单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15941	2024-08-05	The application of single-cell sequencing in pancreatic neoplasm: analysis, diagnosis and treatment 2023-01, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-022-02023-x PMID:36307645	研究论文	本文总结了单细胞测序在胰腺肿瘤中的应用，包括技术、肿瘤异质性和治疗。	提出了单细胞RNA测序的使用，以分析肿瘤内每个细胞，而不是它们的平均水平，增强了对胰腺肿瘤异质性的理解。	先前的研究仅集中于患者与健康个体之间的差异，而忽视了肿瘤内的异质性。	研究胰腺肿瘤，包括胰腺导管腺癌、腺样囊性肿瘤和胰腺囊性肿瘤的单细胞测序应用。	胰腺肿瘤，特别是胰腺导管腺癌、腺样囊性肿瘤和胰腺囊性肿瘤。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	NA	NA
15942	2024-08-05	Pan-cancer analysis of Krüppel-like factor 3 and its carcinogenesis in pancreatic cancer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1167018 PMID:37600783	研究论文	本研究探讨了克鲁伯样因子3（KLF3）在各种癌症及肿瘤微环境中的作用。	发现KLF3在胰腺癌中的异常表达能够有效预测患者预后，并在肿瘤微环境中发挥重要作用。	本研究未详细探讨KLF3在所有类型肿瘤中的具体机制，部分数据来源于已有数据库。	研究KLF3在全癌症中的表达及其在胰腺癌中的致癌作用。	聚焦于KLF3在不同癌症及胰腺癌中的作用及其机制。	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序，Cox回归分析，Kaplan-Meier分析	NA	基因表达数据	使用TCGA和GTEx数据库进行大规模数据分析，具体样本数量未明确
15943	2024-08-05	Integrated analyses of single-cell transcriptomics identify metastasis-associated myeloid subpopulations in breast cancer lung metastasis 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1180402 PMID:37483625	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析识别了在乳腺癌肺转移中与转移相关的髓系亚群。	首次整合分析髓系细胞的异质性和特异性，揭示其在肺转移中的重要作用	对于其他类型的转移或癌症中髓系细胞的角色尚未进行广泛研究	阐明髓系细胞在乳腺癌肺转移中的作用及其分子机制	研究乳腺癌肺转移中的髓系细胞亚群，包括单核细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	MMTV-PyVT 转基因小鼠	细胞转录组数据	涉及MMTV-PyVT转基因小鼠中的髓系细胞亚群
15944	2024-08-05	Prognostic-related genes for pancreatic cancer typing and immunotherapy response prediction based on single-cell sequencing data and bulk sequencing data 2023, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2023.029458 PMID:37547756	研究论文	本研究探讨了胰腺癌的分子亚型和与预后相关的关键基因	首次基于单细胞测序和大规模RNA测序数据将胰腺癌分类为三种分子亚型，并鉴定了五个与预后相关的基因	未提及具体限制因素	研究胰腺癌患者的分子亚型及其预后和免疫治疗反应	胰腺癌患者及其单细胞和大规模RNA测序数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序和大规模RNA测序	NA	基因组数据	NA
15945	2024-08-05	Identification of fibroblast-related genes based on single-cell and machine learning to predict the prognosis and endocrine metabolism of pancreatic cancer 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1201755 PMID:37588985	研究论文	本研究基于单细胞测序和机器学习识别了与成纤维细胞相关的基因，以预测胰腺癌的预后和内分泌代谢	通过单细胞分析和加权共表达网络分析，构建了一个新的风险评估工具以评估胰腺癌的预后	本研究的样本量和数据集限制可能影响模型的泛化能力	探索胰腺癌相关基因的作用，并构建预测胰腺癌预后的风险评估工具	研究对象为胰腺腺癌细胞中的特定细胞亚群及相关基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	COX模型	基因组数据	GSE165399数据集中的多种细胞亚群
