单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-21	SPP1+ macrophages polarized by lactate confer the progression of hypoxic adaptive tumor cells in brain 2025-Sep-18, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf208 PMID:40973181	研究论文	本研究揭示了脑肿瘤中缺氧适应性肿瘤细胞通过乳酸极化SPP1+巨噬细胞促进肿瘤进展的机制	发现SPP1+巨噬细胞通过乳酸介导的组蛋白乳酸化被极化，并直接激活MAPK信号通路促进肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究脑肿瘤微环境中缺氧适应性肿瘤细胞与巨噬细胞的相互作用机制	脑肿瘤微环境中的肿瘤细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组、CRISPR/Cas9基因编辑、流式细胞术	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据、实验数据	转基因小鼠模型和实验细胞模型
142	2025-09-21	Conformal Inference for Reliable Single Cell RNA-seq Annotation 2025-Sep-18, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf521 PMID:40973204	研究论文	本文提出一种基于共形预测框架的方法，用于提供可靠的单细胞RNA测序注释	利用共形推理解决单细胞RNA测序注释中的两个关键挑战：检测查询数据中的分布外细胞类型，以及通过良好校准的预测集进行可靠的细胞注释不确定性量化	NA	为单细胞RNA测序注释提供具有统计保证的可靠标注方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	共形预测框架	基因表达数据	十个批次实验，来源于多种组织
143	2025-09-21	RNA velocity and beyond: Current advances in modeling single-cell transcriptional dynamics 2025-Sep-18, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2025.08.005 PMID:40973591	综述	本文回顾了RNA Velocity及其衍生技术在单细胞转录动力学建模中的进展与应用	系统梳理了从基础模型到第二代计算工具（如scVelo、dynamo、CellRank）的演进，并探讨了与空间多组学数据整合及深度学习方法的前沿结合	讨论了当前RNA Velocity分析存在的挑战与局限性	总结单细胞转录动力学建模技术发展，推动对时间性生物过程的动态理解	单细胞RNA测序数据，重点关注免疫细胞分化与状态转换	计算生物学	过敏与免疫性疾病（如哮喘、特应性皮炎、慢性炎症）	scRNA-seq, RNA Velocity, 深度学习	NA	单细胞转录组数据，空间多模态数据	NA
144	2025-09-21	TissueMosaic: Self-supervised learning of tissue representations enables differential spatial transcriptomics across samples 2025-Sep-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101394 PMID:40925368	研究论文	提出一种自监督卷积神经网络TissueMosaic，用于从空间转录组数据中学习组织架构基序并关联基因表达	通过自监督学习发现组织架构基序，并开发基序富集策略提高空间差异表达分析的信噪比	NA	开发计算方法来关联细胞状态与微环境，并比较不同样本和条件下的空间转录组关系	多样本空间转录组数据集和组织架构基序	计算生物学	NA	空间转录组技术	CNN（卷积神经网络）	空间基因表达数据	NA
145	2025-09-21	Spatial transcriptomic analysis reveals lack of response to PD-1 blockade in recurrent glioblastoma 2025-Sep-17, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02937-9 PMID:40960500	研究论文	本研究利用空间转录组学分析复发性胶质母细胞瘤对PD-1阻断治疗的无应答机制	首次在匹配的原发性和复发性GBM样本中应用空间转录组技术（GeoMx）分析肿瘤细胞和TAMs对PD-1阻断的分子响应	样本量较小（n=26），仅基于转录组层面分析未能检测到响应，可能忽略其他生物学层面的变化	探究PD-1阻断疗法在复发性胶质母细胞瘤中无效的分子机制	26例IDH野生型胶质母细胞瘤患者的匹配原发和复发肿瘤样本（其中16例接受nivolumab新辅助治疗）	数字病理学	胶质母细胞瘤	Digital Spatial Profiling (GeoMx), 空间转录组学	NA	空间转录组数据	26例患者（16例治疗组+10例对照组）的FFPE肿瘤样本
146	2025-09-21	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2025-Sep-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101368 PMID:40812311	研究论文	提出一种机器学习框架，利用等位基因包含数据识别抗体序列中的异常约束	首次利用等位基因包含事件作为数据源训练模型预测抗体序列的异常性	NA	识别违反表达和靶外反应性约束的抗体序列	人类和小鼠的抗体轻链和重链序列	机器学习	NA	单细胞测序，机器学习	机器学习模型	序列数据	NA
147	2025-09-21	A 30-gene classifier distinguishes low-risk MDS HSPCs from healthy HSPCs 2025-Sep-17, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.105252 PMID:40972808	研究论文	利用单细胞转录组学开发了一个30基因分类器，用于区分低风险MDS与健康造血干细胞祖细胞	首次通过单细胞转录组分析鉴定出30个基因特征，能够区分低风险MDS HSPCs与健康对照，并发现囊泡运输通路异常这一新分子特征	研究局限于低风险MDS患者，未涵盖所有MDS亚型；样本量未在摘要中明确说明	探索低风险骨髓增生异常综合征的病理生理学机制并寻找潜在治疗靶点	低风险MDS患者的造血干细胞祖细胞(HSPCs)	数字病理学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组学	网络分析和分类模型	单细胞RNA测序数据	NA
148	2025-09-21	Epithelial cell-derived lumican modulates extracellular matrix dynamics in early-life airways disease 2025-Sep-17, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.08.030 PMID:40972979	研究论文	本研究探讨了上皮细胞来源的lumican在早期气道疾病中调控细胞外基质动态的作用	揭示了lumican作为胶原组织关键重塑因子的先前未表征角色，及其在气道重塑中的直接功能影响	潜在限制包括样本年龄范围较广（1-16岁）以及动物模型与人类疾病的完全可比性	研究学龄前喘息和学龄期哮喘中气道ECM景观改变的机制	儿童患者（PSW和SA）以及HDM暴露的新生小鼠肺部	呼吸病学	哮喘和气道疾病	空间转录组学、共聚焦显微镜、二次谐波产生显微镜	NA	基因表达数据、显微成像数据	儿童患者（1-16岁）和HDM暴露的新生小鼠
149	2025-09-21	Automating classification of treatment responses to combined targeted therapy and immunotherapy in HCC 2025-Sep-17, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaf031 PMID:40974077	研究论文	开发多模态CNN-Transformer模型，用于预测肝细胞癌患者对TKI联合免疫治疗的应答	首次结合临床与影像数据构建多模态深度学习模型，并采用自动肝脏肿瘤分割系统减少人工干预偏差	样本量有限（训练队列n=181，验证队列n=30），需进一步扩大验证	预测肝细胞癌患者对靶向联合免疫治疗的应答，优化个性化治疗策略	晚期肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	单细胞测序，磁共振成像	CNN-Transformer，3D U-Net	影像，临床数据	训练队列181例，独立验证队列30例
150	2025-09-21	Harnessing scRNA-seq and bulk RNA-seq to identify CD39+T cell genes for rheumatoid arthritis diagnosis and therapy 2025-Sep-17, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf130 PMID:40974094	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序技术识别CD39+T细胞相关基因，探索类风湿性关节炎的诊断与治疗生物标志物	首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据聚焦CD39+T细胞，发现PELI1等关键基因并构建lncRNA-miRNA调控网络	NA	识别类风湿性关节炎的诊断与治疗生物标志物	CD39+T细胞及相关基因	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法	NA	RNA测序数据	RA患者和正常样本的RNA-seq数据
151	2025-09-21	Effects of Oligolysine-Polyethylene Glycol Coating on the Biodistribution of Wireframe DNA Origami Nanosheets in Zebrafish Embryos 2025-Sep-16, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c05801 PMID:40900000	研究论文	本研究探讨了寡聚赖氨酸-聚乙二醇涂层对线框DNA折纸纳米片在斑马鱼胚胎中生物分布的影响	结合活体斑马鱼胚胎长期高分辨率成像与单细胞RNA测序，首次在单细胞分辨率下分析DNA折纸纳米结构的生物分布和清除机制	研究局限于斑马鱼胚胎模型，结果向其他生物系统的推广性需进一步验证	评估K-PEG涂层对DNA折纸纳米结构在活体胚胎中生物分布和清除的影响	斑马鱼胚胎	纳米生物技术	NA	单细胞RNA测序，荧光标记，转基因技术	NA	图像数据，测序数据	转基因斑马鱼胚胎
152	2025-09-21	Transcriptional states of lung cancer microenvironment reveal macrophage subtype dynamics linked to disease progression 2025-Sep-16, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf253 PMID:40972001	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，对肺癌微环境中肿瘤相关巨噬细胞亚型进行精细分类并揭示其与疾病进展的关联	首次定义了7种具有不同转录程序的巨噬细胞亚型，发现脂质相关TAMs随疾病进展扩增并具有免疫抑制特征	空间转录组分析依赖于反卷积技术推断细胞类型组成，对精细亚群的分辨存在一定限制	解析肺癌微环境中巨噬细胞亚型的多样性、功能特性及其与疾病进展的关系	肺腺癌和肺鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学, 整合分析	基于基因评分的层次分类方法	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 临床数据	大型肺癌队列数据集（具体样本量未明确说明）
153	2025-09-21	Endothelial plasticity in atrial fibrosis by integrating single-cell sequencing and genetic lineage tracing 2025-Sep-15, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf372 PMID:40626706	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和遗传谱系追踪技术，揭示了内皮细胞通过TGF-β1促进心房纤维化的机制	首次结合scRNA-seq和体内谱系追踪证明内皮细胞虽发生间充质激活但极少完全转分化为成纤维细胞，并明确内皮源性TGF-β1是调控纤维化的关键介质	NA	阐明内皮细胞在心房纤维化中的具体作用机制	人类心房组织、Cdh5-CreERT2;RFP基因工程小鼠、原代人心房内皮细胞和成纤维细胞	单细胞生物学	心血管疾病	scRNA-seq, 遗传谱系追踪, 免疫荧光, 高通量筛选	NA	单细胞转录组数据, 图像数据	窦性心律和房颤患者的心房组织、基因工程小鼠模型、原代细胞体外实验
154	2025-09-21	Infusion of peripheral blood mononuclear cell alleviates amyloid accumulation and cognitive deficits in Alzheimer's disease 2025-Sep-12, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf193 PMID:40971495	研究论文	本研究探讨外周血单核细胞（PBMCs）在阿尔茨海默病中的作用，通过输注PBMCs减少Aβ斑块和p-Tau沉积并改善认知功能	首次通过输注野生型小鼠PBMCs到AD模型小鼠中证实其减轻淀粉样蛋白积累和认知缺陷的效果，并鉴定JUN基因为AD诊断的关键调控基因	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证，且样本量有限	探究PBMCs在阿尔茨海默病病理过程中的作用及潜在治疗价值	健康对照和AD患者的外周血单核细胞，以及野生型和AD模型小鼠	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	scRNA-seq, GO和KEGG分析, qRT-PCR, ROC曲线分析	NA	基因表达数据	健康对照和AD患者的PBMCs样本，以及9月龄和6月龄的野生型及AD模型小鼠
155	2025-09-21	OPIOID-EXPRESSING B CELLS SILENCE TUMOR-INFILTRATING NOCICEPTOR NEURONS 2025-Sep-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7389517/v1 PMID:40951290	研究论文	研究揭示了在头颈鳞状细胞癌和黑色素瘤中，表达阿片肽的B细胞通过调节伤害感受神经元影响抗肿瘤免疫和疼痛机制	首次发现B细胞是内源性阿片肽N/OFQ的主要来源，并阐明其通过OPRL1受体调节肿瘤免疫微环境和疼痛感知的双重作用	研究主要基于小鼠模型和回顾性临床数据分析，人类样本验证和临床转化仍需进一步研究	探究伤害感受神经元与免疫细胞在肿瘤微环境中的相互作用机制	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)、黑色素瘤患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	头颈癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序、药理学阻断、细胞共培养	NA	基因表达数据、临床数据、行为学数据	临床回顾性分析数据和小鼠肿瘤模型
