单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-04	Uncovering glycolysis-driven molecular subtypes in diabetic nephropathy: a WGCNA and machine learning approach for diagnostic precision 2025-Jan-21, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00601-6 PMID:39838413	研究论文	本研究通过WGCNA和机器学习方法揭示了糖尿病肾病中糖酵解驱动的分子亚型，提高了诊断精确性	首次将糖酵解相关基因与糖尿病肾病分子机制及免疫特征联系起来，并应用XGB模型进行诊断	研究结果主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索糖尿病肾病的分子机制并提高诊断精确性	糖尿病肾病样本中的糖酵解相关基因	生物信息学	糖尿病肾病	WGCNA、机器学习、单细胞测序、qRT-PCR	XGB	基因表达数据	GSE30122、GSE30528、GSE96804和GSE142153数据集中的样本
142	2025-05-04	Comprehensive single-cell atlas of colorectal neuroendocrine tumors with liver metastases: unraveling tumor microenvironment heterogeneity between primary lesions and metastases 2025-Jan-21, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02231-y PMID:39838423	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的肿瘤微环境异质性	首次对结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的原发灶和转移灶进行了单细胞层面的比较分析，揭示了肿瘤微环境的异质性	样本来源仅限于新鲜组织样本，可能无法完全代表所有患者群体	揭示结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者原发灶和转移灶肿瘤微环境的差异	结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的原发灶和转移灶组织	digital pathology	colorectal neuroendocrine tumors	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, bulk RNA sequencing, multiplex immunohistochemistry/immunofluorescence	NA	RNA sequencing data, immunohistochemistry data	结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的新鲜组织样本
143	2025-05-04	Unveiling cell-type-specific microRNA networks through alternative polyadenylation in glioblastoma 2025-Jan-21, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02104-8 PMID:39838429	研究论文	本研究通过探索胶质母细胞瘤中替代多聚腺苷酸化（APA）在调节microRNA结合和转录后调控中的作用，揭示了细胞类型特异的microRNA网络	发现了APA在胶质母细胞瘤细胞身份和转化中的独立调控机制，并构建了microRNA-转录因子-靶基因网络	研究仅基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索胶质母细胞瘤中APA对microRNA网络和细胞状态转换的调控机制	胶质母细胞瘤中的少突胶质前体细胞（OPCs）和CD133+放射状胶质样肿瘤细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
144	2025-05-04	Orchestrated response from heterogenous fibroblast subsets contributes to repair from surgery-induced stress after airway reconstruction 2025-Jan-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186263 PMID:39836476	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了气道重建手术后的成纤维细胞亚群及其在伤口愈合中的作用	首次鉴定了气道重建手术后的五种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在手术诱导应激反应中的不同功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究气道重建手术后成纤维细胞在伤口愈合和纤维化过程中的作用机制	气道组织中的成纤维细胞亚群	单细胞转录组学	气道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及原生和重建气道组织的比较
145	2025-05-04	Plasticity in metastatic colorectal cancer 2025-Jan-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.018 PMID:39837278	research paper	该研究探讨了结直肠癌（CRC）进展过程中癌细胞状态的变化及其对转移和治疗抵抗的影响	使用单细胞转录组测序技术绘制了CRC进展过程中癌细胞状态的变化图谱	仅关注了CRC的遗传突变和细胞状态变化，未涉及其他可能的机制	研究CRC转移和治疗抵抗的细胞学基础	结直肠癌细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
146	2025-05-04	Ribosome profiling and single-cell RNA sequencing identify the unfolded protein response as a key regulator of pigeon lactation 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.336 PMID:39846187	研究论文	本研究通过核糖体分析和单细胞RNA测序技术，揭示了未折叠蛋白反应在鸽子泌乳过程中的关键调控作用	首次在鸽子泌乳过程中发现成纤维细胞来源的BAFF信号激活分泌上皮细胞，模拟B细胞转化并通过未折叠蛋白反应增强蛋白质生产	研究仅针对225日龄的雄性鸽子，未考虑年龄和性别差异的影响	阐明鸽子嗉囊泌乳的分子机制和细胞动态	225日龄未配对非泌乳雄性鸽子(MN)和孵化后第一天开始泌乳的雄性鸽子(ML)	分子生物学	NA	RNA测序、核糖体分析、单细胞转录组测序(scRNA-seq)、RNA荧光原位杂交(RNA FISH)	NA	RNA测序数据、单细胞转录组数据	两组雄性鸽子样本(具体数量未明确说明)
