单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-31	Identification of PRKCQ-AS1 as a Keratinocyte-Derived Exosomal lncRNA That Promotes Th17 Differentiation and IL-17 secretion in Psoriasis Through Bioinformatics, Machine Learning Algorithms, and Cell Experiments 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S521553 PMID:40433053	research paper	该研究通过生物信息学、机器学习算法和细胞实验，鉴定出PRKCQ-AS1作为一种角质细胞来源的外泌体lncRNA，通过STAT3激活促进Th17细胞分化和IL-17分泌，从而参与银屑病的发病机制	首次鉴定出PRKCQ-AS1作为角质细胞来源的外泌体lncRNA，通过STAT3信号通路促进Th17细胞分化和IL-17分泌的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏动物模型验证	探究调控银屑病中Th17/IL-17轴的关键外泌体ncRNA及其机制	银屑病患者样本和细胞模型	生物信息学	银屑病	RNA测序、单细胞RNA测序、GWAS、免疫浸润分析、GSEA、共表达分析、孟德尔随机化、细胞共培养、慢病毒转染、免疫荧光、qRT-PCR、Western blot	五种机器学习算法	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据、GWAS数据	NA
142	2025-05-31	Reversing VTN deficiency inhibits the progression of pancreatic cancer and enhances sensitivity to anti-PD1 immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1578870 PMID:40433359	研究论文	该研究探讨了细胞外基质蛋白玻连蛋白（VTN）在胰腺癌进展和免疫治疗反应中的双重作用	首次发现VTN在胰腺癌中具有抑制肿瘤进展和调节免疫治疗反应的双重功能，并提出了VTN作为抗PD1免疫治疗增敏剂的潜在策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索VTN在胰腺癌进展和免疫治疗中的作用机制	胰腺癌细胞系和小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、公共数据库分析、功能实验	小鼠皮下肿瘤模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量，但使用了公共数据库数据和实验模型
143	2025-05-31	Glypican-3 regulated epithelial mesenchymal transformation-related genes in osteosarcoma: based on comprehensive tumor microenvironment profiling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1566061 PMID:40433364	研究论文	本研究通过综合分析骨肉瘤肿瘤微环境，探讨了Glypican-3调控上皮间质转化相关基因的作用及其对预后的影响	首次基于EMT相关基因构建了骨肉瘤预后模型，并通过单细胞RNA测序验证了模型基因在细胞亚群中的表达	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于MG-63细胞系	探索EMT在骨肉瘤中的作用机制及其对肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的影响	骨肉瘤患者样本和MG-63细胞系	肿瘤生物学	骨肉瘤	转录组分析、WGCNA、LASSO算法、scRNA-Seq	预后预测模型	基因表达数据	多个骨肉瘤转录组数据集和单细胞RNA测序样本
144	2025-05-31	Investigating the molecular mechanisms associated with ulcerative colitis through the application of single-cell combined spatial transcriptome sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534768 PMID:40433374	研究论文	通过单细胞结合空间转录组测序技术研究溃疡性结肠炎的分子机制	利用单细胞和空间转录组分析识别了与溃疡性结肠炎相关的特定单核细胞亚型及关键基因GNG5和TIMP1	研究主要基于动物模型和有限样本，临床样本验证需进一步扩大	阐明溃疡性结肠炎的细胞亚型和基因表达谱	溃疡性结肠炎患者样本和DSS诱导的结肠炎小鼠模型	数字病理	溃疡性结肠炎	单细胞测序、空间转录组测序、免疫组化、免疫荧光、Western blotting	LASSO、SVM	基因表达数据、图像数据	溃疡性结肠炎患者样本和DSS诱导的结肠炎小鼠模型
145	2025-05-31	CD4+T and CD8+T cells profile in lung inflammation and fibrosis: targets and potential therapeutic drugs 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562892 PMID:40433386	review	本文总结了CD4+T和CD8+T细胞在肺纤维化中的作用，并探讨了通过调节T淋巴细胞亚群比例和相关信号通路延缓肺纤维化进程的潜在治疗靶点	提供了关于通过调节T淋巴细胞亚群比例和相关信号通路来延缓肺纤维化进程的新见解	未提及具体实验数据或样本量，主要基于已有研究和综述	探讨T淋巴细胞亚群在肺纤维化中的作用及潜在治疗靶点	CD4+T和CD8+T细胞	免疫学	肺纤维化	单细胞测序分析	NA	NA	NA
