单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15841	2024-08-07	Integrative Analyses of scRNA-seq, Bulk mRNA-seq, and DNA Methylation Profiling in Depressed Suicide Brain Tissues 2023-Dec-18, The international journal of neuropsychopharmacology DOI:10.1093/ijnp/pyad057 PMID:37774423	研究论文	本研究综合分析了单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）和DNA甲基化谱在抑郁症自杀脑组织中的应用	本研究通过跨组学分析，计算了不同甲基化CpG位点的甲基化和转录水平之间的相关性，并进行了去卷积分析	NA	探讨自杀行为的潜在病因和生物学机制	抑郁症自杀患者的脑组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织	数字病理学	抑郁症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）、DNA甲基化微阵列	NA	基因表达数据、甲基化数据	包括抑郁症自杀患者的皮质组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织
15842	2024-08-05	Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno 2023-Dec-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1023 PMID:37941153	研究论文	本文介绍了一种新的空间转录组数据注释方法SpatialAnno	SpatialAnno创新性地使用了大量非标记基因和关于标记基因的'定性'信息，同时不依赖参考数据集	缺乏对某些空间信息的利用，可能影响某些特定类型细胞的注释准确性	研究空间转录组数据的细胞/区域类型分类	模拟数据和来自10x Visium、ST、Slide-seqV1/2及seqFISH平台的四个真实空间转录组数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（SRT）	因子模型和Potts模型	数据集	四个真实数据集和模拟数据
15843	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis reveals rich pituitary-Immune interactions under systemic inflammation 2023-Dec, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002403 PMID:38109308	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠垂体在系统性炎症下的转录组特征，揭示了垂体与免疫系统的丰富相互作用	首次揭示了系统性炎症如何调控垂体激素产生细胞的转录组特征，并发现了非经典的生物活性分子Nptx2的产生和释放	NA	探究系统性炎症对垂体激素产生细胞转录组的影响及其与免疫系统的相互作用	小鼠垂体激素产生细胞在系统性炎症下的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠垂体样本
15844	2024-08-07	Single-cell analysis reveals diversity of tumor-associated macrophages and their interactions with T lymphocytes in glioblastoma 2023-11-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-48116-2 PMID:38012322	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞的多样性和相互作用	本研究超越了传统的M1/M2巨噬细胞极化模型，探索了TAMs在胶质母细胞瘤中的连续状态及其与T细胞的相互作用	NA	旨在解析胶质母细胞瘤微环境中7种TAM亚型与T细胞的细胞间相互作用	胶质母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	成年IDH野生型胶质母细胞瘤样本
15845	2024-08-05	Human Plaque Myofibroblasts to Study Mechanisms of Atherosclerosis 2023-11-07, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.123.030243 PMID:37889192	研究论文	本研究提出了一种分离和培养斑块肌成纤维细胞的方法，以研究动脉粥样硬化的机制	创新性地展示了从斑块中分离和培养肌成纤维细胞的方法，这些细胞保持了增殖能力和特征表达	本研究样本主要来源于颈动脉和股动脉，可能限制了研究结果的广泛适用性	旨在提供一种合适的体外模型以研究动脉粥样硬化的特定机制	研究对象为来自27名供体的斑块肌成纤维细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序，染色质免疫沉淀测序	NA	细胞	27个供体的斑块细胞（24个颈动脉和3个股动脉）
15846	2024-08-05	Spatial transcriptomics in neuroscience 2023-10, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-023-01093-y PMID:37779145	综述	本文总结了空间转录组学工具及其在神经科学中的应用	提供了新的工具和方法来解析大脑细胞类型的空间组织及其连接性	未提及具体的实验数据或案例研究	探讨如何将单细胞RNA测序与空间信息结合以理解大脑功能	各种细胞类型及其在大脑中的功能	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	NA	NA
15847	2024-08-07	SELENOP modifies sporadic colorectal carcinogenesis and WNT signaling activity through LRP5/6 interactions 2023-07-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI165988 PMID:37166989	研究论文	本研究探讨了硒蛋白P（SELENOP）在散发性结直肠癌（CRC）中的作用及其对WNT信号通路的影响	首次揭示了SELENOP通过与WNT核心受体LRP5/6的相互作用调节WNT信号通路，从而影响散发性结直肠癌的发展	研究主要基于小鼠模型和细胞系，需要进一步的人体临床研究验证	阐明SELENOP在散发性结直肠癌中的作用及其机制	SELENOP在散发性结直肠癌中的表达及其对WNT信号通路的影响	NA	结直肠癌	单细胞cRNA-Seq（scRNA-Seq）	NA	细胞数据	涉及人类单细胞数据集和小鼠腺瘤模型
