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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-06-23 |
Dedifferentiation-driven oncogenic stemness promotes tumor-sustaining adaptability in the intestinal epithelium
2026-Apr-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08669-2
PMID:41997917
|
研究论文 | 该研究通过Smad4功能丧失和β-catenin功能获得的小鼠模型,揭示了去分化驱动的癌性干性促进肠道肿瘤维持适应性的机制 | 发现去分化衍生的癌性干细胞比内源性突变干细胞更有效地维持肿瘤发生,并阐明Notch信号异常和代谢可塑性在自上而下肠道肿瘤发生中的协同作用 | 未明确提及 | 探究去分化驱动的癌性干性在肠道肿瘤发生中的作用及其生物学决定因素 | Smad4:β-catenin小鼠模型的肠上皮细胞,包括绒毛上皮细胞和Lgr5+干细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型样本,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 142 | 2026-06-23 |
Roles of mitophagy and immune infiltration in Parkinson's disease: new perspectives from bioinformatics analysis and A53T transgenic mice
2026-Apr-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-026-02243-4
PMID:41998308
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研究论文 | 通过生物信息学分析和A53T转基因小鼠模型,研究线粒体自噬和免疫浸润在帕金森病中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和A53T转基因小鼠模型,鉴定出五个关键线粒体自噬相关差异表达基因,并发现它们在中枢神经系统和免疫细胞中均有异常表达 | 未提及具体局限性 | 阐明线粒体自噬在帕金森病发病和进展中的精确机制 | 帕金森病患者样本和α-突触核蛋白A53T转基因小鼠 | 数字病理学 | 帕金森病 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 两个单细胞RNA测序数据集(GSE178265和PRJNA1145007),以及A53T转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 143 | 2026-06-23 |
18-β-glycyrrhetinic acid facilitates nuclear-mitochondrial communications to alleviate oxidative stress through HMGB1-cGAS-Mul1 axis in tendinopathy
2026-Apr-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08091-4
PMID:41998635
|
研究论文 | 本研究探讨了18-β-甘草次酸通过HMGB1-cGAS-Mul1轴减轻肌腱病中氧化应激的机制 | 首次揭示了GA通过诱导HMGB1甲基化(由甲基转移酶DOT1L催化)促进cGAS与线粒体E3泛素连接酶Mul1相互作用,从而降解cGAS,调控核-线粒体通讯减轻氧化应激的新机制 | 未提及具体局限性 | 阐明18-β-甘草次酸缓解肌腱病的分子机制,重点关注其对氧化应激下HMGB1-cGAS-STING轴和NLRP3炎症小体活化的调控 | 肌腱病大鼠模型、H₂O₂诱导的肌腱干细胞氧化应激模型 | 机器学习和数字病理 | 肌腱病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 临床样本(具体数量未提及)、大鼠组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 144 | 2026-06-23 |
Biomimetic KeMA hydrogel encapsulating CAP-EVs-MEF2C for inhibiting inflammation and senescence in intervertebral disc degeneration
2026-Apr-17, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04416-z
PMID:41998644
|
研究论文 | 开发一种封装MEF2C过表达巨噬细胞来源的软骨亲和肽修饰细胞外囊泡的KeMA水凝胶,用于通过调控MEF2C/P21/CDK2轴抑制椎间盘退变中的炎症和衰老 | 首次利用单细胞RNA测序鉴定MEF2C为关键调控因子,并设计CAP修饰的EVs结合KeMA水凝胶实现靶向递送和缓释,同时调控软骨终板软骨细胞炎症和髓核细胞衰老 | 未提及具体局限性 | 开发一种仿生系统以抑制椎间盘退变中的炎症和细胞衰老 | 软骨终板软骨细胞和髓核细胞 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2026-06-23 |
PIM1 kinase-regulated cellular metabolism sustains differentiation and function of effector CD8+ T cells during chronic viral infection
2026-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkag062
PMID:42001517
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研究论文 | 研究PIM1激酶调控的细胞代谢如何维持慢性病毒感染期间效应CD8+ T细胞的分化和功能 | 利用Compass算法基于单细胞RNA测序数据揭示慢性感染中CD8+ T细胞亚群的代谢异质性,并发现IL-21-PIM1轴通过氧化和糖酵解代谢调节效应CD8+ T细胞分化和功能 | 未明确说明具体局限性 | 探究慢性病毒感染期间CD8+ T细胞代谢调控与分化的关系 | 慢性病毒感染小鼠模型中的病毒特异性CD8+ T细胞亚群(前体、效应和耗竭细胞) | 机器学习, 数字病理学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | Compass算法 | 单细胞转录组数据 | 基于慢性感染小鼠模型的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 利用Compass算法基于单细胞RNA测序数据进行代谢状态预测 |
