单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27924 篇文献，本页显示第 15841 - 15860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15841 | 2024-08-05 |
SINGLE CELL DISSECTION OF DEVELOPMENTAL ORIGINS AND TRANSCRIPTIONAL HETEROGENEITY IN B-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA
2023-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569954
PMID:38106088
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）的发育起源和转录异质性 | 首次直接分析肿瘤内异质性与细胞起源，提供了对B-ALL样本发育状态组成的推断 | 未阐明单细胞分析的所有适用情况，可能存在样本量和种类的限制 | 利用scRNA-seq探索B-ALL的转录程序变异和发育状态 | 89个B-ALL样本 | 数字病理学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 89个B-ALL样本 |
| 15842 | 2024-08-07 |
Exploring the role of LIAS-related cuproptosis in systemic lupus erythematosus
2023-Dec, Lupus
IF:1.9Q3
DOI:10.1177/09612033231211429
PMID:37903189
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研究论文 | 本研究探讨了LIAS相关铜死亡在系统性红斑狼疮中的作用机制 | 首次深入研究了铜死亡相关基因在系统性红斑狼疮中的分子机制 | 研究主要基于RNA测序数据，可能需要更多实验验证 | 探索铜死亡及其相关基因在系统性红斑狼疮中的作用机制 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞 | NA | 系统性红斑狼疮 | RNA测序 | NA | RNA | 系统性红斑狼疮患者和健康个体的外周血单个核细胞样本 |
| 15843 | 2024-08-05 |
CellTICS: an explainable neural network for cell-type identification and interpretation based on single-cell RNA-seq data
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad449
PMID:38061196
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研究论文 | CellTICS是一个用于基于单细胞RNA-seq数据的细胞类型识别和解释的可解释神经网络 | CellTICS通过优先考虑细胞特异性表达的标记基因和生物路径层次结构，提供了一种生物学上可解释的方法，并能揭示定义细胞类型的通路 | 目前尚未提及该方法的具体局限性 | 旨在理解细胞类型的功能单位及其共享功能的生物学基础 | 研究对象是细胞类型及相关的生物路径 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA-seq数据 | NA |
| 15844 | 2024-08-07 |
Tick extracellular vesicles impair epidermal homeostasis through immune-epithelial networks during hematophagy
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.10.566612
PMID:37986907
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研究论文 | 研究通过结合单细胞RNA测序、流式细胞术、小鼠遗传学和活体显微镜等方法，探讨了蜱虫外泌体如何通过干扰组织修复相关网络来破坏表皮稳态。 | 首次揭示了蜱虫外泌体通过影响表皮γδ T细胞频率和共受体表达，进而影响角质形成细胞功能，从而干扰组织修复过程。 | 研究主要集中在小鼠模型和特定的蜱虫种类，可能不完全适用于所有蜱虫种类或人类。 | 探讨蜱虫外泌体如何影响表皮稳态和组织修复过程。 | 蜱虫外泌体、表皮稳态、组织修复过程、γδ T细胞、角质形成细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术、活体显微镜 | NA | RNA | 涉及三种具有医学重要性的蜱虫种类和野生型动物的皮肤表皮样本 |
| 15845 | 2024-08-05 |
Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues
2023-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00507-1
PMID:37946872
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SAHMI的计算资源，用于从哺乳动物组织的转录组测序中识别真实存在的微生物核酸并过滤掉污染物和虚假的分类分配 | 提出了一种新的计算工具SAHMI，能够有效区分真菌和污染物，从而改善微生物信号的识别 | 可能需要进一步验证SAHMI在不同组织和样本类型中的普适性 | 研究如何从单细胞测序中去噪稀疏的微生物信号 | 哺乳动物组织中的微生物和宿主细胞 | 数字病理学 | NA | 转录组测序 | 计算资源 | 基因组数据 | 多种组织中的已知微生物感染 |
| 15846 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis of ADSC Interactions with Fibroblasts and Endothelial Cells in Scleroderma Skin
2023-07-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12131784
PMID:37443817
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研究论文 | 本文通过模拟ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用，旨在揭示其抗纤维化和抗炎作用的机制。 | 本文利用单细胞RNA测序数据和生物信息学工具，探索了ADSCs与成纤维细胞和内皮细胞的配体-受体相互作用，并发现了与炎症和细胞外基质相互作用相关的差异表达基因。 | 本文主要基于模拟和数据分析，尚未进行实验验证，因此其发现的机制需要进一步的实验支持。 | 揭示ADSCs在硬皮病皮肤中的抗纤维化和抗炎作用机制。 | ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用。 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 3名瘦患者和10名对照组及12名硬皮病患者 |
| 15847 | 2024-08-07 |
scViewer: An Interactive Single-Cell Gene Expression Visualization Tool
2023-05-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12111489
PMID:37296611
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研究论文 | 介绍了一个名为scViewer的交互式单细胞基因表达可视化工具，该工具基于R/Shiny应用程序，旨在简化scRNA-seq数据的分析和可视化 | scViewer提供了一个用户友好的图形用户界面，支持细胞类型特异性基因表达、基因共表达分析以及考虑细胞和样本水平变化的差异表达分析 | NA | 开发一个易于探索的单细胞基因表达可视化工具，以促进scRNA-seq数据的多条件比较分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了一个公开的阿尔茨海默病研究中的脑细胞数据集 |
