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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-01-19 |
ViMIC 2.0: an updated database of human disease-related viral mutations, integration sites, and multi-omics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1106
PMID:41166154
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研究论文 | 本文介绍了ViMIC 2.0数据库的更新内容,该数据库整合了与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点和多组学数据 | 相较于前一版本,ViMIC 2.0显著扩展了数据规模(病毒类型从8种增至28种,病毒突变条目从31,712增至64,168,相关疾病从77种增至177种,文献从2,539篇增至6,433篇),并新增了单细胞转录组测序(scRNA-seq)和基因组结合/占据谱等数据类型,同时增强了可视化分析功能 | NA | 为病毒学研究社区提供一个用户友好、更新及时且维护良好的资源数据库 | 与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点及多组学数据 | 生物信息学 | 病毒相关疾病 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq)、基因组结合/占据谱分析、ChIP-seq、ChIP-on-chip、ATAC-seq、甲基化分析 | NA | 多组学数据、序列数据、表达谱数据、甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 甲基化分析, ChIP-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 142 | 2026-01-19 |
CGRP/TSP1 Signaling Dampens Corneal Inflammation and Fibrosis by Targeting A2M During Corneal Stromal Wound Healing
2026-Jan-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.1.10
PMID:41533912
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研究论文 | 本研究探讨了血小板反应蛋白-1(TSP1)在角膜基质伤口愈合中的具体作用及其机制,揭示了CGRP/TSP1/A2M信号轴在调节炎症和纤维化中的关键角色 | 首次通过单细胞测序和转录组分析,确定了TSP1通过调控A2M表达来抑制角膜炎症和纤维化,并发现CGRP信号可诱导TSP1和A2M,为角膜修复提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类患者数据仅作为验证,样本量有限,且未深入探讨CGRP/TSP1/A2M轴在其他类型角膜损伤中的普适性 | 研究TSP1在角膜基质伤口愈合中的作用及其分子机制 | 小鼠角膜基质损伤模型、人类端粒酶永生化角膜细胞、以及碱烧伤或真菌感染导致角膜瘢痕的患者样本 | 数字病理 | 角膜疾病 | 单细胞测序、bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 野生型和Thbs1缺陷型小鼠模型、人类细胞系及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2026-01-05 |
Single-cell RNA sequencing unveils enhanced antitumor immunity in colorectal cancer with PD-1 blockade and LINC00673 deletion
2026-Jan-03, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00888-7
PMID:41484808
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 144 | 2026-01-19 |
Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes
2026-Jan, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02614-y
PMID:40263451
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研究论文 | 本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白,在批量及单细胞转录组学数据中准确快速检测病毒序列的方法,能够检测超过10万种RNA病毒物种 | 该方法不依赖参考基因组,通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率,首次实现单细胞水平上病毒存在与宿主基因表达的并行分析 | 方法主要针对RNA病毒检测,可能不适用于DNA病毒;在单细胞水平预测病毒存在仍需进一步验证 | 开发一种新型病毒检测方法,用于病毒多样性监测和病毒-疾病相关性研究 | 恒河猴外周血单个核细胞中的病毒序列 | 生物信息学 | 埃博拉病毒病 | 高通量测序,单细胞转录组学 | NA | 转录组测序数据 | 来自患有埃博拉病毒病的恒河猴的外周血单个核细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 145 | 2026-01-19 |
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
PMID:40907663
|
研究论文 | 本研究利用小鼠精密肝切片(PCLS)这一三维组织培养系统,探究了白细胞介素-4(IL-4)在肝脏细胞重编程中的作用,并通过纵向单细胞转录组学和蛋白质水平验证,揭示了IL-4的促再生潜力 | 首次在保持肝脏复杂细胞相互作用的三维培养模型中,系统研究IL-4对肝脏细胞重编程的影响,并验证其在损伤肝脏组织中的促再生效果 | 研究基于小鼠模型,结果在人类肝脏中的适用性尚需进一步验证;三维培养系统虽能模拟体内环境,但仍与完整器官存在差异 | 探究IL-4在肝脏再生中的具体作用机制及其治疗潜力 | 小鼠精密肝切片(PCLS),包括正常和硫代乙酰胺诱导的肝坏死/纤维化模型 | 单细胞转录组学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序,免疫组织化学染色,细胞内ATP检测 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 8至10周龄C57BL/6小鼠的肝切片,培养5天,包括IL-4处理组和对照组 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2026-01-19 |
