单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-18	Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement 2025-May-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv1159 PMID:40378222	research paper	该研究通过比较三种刺胞动物幼虫的前端转录组和单细胞RNA测序数据，定义了幼虫前端细胞的共同特征，并发现了与牛磺酸摄取和分解代谢相关的基因在调节幼虫定居中的作用	首次整合多种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据，揭示了前端细胞的共同分子特征，并发现牛磺酸在调节幼虫定居中的新功能	研究仅针对三种刺胞动物物种，可能无法完全代表整个刺胞动物门的多样性	理解刺胞动物幼虫定居的细胞和分子调控机制	刺胞动物（水母、珊瑚、海葵和水螅）的幼虫	进化生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种刺胞动物物种的幼虫
142	2025-05-18	Intratumoral Fusobacterium nucleatum Recruits Tumor-Associated Neutrophils to Promote Gastric Cancer Progression and Immune Evasion 2025-May-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2580 PMID:39992708	研究论文	研究探讨了瘤内微生物群对胃癌进展和免疫逃逸的影响，特别是梭杆菌属（Fusobacterium nucleatum）如何通过招募肿瘤相关中性粒细胞（TAN）重塑肿瘤免疫微环境	揭示了F. nucleatum通过激活IL17/NF-κB/RelB信号通路诱导TAN招募，并促进TAN向促肿瘤亚型分化，进而增强PD-L1表达和免疫逃逸的机制	研究主要基于小鼠模型和人类胃癌组织样本，尚未在更广泛的临床环境中验证	探究瘤内微生物群对胃癌免疫微环境的影响及其在免疫逃逸中的作用	胃癌组织和瘤内微生物群，特别是Fusobacterium nucleatum	肿瘤免疫学	胃癌	16S rRNA扩增子测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据，组织样本	人类胃癌组织样本和小鼠模型
143	2025-05-18	Fenofibrate inhibits activation of cGAS-STING pathway by alleviating mitochondrial damage to attenuate inflammatory response in diabetic dry eye 2025-May-15, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.383 PMID:40339725	研究论文	本研究探讨了cGAS-STING信号通路在糖尿病干眼症(DDE)中的作用，并研究了非诺贝特在DDE中的治疗效果及机制	首次揭示了cGAS-STING信号通路在DDE发病机制中的关键作用，并发现非诺贝特通过减轻线粒体损伤抑制该通路	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究cGAS-STING信号通路在DDE中的作用及非诺贝特的治疗机制	糖尿病干眼症(DDE)小鼠模型和永生化人角膜上皮细胞(HCE-T)	分子生物学	糖尿病干眼症	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	STZ诱导的DDE小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量，使用了GEO数据库数据和小鼠模型
144	2025-05-18	Single-Cell RNA Sequencing of Ewing Sarcoma Tumors Demonstrates Transcriptional Heterogeneity and Clonal Evolution 2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2040 PMID:40029262	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化	首次在尤文肉瘤中应用单细胞RNA测序揭示转录异质性和克隆进化，并鉴定出TSPAN8作为潜在治疗靶点	样本量较小（7例未治疗患者），需要更大规模研究验证发现	探究尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化特征，寻找新的治疗靶点	尤文肉瘤肿瘤组织、循环肿瘤细胞(CTC)及其微环境	癌症基因组学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、免疫荧光	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	7例未治疗尤文肉瘤患者的肿瘤样本及循环肿瘤细胞
145	2025-05-18	IGFBP3 enhances adipose-derived stem cell function in soft tissue injury repair via ITGB1 and ERK pathway activation 2025-May-15, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10024-8 PMID:40369223	研究论文	本研究探讨了IGFBP3蛋白在脂肪来源干细胞（ADSCs）中对软组织损伤修复的作用及其分子机制	利用单细胞多组学技术和3D生物打印模型揭示了IGFBP3通过ITGB1和ERK通路激活促进ADSCs功能的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明IGFBP3在ADSCs中介导软组织损伤修复的分子机制	脂肪来源干细胞（ADSCs）和软组织损伤修复	组织工程与再生医学	软组织损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、3D生物打印、高通量转录组学	小鼠软组织损伤模型	单细胞转录组数据、图像数据	NA
146	2025-05-18	scRNA-seq and scATAC-seq reveal that Sertoli cell mediates spermatogenesis disorders through stage-specific communications in non-obstructive azoospermia 2025-May-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97958 PMID:40371706	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序揭示了非梗阻性无精子症中Sertoli细胞通过阶段特异性通讯介导精子发生障碍的机制	鉴定了三种新的Sertoli细胞亚型表型(SC4/未成熟型、SC7/成熟型和SC8/进一步成熟型)，并发现了生殖细胞与Sertoli细胞亚型之间存在阶段特异性匹配的相互作用模式	样本量相对有限，且仅针对特定类型的无精子症患者进行研究	探究非梗阻性无精子症中精子发生障碍的细胞类型特异性异常	梗阻性无精子症和非梗阻性无精子症患者的睾丸组织	生殖医学	男性不育症	scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	梗阻性无精子症和非梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本