15946	2024-08-05	VG161 activates systemic antitumor immunity in pancreatic cancer models as a novel oncolytic herpesvirus expressing multiple immunomodulatory transgenes 2023-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.28108 PMID:36042555	研究论文	VG161是一种表达多种免疫调节转基因的新型溶瘤疱疹病毒，可以激活胰腺癌模型中的全身抗肿瘤免疫	VG161是首个携带多种协同抗肿瘤免疫调节因素的重组溶瘤疱疹病毒	目前尚未进行临床试验，实际临床效果需进一步验证	研究VG161在胰腺癌模型中激活抗肿瘤免疫的机制	胰腺癌模型中的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序、气流辅助解吸电喷雾离子化-质谱成像（AFADSI-MSI）、纳米字符串技术	NA	细胞样本	临床样本变化，具体数量未明确
15947	2024-08-07	Bulk and single-cell RNA-sequencing analyses along with abundant machine learning methods identify a novel monocyte signature in SKCM 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1094042 PMID:37304304	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序分析，结合多种机器学习方法，识别出皮肤黑色素瘤（SKCM）中与疾病特异性生存相关的新型单核细胞特征	本研究构建了一个由八个基因组成的单核细胞相关特征（MRS），并验证其为疾病特异性生存的独立风险因素，具有比传统临床变量和分子特征更高的准确性	NA	探索皮肤黑色素瘤（SKCM）免疫微环境中免疫细胞通信的全局模式，并建立基于关键特异性生物标志物的预后特征	皮肤黑色素瘤（SKCM）中的免疫细胞及其通信网络	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的单细胞RNA测序数据集，具体样本数量未详细说明
15948	2024-08-07	An extensive bioinformatics study on the role of mitochondrial solute carrier family 25 in PC and its mechanism behind affecting immune infiltration and tumor energy metabolism 2022-12-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03756-2 PMID:36514121	研究论文	本研究通过lasso方法构建了一个基于SLC25A成员的胰腺癌（PC）新型预后风险模型，并探讨了其在肿瘤免疫学和能量代谢中的作用	首次构建了基于SLC25A成员的胰腺癌预后风险模型，并揭示了SLC25A11、SLC25A29和SLC25A44在肿瘤能量代谢和免疫浸润中的作用	NA	探讨线粒体溶质载体家族25（SLC25A）成员在胰腺癌中的生物学作用及其影响免疫浸润和肿瘤能量代谢的机制	SLC25A成员在胰腺癌中的作用及其机制	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	lasso方法	基因表达数据	NA
15949	2024-08-07	Cancer immunotherapies transition endothelial cells into HEVs that generate TCF1+ T lymphocyte niches through a feed-forward loop 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.002 PMID:36423635	研究论文	本文通过单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱和功能性多重免疫分析，展示了抗血管生成免疫调节疗法如何通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导诱导后毛细血管静脉向炎症性高内皮小静脉（HEVs）的转分化	本文首次揭示了肿瘤HEVs通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导促进肿瘤内淋巴细胞流入和形成允许性淋巴细胞微环境的新机制	本文未详细探讨肿瘤HEVs在不同类型癌症中的普遍性和具体作用机制	探讨肿瘤相关三级淋巴样结构（TA-TLLSs）的形成机制及其在免疫治疗中的作用	肿瘤内皮细胞、淋巴细胞及其相互作用	免疫学	癌症	单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱、功能性多重免疫分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
15950	2024-08-07	Single-cell analysis reveals nanosecond pulsed electric field ablation induced myeloid cells remodeling in pancreatic cancer 2022-Dec, Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.bioelechem.2022.108266 PMID:36179391	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了纳米秒脉冲电场（nsPEF）处理后胰腺癌小鼠模型中骨髓细胞的表型和功能变化	首次详细描述了nsPEF处理对胰腺癌中肿瘤浸润性骨髓细胞的重组作用	NA	探究nsPEF治疗对胰腺癌中骨髓细胞的影响及其对肿瘤免疫的调控作用	胰腺癌小鼠模型中的骨髓细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	Panc02胰腺癌小鼠模型