156	2025-09-21	Integrative genomics elucidates the evolutionary, temporal, and developmental origins of a hydrocephalus risk gene 2025-Sep-02, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.09.01.25334358 PMID:40950474	研究论文	本研究通过整合基因组学方法揭示了MAEL基因在脑积水风险中的进化起源、时间表达模式和发育谱系特异性	首次在人类特异性基因层面鉴定MAEL的进化地位，并通过单细胞测序验证其在脑积水组织中的表达降低	MAEL基因在常用模式生物中序列同源性低于50%，限制了体外和体内机制研究的直接转化	阐明MAEL基因在脑积水发病机制中的进化、时间和发育表达特征	人类新生儿大脑组织，特别是皮质兴奋性神经元	基因组学	脑积水	scRNA-seq, 整合基因组学分析	NA	RNA测序数据，基因组数据	49个脑区样本（来自人类大脑发育图谱）及手术获取的原代脑积水脑组织
157	2025-09-21	Exploring mechanisms of britannin against colorectal cancer based on experimentally validated network pharmacology 2025-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-03995-2 PMID:40080155	研究论文	本研究基于实验验证的网络药理学探索了britannin抗结直肠癌的作用机制	结合网络药理学与单细胞RNA测序技术，首次系统揭示britannin通过抑制PI3K-Akt通路和调节巨噬细胞极化发挥抗CRC作用	机制研究仍处于探索阶段，需要进一步验证具体信号通路的相互作用	阐明britannin治疗结直肠癌的分子机制	结直肠癌细胞和肿瘤微环境（特别是巨噬细胞和内皮细胞）	网络药理学	结直肠癌	网络药理学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CIBERSORT分析、体内外实验验证	NA	基因表达数据、实验数据	涉及36个britannin相关基因，多种细胞类型（肿瘤细胞、巨噬细胞、内皮细胞）
158	2025-09-21	Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics 2025-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04057-3 PMID:40119898	综述	本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用与进展	利用空间转录组学技术解析TNBC的空间异质性、免疫逃逸机制和种族差异，并结合人工智能进行空间分析	需要进一步发展ST技术、计算工具和多中心合作以实现临床常规应用	探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用价值	三阴性乳腺癌肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学(ST), 蛋白质组学, 成像质谱流式细胞术	AI-based spatial analysis	空间转录组数据, 蛋白质组数据, 影像数据	NA
159	2025-09-21	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Sep, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	研究论文	本研究探讨了类风湿关节炎患者来源的抗PAD4自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制	首次揭示抗PAD4抗体通过特异性结合单核细胞触发炎症级联反应，促进T细胞活化和滑膜成纤维细胞炎症表型诱导	研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型和体外实验，人类体内直接证据尚待进一步验证	阐明抗PAD4自身抗体在类风湿关节炎发病机制中的具体作用途径	类风湿关节炎患者来源的抗PAD4单克隆抗体、胶原诱导关节炎小鼠模型、人类单核细胞和滑膜成纤维细胞	免疫学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养、单克隆抗体技术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞实验数据	使用类风湿关节炎患者来源的抗体和小鼠模型，具体样本量未明确说明
160	2025-09-21	Single-cell epigenetics and multiomics analysis in kidney research 2025-Sep, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-025-02679-8 PMID:40281349	综述	本文综述了单细胞表观遗传学和多组学分析在肾脏研究中的应用与进展	整合表观基因组和转录组的单细胞多组学分析，揭示驱动细胞异质性的基因调控机制	NA	概述单细胞测序技术及其在肾脏研究中的应用，促进新生物标志物和治疗靶点的发现	健康与疾病状态下的肾脏细胞	生物信息学	肾脏疾病	单细胞测序，多组学分析	NA	表观基因组数据，转录组数据	NA