单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-24	From Harmony to Discord: Multicellular Coordination in Tissues and Its Rewiring in Cancer 2025-Jul-23, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3155 PMID:40698653	研究论文	该研究介绍了CoVarNet，一个计算框架，用于通过单细胞和空间转录组学在35个人体组织中绘制可重复的多细胞模块（CMs）	从细胞中心转向生态系统水平的生物学理解，提供了一个通用的框架来整合多模态数据以解析组织水平的协调	未解决的模块化组织生物学问题	研究组织功能如何通过多样细胞类型的协调互动产生，以及这些互动在疾病中如何被重构	35个人体组织中的多细胞模块（CMs）	计算生物学	癌症	单细胞和空间转录组学	CoVarNet	转录组数据	35个人体组织
142	2025-07-24	Precision Medicine in Surgery: Immunomodulation and Cellular Regeneration Strategies for Immunologic and Surgical Diseases 2025-Jul-23, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000006849 PMID:40698837	research paper	本文提出了一种研究lacritin肽对β细胞增殖、胰岛存活及免疫调节影响的方法学框架	结合体外和体内模型，研究lacritin肽的免疫调节和细胞再生作用，为免疫和外科疾病的精准医疗提供新策略	研究仍处于临床前阶段，需要进一步验证lacritin肽的治疗潜力	探索lacritin肽在免疫调节和细胞再生中的治疗潜力，为精准医疗策略提供依据	胰腺胰岛、免疫细胞、糖尿病小鼠模型	精准医疗	糖尿病、克罗恩病、心力衰竭、肺纤维化、慢性肾病、神经损伤	质谱流式细胞术(CyTOF)、成像质谱流式细胞术(IMC)、单细胞RNA测序(scRNAseq)	NOD小鼠模型	体外实验数据、体内实验数据	未明确提及具体样本数量，但涉及体外胰岛测试和糖尿病小鼠模型
143	2025-07-24	Subtypes and proliferation patterns of small intestine neuroendocrine tumors revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jul-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101153 PMID:40699214	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示小肠神经内分泌肿瘤的亚型和增殖模式	首次通过单细胞或单核RNA测序技术对小肠神经内分泌肿瘤（SiNETs）进行亚型分类，并发现神经内分泌细胞与非恶性细胞类型的增殖差异，以及混合型肺肿瘤中可能的前体细胞群	样本量较小，仅包括10例低级别小肠神经内分泌肿瘤样本和1例混合型肺肿瘤样本	探索神经内分泌肿瘤的生物学特性，包括其亚型分类、细胞增殖模式及混合型肿瘤的起源	小肠神经内分泌肿瘤（SiNETs）和混合型肺肿瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10例低级别小肠神经内分泌肿瘤样本和1例混合型肺肿瘤样本
144	2025-07-24	Chlorpromazine induces hyposalivation by inhibiting muscarinic Ca2+ signaling in salivary glands 2025-Jul-23, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04438-8 PMID:40699237	研究论文	本研究探讨了氯丙嗪通过抑制唾液腺中的毒蕈碱Ca2+信号传导诱导唾液分泌减少的分子机制	首次揭示了氯丙嗪通过抑制内质网Ca2+释放和储存操纵性Ca2+内流(SOCE)来抑制毒蕈碱受体和组胺受体触发的细胞内Ca2+增加	研究主要基于小鼠模型和人类唾液腺细胞的体外实验，尚未在人体内验证	阐明氯丙嗪抑制唾液腺分泌功能的分子机制	小鼠模型和人类唾液腺细胞	分子药理学	精神分裂症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据和钙信号数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类唾液腺细胞
145	2025-07-24	Pulmonary fibrosis and exosomes: pathways to treatment 2025-Jul-23, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10855-y PMID:40699390	综述	本文综述了特发性肺纤维化(IPF)的分子机制，重点关注外泌体在纤维化微环境中的作用及其治疗潜力	强调了外泌体和小细胞外囊泡(sEVs)作为纤维化微环境关键调节因子的作用，并探讨了工程化纳米颗粒-外泌体杂合体的治疗前景	现有动物模型在模拟慢性IPF方面存在局限性	探讨IPF的分子机制及外泌体在治疗中的应用潜力	特发性肺纤维化(IPF)及其相关分子通路	病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	NA	NA
146	2025-07-24	TNF drives aberrant BMP signaling to induce endothelial and mesenchymal dysregulation in pulmonary hypertension 2025-Jul-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174456 PMID:40569693	研究论文	本研究探讨了肿瘤坏死因子α（TNF）如何通过异常的BMP信号传导导致肺动脉高压（PH）中内皮细胞和间充质细胞的失调	揭示了TNF通过内皮NF-κB激活和SMAD2/3信号传导驱动异常BMP信号级联的新机制	研究主要基于TNF-Tg小鼠模型，人类PH中的相关性需要进一步验证	阐明肺动脉高压发病机制中内皮细胞与间充质细胞间的分子互作	野生型和TNF-Tg小鼠的肺内皮细胞和间充质细胞	病理生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、配体-受体相互作用分析	TNF转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量（WT和TNF-Tg小鼠的肺细胞）
147	2025-07-24	Integrative Single-Cell Analysis Reveals Iron Overload-Induced Senescence and Metabolic Reprogramming in Ovarian Endometriosis-Associated Infertility 2025-Jul-22, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417528 PMID:40693455	研究论文	本研究通过单细胞分析探讨了铁过载对卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中卵泡功能的影响	整合单细胞分析揭示了铁过载诱导的衰老和代谢重编程在卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中的作用	研究主要基于小鼠模型和人类卵巢样本，可能无法完全反映临床患者的复杂情况	探究铁过载在卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中的作用机制	卵巢子宫内膜异位症相关不孕症患者的卵泡液和小鼠卵巢组织	数字病理学	卵巢子宫内膜异位症	单细胞测序、空间转录组学(Stereo-seq)	NA	单细胞数据、空间转录组数据	卵巢子宫内膜异位症相关不孕症患者的卵泡液样本和铁过载小鼠卵巢组织
148	2025-07-24	The role of LAMA5 in breast cancer progression and its potential in immunotherapy 2025-Jul-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03113-x PMID:40694271	研究论文	本研究探讨了LAMA5在乳腺癌进展中的作用及其在免疫治疗中的潜在应用	揭示了LAMA5在乳腺癌中的表达模式及其与免疫调节和药物敏感性的关联	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索LAMA5在乳腺癌中的生物学功能和临床意义	乳腺癌组织和正常组织	肿瘤学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	DESeq2, Kaplan-Meier, Cox回归模型, CIBERSORT, ESTIMATE	基因表达数据	TCGA和GTEx数据集中的样本
149	2025-07-24	Microarray and Single-Cell RNA Sequencing Reveals G-Protein Gene Expression Signatures of Spermatogonia Stem Cell 2025-Jul-22, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10942-4 PMID:40694278	研究论文	通过微阵列和单细胞RNA测序技术，研究人类精原干细胞（SSCs）中G蛋白基因的表达特征	揭示了G蛋白基因在人类精原干细胞中的表达特征，并提供了关于SSC发育分子机制的新见解	样本量较小（仅来自六个人类睾丸），可能影响结果的普遍性	研究人类精原干细胞的发育机制，以阐明男性生育的基础	人类精原干细胞（SSCs）	生殖生物学	NA	微阵列分析、单细胞RNA测序、生物信息学分析、免疫荧光标记	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	六个人类睾丸的单细胞样本
150	2025-07-24	Fibroblast-derived PI16 enhances tumor immune-suppressive microenvironment via inducing Tregs differentiation 2025-Jul-22, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01090-5 PMID:40694273	研究论文	本研究探讨了成纤维细胞来源的PI16在食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境（TME）中的作用，特别是其通过诱导调节性T细胞（Tregs）分化增强肿瘤免疫抑制微环境的机制	揭示了PI16+成纤维细胞通过DOCK2依赖性机制促进Tregs分化的新机制，并提出了PI16+成纤维细胞作为克服肿瘤免疫抑制的新治疗靶点	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有限	探究成纤维细胞来源的PI16在ESCC肿瘤微环境中的免疫调节作用	食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境及其中成纤维细胞和T细胞	肿瘤免疫学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞共培养、免疫沉淀-质谱分析、多重荧光免疫组化（mfIHC）	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、组织图像数据	公共scRNA-seq数据集（GSE203115）及实验模型样本
