单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15941	2024-08-05	Deciphering the Functional Roles of Individual Cancer Alleles Across Comprehensive Cancer Genomic Studies 2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.14.567106 PMID:38014215	研究论文	本论文介绍了一种新数学公式的REVEALER 2.0算法，用于解析个别癌症等位基因的功能角色	REVEALER 2.0算法在速度和效率上提升了约150倍，适用于更大规模的数据集	未提及具体的限制	解析个别癌症等位基因在复杂癌症基因组数据中的功能角色	癌症基因组中的个体基因组病变	数字病理学	癌症	下一代测序技术	REVEALER 2.0	基因组数据	NA
15942	2024-08-05	Transcriptome-based identification of tumor-reactive and bystander CD8+ T cell receptor clonotypes in human pancreatic cancer 2023-11-15, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adh9562 PMID:37967201	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体功能测试，识别了胰腺癌中肿瘤反应性和旁观者CD8+ T细胞受体克隆类型	本研究结合了单细胞转录组技术与功能测试，为胰腺癌提供了新颖的T细胞亚群区分标准	研究样本数量有限，可能无法完全代表所有胰腺癌病例	旨在通过识别CD8+ T细胞受体克隆类型，为个性化免疫疗法提供依据	研究对象为胰腺导管腺癌患者的肿瘤浸润性T细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	93个肿瘤反应性TCR克隆类型和65个旁观者TCR克隆类型
15943	2024-08-05	Single cell spatial transcriptomic profiling of childhood-onset lupus nephritis reveals complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.09.566503 PMID:38014158	研究论文	本研究通过单细胞空间转录组学揭示了儿童起病狼疮性肾炎中肾间质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用	该研究利用空间转录组学技术获得了儿童起病狼疮性肾炎患者肾脏组织的单细胞分辨率图谱，提供了新的免疫病理机制见解	肾小管细胞转录特征与组织学评分之间几乎没有相关性，说明在个别肾小管级别上仍存在信息缺口	探索儿童起病狼疮性肾炎（cLN）中肾脏细胞与免疫细胞之间的互动	来自八名儿童起病狼疮性肾炎患者和两名对照者的肾脏组织样本	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	来自八名儿童起病狼疮性肾炎患者和两名对照者的超过40万细胞样本
15944	2024-08-07	PCDH1, a poor prognostic biomarker and potential target for pancreatic adenocarcinoma metastatic therapy 2023-Nov-13, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11474-1 PMID:37957639	研究论文	本研究探讨了PCDH1作为胰腺腺癌（PAAD）的预后生物标志物和治疗靶点的潜力	发现PCDH1在PAAD细胞中的表达显著高于正常胰腺导管细胞，并且其上调促进了胰腺癌细胞的转移	NA	识别PAAD的新潜在治疗靶点和预后生物标志物	PCDH1在PAAD中的表达及其作为治疗靶点的潜力	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（IHC），实时定量聚合酶链反应（qPCR），蛋白质印迹（western blotting）	NA	RNA，蛋白质	来自患者的蜡块切片，PAAD细胞系Panc-0813
15945	2024-08-07	Identification of Cellular Interactions in the Tumor Immune Microenvironment Underlying CD8 T Cell Exhaustion 2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.09.566384 PMID:38014233	研究论文	本研究构建了一个分析框架，用于识别与CD8 T细胞耗竭相关的免疫细胞类型特异性基因调控网络模式，并分析了单细胞RNA测序数据，以比较肿瘤和慢性病毒感染样本中T细胞耗竭过程的差异	本研究开发了一个新的分析框架，不仅可以应用于肿瘤免疫微环境，还可以扩展到任何涉及细胞间通信的系统，有助于深入理解支持癌症和其他复杂疾病有效治疗的关键生物学过程	由于过程的复杂性，无法简单推断其他细胞类型对单一细胞类型过程的贡献	研究CD8 T细胞耗竭过程及其在免疫治疗中的作用	肿瘤浸润性CD8 T细胞的耗竭程度及免疫细胞类型特异性基因调控网络模式	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人类皮肤肿瘤样本及慢性病毒感染样本