15951	2024-08-07	IRF1 expression might be a biomarker of CD8+ T cell infiltration in cutaneous melanoma 2022-12, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2022.2141228 PMID:36300336	研究论文	本研究旨在探讨皮肤黑色素瘤中干扰素调节因子（IRF）基因的表达模式及其与CD8+ T细胞浸润的关联，以及在黑色素瘤和非黑色素瘤细胞中的潜在调控网络	发现IRF1表达与CD8+ T细胞浸润的强关联，并识别出四个关键的CpG位点可能调控IRF1的转录	NA	探索皮肤黑色素瘤中IRF基因的表达与CD8+ T细胞浸润的关系及其调控网络	皮肤黑色素瘤中的IRF基因表达及CD8+ T细胞浸润	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA Pan-Cancer、GTEx项目、Human Protein Atlas和Jerby-Arnon et al. 2018的数据集
15952	2024-08-07	Estimating Metastatic Risk of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma at Single-Cell Resolution 2022-Nov-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232315020 PMID:36499343	研究论文	本研究提出了一种基于单细胞RNA测序数据评估胰腺导管腺癌转移风险的方法scMetR	首次提出scMetR方法，通过单细胞RNA测序数据评估肿瘤细胞的转移风险，并识别转移特征基因	NA	探索胰腺导管腺癌的转移风险评估方法	胰腺导管腺癌的肿瘤细胞及其转移风险	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15953	2024-08-07	A single-cell analysis reveals tumor heterogeneity and immune environment of acral melanoma 2022-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34877-3 PMID:36433984	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了63,394个细胞，来自5个肢端黑色素瘤和3个皮肤黑色素瘤样本，以探讨肿瘤异质性和免疫环境	定义了5个正交功能细胞簇，涉及TGF-beta信号传导、I型干扰素、Wnt信号传导、细胞周期和胆固醇外流信号传导，这些信号与黑色素瘤的良好预后显著相关	NA	研究肢端黑色素瘤的肿瘤异质性和免疫环境	肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤样本的细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	63,394个细胞，来自5个肢端黑色素瘤和3个皮肤黑色素瘤样本
15954	2024-08-07	Autophagy-linked plasma and lysosomal membrane protein PLAC8 is a key host factor for SARS-CoV-2 entry into human cells 2022-11-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2022110727 PMID:36124427	研究论文	本文通过CRISPR/Cas9基因编辑技术在感染SARS-CoV-2的人类肺癌细胞中进行全基因组功能丧失筛选，揭示了PLAC8和SPNS1作为关键宿主因子影响病毒进入细胞的过程	发现了两个新的关键宿主因子PLAC8和SPNS1，并证实它们的功能丧失会损害病毒的进入	NA	旨在更好地理解SARS-CoV-2与宿主细胞之间的相互作用，并识别可能用于对抗感染和COVID-19病理的宿主因子	SARS-CoV-2病毒和人类肺癌细胞	数字病理学	肺癌	CRISPR/Cas9	NA	RNA-Seq	八种不同的人类肺癌细胞系
15955	2024-08-07	Acetyl-Coenzyme A Synthetase 2 Potentiates Macropinocytosis and Muscle Wasting Through Metabolic Reprogramming in Pancreatic Cancer 2022-11, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2022.06.058 PMID:35777482	研究论文	本研究探讨了乙酰辅酶A合成酶2（ACSS2）在胰腺癌中的作用，发现ACSS2通过代谢重编程增强巨胞饮作用并导致肌肉萎缩	首次揭示了ACSS2通过激活ZIP4途径促进巨胞饮作用和肌肉萎缩，为胰腺癌提供了额外的营养物质	NA	研究ACSS2在胰腺癌中的作用及其对巨胞饮作用和肌肉萎缩的影响	胰腺癌患者的样本和基因工程小鼠模型	数字病理学	胰腺癌	CRISPR-Cas9系统，单细胞RNA测序，葡聚糖摄取试验，染色质免疫沉淀试验	NA	基因表达数据，蛋白质相互作用数据	胰腺癌患者样本，基因工程小鼠模型
