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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-11-14 |
A Review of Regulation of Leaf Margin Development: Integrating Genetic, Hormonal, and Environmental Controls
2025 Nov-Dec, Physiologia plantarum
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/ppl.70627
PMID:41219798
|
综述 | 本文综述了叶片边缘发育的调控机制,整合了遗传、激素和环境控制因素 | 整合了发育与环境视角,提供了叶片形态多样性的概念框架,并指出空间转录组学和基因组编辑等新兴工具的应用前景 | 作为综述文章,不包含原始实验数据,主要基于已有研究进行综合分析和讨论 | 探讨叶片边缘发育的调控机制及其在植物适应和作物改良中的潜在应用 | 叶片边缘形态发育过程及相关调控因子 | 植物发育生物学 | NA | 空间转录组学、基因组编辑 | NA | 文献资料 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 142 | 2025-11-14 |
Single-cell transcriptome atlas unveils transcriptional regulation networks of banana root tips in response to Fusarium oxysporum infection
2025-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf220
PMID:41220693
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组图谱揭示了香蕉根尖响应尖孢镰刀菌感染的转录调控网络 | 首次构建香蕉根尖单细胞转录组图谱,发现中柱鞘细胞是响应TR4感染的主要根细胞类型,并鉴定出MaKAN4调控锌依赖性基因模块的关键作用 | NA | 解析香蕉根尖细胞类型对尖孢镰刀菌感染的转录响应机制 | 香蕉根尖细胞 | 单细胞转录组学 | 植物真菌病害 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 19个细胞簇 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2025-11-14 |
Characteristics of ectopic alveolar basal cells relative to airway basal cells in fibrosis
2025-Nov, ERJ open research
IF:4.3Q1
DOI:10.1183/23120541.01259-2024
PMID:41220820
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研究论文 | 本研究通过比较间质性肺病患者中异位肺泡基底细胞与气道基底细胞的特性,探索其起源和功能差异 | 首次在相同ILD患者中同时分离和比较肺泡与气道基底细胞,揭示两者在转录组和类器官形成能力上的差异 | 样本来源于活检组织,数量有限;动物模型使用博来霉素损伤小鼠,可能不完全反映人类疾病情况 | 阐明间质性肺病中异位肺泡基底细胞的起源和功能特性 | 间质性肺病患者的肺泡基底细胞和气道基底细胞 | 单细胞生物学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序,实时荧光定量PCR,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 来自ILD患者的经支气管和气道黏膜活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2025-11-14 |
Swimming Through Dendritic Cell Biology: Insights From Fish Models
2025-Nov, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70067
PMID:41222184
|
综述 | 本文总结了鱼类树突状细胞的研究进展,特别关注斑马鱼模型在揭示树突状细胞进化起源和功能多样性方面的价值 | 整合进化免疫学与单细胞转录组学技术,系统揭示鱼类特有树突状细胞群体的进化保守性和物种特异性特征 | 主要依赖斑马鱼模型,其他鱼类树突状细胞研究相对缺乏 | 探索树突状细胞在非哺乳类脊椎动物中的进化发展和免疫功能 | 鱼类树突状细胞,特别是斑马鱼模型中的树突状细胞群体 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2025-11-14 |
Decoding heart failure subtypes with neural networks via differential explanation analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf581
PMID:41222558
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于神经网络和可解释AI的新方法,用于识别心力衰竭亚型特异性基因 | 提出基于自定义神经网络重要性评分的差异解释基因识别方法,能够更准确识别心力衰竭亚型特异性通路 | NA | 解决单细胞转录组数据复杂性带来的分析挑战,识别心力衰竭亚型特异性分子机制 | 心力衰竭患者单细胞转录组数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2025-11-14 |
Advancing Precision Medicine in Inflammatory Skin Disease
2025-Nov, American journal of clinical dermatology
IF:8.6Q1
DOI:10.1007/s40257-025-00963-7
PMID:40819342
|
观点文章 | 探讨精准医学在慢性炎症性皮肤病治疗中的应用前景与挑战 | 提出将分子表型分析与传统临床病理诊断相结合的新型诊疗范式 | 生物标志物验证有限、成本高昂、研究队列广度不足 | 推动精准医学在皮肤病学领域的临床应用 | 慢性炎症性皮肤病患者 | 精准医学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 分子表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 147 | 2025-11-14 |