15946	2024-08-05	An integrated study to decipher immunosuppressive cellular communication in the PDAC environment 2023-Nov-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-023-00320-6 PMID:37945567	研究论文	本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）环境中的免疫抑制细胞通信。	探索了TAMs在PDAC微环境中的关键作用，并揭示了LGALS9基因的上调及其与其他细胞的相互作用。	NA	揭示PDAC肿瘤微环境中的细胞通信机制。	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本中的细胞。	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学，scRNA-seq，和bulk RNA-seq	NA	RNA数据	PDAC样本和健康样本对比
15947	2024-08-07	Dynamic scRNA-seq of live human pancreatic slices reveals functional endocrine cell neogenesis through an intermediate ducto-acinar stage 2023-11-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.10.001 PMID:37898119	研究论文	本研究通过动态单细胞RNA测序技术，分析了人胰腺切片在不同时间点和再生刺激下的细胞变化，揭示了内分泌细胞通过中间导管腺泡阶段的新生过程。	首次对整个人类胰腺组织进行纵向单细胞RNA测序分析，动态展示了胰腺的可塑性。	研究主要基于同一供体的胰腺切片，可能限制了结果的普遍性。	探究人类胰腺的可塑性及其内分泌细胞的生成过程。	人胰腺切片及其在不同时间点和再生刺激下的细胞变化。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自同一供体的多个时间点的胰腺切片样本
15948	2024-08-07	Kidney single-cell transcriptomes uncover SGLT2i-induced metabolic reprogramming via restoring glycolysis and fatty acid oxidation 2023-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.31.564836 PMID:37961186	研究论文	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据，探讨了SGLT2抑制剂对db/db小鼠肾脏代谢的影响	首次揭示了SGLT2抑制剂通过恢复糖酵解和脂肪酸氧化来保护肾脏代谢的新机制	研究仅基于db/db小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨SGLT2抑制剂对糖尿病肾病肾脏代谢的保护作用及其机制	db/db小鼠的肾脏单细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	db/db小鼠及对照组
15949	2024-08-05	Single-cell RNA-seq reveals characteristics in tumor microenvironment of PDAC with MSI-H following neoadjuvant chemotherapy with anti-PD-1 therapy 2023-11-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216421 PMID:37778681	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了接受新辅助化疗和免疫治疗后高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌患者的肿瘤微环境特征	首次揭示了新辅助治疗后高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌残余病变的特征以及肿瘤微环境的变化	研究只基于单个病例，样本量较小，结果可能不具广泛适用性	探讨高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌的肿瘤微环境在化疗与免疫治疗联合治疗后的变化	一例接受新辅助治疗后进行根治性手术的高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌患者的残余病变	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	1例
15950	2024-08-05	Landscape and the immune patterns of cuproptosis in oral squamous cell carcinoma 2023-Nov, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13489 PMID:37828627	研究论文	本研究旨在探讨与口腔鳞状细胞癌相关的cuproptosis基因及其预后价值	首次将cuproptosis相关基因与口腔鳞状细胞癌的免疫微环境和预后相结合进行分析	仅分析了特定的基因和数据集，可能不适用于所有类型的口腔鳞状细胞癌	研究cuproptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌中的作用及其预后意义	分析了13个与cuproptosis相关的基因	数字病理学	口腔癌	RNA-seq	随机森林算法	基因组数据和RNA-seq数据	NA