Activation and Spatial Redistribution of RNA Splicing Factors Trigger Hepatic Regeneration
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101654
PMID:41033443
|
研究论文 | 本研究通过时空测序和单细胞RNA测序揭示了剪接因子在肝脏再生中的关键作用及其空间分布变化 | 首次结合时空测序和单细胞RNA测序技术,系统阐明了剪接因子在肝脏再生启动中的空间重塑和分子机制,并识别出HNRNPU作为关键因子 | 研究主要基于小鼠模型和类器官,人类样本验证相对有限,且具体信号通路细节有待进一步探索 | 探究肝脏再生启动的精确空间和分子变化,以开发肝病潜在治疗靶点 | 再生肝脏、肝细胞类器官(Hep-Orgs)、基因敲除小鼠模型 | 单细胞测序 | 肝病 | 时空测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定具体样本数量,涉及再生肝脏、类器官和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2026-01-19 |
Reduced Intestinal GLP-1+ Cell Numbers Are Associated With an Inflammation-related Epithelial Metabolic Signature
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101656
PMID:41047099
|
研究论文 | 本研究探讨了肠道内分泌细胞(特别是GLP-1+细胞)在肠道炎症中的作用,发现其在克罗恩病小鼠模型和患者中数量减少,并与炎症相关的代谢变化相关 | 首次系统性地在小鼠模型和人类克罗恩病患者中证实GLP-1+细胞数量在炎症部位减少,并揭示了其与线粒体功能障碍和代谢改变的因果关系 | 研究主要基于动物模型和体外器官培养,人类样本验证相对有限,且具体分子机制仍需进一步探索 | 探究肠道内分泌细胞(特别是GLP-1+细胞)在肠道炎症中的角色及其潜在机制 | 小鼠模型(包括白细胞介素-10缺陷小鼠和ClpPΔIEC小鼠)、人类克罗恩病患者肠道活检样本、以及小鼠和人类肠道类器官 | 数字病理 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、器官培养 | NA | RNA测序数据、转录数据 | 4种不同的小鼠炎症模型、克罗恩病患者黏膜活检的公开单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2026-01-19 |
Molecular Landscape and Predictive Significance of Programmed Cell Death-Related Genes in Sepsis
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/5280021
PMID:41542228
|
研究论文 | 本研究通过转录组数据分析,揭示了程序性细胞死亡相关基因在脓毒症中的分子景观和预测意义,并构建了诊断模型 | 结合WGCNA和机器学习算法识别脓毒症相关的枢纽基因和预后相关特征基因,并在单细胞RNA-seq水平验证了特征基因,强调了S100A9和KLHL3等基因在中性粒细胞中的关联 | 研究基于公共数据库的转录组数据,可能受样本异质性和数据质量限制,且未进行实验验证 | 阐明脓毒症的转录组变化,特别是程序性细胞死亡的作用,并识别潜在的诊断生物标志物 | 脓毒症患者和对照样本的转录组数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序,单细胞RNA-seq | 机器学习算法(八种) | 转录组数据 | 从GEO网站提取的脓毒症和对照样本数据,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2026-01-19 |
Integrated Single Cell Spatial Analysis Reveals Dysregulated Basal Progenitor Cells in Ulcerative Colitis Pathogenesis: A Multi Omics Study
2026-Jan, Health science reports
IF:2.1Q3
DOI:10.1002/hsr2.71659
PMID:41542331
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞空间分析,揭示了溃疡性结肠炎发病机制中基底祖细胞的空间失调及其在疾病进展中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习,系统解析了UC中基底祖细胞的空间动态和功能基因矩阵,特别是FABP1主导的调控网络 | 研究样本量有限,且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证和更深入的机制研究 | 探究溃疡性结肠炎中基底祖细胞的空间动态、功能角色及其在疾病进展中的作用 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照的肠道组织样本 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, 空间表达数据 | UC和健康样本的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 150 | 2026-01-19 |
Protocol to evaluate mouse brain spatial cell type-resolved transcriptomic discoveries using 10× Visium spatial transcriptomics and FLEX scRNA-seq
2025-Dec-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104277
PMID:41456279
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合10× Visium空间转录组学和FLEX单细胞RNA测序技术,用于研究小鼠大脑组织中空间细胞类型特异性转录组变化的实验方案 | 整合了空间转录组学和单细胞RNA测序技术,以空间分辨率解析小鼠大脑组织中的细胞类型特异性基因表达和细胞间信号变化 | NA | 开发一种实验方案,以研究疾病组织中空间区域间的基因表达变化和细胞间信号传导机制 | 小鼠大脑组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 10x Visium, 10x FLEX | 10× Genomics Visium空间转录组学和10× Genomics FLEX单细胞RNA测序 |
| 151 | 2026-01-19 |
Novel Acinar Metaplastic States Uncovered in Exocrine Pancreas Disease
