单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-06-01	Spatially Aware Domain Adaptation Enables Cell Type Deconvolution from Multi-Modal Spatially Resolved Transcriptomics 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401163 PMID:39623794	研究论文	本文提出了一种名为SpaDA的空间感知域适应方法，用于从多模态空间分辨转录组学数据中准确估计细胞类型的空间分布	SpaDA是首个同时建模多模态特征的空间感知域适应方法，通过自表达变分自编码器和深度空间分布对齐技术，整合转录组学、组织学图像和空间位置数据	NA	解决空间分辨转录组学中细胞类型解卷积的问题，提高细胞类型组成预测的准确性	多模态空间分辨转录组学数据和单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	空间分辨转录组学(SRT)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	自表达变分自编码器	转录组学数据、组织学图像、空间位置数据	高分辨率小鼠小脑SRT数据
142	2025-06-01	Spatial Transcriptomics: Biotechnologies, Computational Tools, and Neuroscience Applications 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401107 PMID:39760243	review	本文综述了空间转录组学技术的发展、计算工具及其在神经科学中的关键应用	空间转录组学技术提供了前所未有的基因表达空间组织信息，推动了神经科学领域对大脑复杂性的理解	仍需改进测序技术和开发更强大的计算工具	探讨空间转录组学技术在神经科学中的应用及其潜力	空间转录组学技术、计算工具及其在神经科学中的应用	分子生物学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病）、神经精神疾病（如精神分裂症）	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
143	2025-06-01	Learning Phenotype Associated Signature in Spatial Transcriptomics with PASSAGE 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401451 PMID:39905872	research paper	介绍了一种名为PASSAGE的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别与表型相关的特征	PASSAGE是一种基于图嵌入的深度学习框架，能够有效表征多个异质性空间切片中的表型相关特征，且其独特能力在多个实际案例中得到验证	未明确提及方法的局限性	开发一种计算工具，用于在空间转录组学数据中识别与表型相关的空间特征	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially resolved transcriptomics (SRT)	deep learning, graph-based embedding	spatial transcriptomics data	NA
144	2025-06-01	CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401192 PMID:39930931	研究论文	该研究通过单细胞转录组学等方法，揭示了CDK16+ luminal progenitor cell-like肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用在乳腺癌化疗耐药中的关键作用	首次系统性地描述了CDK16+ LPC-like肿瘤细胞与POSTN+ CAFs的相互作用网络及其在化疗耐药中的作用机制	研究样本量相对有限，且主要基于转录组数据，需要进一步实验验证	探索乳腺癌化疗耐药的细胞机制并寻找新的治疗靶点	乳腺癌患者的肿瘤细胞和肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，空间转录组学	NA	转录组数据	175,825个单细胞(来自接受新辅助化疗的乳腺癌患者的治疗前后活检样本)
145	2025-06-01	Transcriptome Landscape of Cancer-Associated Fibroblasts in Human PDAC 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415196 PMID:40019403	研究论文	通过单细胞RNA测序分析全面绘制人类胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞(CAFs)的转录组图谱	鉴定了包括新发现的CDCP1FTL CAFs、过渡性CAFs(tCAFs)、干扰素模拟基因(ISG)肌纤维母细胞性CAFs(myCAFs)和增殖性CAFs(pCAFs)在内的9种不同CAF亚型，揭示了CAF亚型的分化可塑性及其与不良临床结果的关联	NA	探索PDAC肿瘤微环境中CAFs的异质性及其在癌症进展中的作用	人类胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤微环境研究	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
146	2025-06-01	Robust Spatial Cell-Type Deconvolution with Qualitative Reference for Spatial Transcriptomics 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401145 PMID:40059456	research paper	本文提出了一种基于定性参考的空间转录组学细胞类型反卷积方法QR-SIDE，用于处理多细胞空间转录组数据	QR-SIDE方法通过自适应调整每个标记基因的贡献，提供了单个标记基因的空间异质性详细图谱，并统一了细胞类型反卷积与空间聚类	在缺乏可靠参考数据集或存在异质性批次效应的情况下，现有方法可能引入偏差	开发一种鲁棒的空间细胞类型反卷积方法，以提高空间转录组数据的分析准确性	多细胞空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, scRNA-seq	Potts model	spatial transcriptomic data	模拟数据和三个真实空间转录组数据集（来自10x Visium和ST平台）
147	2025-06-01	PPY-Induced iCAFs Cultivate an Immunosuppressive Microenvironment in Pancreatic Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413432 PMID:40162859	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析筛选与iCAF诱导相关的癌细胞分泌蛋白，验证了PPY作为一种强效诱导剂，并通过多种实验验证了PPY在iCAF诱导中的关键作用	发现PPY作为一种胃肠道激素，主要通过激活非经典NF-κB通路诱导iCAFs，为改善PDAC免疫治疗提供了新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类患者中进行验证	探索胰腺导管腺癌(PDAC)中iCAFs的诱导机制及其对免疫微环境的影响	胰腺导管腺癌(PDAC)中的炎症相关癌症相关成纤维细胞(iCAFs)	肿瘤微环境研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化(mIHC)、免疫沉淀-质谱联用、分子对接	KPC (Kras; Trp53; Pdx1-Cre)小鼠模型	RNA测序数据、免疫组化图像、质谱数据	人类PDAC组织微阵列、小鼠同种异体移植模型