146	2025-05-31	CDT1 is a Potential Therapeutic Target for the Progression of NAFLD to HCC and the Exacerbation of Cancer 2025, Current genomics IF:1.8Q3 DOI:10.2174/0113892029313473240919105819 PMID:40433415	研究论文	本研究旨在识别非酒精性脂肪肝病（NAFLD）向肝细胞癌（HCC）进展过程中的潜在治疗靶点，重点关注影响疾病发展和进展的基因	通过生物信息学分析GEO和TCGA数据，结合机器学习技术，识别出CDT1等关键基因在NAFLD向HCC转化中的核心作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索NAFLD向HCC进展的分子机制，寻找早期诊断标志物和治疗靶点	NAFLD和HCC患者样本数据	生物信息学	肝细胞癌	第二代测序、单细胞测序	Cox比例风险模型、Lasso回归模型、机器学习模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的大样本数据
147	2025-05-31	A glutamine metabolism gene signature with prognostic and predictive value for colorectal cancer survival and immunotherapy response 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1599141 PMID:40443528	research paper	该研究构建了一个基于谷氨酰胺代谢基因特征的评分系统GLMscore，用于预测结直肠癌患者的生存预后和免疫治疗反应	创新性地构建了GLMscore评分系统，整合了转录组、微生物组和单细胞RNA测序数据，全面表征了结直肠癌的生物学特征和肿瘤免疫微环境	研究结果需要在更大规模的患者队列中进行验证，且GLMscore的临床应用价值还需进一步评估	探索谷氨酰胺代谢在结直肠癌进展和治疗反应中的作用，并开发一个预测预后的评分系统	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	transcriptomic profiling, scRNA-seq, 16S rRNA gene sequencing	NA	transcriptome, microbiome, whole-slide images	多个队列的结直肠癌患者数据
148	2025-05-31	Single-cell RNA-seq uncovers lineage-specific regulatory alterations of fibroblasts and endothelial cells in ligamentum flavum hypertrophy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569296 PMID:40443657	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了在黄韧带肥厚中成纤维细胞和内皮细胞的谱系特异性调控变化	首次在黄韧带肥厚中鉴定出五种不同的成纤维细胞亚群，并发现间充质成纤维细胞亚群的比例显著增加，以及与纤维化相关的关键靶基因	研究未涉及这些细胞亚群和靶基因在黄韧带肥厚中的具体作用机制	建立黄韧带的单细胞图谱，识别治疗腰椎管狭窄症的潜在药物靶点	黄韧带中的成纤维细胞和内皮细胞	digital pathology	geriatric disease	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
149	2025-05-31	TSPAN4+ fibroblasts coordinate metastatic niche assembly through migrasome-driven metabolic reprogramming and stromal-immune crosstalk in pancreatic adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1594879 PMID:40443671	研究论文	本研究探讨了TSPAN4+成纤维细胞在胰腺癌转移中的作用，通过迁移体驱动的代谢重编程和基质-免疫细胞互作协调转移微环境的组装	首次揭示了TSPAN4+成纤维细胞通过迁移体介导的机制调控胰腺癌转移微环境，并阐明了其与免疫细胞的互作网络	研究主要基于单细胞和空间转录组数据，需要更多体内实验验证TSPAN4靶向治疗的实际效果	探索胰腺癌转移微环境中成纤维细胞的关键调控作用，为靶向TME的治疗策略提供新思路	胰腺癌组织中的TSPAN4+成纤维细胞及其与免疫细胞的互作	肿瘤微环境研究	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组, siRNA转染, qRT-PCR	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	整合GEO和TCGA数据库的胰腺癌样本数据