2025-Dec-25, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101717
PMID:41453639
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了外分泌胰腺疾病中腺泡细胞向导管化生(ADM)的保守程序,并识别了新的化生状态,包括与胰腺癌亚型早期形成相关的状态 | 首次在多种胰腺疾病模型中系统定义了腺泡细胞的化生反应,发现了先前未识别的“门户”ADM群体,并揭示了胰腺癌亚型在早期PanIN病变中的出现 | 研究主要基于小鼠模型,人类组织验证样本可能有限,且FixNCut方法的应用可能引入技术偏差 | 全面定义临床相关外分泌胰腺疾病中的化生反应,以理解癌症风险增加的机制 | 小鼠模型中的胰腺腺泡细胞及其微环境,以及人类胰腺组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 超过300,000个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 152 | 2026-01-19 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling of GL261 Glioblastoma Cells Reveals Gene Expression Signatures Underlying Tumorigenicity
2025-Dec-16, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-025-01635-0
PMID:41400763
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,对GL261胶质母细胞瘤细胞进行转录组分析,揭示了与肿瘤发生相关的基因表达特征 | 首次在GL261胶质母细胞瘤模型中应用单细胞RNA测序技术,全面解析了贴壁和神经球培养条件下细胞的转录组差异,并识别了与肿瘤发生相关的关键基因表达模式 | 研究仅基于GL261细胞系,未涉及患者样本或体内模型,可能无法完全反映临床胶质母细胞瘤的异质性 | 探究GL261胶质母细胞瘤细胞的转录组特征,以理解肿瘤生物学和潜在治疗靶点 | GL261胶质母细胞瘤细胞系,包括贴壁培养和神经球培养的细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | PCA, UMAP | 单细胞转录组数据 | 10715个细胞(5764个贴壁细胞和4951个神经球细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2026-01-19 |
Decreased scleral Wnt5ahi fibroblasts exacerbate myopia progression by disrupting extracellular matrix homeostasis in mice
2025-Dec-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67246-x
PMID:41402314
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了小鼠巩膜中Wnt5a高表达成纤维细胞在近视进展中的作用机制 | 首次在近视模型中识别出Wnt5a高表达巩膜成纤维细胞亚群,并揭示其通过调控细胞外基质稳态影响近视进展 | 研究仅基于雄性小鼠模型,未涉及雌性动物或人类样本,且机制研究主要依赖基因敲低技术 | 探究巩膜成纤维细胞表型异质性与形觉剥夺性近视之间的关联及其分子机制 | 雄性小鼠的巩膜组织 | 数字病理学 | 近视 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雄性小鼠巩膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2026-01-19 |
Establishment of a novel brainstem ischemic dysphagia model: single-cell sequencing reveals the molecular mechanisms underlying mPES intervention
2025-Dec-16, Journal of neuroengineering and rehabilitation
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12984-025-01841-3
PMID:41402839
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研究论文 | 本研究通过建立一种新型的脑干缺血性吞咽困难大鼠模型,并利用改良咽部电刺激(mPES)干预,结合单细胞转录组学揭示了其治疗机制 | 首次通过脑干缺血诱导建立稳定的吞咽困难动物模型,并应用单细胞测序技术探索mPES干预的分子机制 | 研究仅基于大鼠模型,未涉及人类样本,且单细胞测序结果需要进一步功能验证 | 建立新型脑干缺血性吞咽困难模型并探索mPES干预的治疗机制 | 大鼠脑干缺血模型 | 数字病理学 | 脑卒中后吞咽困难 | 单细胞转录组测序,光化学栓塞,磁共振成像,视频荧光吞咽研究 | NA | 转录组数据,影像数据,行为数据 | 未明确说明具体样本数量的大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 155 | 2026-01-19 |
Persistent pneumococcal colonisation in antiretroviral-treated HIV infection is associated with nasal inflammation
2025-Dec-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67258-7
PMID:41398159
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研究论文 | 本研究揭示了长期接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者鼻腔黏膜免疫持续失调,并与肺炎球菌定植相关 | 首次在长期ART治疗的HIV感染者中,通过单细胞转录组学等技术系统揭示了鼻腔特异性免疫失调特征,并发现上皮细胞驱动的中性粒细胞炎症与病原体定植密度间的正反馈循环 | 研究为观察性研究,未进行干预性实验验证治疗靶点;样本量相对有限;未评估其他呼吸道病原体的影响 | 探究长期ART治疗的HIV感染者鼻腔黏膜免疫失调机制及其与肺炎球菌定植的关联 | 接受抗逆转录病毒治疗超过1年的HIV感染者 | 数字病理学 | HIV感染 | 流式细胞术, 单细胞转录组学, 中性粒细胞功能检测 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 功能实验数据 | 接受ART治疗超过1年的HIV感染者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2026-01-19 |
