单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-06-08	Tumor-infiltrating lymphocytes in cancer immunotherapy: from chemotactic recruitment to translational modeling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1601773 PMID:40475782	综述	本文综述了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在癌症免疫治疗中的作用及其研究进展	探讨了TILs的表型和功能多样性，以及其在肿瘤微环境中的动态相互作用，并强调了新兴技术在TIL生物学研究中的应用	未提及具体临床应用的局限性	探讨TILs在癌症免疫治疗中的作用及其研究进展	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及其在肿瘤微环境中的动态相互作用	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序、新抗原预测、生物材料平台	3D肿瘤球体、类器官共培养、同源小鼠模型、人源化系统	NA	NA
142	2025-06-08	stGuide advances label transfer in spatial transcriptomics through attention-based supervised graph representation learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1566675 PMID:40476268	research paper	本文提出了一种基于注意力机制的监督图学习模型stGuide，用于空间转录组学中的跨切片对齐和高效标签转移	stGuide利用参考注释引导的监督表示，通过注意力机制将查询切片映射到共享嵌入空间，并通过最近邻信息分配点级标签	NA	解决空间转录组学数据中的批次效应、不平衡参考注释和组织异质性等问题，实现高效的标签转移	人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌数据集	空间转录组学	乳腺癌	注意力机制监督图学习	attention-based supervised graph learning model	空间转录组数据	NA
143	2025-06-08	Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data 2024-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01909-1 PMID:39327486	研究论文	本文介绍了一种名为Genotype-Neighborhood Associations (GeNA)的统计工具，用于在高维单细胞数据中识别影响细胞状态丰度的遗传变异	GeNA工具无需预定义细胞状态，灵活识别与遗传变异最相关的细胞状态丰度	研究仅基于969名个体的外周血单细胞RNA测序数据，可能需要更大样本量验证	识别影响单细胞数据中细胞状态丰度的遗传变异	单细胞RNA测序数据中的免疫细胞状态	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	GeNA统计模型	单细胞RNA测序数据	969名个体的外周血样本
144	2025-06-08	Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging 2024-Jun-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013 PMID:38714197	研究论文	通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术，绘制人类骨髓微环境的细胞生物地理学图谱	首次整合单细胞RNA测序和CODEX空间分析技术，揭示了人类骨髓中非造血细胞的异质性及其空间组织，并预测了造血细胞与非造血细胞亚群之间的相互作用	样本来源和数量可能限制了结果的普遍性，且技术整合的复杂性可能影响数据解读	研究人类骨髓中非造血细胞的异质性及其空间组织，以理解其对造血过程的贡献	人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞	单细胞组学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、共检测索引（CODEX）	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组成像数据	29,325个非造血细胞和53,417个造血细胞，以及超过120万个细胞的空间分析
145	2025-06-08	Metabolic regulator ERRγ governs gastric stem cell differentiation into acid-secreting parietal cells 2024-Jun-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.04.016 PMID:38733994	研究论文	该研究通过小鼠模型和人类胃细胞，揭示了代谢调节因子ERRγ在胃干细胞分化为分泌胃酸的壁细胞过程中的关键作用	首次发现ERRγ在壁细胞分化中的核心作用，并详细描述了壁细胞分化的分子、细胞和超微结构阶段	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性需要进一步验证	阐明壁细胞分化的分子机制	胃干细胞和壁细胞	细胞生物学	胃部疾病	scRNA-seq	小鼠模型和人类胃细胞器官模型	基因表达数据和细胞形态数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类胃细胞
146	2025-06-08	Interleukin-36γ-producing macrophages drive IL-17-mediated fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aax4783 PMID:31604843	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了生物材料和合成材料植入后巨噬细胞的功能亚群及其在组织修复和纤维化中的作用	发现了CD9IL-36γ巨噬细胞亚群，这些巨噬细胞在缺乏IL-17受体的小鼠中几乎不存在，表明它们可能参与IL-17依赖的免疫和自身免疫反应	研究主要基于小鼠模型，人类组织样本的验证仍需进一步研究	研究巨噬细胞亚群在生物材料和合成材料植入后的功能及其在组织修复和纤维化中的作用	巨噬细胞亚群	免疫学	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠和人类组织样本
147	2025-06-08	Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749 PMID:31604845	research paper	该研究使用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在组织修复和纤维化中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示巨噬细胞多样性在组织修复和纤维化中的具体作用	NA	研究巨噬细胞在组织修复和纤维化过程中的作用机制	巨噬细胞	生物医学	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