15951	2024-08-07	Interactions of Indoleamine 2,3-dioxygenase-expressing LAMP3+ dendritic cells with CD4+ regulatory T cells and CD8+ exhausted T cells: synergistically remodeling of the immunosuppressive microenvironment in cervical cancer and therapeutic implications 2023-11, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12486 PMID:37794698	研究论文	本研究探讨了表达吲哚胺2,3-双加氧酶的LAMP3+树突状细胞与CD4+调节T细胞和CD8+耗竭T细胞之间的相互作用，以及这些相互作用在宫颈癌免疫抑制微环境重塑中的作用及其治疗意义。	研究揭示了LAMP3+树突状细胞与CD4+调节T细胞和CD8+耗竭T细胞之间的协同作用，形成了一个恶性的免疫抑制循环，并介导了宫颈癌的免疫逃逸。	研究主要基于小鼠模型和临床样本的单细胞RNA测序，需要进一步的临床试验来验证这些发现。	旨在探讨宫颈癌免疫重塑的机制并探索潜在的治疗靶点。	研究对象包括正常宫颈组织、高级别鳞状上皮内病变和宫颈癌组织。	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	17个临床样本
15952	2024-08-05	Single-cell transcriptomics illuminates regulatory steps driving anterior-posterior patterning of Drosophila embryonic mesoderm 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113289 PMID:37858470	研究论文	本研究应用单细胞技术和遗传分析探讨果蝇胚胎中胚层形态发生的动态转录变化	揭示了转录状态的空间调控时间过渡，以及ecdysone信号在胚层的上皮-间质转变中的早期作用	未提及具体样本数量的限制	研究果蝇胚胎发育过程中转录程序如何驱动前后轴模式的调控步骤	果蝇胚胎中的细胞谱系和转录状态	生物学	NA	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	NA
15953	2024-08-05	Exosome and lipid metabolism-related genes in pancreatic adenocarcinoma: a prognosis analysis 2023-10-18, Aging DOI:10.18632/aging.205130 PMID:37857015	研究论文	本研究旨在探讨外泌体和脂质代谢相关基因在胰腺腺癌中的诊断和预后的作用	创新点在于构建了基于EALMRGs的预后模型，并验证其在多种癌症中的预后价值	研究的样本来源主要依赖于TCGA和GEO数据库，可能存在样本偏倚	研究胰腺腺癌中外泌体和脂质代谢相关基因的mRNA水平与疾病的诊断和预后的关系	胰腺腺癌及其他类型的癌症患者的基因表达数据	数字病理学	胰腺癌	LASSO回归	COX回归分析	基因表达数据	NA
15954	2024-08-07	S100P as a potential biomarker for immunosuppressive microenvironment in pancreatic cancer: a bioinformatics analysis and in vitro study 2023-Oct-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11490-1 PMID:37853345	研究论文	本研究探讨了S100P蛋白在胰腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为免疫抑制微环境标志物的潜力	发现S100P与免疫细胞浸润呈负相关，特别是CD8+ T细胞，并且与免疫治疗相关基因表达水平和肿瘤突变负荷有显著关联	NA	研究S100P在胰腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为免疫抑制微环境标志物的潜力	S100P蛋白在胰腺癌中的表达及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	胰腺癌	RNA-Seq, 微阵列, scRNA-Seq, DNA甲基化分析, 逆转录PCR, 免疫组化	NA	RNA序列, 微阵列数据, 单细胞RNA序列, DNA甲基化数据, 组织样本	五个胰腺癌细胞系和60个胰腺癌组织样本
15955	2024-08-05	Identification of novel therapeutic target and prognostic biomarker in matrix metalloproteinase gene family in pancreatic cancer 2023-10-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-44506-8 PMID:37821678	研究论文	本文探讨了基质金属蛋白酶基因家族在胰腺癌中的新治疗靶点和预后生物标志物	本研究发现MMP28在胰腺导管腺癌中的表达与患者预后及临床特征密切相关，提出了其作为潜在生物标志物的可能性	本研究未探讨MMP28与免疫细胞浸润之间的相关性	探究基质金属蛋白酶在胰腺导管腺癌中的表达模式及其预后和免疫学价值	主要研究对象为与胰腺导管腺癌相关的基质金属蛋白酶基因	数字病理学	胰腺癌	实时定量PCR	NA	基因表达数据	研究涉及多个胰腺癌细胞系和正常胰腺细胞的样本