PD-1/ PD-L1 bispecific antibody IBI318 combined with lenvatinib in advanced non-small cell lung cancer with acquired resistance to immune checkpoint inhibitors: a phase II trial
2025-Dec-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67262-x
PMID:41398162
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研究论文 | 本研究是一项II期临床试验,评估了双特异性抗体IBI318联合乐伐替尼在晚期非小细胞肺癌中对免疫检查点抑制剂获得性耐药患者的疗效和安全性 | 首次在获得性耐药患者中评估PD-1/PD-L1双特异性抗体联合酪氨酸激酶抑制剂的疗效,并利用单细胞RNA测序数据开发了预测模型以识别潜在生物标志物 | 单臂、开放标签的II期试验设计,样本量较小(40例患者),且为事后探索性分析 | 评估IBI318联合乐伐替尼在晚期非小细胞肺癌中对免疫检查点抑制剂获得性耐药患者的疗效和安全性,并探索预测性生物标志物 | 晚期非小细胞肺癌患者,且对一线免疫检查点抑制剂产生获得性耐药 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | XGBoost | 单细胞RNA测序数据 | 40例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2026-01-19 |
Hic-5 drives epithelial mechanotransduction promoting a feed-forward cycle of bronchoconstriction
2025-Dec-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67210-9
PMID:41387449
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研究论文 | 本研究揭示了Hic-5作为上皮细胞机械转导的关键调节因子,在哮喘中通过促进支气管收缩的正反馈循环驱动疾病进展 | 首次发现Hic-5在气道上皮细胞机械转导中的核心作用,并阐明其通过分泌内皮素-1促进支气管收缩正反馈循环的机制 | 研究主要基于体外细胞模型和单细胞RNA-seq数据重分析,缺乏体内实验直接验证 | 探究哮喘中支气管收缩引起的机械力如何通过上皮细胞机械转导驱动疾病进展 | 人气道上皮细胞(体外模型)和哮喘患者单细胞RNA-seq数据 | 生物医学研究 | 哮喘 | 单细胞RNA-seq,基因敲低,机械压缩模拟 | 体外细胞培养模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 未明确样本数量,但包括体外细胞实验和哮喘患者单细胞RNA-seq数据重分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2026-01-19 |
Functional KCC2 expression marks an evolutionarily conserved population of early-maturing interneurons in the perinatal cortex
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67270-x
PMID:41365903
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研究论文 | 本研究在小鼠和人类中识别并表征了一类在胚胎期表达KCC2、出生时即具有超极化GABA反应的早期成熟皮层中间神经元 | 首次揭示了皮层中间神经元亚群中GABA能功能成熟的异质性,确立了KCC2作为早期成熟中间神经元的标志物,并证明了其在进化上的保守性 | NA | 探究皮层中间神经元GABA能反应成熟的时间模式及其分子标志 | 小鼠和人类皮层中的中间神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、差异基因表达分析 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 159 | 2026-01-19 |
A phenotype-driven data and drug repurposing strategy used to identify potential treatments targeting chondrocyte hypertrophy in osteoarthritis
2025-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118773
PMID:41223767
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞转录组学数据和药物重定位策略,识别出能够逆转骨关节炎中软骨细胞肥大表型的潜在药物 | 采用表型驱动的方法,结合单细胞转录组学数据和签名逆转原理,首次应用于骨关节炎软骨细胞肥大表型的药物筛选 | 研究主要基于体外和离体实验,尚未进行体内验证,且样本量有限 | 加速骨关节炎有效药物治疗的发现,通过靶向软骨细胞肥大表型 | 骨关节炎患者的软骨细胞和软骨组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组学数据 | 患者骨关节炎软骨样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2026-01-19 |
Development and validation of a glycosyltransferase-associated prognostic model for melanoma and characterization of the tumor immune microenvironment using single-cell sequencing data
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102237
PMID:41542167
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研究论文 | 本研究开发并验证了一个基于糖基转移酶相关基因的预后模型,用于预测皮肤黑色素瘤患者的生存时间,并利用单细胞测序数据表征肿瘤免疫微环境 | 首次构建了基于糖基转移酶相关基因的个体化预测模型,并整合单细胞分析揭示了关键基因MGAT4A与CD8 T细胞和单核/巨噬细胞浸润的关联 | 模型主要基于回顾性转录组数据,需要前瞻性临床研究进一步验证 | 开发预测皮肤黑色素瘤患者生存的预后模型并探索糖基转移酶影响预后的机制 | 皮肤黑色素瘤患者 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞测序, RNA-seq, qPCR, Western Blot, 免疫组化 | Cox回归模型, LASSO回归, 列线图 | 转录组数据, 单细胞测序数据 | TCGA和GEO数据库中的皮肤黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |