单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15861	2024-08-07	An extensive bioinformatics study on the role of mitochondrial solute carrier family 25 in PC and its mechanism behind affecting immune infiltration and tumor energy metabolism 2022-12-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03756-2 PMID:36514121	研究论文	本研究通过lasso方法构建了一个基于SLC25A成员的胰腺癌（PC）新型预后风险模型，并探讨了其在肿瘤免疫学和能量代谢中的作用	首次构建了基于SLC25A成员的胰腺癌预后风险模型，并揭示了SLC25A11、SLC25A29和SLC25A44在肿瘤能量代谢和免疫浸润中的作用	NA	探讨线粒体溶质载体家族25（SLC25A）成员在胰腺癌中的生物学作用及其影响免疫浸润和肿瘤能量代谢的机制	SLC25A成员在胰腺癌中的作用及其机制	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	lasso方法	基因表达数据	NA
15862	2024-08-07	Cancer immunotherapies transition endothelial cells into HEVs that generate TCF1+ T lymphocyte niches through a feed-forward loop 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.002 PMID:36423635	研究论文	本文通过单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱和功能性多重免疫分析，展示了抗血管生成免疫调节疗法如何通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导诱导后毛细血管静脉向炎症性高内皮小静脉（HEVs）的转分化	本文首次揭示了肿瘤HEVs通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导促进肿瘤内淋巴细胞流入和形成允许性淋巴细胞微环境的新机制	本文未详细探讨肿瘤HEVs在不同类型癌症中的普遍性和具体作用机制	探讨肿瘤相关三级淋巴样结构（TA-TLLSs）的形成机制及其在免疫治疗中的作用	肿瘤内皮细胞、淋巴细胞及其相互作用	免疫学	癌症	单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱、功能性多重免疫分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
15863	2024-08-07	Single-cell analysis reveals nanosecond pulsed electric field ablation induced myeloid cells remodeling in pancreatic cancer 2022-Dec, Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.bioelechem.2022.108266 PMID:36179391	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了纳米秒脉冲电场（nsPEF）处理后胰腺癌小鼠模型中骨髓细胞的表型和功能变化	首次详细描述了nsPEF处理对胰腺癌中肿瘤浸润性骨髓细胞的重组作用	NA	探究nsPEF治疗对胰腺癌中骨髓细胞的影响及其对肿瘤免疫的调控作用	胰腺癌小鼠模型中的骨髓细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	Panc02胰腺癌小鼠模型
15864	2024-08-07	IRF1 expression might be a biomarker of CD8+ T cell infiltration in cutaneous melanoma 2022-12, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2022.2141228 PMID:36300336	研究论文	本研究旨在探讨皮肤黑色素瘤中干扰素调节因子（IRF）基因的表达模式及其与CD8+ T细胞浸润的关联，以及在黑色素瘤和非黑色素瘤细胞中的潜在调控网络	发现IRF1表达与CD8+ T细胞浸润的强关联，并识别出四个关键的CpG位点可能调控IRF1的转录	NA	探索皮肤黑色素瘤中IRF基因的表达与CD8+ T细胞浸润的关系及其调控网络	皮肤黑色素瘤中的IRF基因表达及CD8+ T细胞浸润	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA Pan-Cancer、GTEx项目、Human Protein Atlas和Jerby-Arnon et al. 2018的数据集