147	2025-05-18	Time-resolved single-cell atlas identifies the spatiotemporal transcription dynamics in vernalization response in Brassica rapa 2025-May-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115725 PMID:40378040	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，分析了Brassica rapa在春化过程中的响应机制，揭示了不同细胞类型在低温条件下的基因表达动态	首次在单细胞水平上解析了春化反应的时空转录动态，发现了叶片细胞和维管组织在低温响应中的不同作用模式	研究仅针对Brassica rapa一种植物，结果可能不适用于其他物种	探究植物春化过程中单细胞水平的基因表达动态	Brassica rapa植物	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
148	2025-05-18	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析了460个样本中的767,606个T细胞，揭示了T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	发现了基于扩增CD8克隆的响应特征，能够区分响应者和非响应者，并揭示了克隆转录状态与患者响应之间的差异	研究仅涵盖了6种癌症类型，可能无法代表所有癌症类型的T细胞克隆动态	探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	T细胞克隆	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序/T细胞受体测序	NA	单细胞RNA测序数据	460个样本中的767,606个T细胞，涵盖6种癌症类型
149	2025-05-18	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	研究论文	本文介绍了恒河猴免疫参考图谱（RIRA），这是首个以免疫为重点的恒河猴单细胞多组织图谱，旨在通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）增强对免疫细胞表型和功能的理解	首次构建了恒河猴免疫参考图谱（RIRA），并对比了转录谱与免疫谱系，利用表面蛋白和标记基因作为真实标准，识别了具有高区分/诊断价值的基因程序	在T细胞和自然杀伤（NK）细胞中，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记，且强烈的共享表达程序（如细胞毒性）导致无监督聚类时出现系统性混合	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）增强对免疫细胞表型和功能的理解	恒河猴的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多组织样本（具体数量未提及）
150	2025-05-18	Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON 2025-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59801-3 PMID:40368943	研究论文	介绍了一种名为PHOTON的方法，结合高分辨率成像与高通量测序，实现亚细胞水平空间转录组分析	PHOTON方法首次实现了在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析，揭示了RNA在亚细胞结构中的分布及其功能	NA	开发一种新方法以研究RNA在亚细胞水平的空间分布及其功能	RNA在亚细胞结构中的分布，如核仁、线粒体和应激颗粒	空间转录组学	NA	高分辨率成像与高通量测序	NA	RNA空间分布数据	NA
151	2025-05-18	Differential memory enrichment of cytotoxic CD4 T cells in Parkinson's disease patients reactive to α-synuclein 2025-May-14, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00981-6 PMID:40368950	research paper	该研究探讨了帕金森病(PD)患者中对α-突触核蛋白(α-syn)有反应的细胞毒性CD4 T细胞的记忆富集差异	发现CELSR2在PD患者CD4效应记忆T细胞中的表达显著增加，并揭示了PD患者中细胞毒性T细胞的减少	研究样本量有限，且需要进一步验证细胞毒性T细胞在PD病理中的作用	深入了解对α-syn有反应的PD患者中T细胞亚群的扰动	帕金森病患者和健康对照组的CD4 T细胞	神经免疫学	帕金森病	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	PD患者和健康对照组
152	2025-05-18	Single-cell RNA sequencing reveals immunological link between house dust mite allergy and childhood asthma 2025-May-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01538-6 PMID:40368964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了儿童哮喘与屋尘螨过敏之间的免疫学联系，并探索了潜在的诊断标志物	首次在单细胞分辨率下揭示了屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫特征，并鉴定了HLA-DR和HLA-DP作为主要标志受体	样本量较小（仅8名儿童），且年龄范围有限（4-11岁）	探索屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫学特征，寻找潜在的诊断标志物	屋尘螨过敏的哮喘儿童	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	8名4-11岁的经医生诊断的哮喘儿童
153	2025-05-18	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特异性	首次使用MERFISH技术结合深度学习核分割，在空间单细胞分辨率下研究人类胎儿皮层的分子、细胞和结构发育，发现了两种不同的皮层区域化模式	研究仅关注胎儿发育阶段，未涉及成人皮层	探索人类大脑皮层分层和区域化的分子机制	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交），单核RNA测序	深度学习	空间转录组数据，图像数据	超过1800万个单细胞，涵盖7个发育时间点的8个皮层区域
154	2025-05-18	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	research paper	该研究揭示了人类特异性增强子HARE5如何通过调控神经前体细胞的增殖和神经发生能力，精细调节皮质发育和连接	首次证明人类特异性HARE5增强子通过调节WNT信号通路直接影响神经前体细胞行为，进而促进人类大脑皮层的扩张和复杂性	研究主要依赖基因编辑的小鼠和灵长类模型，与完整人类大脑发育过程可能存在差异	探究人类加速区域(HARs)在物种特异性皮质发育中的功能贡献	HARE5增强子及其调控的神经前体细胞	神经发育生物学	NA	基因编辑、单细胞RNA测序、活体成像、谱系分析	基因编辑小鼠模型、灵长类模型、皮质类器官	基因组数据、RNA测序数据、影像数据	多种基因编辑动物模型和体外培养的神经前体细胞