| 146 | 2026-06-23 |
Transcriptional programming of early-forming memory B cells arises independently of cognate CD4+ T-cell interactions
2026-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkag054
PMID:42001515
|
研究论文 | 通过MHCII敲除小鼠模型,研究早期记忆B细胞在缺乏CD4+ T细胞相互作用下的转录编程机制 | 首次揭示早期记忆B细胞的转录编程独立于CD4+ T细胞相互作用,证明其在无T细胞辅助下仍可形成多样化群体 | 未分析T细胞非依赖记忆B细胞在长期免疫记忆维持中的功能差异 | 探究CD4+ T细胞相互作用对T细胞非依赖记忆B细胞分子编程和多样性的影响 | 流感病毒感染后形成的记忆B细胞 | 免疫学 | 流感感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | MHCII敲除小鼠与野生型小鼠的B细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 147 | 2026-06-23 |
Mapping the Cell-Cell Interactions in Cardiovascular Diseases: A Single-Cell Atlas Perspective
2026-Apr-14, Korean circulation journal
IF:3.0Q2
DOI:10.4070/kcj.2026.0007
PMID:42324221
|
综述 | 基于单细胞图谱视角,综述心血管疾病中细胞间相互作用的改变及其发病机制 | 通过单细胞和空间转录组学技术系统构建人类心脏和血管细胞图谱,推断配体-受体分析介导的细胞间通讯,揭示疾病特异性信号通路改变 | 未提及具体局限性 | 总结心血管疾病中细胞间相互作用的主要变化,阐明失调信号网络在心肌病、心肌梗死和心力衰竭中的作用 | 心血管细胞(心肌细胞、内皮细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞和免疫细胞) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 148 | 2026-06-23 |
A Protocol for Harvesting Single-cell Suspension from Mouse Corneas
2026-Apr-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69844
PMID:42008475
|
研究论文 | 建立了一种从小鼠角膜中制备高质量单细胞悬液的稳健方案 | 提出了一种独特的通过胶原酶A和胰蛋白酶顺序消化从小鼠角膜组织制备单细胞悬液的方法,确保了高细胞数量和优良活性 | 未提及局限性 | 解决角膜组织因结构致密而难以制备高质量单细胞悬液的问题 | 小鼠角膜 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, 胶原酶A消化, 胰蛋白酶消化 | NA | 单细胞悬液 | 多只小鼠角膜 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 149 | 2026-06-23 |
Mapping Infant Immunity with Minimal Input: Integrative Single-cell and Multiomic Profiling
2026-Apr-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/70279
PMID:42008512
|
研究论文 | 针对新生儿血量极少的限制,开发了优化方案,通过整合流式细胞术、蛋白质组学和单细胞RNA测序,从微量血液中获取高维度免疫数据,揭示早期生命免疫的独特轨迹 | 提出了利用极少量新生儿血液进行高维免疫分析的综合方案,实现了纵向采样和多组学整合,弥补了新生儿免疫研究中的关键空白 | 研究中提到的极低出生体重和极早早产儿的血液样本量限制仍然是挑战,且方案在更大人群中的验证可能受限于样本可获得性 | 建立从微量新生儿血液中进行高分辨率免疫分析的方法,揭示早期生命免疫系统的动态变化 | 新生儿血液中的循环免疫细胞 | NA | NA | 流式细胞术、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2026-06-23 |
Fibroblast-Driven Fibroblast Growth Factor and Fibronectin 1 Signaling Orchestrates Extracellular Matrix Remodeling for Ovine Mammary Lactation Decline
2026-Apr, Comprehensive Physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1002/cph4.70150
PMID:41998868
|
研究论文 | 本研究整合了绵羊泌乳高峰和晚期单细胞RNA测序数据,揭示了成纤维细胞驱动的FGF和FN1信号通路在细胞外基质重塑和泌乳衰退中的作用 | 首次在绵羊乳腺中通过单细胞转录组学揭示成纤维细胞作为基质调控枢纽,通过FGF和FN1信号通路协调ECM重塑,并发现与人类保守的转录程序 | 未涉及功能验证实验,跨物种比较仅限于转录水平,缺乏对信号通路的直接干扰验证 | 阐明绵羊泌乳衰退过程中乳腺细胞外基质重塑的细胞和分子机制 | 泌乳高峰和晚期绵羊乳腺组织中的多种细胞类型,包括成纤维细胞、免疫细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 未指定具体样本数量,但涉及泌乳高峰和晚期两个阶段的绵羊乳腺样本 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 151 | 2026-06-23 |
High ALG1 Expression Is Correlated With Poor Prognosis and the Immune Microenvironment in Glioma
2026-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71142
PMID:42002825
|
