单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28877 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-06-18 |
Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis
2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl...
DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32
PMID:40510773
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research paper | 提出了一种基于网络分析的空间转录组数据细胞间通讯方法 | 构建了一个全连接、有向且加权的网络模型来量化配体-受体相互作用的信号活性，并强调了使用低维基因数据嵌入构建网络模型的重要性 | 仅在三种相互作用上进行了验证，样本量有限 | 开发一种新的方法来表征空间转录组数据中的细胞信号传导 | 空间转录组数据中的配体-受体相互作用 | digital pathology | NA | Spatial Transcriptomics (ST) | network model | gene expression data | 一个真实ST数据集上的三种相互作用 |
| 142 | 2025-06-18 |
Survey of transcriptome analyses of hippocampal neurogenesis with focus on adult dentate gyrus stem cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1605116
PMID:40519263
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综述 | 本文综述了关于海马神经发生的转录组分析，重点关注成年齿状回干细胞的研究 | 通过单细胞RNA测序和克隆研究揭示了成年齿状回中神经干细胞异质性群体的存在，包括长寿命和早期快速耗竭的群体 | 关于人类成年神经发生的研究较少，且存在物种间神经发生过程动态差异的问题 | 探讨海马神经发生的分子机制及其在学习和记忆中的作用 | 成年齿状回神经干细胞及其发育轨迹 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 143 | 2025-06-18 |
Adult-onset hypothyroidism induces granulosa cell apoptosis and affects ovarian follicle development in rats
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1610694
PMID:40519262
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研究论文 | 研究成年发病甲状腺功能减退对大鼠卵巢发育和基因表达的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究甲状腺功能减退对卵巢颗粒细胞和卵母细胞基因表达的影响，并发现甲状腺功能减退促进氧化应激 | 研究仅基于大鼠模型，结果可能无法完全适用于人类 | 探究成年发病甲状腺功能减退对卵巢发育和生育能力的影响 | 成年雌性大鼠 | 生殖医学 | 甲状腺功能减退 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量的大鼠模型 |
| 144 | 2025-06-18 |
Pan-cancer analysis of TMED2: unraveling potential immune characteristics and prognostic value in cancer therapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1578627
PMID:40519935
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research paper | 该研究通过多数据库综合分析TMED2在泛癌中的表达、预后价值及其与免疫特征的关系 | 首次全面探索TMED2在泛癌中的调控作用及其与免疫特征和信号通路的关联 | 研究主要基于公共数据库分析，需要进一步实验验证TMED2的具体作用机制 | 探究TMED2在癌症治疗中的潜在免疫特性和预后价值 | 多种癌症类型（包括CESC、MESO、LGG和UVM）及其相关细胞 | digital pathology | pan-cancer | 单细胞测序、通路富集分析、PPI网络分析 | NA | 基因表达数据、临床病理数据 | 多个公共数据库中的癌症和正常组织样本 |
| 145 | 2025-06-18 |
Single-cell transcriptome profiling reveals dynamic cell populations and immune infiltration in cerebral cavernous malformation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592343
PMID:40519934
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research paper | 该研究通过单细胞转录组分析揭示了脑海绵状血管畸形（CCM）病变组织中的细胞亚群和免疫浸润动态 | 首次在CCM病变组织中进行了单细胞RNA测序，揭示了单核细胞、中性粒细胞和NK细胞的增加以及基因表达和信号通路的失调 | 样本来源仅限于散发性CCM患者，未涵盖家族性CCM病例 | 全面绘制散发性CCM患者病理组织中的细胞亚群和信号通路变化 | CCM患者的病变脑血管组织和对照组的正常脑血管组织 | digital pathology | cerebral cavernous malformation | 单细胞RNA测序、多重荧光免疫组化 | NA | RNA-seq数据 | CCM患者的病变组织和对照组的正常组织（具体样本数量未明确说明） |
| 146 | 2025-06-18 |
Transcriptional profiling reveals H.pylori-associated genes induced inflammatory cell infiltration and chemoresistance in gastric cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592558
