单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-23	Combinatorial phenotypic landscape enables bacterial resistance to phage infection 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.13.632860 PMID:39868116	research paper	该研究通过细菌单细胞RNA测序技术，探究了细菌对噬菌体感染的抵抗机制及其在单个细胞中的表达分布	首次在单细胞水平上量化了噬菌体感染的异步进程，并发现了未被感染的细菌亚群及其保护性宿主因子	研究仅针对一种人类病原共生菌进行，可能无法推广到其他细菌种类	探究细菌对噬菌体感染的防御机制及其在单个细胞中的表达分布	人类病原共生菌及其感染的裂解性噬菌体	微生物学	NA	细菌单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	约50,000个细胞
142	2025-07-23	Inhibition of Glutamine Metabolism Suppresses Tumor Progression through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632174 PMID:39868269	研究论文	本研究探讨了抑制谷氨酰胺代谢如何通过重塑巨噬细胞免疫微环境来抑制肿瘤进展	开发了一种生物激活限制在癌组织中的GLNi前药JHU083，并利用scRNA-seq技术无偏解码肿瘤微环境中单细胞对GLNi治疗的反应	研究仅在免疫健全的妇科癌症小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索谷氨酰胺代谢拮抗剂在肿瘤免疫微环境中的作用机制	免疫健全的妇科癌症小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	癌症代谢	妇科癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	免疫健全小鼠模型	RNA测序数据	免疫健全小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞
143	2025-07-23	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	研究论文	一项关于sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab治疗晚期透明细胞肾细胞癌的I期临床试验	首次评估sitravatinib与nivolumab和ipilimumab三联疗法在未治疗晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和疗效	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	临床医学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床数据和基因表达数据	22例患者（其中12例进行了肿瘤活检的scRNA-seq分析）
144	2025-07-23	Blockade of LIF and PD-L1 Enhances Chemotherapy in Preclinical PDAC Models 2025-Jan-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020204 PMID:39857986	研究论文	本研究评估了化疗与LIF和PD-L1双重阻断联合治疗在胰腺导管腺癌（PDAC）模型中的抗肿瘤效果	首次提出化疗与LIF和PD-L1双重阻断的联合治疗方案，显著提高了抗肿瘤效果并增强了抗肿瘤免疫反应	研究仅在临床前模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索提高胰腺导管腺癌治疗效果的新型联合治疗方案	胰腺导管腺癌（PDAC）的临床前模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
145	2025-07-23	Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832 PMID:39772771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能分析揭示了RUNX1家族性血小板障碍(FPD)中CD74信号轴的异常激活及其在炎症和造血缺陷中的作用，并提出了靶向CD74及其下游信号的治疗策略	首次发现CD74信号轴在FPD中的关键作用，并验证了靶向该通路可逆转造血缺陷和炎症	样本量相对有限(10例单细胞测序，75例功能分析)，且临床前研究结果需进一步临床试验验证	探索FPD发展为白血病的机制并开发早期干预策略	RUNX1-FPD患者的造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	血液病学	家族性血小板障碍/白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据/蛋白质表达数据	10例单细胞测序样本，75例以上功能分析样本
146	2025-07-23	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi数据库2025年的更新，扩展了对新技术和物种的支持资源	扩展了数据库以包括单细胞转录组学的新数据资源，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于传染病媒介节肢动物	未明确提及具体限制	推进生物和生物医学理解的大规模组学研究	果蝇和其他节肢动物，包括传染病媒介	生物信息学	NA	单细胞转录组学，CRISPR	NA	组学数据	NA
147	2025-07-23	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	通过多组学图谱辅助发现转录因子，用于选择性T细胞状态编程	构建了九种CD8 T细胞分化状态的转录和表观遗传图谱，预测转录因子活性，并发现了新的调控机制和TEX特异性转录因子	未明确提及具体局限性	精确编程T细胞状态以应对病毒感染和癌症	CD8 T细胞分化状态，特别是终末耗竭T细胞(TEX)和组织驻留记忆T细胞(T)	生物医学	癌症	CRISPR筛选结合单细胞RNA测序(Perturb-seq)	NA	转录和表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态
