对两种特定药物处理的细胞，可能无法涵盖所有耐药机制	研究乳腺癌细胞的转录异质性及其对治疗反应的影响，以揭示耐药机制	乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	NA
154	2025-05-02	Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae103 PMID:39804726	research paper	提出了一种名为STMSGAL的新框架，通过结合图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类，分析空间转录组数据	STMSGAL框架首次整合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类，能够更有效地解析空间转录组数据中的复杂结构	未明确提及具体局限性，但可能受限于数据质量和计算资源	提高对空间转录组数据的分析能力，以更好地理解组织结构和生物功能	空间转录组数据	生物信息学	乳腺癌	空间转录组学	图注意力自编码器, 多尺度深度子空间聚类网络	空间转录组数据	4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集
155	2025-05-02	Loss of FTH1 Induces Ferritinophagy-Mediated Ferroptosis in Anaemia of Myelodysplastic Syndromes 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70350 PMID:39804099	研究论文	本研究探讨了FTH1在骨髓增生异常综合征（MDS）贫血中的铁蛋白自噬介导的铁死亡作用	揭示了FTH1通过铁蛋白自噬调控铁死亡在MDS贫血中的新机制，并提出了FTH1作为MDS治疗新靶点的可能性	研究主要基于细胞系实验，缺乏更全面的体内模型验证	阐明FTH1在MDS贫血病理生理学中的作用机制	MDS患者的GlycoA有核红细胞和K562、SKM1细胞系	分子病理学	骨髓增生异常综合征	单细胞测序、shRNA基因敲除	NA	基因表达数据	MDS患者样本和细胞系样本（具体数量未明确说明）
156	2025-05-02	Single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomic analysis reveal a distinct population of APOE- cells yielding pathological lymph node metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70172 PMID:39810624	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了甲状腺乳头状癌中APOE-细胞亚群与淋巴结转移的关联	发现APOE低表达的肿瘤细胞亚群与甲状腺乳头状癌的进展和转移相关，并建立了基于机器学习的预测模型	研究样本可能不足以代表所有甲状腺乳头状癌患者，且模型需要进一步临床验证	探索甲状腺乳头状癌的转移机制和预后标志物	甲状腺乳头状癌组织样本	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	机器学习	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
157	2025-05-02	Integrated bulk RNA and single-cell analysis with experimental validation reveal oxidative stress-related diagnostic biomarkers for osteoporosis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322326 PMID:40299834	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞分析结合实验验证，揭示了氧化应激相关的骨质疏松症诊断生物标志物	首次发现CHRM2在成骨分化中的负调控作用，并评估其作为骨质疏松症生物标志物的潜力	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验	探索骨质疏松症的诊断生物标志物和潜在治疗靶点	骨质疏松症患者和健康对照	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
158	2025-05-02	Construction of a Prognostic Model for Cervical Cancer Related to lncRNA Based on Differential Co-expression Network and Functional Study of Key Gene EGFR-AS1 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.108429 PMID:40302795	研究论文	本研究基于差异共表达网络构建了与lncRNA相关的宫颈癌预后模型，并研究了关键基因EGFR-AS1的功能	利用多组学数据和单细胞测序数据，通过随机森林算法和共表达网络技术建立了33-lncRNA-CESC模型，并发现EGFR-AS1与FAM83B的相互作用调控EGFR通路	NA	改善宫颈癌患者的个性化治疗	宫颈癌	数字病理学	宫颈癌	多组学数据分析, 单细胞测序, 随机森林算法, 共表达网络技术	随机森林	多组学数据, 单细胞测序数据	NA
159	2025-05-02	Integration of multi-omics and single-cell transcriptome reveals mitochondrial outer membrane protein-2 (MTX-2) as a prognostic biomarker and characterizes ubiquinone metabolism in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.106902 PMID:40302794	研究论文	本研究通过整合多组学和单细胞转录组数据，揭示了线粒体外膜蛋白-2（MTX-2）作为肺腺癌预后生物标志物的潜力，并描述了其在泛醌代谢中的作用	首次将MTX-2与肺腺癌的预后和肿瘤微环境中的免疫浸润联系起来，并阐明了其通过调节代谢途径促进肿瘤生长的机制	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床研究验证	探索MTX-2在肺腺癌进展和预后中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌组织和正常肺组织	肿瘤生物学	肺腺癌	多组学分析、单细胞RNA测序、分子生物学功能实验	NA	转录组数据、临床数据	公共数据库中的肺腺癌患者样本（数量未明确说明）
160	2025-05-02	Identification of the role of MED6 in the development and prognosis of lung adenocarcinoma based on multi-omics profiling 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.110981 PMID:40302793	research paper	本研究通过多组学分析揭示了MED6在肺腺癌发展和预后中的作用	首次发现MED6在肺腺癌中的具体作用及其与肿瘤微环境的相互作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究MED6在肺腺癌发展中的作用及其临床意义	肺腺癌细胞及患者样本	digital pathology	lung cancer	CRISPR-Cas9, RNA-seq, 单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	未明确说明具体样本数量