| 15848 | 2024-08-07 |
Impact of ferroptosis-related risk genes on macrophage M1/M2 polarization and prognosis in glioblastoma
2023, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2023.1294029
PMID:38283752
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研究论文 | 研究铁死亡相关风险基因对胶质母细胞瘤中巨噬细胞M1/M2极化及患者预后的影响 | 首次探讨了十四种铁死亡相关风险基因在胶质母细胞瘤中的作用，并阐明了这些基因对M1/M2巨噬细胞极化和患者预后的影响 | NA | 探索铁死亡对胶质母细胞瘤中巨噬细胞极化和患者预后的影响 | 铁死亡相关风险基因、巨噬细胞M1/M2极化、患者预后 | 数字病理学 | 脑癌 | LASSO Cox回归模型、CIBERSORTx反卷积算法、qPCR、western blot | NA | 基因表达数据 | 包括来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)、中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)和一个单细胞RNA测序数据集(GSE84465)的样本 |
| 15849 | 2024-08-07 |
SCIFER: approach for analysis of LINE-1 mRNA expression in single cells at a single locus resolution
2022-Aug-26, Mobile DNA
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13100-022-00276-0
PMID:36028901
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研究论文 | 介绍了一种名为SCIFER的方法，用于在单细胞RNA测序数据集中以单个位点分辨率量化移动元素的表达 | SCIFER通过唯一地比对单细胞RNA测序读取到基因组并提取单细胞的比对，提高了L1位点识别的准确性 | NA | 研究L1 mRNA在单细胞中的表达模式，特别是在单个位点分辨率下 | L1 mRNA在单细胞中的表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了来自人类和小鼠的睾丸的单细胞RNA测序数据集 |
| 15850 | 2024-08-07 |
A single-cell landscape of high-grade serous ovarian cancer
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0926-0
PMID:32572264
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了11名高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者腹水样本中的约11,000个细胞，全面表征了HGSOC腹水生态系统 | 发现了腹水细胞组成的显著患者间变异性，包括免疫调节性成纤维细胞亚群和二分法巨噬细胞群体，并揭示了恶性细胞的异质性部分由异质性拷贝数改变模式或干细胞程序表达所解释 | NA | 全面表征高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）腹水生态系统 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的腹水细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 22个腹水样本，11名患者 |
| 15851 | 2024-08-07 |
[Single-cell RNA sequencing combined experimental verifies the core genes of dendritic cells in chronic obstructive pulmonary disease]
2024-Feb, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:38284250
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）结合实验验证，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）中树突状细胞的核心基因 | 首次通过scRNA-Seq技术结合实验验证，识别出COPD中树突状细胞的核心基因IL1RN、S100A8和S100A9，并分析了它们在COPD发病机制中的作用 | 研究仅限于识别和验证特定基因，未涉及这些基因在临床治疗中的具体应用 | 识别和验证COPD中树突状细胞的核心基因，为后续的COPD免疫治疗提供靶点和理论基础 | COPD中的树突状细胞及其核心基因 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | GSE173896数据集包含18个树突状细胞差异表达基因（DC-DEGs），GSE38974数据集包含646个差异表达基因（DEGs），最终识别出3个共同DC-DEGs |
| 15852 | 2024-08-07 |
Identification of immune-related gene signatures for chronic obstructive pulmonary disease with metabolic syndrome: evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data
2024-Jan-29, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxad043
PMID:37878760
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研究论文 | 本研究通过综合批量和单细胞RNA测序数据，识别与慢性阻塞性肺疾病（COPD）和代谢综合征（MetS）相关的免疫相关基因标志物 | 采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）揭示与COPD和MetS相关的共表达模块，并应用机器学习筛选和验证枢纽基因 | NA | 识别与COPD和MetS相关的共享免疫相关候选生物标志物 | COPD和MetS患者的免疫相关基因标志物 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA测序 | 机器学习 | RNA序列数据 | NA |
| 15853 | 2024-08-05 |
Inference of differentiation trajectories by transfer learning across biological processes
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.002
PMID:38128536
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研究论文 | 这篇文章研究了细胞分化轨迹的推断方法，使用迁移学习在不同生物过程中量化可预测性 | 提出了一种新的框架，通过迁移学习推断不同行为过程中的细胞分化，并展示了非线性方法的优越性 | 在成人造血过程中，预测结果与真实数据的一致性较低 | 量化和利用细胞分化轨迹的可预测性 | 早期胚胎发育和成人造血过程中的细胞分化 | 计算生物学 | NA | 迁移学习，自定义变分自编码器 | 变分自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 15854 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing analysis within biologically relevant dimensions