148	2025-07-23	CCI: A Consensus Clustering-Based Imputation Method for Addressing Dropout Events in scRNA-Seq Data 2025-Jan-03, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010031 PMID:39851305	研究论文	本文提出了一种基于共识聚类的插补方法（CCI），用于解决scRNA-Seq数据中的丢失事件问题	CCI通过基因子集上的聚类和聚类结果的汇总来定义细胞相似性，并利用相似细胞的信息进行基因表达水平的插补	现有插补方法在下游分析中缺乏全面评估，且在不同场景下未表现出鲁棒性	解决scRNA-Seq数据中的基因表达丢失事件问题	scRNA-Seq数据中的基因表达丢失事件	基因组学	NA	scRNA-Seq	共识聚类	基因表达数据	NA
149	2025-07-23	Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination 2025-01, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01854-1 PMID:39668212	研究论文	本研究通过全器官活细胞成像和单细胞RNA测序分析，揭示了Capsella果实形状决定的分子机制	发现了一个由生长素诱导的机制，该机制通过单个顺式调控元件决定形态变化，且该元件在Brassicaceae物种中独立进化	研究仅针对Capsella果实，未涉及其他植物器官的形状决定机制	探究植物器官形状决定和多样化的分子机制	Capsella果实	植物发育生物学	NA	全器官活细胞成像, scRNA-seq	NA	图像, RNA序列数据	NA
150	2025-07-23	Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer 2025-Jan, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109 PMID:39765189	研究论文	本研究探讨了B细胞/免疫球蛋白(IGG)特征基因表达与乳腺癌患者生存率的关系	首次发现14基因IGG特征与乳腺癌患者死亡风险降低41%-47%显著相关，并确定了其中7个关键基因与B细胞/T细胞克隆性的强相关性	研究结果主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性研究验证	探究肿瘤免疫浸润与乳腺癌患者长期生存的关系	9638名乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	空间GeoMx分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9638例乳腺癌患者(来自三个数据集)
151	2025-07-23	Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity 2025, Journal of applied statistics IF:1.2Q2 DOI:10.1080/02664763.2024.2369955 PMID:39926175	研究论文	提出了一种新的单细胞类型识别方法CHLSPCA，通过结合correntropy和PCA处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值，并利用超图和融合相似性提取更多有价值的信息	创新性地结合correntropy与PCA处理噪声和异常值，引入超图提取局部结构信息，并使用高斯核函数和欧几里得度量挖掘细胞间相似性信息	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq数据高维度和噪声对聚类带来的挑战，提高单细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CHLSPCA（结合correntropy的稀疏PCA）	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
152	2025-07-23	Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105299 PMID:40303351	研究论文	探讨丝氨酸补充在抑制缺氧诱导的病理性视网膜血管生成中的作用	首次发现丝氨酸补充通过增强视网膜线粒体代谢和脂质利用来抑制病理性血管生成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	研究丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动的视网膜新生血管形成中的作用	氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠模型	眼科疾病研究	视网膜病变	代谢组学、脂质组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6J OIR幼鼠
153	2025-07-23	Single-Cell Transcriptome Analyses of Four Pain Related Genes in Osteosarcoma 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251331508 PMID:40686838	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究骨肉瘤中四个疼痛相关基因的表达模式	首次在骨肉瘤中利用单细胞转录组技术分析ARTN、PSPN、GDNF和NRTN这四个疼痛相关基因在不同细胞类型中的表达差异	研究仅分析了基因表达模式，未验证这些基因在疼痛调控中的具体功能机制	探索骨肉瘤中疼痛相关基因的表达特征，为疼痛治疗提供潜在靶点	人类骨肉瘤组织和16种骨肉瘤细胞系	数字病理学	骨肉瘤	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	骨肉瘤组织和16种细胞系
154	2025-07-23	Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Identifies ISR-Related Genes Driving Immune Regulation in Parkinson's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S521744 PMID:40687147	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学分析，识别了与帕金森病免疫调控相关的ISR相关基因	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，识别了四个关键的ISR相关基因，并揭示了它们在神经炎症调控中的潜在作用	研究依赖于公开的转录组数据，实验验证仅限于DDIT4基因	探索帕金森病进展中的分子机制，特别是ISR相关基因的作用	帕金森病患者和小鼠模型的脑组织	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, Lasso回归, 随机森林算法, CIBERSORT	NA	转录组数据	公开的GEO数据库中的单细胞和空间转录组数据，以及PD细胞和小鼠模型