15848	2024-08-07	Clonally expanded PD-1-expressing T cells are enriched in synovial fluid of juvenile idiopathic arthritis patients 2023-07, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202250162 PMID:37086046	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，分析了幼年特发性关节炎患者关节液中T细胞的特征，特别是PD-1表达的T细胞的克隆扩增和炎症能力。	首次在单细胞水平上揭示了PD-1表达的T细胞在幼年特发性关节炎慢性炎症中的作用，并提出了针对PD-1的新治疗策略。	NA	探讨PD-1表达的T细胞在幼年特发性关节炎慢性炎症中的作用，并评估针对PD-1的治疗策略的有效性。	幼年特发性关节炎患者的关节液中的T细胞。	免疫学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，蛋白质数据	具体样本数量未在摘要中提及
15849	2024-08-05	Unique DUOX2+ACE2+ small cholangiocytes are pathogenic targets for primary biliary cholangitis 2023-02-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34606-w PMID:36759512	研究论文	研究表明DUOX2+ACE2+小胆管细胞是原发性胆汁性胆管炎的致病靶点	首次识别出DUOX2ACE2小胆管细胞在原发性胆汁性胆管炎中的重要角色	尚未完全明确原发性胆汁性胆管炎的病因	探索胆管细胞在原发性胆汁性胆管炎中的作用	人类和小鼠肝脏中的DUOX2ACE2小胆管细胞	数字病理学	胆汁性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选、免疫荧光、多重RNA原位杂交分析	NA	RNA测序数据，蛋白质组学数据	PBC患者与健康对照样本（具体数量未提供）
15850	2024-08-07	Th1 polarization defines the synovial fluid T cell compartment in oligoarticular juvenile idiopathic arthritis 2021-09-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.149185 PMID:34403374	研究论文	本研究通过流式细胞术、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-Seq（scRNA-Seq）、DNA甲基化研究和Treg抑制试验，对寡关节炎性幼年特发性关节炎（oligo JIA）中的滑液T细胞进行了免疫表型分析	发现oligo JIA中滑液T细胞表现出Th1偏倚，包括Tregs，并且这些Th1样Tregs保持了Treg特异性甲基化模式和抑制功能	NA	旨在理解oligo JIA中的免疫反应	oligo JIA中的滑液T细胞	免疫学	幼年特发性关节炎	流式细胞术, bulk RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, DNA甲基化研究	NA	细胞, 基因表达	NA
15851	2024-08-07	Genomic insights and prognostic significance of novel biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma: A comprehensive analysis 2024-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101580 PMID:38107664	研究论文	本研究通过综合分析公共数据库，筛选与胰腺导管腺癌（PDAC）预后相关的基因，并构建预测模型	本研究首次鉴定了六个与PDAC预后强相关的基因，并构建了基于这些基因的临床预后模型	研究主要基于公共数据库，需要进一步的临床验证	探索胰腺导管腺癌的基因标记和分子靶点，以提高诊断和治疗策略	胰腺导管腺癌的预后相关基因	数字病理学	胰腺癌	基因差异分析，单变量Cox回归分析，LASSO回归，多变量Cox回归分析，单细胞RNA测序	NA	基因数据，单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
15852	2024-08-07	The role of NF-κB signaling pathway in reactive astrocytes among neurodegeneration after methamphetamine exposure by integrated bioinformatics 2024-Feb-08, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2023.110909 PMID:38061485	研究论文	本研究探讨了甲基苯丙胺暴露后神经退行性疾病中反应性星形胶质细胞的作用，通过综合生物信息学方法分析了RNA测序数据和免疫浸润情况。	本研究首次通过综合生物信息学方法探讨了甲基苯丙胺暴露后反应性星形胶质细胞在神经退行性疾病中的作用及其与神经元间的交叉对话。	研究主要基于生物信息学分析，缺乏直接的细胞和动物实验验证。	探讨甲基苯丙胺暴露后反应性星形胶质细胞在神经退行性疾病中的作用及其与神经元间的交叉对话。	甲基苯丙胺暴露后的反应性星形胶质细胞及其在神经退行性疾病中的作用。	神经科学	神经退行性疾病	RNA测序	随机森林算法	RNA测序数据	使用了来自GEO数据库的METH批量RNA测序数据（GSE107015和GSE98793）和单细胞RNA测序数据（GSE119861），以及PD芯片数据（GSE99039和GSE72267）。
15853	2024-08-05	scInterpreter: a knowledge-regularized generative model for interpretably integrating scRNA-seq data 2023-Dec-16, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05579-4 PMID:38104057	研究论文	本研究提出了一种基于深度学习的可解释模型scInterpreter，用于整合和注释scRNA-seq数据。	scInterpreter显著优于其他最新模型，并通过知识先验加速训练过程，同时提供可解释的细胞表示。	未提及具体的局限性	研究旨在提供一个有效且可解释的单细胞转录组数据整合工具。	本研究的对象为单细胞RNA-seq数据。	数字病理学	NA	深度学习	NA	单细胞RNA-seq数据	多个基准数据集
