单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-15	Combination therapy with Chicoric acid and PD-1/PD-L1 blockade improves the immunotherapy response in patient-derived ovarian cancer xenograft model 2025-Mar-14, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02146-7 PMID:40087780	研究论文	本研究探讨了菊苣酸（CA）与PD-1/PD-L1阻断联合治疗在难治性卵巢癌患者来源的异种移植模型中的免疫治疗效果	首次将菊苣酸（CA）与PD-1/PD-L1阻断联合用于难治性卵巢癌治疗，并发现CA能增强免疫细胞对肿瘤细胞的攻击能力，促进T细胞迁移至肿瘤微环境	研究仅基于患者来源的异种移植模型，尚未进行临床试验	开发难治性卵巢癌的有效治疗策略	难治性卵巢癌患者来源的异种移植模型	肿瘤免疫治疗	卵巢癌	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、免疫组织化学	PDX模型	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、免疫组织化学数据	15个样本中的158,734个细胞
142	2025-05-15	A highland-adaptation variant near MCUR1 reduces its transcription and attenuates erythrogenesis in Tibetans 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100782 PMID:40043709	研究论文	通过全基因组测序和功能研究，发现MCUR1基因在高原适应中起关键作用，影响红细胞生成	首次揭示MCUR1基因通过线粒体钙稳态调控红细胞生成的新机制，并发现其与高原适应相关的功能变异	未明确MCUR1基因变异在其他高原人群中的普遍性，以及该机制在其他生理过程中的作用	探索高原适应的遗传机制，特别是与红细胞生成相关的基因	西藏高原居民和汉族低地居民的基因组	基因组学	高原适应相关疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	西藏高原居民和汉族低地居民的基因组样本
143	2025-05-15	Graph neural networks for single-cell omics data: a review of approaches and applications 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf109 PMID:40091193	综述	本文系统回顾了图神经网络（GNNs）在单细胞组学数据分析中的107个成功应用及其六种变体	首次系统总结了GNNs在单细胞组学数据中的广泛应用，并整理了77个公开可用的单细胞数据集	指出了当前研究的潜在不足，并探讨了未来研究方向	深化GNNs在单细胞组学中的应用	单细胞组学数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	GNN及其六种变体	单细胞组学数据（表观基因组学、转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、多组学）	77个公开可用的单细胞数据集
144	2025-05-15	MulNet: a scalable framework for reconstructing intra- and intercellular signaling networks from bulk and single-cell RNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf081 PMID:40095604	research paper	介绍MulNet框架，用于从bulk和单细胞RNA-seq数据重建细胞内和细胞间信号网络	MulNet能够将多种分子相互作用组织成可扩展的多层网络，并准确识别基因模块和关键调控因子	未明确提及具体限制	重建细胞内和细胞间信号网络，以更全面地理解基因调控	基因表达数据，包括bulk和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	癌症（结肠癌和头颈癌）	RNA-seq	MulNet	基因表达数据	多种癌症数据集（具体数量未提及）
145	2025-05-15	mastR: an R package for automated identification of tissue-specific gene signatures in multi-group differential expression analysis 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf114 PMID:40098239	research paper	介绍了一个名为mastR的R包，用于在多组差异表达分析中自动识别组织特异性基因标记	开发了一种自动化标记识别方法，专门针对标记的批量RNA-seq数据，并明确考虑了背景表达	未明确提及具体局限性	开发自动化工具以识别组织特异性基因标记，用于疾病机制研究和生物标志物发现	标记的批量RNA-seq数据和模拟的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	批量RNA-seq, scRNA-seq	edgeR, limma	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
146	2025-05-15	MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf110 PMID:40116657	research paper	介绍了一个名为MOSim的R包，用于模拟批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据	MOSim能够生成真实且多样化的多组学数据集，支持多种实验设计，包括基因共表达模式、生物重复和条件间差异表达的模拟	NA	开发一个模拟工具，用于生成批量及单细胞多组学数据，以支持方法测试和基准测试	批量转录组数据（RNA-seq）、调控组学层（ATAC-seq、miRNA-seq、ChIP-seq、Methyl-seq和转录因子）及单细胞转录组数据（scRNA-seq）	生物信息学	NA	RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	多组学数据	NA
