单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-05	Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement 2025-May-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv1159 PMID:40378222	研究论文	本研究通过比较三种刺胞动物幼虫的转录组和单细胞RNA测序数据，揭示了幼虫前端（aboral）细胞类型的共同特征及分支特异性，并发现牛磺酸在调节幼虫定居中的作用	首次整合多物种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据，鉴定出aboral端的共同细胞特征及分支特异性细胞类型，并发现牛磺酸代谢在定居调控中的新功能	研究仅涵盖三种刺胞动物物种，可能无法完全代表整个刺胞动物门的多样性	解析刺胞动物幼虫定居的细胞和分子调控机制	刺胞动物（水母、珊瑚等）的浮浪幼虫	进化发育生物学	NA	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三种刺胞动物物种的浮浪幼虫（具体数量未明确说明）
142	2025-07-05	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	研究论文	本文研究了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹及其在癌症中的重编程机制	揭示了干扰素γ依赖的免疫刺激编程在肿瘤微环境中的作用，并发现D基因失活可阻止TAMs向免疫抑制和促肿瘤状态的转变	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索TAMs的发育轨迹及其对免疫治疗响应的影响	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间分析	基因表达数据	小鼠癌症模型和部分癌症患者样本
143	2025-07-05	Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data 2025-May-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009 PMID:39963994	research paper	介绍了一个名为Deconer的综合评估工具包，用于评估基于参考的去卷积方法在基因表达数据中的应用	Deconer是首个提供全面评估和指导基于参考的去卷积方法的工具包，包括模拟和真实基因表达数据集，以及多角度系统比较16种方法	未具体提及工具包在特定类型数据或极端条件下的表现限制	评估和改进基于参考的去卷积方法在细胞类型去卷积分析中的准确性和应用	基因表达数据，包括批量测序和单细胞测序数据	生物信息学	NA	基因表达数据分析，单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包含模拟和真实数据集
144	2025-07-05	Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471 PMID:40333990	研究论文	该研究开发了一种名为OncoSplice的无监督计算工作流程，用于全面定义肿瘤分子景观，特别是在急性和儿童急性髓系白血病（AML）中	发现了超过十种以前未报告的AML分子亚型，并发现了一种主导的剪接亚型，该亚型部分模拟了突变剪接	研究主要关注AML，可能不适用于其他类型的癌症	研究剪接调控在癌症中的作用，特别是在没有罕见突变的情况下	成人和儿童急性髓系白血病（AML）	计算生物学	白血病	长读单细胞RNA测序	无监督计算工作流程（OncoSplice）	RNA测序数据	多个AML队列
145	2025-07-05	Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement 2025-May, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-025-01581-3 PMID:39893595	研究论文	研究机械转导对正畸牙齿移动过程中牙周韧带基因表达变化的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了Mkx在牙周韧带中的表达及其在机械转导中的作用	研究主要基于大鼠模型，人类样本数据有限	探究Mkx在机械刺激下对牙周韧带稳态的调节作用	野生型大鼠和人类牙周韧带细胞	分子生物学	牙周疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR	NA	基因表达数据	野生型大鼠牙周韧带细胞（0天、1周、2周）和人类牙周韧带细胞
146	2025-07-05	Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial 2025-May, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00940-3 PMID:40251398	research paper	该研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性	首次在临床试验中使用4-1BB和CD3ζ信号内域的CD19特异性CAR-NK细胞治疗B细胞淋巴瘤，并展示了其安全性和治疗效果	样本量较小（8名患者），且未达到最大耐受剂量	评估CD19-BBz CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和治疗效果	难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序分析	CAR-NK细胞疗法	临床数据	8名患者
147	2025-07-05	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	研究论文	本研究通过分析牙周炎小鼠模型的单细胞测序数据，发现C3主要来源于牙周成纤维细胞，并证实C3a在牙周炎中具有破坏性作用	首次明确牙周成纤维细胞是C3的主要来源，并揭示了C3a通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在牙周炎中的破坏性作用机制	研究主要基于小鼠模型，虽然人类数据与小鼠结果一致，但仍需更多临床验证	探究C3在牙周炎中的来源、作用及其机制	牙周炎小鼠模型和牙周炎患者的牙周组织	免疫学	牙周炎	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
148	2025-07-05	Tumor-associated macrophage-based predictive and prognostic model for hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325120 PMID:40601653	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和批量测序数据，构建了一个基于肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）特征的肝细胞癌（HCC）预后模型	整合单细胞RNA测序和批量测序数据，构建了一个新的HCC预后模型，并揭示了TAMs在HCC肿瘤微环境中的作用	需要在更大规模的前瞻性研究中验证结果，并进一步研究TAMs在HCC进展中的功能影响	研究肝细胞癌（HCC）的预后机制，并开发一个基于TAMs特征的预后模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量测序、生物信息学分析（差异基因表达分析、Cox回归、逻辑回归建模）	Cox回归模型、逻辑回归模型	RNA测序数据	多个HCC队列的数据
149	2025-07-05	Identification of three T cell-related genes as diagnostic and prognostic biomarkers for triple-negative breast cancer and exploration of potential mechanisms 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1584334 PMID:40606662	研究论文	本研究通过分析TCGA-BRCA数据集和GEO数据库的单细胞RNA测序数据，识别了三个与T细胞相关的基因（CACNA1H、KCNJ11和S100B）作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物	首次将T细胞相关基因与TNBC的诊断和预后联系起来，并构建了基于这三个基因的逻辑回归模型，其诊断TNBC的AUC达到0.917	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证，且样本量可能不足以覆盖所有TNBC亚型	识别TNBC的诊断和预后生物标志物，探索其潜在的免疫相关机制	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习算法	逻辑回归（LR）模型	转录组数据、临床数据	TCGA-BRCA数据集和GEO数据库中的样本
150	2025-07-05	Comprehensive bioinformatics analysis of the common mechanism of atherosclerosis and atrial fibrillation: emphasizing mitochondrial metabolic disorder and immune inflammation 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1595048 PMID:40607061	研究论文	通过综合生物信息学分析揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同机制，重点关注线粒体代谢紊乱和免疫炎症	首次提出MRPS23作为连接线粒体功能障碍和免疫失调的新型生物标志物，并探索其在动脉粥样硬化和心房颤动共病中的潜在作用	需要进一步的临床前模型和临床队列验证以转化为诊断或治疗应用	揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同分子通路，并识别诊断生物标志物	动脉粥样硬化(AS)和心房颤动(AF)的转录组数据集	生物信息学	心血管疾病	GO和KEGG富集分析、WGCNA、LASSO、SVM、随机森林、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据	NA
151	2025-07-05	Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.113737 PMID:40607252	research paper	该研究通过整合转录组和临床数据，构建了一个与三级淋巴结构（TLS）相关的预后风险评分，并揭示了干扰素调节因子4（IRF4）在促进TLS不成熟和免疫功能障碍中的机制作用	构建了TLS相关的预后风险评分，揭示了IRF4在TLS不成熟和免疫功能障碍中的新机制	研究主要基于ccRCC患者数据，结果可能不适用于其他类型的癌症	探究TLS在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后相关性及其调控机制	928名ccRCC患者的转录组和临床数据，以及786-O和769-P ccRCC细胞系	肿瘤免疫学	透明细胞肾细胞癌	转录组分析、免疫组化、多重免疫荧光分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	机器学习算法	转录组数据、临床数据、图像数据	928名ccRCC患者
152	2025-07-05	Integrative multi-omics analysis of IFNγ-induced macrophages and atherosclerotic plaques reveals macrophage-dependent STAT1-driven transcription in atherosclerosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590953 PMID:40607379	research paper	该研究通过整合多组学分析，揭示了IFNγ诱导的巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块中STAT1驱动的转录机制在动脉粥样硬化中的作用	发现了STAT1与PU.1在巨噬细胞特异性IFNγ激活转录反应中的协同作用，并鉴定了新的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类动脉粥样硬化的复杂性	探究巨噬细胞STAT1介导的信号在动脉粥样硬化进展中的作用	IFNγ诱导的巨噬细胞和人类及小鼠的动脉粥样硬化病变	digital pathology	cardiovascular disease	ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq, scRNA-seq	NA	genomic data, transcriptomic data	人类颈动脉和冠状动脉粥样硬化病变样本，以及LDLr-/-和ApoE-/-高脂饮食小鼠模型的主动脉病变样本
153	2025-07-05	Integrative analysis of T cell-associated markers in Ewing sarcoma reveals prognostic signatures and immune dynamics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586544 PMID:40607387	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq分析，探讨了尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态	识别了CLEC11A、BDP1和ID3作为关键的T细胞相关预后标志物，并构建了一个预测模型，揭示了ID3在免疫逃逸和肿瘤增殖中的作用	研究样本量较小，且仅基于RNA-seq数据，未考虑其他分子层面的影响	探索尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态，以改善预后评估和免疫治疗策略	尤文肉瘤患者样本和细胞系	数字病理学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、批量RNA-seq、WGCNA、CIBERSORT算法	Cox回归模型	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但使用了外部数据集进行验证
154	2025-07-05	Single-cell analysis of peripheral blood and pleural effusion reveals functional diversity of γδ T cells in tuberculosis infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1605827 PMID:40607390	研究论文	通过单细胞测序分析结核病患者外周血和胸水中的γδ T细胞亚群，揭示其在结核感染中的功能多样性	首次在单细胞水平上鉴定出结核病患者外周血和胸水中的7个γδ T细胞亚群，并发现具有强效应功能的Vδ2细胞亚群	研究样本量有限，且仅关注了γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的相互作用	探究γδ T细胞在结核病免疫应答中的具体作用和分化机制	结核病患者的外周血单个核细胞(PBMC)和结核性胸水细胞(TPE)	免疫学	结核病	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，仅提及结核病患者的外周血和胸水样本
155	2025-07-05	Decoding neuroinflammation in Alzheimer's disease: a multi-omics and AI-driven perspective for precision medicine 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1616899 PMID:40607399	research paper	本文探讨了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和AI驱动的多组学平台解码阿尔茨海默病（AD）中复杂的免疫炎症网络，以实现精准医疗	结合scRNA-seq和AI驱动的多组学分析，突破了传统大规模组织分析中的信号平均化限制，发现了与疾病相关的新的细胞亚群和关键分子标志物	尽管技术先进，但有效的治疗选择仍然有限	解码AD中的神经炎症，实现精准医疗	阿尔茨海默病（AD）患者脑组织	精准医疗	阿尔茨海默病	scRNA-seq, AI-driven analytics, multi-omics platforms	AI-driven analytics	RNA-seq数据, 多组学数据	NA
156	2025-07-05	Landscape analysis of matrix metalloproteinases reveals key prognostic markers for prostate cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582992 PMID:40607407	研究论文	本研究全面分析了基质金属蛋白酶（MMPs）在前列腺癌（PCa）中的作用，并特别强调了MMP11在肿瘤微环境重编程中的关键作用	首次全面评估了MMPs在PCa中的表达特征和预后价值，并发现MMP11通过重塑肿瘤微环境促进PCa进展	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于细胞水平	探索MMPs在PCa中的预后价值和生物学功能	前列腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	生物信息学分析（UCSC/GEO数据库）、COX回归分析、单细胞转录组分析、空间转录组分析	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	来自UCSC和GEO数据库的多个前列腺癌数据集
157	2025-07-05	The functional and clinical significance of nucleoporin NUP153 across human cancers: a systematic study based on multi-omics analysis and bench work validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1613688 PMID:40607419	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，探讨了核孔蛋白NUP153在多种癌症中的功能和临床意义	首次系统研究了NUP153在多种癌症中的表达模式、突变情况、诊断价值及其与肿瘤免疫微环境的关系，并验证了其在胃癌中的高表达及其与免疫细胞浸润的相关性	需要进一步研究阐明NUP153在癌症中的具体分子机制及其临床应用的可行性	探索NUP153在癌症中的功能和临床意义	多种癌症类型，特别是胃癌	癌症研究	多种癌症，包括胆管癌、结直肠癌、头颈部鳞状细胞癌、胃癌等	多组学分析、免疫组化、RT-qPCR、单细胞分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、免疫细胞浸润数据、药物敏感性数据	来自TCGA和GTEx等公共数据库的数据，以及胃癌组织的实验验证样本
158	2025-07-05	Identification and validation of a KRAS-macrophage-associated gene signature as prognostic biomarkers and potential therapeutic targets in melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1566432 PMID:40607411	研究论文	本研究通过多平台方法识别并验证了一个与KRAS信号和巨噬细胞相关的基因特征（KMPAG），作为黑色素瘤的预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次构建了KRAS-巨噬细胞预后相关基因特征（KMPAG），并验证其在黑色素瘤预后和治疗反应预测中的价值	研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分仍需进一步扩展	探索KRAS信号通路在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，并开发预后生物标志物	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者样本和细胞系	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、免疫组化（IHC）	LASSO回归模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的黑色素瘤样本
159	2025-07-05	Identification of prognostic biomarkers related to epithelial-mesenchymal transition and anoikis in hepatocellular carcinoma using transcriptomics and single-cell sequencing 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1600546 PMID:40612108	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞测序技术，探索了上皮-间质转化（EMT）和失巢凋亡相关基因在肝细胞癌（HCC）中的作用，并鉴定了五个预后生物标志物	首次结合EMT和失巢凋亡相关基因，利用单细胞RNA测序和多种生物信息学分析方法，鉴定了HCC的五个新型生物标志物	研究主要依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证这些生物标志物的功能和机制	探索EMT和失巢凋亡相关基因在HCC中的作用机制并鉴定预后生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者样本和相关基因	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA	风险模型, 列线图	转录组数据, 单细胞数据	TCGA-HCC, ICGC-LIPI-JP, GSE149614数据集样本
160	2025-07-05	Recent advances in biomarker detection of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1597086 PMID:40612351	review	本文全面调查和评估了口腔鳞状细胞癌生物标志物检测的前瞻性应用及未来发展潜力	探讨了包括单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术和人工智能等新兴技术在生物标志物发现中的重新定义作用	存在临床验证缺口、高实施成本和分析复杂性等可扩展性障碍	提高口腔鳞状细胞癌的早期检测率，改善患者预后和生活质量	口腔鳞状细胞癌的生物标志物	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术、人工智能	NA	NA	NA