15956	2024-08-07	Patient-specific modeling of stroma-mediated chemoresistance of pancreatic cancer using a three-dimensional organoid-fibroblast co-culture system 2022-Oct-22, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02519-7 PMID:36273171	研究论文	本文通过建立三维共培养系统，研究了癌症相关成纤维细胞（CAFs）对胰腺癌化疗抵抗的影响。	首次使用三维共培养系统，结合单细胞RNA测序，揭示了CAFs诱导的上皮间质转化（EMT）在胰腺癌化疗抵抗中的作用。	NA	探讨CAFs在胰腺癌化疗抵抗中的作用及其分子机制。	胰腺癌组织、患者来源的肿瘤类器官及匹配的CAFs。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	三维共培养系统	图像数据	三个类器官/CAF对
15957	2024-08-07	PD-L1-directed PlGF/VEGF blockade synergizes with chemotherapy by targeting CD141+ cancer-associated fibroblasts in pancreatic cancer 2022-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33991-6 PMID:36272973	研究论文	本文揭示了化疗在胰腺导管腺癌（PDAC）中上调胎盘生长因子（PlGF），激活癌症相关成纤维细胞（CAFs）导致纤维化相关胶原蛋白沉积的机制，并开发了一种多价VEGF诱饵受体（Ate-Grab），通过PD-L1介导的PlGF/VEGF阻断，与吉西他滨协同作用，减少CD141 CAF群体，从而对抗肿瘤和抗纤维化。	开发了一种新的多价VEGF诱饵受体（Ate-Grab），通过PD-L1介导的PlGF/VEGF阻断，与吉西他滨协同作用，减少CD141 CAF群体，为治疗胰腺癌提供了新的组合疗法。	NA	阐明化疗诱导的胰腺癌纤维化机制，并探索新的组合治疗策略。	胰腺导管腺癌（PDAC）及其相关成纤维细胞（CAFs）。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15958	2024-08-07	Single cell RNA-seq reveals the CCL5/SDC1 receptor-ligand interaction between T cells and tumor cells in pancreatic cancer 2022-10-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2022.215834 PMID:35917973	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了胰腺癌中T细胞与肿瘤细胞之间的CCL5/SDC1受体-配体相互作用	首次全面描绘了胰腺导管腺癌中T细胞的全谱及其与肿瘤细胞的交流，并发现了CCL5通过与SDC1相互作用促进肿瘤细胞迁移	NA	旨在识别胰腺导管腺癌中T细胞的全谱及其与肿瘤细胞的交流	胰腺导管腺癌中的T细胞及其与肿瘤细胞的相互作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集，包括来自本机构和公开数据库的数据
15959	2024-08-07	Expression of myelin transcription factor 1 and lamin B receptor mediate neural progenitor fate transition in the zebrafish spinal cord pMN domain 2022-10, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2022.102452 PMID:36063998	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在斑马鱼脊髓pMN域中发现了pMN前体细胞的先前未知的异质性，并鉴定了两种不同的运动神经元谱系。实验验证了转录因子myt1和核内膜整合蛋白lbr在运动神经元发育和神经前体细胞维持中的关键作用。	本研究首次揭示了斑马鱼脊髓pMN域中pMN前体细胞的异质性，并鉴定了两种不同的运动神经元谱系，为理解神经前体细胞命运转变的分子编程提供了深入见解。	NA	旨在深入理解斑马鱼脊髓pMN域中神经前体细胞命运转变的分子编程。	斑马鱼脊髓pMN域中的神经前体细胞及其命运转变。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15960	2024-08-07	Single Cell RNA-Seq Identifies Immune-Related Prognostic Model and Key Signature-SPP1 in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2022-Sep-29, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13101760 PMID:36292645	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，结合在线数据库中的多个PDAC数据集，构建了一个基于免疫相关特征的胰腺导管腺癌（PDAC）预后模型	首次利用scRNA-seq技术识别出PDAC中的恶性导管细胞标记物，并开发了一种结合风险评分、N阶段和边缘状态的简易诺模图	NA	开发胰腺导管腺癌的早期诊断和预后评估的可靠生物标志物	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的免疫相关预后模型和关键特征SPP1	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个PDAC数据集和TCGA_PAAD数据集