PMID:40519938
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研究论文 | 本研究通过转录组生物信息学分析，揭示了幽门螺杆菌(H. pylori)感染在胃癌(GC)中通过ACSM5和HSPB2基因表达影响肿瘤微环境(TME)和化疗耐药的机制 | 建立了幽门螺杆菌相关预后指数(HPI)，发现高HPI与不良预后相关，并揭示了HPI与肿瘤微环境细胞浸润增强和抗肿瘤药物耐药性的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了部分实验验证，但仍需更多体内外实验进一步证实 | 探索幽门螺杆菌感染对胃癌肿瘤微环境和化疗耐药的影响机制 | 胃癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组生物信息学分析、scRNA-seq、药物敏感性检测 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据 | TCGA和GSE62254数据集中的胃癌样本 |
| 147 | 2025-06-18 |
Omics-based Approach Towards Macrophages: New Perspectives of Biology and Function in the Normal and Diseased Heart
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.112061
PMID:40520014
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综述 | 本文系统总结了巨噬细胞在心血管疾病调控中的多样表型和功能可塑性，特别强调了多组学技术提供的新见解 | 利用单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学等多组学技术揭示了巨噬细胞的异质性、细胞间相互作用、功能机制和空间组织 | NA | 研究巨噬细胞在心血管疾病中的多样性和功能，为临床巨噬细胞靶向策略提供参考 | 巨噬细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学 | NA | 组学数据 | NA |
| 148 | 2025-06-18 |
Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis Reveals ECM-remodeling Cancer-associated Fibroblast-Derived POSTN as a Key Mediator in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Progression
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.108618
PMID:40520021
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了ECM重塑的癌症相关成纤维细胞衍生的POSTN在胰腺导管腺癌进展中的关键作用 | 首次整合大规模单细胞转录组学和空间转录组学数据，鉴定了8种不同的成纤维细胞亚群，并发现ECM重塑成纤维细胞通过POSTN-ITGAV/ITGB5配体-受体轴促进肿瘤进展 | 研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且药物抑制实验仅部分逆转了恶性表型 | 解析胰腺导管腺癌中成纤维细胞的异质性及其与上皮细胞的相互作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)中的成纤维细胞和上皮细胞 | 数字病理 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学(ST) | NA | 转录组数据 | NA |
| 149 | 2025-06-18 |
ITLN1 exacerbates Crohn's colitis by driving ZBP1-dependent PANoptosis in intestinal epithelial cells through antagonizing TRIM8-mediated CAPN2 ubiquitination
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.105550
PMID:40520022
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research paper | 本研究探讨了肠道上皮细胞（IECs）的PANoptosis如何促进克罗恩病（CD）进展的机制 | 发现了ITLN1-TRIM8-CAPN2轴在驱动IEC PANoptosis中的作用，并提出了ITLN1靶向治疗作为CD治疗的潜在策略 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证可能有限 | 探究克罗恩病（CD）进展中肠道上皮细胞PANoptosis的机制 | 克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠模型 | 生物医学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫共沉淀（Co-IP）、质谱分析（MS）、RNA-seq | IL-10 KO小鼠模型 | RNA测序数据、蛋白质相互作用数据 | 克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠 |
| 150 | 2025-06-18 |
Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1588987
PMID:40520167
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研究论文 | 本研究探讨了败血症存活小鼠对李斯特菌感染的增强抵抗力，揭示了脂质代谢和髓系细胞重编程的作用 | 发现败血症存活诱导的髓系细胞脂质代谢重编程增强了对细胞内病原体的免疫力 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 研究败血症存活后免疫系统如何增强对二次感染的抵抗力 | 败血症存活小鼠及其对李斯特菌感染的免疫反应 | 免疫学 | 败血症 | 单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组织化学、血清细胞因子检测、血浆脂质组学 | 小鼠盲肠结扎穿刺(CLP)模型 | 基因表达数据、脂质代谢数据、细胞表型数据 | 未明确说明具体数量的小鼠样本 |
| 151 | 2025-06-18 |