Distinct Layer 6b transcriptomic subtypes parcellate the cortical mantle
2025-Nov, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102841
PMID:41083138
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、多重荧光原位杂交和单细胞空间转录组学技术,全面表征了大脑皮层第6b层神经元的细胞类型特性、分子异质性和空间分布 | 发现了多个具有独特分子特征的L6b亚型,并首次提供了迄今为止最广泛的L6b亚型空间分布图谱,揭示了L6b亚型在大脑皮层中的拼图式分布模式 | NA | 解析L6b神经元的细胞类型特异性特征和空间组织模式 | 大脑皮层第6b层神经元 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 多重荧光原位杂交, 单细胞空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 450,496个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 148 | 2025-11-14 |
CoCo-ST detects global and local biological structures in spatial transcriptomics datasets
2025-Nov, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01781-z
PMID:41083603
|
研究论文 | 介绍了一种名为CoCo-ST的空间转录组学数据分析框架,能够检测全局和局部生物结构 | 通过图对比特征表示框架,能够同时检测高方差和低方差的空间结构,解决了传统方法忽略低方差结构的问题 | NA | 开发能够全面检测空间转录组数据中不同方差水平生物结构的计算方法 | 小鼠肺前癌样本的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学分析 | 图对比学习框架 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium, Xenium Prime 5K, Visium HD | spot级Visium数据、单细胞Xenium Prime 5K数据、亚细胞Visium HD数据 |
| 149 | 2025-11-14 |
Integration of Transcriptome Profiling and Single-Cell Sequencing Analysis to Establish a CD8+ T Cell-Related Prognostic Model for Patients With NSCLC: From Assessment to Therapy
2025-Nov, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71337
PMID:41223031
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组分析和单细胞测序技术,建立了基于CD8+ T细胞的非小细胞肺癌预后模型 | 首次结合转录组分析和单细胞测序技术构建CD8+ T细胞相关预后模型,并开发了临床预后列线图 | 研究基于三个公共数据集,需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发CD8+ T细胞相关预后模型,改善NSCLC患者的预后评估和免疫治疗决策 | 非小细胞肺癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | LASSO回归, Cox回归, 风险模型 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 三个数据集(TCGA-NSCLC, GSE183219, GSE42127) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 150 | 2025-11-14 |
SpaMWGDA: Identifying spatial domains of spatial transcriptomes using multi-view weighted fusion graph convolutional network and data augmentation
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013667
PMID:41223185
|
研究论文 | 提出一种基于多视图加权融合图卷积网络和数据增强的空间转录组空间域识别方法 | 采用多视图加权融合图卷积网络和数据增强技术,能够全面捕获邻域信息并自适应学习关键特征 | 未在论文标题和摘要中明确说明 | 改进空间转录组数据的空间域识别准确性 | 空间转录组数据中的细胞基因表达和空间信息 | 空间转录组学 | NA | 深度学习,图卷积网络,对比学习,数据增强 | 多视图加权融合图卷积网络(GCN) | 空间转录组数据,基因表达数据,空间位置信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 151 | 2025-11-14 |
Identification of Disulfidptosis-Associated Hub Genes in Psoriasis via Integrated Transcriptomic and Experimental Validation Approaches
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70945
PMID:41224720
|