148	2025-06-07	Identification of macrophage-associated diagnostic biomarkers and molecular subtypes in gestational diabetes mellitus based on machine learning 2025-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology DOI:10.1080/21691401.2025.2513893 PMID:40476676	research paper	该研究通过整合scRNA-seq和RNA-seq数据，探索了与巨噬细胞相关的妊娠期糖尿病(GDM)诊断基因和亚型	提出了CB-DSNMF算法用于识别GDM亚型，并构建了基于内皮细胞转录组的高精度诊断模型	未提及样本量是否足够大以验证模型的普适性	探索GDM的分子机制并开发诊断工具	妊娠期糖尿病(GDM)患者	machine learning	gestational diabetes mellitus	scRNA-seq, RNA-seq	ensemble machine learning algorithms, CB-DSNMF	gene expression data	NA
149	2025-06-07	NanoCRISPR-assisted biomimetic tissue-equivalent patch regenerates the intervertebral disc by inhibiting endothelial-to-mesenchymal transition 2025-Nov, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123404 PMID:40398216	research paper	该研究提出了一种纳米CRISPR辅助的生物仿生组织等效补片，通过抑制内皮-间质转化来再生椎间盘	使用纳米CRISPR系统靶向消除VEGF介导的血管生成因子，并结合仿生纳米纤维支架促进椎间盘修复	研究未提及长期效果评估或潜在副作用	开发一种新型椎间盘修复方法，解决当前治疗无法充分解决的生物学修复和血管生成问题	椎间盘（特别是纤维环）的再生	生物医学工程	椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序、纳米CRISPR系统	NA	NA	未明确提及样本数量
150	2025-06-07	The battle within: Discovering new insights into phytopathogen interactions and effector dynamics 2025-Sep, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128220 PMID:40398012	综述	本文全面回顾了植物病原体与宿主之间复杂的相互作用，特别是效应蛋白触发的免疫机制及其在感染中的作用	强调了元种群动态和快速适应在植物病原体效应蛋白和植物抗性蛋白修饰中的作用，以及环境因素和气候变化对宿主-病原体互作的影响	NA	探讨植物病原体效应蛋白的作用机制及其在疾病管理策略中的应用	植物病原体效应蛋白、植物抗性蛋白、宿主-病原体互作	植物病理学	植物病害	生物信息学、单细胞转录组学	NA	NA	NA
151	2025-06-07	Immune-endothelial cell crosstalk in hepatic endothelial injury of liver fibrotic mice 2025-Aug-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177730 PMID:40374060	研究论文	本研究探讨了肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的潜在调控通路	揭示了肝内皮细胞与免疫细胞之间的细胞通讯机制，特别是通过Ptprc-Mrc1和Sell-Podxl信号通路维持肝纤维化过程中的细胞相互作用	研究仅使用了C57BL/6雄性小鼠模型，可能不适用于其他物种或性别	探索肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的调控通路	C57BL/6雄性小鼠的肝内皮细胞和免疫细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、扫描电子显微镜（SEM）、PCR技术	NA	基因表达数据、显微图像	24,534个细胞，聚类为10个主要细胞亚群
152	2025-06-07	A multimorphic variant in ThPOK causes an inborn error of immunity with T cell defects and fibrosis 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241174 PMID:40392549	research paper	该研究报道了由ThPOK基因变异引起的首例人类疾病，揭示了该变异对CD4+ T细胞发育、TCR激活及纤维化途径调控的新作用	首次发现ThPOK基因变异导致的人类疾病，揭示了ThPOK在CD4+ T细胞发育、TCR激活及纤维化途径调控中的新作用	仅报道了一例患者，样本量较小	研究ThPOK基因变异对人类免疫系统及纤维化的影响	一名携带ThPOKK360N变异的患者及其细胞模型	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序、慢病毒转导	NA	基因测序数据、转录组数据	1例患者及其细胞模型
153	2025-06-07	Transcriptional profile and quantitative proteomics revealed NGF-p75NTR-associated synaptic plasticity and heterogeneity for diabetic encephalopathy and the potential role of CoQ10 for diabetic induced cognitive deficits in mice 2025-Aug, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167823 PMID:40185338	research paper	该研究通过转录组和定量蛋白质组学揭示了NGF-p75NTR相关的突触可塑性和糖尿病脑病的异质性，并探讨了CoQ10在糖尿病诱导认知缺陷中的潜在作用	首次研究了DICD相关及CoQ10处理的蛋白质组变化，以及DICD与对照组之间的异质性变化，并发现NGF-p75NTR信号通路显著参与突触可塑性调节	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中进行验证	探讨CoQ10在糖尿病诱导认知缺陷（DICD）中的细胞和分子特征及其潜在作用	糖尿病脑病（DE）和糖尿病诱导认知缺陷（DICD）小鼠模型	digital pathology	diabetic encephalopathy	TMT-based quantitative proteomics, scRNA-sequencing, Western blotting	NA	proteomics data, transcriptomics data	小鼠模型（具体数量未明确说明）
154	2025-06-07	CTLA4 modulates B cell receptor signals to inhibit HBsAb secretion in chronic hepatitis B patients 2025-Aug, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167848 PMID:40279930	研究论文	本研究探讨了CTLA4在慢性乙型肝炎(CHB)患者B细胞中对HBsAb分泌的抑制作用及其机制	首次揭示了CTLA4通过结合SHP-1抑制Jak-STAT和B细胞受体信号通路，从而影响HBsAb分泌的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，需要进一步临床验证	探索CHB患者B细胞功能缺陷的分子机制及潜在治疗靶点	慢性乙型肝炎患者的B细胞	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA测序	HBV小鼠模型	RNA测序数据	CHB患者外周和肝脏HBsAg特异性B细胞