Research progress of colorectal cancer in genomic and transcriptomic at multi-level
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1533817
PMID:40520235
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综述 | 本文综述了结直肠癌在基因组和转录组多层次的研究进展 | 从单基因、批量测序到单细胞测序三个阶段探讨结直肠癌的发生发展机制，强调了肿瘤内细胞间异质性和肿瘤微环境相互作用的重要性 | 未提及具体临床应用案例或治疗效果数据 | 探讨结直肠癌的发生、发展和转移机制 | 结直肠癌 | 基因组学与转录组学 | 结直肠癌 | 批量测序技术、单细胞测序技术 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 152 | 2025-06-18 |
Identification of biomarkers for the diagnosis of chronic kidney disease (CKD) with dilated cardiomyopathy (DCM) by bioinformatics analysis and machine learning
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1562891
PMID:40520229
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research paper | 通过生物信息学分析和机器学习识别慢性肾病（CKD）伴扩张型心肌病（DCM）的诊断生物标志物 | 鉴定了MNS1和HERC6作为生物标志物，并开发了新的诊断列线图，为CKD伴DCM的早期诊断提供了新方法 | 研究依赖于公开数据集，未进行独立实验验证 | 开发CKD伴DCM的早期诊断方法和潜在治疗策略 | 慢性肾病（CKD）和扩张型心肌病（DCM）患者 | 生物信息学 | 慢性肾病和心血管疾病 | 生物信息学分析、机器学习（LASSO、SVM-RFE、RF）、单细胞RNA测序 | LASSO、SVM-RFE、RF | 基因表达数据 | 多个GEO数据集（GSE57338、GSE29819、GSE104954、GSE145154） |
| 153 | 2025-06-18 |
Integrative transcriptomics and single-cell transcriptomics analyses reveal potential biomarkers and mechanisms of action in papillary thyroid carcinoma
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1536198
PMID:40520228
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研究论文 | 通过整合转录组学和单细胞转录组学分析，揭示甲状腺乳头状癌的潜在生物标志物及其作用机制 | 结合RNA-seq和scRNA-seq技术，首次鉴定出ENTPD1、SERPINA1和TACSTD2作为PTC的潜在转录组水平生物标志物，并揭示了组织干细胞、上皮细胞和平滑肌细胞在PTC中的关键作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证 | 鉴定PTC的可靠诊断生物标志物并阐明其发病机制 | 甲状腺乳头状癌(PTC) | 生物信息学 | 甲状腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 生物信息学分析（差异基因表达分析、GO和KEGG富集分析、WGCNA、机器学习、ROC分析、列线图分析、GSEA） | 机器学习 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集（GSE3467、GSE3678、GSE33630、GSE65144、GSE82208和GSE191288） |
| 154 | 2025-06-18 |
Integrative single-cell and cell-free plasma RNA transcriptomics identifies biomarkers for early non-invasive AD screening
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1571783
PMID:40520536
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research paper | 该研究通过整合单细胞RNA测序和血浆游离RNA测序数据，识别出用于阿尔茨海默病早期非侵入性筛查的生物标志物 | 首次整合血浆游离RNA和脑单细胞RNA测序数据，识别出34个与AD病理相关的基因，并开发了基于机器学习的预测模型 | 血浆游离RNA的稳定性可能影响临床转化应用 | 开发一种非侵入性工具来检测阿尔茨海默病脑部变化 | 阿尔茨海默病患者和年龄匹配的对照组 | digital pathology | geriatric disease | RNA-seq, scRNA-seq | support vector machine, random forest, logistic regression | RNA sequencing data | 337份血浆样本(172名AD患者和165名对照)和88份脑组织样本(46名AD患者和42名对照) |
| 155 | 2025-06-18 |
scFocus: Detecting branching probabilities in single-cell data with SAC
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.036
PMID:40520594
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研究论文 | 本文提出了一种名为scFocus的分析算法，用于在单细胞数据的低维潜在空间中基于强化学习和无监督分支划分细胞亚群 | 结合分支概率和无监督聚类，有效表征基因表达强度的变化，无需依赖先验信息 | NA | 提高单细胞转录组数据中细胞分化轨迹的检测精度 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 强化学习 | 单细胞转录组数据 | 十个单细胞数据集，包括小规模数据集、常见规模数据集和多批次数据集 |
| 156 | 2025-06-18 |