151	2025-07-24	Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice 2025-Jul-22, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011505 PMID:40694594	研究论文	通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基因调控网络的作用	采用单细胞网络推断方法结合SCENIC流程，构建了基础上皮细胞的基因调控网络，并鉴定了与癌症起始和进展相关的独特亚群	单细胞数据固有的挑战性可能影响结果的可靠性	探究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其与乳腺癌的关系	P4HA1基因敲除小鼠和对照组小鼠的基础上皮细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序、SCENIC流程	NA	单细胞RNA测序数据	两组小鼠（5Ht对照组和6Ho P4HA1敲除组）
152	2025-07-24	Cholinergic waves have a modest influence on the transcriptome of retinal ganglion cells 2025-Jul-22, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025 PMID:40695599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了野生型和β2KO小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）的转录组，探讨胆碱能波对RGCs转录组的有限影响	揭示了胆碱能信号在视网膜中的转录组影响有限，且以类型特异性方式微妙调节分子程序	未深入探讨转录后机制在自发活动依赖性分子变化中的作用	探讨胆碱能波对视网膜神经节细胞转录组的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	野生型和β2KO小鼠的RGCs（具体数量未明确说明）
153	2025-07-24	Targeting Treg-fibroblast interaction to enhance immunotherapy in steatotic liver disease-related hepatocellular carcinoma 2025-Jul-22, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335084 PMID:40695620	研究论文	本研究探讨了脂肪性肝病相关肝细胞癌（SLD-HCC）中免疫微环境及其相互作用，揭示了TNFSF14-TNFRSF14信号通路在免疫治疗抵抗中的关键作用	首次揭示了TNFSF14-TNFRSF14介导的Treg-CAF相互作用是SLD-HCC免疫治疗抵抗的关键驱动因素，并提出了针对该信号轴的治疗策略	样本量相对有限（22例SLD-HCC和31例非SLD-HCC），且主要在实验模型中进行验证	研究SLD-HCC中免疫微环境的特征及其对免疫治疗抵抗的影响	脂肪性肝病相关肝细胞癌（SLD-HCC）患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）、空间转录组学、多重免疫组织化学	NA	转录组数据、蛋白质表达数据、空间分布数据	22例SLD-HCC和31例非SLD-HCC病例，103例患者的独立队列验证
154	2025-07-24	Transdifferentiation of tongue muscle cells into cancer-associated fibroblasts in response to tongue squamous cell carcinoma 2025-Jul-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61951-3 PMID:40695868	研究论文	本研究揭示了舌鳞状细胞癌(TSCC)中舌肌细胞(TMCs)向癌症相关成纤维细胞(CAFs)转分化的过程，并提出了通过IL-17a抑制剂抑制这一过程的治疗策略	首次证实了舌肌细胞在TSCC环境下可转分化为CAFs，并鉴定了四个关键的转分化标志基因	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类TSCC中得到验证	探究TSCC中肿瘤微环境的重编程机制	舌鳞状细胞癌(TSCC)及其微环境中的舌肌细胞和癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境研究	口腔癌/舌鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、细胞模型评估、谱系追踪移植实验	4-NQO诱导的TSCC小鼠模型	单细胞RNA测序数据	NA
155	2025-07-24	Mitochondria-related gene-based molecular subtypes of lung adenocarcinoma and their prognostic implications 2025-Jul-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07982-8 PMID:40695869	研究论文	本研究基于线粒体相关基因对肺腺癌患者进行分子亚型分类，并探讨其预后意义	首次利用线粒体相关基因对肺腺癌患者进行分子亚型分类，并揭示了亚型间的免疫浸润特征和药物敏感性差异	研究样本量相对有限，且未进行实验验证	提高肺腺癌患者的精准预测能力，为临床治疗提供新见解	515名肺腺癌患者	数字病理	肺腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	XGBoost	基因表达数据	515名肺腺癌患者（来自TCGA和GEO数据库）