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.005
PMID:38198894
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研究论文 | 本文提出了一种基于生物相关维度的单细胞分析策略Seqtometry | Seqtometry跳过了无监督聚类和单个聚类的注释，结合了定性和定量的细胞类型识别 | NA | 探索和分析基因表达及可及性在不同器官系统中的变化 | 多种免疫细胞以及其他来自不同器官和疾病诱导状态的细胞，包括多发性骨髓瘤和阿尔茨海默病 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 15855 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis the prognostic and immune characteristics of mitochondrial transport-related gene SFXN1 in lung adenocarcinoma
2024-Jan-17, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11646-z
PMID:38233752
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研究论文 | 本研究旨在探讨线粒体运输相关基因SFXN1在肺腺癌中的预后和免疫特性 | 首次评估SFXN1作为肺腺癌潜在预后生物标志物的可能性 | NA | 识别和评估SFXN1作为肺腺癌的潜在预后生物标志物 | SFXN1基因在肺腺癌中的表达及其对预后和免疫环境的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 实时定量PCR, 免疫印迹, 免疫组织化学 | NA | mRNA, 蛋白质 | 90例临床样本 |
| 15856 | 2024-08-05 |
Identification and exploration of aging-related subtypes and distinctive role of SERPINE1 in heart failure based on single-cell and bulk RNA sequencing data
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3631
PMID:38062883
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研究论文 | 本研究探讨了与衰老相关的基因在心力衰竭中的生物学意义。 | 通过识别与衰老相关的心力衰竭特异性基因和开发新的诊断模型，揭示了SERPINE1在心力衰竭中的关键作用。 | 仅使用了小样本量的血液样本进行验证，对结果的普遍适用性有所限制。 | 探索心力衰竭与衰老之间的关系，寻找新的诊断生物标志物和治疗策略。 | 心力衰竭患者和正常对照的样本。 | 数字病理学 | 心力衰竭 | 单细胞和整体RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 总共157个差异表达基因，10个正常对照和10个心力衰竭患者的血样本 |
| 15857 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma
2024-Jan, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 该研究探讨了乳头状甲状腺癌（PTC）转移机制，发现MIF信号通路通过抑制巨噬细胞而促进PTC的淋巴结转移 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了乳头状甲状腺癌抑制巨噬细胞的MIF信号通路 | 研究样本数量有限，仅分析了61个肿瘤样本 | 研究乳头状甲状腺癌的潜在转移机制 | 从一名年轻女性获得的甲状腺肿瘤、正常甲状腺和转移的淋巴结肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 61个肿瘤样本（31个有转移和30个无转移） |
| 15858 | 2024-08-05 |
Construction of multiplexed transcriptome NGS libraries of microdissected tissue samples based on combinational DNA barcode microbeads
2024-Jan, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202300294
PMID:37818700
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研究论文 | 本文提出了一种基于组合DNA条形码的中通量转录组分析方法 | 文章首次介绍了组合DNA条形码（CDB）测序的应用，结合了Smart-3SEQ和CDB磁微珠以提高转录组分析的通量 | 文中没有明确提及CDB-seq方法在其他类型组织样本中的适用性 | 研究旨在开发一种成本效益高的中通量转录组分析方法 | 研究对象为微切割的组织样本，包括小鼠脑组织样本 | 数字病理学 | NA | NGS | NA | RNA提取物 | 数十个微切割样本 |
| 15859 | 2024-08-05 |
Peroxisome proliferator-activated receptors signature reveal the head and neck squamous cell carcinoma energy metabolism phenotype and clinical outcome
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3605
PMID:37932968
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研究论文 | 本研究揭示了过氧化物酶体增殖物激活受体在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其与能量代谢表型和临床结果的关系 | 研究发现PPAR相关基因在HNSC中的能量代谢和免疫功能的重要性，构建了高准确度的预后模型 | 研究可能受限于数据集的多样性以及样本量的大小 | 全面分析头颈部鳞状细胞癌中PPAR相关基因的功能和临床意义 | 研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者及其相关基因 | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序 | LASSO和Cox回归模型 | 基因表达数据 | 多种数据集，包括TCGA-HNSC等多个研究的样本 |
| 15860 | 2024-08-05 |
Cross-talk of pyroptosis-based subtypes, the development of a risk classifier and immune responses in cervical cancer
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3566
PMID:37469224
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研究论文 | 该文章探讨了基于炎性坏死的亚型、风险分类器的开发以及宫颈癌中的免疫响应 | 提出了一个基于52个与炎性坏死相关基因的风险分类器，并发现CDH3在宫颈癌中的作用 | 未提及具体限制，可能包括样本量或特定基因的局限性 | 评估宫颈癌的预后和免疫代谢状态 | 宫颈癌患者的不同亚型和相关基因 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序分析 | 风险分类模型 | 基因表达数据 | 结合了两个独立的宫颈癌队列，样本规模为501（259和242） |