15956	2024-08-05	Identifying Subpopulations of Cells in Single-Cell Transcriptomic Data: A Bayesian Mixture Modeling Approach to Zero Inflation of Counts 2023-10, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2022.0273 PMID:37871291	研究论文	本文开发了一种新的贝叶斯混合模型，用于在单细胞转录组数据中识别细胞亚群。	提出了一种新的Dirichlet过程混合模型，结合细胞水平的混合和转录本水平的零膨胀负二项混合模型，以更好地处理scRNA-Seq数据中的计数膨胀现象。	本文未提及可能存在的具体限制。	研究的目的是通过建模基因表达来识别单细胞数据中的细胞亚群。	研究对象是来自小鼠皮层和海马体的多个细胞类型的scRNA-Seq计数数据。	数字病理学	NA	scRNA-Seq	Dirichlet过程混合模型	计数数据	来自小鼠皮层和海马体的多个细胞类型的公开可用scRNA-Seq计数数据
15957	2024-08-07	Potential involvement of IL-32 in cell-to-cell communication between macrophages and hepatoblastoma 2023-Sep-26, Pediatric surgery international IF:1.5Q3 DOI:10.1007/s00383-023-05557-0 PMID:37751001	研究论文	本研究调查了白细胞介素32（IL-32）在肝母细胞瘤中的表达及其在肿瘤发生中的可能作用	发现IL-32在肝母细胞瘤细胞系中的表达上调，并可能通过诱导肿瘤激活的巨噬细胞介导肝母细胞瘤的化学耐药性	IL-32的免疫组化染色仅在48%的病例中呈阳性，且在下载的数据集中IL-32基因表达为阴性	研究IL-32在肝母细胞瘤中的表达及其在肿瘤发生中的作用	肝母细胞瘤细胞系和巨噬细胞	NA	肝母细胞瘤	RNA-seq分析、RT-qPCR、免疫组化染色（IHC）、western blot分析	NA	RNA-seq数据	21例肝母细胞瘤患者样本
15958	2024-08-05	[Heterogeneity analysis of pancreatic cancer and identification of molecular subtypes of tumor cells based on CEACAM5, LGALS1 and CENPF gene expression] 2023-Sep-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2023.09.14 PMID:37814871	研究论文	本研究探讨了胰腺癌的异质性以及肿瘤细胞分子亚型的新方法，识别了胰腺癌进展中的标志基因	通过分析单细胞测序数据，识别了胰腺癌细胞的不同亚型及其特征基因，揭示了其在发育过程中的表达模式	本研究主要基于有限的样本数据，可能无法全面反映胰腺癌的所有亚型特征	研究胰腺癌的异质性及肿瘤细胞的分子亚型	16个胰腺癌组织样本中的单细胞	数字病理	胰腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	16个胰腺癌样本和179名胰腺癌患者及171名健康对照的数据
15959	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis revealing the intratumoral heterogeneity of ccRCC and validation of MT2A in pathogenesis 2023-Sep-15, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01225-7 PMID:37713131	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性，并验证了MT2A在ccRCC发病机制中的作用	本研究首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了ccRCC的单细胞景观，并发现了MT2A在ccRCC中的重要作用	NA	探讨ccRCC的肿瘤内异质性及MT2A在其发病机制中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CNN	转录组数据	来自TCGA和Young等人的研究数据
15960	2024-08-07	Combination of RUNX1 inhibitor and gemcitabine mitigates chemo-resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma by modulating BiP/PERK/eIF2α-axis-mediated endoplasmic reticulum stress 2023-Sep-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02814-x PMID:37697370	研究论文	本研究探讨了RUNX1抑制剂与吉西他滨联合使用通过调节内质网应激的BiP/PERK/eIF2α轴来减轻胰腺导管腺癌的化疗抗性	首次揭示了RUNX1在胰腺导管腺癌化疗抗性中的作用及其通过内质网应激信号通路的机制	研究主要基于体外和动物模型，需要进一步的临床试验验证	探索RUNX1在胰腺导管腺癌化疗抗性中的作用及机制，并评估其作为预测生物标志物的潜力	胰腺导管腺癌及其化疗抗性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR, 免疫组织化学(IHC), 蛋白质印迹(western blot)	NA	RNA	使用了多个数据集，包括GSE223463和GSE183795，以及构建了稳定表达shRUNX1和RUNX1的细胞系