单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-10-04	Peripheral nerve-targeting and pain-promoting transcriptomic signatures in early Guillain-Barré syndrome 2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.24.678413 PMID:41040175	研究论文	本研究通过转录组学分析揭示吉兰-巴雷综合征早期外周神经损伤和神经病理性疼痛的分子机制	首次结合bulk和单细胞RNA测序技术系统解析AIDP变异型GBS患者外周血单核细胞的转录组特征，并预测致病性白细胞与周围神经系统细胞的相互作用网络	研究样本量有限，主要聚焦于AIDP变异型GBS，功能验证仅针对CCL4进行了初步探索	阐明吉兰-巴雷综合征早期自身免疫损伤的分子机制，特别是神经损伤和疼痛的驱动因素	早期未治疗的AIDP变异型吉兰-巴雷综合征患者和健康对照者的外周血单核细胞	转录组学	吉兰-巴雷综合征	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	早期未治疗AIDP变异型GBS患者和健康对照者的外周血单核细胞样本
142	2025-10-04	Dual-patterned pluripotent stem cells self-organize into a human embryo model with extended anterior-posterior patterning 2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.25.678678 PMID:41040184	研究论文	本研究通过双模式预分化人类多能干细胞，成功构建了具有前后轴模式化特征的人类胚胎模型	首次通过'模式化-混合'策略使双模式预分化干细胞自组织形成具有前后轴结构的胚胎模型，实现了神经组织和体节的同时发育	缺乏脊索结构和完整的背腹极性	建立能够模拟人类胚胎前后轴发育的干细胞模型	人类多能干细胞(hPSCs)	发育生物学	先天性神经管缺陷	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	人类前后轴胃球体(AP gastruloids)模型	基因表达数据	未明确具体样本数量，但包含多种细胞类型和发育阶段
143	2025-10-04	Mapping disease critical spatially variable gene programs by integrating spatial transcriptomics with human genetics 2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.24.678397 PMID:41040309	研究论文	提出Spacelink框架，通过整合空间转录组学与人类遗传学数据，识别与疾病相关的空间可变基因程序	开发了自适应混合空间核模型，能在全组织和细胞类型分辨率下量化基因空间变异性，并首次系统评估空间可变基因对复杂疾病的预测价值	NA	建立连接组织空间结构与疾病遗传学的基因表达分析框架	人类和小鼠组织样本，包括大脑皮层、淋巴结、肝脏及阿尔茨海默病样本	空间转录组学	阿尔茨海默病、自闭症谱系障碍	空间转录组学（Visium、CosMx、Stereo-seq）、Perturb-seq、GWAS	自适应混合空间核模型	空间基因表达数据、遗传数据	3种健康人类组织、32个阿尔茨海默病前额叶皮层样本、8个小鼠发育阶段图谱
144	2025-10-04	Regional Signaling Controls Stem Cell-Mediated Regeneration in an Invertebrate Chordate 2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.25.678506 PMID:41040342	研究论文	本研究通过比较海鞘不同部位的再生能力差异，揭示了区域特异性信号调控干细胞介导再生的机制	首次在海鞘模型中揭示再生能力不仅取决于干细胞数量，更关键的是区域特异性信号环境	研究仅限于海鞘这一无脊椎脊索动物模型，在哺乳动物系统中的适用性有待验证	探究局部信号如何调控休眠干细胞在损伤后的激活过程	海鞘（无脊椎脊索动物）的体段再生过程	发育生物学	组织损伤与再生	流式细胞术、单细胞RNA测序、移植实验、命运图谱	NA	基因表达数据、细胞谱系数据	海鞘体段样本（包括可再生和不可再生部位）
145	2025-10-04	HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data 2025-Sep-25, ArXiv PMID:41040798	研究论文	提出HEIST分层图变换器基础模型，用于空间转录组学和蛋白质组学数据分析	首次将组织建模为分层图结构，通过跨层级消息传递实现空间信息和细胞内基因共表达网络的联合建模，能够泛化到未见过的数据类型	未明确说明模型在特定疾病类型或组织类型上的性能限制	开发能够同时利用空间信息和细胞内分子程序的基础模型	空间转录组学和蛋白质组学数据中的细胞和组织样本	计算生物学	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学	分层图变换器	空间组学数据	来自15个器官的124个组织中的2230万个细胞
146	2025-10-04	CD1d+ Goblet Cells Expand Colon-Resident Immature, Intermediate and Differentiated iNKT Cells to Limit Colitis 2025-Sep-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7603392/v1 PMID:41041542	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现结肠中存在未成熟和中间阶段的iNKT细胞，并揭示CD1d+杯状细胞通过形成抗原通道促进这些细胞扩增从而限制结肠炎	挑战了传统认为iNKT细胞在胸腺发育后即固定的观点，发现成年结肠中iNKT细胞具有可塑性，并首次揭示杯状细胞作为非常规抗原呈递细胞的新功能	NA	探究结肠iNKT细胞的发育状态及其在结肠炎保护中的作用机制	人类和小鼠的结肠iNKT细胞及CD1d+杯状细胞	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	人类和小鼠样本
147	2025-10-04	Maintenance of chronic neuroinflammation in multiple sclerosis via interferon signaling and CD8 T-cell-mediated cytotoxicity 2025-Sep-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7633686/v1 PMID:41041547	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了多发性硬化症中慢性神经炎症的维持机制，重点关注干扰素信号和CD8 T细胞的细胞毒性作用	首次系统性地揭示了PRL病变与干扰素信号通路、CD8+ T效应记忆细胞克隆扩增的关联，并发现B细胞耗竭治疗后神经炎症仍持续存在的现象	样本量相对有限（34名MS患者和5名健康对照），且为观察性研究	探究多发性硬化症中慢性神经炎症的分子机制和潜在治疗靶点	多发性硬化症患者和健康对照者的脑脊液和血液免疫细胞	神经免疫学	多发性硬化症	单细胞转录组测序(scRNAseq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)、蛋白质组学、流式细胞术	NA	单细胞测序数据、蛋白质组数据、流式细胞数据	34名经影像学表征的多发性硬化症成人患者（17名未治疗，6名接受B细胞耗竭治疗）和5名健康对照
148	2025-10-04	Single cell-scale spatial transcriptome profiling of the adult cycling mouse uterus 2025-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.22.677812 PMID:41040313	研究论文	本研究通过空间转录组技术对成年小鼠子宫在发情周期中的细胞类型和基因表达进行单细胞尺度空间分析	首次应用Visium HD空间转录组技术系统分析小鼠子宫四个发情周期阶段的细胞类型空间分布特征	研究仅针对未生育小鼠子宫，未涉及妊娠或其他生理状态	揭示子宫细胞重塑和再生过程中的时空分子调控机制	成年未生育小鼠子宫组织	空间转录组学	NA	Visium HD空间转录组测序	NA	空间转录组数据	覆盖四个发情周期阶段的成年小鼠子宫组织
149	2025-10-04	Longitudinal single-cell analysis of glucagon-like peptide-2 treatment in patients with short bowel syndrome 2025-Sep-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.194497 PMID:40773292	研究论文	本研究通过纵向单细胞分析探讨GLP-2类似物治疗短肠综合征患者的机制	首次在短肠综合征患者中开展纵向单细胞RNA测序分析，结合微生物组组成分析，揭示GLP-2类似物对肠道免疫和上皮细胞动态变化的影响	样本量较小（仅5例男性患者），缺乏对照组	阐明GLP-2类似物治疗短肠综合征的分子机制	短肠综合征患者	单细胞组学	短肠综合征	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），微生物组分析	NA	单细胞转录组数据，微生物组数据	5例接受teduglutide治疗的男性短肠综合征患者
150	2025-10-04	A defined bacterial consortium and spatial transcriptomics highlight the complex interaction between Campylobacter jejuni and the murine intestine 2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.23.678081 PMID:41040308	研究论文	本研究通过建立明确的细菌联合体和空间转录组学技术，揭示了空肠弯曲菌与小鼠肠道之间的复杂相互作用	首次结合明确的13种细菌联合体和空间转录组学技术，在单细胞分辨率水平解析病原体-微生物群-宿主之间的相互作用	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类肠道环境	阐明特定肠道细菌与空肠弯曲菌介导的宿主反应之间的相互作用机制	无菌小鼠和空肠弯曲菌81-176菌株	微生物组学	肠道感染	16S rRNA基因测序、荧光原位杂交(FISH)、RNAscope、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据、微生物组成数据	三组无菌小鼠：C13定植组、C13+空肠弯曲菌组、无菌对照组
151	2025-10-04	Reduced intestinal GLP-1 + cell numbers are associated with an inflammation-related epithelial metabolic signature 2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.05.641577 PMID:41040310	研究论文	本研究探讨肠道炎症中GLP-1+细胞数量减少与炎症相关上皮代谢特征的关系	首次系统证明GLP-1+细胞减少是肠道炎症的普遍特征，并揭示其与代谢异常和上皮细胞分化改变的相关性	主要依赖动物模型，人类数据验证相对有限	探究肠内分泌细胞在肠道炎症中的作用机制	小鼠炎症模型、克罗恩病患者组织样本、肠道类器官	分子病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、转录组分析、类器官培养	NA	基因表达数据、组织样本	4种小鼠炎症模型、克罗恩病患者黏膜活检样本
152	2025-10-04	Defining the vascular niche of human adipose tissue across metabolic states 2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.22.610444 PMID:41040169	研究论文	通过单细胞转录组图谱揭示人类皮下脂肪组织中血管微环境的细胞异质性及其在代谢疾病中的作用	首次在人类皮下脂肪组织中鉴定出具有多重细胞特征的亚型内皮细胞群（sub-AdECs），并证明其通过内皮-间质转化参与肥胖相关炎症和纤维化	研究主要聚焦于皮下脂肪组织，未涉及其他脂肪组织类型；样本来源和数量可能限制某些亚群的深入分析	阐明人类脂肪组织血管微环境在代谢状态下的细胞组成和功能特征	人类皮下脂肪组织中的血管细胞	单细胞生物学	肥胖和2型糖尿病	单细胞转录组测序、全组织成像、计算分析	NA	单细胞转录组数据、成像数据	65名个体的近70,000个血管细胞
153	2025-10-04	Establishing a continuum of cell types in the visual cortex 2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.22.677893 PMID:41040235	研究论文	本研究揭示了小鼠视觉皮层L2/3层神经元连续体的形成机制及其对皮层连接的影响	首次发现视觉皮层神经元连续体通过遗传程序和视觉经验两阶段发育形成，并揭示了其与不同高级视觉区域的特异性连接关系	研究仅聚焦于小鼠视觉皮层L2/3层，未涉及其他皮层区域或物种	理解视觉皮层神经元连续体的发育机制及其在皮层连接中的作用	小鼠视觉皮层L2/3层兴奋性神经元	神经科学	NA	单核多组学测序(RNA-seq和ATAC-seq)、空间转录组学	NA	基因表达数据、表观遗传数据、空间定位数据	NA
154	2025-10-04	Constitutive Interferon Epsilon Expression Shapes Antiviral Epithelial States in the Female Reproductive Tract and Intestine 2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.15.623843 PMID:41040269	研究论文	本研究揭示了干扰素ε(IFNε)在女性生殖道和肠道黏膜中作为组成性表达的抗病毒防御调控因子	首次系统阐明IFNε在生殖道外组织(特别是肠道)中的功能，发现其在肠道绒毛尖端肠细胞中的特异性表达模式	IFNε在人类肠道中的具体功能仍需进一步验证，研究主要基于小鼠模型	探究IFNε在不同黏膜表面的抗病毒防御功能	小鼠模型和原代人类女性生殖道来源细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
155	2025-10-04	Inferring Personalized Cell-Cell Communication Networks in Colorectal Cancer with Individualized Causal Discovery 2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.20.677543 PMID:41040408	研究论文	开发了一个整合计算框架，用于推断结直肠癌中个体化的细胞间通讯网络	结合嵌套层次狄利克雷过程模型和实例特定贪婪快速因果推断方法，首次实现了患者特异性的细胞间通讯网络推断	NA	解决肿瘤异质性分析中的计算挑战，实现精准肿瘤学的个性化分析	结直肠癌患者的单细胞和批量RNA-seq数据	计算生物学	结直肠癌	单细胞RNA-seq，批量RNA-seq	nHDP，iGFCI	基因表达数据	超过625,000个细胞的大规模单细胞RNA-seq数据，以及TCGA批量RNA-seq数据