150	2025-05-31	Single cell atlas of canine natural killer cells identifies distinct circulating and tissue resident gene profiles 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571085 PMID:40443661	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了犬类自然杀伤细胞（NK细胞）在不同组织中的基因表达特征，并与人类NK细胞进行了比较	首次提供了犬类NK细胞在不同组织中的全面基因表达图谱，并揭示了与人类NK细胞的跨物种同源性	研究仅关注了犬类和人类NK细胞，未涉及其他物种的比较	深入理解犬类NK细胞的异质性，为跨物种NK细胞研究和免疫治疗优化提供依据	犬类和人类的自然杀伤细胞（NK细胞）	免疫学	癌症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自血液、肺、肝、脾和胎盘的犬类NK细胞，以及来自相同组织的人类NK细胞
151	2025-05-31	Optimizing single cell RNA sequencing of stem cells. A streamlined workflow for enhanced sensitivity and reproducibility in hematopoietic studies. The use of human umbilical cord blood-derived hematopoietic stem and progenitor cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1590889 PMID:40443736	研究论文	本文通过优化单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程，提高了造血干细胞和祖细胞（HSPCs）研究的敏感性和可重复性	优化了scRNA-seq协议，特别关注单细胞文库的质量参数，并首次对CD34+和CD133+ HSPCs进行了转录组比较	研究样本数量有限，仅来自人类脐带血	优化单细胞RNA测序技术，以增强造血干细胞研究的敏感性和可重复性	人类脐带血来源的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞分选（FACS）	UMAP（均匀流形近似与投影）	RNA测序数据	有限数量的人类脐带血细胞
152	2025-05-31	Integrated single-cell and transcriptome sequencing data reveal the value of IL1RAP in gastric cancer microenvironment and prognosis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1584619 PMID:40444099	研究论文	本研究通过整合单细胞和转录组测序数据，揭示了IL1RAP在胃癌微环境和预后中的关键作用	首次结合单细胞测序和转录组数据分析IL1RAP在胃癌微环境中的作用，并验证其作为免疫治疗疗效预测标志物的潜力	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证IL1RAP的具体作用机制	探究IL1RAP在胃癌肿瘤微环境中的作用及其预后价值	胃癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	胃癌	单细胞测序、转录组测序、机器学习算法	机器学习算法(未指定具体模型)、CIBERSORT、ssGSEA、TIDE	转录组数据、单细胞数据	未明确说明具体样本数量，使用公共数据库(如TCGA)中的胃癌患者数据
153	2025-05-31	Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630257 PMID:39763863	research paper	该研究通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学，分析了HIV-1治疗停止前后外周血单个核细胞的免疫反应	发现了病毒反弹前CD16单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达的变化，以及血浆中炎症蛋白的识别	研究样本可能有限，且未涉及长期随访数据	识别治疗停止后病毒反弹的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量
154	2025-05-31	Reprogramming of epidermal keratinocytes by PITX1 transforms the cutaneous cellular landscape and promotes wound healing 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182844 PMID:39480496	研究论文	研究探讨了转录因子PITX1在表皮角质形成细胞中的重编程作用及其对伤口愈合的促进作用	首次揭示了PITX1通过重编程表皮角质形成细胞的身份和细胞间通讯，模拟口腔组织特性并促进伤口愈合	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中进行验证	阐明PITX1在口腔角质形成细胞特性建立和伤口愈合能力中的作用机制	小鼠皮肤和口腔（颊）黏膜的表皮角质形成细胞	细胞生物学	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠皮肤和口腔黏膜组织样本
155	2025-05-31	Flotillin-2 dampens T cell antigen sensitivity and functionality 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182328 PMID:39499901	研究论文	研究发现Flotillin-2（Flot2）蛋白通过调节T细胞表面TCR的聚集来调控T细胞对抗原的敏感性和功能	首次揭示Flot2通过调控TCR纳米簇的形成来调节T细胞对抗原的敏感性，从而影响T细胞的功能	研究主要关注Flot2在CD4+ T细胞中的作用，对其他T细胞亚群的影响尚不明确	探究Flot2在T细胞抗原敏感性和功能调控中的作用机制	Flot2缺陷型T细胞和野生型T细胞	免疫学	癌症和慢性感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、超分辨率显微镜	Flot2基因敲除小鼠模型	基因表达数据、显微镜图像数据	Flot2缺陷型和野生型CD4+ T细胞
156	2025-05-31	Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.628020 PMID:39763850	研究论文	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了心律失常性心肌病（ACM）中炎症-纤维化微环境的作用，并探索了抗IL-1β治疗的潜在益处	首次在ACM中鉴定出炎症-纤维化微环境，并证明抗IL-1β治疗可以减轻纤维化、改善心脏功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，需要进一步临床验证	探索ACM疾病进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	单核RNA测序（snRNAseq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	ACM患者心肌样本和对照供体样本（具体数量未明确说明），以及Desmoglein-2突变小鼠
157	2025-05-31	Estimating and correcting index hopping misassignments in single-cell RNA-seq data 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619353 PMID:39484535	研究论文	本文提出了一种估计和纠正单细胞RNA测序数据中索引跳跃误分配的方法	开发了一种简单的计算方法来估计和纠正索引跳跃率，通过量化不同细胞类型中误分配的基因	该方法依赖于细胞具有不同的表达谱，可能不适用于表达谱相似的细胞群体	解决单细胞RNA测序数据中索引跳跃导致的读段误分配问题	小鼠皮肤细胞的混合群体	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	1152个细胞
158	2025-05-31	scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723 PMID:39667347	综述	本文提供了一个关于商业单细胞和空间组学技术的动态综述，涵盖从基础技术到新兴方法的关键方法和趋势	动态更新商业单细胞和空间组学技术的最新进展，强调可能扩展药物研究数据生成范围的新兴方法	主要关注商业平台，可能未涵盖所有学术或实验性技术	理解和导航单细胞及空间组学技术在生物医学研究和药物开发中的商业化和应用	商业单细胞和空间组学技术平台	生物医学研究	NA	单细胞技术、空间转录组学、微流控技术、组合索引、下一代测序	NA	组学数据	NA
159	2025-05-31	Synovial tissue myeloid dendritic cell subsets exhibit distinct tissue-niche localization and function in health and rheumatoid arthritis 2024-12-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.004 PMID:39609125	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了类风湿性关节炎（RA）患者滑膜组织中树突状细胞（DC）亚群的分布和功能差异	发现了健康与RA患者滑膜组织中DC亚群的不同分布和功能，特别是在活跃RA中发现了炎症性DC3s和CCR7 DC2s的新作用	研究未涉及如何实际恢复耐受性DC2s或靶向致病性DC3s的具体治疗方法	探索RA患者滑膜组织中DC亚群的功能和分布，以寻找恢复免疫耐受的新途径	人类滑膜组织中的树突状细胞（DC）亚群	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、共培养系统	NA	转录组数据	NA
160	2025-05-31	Tissue-resident natural killer cells support survival in pancreatic cancer through promotion of cDC1-CD8 T activity 2024-Dec-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92672 PMID:39656086	研究论文	该研究揭示了组织驻留自然杀伤细胞（trNK）通过促进cDC1-CD8 T细胞活性在胰腺癌中支持生存的机制	发现IR联合CCR5抑制和PD1阻断能通过招募trNK样细胞群增强CD8 T细胞活性，提出了一种新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和人类scRNA-seq数据，需要进一步临床验证	探索胰腺癌免疫抑制微环境中增强抗肿瘤免疫应答的新方法	胰腺导管腺癌（PDAC）的免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），离子辐射（IR）	小鼠原位PDAC肿瘤模型	基因表达数据	人类scRNA-seq PDAC队列数据和小鼠模型数据