155	2025-07-23	Integrated Analysis of Ferroptosis- and Cellular Senescence-Related Biomarkers in Atherosclerosis Based on Machine Learning and Single-Cell Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S529581 PMID:40687151	研究论文	本研究通过生物信息学方法结合机器学习与单细胞测序数据，识别了与动脉粥样硬化中铁死亡和细胞衰老相关的基因，并构建了诊断模型	首次整合铁死亡和细胞衰老相关基因，结合机器学习与单细胞测序技术分析动脉粥样硬化的分子亚型及免疫特征	研究主要基于生物信息学分析，动物实验验证的基因数量有限	探索铁死亡和细胞衰老在动脉粥样硬化中的作用机制并寻找潜在诊断标志物	动脉粥样硬化相关基因表达数据及动物模型	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序、机器学习算法	机器学习模型（未指定具体类型）	基因表达数据	未明确说明样本数量，包含GEO数据库数据集和动物模型
156	2025-07-23	S100A8/A9 in herpes zoster neuralgia: molecular mechanisms and therapeutic perspectives 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615638 PMID:40688076	综述	本文全面阐述了S100A8/A9在带状疱疹神经痛中的分子机制及其治疗前景	揭示了S100A8/A9通过TLR4/TNF信号通路调节神经炎症过程的新机制，并提出了其作为治疗靶点的潜力	当前治疗方法存在局限性，需要更多个性化干预策略的研究	探讨S100A8/A9在带状疱疹神经痛中的作用机制及治疗潜力	带状疱疹（HZ）及带状疱疹后神经痛（PHN）患者	神经科学	带状疱疹神经痛	单细胞测序、多组学分析	NA	分子生物学数据、临床数据	NA
157	2025-07-23	Identification of podocyte molecular markers in diabetic kidney disease via single-cell RNA sequencing and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328352 PMID:40690456	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习技术，识别糖尿病肾病中足细胞的分子标记	利用单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法，发现并验证了ARHGEF26作为糖尿病肾病中足细胞的一个显著下调标记物	研究主要关注早期糖尿病肾病，可能不适用于疾病晚期阶段	阐明糖尿病肾病中足细胞的功能及其分子标记，以改善诊断和治疗效果	糖尿病肾病患者的足细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, RT-qPCR, Western blot	机器学习算法	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的单细胞RNA测序数据
158	2025-07-23	3D visualization of uterus and ovary: tissue clearing techniques and biomedical applications 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1610539 PMID:40692613	综述	本文综述了组织透明化和三维可视化技术在子宫和卵巢研究中的最新进展及其生物医学应用	重点介绍了应用于子宫和卵巢组织的3D组织透明化技术创新，并结合分析工具实现全面的3D可视化和图像分析	传统组织学方法受限于二维视图，影响对女性生殖系统功能的全面理解	评估组织透明化技术在子宫和卵巢病理早期诊断中的应用及其与空间转录组学和AI分析工具的整合	子宫和卵巢组织	数字病理学	妇科疾病	组织透明化技术（有机溶剂基、水凝胶基和水凝胶嵌入方法）、光片显微镜和多光子显微镜	NA	3D图像数据	NA
159	2025-07-23	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585446 PMID:40692782	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了与年龄相关的T细胞亚群与症状性良性前列腺增生的关联	发现了一个与年龄相关的CD8+ T细胞亚群（Taa），其高表达Granzyme K（GZMKhi）和低表达Granzyme B（GZMBlow），并与国际前列腺症状评分（IPSS）呈正相关	研究样本量较小，仅包括少量年轻和老年前列腺样本	探讨年龄相关免疫细胞变化对良性前列腺增生（BPH）症状的贡献	老年男性（>50岁）的前列腺免疫细胞和BPH患者来源的成纤维细胞	免疫学	前列腺增生	scRNA-seq, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	老年男性前列腺样本（小前列腺≤40g和大前列腺≥90g）和三个年轻器官捐赠者的前列腺样本
160	2025-07-23	Cross-talk of m6A methylation modification and the tumor microenvironment composition in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1572810 PMID:40692788	研究论文	本研究探讨了m6A甲基化修饰与食管癌肿瘤微环境组成之间的相互作用	开发了一种基于m6A修饰模式的评分系统，用于预测免疫治疗反应和预后	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明m6A甲基化在食管癌肿瘤微环境中的作用及其临床意义	食管癌患者	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, 生物信息学分析	共识聚类算法, PCA	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的数据集