156	2025-10-04	Network dynamics underlying activity-timescale differences between cortical regions 2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.19.677442 PMID:41000864	研究论文	本研究通过整合功能成像和空间转录组学数据，探索了小鼠大脑皮层不同区域在活动时间尺度上的差异及其网络动力学机制	首次将功能成像与空间转录组学数据共同配准，揭示了时间尺度差异与转录类别的关联，并通过双光子成像和光遗传学技术直接比较了不同皮层区域的网络响应特性	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于其他物种尚需验证	探究大脑皮层不同区域在网络动力学和时间尺度上的差异机制	小鼠大脑皮层，特别是短时间尺度的视觉区域VISp和长时间尺度的前额叶区域MOs	神经科学	NA	功能成像、空间转录组学、双光子成像、光遗传学	NA	成像数据、转录组数据	小鼠大脑皮层样本
157	2025-10-04	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文综述了显微分辨率空间转录组学（μST）的技术进展、关键挑战及未来发展方向	系统总结了显微分辨率空间转录组学在细胞和亚细胞尺度转录组图谱绘制方面的突破性进展	面临每个微米级空间单元转录本发现稀疏、数据跨平台碎片化等挑战	探讨显微分辨率空间转录组学领域的技术挑战和解决方案	空间转录组学技术及其分析方法	空间组学	NA	空间转录组学（ST）、测序技术、成像技术	人工智能（AI）驱动的空间分析	空间转录组数据	NA
158	2025-10-04	Single-cell transcriptomics reveal oxidative phosphorylation and oxidative stress in the superior temporal plane of non-syndromic cleft lip and palate fetuses 2025-Aug-20, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123922 PMID:40845983	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示非综合征性唇腭裂胎儿颞上平面存在氧化磷酸化和氧化应激异常	首次在NSCLP胎儿大脑中构建单细胞图谱，发现特定抑制神经元亚群InN6与氧化磷酸化和氧化应激异常相关	样本量较小（仅3例NSCLP和3例正常胎儿），且仅分析了颞上平面区域	探究NSCLP胎儿大脑是否存在发育异常	非综合征性唇腭裂胎儿和正常胎儿的颞上平面组织	单细胞转录组学	非综合征性唇腭裂	单核RNA测序(snRNA-seq)、实时定量PCR(RT-qPCR)、免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	3个NSCLP胎儿和3个正常胎儿（孕17-23周）
159	2025-10-04	Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B 2025-Aug, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10846-y PMID:40489024	研究论文	通过单细胞转录组测序分析慢性乙型肝炎患者B细胞亚群的功能失调	首次在单细胞水平系统揭示不同HBV感染阶段B细胞亚群的组成和功能特征，发现肝脏组织中富集的非典型B细胞和FCRL1+B细胞亚群与免疫耐受和免疫激活状态相关	样本量相对有限，需要更大规模队列验证研究结果	研究乙型肝炎病毒感染者不同临床阶段B细胞亚群的免疫学特征和潜在临床意义	25名个体（包括健康对照和不同HBV感染阶段患者）的肝脏和血液样本中的B细胞	单细胞转录组学	乙型肝炎	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	46个肝脏和血液样本中的23,967个B细胞（包括1,677个浆细胞），来自25名个体；另有独立验证队列包含38名个体
160	2025-10-04	CXCL13 as a Prognostic Biomarker and Modulator of the Tumor Microenvironment in Colorectal Cancer 2025 Jul-Aug, Journal of digestive diseases IF:2.3Q3 DOI:10.1111/1751-2980.70001 PMID:40804009	研究论文	本研究探讨CXCL13在结直肠癌中的预后价值及其对肿瘤微环境的调节作用	首次系统评估CXCL13在结直肠癌中的免疫调节功能，发现CXCL13+CD8+T细胞与良好预后的关联	需要进一步研究CXCL13调控CD8+T细胞功能的具体机制	探究CXCL13对结直肠癌患者预后和免疫微环境的影响	结直肠癌患者和肿瘤微环境	肿瘤免疫学	结直肠癌	免疫组织化学、多重免疫组化、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、组织切片图像、单细胞测序数据	四个独立队列（包括TCGA队列和仁济医院队列）