156	2025-07-24	Beyond the nuclear border: single-cell analysis of in situ sequenced human brain tissue using cellular features 2025-Jul-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08518-6 PMID:40696148	研究论文	该研究评估了原位测序（ISS）在分析福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）人脑组织中的适用性，并提出了一种基于细胞形态的转录本分配策略	结合荧光成像数据（18S RNA和IBA1蛋白）指导转录本分配，提高了检测的微胶质细胞数量和转录本分配的特异性	研究主要针对FFPE保存的人脑组织，可能不适用于其他类型的组织或保存方法	优化中枢神经系统（CNS）细胞分割和转录本分配，提高空间转录组学分析的准确性	福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的人脑组织	空间转录组学	NA	原位测序（ISS）、荧光成像	NA	图像、转录组数据	NA
157	2025-07-24	FedscGen: privacy-preserving federated batch effect correction of single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03684-6 PMID:40696440	研究论文	介绍了一种名为FedscGen的隐私保护联邦学习方法，用于单细胞RNA测序数据的批次效应校正	结合了scGen模型和安全多方计算技术，支持联邦训练和批次效应校正工作流程，包括新研究的整合	NA	解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题，同时保护基因组数据的隐私	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scGen, 联邦学习	基因表达数据	在Human Pancreas数据集上进行了基准测试
158	2025-07-24	Cerulenin partially corrects the disrupted developmental transcriptomic signature in Huntington's disease striatal medium spiny neurons 2025-Jul-21, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf029 PMID:40336225	研究论文	该研究探讨了亨廷顿病(HD)中突变HTT蛋白对纹状体中等棘神经元(MSNs)发育的影响，并发现Cerulenin部分恢复了HD MSNs的DARPP-32水平和电活动	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了HD MSNs发育轨迹的转录组特征，并发现Cerulenin能部分纠正这些异常	研究仅使用了体外诱导的多能干细胞模型，未在动物模型或人体中进行验证	探究突变HTT蛋白对MSNs发育的影响并寻找潜在治疗药物	亨廷顿病患者的诱导多能干细胞分化的MSNs	神经退行性疾病研究	亨廷顿病	单细胞RNA测序	iPSC分化模型	转录组数据	未明确说明样本数量，使用HD iPSCs和同基因对照
159	2025-07-24	A single-cell transposable element atlas of human cell identity 2025-Jul-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101086 PMID:40543500	研究论文	开发了一个名为Stellarscope的计算工具，用于单细胞转座子元件位点水平的分析，并构建了人类PBMCs中转座子表达的图谱	首次在单细胞水平上量化位点特异性转座子元件表达，并揭示其在细胞类型和亚群定义中的作用	由于转座子元件的重复序列内容和注释不完善，分析存在挑战	研究转座子元件在人类生物学中的影响	人类PBMCs（外周血单个核细胞）	生物信息学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	期望最大化算法	RNA测序数据	NA
160	2025-07-24	Automated denoising of CITE-seq data with ThresholdR 2025-Jul-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101088 PMID:40633544	研究论文	本文介绍了一种名为ThresholdR的自动化工具，用于去噪CITE-seq数据中的抗体衍生标签(ADT)信号	开发了ThresholdR这一新型工具，能够可靠且系统地找到区分信号与噪声的阈值，解决了现有方法DSB和CellBender高假阴性率的问题	未提及该方法在不同实验条件下的普适性或计算效率方面的局限性	提高CITE-seq数据中ADT信号的质量，改善细胞类型注释和下游分析	CITE-seq数据中的抗体衍生标签(ADT)信号	单细胞测序数据分析	NA	CITE-seq, scRNA-seq	ThresholdR（基于R的算法）	单细胞测序数据	多个数据集和平台（具体数量未说明）