155	2025-06-07	DSG2 attenuates gemcitabine efficacy through PTX3 in lung adenocarcinoma 2025-Aug, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167881 PMID:40316058	研究论文	本研究探讨了DSG2在肺腺癌中对吉西他滨疗效的影响及其通过PTX3介导的机制	首次揭示了DSG2通过PTX3/NFκB/STAT3通路介导吉西他滨耐药的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探究DSG2在肺腺癌中对吉西他滨疗效的影响机制	肺腺癌细胞和组织	肿瘤学	肺腺癌	单细胞测序、KEGG和GSEA多组学数据库分析、体外实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA数据库中的肺腺癌组织样本
156	2025-06-07	Fenofibrate inhibits activation of cGAS-STING pathway by alleviating mitochondrial damage to attenuate inflammatory response in diabetic dry eye 2025-Aug-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.383 PMID:40339725	research paper	本研究探讨了cGAS-STING信号通路在糖尿病干眼症(DDE)中的作用，并研究了非诺贝特通过减轻线粒体损伤抑制该通路的治疗效果及机制	首次揭示了cGAS-STING信号通路在DDE发病机制中的关键作用，并发现非诺贝特通过减轻线粒体损伤抑制该通路的新治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究cGAS-STING信号通路在DDE中的作用及非诺贝特的治疗机制	糖尿病干眼症(DDE)小鼠模型和永生化人角膜上皮细胞(HCE-T)	分子生物学	糖尿病干眼症	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 基因表达综合数据库(GEO)分析	STZ诱导的DDE小鼠模型	RNA测序数据, 细胞实验数据	未明确说明样本数量，使用了GEO数据库数据和实验动物模型
157	2025-06-07	Single-cell RNA sequencing identifies cellular heterogeneity in endothelial and epithelial cells associated with nitrogen dioxide-induced acute lung injury 2025-Jul-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118385 PMID:40403690	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了二氧化氮诱导的急性肺损伤中内皮细胞和上皮细胞的异质性变化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了二氧化氮诱导的急性肺损伤中内皮细胞和上皮细胞的异质性变化，并发现了新的上皮细胞亚群Ly6a肺泡细胞	研究仅关注了内皮细胞和上皮细胞的变化，未涉及其他可能参与急性肺损伤的细胞类型	探究二氧化氮诱导的急性肺损伤的分子机制	内皮细胞和上皮细胞	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
158	2025-06-07	Characterizing microglial heterogeneity in autophagy impairment of Paraquat-induced Parkinson's disease-like neurodegeneration 2025-Jul-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118364 PMID:40403688	研究论文	本研究通过建立百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型，利用单细胞RNA测序技术揭示了小胶质细胞在自噬障碍中的异质性及其在病理过程中的核心作用	首次在百草枯暴露背景下生成自噬的单细胞RNA测序图谱，发现小胶质细胞亚型在自噬调节中的异质性，并鉴定出一个自噬特异性小胶质细胞亚型	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，结果向人类帕金森病的直接转化需要进一步验证	探究百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变中自噬障碍的细胞异质性	百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型中的小胶质细胞	神经退行性疾病研究	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	百草枯诱导的PD样神经退行性变模型	转录组数据	未明确说明样本数量，使用动物模型和BV2细胞系
159	2025-06-07	Subacute dibutyl phthalate exposure impairs hepatic T cells and facilitates hepatitis B progression in mouse liver 2025-Jul-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118398 PMID:40440982	research paper	该研究探讨了亚急性邻苯二甲酸二丁酯（DBP）暴露如何通过损害肝脏T细胞功能促进乙型肝炎病毒（HBV）的进展	首次揭示了DBP通过驱动T细胞耗竭加剧HBV进展的机制，并提出了针对免疫耗竭的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类流行病学数据的相关性分析尚未完全验证因果关系	探究亚急性DBP暴露对HBV进展的影响及其免疫调节机制	HBV感染患者和小鼠模型	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、共培养实验	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、流行病学数据	HBV感染患者肝脏组织和小鼠模型
160	2025-06-07	Integrated analyses reveal CXCL11 as an inhibitor in ovarian cancer and its facilitation of an M1 macrophage switch via the JAK2/STAT1 pathway 2025-Jun-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114900 PMID:40409100	研究论文	本文通过整合分析揭示了CXCL11在卵巢癌中的抑制作用及其通过JAK2/STAT1通路促进M1巨噬细胞极化的机制	首次系统地识别了M1巨噬细胞相关分子并确立了它们在卵巢癌中的预后意义，特别是CXCL11的双重功能	研究主要基于生物信息学分析和体外功能实验，缺乏体内实验验证	深入了解M1样肿瘤相关巨噬细胞在卵巢癌中的积极作用，并识别可靠的生物标志物以分层卵巢癌患者的疾病进展风险	卵巢癌(OC)中的M1样肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)及其相关分子机制	肿瘤生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量转录组数据分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量