15854	2024-08-07	Bioinformatics identification of a T-cell-related signature for predicting prognosis and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma 2023-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12082 PMID:37935646	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别出与T细胞相关的预后和药物敏感性标志物，用于肝细胞癌的预测	开发了一种综合使用10种机器学习算法的T细胞相关预后标志物（TRPS），并验证了其在肝细胞癌中的独立风险因素作用	NA	开发和验证一种新的生物标志物，用于预测肝细胞癌患者的预后和药物敏感性	肝细胞癌患者及其T细胞相关的预后和药物敏感性	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA序列数据	使用Cancer Genome Atlas队列中的7个T细胞相关标记物进行验证
15855	2024-08-05	Leveraging diverse cell-death patterns to predict the prognosis, immunotherapy and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma 2023-11-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-46577-z PMID:37985807	研究论文	本文提出了一种新的程序性细胞死亡相关特征（PRS）用于评估透明细胞肾癌的预后和药物敏感性	研究推出了一种结合多种细胞死亡模式的PCD模型，用于准确预测临床结果和免疫特征	NA	探讨透明细胞肾癌的预后、免疫疗法和药物敏感性	透明细胞肾癌患者和相关样本	数字病理学	肾癌	qRT-PCR, 单细胞测序	NA	基因表达数据	分析了来自E-MTAB-1980数据集和其他公共数据库的多个样本
15856	2024-08-05	CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06725-x PMID:37968392	研究论文	本文识别了标记为CD201的多能成纤维细胞前体，调控损伤修复。	发现CD201前体在伤口愈合中的多种特化细胞类型生成及其调控机制。	研究主要基于小鼠模型，临床应用尚需进一步验证。	探索损伤修复过程中成纤维细胞的不同分化状态及其调控机制。	标记为CD201的成纤维细胞前体及其在损伤修复中的作用。	数字病理	NA	单细胞转录组学	NA	细胞数据	小鼠模型
15857	2024-08-07	The miR-221/222 cluster regulates hematopoietic stem cell quiescence and multipotency by suppressing both Fos/AP-1/IEG pathway activation and stress-like differentiation to granulocytes 2023-Nov, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002015 PMID:37983263	研究论文	本文研究了miR-221/222簇通过抑制Fos/AP-1/IEG通路激活和应激样粒细胞分化来调节造血干细胞（HSC）静止和多能性的机制。	首次揭示了miR-221/222簇在应激条件下对HSC和多能前体细胞（MPP）的调控作用，及其对粒细胞分化的影响。	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类HSC中进行直接验证。	探讨miR-221/222簇在造血干细胞静止和多能性维持中的作用及其分子机制。	造血干细胞（HSC）和多能前体细胞（MPP）。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	使用了C57BL/6J小鼠模型，具体样本数量未详细说明。
15858	2024-08-05	Characterizing the Macrophage Population in Patients With Idiopathic Subglottic Stenosis 2023-09, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.30524 PMID:36524603	研究论文	本研究旨在描述特发性声门下狭窄患者的巨噬细胞群体特征。	首次对特发性声门下狭窄中巨噬细胞的转录组进行表征，揭示S100A8/9作为关键生物标志物的作用。	在体内S100A8/9+巨噬细胞的作用仍需进一步研究。	研究特发性声门下狭窄中巨噬细胞的免疫特征及其相关生物标志物的纤维生成特性。	分析来自特发性声门下狭窄患者的气管活检样本以及非瘢痕组织。	数字病理学	特发性声门下狭窄	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	样本中细胞转录组数据	8个样本（4个特发性声门下狭窄瘢痕及4个匹配的非瘢痕区域）
15859	2024-08-07	CD4 T cell Responses in the CNS during SIV infection 2023-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.24.554055 PMID:37662237	研究论文	研究了SIV感染期间CD4 T细胞在中枢神经系统（CNS）中的反应和分布	首次详细描述了CD4 T细胞在SIV感染期间在CNS中的分布和反应，以及抗逆转录病毒治疗（ART）后的持久性影响	研究仅限于SIVmac251感染的猕猴模型，可能不完全适用于人类HIV感染	探讨CD4 T细胞在SIV感染期间在CNS中的作用及其对抗逆转录病毒治疗的反应	SIVmac251感染的猕猴的CD4 T细胞在CNS中的分布和反应	NA	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	10只SIVmac251感染的猕猴
15860	2024-08-05	Spatial Transcriptomic Analysis of a Diverse Patient Cohort Reveals a Conserved Architecture in Triple-Negative Breast Cancer 2023-01-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-2682 PMID:36283023	研究论文	本研究利用空间转录组学分析不同人种的三阴性乳腺癌患者的肿瘤架构	首次使用联合计数分析展示转录特征集群的非随机方向空间依赖性，支持三阴性乳腺癌中保守的空间转录结构	研究样本相对较小，且主要集中在特定人种群体上	定义三阴性乳腺癌的肿瘤架构，以便更好地理解疾病差异	来自14名患者的28个样本段的肿瘤组织	数字病理学	三阴性乳腺癌	空间转录组学	NA	空间特征数据	28个样本段，来自14名患者