15865	2024-08-07	Estimating Metastatic Risk of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma at Single-Cell Resolution 2022-Nov-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232315020 PMID:36499343	研究论文	本研究提出了一种基于单细胞RNA测序数据评估胰腺导管腺癌转移风险的方法scMetR	首次提出scMetR方法，通过单细胞RNA测序数据评估肿瘤细胞的转移风险，并识别转移特征基因	NA	探索胰腺导管腺癌的转移风险评估方法	胰腺导管腺癌的肿瘤细胞及其转移风险	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15866	2024-08-07	A single-cell analysis reveals tumor heterogeneity and immune environment of acral melanoma 2022-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34877-3 PMID:36433984	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了63,394个细胞，来自5个肢端黑色素瘤和3个皮肤黑色素瘤样本，以探讨肿瘤异质性和免疫环境	定义了5个正交功能细胞簇，涉及TGF-beta信号传导、I型干扰素、Wnt信号传导、细胞周期和胆固醇外流信号传导，这些信号与黑色素瘤的良好预后显著相关	NA	研究肢端黑色素瘤的肿瘤异质性和免疫环境	肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤样本的细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	63,394个细胞，来自5个肢端黑色素瘤和3个皮肤黑色素瘤样本
15867	2024-08-07	Autophagy-linked plasma and lysosomal membrane protein PLAC8 is a key host factor for SARS-CoV-2 entry into human cells 2022-11-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2022110727 PMID:36124427	研究论文	本文通过CRISPR/Cas9基因编辑技术在感染SARS-CoV-2的人类肺癌细胞中进行全基因组功能丧失筛选，揭示了PLAC8和SPNS1作为关键宿主因子影响病毒进入细胞的过程	发现了两个新的关键宿主因子PLAC8和SPNS1，并证实它们的功能丧失会损害病毒的进入	NA	旨在更好地理解SARS-CoV-2与宿主细胞之间的相互作用，并识别可能用于对抗感染和COVID-19病理的宿主因子	SARS-CoV-2病毒和人类肺癌细胞	数字病理学	肺癌	CRISPR/Cas9	NA	RNA-Seq	八种不同的人类肺癌细胞系
15868	2024-08-07	Acetyl-Coenzyme A Synthetase 2 Potentiates Macropinocytosis and Muscle Wasting Through Metabolic Reprogramming in Pancreatic Cancer 2022-11, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2022.06.058 PMID:35777482	研究论文	本研究探讨了乙酰辅酶A合成酶2（ACSS2）在胰腺癌中的作用，发现ACSS2通过代谢重编程增强巨胞饮作用并导致肌肉萎缩	首次揭示了ACSS2通过激活ZIP4途径促进巨胞饮作用和肌肉萎缩，为胰腺癌提供了额外的营养物质	NA	研究ACSS2在胰腺癌中的作用及其对巨胞饮作用和肌肉萎缩的影响	胰腺癌患者的样本和基因工程小鼠模型	数字病理学	胰腺癌	CRISPR-Cas9系统，单细胞RNA测序，葡聚糖摄取试验，染色质免疫沉淀试验	NA	基因表达数据，蛋白质相互作用数据	胰腺癌患者样本，基因工程小鼠模型
15869	2024-08-07	Patient-specific modeling of stroma-mediated chemoresistance of pancreatic cancer using a three-dimensional organoid-fibroblast co-culture system 2022-Oct-22, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02519-7 PMID:36273171	研究论文	本文通过建立三维共培养系统，研究了癌症相关成纤维细胞（CAFs）对胰腺癌化疗抵抗的影响。	首次使用三维共培养系统，结合单细胞RNA测序，揭示了CAFs诱导的上皮间质转化（EMT）在胰腺癌化疗抵抗中的作用。	NA	探讨CAFs在胰腺癌化疗抵抗中的作用及其分子机制。	胰腺癌组织、患者来源的肿瘤类器官及匹配的CAFs。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	三维共培养系统	图像数据	三个类器官/CAF对
15870	2024-08-07	PD-L1-directed PlGF/VEGF blockade synergizes with chemotherapy by targeting CD141+ cancer-associated fibroblasts in pancreatic cancer 2022-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33991-6 PMID:36272973	研究论文	本文揭示了化疗在胰腺导管腺癌（PDAC）中上调胎盘生长因子（PlGF），激活癌症相关成纤维细胞（CAFs）导致纤维化相关胶原蛋白沉积的机制，并开发了一种多价VEGF诱饵受体（Ate-Grab），通过PD-L1介导的PlGF/VEGF阻断，与吉西他滨协同作用，减少CD141 CAF群体，从而对抗肿瘤和抗纤维化。	开发了一种新的多价VEGF诱饵受体（Ate-Grab），通过PD-L1介导的PlGF/VEGF阻断，与吉西他滨协同作用，减少CD141 CAF群体，为治疗胰腺癌提供了新的组合疗法。	NA	阐明化疗诱导的胰腺癌纤维化机制，并探索新的组合治疗策略。	胰腺导管腺癌（PDAC）及其相关成纤维细胞（CAFs）。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15871	2024-08-07	Single cell RNA-seq reveals the CCL5/SDC1 receptor-ligand interaction between T cells and tumor cells in pancreatic cancer 2022-10-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2022.215834 PMID:35917973	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了胰腺癌中T细胞与肿瘤细胞之间的CCL5/SDC1受体-配体相互作用	首次全面描绘了胰腺导管腺癌中T细胞的全谱及其与肿瘤细胞的交流，并发现了CCL5通过与SDC1相互作用促进肿瘤细胞迁移	NA	旨在识别胰腺导管腺癌中T细胞的全谱及其与肿瘤细胞的交流	胰腺导管腺癌中的T细胞及其与肿瘤细胞的相互作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集，包括来自本机构和公开数据库的数据
15872	2024-08-07	Expression of myelin transcription factor 1 and lamin B receptor mediate neural progenitor fate transition in the zebrafish spinal cord pMN domain 2022-10, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2022.102452 PMID:36063998	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在斑马鱼脊髓pMN域中发现了pMN前体细胞的先前未知的异质性，并鉴定了两种不同的运动神经元谱系。实验验证了转录因子myt1和核内膜整合蛋白lbr在运动神经元发育和神经前体细胞维持中的关键作用。	本研究首次揭示了斑马鱼脊髓pMN域中pMN前体细胞的异质性，并鉴定了两种不同的运动神经元谱系，为理解神经前体细胞命运转变的分子编程提供了深入见解。	NA	旨在深入理解斑马鱼脊髓pMN域中神经前体细胞命运转变的分子编程。	斑马鱼脊髓pMN域中的神经前体细胞及其命运转变。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15873	2024-08-07	Single Cell RNA-Seq Identifies Immune-Related Prognostic Model and Key Signature-SPP1 in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2022-Sep-29, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13101760 PMID:36292645	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，结合在线数据库中的多个PDAC数据集，构建了一个基于免疫相关特征的胰腺导管腺癌（PDAC）预后模型	首次利用scRNA-seq技术识别出PDAC中的恶性导管细胞标记物，并开发了一种结合风险评分、N阶段和边缘状态的简易诺模图	NA	开发胰腺导管腺癌的早期诊断和预后评估的可靠生物标志物	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的免疫相关预后模型和关键特征SPP1	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个PDAC数据集和TCGA_PAAD数据集
15874	2024-08-07	Multiple Perspectives Reveal the Role of DNA Damage Repair Genes in the Molecular Classification and Prognosis of Pancreatic Adenocarcinoma 2022-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms231810231 PMID:36142142	研究论文	本研究通过转录组和基因组分析探讨了胰腺腺癌（PAAD）中DNA损伤修复（DDR）和免疫微环境的多样性，并基于DDR和免疫特征建立了一个5基因预后标志（DPRS），用于临床上区分高风险和低风险组。	本研究首次构建了一个基于DDR和免疫的胰腺腺癌风险评分模型，并验证了其在预测患者预后和药物反应中的可行性。	NA	研究胰腺腺癌中DNA损伤修复基因的作用及其在分子分类和预后中的角色。	胰腺腺癌患者及其DNA损伤修复和免疫微环境。	数字病理学	胰腺癌	转录组分析、基因组分析、单细胞测序、免疫组化	NA	基因表达数据	多个胰腺腺癌患者样本
15875	2024-08-07	Increased expression of METTL3 in pancreatic cancer tissues associates with poor survival of the patients 2022-Sep-05, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-022-02743-7 PMID:36058919	研究论文	本研究探讨了甲基转移酶样3（METTL3）在人胰腺癌（PC）组织中的表达及其对患者生存的临床意义	首次详细分析了METTL3在胰腺癌组织中的表达水平及其与患者生存率的关系	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚	研究METTL3在胰腺癌中的预后价值和临床意义	胰腺癌组织中METTL3的表达及其对患者生存的影响	数字病理学	胰腺癌	免疫组化, scRNA-seq	Cox模型分析	mRNA表达数据	使用了TCGA, GTEx, 和GEO数据库中的样本
15876	2024-08-07	Spatially restricted drivers and transitional cell populations cooperate with the microenvironment in untreated and chemo-resistant pancreatic cancer 2022-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01157-1 PMID:35995947	研究论文	本研究通过单细胞/核RNA测序、蛋白质组学、空间转录组学和细胞成像技术，分析了31名胰腺癌患者的83个空间样本，揭示了胰腺导管腺癌的复杂亚结构及其与化疗耐药性的关系	本研究首次展示了化疗耐药样本中炎症性癌症相关成纤维细胞的富集及其上调金属硫蛋白的情况，为胰腺导管腺癌的治疗提供了新的见解	NA	深入理解胰腺导管腺癌肿瘤的复杂亚结构，以帮助改善患者的治疗	胰腺导管腺癌肿瘤的亚群及其与化疗耐药性的关系	数字病理学	胰腺癌	单细胞/核RNA测序、蛋白质组学、空间转录组学、细胞成像	NA	空间样本	31名患者，83个空间样本
15877	2024-08-07	Single Cell Analysis of Cultivated Fibroblasts from Chronic Pancreatitis and Pancreatic Cancer Patients 2022-08-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11162583 PMID:36010660	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了来自慢性胰腺炎和胰腺癌患者的培养成纤维细胞，以探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）和疾病相关成纤维细胞（DAFs）的异质性及其在胰腺疾病中的作用	首次通过单细胞RNA测序和生物信息学分析比较了来自慢性胰腺炎和胰腺癌患者的CAFs/DAFs，并观察到在细胞周期回归后，慢性胰腺炎和胰腺癌患者中共有135个高度可变基因	需要进一步研究以选择和识别在慢性胰腺炎病例中DAFs的基质因子，这些因子可能在CAFs中普遍表达，潜在地促进胰腺癌的发展	探究胰腺癌患者中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的肿瘤内异质性及其在癌症相关机制中的关键作用，并研究这些CAF亚型是否也存在于慢性胰腺炎中	来自慢性胰腺炎和胰腺癌患者的培养成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自慢性胰腺炎和胰腺癌患者的原代分离成纤维细胞
15878	2024-08-07	ID1 marks the tumorigenesis of pancreatic ductal adenocarcinoma in mouse and human 2022-08-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-17827-3 PMID:35941362	研究论文	本研究通过分析多个单细胞RNA测序数据集，揭示了ID1在胰腺导管腺癌（PDAC）发展中的遗传程序，并探讨了ID1与PDAC恶性程度的相关性及其在人类PDAC细胞中的表达模式。	首次揭示ID1在PDAC发展中的关键作用，并证实ID1受EIF2信号通路调控，为PDAC的治疗提供了新的潜在靶点。	NA	探讨ID1在胰腺导管腺癌发展中的作用及其作为潜在恶性标志物的可能性。	胰腺导管腺癌（PDAC）在遗传修饰小鼠模型和人类中的发展过程。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个遗传修饰小鼠模型和人类PDAC及正常胰腺组织样本
15879	2024-08-07	Mapping the single-cell landscape of acral melanoma and analysis of the molecular regulatory network of the tumor microenvironments 2022-07-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.78616 PMID:35894206	研究论文	本研究收集了中国黑色素瘤患者的临床样本，并进行了单细胞RNA测序，以分析其肿瘤微环境的异质性和分子调控网络	揭示了驱动肿瘤微环境成分失调的基因，并探讨了肿瘤微环境细胞间的分子相互作用关系，为开发新型免疫治疗药物提供了潜在靶点	NA	研究肢端黑色素瘤的单细胞景观及其肿瘤微环境的分子调控网络	肢端黑色素瘤及其肿瘤微环境	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自中国患者的临床样本
15880	2024-08-07	Occult polyclonality of preclinical pancreatic cancer models drives in vitro evolution 2022-06-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31376-3 PMID:35752636	研究论文	本文利用单细胞测序技术揭示了假设为单克隆的胰腺癌（PDAC）细胞系和患者来源的类器官（PDOs）中存在的基因组和转录组多克隆性	首次揭示了胰腺癌细胞系和类器官中的多克隆性，并质疑了广泛使用的非转化胰腺细胞系作为实验对照的适用性	研究结果对实验数据的严谨性和可重复性产生了影响，但其具体影响尚不确定	探索胰腺癌细胞系和类器官的内在异质性	胰腺癌细胞系和患者来源的类器官	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序技术	NA	基因组和转录组数据	多个独立的胰腺癌细胞系和类器官样本