155	2025-05-18	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统描绘了白血病进展过程中基质信号的时序变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调节因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	癌症生物学	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR筛选、多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据、CRISPR筛选数据、多组学数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
156	2025-05-18	The surface protein Gbp of Fusobacterium nucleatum inhibits osteogenic differentiation by inactivating the Wnt/β-catenin pathway via binding to Annexin A2 2025-May-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06569-1 PMID:40369630	研究论文	本研究揭示了具核梭杆菌及其效应蛋白Gbp通过结合ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，从而破坏成骨细胞分化的机制	首次发现具核梭杆菌的Gbp蛋白通过结合宿主蛋白ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，揭示了牙周炎中成骨功能障碍的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人体内的实际作用机制仍需进一步验证	阐明牙周炎中成骨细胞功能障碍的细胞和分子机制	具核梭杆菌(Fn)及其效应蛋白Gbp对成骨细胞分化的影响	分子生物学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析	小鼠实验性牙周炎模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	人类牙龈组织样本(牙周炎患者和健康对照)、小鼠模型、原代成骨细胞培养
157	2025-05-18	Disrupting lipid homeostasis with CAV2 in OSCC triggers apoptosis, lipolysis, and mitochondrial dysfunction by transcriptional repression of PPARγ 2025-May-14, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01399-6 PMID:40369665	研究论文	本研究探讨了CAV2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)脂质稳态和进展中的作用，揭示了其通过转录抑制PPARγ触发细胞凋亡、脂解和线粒体功能障碍的机制	首次揭示了CAV2通过PPARγ/NCOR1轴调控OSCC脂质代谢的分子机制，并发现PPARγ反向激动剂T0070907可增强CAV2敲除的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床转化潜力需要进一步验证	探究CAV2在OSCC脂质代谢异常和肿瘤进展中的分子机制	口腔鳞状细胞癌细胞系和裸鼠移植瘤模型	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	转录组测序、单细胞测序、RNA测序、脂质组学、分子对接、Seahorse线粒体功能分析	shRNA基因敲低模型	基因表达数据、脂质组数据、线粒体功能数据	未明确说明细胞系数量，使用裸鼠进行体内实验
158	2025-05-18	The impact of breast radiotherapy on the tumor genome and immune ecosystem 2025-May-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115703 PMID:40378044	研究论文	研究乳腺癌放疗对肿瘤基因组和免疫微环境的影响	通过单细胞DNA测序和RNA测序技术，揭示了放疗对ER阳性乳腺癌患者肿瘤微环境中免疫细胞和肿瘤细胞亚克隆的选择性影响	样本量较小（20例患者），且仅针对ER阳性乳腺癌患者	探索放疗如何调节乳腺癌肿瘤微环境	雌激素受体阳性（ER）乳腺癌患者	肿瘤学	乳腺癌	单细胞DNA测序（scDNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞测序数据	20例ER阳性乳腺癌患者，其中8例进行scDNA-seq，11例进行scRNA-seq
159	2025-05-18	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了大脑中蓝斑核（LC）及其周围区域神经元在调节觉醒和探索行为中的异质性和功能多样性	发现了LC周围区域转录、空间和功能多样化的GABA能神经元群体，这些神经元通过调节LC的放电模式来控制全局觉醒水平和相关行为	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索LC及其周围区域神经元在调节觉醒和回避状态中的分子、细胞和功能多样性	小鼠大脑中的蓝斑核（LC）及其周围区域的神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒追踪、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经活动数据	NA
160	2025-05-18	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	research paper	该研究利用单细胞技术探究了3/4组髓母细胞瘤中癌基因变异和拷贝数变异在肿瘤演变和治疗抵抗中的作用	揭示了大规模染色体畸变是肿瘤发生的早期事件，而单基因癌基因事件发生在晚期且通常是亚克隆的，但MYC在疾病进展过程中可成为克隆性驱动因素	研究仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6变异的3/4组髓母细胞瘤病例，可能不适用于其他亚型	阐明3/4组髓母细胞瘤中癌基因变异和拷贝数变异在肿瘤发生发展中的作用机制	3/4组髓母细胞瘤患者肿瘤组织	digital pathology	medulloblastoma	single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq), single-nucleus ATAC-seq (snATAC-seq), spatial transcriptomics	population genetics model	single-cell omics data, spatial transcriptomics data	一组已知MYC/MYCN/PRDM6变异的3/4组髓母细胞瘤病例