147	2025-05-15	AttentionGRN: a functional and directed graph transformer for gene regulatory network reconstruction from scRNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf118 PMID:40116659	研究论文	提出了一种基于图变换器的新模型AttentionGRN，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	利用软编码增强模型表达能力，设计了面向GRN的消息聚合策略，以捕获有向网络结构信息和功能信息	NA	提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络(GRN)	生物信息学	NA	scRNA-seq	图变换器(AttentionGRN)	单细胞RNA测序数据	88个数据集
148	2025-05-15	Altered Arginine Metabolism Affects Proliferation and Radiosensitivity of Keloids 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70077 PMID:40095415	研究论文	研究通过多组学数据分析了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的改变及其对细胞增殖和放射敏感性的影响	首次通过代谢组学、转录组学和单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的上调及其与疾病预后的相关性，并验证了精氨酸剥夺疗法(ADT)对瘢痕疙瘩成纤维细胞的抑制作用	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨瘢痕疙瘩中细胞代谢重编程与生物学行为的关系，寻找新的治疗策略	瘢痕疙瘩及邻近皮肤组织	代谢组学	瘢痕疙瘩	代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩及邻近皮肤组织的多组学数据
149	2025-05-15	Myeloid-derived suppressor cell inhibits T-cell-based defense against Klebsiella pneumoniae infection via IDO1 production 2025-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012979 PMID:40096073	研究论文	本研究探讨了高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）感染通过IDO1产生抑制T细胞防御的机制	揭示了hvKp感染通过促进色氨酸代谢增强MDSCs的免疫抑制活性，进而抑制T细胞增殖和诱导凋亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究hvKp感染高死亡率的机制，寻找新的免疫治疗策略	高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）和宿主免疫反应	免疫学	肺炎	单细胞RNA测序	小鼠菌血症模型	基因表达数据	NA
150	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from bronchopulmonary dysplasia 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70276 PMID:40097329	研究论文	通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析，研究支气管肺发育不良（BPD）的免疫机制，并在小鼠模型中验证	首次整合单细胞RNA测序与T/B细胞受体分析，揭示BPD中免疫细胞的代谢和功能变化，并发现BTLA-TNFRSF14信号轴在疾病发病中的关键作用	研究样本来自早产儿，可能无法完全代表所有BPD患者	阐明BPD的免疫学机制，为开发靶向免疫调节疗法奠定基础	早产儿外周血单核细胞（PBMCs）和小鼠BPD模型	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序，T/B细胞受体分析	小鼠模型	RNA测序数据	早产儿PBMCs样本（数量未明确）和小鼠模型
151	2025-05-15	Intratumoral Heterogeneity and Immune Microenvironment in Hepatoblastoma Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70482 PMID:40099956	research paper	通过单细胞RNA测序技术揭示肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境	首次提供了肝母细胞瘤的单细胞图谱，揭示了瘤内异质性和免疫微环境的关键信息，并提出了HMGB2作为预后标志物以及CTLA-4和PD-1作为免疫治疗靶点的潜力	研究仅基于一名患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	研究肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境，以推动精准医学的发展	肝母细胞瘤患者的不同肿瘤区域及邻近正常组织	digital pathology	liver cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	43,592 cells from three tumour regions and adjacent normal tissue of one HB patient
152	2025-05-15	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文讨论了癌症基因组测序和单细胞转录组学的研究结果如何挑战传统的癌症遗传学范式	提出了细胞状态动力学和组织场的概念，以解释癌症研究中的数据不一致性	未提出具体的实验验证方法，主要依赖理论探讨	探讨癌症研究中的遗传学范式与生物学现实之间的不一致性	癌症基因组测序和单细胞转录组学的研究结果	癌症研究	癌症	基因组测序, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
153	2025-05-15	Lymphocyte Subpopulations in the Healthy Human Lacrimal Gland and Their Variations With Age and Sex, Systematic Review 1960-2023 2025-Mar, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70167 PMID:40105662	系统性综述	本文通过系统性综述和荟萃分析，探讨了健康人类泪腺中淋巴细胞亚群及其随年龄和性别变化的规律	首次系统性地总结了1960-2023年间关于健康人类泪腺淋巴细胞亚群的研究，并进行了年龄分组的荟萃分析	研究存在年龄和性别代表性不足的问题（40岁以下个体仅占12.6%，女性占38.9%），且各研究对淋巴细胞浸润的量化标准不一致	明确人类泪腺中主要淋巴细胞亚群及其随年龄和性别的变化规律	774名健康个体（其中722名为尸体样本）的泪腺组织	免疫学	NA	苏木精-伊红染色、免疫组织化学、免疫荧光	NA	组织病理学数据	774名健康个体（722具尸体样本）