研究论文 | 通过整合转录组学和实验验证方法鉴定银屑病中与二硫化物死亡相关的枢纽基因 | 首次将新发现的细胞死亡方式——二硫化物死亡与银屑病发病机制联系起来,并识别出关键枢纽基因 | 研究主要基于转录组数据分析,实验验证仅限于小鼠模型,需要进一步的人类样本验证 | 探究二硫化物死亡在银屑病发病机制中的作用并识别相关生物标志物 | 银屑病患者皮肤组织样本和咪喹莫特诱导的银屑病样小鼠模型 | 生物信息学 | 银屑病 | RNA测序, Western blotting, 机器学习算法 | LASSO回归, 随机森林, WGCNA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个数据集(GSE106992, GSE11239, GSE162183)和动物模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-11-14 |
Determining a Stability Prognostic Panel for 636 Patients With Melanoma Using a Machine Learning Computational Framework
2025-Nov, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70174
PMID:41229385
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的预后特征模型,用于黑色素瘤患者的精准预后评估 | 整合101种机器学习算法开发14基因共识预后特征,在多个队列中验证其优于现有19种预后模型 | 研究样本量相对有限(636例),且主要依赖公共数据库数据 | 建立黑色素瘤精准预后评估框架并识别关键生物标志物 | 636例黑色素瘤患者 | 机器学习 | 黑色素瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | LASSO, RSF | 基因表达数据 | 636例黑色素瘤患者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-11-14 |
YTHDF1 regulates YTHDF2 stability via m6A-dependent mechanisms in hepatocellular carcinoma: insights from in vitro, in vivo, and multi-cohort clinical studies
2025-Oct-31, Journal of gastrointestinal oncology
IF:2.0Q3
DOI:10.21037/jgo-2025-363
PMID:41220748
|
研究论文 | 本研究揭示了YTHDF1通过m6A依赖机制调控YTHDF2稳定性在肝细胞癌中的新机制 | 首次报道YTHDF1与YTHDF2在肝细胞癌中的空间表达模式相关性及功能协同作用 | 未明确YTHDF1对YTHDF3无影响的具体机制 | 探索YTHDF同源蛋白在肝细胞癌中的调控网络和临床相关性 | 肝细胞癌组织和细胞系 | 分子生物学 | 肝细胞癌 | 免疫组织化学,空间转录组学,Western blot,实时定量PCR,RIP,e-CLIP测序,双荧光报告基因检测,RNA稳定性实验 | NA | 蛋白质表达数据,RNA表达数据,空间表达数据,临床生存数据 | 多个临床队列的肝细胞癌患者样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 154 | 2025-11-14 |
Six1-Eya1 Axis Governs Myofiber Remodeling and Fibrosis in Extraocular Myopathy: Insights from Single-Cell RNA Sequencing and Mesenchymal Stem Cell Therapy in Thyroid Eye Disease
2025-Oct-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14211708
PMID:41227354
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和间充质干细胞治疗,揭示了Six1/Eya1轴在甲状腺眼病眼外肌肌纤维重塑和纤维化中的调控作用 | 首次发现Six1和Eya1作为眼外肌肌纤维分化和纤维化抑制的核心调控因子,为甲状腺眼病相关肌病提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,需要进一步临床验证 | 探究甲状腺眼病中眼外肌肌病的分子机制和潜在治疗方法 | TED小鼠模型、对照组和TED患者来源的成肌细胞 | 单细胞测序 | 甲状腺眼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 对照组和TED患者来源的成肌细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2025-11-14 |
Comparative Oncology: Cross-Sectional Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Tumor Microenvironment Across Seven Human Cancers
2025-Oct-31, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17213527
PMID:41228323
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术对七种人类癌症的肿瘤微环境进行比较分析 | 首次使用单细胞转录组学对七种不同癌症类型的肿瘤微环境进行跨癌种比较分析 | 基于公开数据库的二次分析,缺乏原始实验验证;某些癌症亚型需要更具体的分析 | 阐明不同癌症类型中肿瘤成分的转录特征和细胞间信号差异 | 七种人类癌症:胰腺导管腺癌、肝细胞癌、食管鳞状细胞癌、乳腺癌、甲状腺癌、胃癌和结直肠癌 | 单细胞转录组学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自GEO数据库的七种癌症类型的公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 156 | 2025-11-14 |
Integrated bulk sequencing and single-cell transcriptomic profiling implicates neutrophil-driven hypoxia in atrial fibrillation development
2025-Oct-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2025-1066
PMID:41229788
|
