单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-06-04	Mechanotransduction Mediated by PDLIM5: The Critical Role of Serpin E2/Integrin β3-Cytoskeleton-Nucleoskeleton Axis in Mechanical Osteogenic Programming 2025-Jun-03, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70067 PMID:40457949	研究论文	本研究探讨了机械敏感蛋白PDLIM5在周期性拉伸应力条件下对人脂肪干细胞(hASCs)成骨分化的作用及其机制	首次揭示了PDLIM5通过serpin E2/整合素β3-细胞骨架-核骨架轴调控机械性成骨编程的分子机制	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步动物实验验证	探究机械应力下干细胞成骨分化的分子机制	人脂肪干细胞(hASCs)	组织工程与再生医学	骨缺损	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、ALP染色、慢病毒转染、CCK-8检测、transwell迁移实验、伤口愈合实验、蛋白质相互作用分析、H&E染色、免疫组化	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、免疫染色图像	来自整合素β3敲除小鼠的原代脂肪干细胞和骨组织
142	2025-06-04	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies age associated changes in macrophages and signaling dynamics 2025-Jun-03, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf122 PMID:40459236	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了年轻和年老小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征及其在卵巢衰老过程中的作用	发现了年老小鼠卵巢中独特的Cx3cr1lowCd81hi巨噬细胞亚群，并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号在衰老卵巢髓系细胞中的显著变化	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用及其机制	年轻（3个月大）和年老（14-17个月大）小鼠卵巢中的CD45+ CD11b+髓系细胞	单细胞分析	老年疾病	scRNAseq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	年轻和年老小鼠卵巢样本
143	2025-06-04	Cryptorchidism: Novel genetic insights into CCDC149 mutations 2025-Jun-03, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70072 PMID:40459248	研究论文	本研究探讨了CCDC149基因突变在双侧隐睾症发展中的作用及其分子机制	首次揭示了CCDC149基因突变与隐睾症的关联，并通过CRISPR/Cas9技术和单细胞RNA测序分析了其功能影响	研究样本量较小，仅基于一名8岁男孩和基因敲除小鼠模型，人类样本的广泛性不足	研究CCDC149基因突变在隐睾症发生中的作用及其分子机制	8岁双侧隐睾症男孩和Ccdc149基因敲除小鼠	遗传学	隐睾症	全外显子测序、CRISPR/Cas9、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因序列数据、RNA表达数据	1名人类患者和一组基因敲除小鼠
144	2025-06-04	AI-Driven Biomarker Discovery and Personalized Allergy Treatment: Utilizing Machine Learning and NGS 2025-Jun-03, Current allergy and asthma reports IF:5.4Q1 DOI:10.1007/s11882-025-01207-8 PMID:40459653	review	探讨人工智能（AI）和下一代测序（NGS）在过敏诊断和治疗中的变革潜力	结合AI和NGS技术，识别复杂的分子模式和预测性标志物，推动过敏诊断和治疗的个性化	数据整合和临床实施方面存在挑战	提升过敏疾病的生物标志物发现、患者分层和个性化管理策略的精确性	过敏疾病	machine learning	allergy	NGS, single-cell RNA sequencing	machine learning, deep learning	molecular data	NA
145	2025-06-04	Transcriptomic profiling after B cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis 2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182790 PMID:40067358	research paper	该研究通过单细胞RNA测序探索了B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观	首次利用单细胞RNA测序全面绘制了B细胞耗竭治疗后的免疫变化转录组图谱，揭示了不同细胞类型特异性重编程	研究样本量未明确说明，且仅关注了B细胞耗竭后的短期免疫变化	探究B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫系统的调节机制	多发性硬化症患者的脑脊液巨噬细胞和外周血单核细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
146	2025-06-04	Epigenetic alteration of smooth muscle cells regulates endothelin-dependent blood pressure and hypertensive arterial remodeling 2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186146 PMID:40146226	研究论文	研究平滑肌细胞（SMC）表观遗传变化对高血压（HTN）和动脉重塑的调控作用	发现JMJD3基因变异通过影响平滑肌细胞功能调控高血压，并揭示EDNRA拮抗剂BQ-123可逆转高血压	研究主要基于小鼠模型和人类动脉单细胞RNA测序数据，临床转化仍需进一步验证	探究高血压相关基因变异对平滑肌细胞功能和动脉重塑的影响	平滑肌细胞（SMC）和高血压（HTN）患者	心血管疾病研究	高血压	GWAS、scRNA-Seq、统计精细定位	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型（Jmjd3fl/flMyh11CreERT）	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	人类动脉单细胞RNA测序数据和小鼠模型
147	2025-06-04	Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279771.124 PMID:40316422	research paper	介绍了一个基于代理的模型CellAgentChat，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中解析细胞间相互作用	使用基于代理的模型（ABM）来模拟细胞间相互作用，能够捕捉单个细胞行为的细微差别，并提供动态可视化和灵活的代理行为规则修改	未明确提及具体限制，但可能依赖于数据的质量和覆盖范围	解析细胞间相互作用，增强对细胞信号传导的理解	单细胞RNA测序和空间转录组数据	digital pathology	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组	ABM (agent-based model)	单细胞和空间转录组数据	八个不同的单细胞数据集
148	2025-06-04	Divergent combinations of enhancers encode spatial gene expression 2025-Jun-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60482-1 PMID:40456823	research paper	该研究开发了一个名为eSpatial的计算框架，通过整合基因表达和染色质可及性的空间图谱，解析了增强子在空间基因表达调控中的作用	提出了'空间增强子编码'概念，揭示了不同增强子组合在空间隔离区域调控同一基因的动态机制	NA	解析空间基因表达模式如何被增强子调控	小鼠胚胎和大脑，以及人类黑色素瘤和乳腺癌	computational biology	melanoma, breast cancer	spatial transcriptomics, epigenomics, CRISPR/Cas9	eSpatial framework	spatial gene expression data, chromatin accessibility data	multiple spatial datasets including mouse embryo and brain, human melanoma and breast cancer
149	2025-06-04	Spatial omics technology potentially promotes the progress of tumor immunotherapy 2025-Jun-02, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03075-5 PMID:40456924	综述	本文综述了空间组学技术在肿瘤免疫治疗中的应用及其潜力	空间组学技术相比单细胞测序能保留空间背景并整合多模态分析，有助于理解生物组织内的复杂相互作用	临床转化面临的挑战未详细探讨	探讨空间组学技术如何促进肿瘤免疫治疗的进展	肿瘤微环境（TME）中的细胞相互作用和三级淋巴结构	数字病理	肿瘤	空间组学	NA	空间组学数据	NA
150	2025-06-04	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jun-02, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	research paper	该研究通过蛋白质组学方法比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病捐赠者的胰岛蛋白变化，揭示了胰岛功能障碍的潜在机制	首次在人类胰岛素分泌β细胞中发现了1型糖尿病前期阶段的分子变化，特别是免疫反应增强与内质网应激及蛋白质翻译下降的关联	样本量较小（mAAb+组n=3，对照组n=3），个体间变异较大，统计效力受限	识别1型糖尿病前期阶段胰岛β细胞功能障碍的分子通路	胰岛自身抗体阳性器官捐赠者的胰岛组织（1型糖尿病前期阶段）与非糖尿病对照	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割、质谱（MS）蛋白质组学、无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	5例胰岛自身抗体阳性捐赠者（最终分析使用3例多抗体阳性者）与5例匹配的非糖尿病对照（最终分析使用3例）
151	2025-06-04	SC2Spa: a deep learning based approach to map transcriptome to spatial origins at cellular resolution 2025-Jun-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06173-6 PMID:40457183	研究论文	提出了一种基于深度学习的SC2Spa方法，用于从空间转录组数据中学习复杂的空间关系，并将单细胞RNA测序数据映射到空间坐标	SC2Spa方法能够准确检测组织架构，提高低分辨率空间转录组数据的分辨率，并能识别空间可变基因	未提及具体的局限性	开发一种能够将转录组数据映射到细胞分辨率空间位置的方法	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度学习	转录组数据	未提及具体样本数量
152	2025-06-04	Multi-omics unveils BCAA metabolism markers L-leucine and HMGCS1 as prognostic marker for immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer 2025-Jun-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03277-8 PMID:40457349	研究论文	本研究旨在识别支链氨基酸（BCAA）血浆代谢物和基因特征，以增强非小细胞肺癌（NSCLC）患者接受免疫治疗的预后评估	发现BCAA代谢标志物L-亮氨酸和HMGCS1作为NSCLC免疫治疗疗效的预后标志物，并通过多组学方法验证其在多种癌症中的预后价值	样本量相对较小，尤其是在空间转录组学和单细胞RNA测序分析中	识别和验证BCAA代谢物和基因特征作为NSCLC免疫治疗的预后标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者、黑色素瘤患者、泛癌ICI队列、弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	癌症研究	非小细胞肺癌	UPLC-MS/MS、mIF、scRNA-seq、空间转录组学、IHC	预后风险模型	血浆代谢物数据、基因表达数据、免疫细胞浸润数据	NSCLC患者（n=94, 40, 274, 176, 196, 16, 27, 24, 339）、黑色素瘤患者（n=25）、泛癌ICI队列（n=330, 81）、DLBCL患者（n=10, 39）
153	2025-06-04	mNSF: multi-sample non-negative spatial factorization 2025-Jun-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03601-x PMID:40457480	research paper	介绍了一种名为mNSF的多样本非负空间因子分解方法，用于分析多样本空间转录组数据	mNSF是一种无需对齐的框架，扩展了单样本空间因子分解方法，能够处理多样本数据集，并整合了样本特定的空间相关性建模	在空间对齐可行的情况下，mNSF的性能与基于对齐的方法相当，但在无法进行空间对齐的情况下才能发挥其优势	开发一种能够分析多样本空间转录组数据的稳健方法	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	NA
154	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术揭示了晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种不同反应模式	首次定义了晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种分子亚型（'免疫活性型'和'血管生成驱动型'），并揭示了治疗耐药的主要特征	研究样本量相对有限（n=422），且未进行前瞻性验证	揭示阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的分子机制和耐药特征	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（其中317例接受阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗单药治疗，58例接受索拉非尼治疗）
155	2025-06-04	Emerging technologies of single-cell multi-omics 2025-Jun-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282557 PMID:39911109	review	本文综述了单细胞多组学技术的最新进展及其在造血系统研究中的应用	介绍了单细胞多组学技术如何揭示造血系统中的遗传克隆性和转录异质性	未提及具体技术的操作细节或实验验证的局限性	概述单细胞技术的原理、历史发展及多组学工具，指导研究者选择合适的研究平台	造血系统，包括正常和恶性状态下的细胞	分子生物学	NA	单细胞测序，多组学技术	NA	单细胞测序数据	NA
156	2025-06-04	MBD2 promotes epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and ARDS-related pulmonary fibrosis by modulating FZD2 2025-06, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167798 PMID:40081619	研究论文	本研究探讨了MBD2在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)相关肺纤维化发病机制中的作用及其潜在机制	首次揭示了MBD2通过调控FZD2表达促进上皮-间质转化(EMT)和ARDS相关肺纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证相对有限	阐明MBD2在ARDS相关肺纤维化中的分子机制	野生型和MBD2敲除小鼠、MLE-12细胞、原代人II型肺泡上皮细胞、人类肺纤维化样本	分子病理学	肺纤维化/ARDS	RNA-Seq、ChIP、单细胞测序、免疫组化(IHC)、免疫荧光、Western blot	小鼠ARDS模型、体外EMT模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据	小鼠模型、人类肺纤维化样本(具体数量未明确说明)
157	2025-06-04	Identification of NETs-related genes as diagnostic biomarkers in ischemic stroke using RNA sequencing and single-cell analysis 2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10117-z PMID:40107980	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞分析，识别了与中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）相关的基因，作为缺血性卒中的诊断生物标志物	首次将NETs相关基因（Ceacam3、Tnf、Selp、Fcgr4）与缺血性卒中进展联系起来，并通过单细胞数据验证了这些基因在中性粒细胞中的表达	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明NETs在缺血性卒中进展中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	缺血性卒中小鼠模型及其中性粒细胞胞外诱捕网相关基因	生物信息学	缺血性卒中	RNA测序、单细胞RNA测序	limma包、Seurat包	RNA测序数据、单细胞数据	未明确提及样本数量，但使用了MCAO小鼠模型
158	2025-06-04	Fibroblast hierarchy dynamics during mammary gland morphogenesis and tumorigenesis 2025-Jun, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00422-3 PMID:40216939	research paper	研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠乳腺中成纤维细胞的层次动态及其在肿瘤发生中的作用	首次应用纵向单细胞转录组分析技术，解析了小鼠乳腺在不同发育阶段和肿瘤发生过程中超过45,000个成纤维细胞的动态变化，并鉴定了CD34+间充质祖细胞在其中的作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索乳腺组织中成纤维细胞的层次动态及其在正常发育和肿瘤发生中的作用	小鼠乳腺组织中的成纤维细胞	单细胞转录组学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过45,000个小鼠乳腺成纤维细胞，覆盖5个不同发育阶段和肿瘤发生过程
159	2025-06-04	Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress 2025-Jun, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70160 PMID:40269556	研究论文	利用单细胞测序技术，研究非结球白菜根尖在盐胁迫下的转录和染色质可及性变化，揭示盐胁迫对根毛分化和铁转运的影响	首次构建了非结球白菜根尖在正常和盐胁迫条件下的单细胞转录和染色质可及性图谱，揭示了盐胁迫通过影响BcIRT2基因表达干扰铁转运的机制	研究仅针对非结球白菜，未验证其他作物中的普适性	探究植物对盐胁迫的响应机制，为培育耐盐作物提供理论基础	非结球白菜根尖细胞	植物分子生物学	NA	单细胞多组学测序	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	未明确说明样本数量（非结球白菜根尖细胞）
160	2025-06-04	Comprehensive analysis of breast cancer oxidative stress related gene signature: a combination of bulk and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10130-2 PMID:40274661	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞RNA测序分析，开发了一个基于氧化应激相关基因的预后基因特征，用于评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	结合大量和单细胞RNA测序数据，建立氧化应激相关评分模型，并识别出关键转录因子TFAP2B	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性	开发基于氧化应激相关基因的预后基因特征，评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Lasso回归, 多变量Cox回归	RNA-seq数据, 临床信息	NA