研究论文 | 本研究探讨ALG1在胶质瘤中的表达及其临床意义,揭示其与预后和免疫微环境的关系 | 首次系统揭示ALG1在胶质瘤中过表达并通过调节免疫微环境(如IL10和CYPA通路)促进恶性进展,结合多数据库分析、单细胞RNA测序及体内外实验验证 | 未明确说明具体局限性,可能包括样本量有限、机制研究不够深入或缺乏多中心验证 | 评估ALG1在胶质瘤中的表达模式、预后价值及其对免疫微环境的影响 | 胶质瘤患者肿瘤组织及细胞,包括临床样本、TCGA和CGGA数据库数据 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RT-qPCR, Western blotting, 免疫组织化学/荧光, 单细胞RNA测序, siRNA敲除, 伤口愈合实验, 原位小鼠模型 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 临床样本数据 | TCGA和CGGA数据库样本(具体数量未提及),以及临床样本(具体数量未提及) | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq(推测) | 单细胞RNA测序平台用于细胞状态转换分析 |
| 152 | 2026-06-23 |
Spatial and single-cell RNA sequencing reveals the immune microenvironment of human ascending thoracic aortic aneurysms
2026-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70650
PMID:42007493
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,构建了人升主动脉瘤的高分辨率免疫细胞图谱,揭示了免疫介导的血管重塑机制 | 首次构建人升主动脉瘤高分辨率免疫细胞图谱,结合Visium HD空间转录组学实现近单细胞分辨率的细胞定位,发现干扰素、AP1和NF-κB通路可作为治疗新靶点 | 未明确提及样本量对不同临床分期的代表性及功能验证实验的缺乏 | 探索人升主动脉瘤的免疫微环境特征及其与疾病进展相关的免疫介导血管重塑机制 | 人升主动脉组织(来自8名ATAA患者和9名对照) | 数字病理学 | 升主动脉瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 17份主动脉组织(8个ATAA患者,9个对照,其中6个来自GEO数据库) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3'用于单细胞RNA测序,Visium HD用于空间转录组学分析 |
| 153 | 2026-06-23 |
Re-analysis of single-cell transcriptomics reveals a critical role of TNS1 gene in driving contractile VSMC transdifferentiation into macrophage-like SMC and atherosclerotic plaque instability
2026-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70664
PMID:42007508
|
研究论文 | 通过重新分析单细胞转录组数据,揭示TNS1基因在收缩型血管平滑肌细胞向巨噬细胞样平滑肌细胞转分化及动脉粥样硬化斑块不稳定中的关键作用 | 首次通过单细胞转录组重新分析及体内实验,明确TNS1基因缺失促进VSMC向MP样SMC转分化并加剧斑块不稳定 | 未提及具体局限性 | 探究VSMC表型转换亚型对动脉粥样硬化进展及斑块不稳定性的影响,并鉴定关键调控基因TNS1的作用 | 血管平滑肌细胞(VSMC)及巨噬细胞样平滑肌细胞(MP-like SMC) | 机器学习 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单样本基因集富集分析(ssGSEA)、高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)、细胞通讯分析 | NA | 转录组数据 | 三个不稳定斑块转录组数据集及两个scRNA-seq数据集(GSE155513和GSE253903);人类动脉粥样硬化斑块及健康动脉样本;VSMC特异性Tns1敲除ApoE-/-小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2026-06-23 |
The landscape of responses to neoadjuvant immunotherapy in resectable Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog-mutant lung adenocarcinoma: Clinical heterogeneity and correlative immunologic analysis
2026-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70670
PMID:42011021
|
research paper | 本研究整合临床结果与单细胞RNA测序,描绘了可切除的KRAS突变肺腺癌对新辅助免疫治疗反应的景观,发现临床异质性与相关免疫学特征 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了KRAS突变肺腺癌中免疫抑制性Treg亚群(CD4T_Treg_TNFRSF4)与新型耗竭样B细胞(Bex)-Th1细胞协同网络在决定新辅助免疫治疗疗效中的对立作用 | NA | 阐明可切除的KRAS突变肺腺癌对新辅助免疫治疗反应差异的免疫决定因素 | KRAS突变与野生型肺腺癌患者的肿瘤微环境特征 | machine learning | lung cancer | RNA-seq | NA | gene expression | 143例可切除肺腺癌患者(106例KRAS野生型,37例KRAS突变型);另有234例非小细胞肺癌患者肿瘤标本用于单细胞RNA测序,其中48例肺腺癌(13例KRAS突变,35例KRAS野生型) | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 155 | 2026-06-23 |
Single-cell RNA sequencing and high-dimensional flow cytometry reveal distinct peripheral immune landscapes of type 1 autoimmune pancreatitis and pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70680
PMID:42011980