147	2025-05-04	Deciphering the toxic effects of polystyrene nanoparticles on erythropoiesis at single-cell resolution 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.277 PMID:39846194	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术全面评估了聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的影响	首次在单细胞分辨率下揭示聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼红细胞生成的毒性作用	研究仅针对斑马鱼胚胎，未涉及其他生物或发育阶段	探究聚苯乙烯纳米颗粒对水生生物造血过程的毒性影响	斑马鱼胚胎的红细胞生成过程	毒理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	斑马鱼胚胎样本
148	2025-05-04	Cross-species single-cell transcriptomics reveals neuronal similarities and heterogeneity in amniote pallium 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.102 PMID:39846196	研究论文	通过跨物种单细胞转录组学揭示了羊膜动物大脑皮层的神经元相似性和异质性	首次利用单核RNA测序技术对多种羊膜动物大脑皮层进行跨物种比较，揭示了转录组保守性和物种特异性差异	研究仅基于转录组数据，未考虑蛋白质表达和功能验证	探究羊膜动物大脑皮层的进化动态和神经元同源性	猕猴、人类、小鼠、斑胸草雀、龟和蜥蜴的大脑皮层	神经科学	NA	单核RNA测序	NA	转录组数据	超过130,000个细胞核
149	2025-05-04	Multi-omics analysis and experimental verification reveal testicular fatty acid metabolism disorder in non-obstructive azoospermia 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.223 PMID:39846195	研究论文	通过多组学分析和实验验证，揭示了非梗阻性无精子症（NOA）中睾丸脂肪酸代谢紊乱的关键机制	首次通过多组学方法（包括微阵列分析、单细胞RNA测序和代谢组学）系统研究了NOA中脂肪酸代谢紊乱，并确定了PPARG作为关键转录因子	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	阐明脂肪酸代谢紊乱与非梗阻性无精子症发病机制的关系	非梗阻性无精子症患者的睾丸组织和相关细胞	生殖医学	男性不育症	微阵列分析, scRNA-seq, 代谢组学	NA	基因表达数据, 代谢组数据	公共数据库中的NOA患者数据（具体数量未说明）
150	2025-05-04	TrimNN: Characterizing cellular community motifs for studying multicellular topological organization in complex tissues 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5584635/v1 PMID:39877090	研究论文	介绍了一种名为TrimNN的图基深度学习框架，用于识别和分析复杂组织中多细胞拓扑组织的细胞群落基序	提出了一种自下而上的方法，通过图基深度学习框架识别细胞群落基序，区别于传统的自上而下的聚类方法，具有可解释性和普适性	NA	研究复杂组织中多细胞拓扑组织的细胞群落基序	空间转录组学和蛋白质组学数据中的细胞群落基序	数字病理学	NA	空间转录组学和蛋白质组学	图基深度学习框架	空间组学数据	NA
151	2025-05-04	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage Dynamics During MASH in Leptin-Deficient Rats 2025-Jan-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020096 PMID:39851524	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了瘦素缺陷大鼠在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）过程中巨噬细胞的动态变化	首次在大鼠模型中详细描述了MASH发展过程中肝脏巨噬细胞的动态变化，并发现了独特的M1到M2转变模式	研究仅基于瘦素缺陷大鼠模型，结果可能不完全适用于其他MASH模型或人类疾病	探究MASH发展过程中肝脏巨噬细胞的动态变化及其作用机制	瘦素缺陷大鼠的肝脏组织和其中的巨噬细胞	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	16周龄瘦素缺陷大鼠的肝脏组织
152	2025-05-04	Immune Gene Expression Profiling in Individuals with Turner Syndrome, Graves' Disease, and a Healthy Female by Single-Cell RNA Sequencing: A Comparative Study 2025-Jan-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020093 PMID:39851522	研究论文	通过单细胞RNA测序比较Turner综合征、Graves病和健康女性的免疫基因表达差异	首次使用scRNA-seq技术比较Turner综合征患者、健康女性和Graves病患者的抗原特异性CD4(+) T细胞的免疫基因表达差异	样本量较小，仅包括一名Turner综合征患者、一名健康女性和一名Graves病患者	分析Turner综合征患者与健康女性和Graves病患者在免疫基因表达上的差异	Turner综合征患者、健康女性和Graves病患者的抗原特异性CD4(+) T细胞	基因组学	Turner综合征, Graves病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	3名个体（1名Turner综合征患者，1名健康女性，1名Graves病患者）
153	2025-05-04	Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients 2025-Jan-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.11.11.23298309 PMID:38014192	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，对溃疡性结肠炎患者的回肠袋进行了细胞类型分辨的转录组和表观遗传图谱分析	发现了回肠袋中以前未表征的吸收性和分泌性上皮细胞群，这些细胞表达部分结肠特异性基因，同时保持一些回肠特异性基因的表达	样本量较小（患者6人，健康对照6人），可能影响结果的普遍性	研究溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞、转录组和表观遗传变化	溃疡性结肠炎患者的回肠袋组织	生物医学研究	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 单细胞表观遗传数据	6名患者（4男2女）和6名健康对照（3男3女）的配对活检样本
154	2025-05-04	Single-Cell RNA Sequencing Reveals LEF1-Driven Wnt Pathway Activation as a Shared Oncogenic Program in Hepatoblastoma and Medulloblastoma 2025-Jan-09, Current oncology (Toronto, Ont.) DOI:10.3390/curroncol32010035 PMID:39851951	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了LEF1驱动的Wnt通路激活在肝母细胞瘤和髓母细胞瘤中的共同致癌程序	发现了LEF1依赖的胚胎程序在两种儿科肿瘤中的共同转录激活，揭示了Wnt信号通路在肿瘤细胞中的调控机制	研究样本量有限，且仅针对两种特定儿科肿瘤	探究肝母细胞瘤和髓母细胞瘤中共同的致癌机制	肝母细胞瘤和髓母细胞瘤	生物信息学	肝母细胞瘤, 髓母细胞瘤	单细胞RNA测序, 多组学数据分析	ROC曲线分析	转录组数据, 单细胞数据	PBTA髓母细胞瘤队列和两个独立的髓母细胞瘤转录组队列
155	2025-05-04	Cholecystokinin (CCK) Is a Mediator Between Nutritional Intake and Gonadal Development in Teleosts 2025-Jan-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020078 PMID:39851506	研究论文	本研究探讨了胆囊收缩素（CCK）在鱼类营养摄入与性腺发育之间的中介作用	首次发现CCK通过下丘脑-垂体-性腺轴调控鱼类繁殖，并证实CCK能刺激GnRH3表达及FSH合成与分泌	研究主要基于草鱼模型，结论在其他鱼类中的普适性有待验证	阐明营养摄入影响性腺发育的分子机制	草鱼的下丘脑-垂体-性腺轴	NA	NA	单细胞RNA测序、原代细胞培养	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量（使用原代培养的垂体细胞和卵巢细胞）
156	2025-05-04	Comprehensive Analysis Identifies THEMIS2 as a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Glioblastoma 2025-Jan-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020066 PMID:39851494	研究论文	本研究首次发现THEMIS2作为胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制的关键调节因子	首次识别THEMIS2在胶质母细胞瘤免疫抑制中的关键作用，并探讨其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	未提及具体样本量，且需要进一步实验验证THEMIS2的功能机制	探索胶质母细胞瘤免疫逃逸机制并寻找新的生物标志物和治疗靶点	胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
157	2025-05-04	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	研究论文	本研究利用空间基因表达技术探索了早期阿尔茨海默病模型中背侧中缝核（DRN）基因表达的空间差异	首次在临床前AD模型中揭示了DRN亚区对AD病理的差异性易感性，并发现长链非编码RNA Map2k3os可能与tau磷酸化调控相关	空间转录组技术需要结合其他验证方法以克服其局限性	探究5-HT神经元对AD病理易感性或抵抗性的潜在遗传机制	过表达人类tau蛋白的小鼠（htau小鼠）的背侧中缝核	神经科学	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台、RNAscope、免疫组化评估	htau小鼠模型	空间转录组数据	NA
158	2025-05-04	Single-Cell Insights Into Cellular Response in Abdominal Aortic Occlusion-Induced Hippocampal Injury 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70154 PMID:39834143	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探究了腹部主动脉闭塞（AAO）模型小鼠海马区的细胞特异性分子病理学变化	首次在单细胞水平上揭示了AAO诱导的海马损伤的转录组变化，并识别了五种不同的星形胶质细胞亚型	研究仅使用了雄性C57BL/6小鼠，可能限制了结果的普遍性	探究腹部主动脉闭塞引起的海马损伤的细胞特异性分子机制	雄性C57BL/6小鼠（8周龄）的海马组织	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	AAO小鼠模型	单细胞转录组数据	62,624个细胞对应7种细胞类型
159	2025-05-04	Data-driven model discovery and model selection for noisy biological systems 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012762 PMID:39836686	研究论文	提出了一种基于混合动力系统的数据驱动框架，用于模型发现和模型选择，以处理生物系统中的噪声问题	结合神经网络和稀疏回归，有效处理高噪声生物数据，并能够整合部分已知的系统知识	方法在极端噪声条件下可能仍存在性能下降	开发一种能够处理噪声和稀疏数据的生物系统模型发现方法	生物系统的复杂动力学	机器学习	NA	稀疏识别非线性动力学(SINDy), 神经网络	混合动力系统, 神经网络	单细胞转录组数据	NA
160	2025-05-04	Trajectory inference from single-cell genomics data with a process time model 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012752 PMID:39836699	研究论文	提出了一种名为Chronocell的方法，通过生物物理过程模型从单细胞转录组数据中推断细胞轨迹和动态信息	引入了'过程时间'的概念替代传统的'伪时间'，提供了一个具有生物物理意义的轨迹推断框架	过程时间推断可能具有挑战性，数据集质量和模型评估需要特别注意	改进单细胞转录组数据中的细胞轨迹推断方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	Chronocell模型	基因表达数据	多种数据集（从类聚类到连续分布）