148	2025-06-01	CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis 2025-May, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00442-4 PMID:40185975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和常规RNA测序分析脓毒症的免疫景观，发现适应性免疫受到急性且强烈的抑制	发现CD47通过诱导淀粉样蛋白β（Aβ）的产生，与B细胞上的CD74相互作用，导致B细胞抑制和随后的适应性免疫抑制，揭示了脓毒症中免疫抑制的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床应用的转化仍需进一步验证	阐明脓毒症中宿主反应失调的机制	脓毒症患者的免疫细胞和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和常规RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
149	2025-06-01	From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411752 PMID:40190183	research paper	该研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了具有明显内陷结构的子宫腺肌症从子宫内膜内陷部位到异位病变的空间转录图谱	首次揭示了子宫腺肌症内陷部位、侵袭过程和深部病变中的关键分子机制，并建立了首个子宫腺肌症转录组学网络资源	研究样本可能有限，且体外实验结果需要在更大人群中验证	阐明子宫腺肌症内陷结构的分子机制	子宫腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变	digital pathology	子宫腺肌症	空间转录组学, 单细胞RNA测序, bulk RNA测序反卷积, 组织学技术	NA	转录组数据, 组织学图像	NA
150	2025-06-01	Malignant Hepatoblast-Like Cells Sustain Stemness via IGF2-Dependent Cholesterol Accumulation in Hepatoblastoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407671 PMID:40271711	研究论文	通过单细胞转录组学分析，识别出一种独特的恶性肝母细胞样细胞亚群，作为低分化肝母细胞瘤的可能起源，并探讨了IGF2依赖的胆固醇积累在维持其干细胞特性中的作用	首次在单细胞水平上识别出与肝母细胞瘤不良预后相关的恶性肝母细胞样细胞亚群，并揭示了IGF2通过SREBF2促进胆固醇积累维持干细胞特性的新机制	研究主要基于单细胞转录组学分析，需要进一步的体内外实验验证这些发现	探索肝母细胞瘤的发病机制，特别是低分化晚期肿瘤的细胞起源和恶性维持机制	肝母细胞瘤患者样本中的恶性肝母细胞样细胞亚群	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	单细胞转录组学分析	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，但使用了肝母细胞瘤患者的单细胞数据
151	2025-06-01	Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses 2025-May-01, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002 PMID:40273915	研究论文	开发了一种新方法，通过内源性标记蛋白质生成复杂细胞池，用于高通量可视化和扰动，以研究蛋白质组的组织、调控和功能	提出了一种结合混合成像和原位条形码测序的新方法，能够系统地研究蛋白质错误折叠的空间限制响应，并揭示了蛋白质质量控制的新机制	NA	实现蛋白质组组织、调控和功能的系统级理解	内源性标记的蛋白质	蛋白质组学	NA	混合成像、原位条形码测序、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	复杂细胞池
152	2025-06-01	Mas Signaling Potentiates Neutrophil Extracellular Traps Formation Induced by Endothelial Cells Derived S1P in Mice with Acute Liver Failure 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411428 PMID:40285622	研究论文	本研究探讨了Mas信号在急性肝衰竭（ALF）中对中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）形成的影响及其机制	首次揭示了Mas信号通过调节FXR-S1P-NETs轴和抑制SHP2来影响NETs形成的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	阐明Mas信号和NETs在急性肝衰竭中的相互作用机制	雄性Mas1基因敲除小鼠和野生型小鼠	免疫学	急性肝衰竭	单细胞测序、代谢组学分析	小鼠模型	实验数据	6-8周龄雄性小鼠
153	2025-06-01	MEA-seqX: High-Resolution Profiling of Large-Scale Electrophysiological and Transcriptional Network Dynamics 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412373 PMID:40304297	研究论文	MEA-seqX平台整合高密度微电极阵列、空间转录组学、光学成像和先进计算策略，用于同时记录和分析分子和电网络活动	首次在分子和功能水平上观察到协调的海马回路动态，并通过机器学习算法从空间基因表达准确预测网络范围内的电生理活动特征	NA	解码分子事件和神经元活动之间的相互影响，研究经验依赖性可塑性	小鼠海马模型	神经科学	NA	高密度微电极阵列、空间转录组学、光学成像	机器学习算法	分子和电网络活动数据	NA
154	2025-06-01	Lactylation-Driven NUPR1 Promotes Immunosuppression of Tumor-Infiltrating Macrophages in Hepatocellular Carcinoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413095 PMID:40305758	研究论文	本研究探讨了核蛋白1（NUPR1）在肝细胞癌（HCC）肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的免疫抑制作用及其对免疫治疗结果的影响	首次揭示了NUPR1通过抑制ERK和JNK信号通路促进M2巨噬细胞极化及免疫检查点PD-L1和SIRPA的表达，从而形成免疫抑制微环境	研究主要基于临床前模型，尚未在临床患者中验证NUPR1靶向治疗的效果	探究NUPR1在HCC肿瘤微环境中免疫抑制的作用机制及其作为免疫治疗生物标志物和靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外和体内功能实验	NA	基因表达数据、功能实验数据	NA
155	2025-06-01	Single-Cell RNA Sequencing of the Primary Visual Cortex in Mice With Optic Nerve Injury 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.31 PMID:40408096	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究小鼠视神经损伤后初级视皮层(V1区)的损伤变化及神经胶质细胞的异质性	首次使用scRNA-seq技术揭示视神经损伤后V1区神经胶质细胞的异质性及伪时间轨迹，并鉴定出Ptgds和Cryab作为潜在的神经炎症调控靶点	研究仅使用小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需要进一步验证	探究视神经挤压损伤(ONC)后V1区的损伤机制及神经胶质细胞的作用	视神经损伤小鼠模型的初级视皮层(V1区)组织	单细胞组学	视神经损伤	scRNA-seq, H&E染色, 免疫荧光, qPCR, Western blot	Seurat, cellchat, CytoTRACE	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量，但包含双侧V1区组织的单细胞分析
156	2025-06-01	STExplore: An Integrated Online Platform for Comprehensive Analysis and Visualization of Spatial Transcriptomics Data 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401272 PMID:40045664	research paper	介绍了一个名为STExplore的在线平台，用于全面分析和可视化空间转录组数据	STExplore平台支持多种技术，包括基于测序和基于图像的方法，并提供完整的分析工作流程，具有动态参数调整和交互式可视化功能	NA	解决现有空间转录组分析平台在适应多样技术、整合多组学数据和提供全面分析工作流程方面的挑战	空间转录组数据	digital pathology	Alzheimer's disease	sequencing-based and image-based methods, scRNA-seq	NA	spatial transcriptomics data	案例研究涉及胚胎脑发育中的神经发生、阿尔茨海默病和脑组织结构
157	2025-06-01	A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401199 PMID:40411819	研究论文	本文提出了一种基于核的稳健工作流程，用于分析组织微环境的空间连续变化	提出了一种新的基于核的策略，无需细胞类型注释即可建模生态位的结构组成，并通过与细胞类型去卷积分析的集成扩展了其应用范围	NA	克服现有生态位轨迹分析方法需要细胞类型注释的限制，提高空间转录组数据分析的稳健性和准确性	组织微环境的空间连续变化	空间转录组学	NA	核方法，细胞类型去卷积分析	NA	空间转录组数据	NA
158	2025-06-01	Natural Killer Cell Activation Signature Identifies Cyclin B1/CDK1 as a Druggable Target to Overcome Natural Killer Cell Dysfunction and Tumor Invasiveness in Melanoma 2025-Apr-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18050666 PMID:40430484	研究论文	本研究通过建立自然杀伤（NK）细胞激活相关的预后特征，识别了CCNB1/CDK1作为克服NK细胞功能障碍和黑色素瘤侵袭性的潜在药物靶点	首次将CCNB1/CDK1复合物鉴定为增强NK细胞功能和抑制黑色素瘤进展的新型免疫治疗靶点，并揭示了CDK1抑制剂的新作用	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	克服NK细胞功能障碍并抑制黑色素瘤进展	黑色素瘤细胞和NK细胞	免疫治疗	黑色素瘤	流式细胞术、Western blotting、共免疫沉淀、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、蛋白质数据	TCGA-SKCM队列及五个独立黑色素瘤数据集
159	2025-06-01	Construction of Diagnostic Model for Regulatory T Cell-Related Genes in Sepsis Based on Machine Learning 2025-Apr-27, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051060 PMID:40426888	research paper	该研究基于机器学习构建了与调节性T细胞（Tregs）相关的脓毒症诊断模型	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和多种机器学习算法筛选与脓毒症诊断相关的Tregs基因，构建高准确度的诊断模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	识别与脓毒症诊断相关的调节性T细胞（Tregs）基因，构建诊断模型	脓毒症患者和对照组的转录数据	machine learning	sepsis	scRNA-seq, qPCR	machine learning algorithms	transcriptional data, scRNA-seq data	NA
160	2025-06-01	Development and Experimental Validation of Machine Learning-Based Disulfidptosis-Related Ferroptosis Biomarkers in Inflammatory Bowel Disease 2025-Apr-27, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050496 PMID:40428318	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与炎症性肠病(IBD)相关的二硫键死亡相关铁死亡基因(DRFGs)，并验证其诊断价值和机制作用	首次整合二硫键死亡和铁死亡基因分析，结合机器学习筛选核心DRFGs，并在单细胞水平和动物模型中验证其功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型	鉴定IBD诊断标志物并阐明DRFGs在疾病进展中的机制	炎症性肠病(IBD)患者样本和小鼠结肠炎模型	生物信息学	炎症性肠病	RNA-seq, qRT-PCR, 单细胞测序	LASSO, 随机森林(RF)	基因表达数据	4个GEO数据集(GSE65114, GSE87473, GSE102133, GSE186582)和单细胞数据集GSE217695