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示1型自身免疫性胰腺炎与胰腺导管腺癌的外周免疫图谱差异 | 首次整合单细胞RNA/BCR测序和流式细胞术,在AIP患者外周血中发现三种新型免疫细胞亚群,并基于这些亚群建立区分AIP与PDAC的诊断列线图 | 研究样本量相对较小,且未在更大的独立队列中进行验证 | 明确自身免疫性胰腺炎的外周免疫特征,找出其与胰腺癌的差异及用于疾病鉴别的生物标志物 | 1型自身免疫性胰腺炎患者、胰腺导管腺癌患者和健康志愿者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 自身免疫性胰腺炎, 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA/BCR测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞术数据 | 10例1型AIP患者、13例PDAC患者和11名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA/BCR测序 | NA | NA |
| 156 | 2026-06-23 |
Limited protection against early-life lung murine cytomegalovirus infection results from deficiency of cytotoxic CD8 T cells
2026-Apr, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1014150
PMID:42008567
|
研究论文 | 该研究通过小鼠巨细胞病毒呼吸道感染模型和过继性T细胞转移,揭示了早期生命阶段CD8 T细胞毒性缺陷导致抗病毒保护不足的机制 | 首次通过单细胞RNA测序分析早期生命阶段MCMV特异性CD8 T细胞的分化,发现新生儿期αβ T细胞普遍缺陷导致效应T细胞功能不全 | 研究基于小鼠模型,结果向人类CMV感染的转化需进一步验证 | 阐明早期生命阶段抗巨细胞病毒T细胞免疫的差异机制 | 新生和成年小鼠的呼吸道巨细胞病毒感染模型 | 数字病理学 | 巨细胞病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 157 | 2026-06-23 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq profiling identifies NTN5 +LSAMP + myoblasts as mediators of impaired embryonic myogenesis
2026-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析揭示了NTN5+LSAMP+成肌细胞作为胚胎肌生成受损的介质 | 首次在生长受限的胚胎中鉴定出共表达netrin-5和LSAMP的致病性成肌细胞亚群,并揭示了其分化阻滞的表观遗传和代谢机制 | 未提及具体局限性 | 研究生长受限胚胎中肌生成的调控机制,为发育性肌病和胎儿生长受限提供治疗靶点 | 生长受限和正常猪胚胎体节中的成肌细胞 | 机器学习和生物信息学 | 胎儿生长受限 | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | 来自生长受限和正常猪胚胎体节的多组学数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台用于单细胞RNA-seq和ATAC-seq |
| 158 | 2026-06-23 |
scGPD: single-cell informed gene panel design for targeted spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag160
PMID:41996577
|
研究论文 | 提出scGPD框架,利用单细胞RNA-seq数据设计用于靶向空间转录组学的基因组合 | 采用基因-基因相关性感知的门控机制,可从数据中提取信息特征并消除基因冗余,优于现有方法 | 未提及具体限制 | 开发用于空间转录组学的紧凑且非冗余基因组合设计方法 | 多样单细胞数据集和空间转录组数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据 | 多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 159 | 2026-06-23 |
Spatial-ZEDNet : a unified spatial transcriptomics framework for detecting differential gene activation and expression
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag166
PMID:42001470
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研究论文 | 提出Spatial-ZEDNet框架,统一检测空间转录组学中差异基因表达与激活 | 通过层级高斯随机场模型同时检测空间差异表达基因和差异激活基因,明确建模零膨胀问题,且无需空间坐标匹配即可对齐不同条件下的生物信号 | 模拟和实际应用中虽表现优异,但可能对复杂组织微环境的泛化性有限,且计算成本可能较高 | 开发一种统计严谨的方法,用于整合空间转录组学数据以检测暴露诱导的组织重塑中的差异基因调控 | 结肠炎和疟原虫感染数据集中的免疫基因表达与激活模式 | 数字病理学 | 结肠炎、疟疾 | 空间转录组学 | 高斯随机场 | 空间转录组数据 | 结肠炎和疟原虫感染数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 160 | 2026-06-23 |
AICellType: a large language model-based platform for accurate cell type annotation
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag151
PMID:42001469
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研究论文 | 基于大语言模型的细胞类型注释平台AICellType,通过系统性基准测试和平台开发,实现单细胞与空间转录组数据的准确注释 | 首次系统评估79种大语言模型在1130个单细胞和空间转录组数据集上的性能,并开发整合了本体结构和语义推理评估框架的开源平台AICellType | 未提及具体限制,但需考虑模型对罕见细胞类型注释的潜在偏差及计算资源需求 | 开发准确、可扩展且高效的细胞类型注释方法,解决现有方法依赖静态基因标记的局限性 | 79种大语言模型、1130个单细胞和空间转录组数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 大语言模型(LLM) | 单细胞与空间转录组数据 | 1130个数据集 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |