单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-21	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	基于随机化两阶段PCA框架，结合稀疏矩阵运算和可配置空间平滑，计算速度比现有方法快数个数量级	NA	开发高效降维方法以识别组织中的空间域并理解组织结构和生物过程机制	人类和小鼠组织的空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组技术（包括10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	随机化主成分分析（PCA）	空间基因表达数据	四个公开ST数据集，包含数十万个位置
142	2025-09-21	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，构建了人类海马体的分子图谱	首次结合snRNA-seq和SRT技术，在保留细胞结构组织的同时解析海马体细胞类型的分子特征和空间分布	样本仅来自10名神经典型成人捐赠者，可能限制结果的普适性	定义海马体细胞类型和空间域的分子特征	人类前海马体组织	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	10名成人神经典型捐赠者的海马体组织切片
143	2025-09-21	Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621867 PMID:39574747	研究论文	提出一种名为spoon的统计框架，用于消除空间转录组数据中的均值-方差关系偏差，以更准确地识别空间可变基因	首次在空间转录组数据中证明均值-方差关系存在，并采用Empirical Bayes技术开发偏差校正方法	NA	改进空间转录组数据分析中空间可变基因（SVGs）的识别准确性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学，Empirical Bayes	统计模型	空间转录组数据	模拟数据和真实数据（具体数量未说明）
144	2025-09-21	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-11, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	研究论文	本研究通过比较健康和动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切应激的转录组反应，揭示了动脉粥样硬化斑块中生理剪切应激与保护性因子KLK10的解耦现象	发现动脉粥样硬化病变中Nos3高表达内皮细胞出现炎症和凋亡基因富集，且保护性因子KLK10表达显著降低，解释了剪切应激在疾病进展中的矛盾作用	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；单细胞RNA测序样本量有限	探究动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切应激的反应机制	小鼠动脉内皮细胞（健康C57BL/6、轻度病变Apoe-/-正常饮食、重度病变Apoe-/-高脂饮食）	心血管生物学	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、成像数据	三组小鼠模型（具体数量未明确说明）
145	2025-09-21	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.28.569014 PMID:38168452	研究论文	本研究揭示了谷胱甘肽通过加速细胞周期G1期进程促进植物再生过程中的细胞重编程	首次发现损伤部位附近细胞通过缩短G1期加速分裂，并证实谷胱甘肽在G1期向S期转变中的关键调控作用	研究局限于拟南芥根系模型，尚未在其他植物体系或创伤类型中验证	探究细胞周期动态在植物细胞重编程过程中的作用机制	拟南芥根系细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	拟南芥根系细胞（具体数量未明确说明）
146	2025-09-21	SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection 2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.23.609477 PMID:39229093	研究论文	提出SPACE框架，通过调整细胞类型混杂效应改进空间可变基因聚类以提升空间域检测精度	无需预先设定基因簇数量、空间模式或细胞类型信息即可实现SVG聚类，并有效消除细胞类型共享造成的混杂效应	未明确说明方法对低质量数据或极端噪声场景的鲁棒性	改进空间转录组学中的空间域检测精度	空间可变基因（SVGs）	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	聚类框架（无监督学习）	空间基因表达数据	基于综合模拟和真实数据分析（未明确样本数量）
147	2025-09-21	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	研究论文	提出一种名为SpotSweeper的空间转录组学数据质量控制方法，专注于识别局部异常和区域伪影	首次针对空间转录组学设计空间感知的质量控制方法，能够区分生物异质性和技术伪影，并检测特有的组织学伪影	NA	开发专门用于空间转录组学数据的质量控制工具，提高数据可靠性	空间转录组学数据中的单个位点和区域	生物信息学	NA	空间转录组学（SRT），单核RNA测序（snRNA-seq）	多尺度分析方法	空间转录组数据	使用公开可用的Visium数据，具体样本量未明确说明
148	2025-09-21	Programmed Death Ligand 1-Expressing Macrophages and Their Protective Role in the Joint During Arthritis 2024-Apr, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42749 PMID:37997621	研究论文	本研究探讨了PD-L1表达巨噬细胞在关节炎中的保护作用及其机制	首次揭示PD-L1+巨噬细胞通过表达MerTK和IL-10在关节炎中发挥保护作用，并证实其在人类滑膜组织中存在	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需扩展	探究PD-L1在滑膜组织中的免疫调节作用及其在关节炎中的保护机制	小鼠模型（CIA）和人类滑膜组织（健康个体和类风湿关节炎患者）	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术、并生技术、Cre-Lox基因敲除、RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	分子表达数据、细胞表型数据、基因测序数据	小鼠模型及人类滑膜组织样本（具体数量未明确说明）
149	2025-09-21	Treatment of HCC with claudin-1-specific antibodies suppresses carcinogenic signaling and reprograms the tumor microenvironment 2023-02, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.10.011 PMID:36309131	研究论文	本研究探讨了靶向非连接性Claudin-1的单克隆抗体在肝细胞癌治疗中的作用及机制	首次揭示非连接性CLDN1作为HCC治疗靶点，并通过抗体干预调控肿瘤干细胞特性、代谢和免疫微环境	临床前研究阶段，尚未进行人体临床试验	开发肝细胞癌的新型靶向治疗方法	肝细胞癌（HCC）细胞系、患者来源的3D体外模型及异种移植小鼠模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序、单克隆抗体技术	NA	基因表达数据、体内外实验数据	大量细胞系衍生异种移植模型和患者来源异种移植模型（具体数量未明确说明）
150	2025-09-20	Immunobiology of primary sclerosing cholangitis 2025-Oct-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001080 PMID:39226402	综述	本文全面回顾了原发性硬化性胆管炎（PSC）的免疫生物学研究进展，重点关注免疫细胞类型和新技术应用	整合单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术，揭示PSC肝脏中免疫细胞的时空异质性	部分新发现细胞类型的胆道定位及其在PSC免疫病理中的作用尚未完全阐明	探讨免疫系统在PSC发病机制中的关键作用	原发性硬化性胆管炎（PSC）患者肝脏免疫微环境	免疫生物学	自身免疫性肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	NA
151	2025-09-20	Tumor-derived CD109 orchestrates reprogramming of tumor-associated macrophages to dampen immune response 2025-Oct, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	本研究揭示肿瘤源性可溶性CD109通过调控肿瘤相关巨噬细胞重塑肿瘤免疫微环境，从而抑制免疫反应	首次发现sCD109作为‘分泌型免疫检查点’通过双重机制（激活FcγRI/SYK/NF-κB信号通路和竞争性抑制CD73蛋白降解）调控巨噬细胞表型	研究主要基于临床前模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探索肝内胆管癌免疫抑制微环境的形成机制并开发免疫治疗新靶点	肝内胆管癌（iCCA）及其肿瘤免疫微环境中的巨噬细胞和T细胞	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、飞行时间质谱流式、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据（蛋白质组、转录组、单细胞数据）	未明确说明样本数量，但使用多组学方法分析iCCA样本
152	2025-09-20	Decoding the resistin-CAP1 pathway in intermediate monocytes mediating liver allograft rejection 2025-Oct, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.04.037 PMID:40345627	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了中间单核细胞通过resistin-CAP1通路介导肝移植排斥反应的机制	首次在肝移植领域应用空间转录组学技术，并发现中间单核细胞通过resistin-CAP1信号轴参与T细胞介导的急性排斥反应	研究主要基于大鼠模型和体外实验，人类临床应用的有效性和安全性仍需进一步验证	探索肝移植排斥反应的新型免疫治疗靶点	大鼠移植肝脏和外周血单核细胞样本，以及人类T细胞功能验证	生物医学研究	肝移植排斥反应	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, 纳米金技术	NA	基因表达数据, 空间分布数据	24个大鼠移植肝脏和外周血单核细胞样本
153	2025-09-20	Preterm Birth Conditions Alter Muscle Stem Cells and Their Niche, Causing Lasting Impairments in Muscle Regeneration and Function 2025-Oct, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.70058 PMID:40955870	研究论文	研究早产相关条件通过炎症微环境破坏肌肉干细胞功能，导致肌肉再生和功能持久受损的机制	首次揭示TNF-α/NF-κB信号通路在早产相关肌肉干细胞损伤中的关键作用，并证明早期使用TNF-α抑制剂可恢复干细胞功能	人类样本数据趋势相似但样本量有限，动物模型与人类生理存在差异	探究早产相关条件对骨骼肌干细胞功能及再生能力的影响机制	啮齿动物模型和早产/足月人类婴儿肌肉样本	发育生物学	早产相关并发症	单细胞转录组测序、体外细胞培养、离体肌肉收缩特性分析、体内肌肉损伤实验	NA	基因表达数据、细胞形态数据、生理功能数据	啮齿动物模型及人类早产/足月婴儿肌肉样本（具体数量未明确说明）
154	2025-09-20	Single-Cell Transcriptomic Atlas of Peripheral Blood Reveals B-Cell-Driven Signature Predictive of Acute Pancreatitis Severity 2025-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70350 PMID:40959459	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了外周血中B细胞驱动的特征可预测急性胰腺炎严重程度	首次发现MZB1⁺浆细胞在急性胰腺炎发病机制中的机制性和预测性作用，并建立了九基因B细胞转录组特征	样本量相对较小（初始队列n=7），需要更大规模研究验证	开发早期预测急性胰腺炎严重程度的免疫学生物标志物	急性胰腺炎患者的外周血单核细胞	生物信息学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序，T细胞和B细胞受体分析	基因特征预测模型	转录组数据，血清免疫球蛋白和细胞因子数据	初始队列7例患者，独立验证队列14例，内部验证114例，外部验证AP队列87例，AP合并脓毒症队列174例
155	2025-09-20	Deep learning-based feature discovery for decoding phenotypic plasticity in pediatric high-grade gliomas single-cell transcriptomics 2025-Oct, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110971 PMID:40848317	研究论文	利用基于深度学习和图机器学习的方法，从儿童高级别胶质瘤单细胞转录组数据中识别表型可塑性的关键调控特征	首次通过复杂网络动态和基于图的机器学习揭示pHGG亚型中谱系特异性可塑性的关键决定因素，并发现跨亚型的过渡基因和枢纽基因	研究基于单细胞转录组数据，可能未涵盖蛋白质组或表观遗传层面的调控机制	解码儿童高级别胶质瘤的表型可塑性机制，为精准治疗提供策略	儿童高级别胶质瘤（pHGGs）的IDHWT胶质母细胞瘤和K27M突变型弥漫中线胶质瘤	生物信息学	儿童脑肿瘤	单细胞转录组测序，图机器学习	深度学习，基于图的机器学习	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及两种pHGG亚型的单细胞数据
156	2025-09-20	MIF Facilitates Resistance to Androgen Deprivation Therapy by Regulating AMPD2 Expression in Prostate Cancer Cells 2025-Sep-19, The Prostate DOI:10.1002/pros.70053 PMID:40968720	研究论文	本文揭示了MIF通过调控AMPD2表达促进前列腺癌细胞对雄激素剥夺疗法（ADT）耐药性的机制	首次结合全基因组CRISPR/Cas9敲除库筛选和单细胞RNA测序技术，发现MIF是ADT耐药的关键介质，并阐明其通过AMPD2介导的增殖机制	研究主要基于细胞水平，尚未进行体内实验或临床验证	探究前列腺癌细胞对ADT产生耐药性的分子机制	前列腺癌细胞	癌症生物学	前列腺癌	CRISPR/Cas9基因敲除筛选, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
157	2025-09-20	Fibroblast-Specific Loss of TGF-β Signaling Mediates Lipomatous Metaplasia in the Infarcted Heart 2025-Sep-19, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.125.075676 PMID:40970279	研究论文	本研究揭示了成纤维细胞中TGF-β信号缺失导致心肌梗死后脂肪化生（脂肪组织浸润）的新分子机制	首次发现成纤维细胞特异性TGF-β信号失活通过Smad非依赖性途径介导成纤维细胞向脂肪细胞转化	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过单细胞RNA测序分析验证	探究心肌梗死后脂肪化生的细胞机制及其对心脏修复的影响	心肌梗死小鼠模型及人类心肌梗死患者的心脏组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、谱系追踪、组织学分析、超声心动图	NA	基因表达数据、组织图像、功能检测数据	转基因小鼠模型及人类心肌梗死患者样本（具体数量未明确说明）
158	2025-09-20	Natural killer cells and IFN-γ protect against liver injury during HAV infection in mice 2025-Sep-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01395-25 PMID:40970716	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示自然杀伤细胞（NK细胞）和干扰素-γ（IFN-γ）在甲型肝炎病毒感染早期对肝脏的保护作用而非致病作用	首次在免疫健全但肝细胞特异性I型干扰素受体敲除的小鼠模型中证明NK细胞通过产生IFN-γ抑制HAV复制并减轻肝损伤，颠覆了此前认为NK细胞导致肝损伤的观点	研究使用转基因小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	阐明甲型肝炎病毒感染早期NK细胞的免疫应答机制及其对肝脏病理的影响	肝细胞特异性I型干扰素受体敲除小鼠（Ifnar1fl/fl Alb-Cre+）及其肝白细胞	免疫学	病毒性肝炎	单细胞RNA测序、基因敲除模型、细胞因子检测	NA	基因表达数据、血清生化指标	转基因小鼠模型及原代小鼠肝细胞
159	2025-09-20	Single-cell RNA sequencing identifies CD8Teff cell activation as a predictive biomarker in triple-negative breast cancer immunotherapy 2025-Sep-19, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-025-00306-2 PMID:40971094	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析三阴性乳腺癌的免疫微环境，识别CD8效应T细胞激活作为免疫治疗反应的预测生物标志物	发现CXCL13作为关键调节因子，并开发基于病理学的人工智能模型用于CD8Teff识别，预测免疫检查点抑制剂疗效	肿瘤免疫微环境的显著异质性可能影响预测准确性，有效生物标志物仍然有限	解析三阴性乳腺癌免疫微环境特征并寻找免疫治疗疗效预测标志物	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤免疫微环境	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, 转录组分析	AI模型（未指定具体类型）	RNA测序数据、病理图像数据	训练队列和验证队列（具体样本数量未明确说明）
160	2025-09-20	Loss of BAP1 defines a unique subtype of TP53-mutated de novo AML and confers sensitivity to BCL-xL inhibitors 2025-Sep-18, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026417 PMID:40540751	研究论文	本研究揭示了BAP1缺失在TP53突变型急性髓系白血病（AML）中的协同作用及其对BCL-xL抑制剂的敏感性	首次发现BAP1缺失与TP53突变在AML中共存，并证明其通过基因组不稳定性和表观遗传失调双重机制促进红系白血病发生	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩大样本量	探究TP53突变型AML中协同遗传改变及其治疗靶点	TP53突变型急性髓系白血病患者及小鼠模型	肿瘤生物学	急性髓系白血病	RNA测序（bulk和单细胞）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）	基因敲除小鼠模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	人类患者队列（未明确数量）及转基因小鼠模型