单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-08-03	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Jul-16, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	探讨全基因组加倍（WGD）对卵巢癌体细胞进化和免疫逃逸的影响	揭示了WGD是一种持续的突变过程，并开发了新的WGD时序方法doubleTime	样本量相对较小，仅针对高级别浆液性卵巢癌	研究WGD在卵巢癌中的作用及其对肿瘤进化和免疫系统的影响	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，RNA表达数据，图像数据	41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组）
142	2025-08-03	A Novel Hypoxia-Immune Signature for Gastric Cancer Prognosis and Immunotherapy: Insights from Bulk and Single-Cell RNA-Seq 2025-Jul-16, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47070552 PMID:40729021	研究论文	本研究开发了一种新的缺氧-免疫相关基因特征，用于胃癌的预后评估和免疫治疗策略指导	整合了bulk和单细胞RNA-seq数据，识别了与缺氧和免疫相关的五个关键基因，构建了一个新的预后特征	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	开发胃癌预后评估和免疫治疗响应的生物标志物	胃癌患者	生物信息学	胃癌	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	Cox回归分析	基因表达数据	TCGA-STAD数据集和GSE84437队列
143	2025-08-03	Cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2025-Jul-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.035 PMID:40695276	研究论文	本文提出了一种基于细胞类型特异性、多靶点的药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，开发了一种针对不同细胞类型的组合疗法	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的组合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	精准医学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	阿尔茨海默病小鼠模型
144	2025-08-03	DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics 2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.05.662121 PMID:40672156	研究论文	提出了一种名为DGAT的双图注意力网络，用于从转录组数据推断空间蛋白质景观	DGAT通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图，利用图注意力网络学习RNA-蛋白质关系，从而从仅含转录组的空间转录组数据中预测蛋白质表达	NA	填补空间组学中蛋白质水平测量的空白，增强对癌症、免疫学和精准医学的功能解释	空间转录组数据	机器学习	癌症（包括乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤）	空间转录组技术、CITE-seq	双图注意力网络（DGAT）	转录组和蛋白质组数据	公共和内部数据集（包括扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤样本）
145	2025-08-03	A New Tool to Decrease Interobserver Variability in Biomarker Annotation in Solid Tumor Tissue for Spatial Transcriptomic Analysis 2025-Jul-09, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47070531 PMID:40728999	研究论文	开发了一种新工具以减少在固体肿瘤组织中生物标志物注释的观察者间变异性，用于空间转录组分析	开发了一种基于MATLAB的新工具，通过研究者定义的参数自动注释γH2AX阳性或阴性区域，减少了人工注释的变异性	工具的性能依赖于研究者定义的参数，可能在不同实验室或不同条件下需要调整	减少空间转录组数据分析中的观察者间变异性，提高数据注释的准确性和可重复性	辐照后的胶质母细胞瘤组织中的γH2AX标记	数字病理学	胶质母细胞瘤	免疫荧光和空间转录组学	NA	图像和RNA表达数据	NA
146	2025-08-03	Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes 2025-Jul-07, ArXiv PMID:40671942	研究论文	提出了一种名为Spatia的多模态模型，用于预测和生成空间细胞表型，整合细胞形态、基因表达和空间背景信息	Spatia模型通过跨注意力机制融合细胞形态和转录组数据，并使用transformer模块在生态位和组织水平上捕获空间依赖性，同时采用生成扩散解码器合成高分辨率细胞图像	未明确提及具体局限性	学习统一的、空间感知的表征，整合细胞形态、基因表达和空间背景信息	细胞形态、基因表达和空间组织	数字病理学	NA	空间转录组学	transformer, 生成扩散模型	图像, 基因表达数据	来自49名捐赠者的1700万细胞-基因对、100万生态位-基因对和1万组织-基因对，涵盖17种组织类型和12种疾病状态
147	2025-08-03	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jul, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	首次揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的具体功能及其对精子发生和雄性生育力的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA-Seq分析	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
148	2025-08-03	Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment 2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70061 PMID:40579885	研究论文	该研究利用空间转录组学技术揭示了人类烧伤伤口微环境的多样性	首次应用空间转录组学技术检测烧伤组织中空间基因表达模式，揭示了不同烧伤深度区域的基因表达差异	提供了该技术在烧伤组织研究中的注意事项，需要未来研究进一步验证	理解人类烧伤伤口微环境并识别具有再生潜力的特定区域	人类烧伤组织	数字病理学	烧伤	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	未明确说明样本数量
149	2025-08-03	miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08646-3 PMID:40593296	研究论文	本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌(HNSC)的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别了miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素	利用miRNA为中心的调控网络结合regulome数据构建预测模型，识别了miR-27b和FN1在HPV阴性HNSC转移中的新作用机制	研究样本量虽然较大但仍是回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	探索HPV阴性头颈部鳞状细胞癌转移的分子机制并开发预测模型	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤基因组学	头颈部鳞状细胞癌	转录组测序，单细胞RNA-seq	miRNA调控网络模型	RNA-seq数据	333例HPV阴性HNSC肿瘤样本
150	2025-08-03	Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11747-y PMID:40597567	研究论文	提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA，用于研究乳腺癌中基质-上皮细胞的通讯	开发了crossWGCNA方法，能够无偏地识别高度相互作用的基因，适用于批量、单细胞和空间转录组数据	未明确提及具体局限性	研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用	乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯	生物信息学	乳腺癌	bulk, single cell和spatial transcriptomics	crossWGCNA	转录组数据	NA
151	2025-08-03	cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single-cell data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399 PMID:40658464	研究论文	提出了一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达	cytoKernel利用单细胞数据的全概率分布模式，能够检测到传统方法忽略的多模态特征变化	方法主要针对单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据，可能不适用于其他类型的数据	开发一种更全面的单细胞数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱细胞术数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 高维流式细胞术, 质谱细胞术	核嵌入方法	单细胞数据	多个公开可用的单细胞RNAseq和质谱细胞术数据集
152	2025-08-03	Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice 2025-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011505 PMID:40694594	研究论文	通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基因调控网络的作用	采用单细胞网络推断方法整合单细胞RNA测序与SCENIC流程，构建了基底上皮细胞的基因调控网络，并识别了与癌症起始和进展相关的独特亚群	单细胞数据固有的挑战性可能影响结果的可靠性	探究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其在乳腺癌治疗中的潜在应用	P4HA1敲除小鼠和对照小鼠的基底上皮细胞	基因调控网络分析	乳腺癌	单细胞RNA测序, SCENIC流程	NA	单细胞RNA测序数据	两组小鼠（5Ht对照和6Ho P4HA1敲除）
153	2025-08-03	Bridging the Gap in Breast Cancer Dormancy: Models, Mechanisms, and Translational Challenges 2025-Jun-26, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18070961 PMID:40732251	综述	本文综述了乳腺癌休眠领域的研究现状，强调了解决肿瘤休眠以减少转移复发的紧迫性	提出了整合单细胞多组学、空间转录组学和人源化长期模型的新方法，以揭示休眠机制	当前研究存在数据矛盾、模型不足和缺乏生物标志物等问题	减少乳腺癌转移复发，提高临床治疗效果	乳腺癌休眠中的播散性肿瘤细胞(DTCs)	肿瘤学	乳腺癌	单细胞多组学、空间转录组学	人源化长期模型	多组学数据	NA
154	2025-08-03	Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.13.659535 PMID:40666962	研究论文	开发了一种名为Epi-PHR的非破坏性图像单细胞空间表观遗传分析技术，用于在单细胞水平上检测表观遗传标记组合并保留基因组的三维结构	Epi-PHR技术首次实现了在单细胞水平上高分辨率、位点特异性地检测表观遗传标记组合，同时保留基因组的三维结构	技术尚未在其他组织或疾病模型中广泛验证	研究单细胞三维表观基因组组织及其与染色质构象的关系	海马体组织切片中的单细胞	表观遗传学	NA	Epi-PHR（表观遗传邻近杂交反应）	NA	图像	数百个单基因目标在相同单个细胞内
155	2025-08-03	Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy 2025-Jun-13, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924 PMID:40509996	研究论文	通过血浆蛋白质组学揭示LMNA心肌病谱系中失调的途径	发现了与LMNA DCM相关的多个新蛋白质，并确定了这些蛋白质在心肌细胞中的差异基因表达	样本量相对较小，且仅针对特定遗传背景的群体	探索LMNA DCM的发病机制和进展途径	携带可能致病/致病性LMNA变异的个体及其家族成员	蛋白质组学	心血管疾病	OLINK平台蛋白质组学分析	NA	血浆蛋白质数据	LMNA DCM患者41例，肌节蛋白DCM患者18例，表型阴性家族成员55例
156	2025-08-03	MIF-mediated crosstalk between THRSP + hepatocytes and CD74 + lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH 2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001429 PMID:40590856	研究论文	本研究揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉区（PP区）的募集驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制	首次揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+LAMs在肝脏PP区的募集驱动MASH进展的空间分区机制，并发现THRSP抑制剂C6可显著改善MASH	研究主要基于小鼠模型，人类MASH患者样本验证仍需进一步开展	探究MASH进展中肝脏门静脉区空间分区的分子机制	MASH小鼠模型和患者肝脏组织	肝脏病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	空间转录组学（ST）、CellPhoneDB分析、基因过表达/敲除实验	NA	空间转录组数据、基因表达数据	MASH小鼠模型和患者肝脏组织（具体数量未明确说明）
157	2025-08-03	MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT 2025-May-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60295-2 PMID:40450001	研究论文	介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用	开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用	研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本	探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调节中的作用机制	肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织	免疫代谢	肥胖	scRNAseq	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)
158	2025-08-03	High throughput identification of genetic regulators of microglial inflammatory processes in Alzheimer's disease 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.09.642133 PMID:40161839	研究论文	通过CRISPR抑制筛选和单细胞RNA测序技术，研究阿尔茨海默病(AD)GWAS变异如何影响人类小胶质细胞的炎症反应	首次系统性地将CRISPRi筛选与scRNA-seq技术结合，揭示了AD GWAS变异如何调控小胶质细胞状态和炎症反应	研究主要基于hiPSC衍生的小胶质细胞模型，可能与体内真实情况存在差异	阐明AD遗传风险因素对小胶质细胞炎症反应的调控机制	人类诱导多能干细胞(hiPSC)衍生的小胶质细胞(iMGLs)	基因组学	阿尔茨海默病	CRISPRi, CROP-seq, scRNA-seq	hiPSC衍生的小胶质细胞模型	基因组数据, 转录组数据	119个AD GWAS位点的CRISPRi筛选
159	2025-08-03	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636743 PMID:39975302	研究论文	该研究探讨了长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力	揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力	研究基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞分化能力的影响及其与骨质疏松的关系	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体	生物医学	骨质疏松	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	恒河猴模型
160	2025-08-03	Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1611951 PMID:40741331	研究论文	通过比较人类肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞的转录组和基因组分析，揭示了肿瘤巢的空间异质性	首次在空间转录组学水平上揭示了肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的基因表达差异及功能分化	样本量较小（8例患者），且仅针对肝细胞癌	探究肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的生物学特性及异质性	肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞	数字病理学	肝细胞癌	空间转录组学（ST）、基因本体（GO）富集分析、inferCNV	NA	空间转录组数据、基因组数据	8例HCC患者的19个空间转录组样本（包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节）