154	2025-05-15	Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011420 PMID:40106407	research paper	开发了一个针对小鼠单细胞转录组的深度学习模型mouse-Geneformer，并探索了其跨物种应用潜力	首次构建了一个基于小鼠大规模单细胞转录组数据的预训练模型mouse-Geneformer，并验证了其在跨物种分析中的有效性	在人类COVID-19模型上的分析结果与人类专用Geneformer仅部分一致，表明物种特异性模型对捕捉疾病机制完整复杂性的重要性	开发适用于小鼠单细胞转录组分析的深度学习模型并探索其跨物种应用	小鼠和人类的单细胞转录组数据	machine learning	COVID-19, myocardial infarction	scRNA-seq	Transformer Encoder	单细胞转录组数据	2100万个小鼠单细胞转录组图谱
155	2025-05-15	Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice 2025-Mar, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70276 PMID:40108792	研究论文	研究探讨了杂合性GAA敲除对高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠肝脏代谢及空间转录组的影响	首次使用空间转录组学分析高脂饮食对门静脉周围和静脉周围肝细胞基因丰度的影响，并评估GAA杂合敲除的代谢效应	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类数据，且未探讨GAA完全敲除的影响	评估GAA杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠	代谢研究	肥胖症	空间转录组学分析	小鼠基因敲除模型	转录组数据	未明确说明具体数量，使用野生型和GAA杂合敲除小鼠
156	2025-05-15	Aberrant Hematopoiesis and CD8+ T-Cell Activation in Thymoma-Associated Pure Red Cell Aplasia 2025-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70046 PMID:40109027	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了胸腺瘤相关纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）的免疫机制	揭示了胸腺瘤-PRCA患者中CD8+T细胞的过度激活和炎症性骨髓环境对红细胞生成的抑制作用	样本量较小，且未探讨CD8+T细胞激活的具体触发机制	阐明胸腺瘤相关PRCA的免疫失调机制	胸腺瘤-PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+T细胞	免疫学	纯红细胞再生障碍性贫血	scRNA-seq, bulk RNA测序, 流式细胞术, 细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据, 流式细胞数据, 细胞因子数据	胸腺瘤-PRCA患者和健康对照者的骨髓及外周血样本（具体数量未明确说明）
157	2025-05-15	Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf023 PMID:40109353	research paper	提出了一种基于真实数据集信号扰动的新方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	开发了一种名为GOF的新特征选择方法，并通过精心设计的实验验证其在真实和非设计数据集上的有效性	缺乏真实数据集用于评估新的基因选择和/或聚类方法	评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GOF	RNA-seq数据	NA
158	2025-05-15	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	研究探讨代谢应激和年龄如何驱动小鼠和人类的炎症及认知衰退	揭示了代谢应激通过炎症机制促进认知障碍的早期和渐进性发展，特别是小胶质细胞及其分泌的SPP1蛋白的作用	机制尚不完全明确，且研究主要基于小鼠模型和有限的人类死后组织样本	探究代谢应激与认知障碍之间的机制联系	小鼠模型和人类AD及T2D患者的脑组织	神经科学	阿尔茨海默病, 2型糖尿病	空间转录组学, 单细胞RNA测序	高脂饮食小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类AD和T2D患者的死后脑组织样本
159	2025-05-15	Machine Learning-Based Glycolipid Metabolism Gene Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Oesophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70434 PMID:40119618	研究论文	利用机器学习方法开发并验证了一种基于糖脂代谢相关基因的食管鳞状细胞癌预后模型	建立了一个稳健的15基因特征，能有效将患者分层为不同的风险组，并揭示了与免疫浸润模式的显著关联	NA	预测食管鳞状细胞癌的预后并探索其与免疫景观的关系	食管鳞状细胞癌患者	机器学习	食管鳞状细胞癌	机器学习，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	TCGA和GEO数据集中的患者样本
160	2025-05-15	Automated Laser-Assisted Single-Cell Sorting for Cell Functional and RNA Sequencing 2025-02-28, ACS sensors IF:8.2Q1 DOI:10.1021/acssensors.4c02417 PMID:39843241	研究论文	本文介绍了一种自动化的高效单细胞分选器，结合激光诱导前向转移技术和高通量皮升微孔阵列，用于单细胞RNA测序	开发了一种新型自动化单细胞分选器，结合LIFT技术和表面功能化的微孔阵列，实现了高效率（>80%）和高精度（约100%）的单细胞分离	虽然展示了在PC-9细胞中的应用，但未广泛验证于其他细胞类型	提高单细胞分选的效率和精度，以支持下游单细胞分析	单细胞，特别是稀有转染的PC-9细胞	单细胞分析	NA	激光诱导前向转移（LIFT），单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及稀有转染的PC-9细胞