单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-17	Single-cell immunomics reveals the immunological hallmarks about the onset and different outcomes for ankylosing spondylitis patients 2025-Jul-15, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07549-y PMID:40665054	研究论文	通过单细胞免疫组学技术揭示强直性脊柱炎(AS)患者发病及不同结局的免疫学特征	首次利用单细胞RNA测序结合TCR/BCR分析，系统解析AS动态免疫应答特征，发现B细胞克隆扩增与AS病变的驱动关联及缓解期V(D)J使用多样性降低的临床指导价值	研究样本仅涉及外周血单个核细胞(PBMCs)，未评估组织局部免疫微环境；不同临床阶段样本量未明确说明	阐明强直性脊柱炎发生发展过程中的关键免疫学特征	健康供体与不同病程阶段AS患者的PBMCs	免疫组学	强直性脊柱炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCR/BCR分析	NA	单细胞转录组数据、免疫受体序列数据	健康供体与不同病程AS患者(具体数量未说明)
142	2025-07-17	scGPT: end-to-end protocol for fine-tuned retinal cell type annotation 2025-Jul-15, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01220-1 PMID:40665101	研究论文	本文提供了一个全面的指南，用于在单细胞RNA测序数据中微调scGPT进行细胞类型分类	利用基于transformer的架构，scGPT提供了一种灵活、可扩展的解决方案，用于高精度细胞类型注释，特别是在处理大规模数据集和罕见细胞群时	需要中级的生物信息学知识，且对Python和Linux的基本了解是必要的	提高单细胞研究中细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的视网膜细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	transformer-based (scGPT)	单细胞RNA测序数据	自定义视网膜数据集
143	2025-07-17	Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy 2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03552-2 PMID:40665303	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
144	2025-07-17	Tumor-intrinsic ENO1 inhibition promotes antitumor immune response and facilitates the efficacy of anti-PD-L1 immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03464-x PMID:40665335	研究论文	该研究通过CRISPR cas9体内筛选和RNA测序技术，发现ENO1是调节抗PD-L1治疗效果的关键因子，并揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的作用机制	首次发现ENO1作为肿瘤免疫逃逸的关键调节因子，并阐明了其通过SPP1-ITGA4/ITGB1通路调控CD8 T细胞功能和TAM极化的分子机制	研究主要基于膀胱癌样本，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索膀胱癌免疫治疗耐药的分子机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	CRISPR cas9筛选, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床膀胱癌样本（具体数量未明确说明）
145	2025-07-17	Integration of scRNA-seq and ST-seq identifies hyperproliferative RRM2+ cells features and therapeutic targets in gastric cancer 2025-Jul-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06847-y PMID:40665360	research paper	该研究通过整合scRNA-seq和ST-seq技术，鉴定了胃癌中高增殖性RRM2+细胞的特征及其治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了RRM2+高增殖性细胞在胃癌发展中的关键作用，并发现了一种新型治疗药物osalmid	样本量相对较小（40个scRNA-seq样本和6个ST样本），且仅针对胃癌进行了研究	探究胃癌中高增殖性细胞的分子特征及其治疗靶点	人类胃组织样本中的肿瘤细胞和高增殖性细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, ST-seq	NA	RNA-seq数据	40个scRNA-seq样本和6个ST样本
146	2025-07-17	Utilizing genomics to identify novel immunotherapeutic targets in multiple myeloma high-risk subgroups 2025-Jul-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01503-y PMID:40665393	研究论文	本研究利用基因组学方法识别多发性骨髓瘤高风险亚群中的新型免疫治疗靶点	提出了一个结合多组学数据和先验知识的框架，用于识别新型免疫治疗靶点，并验证了亚型特异性靶点	研究未涉及这些新靶点在临床治疗中的实际效果验证	识别多发性骨髓瘤的新型免疫治疗靶点以应对肿瘤异质性	多发性骨髓瘤高风险亚群	基因组学	多发性骨髓瘤	多组学数据分析、流式细胞术、免疫印迹、CRISPR-Cas9敲除模型、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、蛋白质表达数据	两个大型数据集
147	2025-07-17	Light-Regulated Reprogramming in Moss: SHMT1 Mediates Blue Light Enhancement of Cell Regeneration 2025-Jul-15, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.70044 PMID:40665554	研究论文	本研究揭示了蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程的分子机制	首次发现蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程	研究仅在小立碗藓中进行，未在其他植物中验证	探究光条件与细胞重编程之间的分子关系	小立碗藓原生质体	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据	不同光照条件下培养24小时的原生质体样本
148	2025-07-17	CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574376 PMID:38903082	研究论文	本研究探讨了CREB与Kras*在慢性炎症下促进胰腺癌进展的分子机制	揭示了CREB在胰腺腺泡细胞向导管细胞重编程中的作用及其与Kras*协同促进胰腺癌进展的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究CREB在酒精性慢性胰腺炎中促进胰腺癌进展的分子机制	Ptf1a CreERTM/+;LSL-Kras G12D+/- (KC)遗传小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、谱系追踪分析、腺泡细胞外植体培养分析	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	多种小鼠模型（包括KC和KCC-/-小鼠）
149	2025-07-17	IGF2BP2 alleviates ulcerative colitis by inhibiting MEK1/2 and ERK1/2 signaling pathways in intestinal epithelial cells via m6A-dependent stabilization of LGI4 mRNA 2025-Jul-14, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115206 PMID:40663812	research paper	本研究探讨了m6A阅读蛋白IGF2BP2在溃疡性结肠炎(UC)发病机制中的作用及其通过m6A依赖的LGI4 mRNA稳定机制抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路的分子机制	首次揭示了IGF2BP2通过m6A依赖性方式稳定LGI4 mRNA从而抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路的新机制，为UC治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明IGF2BP2在UC发病机制中的作用及其分子机制	肠上皮细胞、UC患者组织样本、UC细胞模型和动物模型	分子生物学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、IHC、Western blot、IF、RT-qPCR、meRIP-qPCR、RNA pulldown、RIP、mRNA稳定性检测	DSS诱导的UC小鼠模型、IGF2BP2敲除小鼠	基因表达数据、蛋白质数据	人类组织样本、UC细胞模型、小鼠模型
150	2025-07-17	From tissue architecture to clinical insights: Spatial transcriptomics in solid tumor studies 2025-Jul-14, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152389 PMID:40664120	综述	本文深入分析了空间转录组学技术在实体肿瘤研究中的最新进展及其应用	空间转录组学技术保留了基因表达的空间背景，革新了我们对肿瘤结构和细胞间通讯的解码能力	在技术分辨率、数据处理、样本制备和临床标准化方面仍存在挑战	探讨空间转录组学在实体肿瘤研究中的应用及其对精准肿瘤学的潜在影响	实体肿瘤及其微环境	数字病理学	实体肿瘤	空间转录组学	深度学习	基因表达数据	NA
151	2025-07-17	Keratin 6A Overexpression in the Lymphovascular Invasion-Associated Tumor Subgroup Promotes Progression of Triple-Negative Breast Cancer 2025-Jul-14, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2025.423 PMID:40665712	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中与淋巴血管侵犯（LVI）相关的上皮调节因子及其在TNBC进展中的功能作用	首次发现KRT6A作为LVI阳性TNBC中的主导上皮亚群标记基因，并通过实验验证其通过Wnt/β-catenin信号通路促进EMT和转移的机制	研究主要基于实验室和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索TNBC中与LVI相关的分子机制及其对疾病进展的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）组织和细胞系	癌症研究	三阴性乳腺癌	单细胞测序、转录组分析、免疫组化染色、CCK8实验、伤口愈合实验、transwell实验、动物实验	NA	单细胞测序数据、转录组数据、临床样本数据	多个患者样本和细胞系，具体数量未明确说明
152	2025-07-17	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals intratumor heterogeneity phenotypes and immune infiltration in pancreatic cancer 2025-Jul-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03080-3 PMID:40652419	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌肿瘤内异质性表型及其与免疫浸润的关系	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统研究胰腺癌肿瘤内异质性，并构建了11基因预后模型	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证	探索胰腺癌肿瘤内异质性的临床意义及其与免疫微环境的关系	胰腺癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本
153	2025-07-17	Single-cell RNA sequencing and multi-omics analysis of prognosis-related staging in papillary thyroid cancer 2025-Jul-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04101-4 PMID:40650680	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了甲状腺乳头状癌（PTC）的异质性，并构建了一个新的分子分类系统OSPTCC	提出了基于肿瘤细胞分化状态的分子分类系统OSPTCC，并开发了一个7基因风险评分模型来预测PTC的预后	样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11名患者	改善甲状腺乳头状癌的风险分层和预后预测	甲状腺乳头状癌患者	digital pathology	thyroid cancer	single-cell RNA sequencing, bulk-RNA sequencing, qRT-PCR	NA	RNA sequencing data	11名PTC患者的158,577个细胞（单细胞RNA测序），501名患者（TCGA-THCA队列），48名患者（独立验证队列）
154	2025-07-17	Development and validation of a prognostic model for predicting survival and immunotherapy benefits in melanoma based on metabolism-relevant genes 2025-Jul-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03186-8 PMID:40652057	研究论文	开发并验证了一个基于代谢相关基因的预后模型，用于预测黑色素瘤患者的生存和免疫治疗益处	利用代谢相关基因（MRGs）对黑色素瘤患者进行分子分型，并开发了一个预后模型来预测患者预后和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	预测黑色素瘤患者的生存和免疫治疗反应	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	数字病理学	黑色素瘤	scRNA-seq, WB, qPCR, IHC, siRNA	ResNet50, LASSO, COX回归	基因表达数据, 病理图像	未明确提及具体样本数量，但涉及SKCM患者和细胞系
155	2025-07-17	Single-cell sequencing revealed the recurrence causes of ETV6:RUNX1 fusion-positive B-ALL in children 2025-Jul-12, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102041 PMID:40659095	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了ETV6:RUNX1融合阳性B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患儿复发的原因	首次在单细胞水平上揭示了ETV6:RUNX1阳性B-ALL复发的潜在通路和细胞相互作用机制	样本量较小（仅4例患者），需要更大规模的研究验证发现	探究ETV6RUNX1阳性B-ALL患者复发的潜在驱动通路	ETV6RUNX1融合阳性B-ALL患儿（3例新诊断和1例复发）	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	4例B-ALL患者（来自25例患者的队列）
156	2025-07-17	Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9106 PMID:40644535	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，解析了成年雄性和雌雄同体个体中共享神经系统的单神经元分子结构，揭示了神经系统中的广泛分子二态性	首次在单神经元水平上揭示了共享神经系统的性别分子二态性，特别是在触觉受体等先前未被识别的神经元类型中发现了性别偏向表达	研究仅关注了转录组水平的差异，未涉及蛋白质组或表观遗传层面的分析	理解遗传性别如何塑造神经系统的分子结构以驱动性别特异性行为	成年雄性和雌雄同体个体的共享神经系统神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年雄性和雌雄同体个体的神经系统神经元
157	2025-07-17	Malevolent alliance of MYBL2hi cancer stem cell and SPP1+ macrophage confers resistance to neoadjuvant immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011319 PMID:40639849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间RNA测序揭示了膀胱癌中MYBL2hi癌症干细胞与SPP1+巨噬细胞的恶性联盟导致新辅助免疫治疗耐药的机制	首次发现MYBL2hi癌症干细胞与SPP1+巨噬细胞之间的双向串扰机制，并揭示了CCL15-CCR1-SPP1-ITGα9β1轴在耐药性中的作用	样本量相对较小(12例患者)，且需要进一步临床验证	探索膀胱癌对新辅助免疫检查点阻断治疗耐药的分子机制	膀胱癌患者样本(包括外周血单个核细胞、肿瘤组织、癌旁正常组织和转移淋巴结)	肿瘤免疫学	膀胱癌	scRNA-seq, 空间RNA测序, 多重免疫组化, 小鼠原位膀胱癌模型, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	12例膀胱癌患者(2例未治疗, 10例接受nICB治疗)
158	2025-07-17	Systems analysis of clinical malaria reveals proteomic perturbation and innate-adaptive crosstalk linked to disease severity 2025-Jul-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.06.014 PMID:40664217	研究论文	通过分析疟疾患者血浆蛋白质组和免疫细胞RNA-seq数据，研究疾病严重程度与蛋白质扰动及免疫细胞通讯的关系	首次在疟疾患者中发现超过250种蛋白质的广泛扰动，包括激素、循环受体等新蛋白，并确定了与疾病严重程度相关的11蛋白特征	研究对象为成年旅行者，可能无法完全代表地方性疟疾流行区人群	理解疟疾发病机制和宿主反应，改善临床管理和预防	急性恶性疟原虫疟疾成年患者	蛋白质组学	疟疾	血浆蛋白质组分析，单细胞RNA-seq	NA	蛋白质组数据，RNA-seq数据	包含单细胞RNA-seq数据的捐赠者子集在内的1,463个血浆蛋白样本
159	2025-07-17	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Jul-08, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	research paper	该研究揭示了贾第虫通过诱导2型黏膜免疫反应减轻小鼠肠道炎症的机制	首次证明贾第虫通过STAT6依赖性途径诱导IL-10产生的Th2细胞扩增，从而重塑黏膜免疫反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究贾第虫感染对肠道炎症的调节作用及其免疫机制	尼日利亚学龄儿童和小鼠模型	免疫学	肠道感染/炎症性肠病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	小鼠感染模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明儿童样本量，使用小鼠模型
160	2025-07-17	Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection 2025-Jul-08, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082 PMID:40639496	研究论文	本研究利用RNA-seq技术探索了不同HIV感染群体外周血单个核细胞的免疫代谢差异	首次在不同HIV感染群体中揭示了免疫代谢的差异特征，特别是在嘌呤代谢、氧化磷酸化和糖酵解途径中的变化	样本量较小（18例），且仅针对PBMCs进行研究，未涉及其他免疫细胞类型	探究HIV感染群体的免疫代谢差异特征	HIV感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫代谢	HIV感染/AIDS	RNA-seq, 单细胞测序	NA	转录组数据	18例HIV感染者（4例IRs、5例INRs、5例TPs、4例ECs）