The complex interplay of TROP2 and PD-L1 in immune regulation and drug resistance in lung cancer
2025, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
DOI:10.62347/NHFJ1535
PMID:40520853
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研究论文 | 本研究探讨了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的复杂相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗疗效的影响 | 揭示了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用机制，并提出了新的诊断标志物和治疗策略 | 研究主要集中在肺腺癌，未涵盖其他类型的肺癌 | 研究TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗的影响 | 肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、免疫组织化学数据、单细胞RNA测序数据 | 肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞样本 |
| 157 | 2025-06-18 |
Notable influences of estrogen and sex-specific microenvironment in colorectal cancer revealed by single-cell transcriptome analysis
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.106133
PMID:40520886
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了雌激素和性别特异性微环境在结直肠癌中的显著影响 | 揭示了结直肠癌中性别差异的细胞组成、功能及细胞间相互作用，并验证了雌激素信号通路激活与凋亡活性的正相关性 | 样本量较小（32例），且未涉及其他激素或环境因素的潜在影响 | 探究结直肠癌中性别特异性预后差异的生物学机制 | 结直肠癌患者样本及细胞系 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞测序、多重免疫组化、Western blot、TUNEL检测 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 32例结直肠癌样本，共167,437个细胞 |
| 158 | 2025-06-18 |
PDGF-BB/EGR1 Axis Drives Fibroblast Activation Protein Expression to Promote Abdominal Aortic Aneurysm
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.114429
PMID:40520892
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research paper | 本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白（FAP）在腹主动脉瘤（AAA）发展过程中血管平滑肌细胞（VSMCs）中的分子机制 | 揭示了PDGF-BB通过转录因子EGR1上调VSMCs中FAP表达的分子机制，并验证了FAP抑制剂在AAA模型中的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需要更多验证 | 阐明FAP在AAA发病机制中的作用并探索其治疗潜力 | 血管平滑肌细胞（VSMCs）和腹主动脉瘤（AAA） | 分子生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、PET/CT成像 | 小鼠AAA模型（PPE诱导） | RNA测序数据、影像数据 | 小鼠模型和1例人类AAA患者 |
| 159 | 2025-06-18 |
FOS as a biomarker for myocardial infarction treatment with Deng's Yangxin Decoction: a systems biology-based analysis
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1488684
PMID:40520937
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研究论文 | 本研究通过系统生物学方法探讨了邓氏养心汤治疗心肌梗死的潜在生物标志物及其作用机制 | 首次将FOS确定为邓氏养心汤治疗心肌梗死的核心生物标志物，并揭示了其与免疫浸润调控的潜在关联 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 探索邓氏养心汤治疗心肌梗死的生物标志物和作用机制 | 心肌梗死患者和邓氏养心汤 | 系统生物学 | 心血管疾病 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、分子对接、CIBERSORT免疫浸润分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于公开数据集的心肌梗死患者和对照样本 |
| 160 | 2025-06-18 |
Extrachromosomal circular DNA drives dynamic genome plasticity: emerging roles in disease progression and clinical potential
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.111765
PMID:40521196
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综述 | 本文综述了染色体外环状DNA（eccDNA）的分类、生物发生、检测方法、生物学功能及其临床意义 | 提出了压力选择理论，认为eccDNA是细胞适应环境和治疗压力的适应性储备 | 在理解组织特异性作用、实现临床转化和方法标准化方面仍存在挑战 | 探讨eccDNA在生理调控和疾病病理中的关键作用及其临床潜力 | 染色体外环状DNA（eccDNA）及其在多种疾病中的作用 | 基因组学 | 癌症、心血管疾病、神经系统疾病、自身免疫性疾病和代谢性疾病 | 长读长测序、单细胞测序、CRISPR合成和计算工具 | NA | 基因组数据 | NA |