研究论文 | 本研究通过整合批量测序和单细胞转录组分析,揭示了中性粒细胞驱动的缺氧在房颤发病机制中的作用 | 首次结合批量测序和单细胞转录组数据,建立了基于中性粒细胞相关基因的房颤诊断模型,并揭示了中性粒细胞通过诱导缺氧微环境促进心律失常的新机制 | 研究结果需要通过体内、体外实验和外部验证研究进一步确认 | 阐明炎症细胞在房颤发病机制中的具体作用,并建立基于机器学习的诊断模型 | 房颤患者和窦性心律患者的心房组织样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 支持向量机(SVM),加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 基因表达数据 | 46个房颤样本和18个窦性心律样本 | NA | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 157 | 2025-11-14 |
Integrating transcriptomics, single-cell omics, and deep learning-based histopathological features to identify OLFML3 in bladder cancer
2025-Oct-31, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-2025-365
PMID:41230137
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学、单细胞组学和深度学习技术,识别OLFML3基因在膀胱癌复发中的作用 | 首次结合多组学数据与深度学习病理特征识别OLFML3基因在膀胱癌复发中的关键作用,并开发基于病理图像的OLFML3表达预测模型 | 需要进一步研究阐明OLFML3在膀胱癌1年内复发中的具体作用机制 | 提高膀胱癌复发预测准确性并改善临床管理 | 膀胱癌患者 | 数字病理 | 膀胱癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 深度学习 | ResNet50, 随机森林, WGCNA, LASSO Cox回归 | 基因表达数据, 临床信息, 病理图像 | TCGA和GEO数据库中的膀胱癌患者数据,以及广东省第二人民医院的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2025-11-14 |
Single-cell multi-omics and spatial transcriptomics reveal the transcriptional regulatory landscape of clear cell renal cell carcinoma
2025-Oct-31, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-2025-328
PMID:41230160
|
研究论文 | 通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术,系统揭示了透明细胞肾细胞癌的转录调控景观 | 首次整合scRNA-seq、scATAC-seq和空间转录组学全面解析ccRCC的细胞异质性、表观遗传调控和转录因子网络 | 研究样本量有限,功能验证仅针对YBX3基因 | 全面表征ccRCC的细胞异质性、表观遗传调控和转录因子网络,识别具有预后和治疗意义的关键基因 | 透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中的16种细胞群体 | 数字病理 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 伪时间分析, 基因集富集分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 159 | 2025-11-14 |
Novel Taxol-Derivative, STO-1, Induces Selective Anti-Tumor Immunity and Sustained Remission of Glioblastoma Without Triggering Autoimmune Reactions
2025-Oct-30, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14211703
PMID:41227348
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型前药STO-1,通过选择性重编程肿瘤相关巨噬细胞实现胶质母细胞瘤的持续缓解且不引发自身免疫反应 | 首次通过紫杉醇与姜黄素的可裂解共价连接创建前药,实现肿瘤特异性巨噬细胞重编程而不引发系统性自身免疫反应 | 研究样本量较小(仅6只原位胶质母细胞瘤小鼠),缺乏人类临床试验数据 | 开发选择性抗肿瘤免疫疗法并避免自身免疫反应 | 胶质母细胞瘤小鼠模型和肿瘤相关微glia/巨噬细胞 | 免疫治疗 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,高分辨率离体T2加权MRI | NA | 基因表达数据,医学影像数据 | 6只原位胶质母细胞瘤荷瘤小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2025-11-14 |
Integrated Multi-Omics Analysis Identifies SRI as a Critical Target Promoting Gastric Cancer Progression and Associated with Poor Prognosis
2025-Oct-29, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17213483
PMID:41228276
|
研究论文 | 通过整合多组学分析和实验验证,识别了胃癌进展的关键分子驱动因子SRI及其与不良预后的关联 | 首次通过单细胞RNA-seq与空间转录组学结合,鉴定出胃癌恶性上皮细胞亚群C5和五基因预后特征 | 研究样本来源和数量未明确说明,需要进一步临床验证 | 识别胃癌进展和不良预后的关键分子驱动因子 | 胃癌患者样本和肿瘤细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学分析 | LASSO Cox回归, 多变量Cox回归 | 单细胞RNA-seq数据, 空间转录组数据, TCGA数据库 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |